单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 9441 篇文献,本页显示第 6141 - 6160 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
6141 2026-04-06
Integration of machine learning-based screening approaches and single-cell sequencing technique to identify cancer stemness genes associated with radiotherapy resistance in lung adenocarcinoma
2026-Apr-04, Discover oncology IF:2.8Q2
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
6142 2026-05-28
Helicobacter pylori-linked gene CFAP73 rewires epithelial programs and shapes the gastric cancer microenvironment
2026-Apr-04, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 该研究揭示了HP感染相关基因CFAP73通过重编程上皮程序并塑造胃癌微环境,促进肿瘤抑制和免疫激活的作用 首次发现CFAP73作为HP感染过程中进行性下调的肿瘤保护基因,并明确其通过抑制增殖、EMT和激活p53/凋亡通路来维持上皮抑癌状态,同时通过配体-受体分析和空间转录组学揭示其重塑纤维细胞和T细胞状态以维持抗肿瘤免疫微环境的机制 研究主要基于公共数据库和体外/体内实验,尚需更大规模的前瞻性队列验证CFAP73作为生物标志物的临床价值,且CFAP73在HP感染早期下调的具体分子机制有待进一步阐明 探究胃上皮细胞在HP感染过程中逐渐紊乱的分子程序,并寻找与恶性转化相关的关键基因 HP感染相关的胃黏膜上皮细胞和胃癌微环境中的免疫细胞、成纤维细胞 数字病理学 胃癌 RNA-seq 随机森林 文本 多个公共数据集(GSE60662、GSE60427、TCGA-STAD)及单细胞RNA-seq数据集GSE249874 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
6143 2026-05-28
Cell neighborhood topology directs rare cell population identification
2026-Mar-30, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 介绍了一种名为RareQ的快速可扩展框架,通过评估单细胞组学数据中每个细胞的k近邻团度来检测罕见细胞群 提出基于细胞邻域拓扑结构的团度评估方法,能同时识别模态特异性和共享罕见细胞,并在模拟和真实数据集上展现卓越的准确性、灵敏度和效率 NA(摘要未提及局限性) 开发高效方法识别复杂生物系统中关键但低丰度的罕见细胞群 模拟和真实单细胞组学数据,包括空间转录组学数据 单细胞组学 NA(摘要未指定具体疾病) 单细胞组学技术(包括空间转录组学) 图论中的团度分析 单细胞组学数据(包括空间转录组数据) NA(摘要未提及具体样本量) NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
6144 2026-05-28
Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes
2026-Mar-23, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 利用空间转录组学技术揭示1型糖尿病胰腺和局部引流淋巴结组织中的淋巴毒素β特征 首次通过多细胞分辨率空间转录组学在人类1型糖尿病中识别出淋巴结滤泡和胰岛炎病变中的LTB上调及下游趋化因子特征 未提及,样本量可能有限 探索1型糖尿病自然病程中胰腺和胰腺淋巴结的炎症反应 无糖尿病个体、自身抗体阳性风险个体及1型糖尿病供体的胰腺和胰腺淋巴结组织 空间转录组学 1型糖尿病 空间转录组学 NA 空间转录组数据 多例供体组织样本(无糖尿病、自身抗体阳性及1型糖尿病供体) NA 空间转录组学 NA 多细胞分辨率空间转录组平台及正交亚细胞分辨率空间转录组平台
6145 2026-05-28
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2026-Mar-20, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 利用单核多组学测序技术,研究人类记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 通过单核多组学测序同时分析基因表达和染色质可及性,首次重建了CD4 T细胞动态激活过程中的基因调控网络,并识别出五个与记忆相关的转录因子(MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3和KLF6)可能调控快速回忆过程 转录因子与靶基因的结合预测需要进一步通过ChIP-seq验证,且记忆相关转录因子活性在独立单细胞RNA测序研究中的复制仍需更多验证 阐明记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控机制,以及这些机制在免疫介导疾病遗传风险中的作用 人类CD4+ T细胞的记忆和初始亚群及其快速回忆反应 机器学习 免疫介导疾病 单核多组学测序(基因表达和染色质可及性)、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、全基因组关联研究(GWAS) 基因调控网络 基因表达数据、染色质可及性数据 NA 10x Genomics 单核多组学 10x Chromium 单核多组学测序同时分析基因表达和染色质可及性
6146 2026-05-28
Molecular subtypes in pancreatic cancer: from academic promise to clinical reality
2026-Mar-09, Molecular cancer IF:27.7Q1
综述 总结胰腺导管腺癌分子亚型的研究进展,并探讨其从学术概念向临床应用转化的关键障碍与可行路径 整合多组学、单细胞RNA测序和空间转录组学的最新发现,提出以GATA6免疫组化检测为核心的简化临床实施路线图,强调治疗诱导分子可塑性的影响 部分亚型分类标准仍存在争议,治疗过程中分子亚型的动态变化增加了生物标志物的不可靠性,临床验证样本有限 综述胰腺癌分子亚型的研究现状,分析转化障碍,并提出走向临床的实用策略 胰腺导管腺癌及其分子亚型(经典/祖细胞型、基底样/鳞状型) 自然语言处理 胰腺癌 转录组学分析,免疫组化,单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 转录组数据,组织切片图像 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
6147 2026-05-28
Single-cell characterization of trophoblast-epithelial interactions at the human maternal-fetal interface during early implantation†
2026-02-18, Biology of reproduction IF:3.1Q2
研究论文 利用输卵管异位妊娠患者的单细胞RNA测序数据构建胚胎着床模型,研究早期妊娠过程中母胎界面的滋养层-上皮细胞互作 首次利用输卵管异位妊娠模型作为替代工具,结合公共数据库中正常宫内妊娠数据,系统解析了早期着床过程中滋养层细胞与上皮细胞的双向配体-受体通讯网络 基于异位妊娠模型推断正常着床机制可能存在局限性,且缺乏体内直接验证;研究依赖公共数据库数据,样本量和异质性可能影响结论的普适性 阐明人早期胚胎着床过程中母胎界面的细胞互作分子机制 输卵管异位妊娠和正常宫内妊娠的着床部位组织样本 数字病理学 不孕症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确说明样本量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
6148 2026-05-28
Recent advances in reproductive biology: European innovations in embryo development and research†
2026-02-18, Biology of reproduction IF:3.1Q2
综述 欧洲在生殖生物学和胚胎学领域的创新进展综述 总结了欧洲在辅助生殖技术、高通量单细胞RNA测序和合成胚胎模型方面的前沿贡献,揭示了胚胎发育中保守和物种特异性分子途径 实现可重复性和更稳健的植入模型方面仍存在挑战 综述欧洲在生殖生物学和胚胎学领域的研究进展及未来方向 人类和动物的胚胎发育、辅助生殖技术及合成胚胎模型 数字病理学 不孕症 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
6149 2026-05-28
Single-cell RNA sequencing reveals multiple pathways involving pulmonary immune and epithelial cells through which aryl hydrocarbon receptor activation attenuates acute respiratory distress syndrome
2026-Feb-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示芳烃受体激活通过多种途径减轻急性呼吸窘迫综合征的机制 首次利用单细胞RNA测序全面揭示芳烃受体激活在急性呼吸窘迫综合征中对多种肺免疫和上皮细胞类型的影响及其分子机制 仅在小鼠模型中验证,且使用强效配体TCDD,其临床转化性及潜在毒性需进一步评估 探究芳烃受体激活对脂多糖诱导的急性呼吸窘迫综合征小鼠模型的保护作用及细胞机制 脂多糖诱导的急性呼吸窘迫综合征小鼠模型中的肺组织细胞 单细胞组学 急性呼吸窘迫综合征 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 小鼠(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
6150 2026-05-28
SCALE: unsupervised multiscale domain identification in spatial omics data
2026-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 提出一种无监督多尺度空间域识别算法SCALE,用于空间组学数据中功能域的分层检测 首次将深度学习图表示学习与熵基搜索算法结合,实现无需预先指定尺度的空间域层次化识别 未明确提及局限性,但算法性能可能受数据稀疏性和组织类型差异影响 开发能够自动识别空间转录组数据中多尺度功能域的计算方法 模拟数据及小鼠脑组织(Xenium和MERFISH平台)与患者肾组织样本 计算生物学, 深度学习 NA 空间转录组学 图神经网络(GNN) 空间基因表达数据 模拟数据、小鼠脑组织及患者肾组织样本(具体数量未说明) NA 空间转录组学 Xenium, MERFISH Xenium平台和MERFISH平台用于小鼠脑组织空间转录组数据采集
6151 2026-05-27
Granulocyte heterogeneity in immune-mediated and inflammatory diseases: Insights from single-cell transcriptomic analyses
2026-May-26, International immunology IF:4.8Q2
综述 通过单细胞转录组分析揭示免疫介导和炎症性疾病中粒细胞异质性的最新进展与当前局限 利用单细胞RNA测序技术突破传统分类,定义基于转录组的粒细胞亚群,揭示多种疾病中粒细胞的异质性,并探讨临床相关生物标志物和靶向治疗策略的开发 疾病相关粒细胞群体在疾病病理生理学中的因果作用尚不明确,缺乏实验验证功能和临床适用的替代标志物 总结免疫介导和炎症性疾病中粒细胞异质性的研究进展与局限,讨论整合性单细胞方法如何支持临床生物标志物和靶向治疗策略的开发 粒细胞(中性粒细胞和嗜酸性粒细胞)及其在各种疾病中的异质性 单细胞转录组学 免疫介导和炎症性疾病(如微观多血管炎、COVID-19、败血症、心血管疾病、过敏性疾病) 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
6152 2026-05-27
Toward simultaneous pseudo-space reconstruction and cell-type deconvolution of single-cell spatial transcriptome using SpaDicer
2026-May-25, Cell reports methods IF:4.3Q2
科研论文 介绍SpaDicer,一个统一伪空间重建和细胞类型反卷积的单细胞空间转录组端到端深度学习框架 通过跨域特征解耦提取细胞身份和空间定位的域不变特征,并采用自适应损失加权策略协调多个目标任务 未明确提及局限性 桥接单细胞RNA测序和空间转录组之间的差距,同时实现单细胞伪空间重建和空间点位细胞类型反卷积 模拟数据集和五个真实人类组织样本 机器学习 不适用 空间转录组学,单细胞RNA测序 深度学习 基因表达数据,空间转录组数据 两个模拟数据集和五个真实人类组织样本 不适用 单细胞RNA测序,空间转录组学 不适用 不适用
6153 2026-05-27
CNet-Cox for interpretable network biomarker discovery and survival risk scoring in precise breast cancer prognosis
2026-May-25, NPJ digital medicine IF:12.4Q1
研究论文 提出CNet-Cox框架,一种结合先验网络连接性的正则化Cox比例风险模型,用于在乳腺癌预后中识别具有生物学可解释性的网络生物标志物并进行生存风险评分 将基因共定位关系整合到稀疏特征选择中,发现连接性预后模块,提高了生物标志物的可解释性和临床转化潜力 仅在乳腺癌数据集上验证,虽声称可扩展至其他疾病,但缺乏多疾病泛化性评估 开发一种疾病无关的网络感知生存模型,用于系统性发现连接生物标志物并实现可解释的风险预测 乳腺癌患者的基因表达数据,包括发现数据集(TCGA,n=1080)、内部测试数据集、7个独立批量转录组数据集(GEO,n=1602)和空间转录组数据集(Visium,4992个点) 机器学习和数字病理学 乳腺癌 批量RNA-seq、空间转录组学 Cox比例风险模型 基因表达数据 发现数据集1080个样本,内部测试数据集若干(未具体说明),7个独立数据集共1602个样本,空间转录组数据集4992个点 Illumina 批量RNA-seq、空间转录组学 Illumina NovaSeq、10x Visium TCGA样本的批量RNA-seq(平台未具体说明)、空间转录组学使用10x Visium平台
6154 2026-05-27
Integrating single-cell and bulk transcriptomic analyses to explore key lactylation-related genes in benign prostatic hyperplasia
2026-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 整合单细胞和批量转录组分析,探究良性前列腺增生中关键乳酸化相关基因 首次在单细胞分辨率下描绘良性前列腺增生中乳酸化相关基因的活性图谱,并识别出ANXA2和IFI27作为关键候选基因,揭示了ANXA2与代谢和炎症之间的潜在联系 基于公开数据集和体外细胞实验,缺乏体内验证和更大样本量的确认 探究蛋白质乳酸化在良性前列腺增生发病机制中的作用及相关分子特征 良性前列腺增生组织与正常前列腺组织的单细胞和批量转录组数据,以及BPH-1细胞系 生物信息学 良性前列腺增生 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA 基因表达数据 公开数据集,具体样本数未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
6155 2026-05-27
DNA demethylation of ANXA4 is associated with atrial fibrillation risk through myeloid immune mechanisms: evidence from Mendelian randomization and multi-omics analyses
2026-May-25, Clinical epigenetics IF:4.8Q1
研究论文 通过孟德尔随机化和多组学分析,发现ANXA4的DNA去甲基化通过髓系免疫机制与心房颤动风险相关 首次整合孟德尔随机化、DNA甲基化QTL、单细胞转录组学和机器学习,系统揭示ANXA4表观遗传调控在心房颤动发病中的免疫机制 结果主要基于欧洲人群,且mQTL分析的部分位点可能与ANXA4基因无关 探索ANXA4的表观遗传调控及其在心房颤动发病中的机制和诊断价值 心房颤动患者和窦性心律对照者(共130名参与者:77名房颤患者,53名窦性心律对照) 数字病理学 心血管疾病 NGS 机器学习模型 图像 130名参与者(77名房颤患者,53名窦性心律对照) Illumina bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq Illumina NovaSeq NA
6156 2026-05-27
Hallmarks of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer
2026-May-25, Molecular cancer IF:27.7Q1
综述 综述了癌症中上皮-间质可塑性的特征及其在肿瘤进化中的核心作用 提出上皮-间质可塑性是肿瘤进化的主要驱动因素,强调其超越传统二元局限制的中间表型谱,并整合代谢重编程、肿瘤微环境和先进模型(如双荧光报告系统、单细胞/空间转录组学)的协同作用 由于冗余性和可塑性,靶向上皮-间质可塑性的治疗面临挑战,且当前组合疗法仍需基于生物标志物和理性模型进一步优化 阐明上皮-间质可塑性在癌症可塑性、异质性和治疗耐药中的机制,为精准干预提供框架 癌症干细胞、肿瘤微环境、代谢通路、高级模型及治疗靶点 机器学习 癌症 单细胞转录组学、空间转录组学、双荧光报告系统、微流控肿瘤芯片、基因工程小鼠模型、生物发光成像、活体显微成像、机器学习、基于代理的建模 机器学习模型 转录组数据、空间数据、图像 不适用 不适用 单细胞转录组学、空间转录组学 不适用 不适用
6157 2026-05-27
Semaglutide targets the Isg15-FUNDC1 axis: suppressing IFN-β overactivation and attenuating blood-brain barrier injury in diabetic intracerebral hemorrhage
2026-May-25, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
research paper 本研究利用单细胞RNA测序技术,发现司美格鲁肽通过上调Isg15表达、稳定FUNDC1蛋白、改善线粒体自噬,从而抑制IFN-β过度激活并减轻糖尿病性脑出血后血脑屏障损伤 首次揭示Isg15-FUNDC1-线粒体自噬轴在糖尿病性脑出血后维持血脑屏障稳态中的保护作用,并发现司美格鲁肽通过非ISGylation依赖性方式稳定FUNDC1发挥保护功能 研究结果在雌性动物中的适用性尚需进一步验证 探讨Isg15缺乏在糖尿病性脑出血中线粒体自噬障碍和IFN-β失调中的作用,并评估GLP-1受体激动剂司美格鲁肽的治疗潜力 脑微血管内皮细胞(BMECs)、糖尿病患者并发症中的血脑屏障损伤 machine learning diabetic intracerebral hemorrhage single-cell RNA sequencing, 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 雄性大鼠模型、人脑微血管内皮细胞系hCMEC/D3 10x Genomics single-cell RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
6158 2026-05-27
PVNOXT regulates acinar cell-mediated inflammatory response via DMVACh projections to the acinar cell
2026-May-25, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
研究论文 本研究揭示了PVNOXT神经元通过DMVACh投射调控胰腺腺泡细胞介导的炎症反应 首次发现下丘脑室旁核中特定催产素神经元亚群通过迷走神经背运动核胆碱能神经元直接支配胰腺腺泡细胞,并鉴定Wdfy1基因在该神经环路中的关键作用 仅在小鼠模型中验证,尚需在人类中验证该神经环路的保守性 探究大脑与胰腺腺泡细胞之间的解剖和功能连接及其在急性胰腺炎中的作用 高甘油三酯血症相关的急性胰腺炎小鼠模型 机器学习 急性胰腺炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'试剂盒
6159 2026-05-27
Epithelial YPEL3 Modulates CD8+ T-Cell Infiltration and Tumor Progression Through CREB1-CXCL16 Signaling in HNSCC
2026-May-25, Cancer science IF:4.5Q1
研究论文 整合多组学数据揭示YPEL3通过CREB1-CXCL16信号轴调节头颈鳞癌中CD8阳性T细胞浸润与肿瘤进展 首次发现YPEL3在头颈鳞癌中作为肿瘤抑制因子,通过CREB1而非TFAP2C调控CXCL16表达,建立上皮分化状态与抗肿瘤免疫之间的分子联系 未提及 探究YPEL3在头颈鳞癌中的表达、预后价值及免疫调节机制 头颈鳞癌患者肿瘤组织及细胞系,包括上皮细胞和CD8阳性T细胞 机器学习,数字病理学 头颈鳞癌 转录组测序,DNA甲基化测序,单细胞RNA测序,功能实验 NA 转录组数据,DNA甲基化数据,单细胞RNA测序数据,临床病理数据 来自TCGA/GEO数据库的多中心HNSCC队列,具体样本量未提及 Illumina 单细胞RNA测序 Illumina NovaSeq 单细胞RNA测序使用10x Genomics平台,具体配置未详细说明
6160 2026-05-27
Enhancing cell type annotation for cancer transcriptomics using retrieval-augmented generation
2026-May-20, Cancer genetics IF:1.4Q4
研究论文 本研究开发了一种基于检索增强生成的框架,用于提高癌症转录组学中细胞类型注释的准确性和可重复性 提出混合词汇-语义信息检索与本体感知评估的集成方法,结合查询扩展、释义和轻量级重排序来优化语义相关性,并通过细胞本体论确保生物学有效性 未提及框架在除人类组织外的其他物种或大规模数据集上的性能,也未讨论计算资源需求 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的稳定性和可重复性 来自不同人类组织的九个公开单细胞RNA测序数据集 自然语言处理 癌症 单细胞RNA测序 检索增强生成模型 文本(单细胞基因表达数据及细胞注释结果) 9个人类组织单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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