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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6121 | 2026-05-28 |
Multi-omics interrogation identifies IRF4 as a causal transcription factor in monocytes that suppresses colorectal cancer progression by remodeling the immune microenvironment and inhibiting EMT
2026-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102816
PMID:42140033
|
研究论文 | 通过多组学分析,确定IRF4是单核细胞中抑制结直肠癌进展的因果转录因子,其机制涉及重塑免疫微环境和抑制上皮间质转化 | 首次整合单细胞RNA测序、批量转录组数据和孟德尔随机化分析,因果性地识别出单核细胞相关转录因子IRF4在结直肠癌中的关键作用,并通过空间转录组学和体外实验验证其免疫调节功能和预后意义 | 未提及具体局限性 | 阐明结直肠癌进展和免疫逃逸的细胞和分子机制,尤其是识别关键的细胞亚群和转录因子 | 单核细胞及转录因子IRF4在结直肠癌中的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,孟德尔随机化分析,空间转录组学,多重免疫去卷积算法,慢病毒介导的IRF4调控,流式细胞术,ELISA | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,免疫细胞浸润数据 | 单细胞RNA测序数据集GSE161277,批量转录组数据来自GEO和TCGA,未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 6122 | 2026-05-28 |
Multi-Omics profiling identify NNMT in tumor endothelium as a key regulator of CD8⁺ T cell exhaustion via the TGF signaling pathway
2026-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102809
PMID:42140035
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研究论文 | 通过多组学分析发现肿瘤内皮细胞中的NNMT通过TGF信号通路调控CD8⁺ T细胞耗竭 | 首次鉴定NNMT在肿瘤相关内皮细胞中特异性过表达,并通过TGF-β信号通路调控CD8⁺ T细胞耗竭,提出NNMT作为ccRCC治疗靶点 | 主要基于体外细胞系和公共数据库分析,缺乏体内动物模型验证 | 探究ccRCC中CD8⁺ T细胞耗竭的机制并识别潜在治疗靶点 | ccRCC肿瘤微环境中的内皮细胞和CD8⁺ T细胞 | 机器学习和数字病理学 | 肾透明细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 临床样本数据 | TCGA队列样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6123 | 2026-05-28 |
Multiomics reveals CCL3-driving neuronal sensitization in chronic pruritus of unknown origin
2026-Jun, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.620
PMID:41320115
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研究论文 | 通过多组学分析揭示CCL3驱动不明原因慢性瘙痒中神经元敏化的机制 | 首次利用单细胞RNA测序鉴定出CCL3作为不明原因慢性瘙痒的潜在诊断生物标志物,并阐明CCL3-CCR1轴在慢性瘙痒中的关键神经免疫通路 | CCL3在小鼠中不直接作为瘙痒原,其作用机制需进一步验证;研究中使用的慢性干皮瘙痒模型可能不能完全代表人类疾病 | 探究不明原因慢性瘙痒的潜在机制,寻找诊断生物标志物和治疗靶点 | 不明原因慢性瘙痒患者及健康对照者、小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | CNN | 基因表达数据 | 不明原因慢性瘙痒患者和健康对照者外周血单核细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 6124 | 2026-05-28 |
Skin fibroblasts in health and disease: From extracellular matrix remodeling to immune regulation
2026-Jun, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.12.002
PMID:41493297
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综述 | 回顾了皮肤成纤维细胞在健康和疾病中的功能,重点关注其从细胞外基质重塑到免疫调节的转变 | 将成纤维细胞重新定义为动态的免疫调节细胞,并利用单细胞和空间转录组学揭示其异质性和疾病特异性表型 | 关于皮肤成纤维细胞的谱系特性、功能可塑性和表型驱动基因调控网络仍存在知识空白 | 综合当前对皮肤成纤维细胞异质性、可塑性及其在炎症性皮肤病中多样功能的理解 | 皮肤成纤维细胞在自身免疫性、过敏性、纤维化和肿瘤性皮肤病中的功能 | 数字病理学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 用于单细胞和空间转录组学分析的平台 |
| 6125 | 2026-05-28 |
A human endometrium-on-chip platform for functional assessment of luminal epithelial receptivity
2026-May-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117349
PMID:42068548
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研究论文 | 建立人子宫内膜芯片模型,用于评估腔上皮细胞接收功能 | 首次构建可受控激素调控的人子宫内膜芯片模型,实现对患者来源腔上皮的囊胚附着定量测量,并揭示单细胞层面持续成熟轨迹与功能黏附的解耦关系 | 文章未明确提及局限性 | 探究子宫内膜腔上皮细胞在胚胎着床中的功能机制,挑战基于标记物的传统接收性定义 | 人子宫内膜腔上皮细胞和囊胚样结构 | 组织工程与微流控 | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | 芯片上器官模型 | 基因表达数据 | 患者来源腔上皮样本(具体数量未提及) | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |
| 6126 | 2026-05-28 |
HOXD11-NMDAR signaling drives neuroendocrine prostate cancer and enables potential therapeutic intervention as a target of memantine
2026-May-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117330
PMID:42126948
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析TRAMP小鼠的前列腺癌进展阶段,发现HOXD11-NMDAR信号驱动神经内分泌前列腺癌,并揭示美金刚作为潜在治疗干预手段 | 首次发现HOXD11作为神经内分泌转化的关键驱动因子,并揭示其通过激活FOXA2和NMDAR亚基的机制,同时提出美金刚作为NEPC候选治疗策略的临床前和初步临床证据 | 临床观察仅基于一名可评估患者,缺乏更大规模的临床验证 | 探究神经内分泌前列腺癌的驱动机制并寻找潜在治疗靶点 | TRAMP小鼠(从早期腺癌到晚期NEPC的病理阶段)以及人类NEPC样本 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | TRAMP小鼠跨病理阶段样本及一名化疗失败的NEPC患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 6127 | 2026-05-28 |
Cooperative response loops enhanced by histamine signaling during tumor-neutrophil crosstalk in pleural mesothelioma
2026-May-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117361
PMID:42139053
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和患者来源异种移植模型,揭示胸膜间皮瘤中肿瘤与中性粒细胞互作中组胺信号增强的协同反馈环 | 首次鉴定中性粒细胞来源的组胺作为肿瘤运动性和炎症信号的关键介质,揭示BAP1突变状态与中性粒细胞富集的临床关联,并建立可重现肿瘤内异质性的PDX模型 | 主要基于体外和PDX模型,临床验证尚不充分;组胺靶向干预的具体机制和转化潜力需进一步验证 | 阐明胸膜间皮瘤中中性粒细胞浸润的分子机制及可靶向通路 | 胸膜间皮瘤患者肿瘤组织、中性粒细胞及PDX模型 | 数字病理学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | 胸膜间皮瘤患者样本及匹配PDX模型(具体数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 6128 | 2026-05-28 |
Integrative analysis and experimental validation of dioxin-interacting genes reveal diagnostic and prognostic biomarkers in lung adenocarcinoma
2026-May-26, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02187-3
PMID:42189270
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研究论文 | 整合分析二恶英相互作用基因并实验验证其在肺腺癌中的诊断和预后生物标志物作用 | 首次通过外泌体-基因组整合分析,结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法,系统鉴定二恶英相关基因在肺腺癌中的诊断和预后标志物,并实验验证SLC15A2的肿瘤抑制功能 | 未说明 | 探索二恶英与肺腺癌的分子机制,鉴定诊断和预后生物标志物 | 肺腺癌患者的肿瘤组织和外周血样本 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 多个队列的肿瘤组织和外周血数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 6129 | 2026-05-28 |
NEFL⁺NEFM⁺ myeloid-reprogrammed cells promote ccRCC progression through CX3CL1-CX3CR1-mediated Tregs chemotaxis
2026-May-26, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05582-2
PMID:42189461
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研究论文 | 本研究揭示了肾透明细胞癌中NEFL⁺NEFM⁺髓系重编程细胞通过CX3CL1-CX3CR1轴招募调节性T细胞促进肿瘤进展的机制 | 首次鉴定出ccRCC中表达神经元结构基因NEFL和NEFM的髓系重编程细胞亚群,并阐明其通过CX3CL1-CX3CR1轴招募Tregs的免疫逃逸新机制 | 研究主要基于公共单细胞数据集和体外功能实验,缺乏体内动物模型验证及临床样本的多中心验证 | 探究ccRCC中肿瘤相关髓系细胞的重编程状态及其通过趋化因子信号促进免疫逃逸和肿瘤进展的机制 | 肾透明细胞癌中的NEFL⁺NEFM⁺神经元样髓系细胞及THP-1细胞模型 | 单细胞转录组学 | 肾透明细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公开的人类ccRCC单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6130 | 2026-05-28 |
Protocol for isolating cells from a single cryopreserved gastrointestinal endoscopic biopsy for single-cell RNA sequencing
2026-May-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104574
PMID:42166331
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protocol | 提出从单一冷冻保存的胃肠内镜活检组织中分离细胞用于单细胞RNA测序的实验方案 | 首次建立从冷冻保存的十二指肠和结肠标本中回收活性细胞的标准化流程,填补了新鲜肠道组织分离技术之外的方法空白 | 未明确说明该方案在不同组织类型或不同冷冻保存条件下的通用性验证 | 开发从冷冻保存胃肠内镜活检组织中分离活性细胞并应用于单细胞RNA测序的可靠方法 | 冷冻保存的十二指肠和结肠内镜活检组织样本 | 数字病理学 | 消化道疾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 单一冷冻保存的胃肠内镜活检组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Gel Bead-in-Emulsion (GEM) 生成和文库制备 |
| 6131 | 2026-05-28 |
Turkey oviduct epithelial organoids express region-associated markers and avian influenza virus receptors†
2026-05-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf274
PMID:41369270
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研究论文 | 利用火鸡输卵管上皮类器官研究禽流感病毒受体表达和区域特异性分子特征 | 首次建立火鸡生殖道的单细胞图谱,并验证输卵管上皮类器官保留区域相关分子身份和禽流感病毒受体表达,为体外模型研究提供基础 | 样本量有限(仅两只性成熟母鸡),且类器官模型未能完全覆盖所有输卵管区域 | 验证火鸡输卵管上皮类器官模型的可靠性,并建立生殖道单细胞图谱以支持禽流感病毒感染性研究 | 火鸡(Meleagris gallopavo)的输卵管上皮类器官和生殖道组织 | 数字病理学 | 禽流感 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序,免疫荧光染色 | 类器官(organoids) | 基因表达数据(scRNA-seq和bulk RNA-seq),图像数据(免疫荧光染色) | scRNA-seq来自两只性成熟母鸡的六个输卵管区域;bulk RNA-seq使用两份类器官样本;免疫荧光染色使用四份类器官样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 6132 | 2026-05-28 |
Altered immune and treatment response gene expression signatures among povertyexposed children with B-cell acute lymphoblastic leukemia
2026-May-07, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2025.289187
PMID:42095251
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析贫困暴露儿童B细胞急性淋巴细胞白血病中白血病母细胞及其微环境的转录特征,发现贫困暴露患者表现出类固醇耐药性转录信号及免疫反应改变 | 首次通过单细胞RNA测序揭示贫困暴露的B-ALL患儿在诊断时即存在类固醇耐药性转录信号,并观察到髓系细胞炎症信号上调及CD8+ T细胞效应信号下调 | NA | 探究贫困暴露对B细胞急性淋巴细胞白血病患儿治疗反应和免疫相关基因表达的影响机制 | 贫困暴露的标准风险B-ALL患儿的白血病母细胞及其微环境 | 数字病理学 | 儿童白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6133 | 2026-05-28 |
Single Cell RNA Transcriptomics of Mantle Cell Lymphoma Reveals the Presence of Treatment-Resistant Subclones at the Time of Diagnosis
2026-05, American journal of hematology
IF:10.1Q1
DOI:10.1002/ajh.70270
PMID:41802856
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研究论文 | 对套细胞淋巴瘤(MCL)进行单细胞RNA测序,揭示了诊断时即存在治疗耐药亚克隆,以及这些亚克隆在复发中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序证实MCL诊断时已存在治疗耐药亚克隆,并发现细胞周期控制通路的失调是患者间共享特征,同时发现惰性MCL(iMCL)的疾病进展可由空间限制性克隆进化驱动 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量较小(仅6对样本)及缺乏功能验证实验 | 研究套细胞淋巴瘤(MCL)早期复发背后的克隆动态机制,特别是治疗耐药亚克隆的起源和演化 | 套细胞淋巴瘤(MCL)患者的配对肿瘤样本(诊断时和首次复发时),包括一例SOX11阴性惰性MCL(iMCL)的骨髓、外周血和肠道样本 | 数字病理学 | 套细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6对(6名患者的诊断和首次复发配对样本),另加一例iMCL的骨髓、外周血和肠道样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 6134 | 2026-05-28 |
Systems Biology Identifies TARS2 as a Cardiomyocyte Regulator of Mitochondrial Oxidative Stress in Dilated Cardiomyopathy
2026-May, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2026.101535
PMID:42048853
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研究论文 | 通过系统生物学方法鉴定TARS2为扩张型心肌病中心肌细胞线粒体氧化应激的关键调控因子 | 首次通过整合批量、单细胞和空间转录组学与机器学习,鉴定TARS2为心肌细胞富集的线粒体氧化应激调控因子,并揭示其在扩张型心肌病中的病理作用 | 未提及具体局限性 | 阐明扩张型心肌病中线粒体氧化应激的分子驱动因子 | 扩张型心肌病患者心脏组织及心肌细胞 | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习 | 心血管疾病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 机器学习模型 | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学, Illumina NovaSeq批量RNA测序 |
| 6135 | 2026-05-28 |
Diverse high-fat diets drive multi-omic reprogramming that persists after dietary reversal
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.708620
PMID:41889866
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研究论文 | 本研究探讨了不同高脂饮食对宿主和肠道微生物组的多组学重编程影响,以及这些变化在饮食逆转后的持久性 | 首次系统揭示了高脂饮食来源、基线微生物组结构和饮食历史如何共同塑造宿主-微生物组相互作用,并发现饮食逆转后部分微生物和宿主基因表达的改变持续存在,形成“微生物组记忆”效应 | 研究仅在动物模型中进行,对人类影响的直接推断需谨慎;饮食逆转观察时间窗口有限,未能完全捕捉所有改变的恢复过程 | 定义高脂饮食中不同脂肪来源对宿主和微生物组的长期影响,并评估这些影响在饮食逆转后的可逆性 | 小鼠及肠道微生物组 | 数字病理学 | NA | 多组学技术,包括粪便宏基因组学、粪便代谢组学、血浆代谢组学、脂质组学和肠道单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据(宏基因组、代谢组、脂质组、单细胞转录组) | 小鼠多个队列,包括一年饲养和饮食逆转实验,具体样本量文中未明述 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于肠道单细胞RNA测序 |
| 6136 | 2026-05-28 |
The heterogeneity and sexual-dimorphism of human TCRαβ+CD4-CD8- double negative T cells
2026-Apr-18, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2026.04.008
PMID:42009279
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研究论文 | 通过单细胞转录组、TCR库和染色质可及性分析,揭示了人类外周血TCRαβ+CD4-CD8-双阴性T细胞的异质性和性别二态性 | 首次系统描绘了外周血双阴性T细胞的单细胞多组学特征,发现了其亚群在基因表达、转录调控、发育特征和性别异质性方面的差异,并揭示了这些亚群在溃疡性结肠炎和1型糖尿病中的变化 | 仅基于10个健康供体的样本,且未对功能机制进行深入验证 | 探究人类外周血TCRαβ+CD4-CD8-双阴性T细胞的分子和功能特征及其在疾病中的潜在作用 | 10名健康供体的外周血双阴性T细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎, 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 单细胞ATAC测序 | 未明确提及 | 单细胞转录组数据, TCR库数据, 染色质可及性数据 | 10名健康供体的外周血样本,以及公开数据中的溃疡性结肠炎和1型糖尿病患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 和单细胞ATAC测序平台 |
| 6137 | 2026-05-28 |
RTCB is essential for early mouse embryogenesis
2026-04-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioag008
PMID:41524728
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研究论文 | 通过条件性敲除小鼠模型,发现RTCB对早期小鼠胚胎发生至关重要,其缺失导致原肠胚形成失败 | 首次揭示RTCB在小鼠胚胎原肠胚形成中的关键作用,并提出了YY1-RTCB-NUSAP1调控轴 | 研究主要基于小鼠模型,人类胚胎中相关机制的验证仍需进一步实验 | 探索RTCB在哺乳动物生殖和早期胚胎发育中的功能 | 小鼠胚胎组织和NIH 3T3细胞 | 机器学习 | NA | 条件性基因敲除、组织学分析、免疫组化、定量PCR、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠胚胎样本(E3.5至E7.5)及NIH 3T3细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6138 | 2026-05-28 |
Characterization and regulatory mechanism evaluation of C8orf33 in hepatocellular carcinoma through multiomics profiling
2026-Apr-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04951-z
PMID:41965457
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研究论文 | 通过多组学分析表征C8orf33在肝细胞癌中的表达谱及其调控机制 | 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学多组学方法,全面解析C8orf33在肝细胞癌中的表达景观及其与巨噬细胞免疫调节的潜在联系 | 仅使用Huh7细胞系进行功能验证,缺乏其他细胞系及体内模型的深入验证 | 探究C8orf33在肝细胞癌中的生物学功能及调控机制 | C8orf33基因及其在肝细胞癌中的表达与功能 | 计算机视觉 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 多个癌症样本(具体数量未说明)及肝细胞癌细胞系Huh7 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 6139 | 2026-04-11 |
Single-cell and spatial transcriptomics analyses reveal tumor microenvironment-driven proliferation of NF2-associated vestibular schwannomas
2026-Apr-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03799-y
PMID:41957607
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6140 | 2026-05-28 |
Integrating single-cell transcriptomics and epigenetics in a multi-omics MR framework identifies PARK7 as a causal gene in streptococcal septicemia
2026-Apr-05, Epigenetics & chromatin
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s13072-026-00673-2
PMID:41937214
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