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当前共找到 9342 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 41 | 2026-09-24 |
Dissecting and directing pathology foundation models
2026-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.12.731496
PMID:42367854
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研究论文 | 该文章提出了PICASSO框架，利用稀疏自编码器将病理基础模型的嵌入分解为人类可解释的视觉概念，构建了首个泛癌组织形态学概念图谱，实现了基础模型的可解释性与可控性 | 首次构建了跨32种癌症类型、超过1.2亿组织切片的泛癌组织形态学概念图谱；利用稀疏自编码器将病理基础模型嵌入分解为人类可解释的视觉概念；发现了EGFR突变肺腺癌中此前未被识别的鞋钉样上皮形态学生物标志物；将形态学概念与空间转录组学关联，揭示形态模式与基因表达程序的联系；实现了对技术伪影相关概念的抑制以及反事实嵌入的生成 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 使病理基础模型变得可解释和可控，将病理基础模型转化为机制洞察和科学发现的平台 | 病理基础模型的嵌入表示、32种癌症类型的组织切片、肺腺癌EGFR突变相关形态学特征 | 数字病理学 | 肺癌 | NA | 基础模型, 稀疏自编码器 | 图像 | 超过1.2亿个组织切片，涵盖32种癌症类型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 42 | 2026-09-24 |
A dish-to-biobank framework links β-cell nutrient-stress programs to genetic and dietary risk for Type 2 Diabetes
2026-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.12.731989
PMID:42367913
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研究论文 | 该研究建立了一个从培养皿到生物样本库的框架，将受控的β细胞扰动与群体规模的疾病遗传学联系起来，并应用于2型糖尿病研究 | 开发了一个从培养皿到生物样本库的框架，通过循环血浆蛋白质组将受控的β细胞扰动与群体规模的疾病遗传学联系起来；发现糖脂毒性是引发SC-β细胞转录反应最强的条件，且糖脂毒性上调基因独特地富集了T2D遗传力、单基因糖尿病基因和罕见变异负荷信号；利用血浆蛋白质组作为可及的人群规模读出，对45,956名UK Biobank参与者进行评分，定义了可遗传的应激特征 | 研究主要基于UK Biobank白人英国参与者，可能限制结论在其他种族和人群中的普适性；血浆蛋白质组作为读出可能无法完全捕捉β细胞内的分子变化 | 探究遗传易感性和慢性代谢应激是否汇聚于人类群体中共享的分子程序，并建立一个将受控细胞扰动与人群规模人类疾病遗传学联系起来的通用框架 | 人类干细胞衍生的胰岛细胞（SC-β细胞）、UK Biobank中的45,956名白人英国参与者 | 机器学习, 数字病理学 | 2型糖尿病 | scRNA-seq, CRISPR敲除, 血浆蛋白质组学 | NA | 图像, 文本 | 45,956名UK Biobank白人英国参与者，以及人类干细胞衍生的胰岛细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 血浆蛋白质组学 | NA | NA |
| 43 | 2026-09-24 |
Adiposity-Associated Monocyte Costimulatory Programming in Rheumatoid Arthritis Identified by Single-Cell Transcriptomics
2026-Jun-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.06.09.26355275
PMID:42326774
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学分析了31名供者（16名RA患者和15名非RA对照）的循环单核细胞，发现肥胖与RA中单核细胞T细胞共刺激通路的富集增加相关 | 首次在单细胞水平上揭示肥胖与RA中单核细胞共刺激编程之间的关联，发现BMI升高与RA患者单核细胞T细胞共刺激通路富集增加相关，而在非RA对照中不存在此关联 | 样本量相对较小（31名供者），未明确说明单核细胞亚群的具体功能验证实验，且为观察性关联研究，无法确定因果关系 | 探究肥胖是否增强RA中单核细胞的共刺激编程，从而促进适应性免疫激活 | 31名供者的纯化循环单核细胞（16名符合2010 ACR/EULAR分类标准的RA患者和15名非RA对照），共约135,599个单核细胞 | 单细胞转录组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 31名供者（16名RA患者和15名非RA对照），约135,599个单核细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics Flex | 10x Genomics Flex平台进行单细胞RNA测序 |
| 44 | 2026-09-24 |
Single-cell transcriptomics reveals differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and 2D-cultured trophoblast stem cells
2026-Jun-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10460-0
PMID:42270938
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组测序揭示了早孕期胎盘绒毛膜板与基底板细胞滋养层细胞之间的差异，并将其与二维培养的滋养层干细胞进行比较 | 首次在单细胞水平上比较了早孕期胎盘基底板和绒毛膜板的细胞滋养层细胞，并揭示了滋养层干细胞最接近ITGA5+近端柱滋养层细胞，偏向EVT谱系 | 研究主要基于体外培养的滋养层干细胞系，可能无法完全反映体内滋养层细胞的真实状态；样本量相对有限 | 探究早孕期胎盘不同区域细胞滋养层细胞的转录多样性，并比较其与滋养层干细胞的差异 | 早孕期（6-8周和12-14周）胎盘绒毛组织中的细胞滋养层细胞以及体外培养的滋养层干细胞系 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 早期（6-8周）和晚期（12-14周）早孕期胎盘样本，3个滋养层干细胞系，6个不同滋养层干细胞系用于流式验证 | 10x Genomics, NanoString | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, GeoMx | NA |
| 45 | 2026-09-24 |
Identification of Estrogen-Related Biomarkers in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease Through Machine Learning and Single-Cell Analysis
2026-Jun-10, Clinical and translational gastroenterology
IF:3.0Q2
DOI:10.14309/ctg.0000000000001059
PMID:42269031
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研究论文 | 该研究通过整合生物信息学、机器学习和单细胞RNA测序分析，识别了代谢功能障碍相关脂肪性肝病中与雌激素相关的生物标志物IGFBP2和P4HA1，并探讨了其与免疫浸润和分子亚型的关系 | 首次结合多队列转录组数据、机器学习算法和单细胞RNA测序，系统识别了MASLD中雌激素相关的诊断生物标志物IGFBP2和P4HA1，并揭示了其与免疫微环境和分子亚型的关联，构建了ceRNA调控网络 | 研究主要基于公共转录组数据的生物信息学分析，缺乏大规模组织水平和蛋白质水平的实验验证，外周血中生物标志物的可检测性仅为初步探索 | 识别代谢功能障碍相关脂肪性肝病中与雌激素相关的生物标志物，并探索其在疾病风险分层和治疗中的潜在应用 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病患者与对照者的肝脏转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 机器学习 | LASSO回归, XGBoost | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 6个公共转录组数据集（5个训练集，1个验证集）和1个人类肝脏单细胞RNA测序数据集 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2026-09-24 |
Deep learning based individualized cross-platform molecular subtype classification of B-lineage acute lymphoblastic leukemia
2026-Jun-10, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01556-1
PMID:42265190
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研究论文 | 开发了一个基于深度学习的跨平台B-ALL分子亚型分类框架BALL6，并提供了网页工具 | 利用排序转换后的基因表达值训练循环神经网络，并引入基于排序的数据增强框架，实现对缺失值的鲁棒性和跨平台应用 | 摘要中未提及 | 实现B细胞急性淋巴细胞白血病分子亚型的跨平台分类 | B细胞急性淋巴细胞白血病患者样本 | 机器学习, 数字病理学 | 白血病 | 深度学习, 基因表达分析, 单细胞RNA测序 | 循环神经网络 | 基因表达数据, 图像（如果网页工具包含图像？但根据摘要，可能是表达数据） | 摘要中未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2026-09-24 |
P-STAT3-dependent SPP1 transcription in cholangiocytes drives hepatic stellate cells activation in congenital hepatic fibrosis
2026-Jun-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10476-6
PMID:42265280
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了先天性肝纤维化中胆管细胞通过p-STAT3依赖的SPP1转录激活肝星状细胞，从而驱动肝纤维化的机制 | 首次发现PKHD1缺陷导致胆管细胞中SPP1上调，并通过SPP1-integrin α8β1轴与肝星状细胞通讯；证实p-STAT3是SPP1的直接转录激活因子；利用AAV8介导的胆管细胞特异性Spp1敲低可减轻肝纤维化 | 研究主要基于单个CHF患者样本和Pkhd1敲除小鼠模型，样本量较小；未在更多患者队列中验证SPP1-p-STAT3轴的普遍性；AAV8靶向治疗的安全性和有效性需进一步评估 | 探究先天性肝纤维化中胆管细胞与肝星状细胞之间的细胞间通讯机制，并寻找潜在治疗靶点 | 携带复合杂合PKHD1突变的先天性肝纤维化患者及CRISPR-Cas9生成的Pkhd1敲除小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 先天性肝纤维化 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑, 免疫共沉淀, 荧光素酶报告基因检测, 共培养实验, AAV8介导的基因敲低 | Pkhd1敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 图像, 文本 | 1例先天性肝纤维化患者和Pkhd1敲除小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 48 | 2026-09-24 |
A transient epithelial plasticity state defines the developmental window for uterine gland specification
2026-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.03.729801
PMID:42282591
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研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学与类器官培养、谱系追踪及遗传和激素扰动模型，定义产后子宫上皮分化和腺体命运特化的机制 | 识别了一个发育受限的上皮可塑性状态，该状态先于腔上皮和腺上皮谱系分离，并揭示了ESR1获得、视黄酸信号和FOXA2依赖性腺体分化共同限制这一瞬时状态 | 摘要未明确说明研究的局限性 | 阐明调控产后子宫上皮分化和腺体命运特化的上皮细胞状态和信号相互作用机制 | 产后子宫上皮细胞、子宫腺体发育过程 | 单细胞转录组学、空间转录组学、发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序、空间转录组学、类器官培养、谱系追踪、遗传和激素扰动 | NA | 转录组数据、空间转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 49 | 2026-09-24 |
Galectin and Myc enable cochlear progenitor expansion in vitro and in vivo
2026-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.03.729765
PMID:42282633
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学分析小鼠耳蜗大上皮嵴细胞来源的类器官，发现半乳糖凝集素-1和Myc是类器官生长的必要且充分条件，Myc过表达可延长再生能力时间窗口，体内实验证实半乳糖凝集素-1上调驱动细胞增殖 | 首次揭示半乳糖凝集素-1和Myc在耳蜗祖细胞扩增中的必要且充分作用，并证明Myc过表达可在听力发生后延长再生能力时间窗口，建立了重新激活成熟耳蜗细胞增殖潜能的模型 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类耳蜗细胞中验证；半乳糖凝集素-1和Myc的具体下游信号通路机制未完全阐明；体内实验仅涉及器官Corti消融模型，未评估其他损伤类型 | 探究新生儿耳蜗上皮再生能力的分子机制，寻找能够扩增耳蜗祖细胞并重新激活成熟耳蜗细胞增殖潜能的关键因子 | 小鼠耳蜗大上皮嵴细胞、新生儿及产后耳蜗上皮细胞、耳蜗类器官 | 单细胞转录组学、再生医学 | 听力损失、耳聋 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 50 | 2026-09-24 |
Autoantibodies Drive Fcγ Receptor-Dependent Colon Inflammation During Immune Checkpoint Blockade
2026-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.03.729692
PMID:42282671
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研究论文 | 本研究表明内源性自身抗体可通过Fcγ受体依赖途径促进免疫检查点抑制剂相关结肠炎，并揭示了涉及的炎症细胞网络 | 首次证明内源性自身抗体通过Fcγ受体依赖途径驱动ICI相关结肠炎，并利用单细胞RNA测序鉴定了IgG调控的炎症网络，包括IFNγ产生的ILC1、Th1和细胞毒性T细胞、IL-1β+ M1巨噬细胞、浆细胞/浆母细胞以及IL-22产生的ILC3-LTi细胞，同时通过患者血清自身抗体分析发现CCR5和CXCR4为候选免疫相关靶点 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究免疫检查点抑制剂治疗中自身抗体驱动结肠炎的机制，特别是Fcγ受体依赖途径的作用 | 接受派姆单抗、纳武单抗或伊匹单抗治疗的黑色素瘤患者（伴或不伴严重结肠炎）的IgG，以及野生型或人源化FcγR小鼠 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2026-09-24 |
Atlas-Level Single-Cell and Spatial Transcriptomics Data Integration via PRIME
2026-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.20.726698
PMID:42239079
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研究论文 | 该文章提出了PRIME（基于投影的流形嵌入鲁棒整合）框架，通过集成随机投影共识锚定、图拉普拉斯校正和可选的时空邻域正则化，实现图谱级别的单细胞RNA测序和空间转录组学数据整合 | 1. 提出集成整合框架PRIME，结合随机投影共识锚定、图拉普拉斯校正和可选的空间邻域正则化；2. 通过多次随机投影的共识投票机制，仅保留重复匹配的细胞对，减少投影特异性扭曲导致的假锚点；3. 将表达锚定图与坐标衍生的空间邻域图耦合在统一的图拉普拉斯目标函数中，具有闭式解，可同时实现跨批次对齐和局部空间一致性；4. 能够处理数百万细胞规模的图谱级整合，同时保留细微生物学变异 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决图谱级别单细胞RNA测序和空间转录组学数据整合中存在的异质性和层次嵌套批次效应问题，在保持细微生物学变异的同时实现稳健的计算整合 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据，包括人类造血数据集（8个供体，约33,000个细胞）、背外侧前额叶皮层空间转录组学切片、包含超过100万细胞的扰动图谱 | 机器学习, 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间坐标数据 | 人类造血数据集8个供体约33,000个细胞；扰动图谱超过100万细胞；多个背外侧前额叶皮层空间转录组学切片 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 52 | 2026-09-24 |
Transcriptomic characters of cochlear vascular cells with pericyte-driven angiogenetic activity
2026-06-04, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-026-10060-w
PMID:42240743
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序技术，对成年小鼠耳蜗的内皮细胞和周细胞进行了转录组分析，揭示了耳蜗血管系统的分子特征，并发现周细胞具有驱动血管新生的潜力 | 首次定义了耳蜗血管系统的分子特征，发现了两种周细胞亚型（Type 1和Type 2），并首次证明周细胞在出芽过程中可表现出尖端相关的表型可塑性，且NG2/PECAM-1在出芽前沿存在重叠 | 研究基于小鼠模型，结果是否适用于人类耳蜗尚需验证；体外外植体模型可能无法完全反映体内复杂的血管微环境 | 探索耳蜗血管系统的遗传和分子特征，特别是内皮细胞和周细胞在血管新生中的作用 | 成年小鼠耳蜗中的内皮细胞和周细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2026-09-24 |
Spatial Gene Set Enrichment Analysis with Applications to Spatially Resolved Transcriptomic Data
2026-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.01.729158
PMID:42282725
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研究论文 | 本文提出了一种名为spaGSE的贝叶斯层次模型，用于空间通路的基因集富集分析，通过整合空间表达分析的基因级统计量与预定义基因集注释，识别具有空间组织模式的生物学通路 | 首次将空间依赖性纳入基因集富集分析，提出贝叶斯层次模型spaGSE，通过高斯混合框架建模潜在空间可变基因信号，并利用逻辑回归将空间变异与基因集成员关系关联，同时在富集系数上施加spike-and-slab先验以实现稳健且可解释的推断 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 克服现有基因集富集分析方法忽略空间依赖性的局限，提高检测空间组织通路的功效并增强通路层面发现的可解释性 | 空间分辨转录组数据，包括四个公开的SRT数据集，涵盖癌症和发育组织 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间分辨转录组学 | 贝叶斯层次模型、高斯混合模型、逻辑回归 | 空间基因表达数据 | 四个公开的空间分辨转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2026-09-24 |
The HuBMAP Framework for Advancing Data FAIRness
2026-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.01.728946
PMID:42282748
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研究论文 | 本文介绍了HuBMAP联盟为推进数据FAIR原则而开发的元数据报告标准和端到端工作流程 | 在超过40个机构的10000多个数据集和50多种检测类型中实施了一套标准化、社区认可的元数据报告标准，并开发了支持技术以确保合规性 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 实现实验数据的可查找、可访问、可互操作和可重用（FAIR原则） | HuBMAP联盟产生的跨机构、跨检测类型的科学数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术、2D和3D空间组学 | NA | 图像、文本 | 超过10000个数据集，来自超过40个机构，涵盖超过50种检测类型 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2026-09-24 |
Scalable in vivo cardiac functional genomics with compressed AAV-Perturb-seq reveals a common mitochondrial response to perturbation
2026-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.01.729445
PMID:42282780
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研究论文 | 通过压缩AAV-Perturb-seq在体进行心脏功能基因组学筛选，揭示了线粒体转录组对基因扰动的共同响应 | 将AAV递送的Perturb-seq与压缩Perturb-seq统计框架结合，实现可扩展的在体高通量细胞自主功能基因组学筛选；发现线粒体转录组变化是基因扰动的共同响应 | 摘要未明确提及研究局限性 | 开发可扩展的在体功能基因组学平台，以识别人类疾病治疗靶点 | 585个基因敲除对心肌细胞转录组的影响 | 功能基因组学 | NA | Perturb-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 585个基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2026-09-24 |
BTK inhibition enhances immunovirotherapy in glioblastoma via tertiary lymphoid structure modulation
2026-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.01.729275
PMID:42282778
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研究论文 | 本研究发现BTK主要表达于GBM浸润性髓系细胞中，oHSV瘤内注射激活这些细胞中的BTK从而限制病毒复制，BTK抑制剂伊布替尼联合oHSV可提高抗肿瘤疗效，其机制涉及促进三级淋巴结构形成和重塑免疫细胞群 | 首次揭示BTK在GBM浸润性髓系细胞中高表达并被oHSV激活从而限制病毒感染的机制，提出BTK抑制联合oHSV及IDO抑制的三联治疗策略，并发现该组合治疗通过促进肿瘤浸润性三级淋巴结构（TLS）形成来重塑免疫微环境 | 研究主要基于GBM12异种移植和GSC005同基因小鼠模型，尚需进一步临床验证；scRNA-seq分析虽揭示了信号通路变化，但TLS形成的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究BTK抑制能否增强溶瘤单纯疱疹病毒（oHSV）对胶质母细胞瘤的免疫病毒治疗效果及其作用机制 | 胶质母细胞瘤（GBM），包括人GBM12异种移植模型和同基因小鼠GSC005模型 | digital pathology | 脑胶质瘤 | 溶瘤病毒治疗，单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | NA | 文本，图像 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 57 | 2026-09-24 |
Single-Cell Transcriptomic Mapping of PD-L1/TLR4 Remodeling Informs Topical Immunoprevention Timing in Skin Carcinogenesis
2026-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.01.729458
PMID:42282577
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研究论文 | 通过对同一个体的日光保护、日光损伤和光化性角化病活检组织以及独立皮肤鳞状细胞癌病例进行单细胞RNA测序，揭示PD-L1/TLR4在皮肤癌变中的重塑规律，为局部免疫预防时机提供依据 | 首次在单细胞水平上对同一个体的SP、SD和AK匹配活检组织进行转录组图谱分析，揭示了免疫检查点和先天炎症信号在组织学确诊不典型增生之前即已可检测；通过模糊c均值轨迹聚类识别了多种细胞类型特异性程序，阐明了树突状细胞、巨噬细胞和T细胞在cSCC发展中的动态变化 | 摘要中未明确提及研究局限性，但样本量相对有限，且研究主要基于转录组数据，缺乏功能验证实验 | 确定PD-L1/PD-1和TLR4轴局部免疫预防策略在人类皮肤癌变中的最佳干预时机 | 日光保护皮肤、日光损伤皮肤、光化性角化病活检组织及独立皮肤鳞状细胞癌病例 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | 模糊c均值轨迹聚类 | 图像, 文本 | 来自同一个体的匹配SP、SD和AK活检组织，以及独立的cSCC病例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-09-24 |
HyperNiche: Learning Heterophilic Cellular Niches with Hypergraph Neural Networks
2026-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.30.728986
PMID:42282514
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研究论文 | 提出基于超图神经网络的HyperNiche框架，用于从空间转录组数据中建模高阶异质性细胞生态位 | 通过兼容性驱动机制学习以锚点为中心的超边，同时捕捉细胞间的同质性和异质性关系；将节点角色解耦为锚点和成员表示，并将空间几何信息整合到超边构建中，能够发现跨越多种细胞类型的多细胞生态位 | 仅在乳腺癌和肺癌组织微阵列的高多重Xenium空间转录组数据集上进行了评估，未在其他组织类型或空间转录组平台上验证 | 从空间转录组数据中建模高阶、异质性细胞生态位，以理解复杂空间组织结构 | 乳腺癌和肺癌组织微阵列中的细胞生态位 | 数字病理学 | 乳腺癌, 肺癌 | 空间转录组学 | 超图神经网络 | 图像, 空间转录组数据 | 乳腺癌和肺癌组织微阵列样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 高多重Xenium空间转录组分析 |
| 59 | 2026-09-24 |
Spatiotemporal cell type deconvolution leveraging tissue structure
2026-Jun-02, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9589852/v1
PMID:42282003
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研究论文 | 提出SpaDecoder，一种利用3D组织结构的时空细胞类型解卷积方法，用于多个相邻空间或时间ST切片 | 首次利用3D组织结构进行解卷积；使用单个scRNA-seq图谱而非细胞类型聚合；采用矩阵分解目标、切片对齐、逐点时空邻域推断和3D高斯核权重 | 摘要中未明确提及 | 估计每个空间点中每种细胞类型的比例，并利用3D组织结构提高解卷积准确性 | 基于空间转录组学的组织切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 矩阵分解 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2026-09-24 |
RAD: A Read-structure Agnostic Demultiplexer for Single-Cell Long-Read Sequencing and Analysis
2026-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.29.728810
PMID:42282734
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研究论文 | 本文提出了一种名为RAD的错误鲁棒且与读段结构无关的解复用器，用于单细胞长读长测序数据分析 | RAD能够处理复杂的读段结构，如分裂组合条形码，并实现了高效的条形码校正策略，在保持精度的同时实现了更高的灵敏度和速度 | 未在摘要中明确说明 | 解决单细胞长读长测序中高错误率导致的计算挑战，实现细胞条形码的准确提取和校正 | 单细胞长读长测序数据，包括高清晰度长读长空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞长读长测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞长读长测序 | NA | NA |