单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202601-202612] [清除筛选条件]
当前共找到 1772 篇文献,本页显示第 41 - 60 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2026-02-12
Single-cell disentangled representations for perturbation modeling and treatment effect estimation
2026-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了一个名为scDRP的生成框架,利用解耦表示学习来分离单细胞扰动数据中扰动依赖和扰动无关的潜在变量,以估计个体化处理效应和推断反事实状态 提出了一个具有渐近正确性保证的解耦表示学习生成框架,通过稀疏正则化的β-VAE分离潜在变量,并基于分位数保持效应假设在潜在空间中进行条件最优传输来推断反事实 方法依赖于扰动在给定混杂因子条件下具有分位数保持效应的假设,这可能不适用于所有生物扰动场景 从单细胞扰动数据中提取异质性因果关系,以更深入地理解细胞和分子机制 单细胞扰动数据,包括模拟数据和真实数据(如鼻病毒暴露、香烟烟雾提取物暴露、干扰素刺激、CRISPR基因敲除等实验) 机器学习 慢性髓系白血病 单细胞测序 β-VAE(变分自编码器),生成模型,条件最优传输 单细胞基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
42 2026-02-12
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2026-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为JADE的统一计算框架,用于多切片空间转录组数据的联合对齐与深度嵌入分析 首次提出在共享潜在空间中联合优化空间对齐与表征学习的循环框架,通过注意力机制动态评估嵌入维度重要性 未明确说明方法对极高噪声或严重形变数据的鲁棒性,也未讨论计算复杂度与大规模数据集的可扩展性限制 开发多切片空间转录组数据的联合分析方法,以重建组织结构并识别一致的空间基因表达模式 空间转录组数据切片(包括相邻或重复切片) 空间转录组学 NA 空间转录组测序 深度学习框架(含注意力机制) 空间基因表达数据 使用10x Visium人背外侧前额叶皮层数据集和Stereo-seq蝾螈脑数据集进行验证 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组平台(用于人背外侧前额叶皮层数据集)
43 2026-02-12
Inflammatory cytokines mediate thoracic aortic aneurysm formation via plasma metabolites: A two-step Mendelian randomization and single cell sequencing-based investigation
2026-Feb-06, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 本研究通过孟德尔随机化和单细胞测序分析,揭示了炎症细胞因子通过血浆代谢物介导胸主动脉瘤形成的因果关联 首次结合双向两样本孟德尔随机化、两步孟德尔随机化中介分析和单细胞测序技术,系统性地研究了炎症细胞因子、血浆代谢物与胸主动脉瘤风险之间的因果关系及潜在机制 研究结果需要在更多样化的人群中进行验证,且中介分析的机制有待进一步实验阐明 阐明炎症细胞因子、血浆代谢物与胸主动脉瘤风险之间的潜在因果关联及作用机制 炎症细胞因子、血浆代谢物、胸主动脉瘤 生物信息学 心血管疾病 孟德尔随机化分析,单细胞测序 逆方差加权法 基因组关联研究数据,单细胞测序数据 炎症细胞因子数据涉及14,824人,血浆代谢物数据涉及8,299人,胸主动脉瘤数据涉及385,857人 NA 单细胞测序 NA NA
44 2026-02-12
Identification and genetic validation of potential therapeutic targets for pulmonary hypertension through multi-omics causal inference
2026-Feb-06, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 本研究采用多组学因果推断方法,系统识别了与肺动脉高压(PH)存在因果关系的循环蛋白,为药物开发提供了遗传学验证的候选靶点 首次将全蛋白质组孟德尔随机化(MR)方法应用于PH研究,整合大规模血浆蛋白质组数量性状位点(pQTL)数据和PH全基因组关联研究(GWAS)数据,并通过多层分析流程(蛋白质组MR、转录组MR、基于汇总数据的MR)和严格的贝叶斯共定位分析进行验证 研究依赖于已公开的汇总统计数据,无法直接验证蛋白质水平与PH表型之间的直接因果关系;样本量(2047例病例,8301例对照)虽较大,但对于某些罕见变异可能仍不足;功能机制验证主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 通过多组学因果推断识别和遗传验证肺动脉高压的潜在治疗靶点 循环蛋白(4148种蛋白质)与肺动脉高压(PH)之间的因果关系 生物信息学 肺动脉高压 孟德尔随机化(MR)、全基因组关联研究(GWAS)、血浆蛋白质组数量性状位点(pQTL)分析、单细胞转录组学、表型组范围关联研究 孟德尔随机化模型、贝叶斯共定位分析 基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据 2047例PH病例,8301例对照 NA 全基因组关联研究(GWAS)、血浆蛋白质组学、单细胞转录组学 NA NA
45 2026-02-12
The Sixth Annual Symposium of the Midwest Aging Consortium
2026-Feb-05, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences
会议记录 本文记录了2025年4月在梅奥诊所举行的中西部老龄化联盟第六届年度研讨会,重点展示了老龄化研究中的跨学科合作、关键机制探索及前沿方法应用 强调区域合作平台(MAC)在促进老龄化研究转化方面的持续影响力,并集中展示单细胞转录组学、空间转录组学等前沿方法在组织特异性衰老研究中的应用 NA 促进老龄化研究的跨学科合作与临床转化 老龄化研究人员(包括学员和早期职业研究者)及其研究成果 NA 老年疾病 单细胞转录组学、空间转录组学、代谢组学、类器官培养 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
46 2026-02-12
Safety, immunogenicity, and baseline immune correlates of vaccine JNJ-0535 in participants with or without CHB
2026-Feb-05, NPJ vaccines IF:6.9Q1
研究论文 本研究评估了通过电穿孔肌肉注射给药的HBV特异性治疗性DNA疫苗JNJ-0535在健康志愿者和慢性乙型肝炎患者中的安全性、耐受性和免疫原性,并探索了与疫苗反应相关的免疫相关生物标志物 首次在CHB患者中评估了JNJ-0535疫苗,并采用单细胞RNA测序和血清蛋白质组学探索了疫苗反应的免疫相关生物标志物 研究样本量较小,发现的生物标志物差异需要未来更大规模的研究进一步确认 评估JNJ-0535疫苗的安全性和免疫原性,并探索与疫苗反应相关的免疫生物标志物 健康志愿者和慢性乙型肝炎患者 NA 慢性乙型肝炎 单细胞RNA测序, 血清蛋白质组学, ELISpot, 细胞内细胞因子染色 NA 基因表达数据, 蛋白质组数据, 免疫反应数据 涉及两项临床试验的参与者,具体人数未明确说明 Olink 单细胞RNA-seq, 血清蛋白质组学 Olink Explore 3072 Olink Explore 3072蛋白质组学分析平台
47 2026-02-12
Multi-omics reveals that CTHRC1 secreted by cancer-associated fibroblasts promotes EMT by ITGA5/PI3K/AKT signaling pathway in HNSCC
2026-Feb-05, Cellular signalling IF:4.4Q2
研究论文 本研究通过多组学分析揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的CTHRC1通过ITGA5/PI3K/AKT信号通路促进头颈鳞状细胞癌的上皮-间质转化和血管生成 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,系统解析了HNSCC肿瘤微环境中CTHRC1+ CAFs亚群的异质性、空间分布特征及其通过ITGA5/PI3K/AKT轴促进肿瘤进展的分子机制 研究主要基于体外和体内功能实验验证机制,缺乏大规模临床队列验证CTHRC1作为治疗靶点的有效性 阐明癌症相关成纤维细胞在头颈鳞状细胞癌肿瘤微环境中的关键功能分子及其促癌机制 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)的肿瘤微环境,特别是癌症相关成纤维细胞(CAFs)和肿瘤细胞 单细胞组学与空间转录组学 头颈鳞状细胞癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学(ST),生物信息学分析,体外功能实验,体内动物实验 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据,TCGA和GEO队列的批量转录组数据 基于TCGA和多个GEO队列的临床样本,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
48 2026-02-12
Atlas-guided discovery of transcription factors for T cell programming
2026-Feb-04, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究通过整合转录组和表观遗传数据构建了CD8 T细胞状态的综合图谱,并利用CRISPR筛选与单细胞RNA测序技术,揭示了调控T细胞分化的关键转录因子 构建了首个整合多组学数据的CD8 T细胞状态图谱,并利用体内Perturb-seq技术系统鉴定出调控T细胞分化的新转录因子,如ZSCAN20和JDP2 研究主要基于小鼠模型,人类T细胞验证数据有限;平台尚未应用于其他免疫细胞类型 系统鉴定调控CD8 T细胞分化的转录因子,以指导更有效的细胞免疫疗法设计 CD8 T细胞的九种分化状态,特别是终末耗竭T细胞和组织驻留记忆T细胞 单细胞组学 癌症 单细胞RNA测序,CRISPR筛选,表观遗传分析 NA 转录组数据,表观遗传数据 涉及九种CD8 T细胞状态 NA 单细胞RNA-seq NA 体内Perturb-seq(CRISPR筛选整合单细胞RNA测序)
49 2026-02-12
Sarcoidosis: Disease mechanisms, diagnostic pathway and treatment
2026-Feb-04, Autoimmunity reviews IF:9.2Q1
综述 本文综述了结节病的疾病机制、诊断路径和治疗方法 整合了最新的免疫学研究,包括单细胞RNA测序和空间转录组学,以深入理解疾病发病机制 疾病罕见性、临床病程异质性以及缺乏预后生物标志物使得设计和实施新疗法临床试验困难 探讨结节病的病因、诊断挑战和治疗策略 结节病患者及其涉及的器官,尤其是肺和胸内淋巴结 数字病理学 结节病 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
50 2026-02-12
MYB: A potential therapeutic target in triple-negative breast cancer based on the PI3K/AKT signaling pathway
2026-Feb-04, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 本研究通过多组学分析,发现PI3K/AKT信号通路是导致三阴性乳腺癌与非三阴性乳腺癌预后差异的关键因素,并识别MYB基因为潜在治疗靶点 首次基于PI3K/AKT信号通路,通过整合多组学数据(包括单细胞RNA测序和空间转录组学)及机器学习特征选择,系统性地揭示MYB基因在三阴性乳腺癌预后中的核心作用,并探索中药桃红四物汤成分与MYB的分子对接潜力 研究主要基于公共数据库的转录组数据集,缺乏实验验证;分子对接结果需进一步体内外实验确认;样本来源和批次效应可能影响分析结果 探究PI3K/AKT信号通路在三阴性乳腺癌与非三阴性乳腺癌预后差异中的作用,并识别关键治疗靶点 三阴性乳腺癌与非三阴性乳腺癌患者 生物信息学 乳腺癌 转录组测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 分子对接 机器学习特征选择模型 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 从GEO数据库下载的原始转录组数据集(具体样本数量未明确说明) NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
51 2026-02-12
Metabolic surgery mitigates early kidney injury in obese youth with diabetes by suppressing mTORC1/JAK-STAT signaling
2026-Feb-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究探讨了垂直袖状胃切除术(VSG)对肥胖青少年2型糖尿病患者肾脏结构和分子变化的影响 通过单细胞RNA测序技术揭示VSG后肾脏近端小管和髓袢升支粗段细胞的代谢通路变化,并结合循环蛋白质组学数据关联JAK-STAT信号通路 样本量较小(仅5对肾脏活检样本),且依赖独立队列(Teen-LABS)进行验证 探究代谢手术对肥胖青少年2型糖尿病患者早期肾损伤的缓解机制 患有2型糖尿病和严重肥胖的青少年 数字病理学 糖尿病肾病 单细胞RNA测序(scRNAseq)、代谢分析、组织学评估、循环蛋白质组学 NA 肾脏活检样本、代谢参数、蛋白质组学数据 5对VSG前后的肾脏活检样本(来自IMPROVE-T2D队列),以及64名青少年肥胖患者(来自Teen-LABS队列) NA 单细胞RNA测序 NA NA
52 2026-02-12
PIK3CA-related overgrowth spectrum (PROS) zebrafish models reveal pan-lineage developmental dysregulation
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过构建PIK3CA相关过度生长谱系(PROS)的斑马鱼镶嵌模型,揭示了突变细胞在早期发育中通过非细胞自主机制导致跨谱系发育失调的机制 首次在活体斑马鱼模型中可视化PROS突变细胞的影响,并利用单细胞转录组学揭示了突变细胞虽占少数却能引起全局性细胞命运改变和基因表达异常 斑马鱼模型可能无法完全模拟人类PROS的所有病理特征,且机制研究仍需进一步验证 探究PIK3CA突变在PROS中导致过度生长的非细胞自主机制 斑马鱼胚胎和幼虫 发育生物学 过度生长谱系疾病 单细胞转录组学 斑马鱼镶嵌模型 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
53 2026-02-12
Rare TRAF5 coding variants in systemic lupus erythematosus patients aggravate pulmonary hypertension via endothelial dysfunction
2026-Feb-02, Innovation (Cambridge (Mass.))
研究论文 本研究通过全外显子测序和基因负荷分析,发现TRAF5罕见编码变异与系统性红斑狼疮相关肺动脉高压的发病机制相关,并通过动物模型验证了其通过内皮功能障碍加重疾病 首次在系统性红斑狼疮相关肺动脉高压患者中鉴定出TRAF5罕见编码变异,并通过单细胞RNA测序揭示了其在动脉内皮细胞中通过BMP/TGF-β信号通路诱导功能障碍的新机制 研究样本量相对有限,且主要基于中国人群的CSTAR队列,结果在其他人群中的普适性有待验证 探究系统性红斑狼疮相关肺动脉高压的遗传发病机制,并寻找潜在治疗靶点 系统性红斑狼疮患者(包括伴和不伴肺动脉高压者)、健康对照、以及TRAF5基因敲除和过表达的转基因小鼠模型 遗传学与分子生物学 系统性红斑狼疮与肺动脉高压 全外显子测序、单细胞RNA测序、基因敲除与过表达动物模型 基因负荷分析、转基因小鼠模型 基因组测序数据、单细胞转录组数据、动物表型数据 SLE-PAH患者241例,SLE-nonPAH患者736例,健康对照996例,以及转基因小鼠模型 NA 全外显子测序, 单细胞RNA测序 NA NA
54 2026-02-12
Generating and characterizing human telencephalic brain organoids from stem cell-derived single neural rosettes
2026-Feb, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本文开发了一种从干细胞衍生的单个神经玫瑰花结生成人端脑类器官的方法 使用单个神经玫瑰花结生成类器官,模拟体内神经组织发育,提供一致且可重复的细胞组成,并实现功能成熟神经元的预测性组织 协议完成需5-6个月,且需要细胞培养经验 研究人端脑中不同神经细胞的规范与组织,以及模拟与神经网络紊乱相关的神经发育障碍 人端脑类器官,源自干细胞衍生的单个神经玫瑰花结 数字病理学 神经发育障碍 单细胞RNA测序,免疫组织化学,切片膜片钳电生理学 NA RNA序列数据,图像数据,电生理数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
55 2026-02-12
Efferocytosis-Driven Polyamine Metabolism in Macrophages Enhances Cancer Stem Cell Enrichment after Chemotherapy in Ovarian Cancer
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究揭示了化疗后巨噬细胞对凋亡肿瘤细胞的胞葬作用及其驱动的多胺代谢重编程,是导致卵巢癌中癌症干细胞富集的关键机制 首次将巨噬细胞的胞葬作用、多胺代谢(特别是腐胺)与化疗诱导的癌症干细胞富集联系起来,并确定了ODC1-SPP1/OPN-CD44轴作为关键调控通路 研究主要基于临床样本分析和动物模型,其转化到临床应用的有效性仍需进一步验证;针对ODC1的抑制剂在人体中的安全性和疗效未知 探究化疗后卵巢癌肿瘤微环境的动态变化及其如何促进癌症干细胞的富集,以寻找克服化疗耐药和复发的新靶点 上皮性卵巢癌患者样本、卵巢癌细胞系、小鼠移植瘤模型 单细胞组学与肿瘤微环境 卵巢癌 单细胞RNA测序,多重免疫组化分析,代谢组学,转录组学 NA 单细胞基因表达数据,组织图像数据,代谢物数据,转录组数据 未明确具体样本数量,但涉及患者组织样本、细胞系及小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学(通过多重免疫组化推断) NA NA
56 2026-02-12
Single-Cell Dissection Reveals Immune Dysregulation After CD5 or CD7-Directed Chimeric Antigen Receptor T-Cell Therapy
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究利用单细胞测序技术,探究了CD5或CD7导向的CAR-T细胞疗法在T细胞急性淋巴细胞白血病患者中引起的免疫失调 首次通过单细胞测序揭示了CD5或CD7 CAR-T疗法导致的广泛免疫细胞类型失调,包括T细胞耗竭、B细胞功能受损、自然杀伤细胞功能增强及单核细胞活化变化,并关联了严重EBV感染风险 研究样本可能有限,且为观察性研究,因果关系需进一步验证 探究CD5或CD7导向的CAR-T细胞疗法后的免疫失调机制及其与感染风险的关系 接受CD5或CD7 CAR-T治疗的T细胞急性淋巴细胞白血病患者 单细胞组学 T细胞急性淋巴细胞白血病 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
57 2026-02-12
Construction of a Multitissue Cell Atlas Reveals Cell-Type-Specific Regulation of Molecular and Complex Phenotypes in Pigs
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究构建了猪的多组织单细胞转录组图谱,揭示了细胞类型特异性调控对复杂表型的影响 首次在猪中构建了大规模单细胞转录组图谱,结合bulk RNA-seq数据解析了细胞类型特异性表达数量性状位点(ieQTL),并关联了复杂性状的遗传变异 研究仅基于19种组织,可能未覆盖所有细胞类型;单细胞数据来自成年猪,缺乏发育动态信息 系统表征猪的组织细胞异质性,解析细胞类型特异性调控在复杂表型中的作用 猪的19种组织中的229,268个高质量细胞核 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA 单细胞转录组数据, bulk RNA-seq数据 229,268个高质量细胞核(来自19种组织),以及3,921个bulk RNA-seq样本(来自17种匹配组织) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
58 2026-02-12
scPER: A Rigorous Computational Approach to Determine Cellular Subtypes in Tumors Aligned With Cancer Phenotypes From Total RNA Sequencing
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文介绍了一种名为scPER的计算方法,用于从总RNA测序数据中估计肿瘤微环境细胞组成并识别与癌症表型相关的细胞亚群 结合对抗自编码器和极端梯度提升技术,整合多研究单细胞RNA测序数据集构建参考面板,并分离混杂因素与真实信号 NA 开发一种计算方法来估计肿瘤微环境细胞组成并识别与表型相关的细胞亚群 肿瘤微环境中的细胞亚型 机器学习 黑色素瘤、尿路上皮癌 单细胞RNA测序、总RNA测序 对抗自编码器、极端梯度提升 RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序、总RNA测序 NA NA
59 2026-02-12
A Microbiota- and IL-15-Dependent Innate-Like B Cell Progenitor Expressing E4BP4
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文识别并表征了一种表达E4BP4、具有先天免疫特性的B细胞祖细胞(NK-B细胞),揭示了其受肠道微生物群和IL-15信号调控的独特发育途径 首次鉴定并详细描述了NK-B细胞这一新型先天样B细胞祖细胞群体,并阐明了其依赖于微生物群和IL-15的E4BP4表达调控机制 研究主要基于小鼠模型,其在人类中的存在和功能尚需验证;对微生物群具体成分和信号通路的详细机制仍需进一步探索 探究共同表达NK细胞和B细胞谱系标记的细胞(NK-B细胞)的存在、特性及其调控机制 小鼠骨髓中的CD3⁻NKp46⁻CD19⁺NK1.1⁺细胞(NK-B细胞) 免疫学 NA 单细胞RNA测序,高维流式细胞术,过继转移实验 NA 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 PDK1缺陷小鼠和野生型小鼠的骨髓细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
60 2026-02-12
Efficient Spatial Gene Expression Profiling Using Split-Probe Ligation and Rolling Circle Amplification
2026-Feb, Small methods IF:10.7Q1
研究论文 本文介绍了一种基于分裂探针连接和滚环扩增的空间基因表达分析方法 该方法通过分裂探针连接和滚环扩增实现了高效的空间RNA原位检测和基因分型,并首次结合原位测序绘制了健康与糖尿病小鼠肾脏中82个基因的空间表达图谱 NA 开发一种高效的空间基因表达分析方法 小鼠肾脏组织切片和全组织样本 空间转录组学 糖尿病 分裂探针连接、滚环扩增、原位测序 NA RNA图像数据 健康与糖尿病雄性和雌性小鼠的肾脏样本 NA 空间转录组学 NA NA
回到顶部