单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202601-202612] [清除筛选条件]
当前共找到 7593 篇文献,本页显示第 5221 - 5240 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
5221 2026-04-14
Partially shared multi-modal embedding learns holistic representation of cell state
2026-03, Nature computational science IF:12.0Q1
研究论文 本文提出了一种名为APOLLO的计算框架,用于自动学习多模态数据之间的部分信息共享,以更全面地表示细胞状态 APOLLO通过使用具有部分重叠潜在空间的自动编码器,实现了多模态数据的有效集成,并能够区分共享和模态特定信息,提高了可解释性 NA 开发一个计算框架,以整合单细胞水平的多模态数据,并揭示各数据模态的贡献 单细胞数据,包括SHARE-seq(scRNA-seq和scATAC-seq)、CITE-seq(scRNA-seq和蛋白质丰度)以及两个多重成像数据集 机器学习 NA scRNA-seq, scATAC-seq, 蛋白质丰度测量, 多重成像 Autoencoder 多模态数据(基因表达、染色质可及性、蛋白质丰度、成像数据) NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 NA NA
5222 2026-04-14
Integrative analysis of polyamine-associated genes reveals a prognostic and immunological signature in esophageal squamous cell carcinoma
2026-Feb-19, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量转录组分析,揭示了食管鳞状细胞癌中多胺代谢与免疫微环境及预后的关联,并构建了一个基于8个多胺相关基因的预后模型 首次在食管鳞状细胞癌中整合单细胞和批量转录组数据,系统性地研究了多胺代谢的活性及其与免疫微环境的关联,并构建了一个有效的预后和免疫特征模型 研究样本量有限(单细胞数据仅来自4名患者),且为回顾性分析,需要前瞻性队列进行进一步验证 探索多胺代谢在食管鳞状细胞癌中的意义,及其与肿瘤免疫微环境和患者预后的关联 食管鳞状细胞癌患者 生物信息学 食管鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序 Cox回归,LASSO回归 基因表达数据 单细胞数据来自4名ESCA患者(GSE188900),预后模型训练和验证使用了GSE53624和GSE53622队列 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
5223 2026-04-14
A pathomics-based pyroptosis signature predicts survival in clear cell renal cell carcinoma
2026-Feb-18, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过整合病理组学特征与焦亡相关信号,开发了一个新的预后模型,用于预测透明细胞肾细胞癌患者的生存 首次在ccRCC中探索将病理组学特征与焦亡相关信号整合的策略,并基于此开发了新的预后风险评分模型 模型主要在TCGA数据集上进行开发和验证,需要在更多独立队列中进行外部验证以确认其普适性 开发一个更好的预后工具,以改善透明细胞肾细胞癌的临床管理 透明细胞肾细胞癌患者 数字病理 肾癌 病理组学分析,单细胞测序 StepCox[forward]+Lasso算法 全切片图像,基因表达数据 TCGA数据集中的ccRCC患者样本 NA 单细胞测序 NA NA
5224 2026-04-14
Dipeptidylpeptidase 4 inhibition attenuates gestational pathologies via immune homeostasis restoration in the pulmonary-uterine axis
2026-Feb-17, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究揭示了呼吸道病毒感染通过肺-子宫免疫轴影响妊娠的机制,并发现DPP4抑制剂西格列汀可通过恢复免疫稳态来减轻妊娠并发症 首次揭示了呼吸道病毒感染通过肺-子宫免疫轴影响妊娠的机制,并发现DPP4抑制剂可作为双器官治疗策略 NA 探究呼吸道病毒感染如何影响妊娠并发症的机制,并寻找潜在的治疗策略 妊娠期小鼠模型 NA 妊娠并发症 单细胞RNA测序 NA NA NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
5225 2026-04-14
Multiomics integration of serum proteome and autoantibody profiles reveals diagnostic and prognostic biomarkers in glioma
2026-02-17, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2
研究论文 本研究通过整合血清蛋白质组学和自身抗体谱,揭示了胶质瘤的诊断和预后生物标志物 首次将血清蛋白质组学与自身抗体谱整合,识别出具有诊断和预后价值的IgM生物标志物组合,并探索了其在胶质瘤亚型中的特异性 GBM IDH野生型亚型特异性生物标志物需在扩大样本量后进一步验证,部分标志物在验证集中泛化能力有限 开发用于胶质瘤早期检测和预后分层的非侵入性生物标志物 胶质瘤患者血清样本及健康对照 生物信息学 胶质瘤 TMT定量蛋白质组学、肽微阵列、单细胞RNA测序 NA 蛋白质组数据、自身抗体数据、转录组数据 发现队列:55例胶质瘤患者和30例健康对照;验证队列:32例胶质瘤患者和29例健康对照;蛋白质组学初始样本:30例患者和30例对照 NA 单细胞RNA测序、转录组学 NA NA
5226 2026-04-14
Engineering scalable vascularized kidney organoids for in vivo glomerular filtration with human endothelial integration
2026, npj biomedical innovations
研究论文 本研究开发了一种可规模化生产血管化肾脏类器官的方法,并验证了其在体内的肾小球滤过功能 开发了一种成本效益高、产量提升超过50倍的大规模生产血管化肾脏类器官的方法,并首次展示了由人内皮细胞血管化的类器官肾小球具有尺寸选择性的滤过功能 NA 开发可规模化生产的血管化肾脏类器官,用于肾脏疾病研究和再生医学应用 由人多能干细胞衍生的肾脏类器官 组织工程与再生医学 肾脏疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、成像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
5227 2026-04-14
Integrative Multiomics and Single-Cell Analyses Identify FKBP10 as a Predictor of Radiotherapy Outcome in Colorectal Cancer
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 本研究通过整合多组学与单细胞分析,鉴定出FKBP10是结直肠癌放疗疗效的预测因子 首次通过整合多组学与单细胞RNA测序分析,将FKBP10鉴定为源自癌症相关成纤维细胞(CAFs)的放疗抵抗生物标志物和治疗靶点 研究样本量相对有限(发现队列200例,验证队列58例),且功能验证主要在细胞系中进行,需进一步体内实验验证 寻找能够预测结直肠癌放疗疗效的生物标志物和治疗靶点 结直肠癌患者样本(多组学数据)和放疗抵抗的结直肠癌细胞系 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序,多组学分析,功能缺失实验(增殖、迁移/侵袭、放射敏感性测定) NA 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 258例结直肠癌患者(发现队列200例,验证队列58例),63,689个单细胞 NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
5228 2026-04-14
Integrated Single-Cell Profiling Reveals TL1A as a Biomarker and Driver of Type 2 Inflammation via Macrophage-Dependent Immunoregulation in Asthma
2026, Research (Washington, D.C.)
研究论文 本研究通过整合单细胞分析,揭示了TL1A作为哮喘中2型炎症的生物标志物和驱动因子,通过巨噬细胞依赖的免疫调节发挥作用 首次将TL1A鉴定为哮喘中巨噬细胞依赖的免疫调节关键分子,并阐明其通过DR3/CCL8/CCR8信号轴驱动2型炎症的机制,同时验证了抗TL1A抗体干预的治疗潜力 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证的临床队列规模未明确说明,且未探讨TL1A在不同哮喘亚型中的特异性表达模式 探究TL1A在哮喘发病机制中的作用,并评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 哮喘患者(痰液和血清样本)、小鼠哮喘模型(包括髓系细胞特异性TL1A敲除小鼠) 数字病理学 哮喘 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据、临床指标数据 未明确说明患者样本数量,包含多种哮喘表型患者及小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5229 2026-04-14
Cardiac fibroblast heterogeneity in cardiac fibrosis implication for cell-type-specific treatment
2026, Frontiers in physiology IF:3.2Q2
综述 本文综述了心脏成纤维细胞在心脏纤维化中的异质性及其对细胞类型特异性治疗的启示 利用谱系追踪和单细胞/空间转录组学揭示了心脏成纤维细胞的异质性及其在疾病中的特定激活轨迹,强调了免疫-成纤维细胞相互作用作为成纤维细胞命运的关键决定因素 NA 探讨心脏成纤维细胞异质性在心脏纤维化中的作用,以推动针对致病亚型的精准抗纤维化策略 心脏成纤维细胞及其在健康和疾病状态下的亚群 数字病理学 心血管疾病 谱系追踪,单细胞转录组学,空间转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
5230 2026-04-14
Integrative Learning of Disentangled Representations from Single-Cell RNA-Sequencing Datasets
2026, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2
研究论文 提出了一种名为spVIPES的概率框架,用于从未配对、特征不匹配的单细胞RNA测序数据集中分解出共享和私有成分 开发了spVIPES框架,能够处理特征不匹配的未配对单细胞数据集,通过概率潜在变量模型分离数据集特异性与保守的细胞特征,并提供了有监督和无监督两种变体 未在摘要中明确说明 开发一种能够整合未配对、特征不匹配单细胞RNA测序数据集的方法,以分离共享和私有的细胞特征 单细胞RNA测序数据集 机器学习 NA 单细胞RNA测序 变分推断,专家乘积模型 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
5231 2026-04-14
Macrophage-associated prognostic modeling uncovers immunotherapy response mechanisms and defines HAGHL as a novel oncogenic driver in breast cancer
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究基于巨噬细胞相关基因构建了一个预后模型,用于预测乳腺癌患者的生存和免疫治疗反应,并鉴定HAGHL为新的致癌驱动因子 首次整合多组学数据开发基于巨噬细胞相关基因的预后模型,并发现HAGHL作为乳腺癌的潜在致癌基因 研究主要依赖公共数据库数据,实验验证部分有限,模型需进一步外部验证 探究巨噬细胞相关基因在乳腺癌中的表达模式、预后价值及与免疫微环境的关系 乳腺癌患者样本及细胞系 生物信息学 乳腺癌 bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 预后模型 RNA测序数据 来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
5232 2026-04-14
Tumor lactate metabolism shapes immune suppression and therapeutic resistance revealed by integrative multi-omics and digital pathology
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据和数字病理学,开发了一种深度学习框架,能够直接从常规H&E全切片图像推断肿瘤乳酸代谢状态 首次开发了基于常规H&E病理切片的深度学习模型来推断肿瘤乳酸代谢状态,为临床提供了一种可扩展且成本低的代谢生物标志物评估方法 研究中使用的乳酸相关基因特征(59个基因)可能无法完全捕获乳酸代谢的复杂性,且模型性能在不同癌症类型间存在差异 开发一种临床可及且低成本的方法来评估肿瘤内乳酸活性,并研究其与肿瘤免疫微环境和治疗抵抗的关系 头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者肿瘤样本 数字病理学 头颈部鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,免疫组织化学,空间分析,计算分析 深度学习框架 图像,基因表达数据,蛋白质表达数据 TCGA、GEO和单细胞RNA-seq数据集中的多个队列,以及独立的SAZHU-HNSCC真实世界队列 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
5233 2026-04-14
Molecular insights into CRIP1 as an immunometabolic regulator revealed by CRIP1 knockout and single-cell transcriptomics
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过CRIP1基因敲除小鼠模型和单细胞转录组学分析,首次系统揭示了CRIP1在免疫调节和代谢中的基本功能 首次全面解析CRIP1在非恶性条件下的基本生物学功能,整合了代谢调控和免疫调节的双重视角,并利用单细胞转录组学在人类样本中验证其与炎症基因表达的关系 研究主要基于小鼠模型和体外分析,人类样本验证仅限于单细胞转录组数据分析,缺乏直接的体内功能验证 阐明CRIP1在免疫代谢调控中的基本生物学功能和作用机制 CRIP1基因敲除小鼠、野生型小鼠、健康人和牙周炎患者的外周血单个核细胞 单细胞转录组学 牙周炎、肝癌、急性髓系白血病、多发性骨髓瘤、黑色素瘤 单细胞RNA测序、转录组分析 基因敲除小鼠模型 转录组数据、单细胞RNA测序数据 CRIP1敲除和野生型小鼠的肝组织、健康人和牙周炎患者的外周血单个核细胞单细胞数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
5234 2026-04-13
Tubulointerstitial inflammation in glomerular diseases: mechanistic pathways, prognostic value, and translational therapeutic targets
2026-Dec, Renal failure IF:3.0Q1
综述 本文系统综述了肾小球疾病中肾小管间质炎症的致病机制、预后意义及转化医学局限性,并探讨了新兴技术如何推动精准肾脏病学发展 提出从以肾小球为中心的框架转向肾小球-间质系统视角的概念性转变,并整合了AI增强数字病理、空间转录组学等新兴技术用于间质免疫-纤维化微环境的精细化空间定量表征 肾小管间质炎症的独立预后意义在不同疾病和人群中仍不一致,且现有以肾小球为中心的治疗策略对部分患者无效 阐明肾小球疾病中肾小管间质炎症的致病机制、预后价值及转化治疗靶点,推动精准肾脏病学发展 肾小球疾病中的肾小管间质炎症 数字病理学 肾脏疾病 空间转录组学 NA 病理图像、转录组数据、生物标志物、影像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
5235 2026-04-13
IGHG1+ malignant epithelial Cell-myCAF crosstalk via MIF-CD74/APP-CD74 drives early brain metastasis in NSCLC: Delineated via primary tumor-brain metastasis single-cell and spatial transcriptomics
2026-Jun-01, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 本研究利用单细胞和空间转录组学技术,揭示了非小细胞肺癌早期脑转移的机制,并识别了CD74作为潜在治疗靶点 首次通过整合单核RNA测序和空间转录组学,揭示了IGHG1+恶性上皮细胞与肌成纤维样癌症相关成纤维细胞通过MIF-CD74/APP-CD74轴相互作用,驱动非小细胞肺癌早期脑转移的新机制 研究为回顾性分析,样本量相对有限(53例患者),且体外和体内验证仍需进一步扩展 探究非小细胞肺癌早期脑转移的机制,开发预测模型并识别潜在治疗靶点 53例非小细胞肺癌患者的石蜡样本,包括正常肺组织、原发肿瘤(有/无脑转移)、脑转移灶和正常脑组织 数字病理学 肺癌 单核RNA测序, 空间转录组学, GeoMx DSP, CosMx SMI Augur, 伪时间分析, 空间通讯分析, ROC分析 转录组数据, 空间表达数据 53例非小细胞肺癌患者 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
5236 2026-04-13
Circulating Ly6Chigh monocyte-derived S100A4+ macrophages exacerbate neuroinflammation and impede recovery of traumatic brain injury
2026-May, Brain, behavior, and immunity
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了创伤性脑损伤后循环Ly6C单核细胞来源的S100A4+巨噬细胞通过CCL4-CCR1轴浸润脑组织,加剧神经炎症并阻碍恢复的分子机制 首次在TBI模型中识别出源自循环Ly6C单核细胞的S100A4+巨噬细胞亚群,阐明了其通过CCL4-CCR1轴浸润脑组织、通过SPP1-CD44轴激活小胶质细胞加剧神经炎症的机制,并发现IRF7作为关键转录因子驱动该过程,且FDA批准的药物熊去氧胆酸可作为IRF7拮抗剂改善TBI预后 研究基于小鼠模型,其结论在人类中的适用性需进一步验证;单细胞测序仅针对急性期样本,长期动态变化未涉及;药物干预机制虽被提出,但具体分子靶点及临床转化潜力需深入探索 阐明创伤性脑损伤后系统性免疫反应的细胞与分子机制,并探索潜在治疗靶点 创伤性脑损伤小鼠的脑组织及外周血单个核细胞 单细胞组学 创伤性脑损伤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量,但涉及TBI小鼠的脑和PBMC样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5237 2026-04-13
Characterizing gene perturbations in single cells via network divergence analysis
2026-Apr-11, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了scDNS框架,用于通过测量条件特异性基因相互作用网络配置之间的信息论差异来量化单细胞中基因特异性功能扰动 提出了一种新的方法scDNS,专注于通过网络重连而非基因表达变化来推断基因功能扰动,并将其与特定细胞群体关联,这在现有scRNA-seq数据分析中较少涉及 未在摘要中明确说明 开发一个工具来推断单细胞中动态基因功能扰动,并识别关键调控因子和受扰动的细胞群体 单细胞RNA测序数据 单细胞分析 胰腺癌 scRNA-seq 网络分析框架 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
5238 2026-04-13
A machine learning model integrating circulating Temra cell transcriptional profiles to predict immunotherapy efficacy
2026-Apr-10, Med (New York, N.Y.)
研究论文 本研究开发了一种基于循环终末分化效应记忆CD8+ T细胞转录组特征的机器学习模型,用于预测免疫治疗疗效 整合了13个公开单细胞数据集构建全面的CD8+ T细胞转录组图谱,首次利用循环Temra细胞的转录特征建立预测模型,并在前瞻性多中心队列中验证 样本量相对有限(15例配对样本),模型需在更广泛癌种和更大队列中进一步验证 开发血液来源的转录组生物标志物以预测免疫检查点抑制剂疗效 癌症患者(特别是非小细胞肺癌患者)的循环CD8+ T细胞 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 逻辑回归 转录组数据 15例配对外周血和肿瘤样本,整合748,082个CD8+ T细胞,前瞻性队列131例晚期NSCLC患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5239 2026-04-13
Single-cell profiling of immune reset in patients with refractory generalized myasthenia gravis receiving autologous CD19/BCMA CAR-T cell therapy
2026-Apr-10, Med (New York, N.Y.)
研究论文 本研究评估了自体CD19/BCMA双靶向CAR-T细胞疗法在难治性全身型重症肌无力患者中的安全性、有效性及对系统性免疫的影响 首次在难治性全身型重症肌无力患者中应用无需淋巴细胞清除的自体CD19/BCMA双靶向CAR-T细胞疗法,并通过单细胞测序揭示了疗法诱导的系统性免疫重置机制 研究样本量较小(仅6名患者),且为单臂I期试验,缺乏对照组,长期疗效和安全性需更大规模临床试验验证 评估CD19/BCMA双靶向CAR-T细胞疗法在难治性全身型重症肌无力中的安全性、疗效及对免疫系统的影响 难治性全身型重症肌无力患者 数字病理学 重症肌无力 单细胞RNA测序,流式细胞术 NA 单细胞转录组数据,流式细胞数据 6名患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5240 2026-04-13
Dissection of the T cell infiltrate in mouse pancreatic tumors reveals an extensive and diverse tumor-reactive T cell repertoire
2026-Apr-10, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本研究通过结合单细胞转录组学和功能性T细胞受体表征,探索了小鼠胰腺癌模型中的T细胞库,揭示了肿瘤反应性T细胞受体克隆型的广泛多样性 结合单细胞转录组学和功能性TCR表征,首次在小鼠胰腺癌模型中系统性地揭示了肿瘤反应性TCR克隆型的多样性,并鉴定了三种与人类癌症相关的T细胞表位 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类胰腺癌;样本规模可能有限,未详细说明具体样本数量 探索胰腺癌中肿瘤浸润T细胞的T细胞受体库多样性及其抗原特异性,以评估个性化免疫疗法的治疗潜力和安全性 小鼠胰腺癌模型中的肿瘤浸润T细胞 单细胞组学 胰腺癌 单细胞转录组学,免疫肽组分析,T细胞受体表征 NA 单细胞转录组数据,TCR序列数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
回到顶部