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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
481 2026-09-21
Harnessing Inflammatory Monocytes to Overcome Resistance to Anti-PD-1 Immunotherapy
2026-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过单细胞RNA测序等技术研究炎症性单核细胞在克服抗PD-1免疫治疗耐药中的作用 发现CD40激动剂抗体可通过炎症性单核细胞和IFNγ信号通路控制抗原呈递缺陷肿瘤的生长,且CD8+ T细胞和NK细胞通过分泌IFNγ而非直接识别肿瘤细胞发挥作用 研究主要基于小鼠模型,人类数据为回顾性分析,需要进一步前瞻性临床验证 探索克服免疫检查点抑制剂耐药的新策略,特别是针对抗原呈递缺陷肿瘤 B2m缺失的黑色素瘤和结直肠癌小鼠模型及人类RNA-seq数据集 肿瘤免疫学 黑色素瘤, 结直肠癌 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 离体功能实验 NA 基因表达数据, 细胞表型数据 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
482 2026-09-21
Th17 effector cytokines induce shared and distinct microglial and endothelial cell responses in post-streptococcal encephalitis
2026-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过小鼠遗传学、单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了A组链球菌感染后Th17效应细胞因子诱导小胶质细胞和脑内皮细胞的共享及特异性反应,以及IL-17A-IL-17RA信号在血脑屏障功能障碍中的关键驱动作用 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示A组链球菌感染后小胶质细胞和脑内皮细胞的转录程序变化,发现IL-17A-IL-17RA信号通路是小胶质细胞驱动血脑屏障功能障碍的关键机制,并揭示了GM-CSF和IL-17A在其中的不同贡献 研究基于小鼠疾病模型,其发现是否完全适用于人类患者尚需进一步验证;GM-CSF条件性敲除仅部分减弱小胶质细胞趋化因子基因表达;IL-17A中和虽部分挽救血脑屏障转录变化,但持续性感染相关的代偿性外周免疫反应加剧了血脑屏障破坏 阐明A组链球菌感染后Th17淋巴细胞诱导小胶质细胞激活、血脑屏障功能障碍和神经回路损伤的转录程序,以及具体的Th17来源细胞因子在其中的作用机制 A组链球菌感染后小鼠模型中的小胶质细胞、脑内皮细胞、Th17淋巴细胞及相关细胞因子 数字病理学 链球菌感染后脑炎 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 小鼠遗传学 NA 图像, 文本 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
483 2026-09-21
Single-cell disentangled representations for perturbation modeling and treatment effect estimation
2026-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一个名为scDRP的生成式框架,通过解耦表示学习和条件最优传输,从单细胞扰动数据中估计个体化治疗效应和反事实状态 利用稀疏正则化的β-VAE解耦扰动依赖和扰动无关的潜在变量,并假设条件分位数保持效应,通过潜在空间中的条件最优传输推断反事实状态,具有渐近正确性保证 摘要中未提及 从单细胞扰动数据中提取异质性因果关系,估计个体化治疗效应,以深入理解细胞和分子机制 单细胞扰动数据,包括模拟数据和真实数据(鼻病毒、香烟烟雾提取物暴露、干扰素刺激、慢性粒细胞白血病细胞CRISPR敲除) 机器学习 慢性粒细胞白血病 单细胞测序 β-VAE 单细胞基因表达数据 摘要中未提及具体样本量 NA NA NA NA
484 2026-09-21
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2026-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文提出了JADE,一个统一的计算框架,能够同时学习多切片空间转录组数据中空间位置级别的对齐和共享低维嵌入 JADE是首个在共享潜在空间中联合优化对齐和表征学习的方法,采用往返框架交替进行对齐和嵌入优化,并利用注意力机制动态评估不同嵌入维度的重要性以聚焦于对齐相关特征并抑制噪声 摘要中未明确提及研究的局限性 解决多切片空间转录组数据分析中的空间对应关系解析和共享转录组特征捕获问题,实现跨切片的联合分析以重建组织结构并识别一致的空间基因表达模式 多切片空间转录组数据集,包括10x Visium人类背外侧前额叶皮层(DLPFC)数据集和Stereo-seq蝾螈脑数据集 空间转录组学 NA 空间转录组学 注意力机制 空间转录组数据 NA 10x Genomics, 华大智造 空间转录组学 10x Visium, Stereo-seq 10x Visium人类背外侧前额叶皮层(DLPFC)数据集和Stereo-seq蝾螈脑数据集
485 2026-09-21
Senescence-Linked Fibrosis in the Aging Human Ovary Revealed by p16-Based Histological Profiling and Spatial Transcriptomics
2026-Feb-06, Research square
研究论文 该研究结合p16免疫组化、多重免疫荧光、空间转录组学和AI引导的数字病理学,绘制了绝经后人类卵巢中衰老细胞的分布及其微环境特征 首次利用基于p16的空间分辨蛋白质表达在绝经后卵巢中识别并定位衰老细胞,发现了由92个空间区域定义的32基因p16相关特征(BuckSenOvary),并揭示p16阳性区域具有纤维炎症性微环境特征 摘要中未明确说明样本量及队列规模等具体限制 旨在定义人类绝经后卵巢中的衰老细胞及其微环境,探索卵巢衰老的机制并寻找潜在治疗靶点 绝经后人类卵巢组织 数字病理学 卵巢衰老 空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光 AI引导的数字病理模型 图像、转录组数据 92个空间区域 NA 空间转录组学 NA NA
486 2026-09-21
Opioid-induced transcriptional reprogramming of cerebrospinal fluid immune cells drives neuroinflammation in SIV-infected rhesus macaques
2026-Feb-05, Research square
研究论文 该研究通过单细胞转录组测序分析吗啡依赖的SIV感染恒河猴脑脊液免疫细胞,揭示阿片类药物诱导的转录重编程驱动神经炎症的机制 首次纵向采用脑脊液单细胞RNA测序技术,在SIV感染恒河猴模型中揭示吗啡慢性暴露将脑脊液单核细胞重编程为疾病相关小胶质细胞(DAM)状态,且该状态在ART病毒抑制后持续存在 研究基于SIV/恒河猴模型,其结果向人类HIV感染者的转化仍需进一步验证;样本量有限 探索阿片类药物使用对HIV感染者神经系统功能障碍的影响及其细胞与分子机制 吗啡给药和生理盐水给药的SIV感染并接受ART治疗的恒河猴脑脊液免疫细胞 数字病理学 HIV相关神经认知障碍 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
487 2026-09-21
HPV Integration in Head and Neck Cancer: Downstream Splicing Events and Expression Ratios Linked with Poor Outcomes
2026-Feb-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 该研究通过分析261例HPV相关头颈鳞癌的RNA测序数据,揭示了HPV整合位点相关的基因网络,并发现了与不良预后相关的HPV RNA剪接事件和表达比值。 利用大规模Meta队列,首次从RNA层面系统揭示HPV整合的致癌机制,发现E1*整合剪接转录本和HPV基因表达比值可作为预后生物标志物,并鉴定出NR4A2、CD274等 recurrent 过表达基因。 研究基于回顾性队列,样本量有限,且发现的生物标志物需在前瞻性研究中进一步验证。 探究HPV整合在头颈鳞癌中对人类和HPV基因表达及临床结局(复发和总生存)的影响,并寻找潜在生物标志物。 261例HPV相关头颈鳞癌患者的bulk和单细胞RNA测序样本(来自五个队列,包括62例密歇根大学新队列),以及其中两个队列的102例HPV阳性患者的DNA HPV整合事件。 数字病理学, 机器学习 头颈癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, DNA测序 NA 文本, 图像 261例HPV相关HNSCC的bulk和scRNA-seq样本,102例HPV阳性HNSCC参与者的DNA样本 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
488 2026-09-21
Single-cell Transcriptomic Profiling Reveals Diagnostic of T Cell-platelet Aggregates in Peripheral Blood for Coronary Vulnerable Plaques
2026-02-04, Journal of cardiovascular translational research IF:2.4Q3
研究论文 该研究通过外周血单个核细胞的单细胞RNA测序,揭示了T细胞-血小板聚集体在冠状动脉易损斑块诊断中的价值,并筛选出五种可用于无创检测易损斑块的血液生物标志物 首次发现循环T细胞-血小板聚集体在易损斑块患者中显著富集,并通过高维加权基因共表达网络分析和多种机器学习方法筛选出五种可用于无创诊断易损斑块的血液生物标志物(EPHB6、STAT1、RPL23、IKZF3和AHCY) 摘要中未明确提及研究的局限性 寻找可用于无创检测冠状动脉易损斑块的外周血生物标志物 冠状动脉疾病伴易损斑块患者及对照者的外周血单个核细胞 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序 Boruta, LASSO回归, SVM-RFE 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
489 2026-09-21
Activated Human Pancreatic Stellate Cells SignatureCommunication in Type 1 Diabetes
2026-Feb-04, Research square
研究论文 通过单细胞转录组数据分析1型糖尿病中活化胰腺星状细胞的细胞间通讯特征 首次利用单细胞转录组数据揭示1型糖尿病中活化胰腺星状细胞与其它细胞间通讯的变化,发现TGFB、FGF、CXCL、ANGPTL和NGF等信号通路上调,而PTN信号减弱 未在摘要中明确说明研究的局限性 探索胰腺星状细胞在1型糖尿病发病或进展中的作用及其细胞间通讯机制 20名1型糖尿病患者及非糖尿病供体的人胰腺胰岛 单细胞转录组学 1型糖尿病 单细胞RNA测序 CellChat 单细胞转录组数据 20名供体(含1型糖尿病患者及对照)的人胰腺胰岛单细胞RNA测序数据 NA single-cell RNA-seq NA NA
490 2026-09-21
Leveraging the genetics of human face shape boosts the discovery of orofacial cleft risk loci
2026-Feb-03, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究利用正常面部形状的遗传信息,通过cFDR-GWAS方法提高了非综合征性口面裂风险位点的发现能力 首次将cFDR-GWAS方法应用于正常面部形状与非综合征性口面裂的共享遗传基础研究,成功发现了多个新的风险位点 研究主要基于欧洲人群样本,结果可能不适用于其他种族群体;部分新发现位点的功能机制尚未完全阐明 利用正常面部形状的遗传关联信号来增强非综合征性口面裂风险位点的发现能力 正常面部形状GWAS数据和非综合征性唇裂伴或不伴腭裂(nsCL/P)GWAS数据 机器学习 口面裂 GWAS cFDR-GWAS(条件错误发现率全基因组关联分析) 文本 正常面部形状GWAS样本n=4,680和n=3,566,非综合征性唇裂伴或不伴腭裂GWAS样本n=3,969 NA NA NA NA
491 2026-09-21
Cellular diversity of the developing chick trigeminal ganglion at single-cell resolution
2026-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序技术,对发育中的鸡胚三叉神经节细胞进行转录组分析,揭示了其细胞多样性和转录状态 首次在单细胞分辨率下构建了发育中鸡胚三叉神经节的细胞图谱,识别了新的转录本包括多个长非编码RNA 研究仅基于鸡胚模型,未在哺乳动物中验证,且仅分析了HH17一个发育阶段 揭示发育中三叉神经节内异质细胞群体的分子特征和转录组状态 发育中的鸡胚三叉神经节细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 约87000个细胞,来自发育中的鸡胚三叉神经节 NA 单细胞RNA-seq NA NA
492 2026-09-21
Performance of Naiive Spectral Geometric Models in Histopathology AI
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文系统评估了纯谱几何模型在数字病理学任务中的性能,涵盖四个任务:Breakhis二分类、胶质母细胞瘤多类区域分类、空间转录组学和Visium 10x去噪,发现纯谱模型未优于CNN基线,但可作为互补工具。 首次对纯谱模型在数字病理学任务中进行系统评估,并发现其局限性,为谱方法设定了实证边界。 纯谱模型未能在任何任务上超越CNN基线,在空间转录组学任务中泛化能力差,相关性低。 系统评估纯谱几何模型在数字病理学任务中的性能,并与CNN基线进行比较。 Breakhis数据集、胶质母细胞瘤区域、空间转录组学数据、Visium 10x数据。 数字病理学 肺癌, 胶质母细胞瘤 空间转录组学 CNN, 谱模型, SNO嵌入 图像, 空间转录组学数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium Visium 10x
493 2026-09-21
HistoSweep enables cellular-resolution tissue quality control for gigapixel images in digital pathology and spatial omics
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了HistoSweep,一个可扩展的框架,能够在细胞分辨率下生成形态学感知的组织掩膜,用于数字病理和空间组学中十亿像素图像的质量控制。 该框架整合了密度滤波、纹理描述子和自适应阈值方法,能够在标准CPU上几分钟内处理十亿像素的全切片图像,无需GPU加速,实现了细胞分辨率的精细质量控制,超越了现有方法的粗略前景-背景分离。 摘要中未明确提及研究的局限性。 开发一种可扩展的质量控制框架,用于数字病理和空间组学中高分辨率组织图像的非信息区域去除,以提高下游分析的准确性和可靠性。 25张全切片图像,涵盖不同组织、疾病状态和空间组学平台。 数字病理 NA NA NA 图像 25张全切片图像 NA NA NA NA
494 2026-09-21
Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment
2026-Feb-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 该研究优化了一种基于人血浆样培养基的体外稳定同位素示踪方法,用于胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系,以揭示肿瘤微环境依赖性和非依赖性的代谢与免疫调控特征 将人血浆样培养基引入胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞的稳定同位素示踪体系,开发了可区分微环境依赖性与非依赖性代谢特征的分析框架,并首次在异细胞外植体中揭示了星形胶质细胞来源的GDP-甘露糖生成等肿瘤细胞外代谢活动 研究基于体外模型,可能无法完全复现在体胶质瘤微环境的复杂性;样本量有限;缺乏体内验证 建立一种在生理营养水平和完整肿瘤微环境条件下评估胶质瘤代谢的体外可操作平台,研究胶质瘤代谢与免疫微环境的相互作用 人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系 空间转录组学, 代谢组学 胶质母细胞瘤 稳定同位素示踪, 空间转录组学 NA 代谢组数据, 转录组数据, 图像 NA NA 空间转录组学, 稳定同位素示踪 NA 基于人血浆样培养基的15N2-谷氨酰胺示踪体系
495 2026-09-21
In vivo CRISPR screen reveals regulation of macrophage states in neuroinflammation
2026-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1
研究论文 该研究建立了体内CRISPR筛选平台,利用可基因编辑的祖细胞解析多发性硬化症小鼠模型中巨噬细胞的调控机制 建立了利用可基因编辑祖细胞进行体内CRISPR筛选的平台,结合Perturb-seq和生物传感器表达,实现了对神经炎症中细胞因子作用的单细胞水平解析 研究主要基于小鼠模型,人类多发性硬化症的复杂性和异质性可能无法完全模拟 解析多发性硬化症中巨噬细胞极化和功能的调控机制 小鼠多发性硬化症模型中的巨噬细胞及可基因编辑的祖细胞 机器学习, 数字病理学 多发性硬化症 CRISPR筛选, Perturb-seq, 单细胞转录组学 NA 文本, 图像 筛选了100多个细胞因子受体和信号分子 NA 单细胞RNA-seq NA NA
496 2026-09-21
Single cell transcriptional perturbome in pluripotent stem cell models
2026-Feb, Molecular systems biology IF:8.5Q1
研究论文 本文开发了iPS2-seq平台,一种可诱导、克隆感知的筛选平台,能够在hiPSC衍生细胞(包括类器官)中进行表型不可知的单细胞分辨率功能缺失效应解析 开发了iPS2-seq平台,首次实现可诱导、克隆感知的筛选,能够区分真实的扰动效应与遗传和表观遗传变异,支持多种格式并整合单细胞RNA测序和多组学分析 摘要中未明确提及研究局限性 解决人类诱导多能干细胞功能基因组学筛选的挑战,实现严格的hiPSC模型功能基因组学研究 人类诱导多能干细胞衍生物,包括单层心肌细胞和类器官 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 NA 微流控或split-pool单细胞RNA测序
497 2026-09-21
Crotonylation and the Risk of Head and Neck Cancer: Insights from a Two-Sample Mendelian Randomization Study
2026-Feb, International dental journal IF:3.2Q1
研究论文 该研究通过双样本孟德尔随机化分析,探讨了巴豆酰化相关基因表达与头颈癌风险之间的因果关联,并结合多组学数据验证了GCDH的关键作用 首次利用双样本孟德尔随机化方法系统评估巴豆酰化相关基因表达与头颈癌风险的因果关系,并通过中介分析揭示免疫细胞特征的部分介导作用,结合单细胞RNA测序和qPCR进行多维度验证 缺乏共定位分析和功能实验验证,中介分析中代谢物中介效应不显著,因果关系仍需进一步实验证实 探究巴豆酰化相关基因表达与头颈癌风险之间的因果关联及其潜在中介机制 头颈癌患者及正常对照的遗传数据和表达数据 机器学习 头颈癌 eQTL分析, 孟德尔随机化, 中介孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 定量PCR 孟德尔随机化模型 基因表达数据, 图像, 文本 TCGA头颈癌队列数据、1400种代谢物和731种免疫细胞特征的GWAS汇总数据,以及单细胞RNA测序和qPCR验证样本 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
498 2026-09-21
Selective modulation of murine intestinal M1 and M3 muscarinic receptor expression has divergent effects on specialized epithelial cells and body weight
2026-02-01, American journal of physiology. Cell physiology
研究论文 该研究通过条件性敲除小鼠肠道上皮细胞中的M1和M3毒蕈碱受体,探究其对特化肠上皮细胞分布及体重的影响 首次利用条件性基因敲除小鼠模型,特异性地在肠道上皮细胞中敲除M1和M3毒蕈碱受体,揭示了其对特化肠上皮细胞(杯状细胞和簇细胞)分布的直接影响,并证明肠道上皮细胞中的MRs并不调控体重 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证;未深入探讨MRs调控特化上皮细胞分布的具体分子机制;体重调控相关MRs的具体组织和细胞类型仍未明确 探究肠道上皮细胞中的M1和M3毒蕈碱受体是否调控特化小肠上皮细胞的分布以及小鼠体重 小鼠小肠上皮细胞、杯状细胞、簇细胞以及M1/M3毒蕈碱受体条件性敲除小鼠模型 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 NA 文本、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
499 2026-09-21
Colorectal microenvironment determines the prognosis of colorectal cancer
2026-Feb, Experimental & molecular medicine
研究论文 通过分析273对非肿瘤组织和肿瘤样本的bulk RNA测序数据,将结直肠癌患者分为肿瘤支持性微环境和健康微环境两组,并发现肿瘤支持性微环境与较差预后相关 首次基于非肿瘤组织与肿瘤的相似性定义肿瘤支持性微环境,并结合bulk RNA测序、16S rRNA测序和单细胞RNA测序多组学揭示其微生物组成、代谢通路和细胞互作特征 样本量有限,需要更大规模队列验证;微环境分类标准需进一步标准化;饮食干预等潜在治疗策略尚未在临床中验证 评估区分支持癌细胞生长的结直肠微环境与不支持癌细胞生长的微环境的可行性,并探索其作为预后生物标志物的潜力 结直肠癌患者的非肿瘤组织(NBT)和肿瘤样本 数字病理学 结直肠癌 bulk RNA测序, 16S rRNA测序, 单细胞RNA测序 NA 文本, 图像 273对非肿瘤组织和肿瘤样本 Illumina bulk RNA-seq, 16S rRNA测序, 单细胞RNA-seq NA NA
500 2026-09-21
Single-cell transcriptional mapping of Mustn1 exhibits consistent mural cell localization across musculoskeletal tissues
2026-Feb, JBMR plus IF:3.4Q2
研究论文 利用开源单细胞RNA测序数据集,通过自上而下的转录组学方法系统解析Mustn1在肌肉骨骼组织中的细胞定位 首次通过单细胞转录组学系统性地揭示Mustn1在骨、滑膜、肌肉和肌腱组织中与Acta2(编码αSMA)共定位于血管壁细胞,并发现其与Sox9谱系中的纤维脂肪祖细胞和血管壁细胞存在重叠 研究主要基于开源数据集的二次分析,缺乏实验验证;对Mustn1在肌肉骨骼发育和修复中的功能机制尚未深入探究 利用单细胞RNA测序数据,系统性地绘制Mustn1在肌肉骨骼组织中的转录图谱,明确其细胞定位 骨、滑膜、肌肉和肌腱组织中的细胞群,特别是表达Acta2的血管壁细胞和Sox9谱系细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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