单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7641 篇文献，本页显示第 4801 - 4820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 4801 | 2026-04-28 |
High-dimensional multiomics reveals perturbations to IL-6/IL-6R axis and RUNX3 in CD4+ T cells during third trimester pregnancy
2026-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.26.711478
PMID:41959409
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研究论文 | 通过高维多组学分析揭示妊娠晚期CD4+ T细胞中IL-6/IL-6R轴和RUNX3的扰动 | 首次结合流式细胞术筛选>350个表面蛋白和单细胞RNA测序（含>130种CITE-seq条形码抗体）系统分析妊娠期CD4+ T细胞的表面蛋白组和转录组变化 | 研究对象仅限于足月妊娠（>37周）样本，未包含早产或整个妊娠周期的纵向数据 | 理解妊娠期CD4+ T细胞表面蛋白质组和转录组的分子变化及其免疫调节机制 | 正常妊娠女性血液和蜕膜中的CD4+ T细胞，以及非妊娠女性血液中的CD4+ T细胞 | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, CITE-seq | NA | 蛋白质表达数据, 基因表达数据 | 足月妊娠（>37周）女性的血液和蜕膜样本，以及非妊娠女性的血液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 结合CITE-seq抗体标记 |
| 4802 | 2026-04-28 |
CosMxScope: Scalable Reconstruction and Digital Pathology Integration of Imaging-Based Spatial Transcriptomics Data
2026-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.25.713520
PMID:41959506
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研究论文 | CosMxScope是一个轻量级开源Python框架，用于重建成像型空间转录组学数据并与数字病理学工具整合 | 将CosMx空间分子成像仪数据与广泛使用的数字病理学环境（如QuPath）桥接，提供FOV图像拼接、细胞分割多边形和转录坐标转换为GeoJSON对象的功能，促进空间转录组学与病理学分析工作流的结合 | 该框架专为CosMx SMI平台设计，可能不适用于其他空间转录组学平台 | 开发一个实用的工具，实现空间转录组学数据与数字病理学可视化环境的交互式探索和整合 | 人类和小鼠组织的CosMx空间分子成像数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像和转录坐标 | 多个正在进行的研究项目涉及人类和小鼠组织 | NA | 空间转录组学 | CosMx Spatial Molecular Imager | CosMx空间分子成像仪，用于单细胞空间多组学分析，可测量每个细胞数千个RNA或蛋白质靶标 |
| 4803 | 2026-04-28 |
Translation of scRNA-seq to a clinical blood test for infection diagnostics
2026-Feb, Expert review of molecular diagnostics
IF:3.9Q1
DOI:10.1080/14737159.2026.2647154
PMID:41918251
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评论 | 该文章探讨了将单细胞RNA测序转化为临床血液检测用于感染诊断的前景，并介绍了一种新型的单细胞类型特异性比例基生物标志物方法 | 引入了一种名为DIRECT LS-TA的单核细胞特异性基因表达比例基生物标志物方法，无需细胞分选即可可靠量化单细胞类型特异性基因表达，且成本低于单细胞RNA测序 | 文章未提供DIRECT LS-TA方法的详细验证数据或大规模临床试验结果，其临床实用性尚需进一步验证 | 开发一种适用于临床实验室的单细胞类型特异性基因表达检测方法，用于改善发热患者的感染诊断 | 发热患者的外周血单核细胞基因表达 | 机器学习 | 感染性疾病 | 无 | 无 | 基因表达数据 | 无 | 无 | 单细胞RNA测序 | 无 | 无 |
| 4804 | 2026-04-28 |
Resolving tooth development at single-cell resolution: advancing dental regeneration
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1785805
PMID:41909121
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综述 | 该文章综述了单细胞转录组学在小鼠和人类牙齿发育中的应用，为牙齿再生提供了理论和策略基础 | 通过单细胞分辨率解析牙齿发育过程，揭示了细胞异质性、谱系轨迹和分子信号网络，为牙科再生提供了新见解 | 未明确提及具体局限性 | 总结单细胞转录组学在牙齿发育研究中的进展，并探讨其在牙齿再生中的应用 | 小鼠和人类牙齿发育的细胞和分子机制 | 数字病理学 | 牙科疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4805 | 2026-04-28 |
Integrative pan-cancer analysis of dipeptidyl peptidase 4 with clinical and in vitro validation in prostate cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1616889
PMID:41909664
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研究论文 | 对二肽基肽酶4在泛癌中的综合生物信息学分析，并在前列腺癌中进行临床和体外验证 | 首次对DPP4进行泛癌水平的综合分析，结合转录组、基因组、免疫基因组及单细胞测序等多维度数据，并利用药物处理实验验证其在前列腺癌中的表达变化 | 未明确提及局限性，但样本量有限（仅97例前列腺癌患者），且仅使用两种前列腺癌细胞系进行体外验证 | 探究二肽基肽酶4在泛癌中的表达模式、免疫调节功能及预后价值，重点验证其在前列腺癌中的作用 | 多种癌症类型的肿瘤组织及前列腺癌患者队列（n=97）的临床样本，以及22Rv1和C4-2前列腺癌细胞系 | 机器学习, 生物信息学 | 前列腺癌, 肺癌, ……（泛癌分析涵盖多种癌症） | qPCR, 免疫组化, 单细胞测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 转录组数据, 基因组数据, 单细胞数据, 图像（免疫组化） | 97例前列腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 4806 | 2026-04-28 |
Amplification cycles through innate lymphoid cells at the onset of lupus nephritis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1756560
PMID:41909692
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研究论文 | 基于狼疮易感小鼠的单细胞转录组数据，构建数学模型描述狼疮肾炎中先天免疫细胞的早期动态，揭示先天性淋巴细胞在炎症放大中的作用 | 提出可扩展的数学框架分析免疫细胞相互作用动态，将先天性淋巴细胞作为自身抗体存在下炎症过程的放大器，并通过模型分析揭示正反馈回路、自发炎症事件及环境刺激的影响 | 未提及具体局限性 | 理解狼疮肾炎发病早期的细胞和分子机制，建立定量模型评估疾病严重程度并预测生物治疗反应 | 狼疮易感NZB/W F1小鼠的先天免疫细胞（包括组织相关先天性淋巴细胞和血管相关自然杀伤细胞） | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序 | 细胞间相互作用数学模型 | 单细胞转录组数据 | 狼疮易感NZB/W F1小鼠（具体样本量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4807 | 2026-04-28 |
Organoid-microglia system for modeling the immune microenvironment of the brain and retina
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1747589
PMID:41909700
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综述 | 本文总结了将小胶质细胞整合到神经类器官中的策略，并探讨了其在模拟脑和视网膜免疫微环境中的应用 | 系统总结了共分化和移植等将小胶质细胞整合入神经类器官的方法，并介绍了芯片上器官、空间转录组学和多组学等新兴技术如何增强模型生理相关性 | 未明确指出具体限制，但作为综述，可能缺乏原始实验数据验证 | 探讨用于研究神经免疫相互作用的类器官-小胶质细胞模型的建立和应用 | 脑和视网膜类器官以及小胶质细胞 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍、阿尔茨海默病 | NA | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4808 | 2026-04-28 |
Venous endothelial remodeling mediated by MARCKS promotes angiogenesis and tumor progression in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1734982
PMID:41909714
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示MARCKS介导的静脉内皮重塑促进肝细胞癌的血管生成和肿瘤进展 | 首次鉴定静脉内皮细胞为肝细胞癌肿瘤血管生成的关键启动子，并基于静脉内皮细胞富集基因构建预后风险模型（VERS），发现MARCKS是潜在治疗靶点 | NA | 理解肝细胞癌内皮细胞异质性，识别肿瘤血管生成的关键调控因子，以改进抗血管生成治疗策略 | 肝细胞癌微环境中的内皮细胞 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4809 | 2026-04-28 |
Molecular mechanism of Danshen injection in treating endometrial fibrosis induced by intrauterine adhesions via the LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3 signaling pathway
2026, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2026.1794215
PMID:42037995
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研究论文 | 本研究探讨丹参注射液通过LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3信号通路治疗宫腔粘连引起的子宫内膜纤维化的分子机制 | 首次阐明丹参注射液通过调控LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3信号通路减轻子宫内膜纤维化，并结合单细胞RNA测序揭示细胞组成和细胞间通讯的变化 | 仅使用动物模型和体外细胞实验，缺乏临床样本验证；未明确丹参注射液的具体活性成分及其直接靶点 | 揭示丹参注射液治疗宫腔粘连导致的子宫内膜纤维化的分子机制 | 宫腔粘连大鼠模型及LPS刺激的子宫成纤维细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大鼠模型样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4810 | 2026-04-28 |
Therapeutic Targeting of Oxidative Phosphorylation in Microsatellite Instability-High Gastric Cancer
2026, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.127225
PMID:42038020
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了微卫星不稳定型胃癌中氧化磷酸化代谢增强的现象，并识别出五个潜在的治疗靶点基因 | 首次在单细胞分辨率下揭示MSI胃癌相较于GS亚型具有增强的氧化磷酸化代谢特征，并利用LASSO回归筛选出五个关键基因，在PDX模型中验证其与肿瘤生长和ATP水平的相关性 | 文章未说明样本量大小及外部验证数据集的多样性，且PDX模型可能无法完全模拟人类肿瘤微环境 | 探究MSI与GS亚型胃癌在肿瘤微环境，特别是代谢重编程方面的差异 | MSI和GS亚型胃癌患者及PDX模型中的肿瘤组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量，但包括GS和MSI亚型患者样本及TCGA数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4811 | 2026-04-28 |
An integrated bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals stemness-driven immune regulation and therapeutic vulnerability in colorectal cancer
2026, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.132694
PMID:42038026
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研究论文 | 通过整合型转录组分析揭示结直肠癌中干性驱动的免疫调控和治疗脆弱性 | 首次整合批量转录组和单细胞RNA-seq数据，建立基于干性的风险模型，揭示肿瘤干性对免疫调控和治疗反应的影响 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4812 | 2026-04-27 |
Integrator subunit IntS11 orchestrates the temporal dynamics of neural lineage progression in Drosophila
2026-Apr-25, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01578-z
PMID:42035222
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研究文章 | 利用果蝇模型揭示Integrator亚基IntS11通过转录调控细胞周期基因和维持长3'UTR异构体来协调神经谱系进展的时间动态 | 首次发现IntS11作为神经谱系进展的阶段特异性调控因子，通过转录控制细胞周期基因维持神经母细胞增殖，并通过维持长3'UTR异构体稳定分化程序 | 未提及具体局限性，可能包括需要进一步在哺乳动物模型中验证 | 探究IntS11在神经谱系进展中的具体调控功能 | 果蝇神经母细胞及其后代细胞 | 数字病理学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA测序，ChIP-qPCR，FUCCI分析，活体成像，MARCM | NA | 基因表达数据 | 果蝇幼虫脑样本，具体数量未在摘要中给出 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4813 | 2026-04-27 |
Type I interferon drives T cell responses to amyloid beta in the central nervous system
2026-Apr-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72262-6
PMID:42026067
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了APP23转基因小鼠模型中中枢神经系统淀粉样蛋白病理进展过程中，T细胞从依赖于微胶质细胞转变为介导神经炎症的免疫微环境动态变化，并发现I型干扰素驱动CD8+ T细胞对β-淀粉样蛋白的应答 | 首次在单细胞水平揭示淀粉样蛋白病理晚期T细胞显著增加及其围绕Aβ斑块的聚集现象，鉴定出表达干扰素刺激基因的CD8+ T细胞亚群，并阐明其通过CXCL10-CXCR3轴招募非ISG T细胞的机制 | 主要基于小鼠模型，人类样本验证范围有限；未深入探讨T细胞亚群的功能异质性及长期效应 | 研究中枢神经系统淀粉样蛋白病理中适应性免疫系统（特别是T细胞）的动态变化及其调控机制 | APP23转基因小鼠模型及人类中枢神经系统淀粉样蛋白病理样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | APP23转基因小鼠模型及人类中枢神经系统淀粉样蛋白病理组织样本（具体数量未在摘要中提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 4814 | 2026-04-27 |
Intragraft clonal expansion of cytotoxic CD8+ and CD4+ T cells in antibody-mediated kidney transplant rejection
2026-Apr-23, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2026.03.012
PMID:42034201
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了抗体介导的肾移植排斥反应中细胞毒性CD8+和CD4+ T细胞的克隆扩增现象 | 首次在抗体介导的排斥反应中系统证实CD4+和CD8+细胞毒性T细胞的克隆扩增，挑战了传统AMR与TCMR的二元分类框架 | 样本量有限（仅16例单细胞测序），且未涉及功能验证实验 | 探索抗体介导的肾移植排斥反应中T细胞的克隆性和空间组织特征 | 肾移植活检组织中的CD4+和CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | RNA-seq, 单细胞RNA/TCR测序, 多重免疫染色 | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据, 空间蛋白组数据 | 192例批量转录组、16例单细胞RNA/TCR测序、18例和75例多重免疫染色 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4815 | 2026-04-27 |
Adversarial validation of in silico perturbation profiles for intelligence-associated genes in human prefrontal cortex
2026-Apr-21, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 基于Geneformer模型对与智力相关的21个基因在人类前额叶皮层中的计算机扰动进行对抗性验证 | 提出了一个可复现的对抗性验证框架，用于评估基础模型的计算机扰动结果，并揭示了表达水平混杂因素会显著放大原始扰动信号 | 研究在供体层面统计效力不足（n=3，估计效力约27%），推荐至少20个供体；交叉模型一致性受标记化问题限制 | 建立标准化对抗性验证框架，评估基础模型在计算机基因扰动中的可靠性，并检验智力相关基因的细胞类型特异性机制 | 人类背外侧前额叶皮层（DLPFC）单细胞RNA-seq数据中的21个智力相关基因 | 自然语言处理 | 智力相关疾病 | 单细胞RNA测序 | Geneformer, scGPT | 单细胞RNA-seq表达数据 | 3个供体的500个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4816 | 2026-04-27 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2026-Apr-20, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101346
PMID:41895263
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研究论文 | 本研究评估了整合单细胞和单细胞核数据集以改善批量RNA-seq反卷积的策略，并提出了最佳实践方法 | 首次系统比较了多种整合策略（包括基于主成分的潜在偏移、条件和非条件scVI以及跨模态差异表达基因过滤）在提升单细胞核RNA-seq参考数据反卷积准确性的效果，并推荐了优先使用scRNA-seq及跨模态DEG过滤的方法 | 研究仅基于四种组织类型进行基准测试，可能未涵盖所有组织类型；跨模态DEG过滤需要配对的scRNA-snRNA细胞类型信息，实际应用中可能受限于数据可用性 | 评估并改进单细胞核RNA-seq数据作为批量RNA-seq反卷积参考的准确性 | 四种组织类型（具体未列出）的scRNA-seq和snRNA-seq数据；真实的脂肪组织批量样本 | 机器学习 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞核RNA-seq | 条件/非条件scVI（单细胞变分推断） | 基因表达数据 | 四种组织的scRNA-seq和snRNA-seq数据集；真实的脂肪组织批量样本（具体数量未说明） | NA | scRNA-seq, snRNA-seq | NA | NA |
| 4817 | 2026-04-27 |
Brain endothelial tmTNFα overexpression in a mouse model altered cell type-specific signaling changes linked to schizophrenia-relevant behaviors
2026-Apr-20, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2026.106777
PMID:42019828
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研究论文 | 在小鼠模型中，脑内皮细胞tmTNFα过表达引发与精神分裂症相关行为相关的细胞类型特异性信号变化 | 首次在脑内皮细胞中通过tmTNFα过表达模型，揭示其通过TNFR2信号通路引发精神分裂症相关行为的细胞类型特异性分子机制，包括从急性星形胶质细胞和突触紊乱到慢性免疫激活、代谢失调和翻译后调控的时序演变 | 未明确提及研究局限性 | 探究脑内皮细胞中tmTNFα过表达导致精神分裂症相关行为的分子机制 | 小鼠模型（短期和长期tmTNFα表达模型）及TNFR2敲除小鼠 | 机器学习 | 精神分裂症 | RNA-seq, 单细胞转录组学, 蛋白质印迹, sGC活性检测 | NA | 转录组数据, 蛋白质表达数据, 信号通路数据 | 小鼠模型（短期4周和长期28周表达模型） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4818 | 2026-04-27 |
Maternal immune activation causes sex-specific impairment of microglial function during prefrontal cortex development
2026-Apr-19, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2026.106770
PMID:42013920
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研究论文 | 该研究揭示了孕期母体免疫激活通过性别特异性损害小胶质细胞功能，导致前额叶皮层发育异常和雄性后代行为缺陷 | 首次证明MIA通过性别特异性方式损害小胶质细胞反应性，导致雄性后代前额叶皮层突触修剪缺陷和行为异常 | 未明确小胶质细胞功能障碍与神经发育异常之间的分子机制 | 探究母体免疫激活如何通过小胶质细胞介导性别特异性神经发育异常 | 母体免疫激活小鼠模型的后代，特别是前额叶皮层中的小胶质细胞 | 机器学习 | 神经发育障碍 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | MIA诱导的雄性及雌性小鼠后代，具体数量未在摘要中明确 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4819 | 2026-04-27 |
M2 macrophage-derived exosomes deliver NGF-modified mRNA to promote comprehensive corneal repair
2026-Apr-17, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2026.114930
PMID:42002048
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研究论文 | 利用M2巨噬细胞来源的外泌体递送NGF修饰mRNA用于促进角膜综合修复 | 首次将M2巨噬细胞外泌体与NGF修饰mRNA结合，实现多维度的角膜修复，同时促进组织再生、抑制炎症和新生血管 | 未明确提及研究限制 | 开发一种基于M2巨噬细胞外泌体和NGF修饰mRNA的创新递送平台，用于角膜损伤后的综合修复 | M2巨噬细胞来源的外泌体、NGF修饰mRNA、碱烧伤的角膜组织 | 数字病理学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4820 | 2026-04-27 |
SCTGE infers transformer-based graph embeddings to improve cell-cell interaction identification and cell identity annotations
2026-Apr-11, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | SCTGE是一种基于Transformer的图嵌入新架构，整合自适应多尺度注意力和图神经网络，用于解决单细胞转录组空间嵌入难题并提升细胞间相互作用识别与细胞身份注释性能 | 创新性地融合Transformer自注意力机制与图神经网络，引入上下文感知自适应多头注意力和APPNP增强特征传播，有效应对空间转录组学中的可扩展性和噪声挑战 | 在特定数据集上细胞身份注释性能存在例外情况 | 开发可扩展且可解释的解决方案，用于空间嵌入提取、细胞间通信分析和细胞身份注释 | 单细胞转录组数据中的空间嵌入和细胞间相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 基于Transformer的图神经网络 | 单细胞转录组数据 | 六个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |