单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 9342 篇文献,本页显示第 461 - 480 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
461 2026-09-21
Genomics link obesity and type 2 diabetes to Alzheimer's disease to unveil novel biological insights
2026-Feb-17, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 该研究通过性别和年龄分层的基因分型数据,结合多性状分析、机器学习和单细胞转录组学,揭示了肥胖和2型糖尿病与阿尔茨海默病共享的遗传机制。 利用性别和年龄分层的基因分型数据,结合多性状、机器学习和单细胞转录组学,识别了性别特异性的心脏代谢风险与AD的关联,并发现了35个可能的效应基因和可药物靶点,以及左西孟旦作为AD重定位候选药物。 摘要中未明确提及研究局限性。 探究BMI和2型糖尿病如何通过共享遗传途径影响阿尔茨海默病风险,并识别可操作的生物学途径和药物候选。 BMI和2型糖尿病相关的遗传数据以及阿尔茨海默病风险。 机器学习 阿尔茨海默病 基因分型、单细胞转录组学 机器学习 基因型数据、转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
462 2026-09-21
Antibiotic Persistence Emerges from Cell-State-Driven Transcriptional Reprogramming
2026-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过细菌单细胞RNA测序和功能实验,揭示了抗生素持留源于细胞状态驱动的转录重编程。 首次在等基因细菌群体中利用单细胞RNA测序揭示转录异质性和冗余性在持留形成中的作用,并证明预处理细胞状态可决定持留频率。 研究主要基于单一细菌模型,未涉及多种临床菌株;单细胞转录组可能受技术噪声影响,且未全面解析所有持留相关通路。 阐明抗生素持留的分子基础,特别是转录异质性和细胞状态如何影响持留表型。 等基因细菌群体(具体菌种未在摘要中明确,可能为大肠杆菌等模式菌)。 单细胞转录组学、微生物学、系统生物学 细菌感染 细菌单细胞RNA测序、功能实验、遗传和环境扰动 NA 单细胞转录组数据、功能表型数据 NA(摘要未提供具体样本量) NA 细菌单细胞RNA-seq NA NA
463 2026-09-21
Distinguishing causal from tagging enhancers using single-cell multiome data
2026-Feb-17, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 该研究利用单细胞多组学数据区分因果增强子与标记增强子,通过定义共可及性和共活性评分,分析峰-基因关联中的标记效应 定义了共可及性评分和共活性评分,发现标记效应普遍存在,并开发了S-CASC方法识别因果峰-基因关联 研究主要基于免疫/血液细胞类型,可能不适用于其他细胞类型;标记效应的具体机制需进一步验证 区分因果增强子与标记增强子,提高增强子-靶基因关联的准确性 单细胞多组学数据中的ATAC-seq峰和基因表达 机器学习 血液疾病 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq SuSiE 图像 86k个细胞,6种免疫/血液细胞类型 10x Genomics 单细胞多组学 10x Chromium 10x Chromium单细胞多组学技术
464 2026-09-21
Spatial characterisation of TREM2 expression in actively demyelinating multiple sclerosis lesions supports its key roles in lipid metabolic pathways
2026-02-16, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1
研究论文 该研究通过空间转录组学和免疫荧光分析,评估了TREM2在多发性硬化(MS)脱髓鞘病变中的表达和功能,揭示了其在脂质代谢通路中的关键作用 首次在MS患者尸检中枢神经组织中结合空间转录组学和基因共表达网络分析,系统描述了TREM2在活动性脱髓鞘MS病变中的空间分布及其与脂质代谢的关联 研究基于尸检组织,无法反映动态疾病过程;样本量有限;未进行功能验证实验 评估TREM2在有和无MS个体尸检中枢神经系统组织中的表达和功能 多发性硬化患者和非MS个体的尸检中枢神经系统组织 空间转录组学 多发性硬化 空间转录组学,免疫荧光分析,基因共表达网络分析 NA 图像,文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
465 2026-09-21
Morphological innovation without gene co-option: the Drosophila sex comb evolved via changes in developmental tempo and energy metabolism
2026-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过时间序列单细胞RNA测序揭示了果蝇性梳这一新形态特征是通过发育节奏和能量代谢变化进化而来,而非通过基因共选 发现形态创新可以在不共选新基因进入下游性状构建网络的情况下发生,而是通过代谢驱动的发育速率差异实现,挑战了传统的新性状进化需要基因共选的观点 研究仅聚焦于果蝇性梳这一特定系统,结论是否适用于其他形态创新案例尚需进一步验证 探究新性状进化过程中,新的特征身份网络如何重塑性状构建基因网络的遗传机制 果蝇性梳及其进化前体——机械感觉刚毛 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
466 2026-09-21
IL-5 CAR-T cell therapy induces effective remission in hypereosinophilic disorders
2026-Feb-13, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1
研究论文 该研究通过对高嗜酸性粒细胞疾病患者外周血和骨髓样本进行单细胞RNA测序,鉴定出IL-5Rα为最佳治疗靶点,并开发了以人IL-5为配体靶向结构域的首创CAR-T细胞疗法,在体外和动物模型中验证了其有效性和安全性 首次开发了以人白细胞介素-5(hIL-5)作为配体靶向结构域的CAR-T细胞疗法,能够选择性识别并清除IL-5Rα阳性的嗜酸性粒细胞及其前体细胞,覆盖骨髓和外周血中嗜酸性粒细胞发育的所有阶段 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验,缺乏长期安全性和有效性的临床数据 开发一种针对难治性高嗜酸性粒细胞综合征和慢性嗜酸性粒细胞白血病的持久有效的靶向治疗策略 高嗜酸性粒细胞疾病患者(包括难治性高嗜酸性粒细胞综合征和慢性嗜酸性粒细胞白血病)的外周血和骨髓样本,以及高嗜酸性粒细胞白血病小鼠模型 数字病理学 高嗜酸性粒细胞疾病 单细胞RNA测序,CAR-T细胞疗法 NA 文本 健康个体和高嗜酸性粒细胞疾病患者的外周血和骨髓样本(具体样本量未在摘要中说明),以及高嗜酸性粒细胞白血病小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
467 2026-09-21
A Multimodal Single-Cell Epigenomic and 3D Genome Atlas of the Human Basal Ganglia
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文构建了人类基底神经节的首个多模态单细胞表观基因组和3D基因组图谱,联合分析了DNA甲基化和3D染色质构象 首次呈现人类基底神经节跨主要亚区和细胞类型的多模态单细胞表观基因组图谱,联合分析DNA甲基化和3D染色质构象,整合数据构建了涵盖31个亚类和59个类群的261,331个细胞的统一图谱,并通过MERFISH空间转录组学验证 未明确说明 构建人类基底神经节的多模态单细胞表观基因组和3D基因组图谱,揭示细胞类型和区域特异性的表观遗传特征及基因调控架构 人类基底神经节的八个亚区及其细胞类型 数字病理学 神经系统疾病 snm3C-seq(单核多组学甲基化与3D基因组测序)、MERFISH空间转录组学 NA 图像、文本 197,003个细胞核(八个基底神经节亚区),整合数据集后共计261,331个细胞(31个亚类、59个类群) NA 单细胞多组学、空间转录组学 NA NA
468 2026-09-21
Genome-wide single-cell perturbation screens with VIPerturb-seq
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章介绍了VIPerturb-seq平台,一种基于探针检测工作流程的基因组范围单细胞扰动筛选方法,用于CRISPR筛选与单细胞测序的结合 开发了分裂探针策略用于固定细胞中基因组范围CRISPR文库的检测,支持表型富集,并与组合索引工作流程兼容,将Perturb-seq通量提高50倍 摘要中未明确提及研究的局限性 实现常规的基因组范围Perturb-seq实验,以系统地将遗传扰动映射到分子表型 基因组范围CRISPRi文库(GuEST-List)和单细胞 机器学习 NA CRISPR筛选,单细胞测序,Perturb-seq NA 单细胞测序数据 两个基因组范围筛选 NA 单细胞RNA-seq NA NA
469 2026-09-21
ADT-030, a novel PDE10 inhibitor, demonstrates potent antitumor activity in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文研究了一种新型PDE10抑制剂ADT-030在胰腺导管腺癌中的抗肿瘤活性及其作用机制 发现ADT-030作为一种新型PDE10抑制剂,能够选择性抑制KRAS突变型PDAC细胞增殖,克服等位基因特异性KRAS抑制剂的耐药性,并通过重塑肿瘤微环境激活抗肿瘤免疫 摘要中未明确提及研究的具体局限性 研究新型PDE10抑制剂ADT-030在胰腺导管腺癌中的抗肿瘤活性及作用机制 KRAS突变型胰腺导管腺癌细胞系及同基因型和患者来源异种移植(PDX)PDAC模型 肿瘤生物学、药物开发 胰腺癌 单细胞RNA测序 NA 文本、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
470 2026-09-21
Parameter-free representations outperform single-cell foundation models on downstream benchmarks
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过使用简单的、可解释的流程(基于仔细的归一化和线性方法)在多个单细胞基础模型基准测试中取得了SOTA或接近SOTA的性能,甚至在新细胞类型和未见物种的分布外任务上超越了基础模型 提出无需参数化的简单线性表示方法即可在多个下游基准测试中达到或超越单细胞基础模型(如TranscriptFormer)的性能,挑战了深度学习基础模型在单细胞分析中必要性的假设 摘要中未明确提及研究的局限性 探究是否可以在不利用计算密集的深度学习表示的情况下,在单细胞RNA测序数据的下游任务中取得与基础模型相似的性能 单细胞RNA测序数据及其在下游任务(如细胞类型分类、疾病状态预测、跨物种学习)中的表现 机器学习 NA 单细胞RNA测序 线性模型 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
471 2026-09-21
Large-scale sequencing study of de novo regulatory Tandem Repeats (TRs) identifies new ASD (Autism Spectrum Disorders) candidate genes integrating gene expression mapping, brain scRNA-seq and organoid models
2026-Feb-13, Research square
研究论文 通过对西班牙200个ASD三联体家系和SSC中1,637个单纯型四联体家系进行靶向测序,结合多组学功能注释分析de novo串联重复序列,识别ASD候选基因 首次大规模整合de novo串联重复序列分析与ENCODE中85,394个活跃顺式调控元件,结合基因表达映射、脑单细胞RNA-seq和皮质类器官模型多层面证据识别ASD风险基因 样本主要来自西班牙人群和SSC队列,人群多样性有限;de novo TRs的检测依赖生物信息学流程,可能存在假阳性或假阴性 通过整合遗传学和转录组学信息,揭示隐藏于非编码调控区域的ASD缺失遗传力,识别新的ASD候选风险基因 西班牙ASD三联体家系(200个)和Simons单纯型四联体家系(1,637个),以及ASD病例和对照的人脑单细胞RNA-seq数据及皮质类器官表达数据 机器学习, 数字病理学 自闭症谱系障碍 靶向测序, 单细胞RNA-seq, 类器官培养, 生物信息学分析 NA 基因组序列, 转录组数据, 图像 200个西班牙ASD三联体家系和1,637个SSC单纯型四联体家系 NA 靶向测序, 单细胞RNA-seq NA NA
472 2026-09-21
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2026-Feb-12, Blood IF:21.0Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证了骨髓微环境中中央骨髓和骨内膜两个空间区域的7种关键基质细胞群,并揭示炎症通过I型干扰素反应使LepR+间充质基质细胞丧失正常功能、转为炎症表型并过度产生趋化因子 首次系统验证了骨髓中央骨髓和骨内膜两个空间区域中7种关键基质细胞群的单细胞RNA测序与流式细胞术联合分离方法,并揭示了I型干扰素驱动的LepR+间充质基质细胞功能重塑在炎症调控造血反应中的关键作用 摘要中未明确说明研究的局限性 探究骨髓微环境空间区域化在炎症条件下对造血调控的重要性 骨髓微环境中的基质细胞群(中央骨髓和骨内膜区域)及造血干/祖细胞 单细胞生物学 炎症性疾病 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 单细胞转录组数据, 流式细胞术数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
473 2026-09-21
A method to unravel complexity in human peripheral blood B-cell subsets through multiomic cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing (CITE-seq) analyses
2026-Feb-12, ImmunoHorizons
研究论文 该文章开发了一种通过CITE-seq多组学方法分析人外周血B细胞亚群的方法,以识别和追踪罕见的IgM+IgDlow/- B细胞亚群 首次将CITE-seq多组学技术应用于人外周血B细胞亚群分析,通过同时检测转录组和表面蛋白表位,克服了仅基于scRNA-seq无法验证新细胞群体的缺陷,实现了对罕见IgM+IgDlow/- B细胞亚群的精准识别 该方法依赖于已知的表面标记物进行流式门控策略设计,对于完全未知标记物的细胞亚群可能受限;且以人外周血IgM+IgDlow/- B细胞作为替代模型,与小鼠脾脏BDL细胞的相关性有待进一步验证 开发一种多组学方法,通过CITE-seq分析人外周血B细胞亚群,以识别和追踪具有免疫调节功能的罕见IgM+IgDlow/- B细胞群体 人外周血CD19+IgM+IgDlow/- B细胞及主要B细胞亚群(初始B细胞、未成熟B细胞、记忆B细胞) 机器学习, 数字病理学 自身免疫性疾病 CITE-seq, scRNA-seq NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 NA NA
474 2026-09-21
Spatiotemporal cell type deconvolution leveraging tissue structure
2026-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为SpaDecoder的方法,用于基于空间转录组数据的细胞类型解卷积,通过自适应推断的3D邻域高斯核有效利用组织结构和单细胞参考图谱 1. 提出基于并行化矩阵分解的逐点解卷积方法;2. 自适应推断3D邻域高斯核以利用3D组织或时间布局;3. 考虑单细胞参考谱的变异性和批次效应;4. 支持多种下游分析,如解码前后轴变异、插补基因表达、发现关键组织区域、识别共定位细胞类型以及预测时空单细胞RNA-seq细胞位置 摘要中未明确提及 开发一种更有效的空间转录组细胞类型解卷积方法,充分利用3D组织结构和单细胞分辨率参考 空间转录组数据中的每个点以及单细胞RNA-seq参考图谱 空间转录组学, 计算生物学 NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq 矩阵分解, 高斯核 空间转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA NA
475 2026-09-21
fastdemux: Robust SNP-based demultiplexing of single-cell population genomics data
2026-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该论文提出了fastdemux,一个基于对角线性判别分析(DLDA)模型的可扩展基因型去多重化框架,用于单细胞群体基因组学数据的高效SNP去多重化 基于DLDA模型实现去多重化,在保持准确供体分配的同时,将运行时间和峰值内存使用量降低了数个数量级,并能自然扩展到双细胞和更高阶多细胞检测 未明确提及 开发一种高效、可扩展的计算去多重化方法,用于基于群体的大规模单细胞基因组学研究中的样本多重化 来自无关供体的混合单细胞RNA-seq数据集和scATAC-seq数据 机器学习 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq DLDA 文本 NA 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq 10x Chromium NA
476 2026-09-21
Spatial immune hubs defined by conserved activated dendritic cells are remodeled by immunotherapy
2026-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过整合12项小鼠肿瘤研究和28个人类癌症单细胞转录组数据,结合新生成的多重组织成像,构建了肿瘤浸润树突状细胞的综合图谱,揭示了保守的DC激活状态及其在肿瘤中的空间组织,以及免疫治疗诱导的空间重塑 构建了跨物种整合的肿瘤浸润DC图谱,发现了两种保守的DC激活状态(CCR7 DC和ISG DC),揭示了它们定位于不同的T细胞富集区域并嵌入不同的信号环境,发现免疫治疗可诱导DC-T细胞微环境的空间重塑而转录状态变化极小 摘要中未明确提及研究的具体局限性 解析肿瘤浸润树突状细胞的表型多样性及其在肿瘤微环境中的空间动态,并探究免疫治疗对其的重塑作用 肿瘤浸润树突状细胞(DCs)、DC-T细胞微环境、多种免疫治疗条件下的小鼠肿瘤模型及人类肿瘤微环境 数字病理学 泛癌种 单细胞转录组测序、空间转录组学、多重蛋白组成像 NA 图像、文本 12项小鼠肿瘤研究及28个人类癌症数据集的单细胞转录组数据,以及新生成的小鼠模型单细胞分辨率多重组织成像数据 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
477 2026-09-21
SCALPEL: A pipeline for processing large-scale spatial transcriptomics data
2026-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究方法论文 本文介绍了SCALPEL,一个用于处理大规模空间转录组学数据的分析流程,包含三维分割、过滤、双细胞检测、细胞类型标签转移、空间域检测及脑图谱配准等功能 针对大规模图谱级空间转录组数据设计,引入了优化的三维分割算法、改进的过滤标准、基于转录组的双细胞检测、更新的细胞类型标签转移阈值、空间域检测以及组织切片配准到Allen小鼠脑CCFv3,并通过与先前发表的全脑数据集基准比较证明了在细胞数量、表达谱清晰度和空间配准方面的显著提升 摘要中未明确提及该研究的局限性 开发一个支持大规模图谱级空间转录组学数据分析的完整流程,为下游空间分析提供稳健基础,并树立大规模空间转录组学研究的新标准 空间转录组学数据,特别是大规模小鼠全脑空间转录组数据集 空间转录组学 NA 空间转录组学,单细胞RNA测序 NA 空间转录组数据,图像,文本 NA NA 空间转录组学,单细胞RNA测序 NA NA
478 2026-09-21
Attention-guided enhanced deconvolution enables reference-free cell type estimation in spatial transcriptomics
2026-Feb-10, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 该研究开发了AGED(注意力引导增强解卷积)框架,结合概率建模与神经注意力架构,实现了空间转录组学中无需参考的细胞类型估计 首次将Performer线性复杂度注意力机制与两阶段框架结合用于空间解卷积;通过复合评分自动选择最优细胞类型数量,无需人工指定;引入多种注意力机制(交叉注意力、空间注意力、协作注意力)逐步精炼细胞类型特征;动态门控机制平衡全局统计模式与局部数据驱动特征 仅在三种组织类型上进行了验证(小鼠嗅球、人胰腺导管腺癌、人胸腺),尚未在更广泛的疾病和组织类型中测试;未与现有最优方法进行全面的基准比较;框架的计算效率和可扩展性未做详细评估 解决空间转录组学中每个测量位置捕获多个细胞信号的问题,开发无需单细胞参考图谱的细胞类型解卷积方法,自动确定最优细胞类型数量并保持生物学可解释性 小鼠嗅球组织、人胰腺导管腺癌组织、人胸腺组织 空间转录组学 胰腺导管腺癌 空间转录组学 Performer神经网络、注意力机制、概率建模 空间转录组数据、基因表达数据 小鼠嗅球组织、人胰腺导管腺癌组织、人胸腺组织三种组织样本 NA 空间转录组学 NA NA
479 2026-09-21
CiCLoDS: Joint cell clustering and gene selection for single-cell spatial transcriptomics
2026-Feb-09, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 提出CiCLoDS,一种用于单细胞空间转录组学的无监督框架,在用户指定的基因预算下联合优化聚类和特征选择,并在多个数据集上验证其性能。 在严格的用户定义基因预算下联合优化聚类和特征选择,返回与聚类对齐的显式特征子集,接受空间侧信息,在普通CPU上几分钟内收敛。 未明确提及 为成像空间转录组学数据提供一种轻量级、可解释的联合聚类和基因选择方法。 空间转录组学数据,包括小鼠肝脏、人类结肠和人类DLPFC样本。 空间转录组学 NA 成像空间转录组学 无监督聚类模型 空间转录组数据 1.27百万细胞(MERFISH小鼠肝脏)、2.3万细胞(Xenium人类结肠)、人类DLPFC(Visium) Vizgen, 10x Genomics MERFISH, Xenium, Visium Vizgen MERFISH, 10x Xenium, 10x Visium MERFISH用于小鼠肝脏,Xenium用于人类结肠,Visium用于人类DLPFC
480 2026-09-21
A decline in follicle cell function is a major driver of Drosophila ovarian aging
2026-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究发现果蝇卵巢衰老主要表现为体细胞区室中滤泡细胞功能衰退,包括包裹生殖细胞囊肿失败、S期延长和DNA损伤增加,并通过在滤泡细胞中过表达自噬基因atg8a来延缓生殖衰老 首次证明滤泡细胞功能衰退是果蝇卵巢衰老的主要驱动因素,并发现仅在滤泡细胞中过表达自噬关键基因atg8a(哺乳动物LC3同源物)即可改善细胞自主和非自主的生殖衰老特征 研究仅限于果蝇模型,未验证哺乳动物中滤泡细胞(或等效体细胞)自噬增强是否具有类似的抗生殖衰老效果,且未深入探讨atg8a过表达改善衰老的具体分子机制 探究果蝇卵巢衰老的细胞学特征及其驱动因素,并验证通过遗传操作延缓生殖衰老的可行性 果蝇(Drosophila)卵巢,包括生殖细胞和体细胞(滤泡细胞) 单细胞组学、衰老生物学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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