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当前共找到 9459 篇文献，本页显示第 4661 - 4680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4661 | 2026-06-23 |
Conserved Cell Type Signatures Across the Brainstem and Spinal Cord in the Mouse Central Nervous System
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.09.728039
PMID:42327133
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研究论文 | 整合单核多组学测序和空间转录组学，绘制成年小鼠脑干和脊髓中保守的细胞类型特征图谱 | 首次在脑干和脊髓之间系统揭示保守的细胞类型核心特征，发现细胞类型和位置身份在很大程度上正交，并揭示不同神经元类别中区域影响的差异性 | NA | 研究中枢神经系统中细胞类型在脑干和脊髓之间的组织方式和保守特征 | 成年小鼠的脑干和脊髓组织 | 机器学习 | NA | 单核多组学测序（RNA+ATAC），空间转录组学 | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据，空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞多组学，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium 单核多组学（RNA+ATAC），10x Visium 空间转录组 |
| 4662 | 2026-06-23 |
Spatial Transcriptomics reveals a T cell-mediated microglial activation axis of neurodegeneration following immune checkpoint inhibition
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.10.730982
PMID:42327312
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示免疫检查点抑制剂治疗后T细胞介导的小胶质细胞激活轴导致神经退行性变 | 首次利用MERFISH空间转录组学技术以单细胞分辨率揭示免疫检查点抑制剂引起脑功能障碍的细胞特异性分子机制和空间模式，并证明T细胞-小胶质细胞互作轴是驱动神经免疫稳态失调的关键机制 | 主要基于小鼠模型，人类数据仅来自尸检脑组织的免疫荧光分析，且未详细说明样本量和统计效力 | 阐明免疫检查点抑制剂治疗引发脑部免疫相关不良事件的空间模式和细胞特异性分子机制 | 同基因小鼠黑色素瘤模型的海马区以及接受免疫检查点抑制剂治疗患者的死后脑组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间单细胞基因表达数据、批量RNA测序数据 | 未明确说明样本量 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 多路复用错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）技术 |
| 4663 | 2026-06-23 |
Distinct fibroblast and perivascular senotypes define spatial niches that regulate fibrosis
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.08.730636
PMID:42327137
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学分析，发现纤维化相关衰老细胞包含功能上分化的衰老类型，它们被组织成不同的空间微环境，这些微环境通过调节细胞外基质产生、免疫信号和血管重塑来影响纤维化进程 | 首次揭示了纤维化中衰老细胞的功能异质性及其空间组织规律，鉴定出成纤维细胞和血管周围细胞两种功能不同的衰老类型，并证明血管周围衰老在血管重塑与纤维化结果之间起桥梁作用 | 研究主要基于小鼠模型，虽然通过公共数据集验证了人类纤维化疾病中的保守性，但直接的人类组织验证和功能实验仍需进一步开展 | 阐明纤维化相关衰老细胞的异质性及其空间分布对纤维化进程的调控机制 | 小鼠纤维化模型中的基质细胞、免疫细胞和血管细胞，以及公共数据集中的人类纤维化组织 | 数字病理学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 层次因子分解模型 | 基因表达数据，空间转录组数据 | 小鼠纤维化模型组织样本，以及多个公共人类纤维化数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组学 |
| 4664 | 2026-06-23 |
Robust semi-supervised scRNA-seq integration from virtual adversarial learning
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.07.730754
PMID:42327300
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4665 | 2026-06-23 |
Novel mouse models for perianal fistulizing Crohn's disease reveal therapeutic value of interferon-γ antagonists
2026-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.04.730162
PMID:42327245
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研究论文 | 建立三种新型小鼠模型模拟人类肛周瘘管型克罗恩病，并验证干扰素-γ拮抗剂的治疗价值 | 首次建立三种临床相关的小鼠PFCD模型，揭示IFN-γ信号作为核心保守通路，并证明联合IFN-γ与TNF-α阻断的协同治疗效果优于抗TNF-α单药治疗 | 未提及具体局限性 | 建立临床相关的小鼠PFCD模型并评估IFN-γ作为新治疗靶点的潜力 | 三种小鼠模型（TNBS诱导的野生型小鼠、Il10-/-小鼠、TNFΔ69AU/+小鼠）及人源PFCD组织 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 转录组分析、流式细胞术、单细胞和空间转录组学 | NA | 图像、文本 | 三种小鼠模型各至少5周观察期；人源PFCD组织（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 4666 | 2026-06-23 |
Disease-dependent airway epithelial responses to acute electronic cigarette aerosol exposure: a pilot single-cell analysis
2026-Jun-05, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfag068
PMID:42244142
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序分析急性能电子烟暴露对健康和哮喘供体气道上皮细胞的疾病依赖性反应 | 首次在单细胞水平揭示哮喘背景下急性能电子烟暴露的细胞类型特异性转录反应，包括炎症、应激和衰老相关通路的疾病依赖性差异 | 样本量较小（初步研究），且仅评估了单次短期暴露（30分钟），未考虑长期暴露或不同电子烟成分的影响 | 探究急性能电子烟暴露对哮喘和非哮喘个体气道上皮细胞的细胞类型特异性反应差异 | 来自健康和哮喘供体的原代人气道上皮细胞（在气液界面分化） | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康和哮喘供体的气道上皮细胞样本（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4667 | 2026-06-23 |
The immunodynamics of pulmonary fibrosis
2026-Jun, Cytokine & growth factor reviews
IF:9.3Q1
DOI:10.1016/j.cytogfr.2026.04.001
PMID:41999680
|
综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学揭示的肺纤维化免疫动力学，重新定义了免疫系统在肺纤维化中的核心驱动作用 | 提出免疫动力学框架，整合了特发性肺纤维化（IPF）和继发性纤维化间质性肺病（ILDs）的发病机制，并识别可干预的治疗窗口和患者分层策略 | 未提及具体局限性，需结合原文进一步分析 | 综合解析固有和适应性免疫细胞在肺纤维化疾病阶段的时空动态，评估免疫靶向治疗转化的成败 | 肺纤维化中的免疫细胞、上皮细胞和间质细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'基因表达, 10x Visium空间基因表达 |
| 4668 | 2026-06-23 |
Single-cell transcriptomics reveals the ameliorative effect of gastrodin on cholestatic liver fibrosis
2026-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158165
PMID:41999704
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示天麻素对胆汁淤积性肝纤维化的缓解作用及多细胞机制 | 首次利用单核RNA测序（snRNA-seq）整合分析天麻素在胆汁淤积性肝纤维化模型中的多细胞调控机制，发现新的肝星状细胞亚群（Serpina表达）并鉴定关键靶点（Sult2a1、Sult1e1、Serpina1a） | 未明确提及，可能包括依赖鼠模型、缺乏临床验证、机制验证不足等（需参考全文） | 探究天麻素对胆汁淤积性肝纤维化的治疗潜力及其分子机制 | DDC饮食模型和胆管结扎模型小鼠的肝脏组织 | 机器学习 | 肝纤维化 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | DDC模型小鼠和BDL模型小鼠（具体数量未在摘要中提供） | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 4669 | 2026-06-23 |
Resolving sensitivity, specificity and signal contamination in Xenium spatial transcriptomics
2026-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-026-03089-8
PMID:42062553
|
研究论文 | 对Xenium空间转录组技术的敏感性、特异性和信号污染进行系统分析，并介绍一种信号净化方法SPLIT | 首次全面分析Xenium数据的技术噪声来源和性能特点，提出SPLIT方法解决信号污染问题并揭示T细胞耗竭特征与恶性细胞共定位的关联 | 文本未明确说明局限性，但可能包括数据集仅涵盖乳腺和肺肿瘤样本，以及方法仍需在更广泛组织类型中验证 | 评估Xenium空间转录组技术的性能特征并开发信号净化方法 | Xenium平台生成的40多个乳腺和肺肿瘤组织切片的空间转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌、肺癌 | 空间转录组学、单核RNA测序 | 不适用 | 空间基因表达数据 | 超过40个乳腺癌和肺癌组织切片 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组平台，使用多种基因组合 |
| 4670 | 2026-06-23 |
Integrated Analysis of Macrophage-Associated Necroptosis in Alopecia Areata
2026-Jun, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70305
PMID:42325069
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研究论文 | 通过整合转录组学和组织学分析，研究斑秃中巨噬细胞相关的坏死性凋亡特征 | 首次结合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq揭示斑秃中巨噬细胞亚群（IL4I1 macrophages_1）与坏死性凋亡信号的特异性关联，并发现TGFβ、ITGB2和GAS6信号通路在巨噬细胞-成纤维细胞通讯中的作用 | 样本量有限且主要来自公共数据库，缺乏功能性验证实验 | 探究坏死性凋亡在斑秃发病机制中的作用 | 斑秃患者和健康对照的头皮样本 | 生物信息学 | 斑秃 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 图像 | 191个头皮样本（来自斑秃患者和健康对照） | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4671 | 2026-05-21 |
Pan-cancer analysis of spatial transcriptomics reveals heterogeneous tumor spatial microenvironment
2026-May-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102751
PMID:41999752
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研究论文 | 对12种癌症类型373个样本进行泛癌空间转录组分析，揭示肿瘤空间微环境的异质性 | 首次大规模泛癌空间转录组分析，识别出56个局部细胞程序和13个重现性微环境，并发现肿瘤细胞和巨噬细胞的基因表达高度依赖于其空间位置 | 样本量和癌症类型覆盖仍有局限，部分微环境的临床关联需进一步验证 | 系统解析肿瘤空间微环境的异质性及其对临床结局的影响 | 12种癌症类型的373个肿瘤样本 | 数字病理学 | 多种癌症（泛癌） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 373个肿瘤样本（12种癌症类型） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 4672 | 2026-06-23 |
High-quality acinar cell isolation enables single-cell analysis of healthy and injured pancreas
2026-May-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101415
PMID:42013858
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研究论文 | 开发了一种高效分离高质量腺泡细胞的方法，实现健康和损伤胰腺的单细胞分析 | 提出一种快速消化胰腺组织获得高质量单细胞的方案，克服了腺泡细胞分离困难，实现了对急性胰腺炎模型和胰腺导管腺癌模型中腺泡细胞的全面表征 | 未提及具体局限性 | 开发改善胰腺腺泡细胞分离的方法，以便进行单细胞RNA测序分析 | 小鼠胰腺腺泡细胞 | 数字病理学 | 急性胰腺炎, 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康小鼠胰腺和雨蛙素诱导的急性胰腺炎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4673 | 2026-06-23 |
CD163 and Tim-4 identify resident intestinal macrophages that are spatially regulated by TGF-β
2026-May-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20240801
PMID:42012484
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，鉴定出CD163和Tim-4作为肠道常驻巨噬细胞的标志物，并发现TGF-β信号在维持其空间分布和特性中起关键作用 | 挑战了肠道巨噬细胞仅存在于肌肉层的传统观念，发现长寿巨噬细胞也存在于固有层，并揭示了TGF-β信号对固有层而非黏膜下/肌肉层巨噬细胞特性的差异化调控 | 研究主要基于小鼠模型，人类肠道巨噬细胞的适用性需进一步验证；实验未完全排除其他肠道微环境因子的潜在影响 | 探究肠道不同组织层中长寿巨噬细胞的表型特征及其调控机制 | 野生型和Ccr2基因敲除小鼠的肠道组织层细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和Ccr2-/-小鼠肠道组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 4674 | 2026-06-23 |
Single cell RNA sequencing reveals transitional states and signaling shifts in nephron progenitor cells of the late-gestation rhesus macaque kidney
2026-May-04, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12908-3
PMID:42071182
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析晚期妊娠恒河猴肾脏的肾单位祖细胞，揭示其过渡状态和信号变化 | 首次在晚期妊娠恒河猴肾脏中识别出晚期妊娠特异的肾单位祖细胞诱导分支，并发现WNT和SEMA信号成分的组成变化 | 这些变化是时间依赖还是物种依赖尚待确定 | 探究晚期妊娠中肾单位形成（侧支肾单位发生）的潜在机制 | 晚期妊娠（第二和第三孕期）恒河猴胎儿肾脏组织 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-seq, RNAScope | NA | 基因表达数据 | 9个恒河猴肾脏样本（scRNA-seq）和8个人类肾脏样本（公开数据） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4675 | 2026-06-23 |
Empowering multifaceted analysis of spatial transcriptomics data with RGAST
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag298
PMID:42302280
|
研究论文 | 提出RGAST框架，利用关系图注意力自编码器统一分析空间转录组数据，实现空间域识别、细胞相互作用重建等多种下游任务 | 通过引入关系图注意力自编码器联合建模空间邻近性和基因表达相似性，在单一框架内实现多种空间转录组分析任务，显著提升空间域识别准确率（调整兰德指数提高约10%）并捕捉远程信号通路 | 未提及局限性 | 开发一个统一框架以空间转录组数据进行多层面分析，解决当前分析方法分散的问题 | 空间转录组数据，包括小鼠下丘脑、人脑皮层等组织样本 | 机器学习 | NA | 空间转录组测序 | 关系图注意力自编码器 | 转录组数据 | 包含背外侧前额叶皮层数据集、小鼠下丘脑、人脑皮层等样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4676 | 2026-06-23 |
STORM: spatial transcriptomics optimization by resolution via matrix factorization
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag324
PMID:42328842
|
研究论文 | 提出STORM，一种通过矩阵分解优化空间转录组学的机器学习框架，能在严重稀疏数据下提升数据保真度 | 将空间转录组恢复建模为低秩张量分解问题，并通过正则化策略整合多模态生物学先验，包括空间连续性、组织形态学和基因-基因相互作用结构 | NA（摘要未明确提及） | 改进空间转录组学数据在高度稀疏条件下的恢复精度，保留有生物学意义的空间结构 | 肺组织样本（包括健康和恶性样本）的空间转录组数据 | 机器学习 | 肺癌 | 空间转录组学 | 低秩张量分解模型 | 空间转录组数据、组织病理学图像 | 多种肺组织剖面（包括健康和恶性样本） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4677 | 2026-06-23 |
ST2HE: enhancing spatial transcriptomics interpretability via virtual staining for histological annotation
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag326
PMID:42328841
|
研究论文 | 提出ST2HE框架，通过虚拟染色从高分辨率空间转录组数据合成H&E图像，实现组织学注释 | 首次利用一步扩散模型将细胞核形态与空间转录坐标整合，实现跨平台、跨组织的虚拟H&E染色，支持已知和新颖组织背景的注释 | 需要更大上下文窗口、平衡损失函数和多色转录可视化的优化；可能受限于特定组织类型的泛化能力 | 增强高分辨率空间转录组数据的组织学注释可解释性和可扩展性 | 乳腺癌、非小细胞肺癌和卡波西肉瘤组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌、非小细胞肺癌、卡波西肉瘤 | 空间转录组学 | 扩散模型 | 组织图像和空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4678 | 2026-06-23 |
ModelistsGCN: a multimodal graph convolutional network framework for single-cell spatial transcriptomic cell typing
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag340
PMID:42328843
|
研究论文 | 提出一种半监督多模态图卷积网络框架ModelistsGCN，整合基因表达、空间邻近性和细胞形态学特征，用于单细胞空间转录组学中的细胞类型鉴定 | 首次将基因表达、空间邻域结构和可解释的形态学特征三者整合到图卷积网络中，弥补单细胞空间转录组数据分子覆盖度有限的不足，提升细胞类型鉴别能力 | NA | 提高单细胞空间转录组数据中细胞类型推断的准确性，特别是在基因覆盖稀疏的条件下 | 小鼠视觉皮层数据集和转移性乳腺癌组织样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学，MERFISH，ExSeq | 图卷积网络 | 空间转录组数据 | 小鼠视觉皮层数据集和转移性乳腺癌组织样本 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 4679 | 2026-06-23 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals novel lncRNA macromolecules associated with PARP11, LMF1, and RRM2 regulatory axes in non-small cell lung cancer
2026-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.151932
PMID:41997320
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示非小细胞肺癌中与PARP11、LMF1和RRM2调控轴相关的新型lncRNA大分子 | 鉴定了三种新型lncRNA大分子（AC005842.1、AC009041.2、AC007240.1），并开发了开源Shiny应用lncScape，引入lncRNA动态评分（LDS）和TF-lncRNA动态评分（TLD）两种新策略 | 未在更大样本量或体内模型中验证，且lncRNA功能分析主要基于计算预测和体外实验 | 探索非小细胞肺癌中lncRNA大分子在肿瘤异质性和免疫微环境中的调控作用 | 非小细胞肺癌中的肿瘤细胞和免疫细胞群体 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 实时定量PCR | 伪时间轨迹模型 | 单细胞转录组数据 | 非小细胞肺癌细胞系（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4680 | 2026-06-23 |
Identification of tissue plasminogen activator (PLAT) as a potential target linking osteoarthritis and psoriasis: Integrated bioinformatics analysis and molecular dynamics simulation
2026-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152038
PMID:41997321
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析和分子动力学模拟，鉴定组织型纤溶酶原激活物（PLAT）作为骨关节炎与银屑病共病的潜在共同靶点 | 首次利用多组学整合策略（WGCNA、机器学习、单细胞RNA-seq等）结合分子模拟，发现PLAT是OA与PSO共病的共同分子靶点，并预测核黄素为潜在抑制剂 | 未在临床样本或更广泛的疾病模型中验证PLAT与共病的直接因果关系；分子模拟和体外实验的初步结果需进一步体内验证 | 探索骨关节炎与银屑病共同的分子机制并鉴定潜在治疗靶点 | 骨关节炎和银屑病相关的基因表达数据及分子互作网络 | 机器学习 | 骨关节炎，银屑病 | WGCNA，LASSO，随机森林，人工神经网络，单细胞RNA-seq，分子对接，分子动力学模拟，MM/PBSA计算，RT-qPCR，CCK-8实验 | LASSO，随机森林，人工神经网络 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |