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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4621 | 2026-06-23 |
Intracellular microbial shifts during COVID-19 infection and longitudinal recovery revealed by single-cell RNA sequencing
2026-Jul-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.116344
PMID:42325555
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示COVID-19感染期间及长期康复过程中细胞内微生物群的变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术,深入探究SARS-CoV-2奥密克戎变异株感染和康复期间免疫细胞内微生物群落的动态变化,并揭示其与长期COVID病理生理学的潜在关联 | 未明确说明,推测可能包括样本量有限、微生物检测方法的灵敏度限制、以及缺乏功能验证实验 | 探究SARS-CoV-2奥密克戎变异株感染和康复期间宿主-微生物动态变化,特别是免疫细胞中细胞内微生物群落的作用 | 57名个体的191,417个外周血单核细胞,包括健康对照、急性感染期、近期康复和长期康复者 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 57名个体,包括9名健康对照、24名奥密克戎感染患者、16名近期康复者和8名长期康复者 | BD Biosciences | 单细胞RNA测序 | BD Rhapsody | BD Rhapsody单细胞分析系统,用于外周血单核细胞的单细胞RNA测序 |
| 4622 | 2026-06-23 |
SOX4 is a transcriptional activator for CTHRC1 in lung fibroblast activation
2026-Jul-10, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2026.150171
PMID:41997467
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研究论文 | 研究发现SOX4是肺成纤维细胞激活中CTHRC1的转录激活因子 | 首次揭示SOX4直接结合CTHRC1启动子并激活其转录,确认SOX4-CTHRC1调控轴在肺成纤维细胞激活中的作用 | 未明确说明研究局限性 | 探究CTHRC1在肺成纤维细胞激活中的转录调控机制 | 肺纤维化中的成纤维细胞 | 机器学习 | 肺纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 荧光素酶报告基因检测, 染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 三个公开数据集(GSE124685、GSE169500、GSE135893)及TGFβ1诱导的MRC5成纤维细胞 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4623 | 2026-06-23 |
Single-cell transcriptomic atlas of shrimp hepatopancreas reveals an endoplasmic reticulum stress-dependent immune response to Vibrio parahaemolyticus infection
2026-Jul, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2026.111364
PMID:42000089
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研究论文 | 通过对南美白对虾肝胰腺进行单细胞核测序,揭示了副溶血弧菌感染下内质网应激依赖的免疫应答机制 | 首次构建了甲壳类动物肝胰腺在细菌感染下的单细胞转录组图谱,并发现内质网应激是免疫应答的关键调控通路 | 研究仅使用snRNA-Seq分析,可能遗漏某些细胞类型的转录信息,且未进行功能验证实验 | 解析甲壳类动物在细菌感染时的免疫应答分子机制 | 凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肝胰腺细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞核测序(snRNA-Seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 20000个以上高质量细胞(包含B、F、E、M和R五类细胞) | NA | 单细胞核RNA测序 | NA | NA |
| 4624 | 2026-06-23 |
Decoupling lactylation-associated metabolic remodelling in Asthma: Integrated multi-omics and machine learning identify RCC2 as a potential therapeutic target
2026-Jul, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2026.109371
PMID:42000636
|
研究论文 | 通过整合多组学和机器学习,揭示哮喘中乳酸化相关代谢重塑,并识别RCC2为潜在治疗靶点 | 首次构建可解释的乳酸代谢生物标志物诊断框架,整合批量转录组和单细胞RNA测序数据,系统描绘哮喘中乳酸/组蛋白乳酸化相关的代谢状态,并识别RCC2作为连接糖酵解与表观遗传重塑的候选调控枢纽 | 机制研究仅在体外细胞模型中验证,缺乏体内和临床队列的进一步验证 | 绘制哮喘气道细胞谱系中乳酸/组蛋白乳酸化相关的代谢状态,并开发可解释的乳酸代谢生物标志物诊断框架 | 哮喘患者的气道细胞,包括巨噬细胞和上皮细胞 | 机器学习和数字病理学 | 哮喘 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、siRNA敲降、乳酸定量、组蛋白乳酸化免疫荧光、非靶向液相色谱-质谱代谢组学 | 高斯混合模型引导的逻辑回归分类器 | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 训练集GSE63142(未指定具体样本数),验证集GSE43696(未指定具体样本数),单细胞RNA测序数据集GSE193816(未指定具体样本数),尘螨刺激的16HBE细胞系 | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4625 | 2026-06-23 |
Curcumin modulates the function of SPP1+ macrophages via NF-κB signaling to alleviate endometriosis
2026-Jul-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116644
PMID:42001649
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建子宫内膜异位病灶单细胞图谱,发现SPP1+巨噬细胞是关键的致病细胞亚群,并阐明姜黄素通过调控NF-κB信号通路缓解疾病的分子机制 | 首次通过单细胞图谱鉴定SPP1+巨噬细胞为子宫内膜异位症的关键致病亚群,并揭示其通过NF-κB通路促炎重编程及介导旁分泌串扰的机制,同时提出姜黄素靶向该信号轴的新治疗机制 | NA | 探索子宫内膜异位症的关键致病细胞亚群及其分子机制,并评估姜黄素的治疗作用 | 子宫内膜异位病灶中的巨噬细胞、基质细胞、上皮细胞及动物模型中的异位病灶组织 | 单细胞转录组学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序、多组学分析、细胞通讯分析、功能验证、动物实验 | NA | 单细胞转录组数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4626 | 2026-06-23 |
Comprehensive Multi-Omics Profiling of Tertiary Lymphoid Structures Reveals Immunogenetic Landscapes and Prognostic Subtypes in Lung Adenocarcinoma
2026-Jul, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.70120
PMID:42070266
|
研究论文 | 通过对三级淋巴结构的综合多组学分析,揭示了肺腺癌的免疫遗传学景观和预后亚型 | 首次通过整合多组学策略构建了与三级淋巴结构相关的预后模型,并利用孟德尔随机化鉴定具有遗传支持的TLS相关基因 | 未明确提及 | 构建三级淋巴结构相关的预后模型并阐明相关的免疫遗传机制 | 肺腺癌患者及细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 逆转录定量聚合酶链反应, 孟德尔随机化 | 机器学习模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本总数 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4627 | 2026-06-23 |
Comprehensive Analysis of scRNA-Seq and RNA-Seq Revealed the Role of Programmed Cell Death-Related Genes in the Prognosis of Glioblastoma Patients
2026-Jul, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-026-05687-w
PMID:42008052
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4628 | 2026-06-23 |
Exploration of the Key Mechanism by Which Kaempferol Inhibits Glycolysis in Hepatocellular Carcinoma Cells via the AKT-mTOR Pathway
2026-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202600141RR
PMID:42322592
|
研究论文 | 探究山奈酚通过AKT-mTOR通路抑制肝细胞癌糖酵解的关键机制 | 首次结合转录组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,揭示山奈酚通过靶向AKT-mTOR通路下调CA9基因表达来调控糖酵解,从而抑制肝细胞癌进展 | 未明确说明山奈酚在体内模型中的效果及长期安全性 | 阐明山奈酚抑制肝细胞癌细胞糖酵解的分子机制 | 肝细胞癌MHCC97H和Huh7细胞系 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, Western blot, 分光光度法 | NA | 转录组数据 | 两种肝细胞癌细胞系(MHCC97H和Huh7) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 4629 | 2026-06-23 |
TCF7L2 promotes abdominal aortic aneurysm through smooth muscle cell-mediated extracellular matrix remodeling
2026-Jun-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195681
PMID:42060473
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研究论文 | 研究转录因子7类似物2(TCF7L2)在腹主动脉瘤发病机制中的作用,通过平滑肌细胞介导的细胞外基质重塑促进动脉瘤形成 | 首次整合汇总数据孟德尔随机化与单细胞RNA测序,确定TCF7L2在血管平滑肌细胞中富集并与腹主动脉瘤有因果关系,并揭示了其通过调节MMP14、TIMP3和ITGB1表达驱动细胞外基质重塑的新机制 | 未明确提及,但可能包括仅在动物模型中验证和缺乏直接人体干预数据 | 阐明TCF7L2在腹主动脉瘤发病中的角色和机制,探索潜在治疗靶点 | 人及小鼠主动脉组织、血管平滑肌细胞 | 机器学习 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序、汇总数据孟德尔随机化 | NA | 基因表达数据、文本 | 三个不同的腹主动脉瘤小鼠模型(血管紧张素II输注、β-氨基丙腈/血管紧张素II联合给药及弹性蛋白酶诱导) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4630 | 2026-06-23 |
SpaVGMC: A Unified Representation Learning Framework via Structural and Semantic Alignment in Spatial Transcriptomics
2026-Jun-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.6c01121
PMID:42253102
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研究论文 | 提出SpaVGMC,一种通过结构和语义对齐进行统一表示学习的空间转录组学框架 | 首次将结构化变分表示学习、结构信息对齐和语义对齐统一在一个框架中,同时建模局部空间依赖和全局转录组织结构,无需数据增强即可实现分布感知的对比学习 | 未明确提及局限性 | 提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性,解决局部过度平滑、拓扑保真度受损和全局语义结构建模不足的问题 | 空间转录组学数据集中的组织切片及空间域 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 结构化变分自编码器、图神经网络、对比学习模型 | 空间基因表达数据 | 多个空间转录组学数据集(具体数量未提供) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4631 | 2026-06-23 |
A multi-tissue single-cell atlas of moso bamboo (Phyllostachys edulis) reveals cellular heterogeneity and lineage trajectories
2026-Jun-22, Tree physiology
IF:3.5Q1
DOI:10.1093/treephys/tpag086
PMID:42324763
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研究论文 | 对毛竹幼苗进行单细胞RNA测序,构建了包含31658个高质量转录组的细胞图谱,揭示了不同组织的细胞异质性和谱系发育轨迹 | 首次系统构建毛竹多组织单细胞转录组图谱,揭示根、茎、叶发育轨迹差异及关键调控因子 | 仅分析了幼苗阶段,未涵盖成年竹子的发育过程;功能验证实验需要进一步开展 | 阐明毛竹快速生长和适应环境的细胞基础 | 毛竹(Phyllostachys edulis)幼苗 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 毛竹幼苗,31658个高质量单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4632 | 2026-06-23 |
Spatiotemporal Dynamics of NK Cell Immune Checkpoints Tim-3 and Lag-3 in Human Pregnancy: An Integrated Peripheral and Decidual Compartment Analysis
2026-Jun-22, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioag126
PMID:42324764
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研究论文 | 本研究综合外周血和蜕膜组织分析,探讨免疫检查点Tim-3和Lag-3在人类妊娠中的时空动态变化及其在复发性流产中的作用 | 首次整合外周血和蜕膜组织,揭示妊娠期Tim-3和Lag-3在NK细胞亚群中的时空特异性表达模式,并发现可溶性Tim-3与膜结合Tim-3的负相关关系 | 样本量有限,未明确提及具体数量;未深入探讨Tim-3和Lag-3的功能机制 | 阐明免疫检查点Tim-3和Lag-3在母胎免疫调节中的时空动态变化 | 人类妊娠期外周血和蜕膜组织中的NK细胞和T细胞 | 数字病理学 | 复发性流产 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括正常妊娠和复发性流产患者的样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 4633 | 2026-06-23 |
Condition-Associated Pattern Extraction and Recovery From Multi-Condition Single-Cell RNA-seq Data With CAPER
2026-Jun-22, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76186
PMID:42328733
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研究论文 | CAPER是一个矩阵分解框架,用于从多条件单细胞RNA-seq数据中提取并恢复与条件相关的生物学信号 | CAPER能够明确区分共同生物学状态与条件特异性变异,直接输出可解释且批次校正的表达矩阵,保留并分离目标信号,优于现有方法 | 文章未明确提及局限性 | 开发一种鲁棒且可解释的工具,从多条件单细胞RNA-seq数据中恢复生物学信号,支持疾病研究和功能基因组学发现 | 多条件单细胞RNA-seq数据中的生物学信号和条件特异性变异 | 机器学习 | 肺腺癌, 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 矩阵分解 | 基因表达数据 | 包括模拟数据及三个真实数据集:高信噪比的PBMC免疫刺激数据、混杂信噪比的LUAD肿瘤微环境数据、低信噪比的T1D复杂自身免疫疾病数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4634 | 2026-06-23 |
Longitudinal Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Evolution of Micro- and Macro-states in Chronic Myeloid Leukemia
2026-Jun-22, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-4371
PMID:42328854
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研究论文 | 利用纵向单细胞RNA测序揭示慢性髓系白血病微状态和宏状态的演变 | 通过整合单细胞与批量转录组数据,运用状态转换理论,从理论层面解释了为何单细胞层面的离散疾病表型不清晰,而聚合的宏状态层面能清晰显现,为理解疾病演变提供了新框架 | 主要基于慢性髓系白血病数据验证,在其他癌症和复杂疾病中的通用性有待进一步验证 | 探索单细胞RNA测序与批量转录组数据中慢性髓系白血病的信息内容,澄清离散疾病表态如何从噪声单细胞数据中涌现 | 慢性髓系白血病患者的单细胞转录组数据 | 机器学习 | 慢性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 状态转换模型 | 基因表达数据 | 未明确说明样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4635 | 2026-06-23 |
Integrative single-cell profiling and explainable AI identify monocyte-metabolic signatures as diagnostic biomarkers and candidate therapeutic targets in tuberculosis
2026-Jun-22, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-05005-2
PMID:42329418
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和可解释人工智能,发现并验证了结核病中单核细胞免疫代谢相关的6基因诊断标志物及潜在治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序与大规模共识机器学习框架(113种算法组合),筛选出反映单核细胞免疫代谢重编程的6基因标志物,并通过可解释性分析(SHAP)和临床ELISA验证其诊断价值,同时利用网络药理学预测天然化合物靶向治疗潜力 | 临床验证队列规模较小,且ELISA检测仅评估了蛋白质水平,未深入探讨标志物在不同结核病亚型(如潜伏感染、活动性结核)的区分能力 | 开发基于宿主免疫代谢失调的可靠、可解释的诊断标志物及候选治疗靶点,以改进结核病的快速诊断和宿主导向治疗 | 结核病患者的外周血单核细胞及转录组公共数据 | 机器学习, 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 分子对接 | glmBoost + 随机森林(RF)集成模型 | 基因表达数据, 转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多个转录组公共队列及一个独立的初步临床队列(具体样本量未在摘要中明确说明) | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | NA |
| 4636 | 2026-06-23 |
Investigating the shared genetic architecture between selective immunoglobulin A deficiency and autoimmune diseases
2026-Jun-22, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-026-02850-5
PMID:42329450
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研究论文 | 系统分析选择性免疫球蛋白A缺乏症与自身免疫性疾病的共享遗传结构 | 通过跨性状全基因组关联研究荟萃分析,首次系统揭示IgAD与10种常见自身免疫性疾病间的多效性位点和共享遗传基础,并利用单细胞RNA测序鉴定受影响的细胞类型 | 仅基于大规模GWAS汇总统计数据,缺乏原始个体级数据验证;分析限于欧洲血统人群,可能不适用于其他人群 | 探究选择性免疫球蛋白A缺乏症与自身免疫性疾病之间的共享遗传结构及潜在机制 | 选择性免疫球蛋白A缺乏症和10种常见自身免疫性疾病 | 机器学习 | 自身免疫性疾病 | 全基因组关联研究、单细胞RNA测序、孟德尔随机化 | NA | 遗传数据、单细胞转录组数据 | 大规模GWAS汇总统计数据,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4637 | 2026-06-23 |
The Heterogeneity of B Cells Potentially Contributes to Metastasis of Clear Cell Renal Cell Carcinomas
2026-Jun-21, Cancer investigation
IF:1.8Q3
DOI:10.1080/07357907.2026.2675653
PMID:42324780
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和免疫荧光成像分析,揭示B细胞异质性在透明细胞肾细胞癌转移中的潜在作用 | 首次通过单细胞RNA测序分类B细胞亚群,发现B细胞(HLA-DRA)亚群与ccRCC转移显著相关,并鉴定出六个与不良预后相关的上调基因 | 未提及具体限制 | 探索免疫异质性对ccRCC临床结果的影响,特别是B细胞亚群在转移中的作用 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC) | 机器学习 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序,免疫荧光成像 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4638 | 2026-06-23 |
Integrative multi-omics analysis and machine learning identify M2 macrophage-induced ferroptosis resistance in glioblastoma
2026-Jun-20, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-026-01918-9
PMID:42321379
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研究论文 | 整合多组学数据与机器学习,揭示M2型巨噬细胞诱导胶质母细胞瘤铁死亡抵抗的机制 | 首次发现M2型巨噬细胞通过NCOA4-FTH1通路赋予胶质母细胞瘤铁死亡抵抗,揭示了免疫微环境与程序性细胞死亡之间的关键串扰 | 未提及明确局限性 | 探究肿瘤相关巨噬细胞与铁死亡在胶质母细胞瘤进展中的功能相互作用 | 胶质母细胞瘤细胞及肿瘤相关巨噬细胞 | 机器学习教育 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习模型(28基因预后特征) | 转录组数据 | 公共队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4639 | 2026-06-23 |
Dual blockade of PD-1 and NKG2A prevents NK cell senescence and reprograms the immunosuppressive microenvironment in pancreatic cancer
2026-Jun-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117583
PMID:42322608
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研究论文 | 本研究揭示PD-1和NKG2A双重阻断可预防胰腺癌中NK细胞衰老并重编程免疫抑制微环境 | 首次发现ICB诱导的IFN-γ信号上调肿瘤细胞H2-T23,与NK细胞NKG2A相互作用通过p38 MAPK和STAT1/3通路诱导NK细胞衰老,并证明PD-1和NKG2A双重阻断能有效预防衰老、恢复NK功能并增强抗肿瘤免疫 | 未在文中详细说明局限性,但可能涉及临床转化验证不足或样本规模有限 | 探究胰腺导管腺癌中免疫检查点阻断疗效有限的原因及克服耐药的新策略 | 胰腺导管腺癌细胞、NK细胞、CD8 T细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 九种癌症类型的单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4640 | 2026-06-23 |
Comprehensive investigation of hypoxia-associated genes and their predictive significance in osteosarcoma
2026-Jun-20, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102863
PMID:42322695
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研究论文 | 对骨肉瘤中低氧相关基因进行综合研究并探讨其预测意义 | 开发了一个称为细胞低氧预测框架的数据驱动建模框架,整合单细胞转录组谱与低氧基因特征,并发现低氧细胞主要局限于肿瘤核心区域以及一个具有高侵袭潜能的低氧亚群 | 未明确说明,但可能涉及样本量有限或缺乏外部验证 | 探究低氧对骨肉瘤侵袭的影响并识别可靠的基因特征以预测预后 | 骨肉瘤细胞中的低氧状态及相关基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组测序 | 预测模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |