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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4301 | 2026-05-08 |
Multivariable genome-wide analysis elucidates the shared genetic architecture, immunosenescence features, and gut-origin therapeutic targets of ulcerative colitis-associated multisystem inflammation
2026-May-07, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-026-02257-y
PMID:42096094
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研究论文 | 通过多变量全基因组分析揭示溃疡性结肠炎相关多系统炎症的共享遗传架构、免疫衰老特征及肠道来源治疗靶点 | 首次定义溃疡性结肠炎相关多系统炎症遗传架构(UC-MIGA)并利用基因组结构方程模型(SEM)整合七种欧洲血统GWAS数据集,揭示共享遗传因子及免疫衰老与端粒功能障碍在肠外表现中的核心作用 | 样本仅限欧洲血统人群,缺乏跨种群验证;部分肠外表型的GWAS数据集规模较小可能影响统计效力;因果推断依赖孟德尔随机化需进一步实验验证 | 阐明溃疡性结肠炎相关多系统炎症的共享遗传基础、免疫衰老特征及潜在治疗靶点 | 溃疡性结肠炎及其肠外表现(深静脉血栓、强直性脊柱炎、原发性硬化性胆管炎、坏疽性脓皮病、间质性肺病、结节性红斑) | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | GWAS | 结构方程模型 | 基因组数据 | 七种欧洲血统GWAS数据集(具体样本量未在摘要中提供) | NA | NA | NA | NA |
| 4302 | 2026-05-08 |
Using CRISPR barcoding as a molecular clock to capture dynamic processes at single-cell resolution
2026-05-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280915.125
PMID:42067223
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研究论文 | 本文提出scDynaBar方法,结合CRISPR-Cas9动态条形码与单细胞测序,以分子时钟方式记录细胞动态过程 | 首次利用CRISPR条形码随时间积累突变的特性作为分子时钟,通过单细胞测序同时捕获转录组和时序信息,实现对细胞动态过程的时序追踪 | 当前方法依赖于体外系统验证,在体内复杂环境中的稳定性和普适性仍需进一步验证 | 开发能够以单细胞分辨率捕获动态生物学过程的新技术 | 小鼠胚胎干细胞和小鼠类原肠胚模型中的多种细胞类型 | 单细胞测序 | NA | CRISPR-Cas9动态条形码、单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎干细胞和小鼠类原肠胚模型中多种细胞类型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序平台 |
| 4303 | 2026-05-08 |
Lignature provides a curated resource of ligand-induced transcriptomic signatures for signaling inference
2026-05-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281287.125
PMID:41951436
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研究论文 | Lignature是一个包含362种人类配体诱导转录组特征的数据库,用于推断配体信号传导 | 首次系统性地构建了362种人类配体的细胞内转录组响应特征库,并整合了基因和通路层面的特征,显著扩展了现有资源(如CytoSig和ImmuneDictionary)的覆盖范围 | 论文未明确提及限制,但可能包括数据库依赖已有转录组数据集的质量和覆盖范围,以及组合调控模型需要进一步验证 | 建立配体诱导转录组特征的综合性资源,用于推断配体-受体相互作用和信号传导 | 362种人类配体的配体-受体相互作用及相关转录响应 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 包含来自已发表转录组数据集的362种配体特征 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4304 | 2026-05-08 |
Schlemm's Canal Development and Implications for Glaucoma Treatment
2026-May-06, Annual review of vision science
IF:5.0Q1
|
综述 | 探讨Schlemm管在眼压调节中的发育机制及其对青光眼治疗的启示 | 结合单细胞测序技术的最新研究进展,系统阐述Schlemm管发育与房水引流的关系,并探索新的青光眼治疗策略 | Schlemm管发育调控房水引流的具体机制仍未完全阐明 | 总结Schlemm管的发育过程、功能形态及其在青光眼治疗中的潜在应用 | Schlemm管、小梁网、房水引流系统 | NA | 青光眼 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4305 | 2026-05-08 |
Multidimensional immune ecological subtyping identifies RUNX1 as a prognostic factor in uveal melanoma
2026-May-06, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05160-4
PMID:42091786
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研究论文 | 通过整合bulk和单细胞转录组学,建立葡萄膜黑色素瘤的多维免疫生态分型,并鉴定RUNX1为预后因子 | 首次构建了多维免疫生态分型框架,整合了免疫活性、代谢程序、调控子状态和细胞间通讯等多维度信息,并识别出RUNX1与不良预后亚型CS1的相关性 | 关于RUNX1在CS1免疫生态状态中的作用推论基于亚型特征,尚需进一步验证 | 建立葡萄膜黑色素瘤的多维免疫生态分型系统,揭示免疫-基质相互作用及其临床意义 | 葡萄膜黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、转录组分析 | NA | 文本、基因表达数据 | 未提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 4306 | 2026-05-08 |
Targeting coupling of type H-like vessels and cell fate transition to delay soft tissue aging
2026-May-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72503-8
PMID:42091889
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和光片成像,揭示H型样血管浸润和Coch细胞亚群驱动软组织衰老的机制,并发现靶向H型样血管与细胞命运转变的耦联可延缓软组织衰老 | 发现软组织衰老中存在H型样血管的异常浸润以及一个衰老特异性Coch细胞亚群,并阐明其通过CXCL12和ANG2/VEGF-A信号轴驱动干细胞/祖细胞异常分化和血管入侵,为延缓软组织衰老提供新靶点 | 研究基于小鼠模型,人类软组织衰老的机制有待验证;H型样血管在其他组织中的作用及其长期干预的副作用未深入探讨 | 探究软组织衰老中血管变化与细胞命运转变的机制,寻找延缓软组织衰老的治疗靶点 | 小鼠软组织(如肌肉、皮肤等)及其中H型样血管、Coch细胞亚群、干细胞/祖细胞 | 计算机视觉, 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞转录组测序, 光片成像 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 小鼠软组织样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4307 | 2026-05-08 |
A single-cell atlas revealing cellular heterogeneity across healthy and diseased human thymus
2026-May-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72760-7
PMID:42091897
|
研究论文 | 通过整合53个数据集中的453,727个细胞的单细胞RNA测序数据,构建了涵盖健康胸腺和六种病理状态的高分辨率细胞图谱 | 首次系统构建了健康及病理胸腺(包括胸腺增生和多种胸腺上皮肿瘤)的单细胞图谱,揭示了疾病特异性细胞亚群和转录程序,特别是成纤维细胞亚群和胸腺上皮细胞中的变化 | 未详细说明分析中的技术偏差或样本异质性限制,也未提及外部验证队列的适用性 | 揭示胸腺发育及病理过程中细胞异质性和转录程序,为诊断和治疗创新提供基础资源 | 健康产前、儿童和成人胸腺组织以及六种病理条件(胸腺增生和A、AB、B、C型胸腺上皮肿瘤及微结节性胸腺瘤)的细胞 | 数字病理学 | 胸腺肿瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 53个数据集共453,727个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4308 | 2026-05-08 |
Prognostic biomarkers and Hedgehog pathway activation in early prostate cancer neuroendocrine differentiation via spatial profiling
2026-May-06, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01398-x
PMID:42092131
|
研究论文 | 利用空间组学和单细胞RNA测序,揭示了早期前列腺癌神经内分泌分化的预后生物标志物及Hedgehog通路激活 | 首次通过空间分析和单细胞测序识别早期神经内分泌分化阶段的特异性标志物(FMN2、APLP1等)并揭示Hedgehog通路在早期阶段特异性激活,而在晚期下调,建立了预后风险评分 | 样本量有限(86例内分泌治疗患者),且依赖公共数据库TCGA进行外部验证,早期NED阶段标志物的功能验证仍需进一步实验 | 识别早期前列腺癌神经内分泌分化的生物标志物并阐明其分子机制 | 人类前列腺癌组织样本,涵盖从激素初治到治疗相关的神经内分泌前列腺癌的各个阶段 | 数字病理学 | 前列腺癌 | GeoMx数字空间分析、单细胞RNA测序、多组学验证 | NA | 空间基因表达数据、单细胞转录组数据 | 86例内分泌治疗患者样本及TCGA外部数据集 | NanoString | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx数字空间分析系统进行组织切片原位基因表达检测 |
| 4309 | 2026-05-08 |
A network medicine framework for multi-modal data integration in therapeutic target discovery
2026-May-06, Communications chemistry
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s42004-026-02049-9
PMID:42092189
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研究论文 | 提出一种基于网络医学的机器学习框架,整合多模态数据以发现治疗靶点 | 将网络医学与机器学习结合,整合单细胞转录组、多组学、CRISPR筛选和蛋白质互作网络等多模态数据,实现疾病特异性靶点的系统优先排序 | 临床验证仅限于体外实验,缺乏体内模型和临床试验数据支持 | 发展有效的治疗靶点发现策略以降低药物开发的高成本和失败率 | 肾透明细胞癌的潜在治疗靶点,包括ENO2和LRRK2等 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞转录组测序, CRISPR筛选, 蛋白质组学 | 网络医学模型, 机器学习模型 | 单细胞数据, 多组学数据, CRISPR筛选数据, 蛋白质互作网络数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量多组学分析 | NA | NA |
| 4310 | 2026-05-08 |
Survival Genie 2: a next-generation web server for targeted and single-cell-based survival analyses
2026-May-06, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-026-01651-9
PMID:42092983
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研究论文 | 介绍Survival Genie 2,首个可整合用户生成单细胞数据进行生存分析的网络平台 | 首个支持用户单细胞数据整合生存分析的网络平台,可识别与预后相关的单细胞簇标志物和加权基因共表达网络模块,并解析输入为lncRNA、转录因子和配体-受体信号基因等生物相关类别 | NA | 开发新一代生存分析网络服务器,整合用户单细胞数据与公开批量测序数据集,以识别生物标志物和治疗靶点 | 来自132个数据集、53个癌症基因组项目、38种恶性肿瘤的基因表达和患者生存数据,包括成人和儿童癌症 | 生物信息学 | 癌症(多种恶性肿瘤) | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、反卷积分析 | Cox比例风险模型 | 基因表达数据、生存数据、单细胞测序数据 | 132个数据集,涵盖53个项目、38种癌症类型 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 4311 | 2026-05-08 |
Clonal Lineage Tracing Reveals Distinct Invasive Subpopulations in Triple-Negative Breast Cancer
2026-May-06, Tissue engineering. Part C, Methods
DOI:10.1177/19373384261432668
PMID:42093205
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研究论文 | 结合克隆谱系追踪与单细胞RNA测序,揭示三阴性乳腺癌中驱动侵袭行为的克隆亚群及转录状态 | 首次将克隆谱系追踪平台与单细胞RNA测序结合,同时追踪侵袭性亚群的克隆身份和转录状态,发现侵袭性由预先存在的克隆亚群驱动,并存在两种不同的转录状态 | 未提及具体局限性,但基于摘要推断可能样本量有限或需要体外模型验证 | 解析三阴性乳腺癌中驱动侵袭行为的克隆和转录程序,识别稳定的克隆亚群及其动态重组机制 | 三阴性乳腺癌细胞模型中的侵袭性亚群及克隆谱系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 克隆谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 未具体说明,但涉及三阴性乳腺癌细胞模型和多次独立筛选 | 未明确 | 单细胞RNA测序 | 未明确,可能涉及10x Genomics等平台 | 克隆谱系追踪平台结合单细胞RNA测序 |
| 4312 | 2026-05-08 |
An Ad5-vectored platform generating self-assembling VLPs elicits potent mucosal immunity against influenza A virus and SARS-CoV-2
2026-May-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2519857123
PMID:42054358
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研究论文 | 开发一种基于Ad5载体的平台,通过自组装病毒样颗粒诱导针对流感病毒和SARS-CoV-2的强效黏膜免疫 | 利用EABR招募ESCRT复合物实现体内自组装病毒样颗粒,并通过鼻内给药同时激发黏膜和系统性免疫,提供针对多种呼吸道病原体的单剂量多联疫苗策略 | 未明确说明局限性 | 开发一种通用的多联黏膜疫苗平台以应对呼吸道病原体 | 流感病毒和SARS-CoV-2的病毒样颗粒疫苗 | 机器学习 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 未说明 | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 小鼠、狗、猫模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 4313 | 2026-05-08 |
ENO2 drives tumor cell-induced M2 macrophage polarization to promote colorectal cancer liver metastasis
2026-May-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02732-2
PMID:42082451
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学,发现ENO2通过稳定MIF促进M2巨噬细胞极化,驱动结直肠癌肝转移 | 首次揭示ENO2通过直接结合MIF并抑制其CHIP介导的泛素化降解,激活MIF信号通路,促进肿瘤细胞与巨噬细胞间的相互作用,从而驱动M2巨噬细胞极化,并发现ENO2-MIF相互作用的小分子抑制剂吡啶硫酮可有效减轻肝转移负担 | 研究主要基于少量患者样本(3例转移性和3例非转移性CRC患者)和鼠模型,需要更大规模样本验证临床相关性 | 阐明结直肠癌肝转移的分子机制,特别是ENO2在肿瘤微环境中的作用 | 结直肠癌患者的原发肿瘤、癌旁组织和肝转移组织样本,以及非转移性CRC患者的肿瘤和癌旁组织 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 3例CRLM患者的配对原发结直肠肿瘤、癌旁组织和肝转移样本,以及3例非转移性CRC患者的结直肠肿瘤和癌旁组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序和10x Visium空间转录组学 |
| 4314 | 2026-05-08 |
Mitochondrial RNA helicase DDX28 promotes cell cycle and DNA repair programs and shapes an immunosuppressive microenvironment in acute myeloid leukemia
2026-May-05, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102766
PMID:42092277
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研究论文 | 该研究揭示了线粒体RNA解旋酶DDX28在急性髓系白血病中通过促进细胞周期和DNA修复程序并塑造免疫抑制微环境的作用机制 | 首次系统阐明DDX28在AML中通过启动子低甲基化及转录因子THAP11调控,将线粒体翻译与快速增殖细胞的生物合成和基因组维护需求耦合,并关联免疫抑制微环境 | 未进行直接代谢通量测量 | 探究DDX28在急性髓系白血病中的表达模式、预后意义及作用机制 | 急性髓系白血病患者队列及HEL细胞系 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq,siRNA敲低 | NA | 转录组数据,单细胞转录组数据 | 多个AML队列(具体样本量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4315 | 2026-05-08 |
MLN2SVG: domain-aware spatially variable gene detection using contrastive variational autoencoder and multi-level neighbor search
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag210
PMID:42080589
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研究论文 | 提出MLN2SVG框架,整合对比变分自编码器和多级邻居搜索算法,用于联合学习组织域和空间变异基因检测 | 首次将对比变分自编码器与多级邻居搜索相结合,同时捕捉局部和远程空间关系,在空间转录组数据中实现域感知的SVG检测 | 信息不足,输出NA | 开发能准确识别空间变异基因并同时发现组织域的稳健框架 | 人类和小鼠空间转录组数据集,包括背外侧前额叶皮层、乳腺癌和脑组织 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 对比变分自编码器、多级邻居搜索算法 | 空间转录组数据 | 多个数据集:背外侧前额叶皮层、乳腺癌和脑组织(具体样本数NA) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4316 | 2026-05-08 |
RAD23A promotes multiple myeloma cell survival through DNA damage response, proteostasis and enhanced metabolic activity
2026-May-04, Toxicology and applied pharmacology
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.taap.2026.117852
PMID:42092462
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研究论文 | 该文章研究了RAD23A在多发性骨髓瘤(MM)中的作用,发现其通过DNA损伤反应、蛋白质稳态和增强代谢活性促进MM细胞生存 | 首次揭示RAD23A在多发性骨髓瘤中的多功能调控作用,包括促进代谢活性和蛋白运输,并增强对硼替佐米的敏感性 | 未提及明显的局限性 | 探究RAD23A在多发性骨髓瘤中的生物学功能和潜在治疗靶点价值 | 多发性骨髓瘤细胞系H929和RPMI8226 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术、氧消耗率测量、细胞外酸化率测量、葡萄糖摄取测定 | NA | 基因表达数据、RNA序列 | 多个MM队列(具体数量未说明) | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4317 | 2026-05-08 |
Recapitulation of Bile Acid Metabolism in Hepatobiliary Organoids Derived from hiPSC
2026-May-04, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101884
PMID:42092618
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研究论文 | 利用hiPSC来源的肝胆类器官重建胆汁酸代谢过程,提供了一个用于肝脏疾病研究和药物筛选的生理相关平台 | 首次通过优化成熟方案(使用柴胡皂苷A)从hiPSC生成能全面捕捉胆汁酸代谢的肝胆类器官,并成功模拟了肝纤维化相关的胆汁酸代谢紊乱 | 未在体外模型中完全模拟所有肝脏功能,可能无法完全重现体内复杂微环境 | 开发能够重建人类肝脏胆汁酸代谢的体外模型,用于肝脏疾病机制研究和治疗候选药物筛选 | hiPSC来源的肝胆类器官(BA-HBOs)和纤维化肝胆类器官(FiBA-HBOs) | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序, LC-MS/MS代谢组学, 免疫荧光, 流式细胞术, qPCR | NA | 基因表达数据, 代谢组数据, 图像数据 | n ≥ 3(独立实验重复至少3次) | NA | 单细胞RNA-seq, 靶向代谢组学 | NA | NA |
| 4318 | 2026-05-08 |
Local transcriptional covariation produces accurate estimates of cell phenotype
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag135
PMID:41915021
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研究论文 | 提出Sceodesic方法,利用黎曼流形结构从单细胞RNA测序数据中准确估计细胞表型 | 首次利用微分几何中的对数欧几里得度量分析基因共表达的局部协变模式,而非全局模式 | 未提及 | 从单细胞RNA测序数据中更准确地表征细胞表型 | 基因共表达矩阵及细胞状态特异性共表达模式 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4319 | 2026-05-08 |
Efficient pulmonary-targeted therapy and mechanistic insights of a novel glutathione dry powder inhaler in a model of radiation-induced lung injury
2026-May-03, Toxicology and applied pharmacology
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.taap.2026.117841
PMID:42086150
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研究论文 | 开发新型谷胱甘肽干粉吸入剂用于放射性肺损伤治疗并揭示其通过抗氧化和抗焦亡双重机制保护肺泡II型上皮细胞的分子机理 | 首次将谷胱甘肽制成干粉吸入剂实现肺部靶向递送,并利用单细胞RNA测序揭示其通过中断‘氧化应激-焦亡-炎症’恶性循环的双重治疗机制 | 研究基于小鼠模型,临床转化需验证;单细胞RNA测序分析仅提供相关性证据,缺乏直接因果验证 | 开发并验证一种新型谷胱甘肽干粉吸入剂对放射性肺损伤的治疗效果及其分子机制 | 放射性肺损伤小鼠模型及肺组织细胞(特别是肺泡II型上皮细胞) | 机器学习 | 放射性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型,具体样本数未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4320 | 2026-05-08 |
Role for Complement C5 in Eosinophilic Inflammation of Severe Asthma
2026-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16616
PMID:40524528
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研究论文 | 通过痰液蛋白质组学分析,研究补体C5在严重哮喘嗜酸性炎症中的作用 | 首次通过痰液蛋白质组学分析揭示补体C5在严重哮喘中直接加剧嗜酸性炎症的作用,并通过体外和体内实验验证了其机制 | 未提及具体限制,但可能包括样本量有限或动物模型与人类疾病的差异 | 探究补体系统,特别是补体C5,在严重哮喘中的作用 | 严重哮喘患者和健康对照的痰液样本,以及哮喘小鼠模型 | 机器学习 | 哮喘 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、免疫荧光染色 | 加权相关网络分析(WGCNA) | 蛋白质表达谱、单细胞转录组数据 | 纳入健康对照和严重哮喘患者,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |