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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4221 | 2026-05-09 |
Focal adhesion proteins confer smooth muscle anoikis resistance and protection against aortic aneurysm and dissection
2026-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195291
PMID:41874580
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研究论文 | 本研究探究黏着斑蛋白在平滑肌细胞失巢凋亡抵抗及防止主动脉瘤和夹层中的作用 | 发现黏着斑蛋白(如FAK、VCL、ILK)通过非激酶活性依赖的方式保护平滑肌细胞免受失巢凋亡,从而抑制胸主动脉瘤和夹层进展 | 主要基于小鼠模型和体外实验,需进一步验证人类患者中的机制 | 明确平滑肌细胞黏着斑蛋白在胸主动脉瘤和夹层发病机制中的功能 | 人类胸主动脉瘤样本、平滑肌细胞特异性Ptk2、Vcl和Ilk基因敲除小鼠 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,小鼠模型,免疫印迹,细胞凋亡检测 | NA | 基因表达数据,组织病理图像 | 人类胸主动脉瘤样本及基因敲除小鼠队列 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序分析人类TAA主动脉样本 |
| 4222 | 2026-05-09 |
Distinct single-cell cellular states and ecosystems linked to HPV status distinguish therapeutic vulnerability of head and neck squamous cell carcinoma
2026-May-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10213-z
PMID:42098219
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research paper | 使用EcoTyper框架分析HPV感染对头颈部鳞状细胞癌肿瘤微环境中细胞状态和生态系统的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示HPV相关HNSCC中46种独特细胞状态和生态型,并关联预后与药物敏感性 | 尚未验证细胞状态在更大样本队列中的临床可重复性及机制细节 | 阐明HPV感染如何塑造HNSCC肿瘤微环境的细胞异质性和生态系统 | HPV阳性和阴性头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间基因表达 |
| 4223 | 2026-05-09 |
Spatial transcriptomics defines IM-crypt as a premalignant niche with bidirectional divergence in early gastric carcinogenesis
2026-May-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10179-y
PMID:42098407
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研究论文 | 利用空间转录组学定义IM隐窝为早期胃癌发生过程中具有双向分化的癌前微环境 | 首次通过空间转录组学在人类胃组织疾病进展过程中识别出OLFM4阳性过渡亚群,揭示了肠化生隐窝作为癌前微环境且具有向不同肠分化程序的双向转录轨迹,并发现USF2相关调控网络在隐窝和癌症区域的共享活性 | 未明确说明局限性 | 阐明早期胃癌发生过程中恶性转化和亚型分化的空间起源 | 人类胃组织样本,涵盖从胃炎、肠化生到早期胃癌的疾病进展阶段 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 涵盖疾病进展的不同阶段的人类胃组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间基因表达平台 |
| 4224 | 2026-05-09 |
Cross-Species Plant Single-Cell Analysis: Community Challenges and Shared Solutions
2026-May-08, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erag218
PMID:42099283
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综述 | 报告了2025年植物单细胞分析暑期研讨会的成果,包括社区面临的挑战和解决方案,并建立了PlantSCHub社区门户以支持可重复的植物单细胞分析 | 通过研讨会形式系统梳理植物单细胞分析的五大优先挑战领域,并提出跨物种整合、多模态轨迹与基因调控网络推断、空间锚定可视化以及AI科学家代理等概念路线图 | 未具体说明局限性 | 推动植物单细胞分析领域从孤立研究转变为互操作、不断发展的生态系统,加速发现和作物改良 | 植物单细胞分析社区的需求和解决方案 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 深度生成模型, AI基础模型 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 4225 | 2026-05-09 |
EssentCell: Discovering Essential Evolutionary Relations in Noisy Single-Cell Data
2026-May-07, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3691222
PMID:42096398
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研究论文 | 提出EssentCell算法,通过整数线性规划识别噪声单细胞数据中所有最优进化关系中的本质关系 | 首次关注单细胞测序数据中多个最优完美系统发育树间的本质关系,而非仅重建单一树 | 未明确讨论算法在大规模数据集上的计算效率及对噪声水平的鲁棒性 | 在考虑假阳性率约束下,从噪声单细胞数据矩阵中寻找最小翻转问题的最优解中的本质进化关系 | 肿瘤细胞单细胞测序数据中的突变矩阵 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞测序 | 整数线性规划 | 二元突变矩阵 | 多个数据集(具体样本量未说明) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 4226 | 2026-05-09 |
Refinement of renal T lymphocytes enrichment strategies: advancing the in-depth study of renal immune responses
2026-May-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-51954-5
PMID:42098282
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研究论文 | 优化从小鼠和人类肾脏中分离和纯化T淋巴细胞的方案,以提高细胞产量和存活率,并应用于肾脏疾病研究 | 首次系统评估不同组织破碎、酶消化和Percoll梯度离心条件,优化出机械剪切结合0.2% IV型胶原酶和0.02% DNase I消化45分钟,再经33-80% Percoll梯度离心的高效方案 | 该方案主要基于小鼠和人类肾脏组织,对不同物种或病理条件下的适用性需进一步验证;单细胞测序分析仅使用公共数据库数据,未进行独立验证 | 建立优化的肾脏T淋巴细胞分离纯化方案,支持肾脏免疫反应的深入研究 | 小鼠和人类肾脏组织中的T淋巴细胞,包括CD4 T细胞、CD8 T细胞和双阴性T细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | 小鼠肾脏组织(缺血再灌注损伤、肾纤维化、顺铂诱导急性肾损伤模型)及正常人类肾脏组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 公共单细胞RNA-seq数据作为补充参考 |
| 4227 | 2026-05-09 |
NSUN6-Mediated m5C Modification of OAS2 Is Implicated in Neuronal PANoptosis during Perioperative Neurocognitive Disorders
2026-May-07, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-026-05770-7
PMID:42098355
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研究论文 | 该研究通过多组学技术揭示NSUN6介导的OAS2 m5C修饰在围术期神经认知障碍神经元PANoptosis中的作用 | 首次发现PANoptosis在围术期神经认知障碍中的角色,并揭示NSUN6通过OAS2的m5C修饰调控神经元PANoptosis的新机制 | 未提及具体局限性 | 探究PANoptosis在围术期神经认知障碍中的作用及潜在机制 | 围术期神经认知障碍小鼠模型及神经元 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序, meRIP-seq, RNA-seq, 免疫荧光, TUNEL染色 | NA | 基因表达数据, 序列数据 | 小鼠模型(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序, 甲基化RNA免疫沉淀测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 4228 | 2026-05-09 |
Early transcriptional divergence underlies cell fate bias in bovine embryos
2026-May-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10198-9
PMID:42098360
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究牛胚胎从2细胞到8细胞阶段的转录不对称性 | 发现牛胚胎早期卵裂中姐妹卵裂球在压实前就出现渐进性转录差异,且与卵裂球大小相关 | 未提及具体限制 | 探究早期胚胎细胞谱系偏差的分子基础 | 牛胚胎的2细胞至8细胞阶段卵裂球 | 机器学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 牛胚胎从2细胞到8细胞阶段的多个胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4229 | 2026-05-09 |
A three-dimensional spatial transcriptome atlas reconstructs early organogenesis in primate Carnegie stages 9 and 10 embryos
2026-May-07, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-026-01956-2
PMID:42098384
|
研究论文 | 构建了食蟹猴胚胎在卡内基阶段9和10的三维空间转录组图谱,揭示了早期器官发生的关键形态发生事件 | 首次提供高分辨率三维空间转录组图谱,解析早期灵长类胚胎发育中跨胚层的空间谱系域和区域特异性基因表达调控景观 | 受限于样本数量和时间点覆盖,可能未完全捕捉早期器官发生的动态变化 | 阐明灵长类早期器官发生的空间转录组程序 | 食蟹猴胚胎(卡内基阶段9和10) | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 多个食蟹猴胚胎(具体数量未提及) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 高分辨率空间转录组学用于三维重建 |
| 4230 | 2026-05-09 |
Integrated multi-omics and single-cell analyses identify metabolic heterogeneity and therapeutic vulnerabilities in medullary thyroid cancer
2026-May-07, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-026-03467-1
PMID:42098434
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研究论文 | 通过整合多组学和单细胞分析,揭示甲状腺髓样癌的代谢异质性与治疗脆弱性 | 首次提出基于代谢的甲状腺髓样癌亚型分类系统,并发现CHSY1通过糖胺聚糖合成促进上皮间质转化的机制 | 样本量相对有限,代谢亚型的临床验证需要更多独立队列支持 | 解析甲状腺髓样癌的代谢异质性并探索精准管理策略 | 甲状腺髓样癌患者的RNA测序样本(101例)和代谢组学样本(51例) | 机器学习 | 甲状腺髓样癌 | RNA-seq, 非靶向代谢组学, 单细胞RNA-seq, 深度学习 | 聚类分析, 深度学习的预后模型 | 转录组数据, 代谢组数据, 单细胞RNA测序数据 | RNA-seq 101例, 代谢组学 51例, 免疫组化 47例, 多重免疫荧光 12例, 单细胞RNA-seq 7例 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4231 | 2026-05-09 |
Integrated analyses reveal a potential role for PFKFB4 in M2 macrophage polarization and hepatocellular carcinoma progression
2026-May-07, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04326-y
PMID:42098724
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研究论文 | 综合分析揭示PFKFB4在M2巨噬细胞极化和肝细胞癌进展中的潜在作用 | 首次通过单细胞转录组学、生物信息学、体外功能实验和体内验证的综合分析,阐明PFKFB4在肝细胞癌中通过激活MEK/ERK信号通路促进肿瘤进展,并通过肿瘤细胞介导的M2巨噬细胞极化影响免疫调节,揭示了其在代谢和免疫调控中的双重作用 | 未在更大样本队列或不同肝癌亚型中验证PFKFB4的表达和功能,且其调控MEK/ERK及M2极化的详细分子机制需进一步探索 | 探索PFKFB4在肝细胞癌进展中的作用及其对巨噬细胞极化的影响 | 肝细胞癌细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学, 生物信息学, 体外功能实验, 体内验证 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4232 | 2026-05-09 |
A bone-derived hormone permits rapid visual escape via GPR37 receptor in a subpopulation of VTA GABAergic neurons
2026-May-06, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2025.12.048
PMID:41679312
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研究论文 | 揭示了骨源性激素骨钙素通过GPR37受体增强VTA GABA能神经元亚群兴奋性,从而促进快速视觉逃逸的分子机制 | 首次发现骨源性激素骨钙素通过GPR37-cAMP-THIK-1通路调控中脑腹侧被盖区GABA能神经元亚群的兴奋性,建立骨-脑代谢轴与快速逃逸行为之间的新联系 | 未明确解释骨钙素信号如何特异性调控共释放神经元亚群,且实验仅在小鼠模型中进行 | 阐明骨源性激素骨钙素调节快速视觉逃逸行为的神经机制 | 小鼠中脑腹侧被盖区GABA能神经元亚群 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、电生理学 | NA | 转录组数据、电生理数据 | 小鼠模型(具体数量未详) | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 4233 | 2026-05-09 |
Periodontitis induces skeletal muscle atrophy by increasing circulating levels of activin A
2026-05-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72766-1
PMID:42091891
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研究论文 | 本研究揭示牙周炎通过增加循环中activin A的水平导致骨骼肌萎缩 | 首次发现牙周炎通过gingiva中activin A的高表达进入循环系统,从而诱导骨骼肌萎缩,并提出了通过局部注射siInhba来预防这种萎缩的新策略 | 未提及明显的局限性 | 探究牙周炎对骨骼肌的影响及其中介机制 | 雄性小鼠及人类牙周炎患者 | 机器学习 | 牙周炎 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及人类牙周炎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4234 | 2026-05-09 |
Single-cell and spatial transcriptomic profiling of POU5F1 in Lung Adenocarcinoma: Dynamics, spatial niche, and prognosis via multi-algorithm ML
2026-May-06, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102800
PMID:42097097
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研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学以及多算法机器学习,系统研究POU5F1在肺腺癌中的动态变化、空间微环境及预后价值 | 首次综合运用因果推断、单细胞和空间转录组学、RNA速度分析及多算法机器学习,全面解析POU5F1在肺腺癌中的功能机制,并构建基于POU5F1相关差异表达基因的高性能预后模型 | 文中未明确说明局限性 | 阐明POU5F1在肺腺癌中的系统性功能和机制,并评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 肺腺癌细胞及组织样本 | 机器学习, 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RNA速度分析, 孟德尔随机化, 机器学习 | 机器学习预后模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间基因表达 |
| 4235 | 2026-05-09 |
Targeting senescence mitigates the deleterious effects of midlife obesity on neurovascular function by partially restoring blood-brain barrier integrity and neurovascular coupling
2026-May-05, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X261444196
PMID:42083907
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研究论文 | 研究发现中年肥胖通过诱导神经血管单元内的细胞衰老导致脑血管功能障碍,清除衰老细胞可部分恢复血脑屏障完整性和神经血管耦合 | 首次揭示细胞衰老是连接中年肥胖与脑血管和认知功能障碍的关键机制,并通过清除衰老细胞(针对p16阳性细胞)提供了概念验证性治疗策略 | 未明确说明,但推测可能存在研究仅基于动物模型、长期效果未评估、以及人群普适性需进一步验证等潜在局限 | 探究中年肥胖导致脑血管功能障碍和认知衰退的细胞机制,以及靶向衰老疗法是否可减轻相关损害 | 高脂饮食诱导肥胖的小鼠模型,重点关注神经血管单元中的内皮细胞和神经元 | 机器学习, 数字病理学 | 血管性认知障碍, 痴呆 | 单细胞RNA测序, 多模态体内纵向成像 | NA | 图像, 文本 | 涉及高脂饮食诱导肥胖小鼠及对照小鼠的样本,具体数量未在摘要中提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4236 | 2026-05-09 |
Profiling cell dynamic changes of goat peripheral blood mononuclear cells after Pasteurella multocida infection with single-cell transcriptomics and histopathology
2026-May-05, Veterinary research
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s13567-025-01661-2
PMID:42087228
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研究论文 | 利用单细胞转录组学和组织病理学,分析山羊感染多杀性巴氏杆菌后外周血单个核细胞的动态变化 | 首次利用单细胞RNA测序技术全面解析山羊感染多杀性巴氏杆菌后外周血单个核细胞的动态免疫反应,鉴定关键基因和免疫通路 | 未提及具体局限性 | 研究山羊感染多杀性巴氏杆菌后外周血单个核细胞的免疫反应机制 | 山羊外周血单个核细胞及感染后多组织样本 | 数字病理学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序、重组酶聚合酶扩增-侧流层析试纸条、组织病理学 | NA | 基因表达数据 | 42,615个细胞,来自山羊感染前后的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 重组酶聚合酶扩增-侧流层析试纸条 | NA | NA |
| 4237 | 2026-05-09 |
Analytical approaches for the isolation and characterisation of circulating tumour cells in clinical practice
2026-May-05, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2026.121055
PMID:42097193
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综述 | 本文综述了循环肿瘤细胞(CTC)的分离与表征分析方法及其在临床实践中的应用 | 综合评估CTC分离平台的性能指标,如捕获效率、富集度、纯度、通量、回收率和细胞活力,并探讨微流控、单细胞测序和人工智能驱动分析等新技术如何增强CTC检测的敏感性和特异性 | CTC极低频率和表型异质性使分离和分析具有挑战性;基于细胞系验证可能高估在真实患者样本中的性能 | 评估CTC分离与表征技术在精准肿瘤学中的应用,并讨论其作为预后和预测生物标志物的潜力 | 循环肿瘤细胞(CTC) | 机器学习 | 肿瘤 | NA | CNN | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4238 | 2026-05-09 |
ROS, identified as a driver for fibroblast activation, can be counteracted by glucocorticoid in LINC00605-dependent GMD machinery
2026-May-05, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,以增生性瘢痕为模型,揭示了活性氧(ROS)驱动成纤维细胞活化为肌成纤维细胞,并通过LINC00605依赖的糖皮质激素受体介导的mRNA降解机制抑制ROS生成,从而为治疗增生性瘢痕提供新策略 | 首次证明ROS是成纤维细胞活化的驱动因子,并发现糖皮质激素通过非经典糖皮质激素受体途径的LINC00605依赖的mRNA降解机制下调NOXA1表达,从而抑制ROS生成,逆转成纤维细胞表型转变 | 研究中未提及具体局限性,但可能包括模型系统在体内验证的不足或翻译到临床的潜在挑战 | 阐明ROS在成纤维细胞活化中的作用机制及糖皮质激素的调控途径 | 增生性瘢痕来源的成纤维细胞 | 机器学习和数字病理学 | 增生性瘢痕 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 4239 | 2026-05-09 |
A practical guide to spatial transcriptomics: lessons from over 1000 samples
2026-May, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.020
PMID:40975650
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综述 | 基于1000多个样本的空间转录组学实践指南,涵盖实验设计、样本处理、测序和计算分析 | 总结了跨平台大规模空间转录组学实验的实操经验,特别强调临床样本的注意事项 | 主要基于作者团队经验,可能未涵盖所有平台或新兴技术 | 提供空间转录组学实验的实用指南,支持可重复的标准化工作流程 | 空间转录组学实验的实践流程和最佳实践 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 超过1000个空间样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 涉及多个空间转录组学平台 |
| 4240 | 2026-05-09 |
In vitro models of cancer-associated fibroblast heterogeneity uncover subtype-specific effects of CRISPR perturbations
2026-May, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70153
PMID:41146557
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研究论文 | 开发了一种共培养模型,利用原代癌症相关成纤维细胞和永生化肿瘤细胞系,可靠地再现肿瘤中观察到的CAF表型,并通过单细胞转录组学表征CAF亚型异质性及CRISPR扰动的影响 | 首次通过共培养模型系统性地验证了CAF模型的可转化性,并利用永生化CAF细胞系进行单细胞CRISPR扰动,揭示了亚型特异性效应 | 未明确说明局限性,但隐含了对胰腺肿瘤CAF异质性知识的缺乏以及模型可转化性评估不足 | 研究癌症相关成纤维细胞的亚型异质性及其在CRISPR扰动下的亚型特异性效应 | 从胰腺癌患者分离的原代CAFs、永生化CAF细胞系、肿瘤细胞系 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 胰腺癌患者来源的CAFs及永生化CAF细胞系 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |