单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7641 篇文献，本页显示第 4141 - 4160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4141 | 2026-05-12 |
Deciphering the immunological landscape of HR + metastatic breast cancer: insights from single-cell transcriptomics
2026-May-08, Human cell
IF:3.4Q3
DOI:10.1007/s13577-026-01384-2
PMID:42101520
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示激素受体阳性转移性乳腺癌的免疫微环境特征 | 首次专注于HR+乳腺癌卵巢转移的肿瘤微环境单细胞转录组分析，鉴定出与巨噬细胞功能相关的五个关键基因（GPR183、BHLHE41、CD83、SLC25A37和SELL） | 样本量较小，仅10例卵巢转移乳腺癌患者的临床样本用于体内验证 | 表征HR+乳腺癌肿瘤微环境，尤其是卵巢转移中的免疫细胞组成和关键基因 | HR+乳腺癌患者的原发肿瘤组织和配对的正常组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据、临床样本病理图像 | 10例HR+乳腺癌伴卵巢转移患者的原发肿瘤及配对正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4142 | 2026-05-12 |
Persistence of alveolar fibroblast-derived ADAMTS4+ cells in a preclinical model of delayed pulmonary fibrosis resolution
2026-May-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72419-3
PMID:42103706
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研究论文 | 通过谱系追踪和单细胞转录组学方法，研究肺泡成纤维细胞来源的ADAMTS4+细胞在迟发性肺纤维化消退过程中的持续存在及其机制 | 首次发现脂成纤维细胞向肌成纤维细胞的可逆转换在纤维化消退中起关键作用，并鉴定ADAMTS4+细胞为延迟消退的潜在治疗靶点 | 主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；结论可能受模型和样本量的影响 | 探究肺纤维化消退的机制，特别是脂成纤维细胞向肌成纤维细胞转化及其退行过程 | 老年小鼠的肺泡成纤维细胞和ADAMTS4+细胞，以及人类肺移植组织 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 谱系追踪、单细胞转录组学、组织学分析、外植模型 | 卷积神经网络 | 转录组数据、组织图像 | 老年小鼠（数量未明确）及人类肺移植组织样本 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 4143 | 2026-05-12 |
A stem and progenitor cell-derived gene expression signature is prognostic for survival in myelofibrosis
2026-May-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025030094
PMID:41481381
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研究论文 | 通过分析骨髓纤维化患者的造血干祖细胞转录组特征，开发了一种24基因加权表达评分（MPN24），该评分能独立于现有风险分层模型预测患者总生存期 | 首次利用单细胞RNA测序数据指导构建基于bulk RNA-seq的预后模型，揭示了造血干祖细胞来源的基因表达特征在骨髓纤维化风险分层中的独立预后价值，并证明其能显著提升现有临床-基因组风险模型的预测能力 | 研究未明确MPN24评分在动态监测治疗反应或指导治疗决策中的应用价值，且样本均来自同一机构可能存在选择偏倚 | 探索造血干祖细胞转录组特征是否能改善骨髓纤维化的风险分层 | 骨髓纤维化患者的血液样本及Lin-CD34+造血干祖细胞 | 机器学习 | 骨髓纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, NanoString | 加权基因表达评分模型 | 基因表达数据 | 358例骨髓纤维化患者（训练+测试队列），两个独立验证队列共270例患者 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4144 | 2026-05-12 |
Hopx(+) optic nerve head-astrocytes counter neuronal stress and glaucoma damage
2026-May-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2515277123
PMID:42044330
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研究论文 | 该研究发现视神经头内的Hopx阳性星形胶质细胞通过分泌细胞外囊泡增强视网膜神经节细胞存活，并在青光眼模型中发挥保护作用，其丢失与年龄相关视神经疾病有关 | 首次揭示Hopx阳性视神经头星形胶质细胞通过细胞外囊泡分泌因子与视网膜神经节细胞双向通讯，并证明其年龄相关丢失是视神经疾病的关键因素，提出替代视神经头相关因子的治疗范式转变 | 未提供明确的局限性说明，但可能包括动物模型与人类疾病的差异、细胞外囊泡临床应用转化复杂性等 | 探究视神经头星形胶质细胞在青光眼等视神经疾病中的作用机制及潜在治疗策略 | 年轻大鼠视神经头Hopx阳性星形胶质细胞及视网膜神经节细胞 | 机器学习 | 青光眼 | 单细胞RNA测序、细胞外囊泡蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据 | 大鼠模型，包括对照组和视神经挫伤组 | 10x Genomics, Broad Institute | 单细胞RNA测序, 细胞外囊泡蛋白质组学 | 10x Chromium, Broad Institute在线数据库 | 大鼠视神经头单细胞RNA测序与在线Broad研究所scRNA-seq数据库分析 |
| 4145 | 2026-05-12 |
InSituPREP enables 3D single-cell mapping of interaction-associated gene programs in the breast cancer tumor microenvironment
2026-May-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag406
PMID:42109251
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研究论文 | 提出InSituPREP计算框架，用于在三维组织中单细胞分辨率下量化空间环境与转录状态的关系 | 首次实现三维肿瘤微环境中单细胞分辨率的邻近关联基因程序定量解析，并整合空间RNA速度分析揭示细胞间距离对转录轨迹的影响 | 当前仅应用于10例乳腺癌活检组织及299个癌症相关基因，样本量和基因覆盖有限；依赖Expansion Sequencing技术可能引入特定技术偏倚 | 建立计算框架量化三维组织中空间环境对单细胞转录状态的影响 | 10例乳腺癌活检组织中的细胞及其microenvironment相互作用 | 计算生物学 | 乳腺癌 | Expansion Sequencing, RNA速度分析, 线性建模 | 线性模型 | 基因表达数据 | 10例乳腺癌活检组织 | NA | 空间转录组学 | Expansion Sequencing | Expansion Sequencing技术用于三维空间基因表达谱分析 |
| 4146 | 2026-05-12 |
An Advanced Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) Protocol Utilizing Custom-Designed Multiplexing
2026-May-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5678
PMID:42111707
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研究论文 | 介绍了一种利用定制设计多重标记技术的高级单细胞RNA测序协议，解决了商业小鼠标签在特定品系中的不兼容问题 | 开发基于生物素化抗体鸡尾酒和链霉亲和素结合寡核苷酸的稳健替代方案，实现可靠样本多重标记，并兼容多组学5'工作流程 | 未明确提及局限性 | 提出针对品系特异性或定制设计多重标记策略的实用解决方案，用于单细胞转录组学研究 | FVB/N小鼠肺组织样本 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | FVB/N小鼠肺组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞5'化学试剂盒 |
| 4147 | 2026-05-12 |
scPASU: A computational protocol for quantifying polyadenylation site usage and alternative polyadenylation from 3' scRNA-seq data
2026-May-04, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104544
PMID:42085187
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研究方案 | 提出scPASU：一种从3'单细胞RNA测序数据中量化多聚腺苷酸化位点使用和可变多聚腺苷酸化的计算协议 | 开发了Snakemake工作流程scPASU，可灵活配置生物体和样本特定参数，支持多聚腺苷酸化位点发现 | 未明确说明 | 构建从3'scRNA-seq数据中量化多聚腺苷酸化位点使用和可变多聚腺苷酸化的计算协议 | 3'单细胞RNA测序数据中的多聚腺苷酸化位点 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4148 | 2026-05-12 |
GR2ST: spatial transcriptomics prediction based on graph-enhanced multimodal contrastive learning
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag209
PMID:42036805
|
研究论文 | 提出GR2ST深度学习模型，利用图增强多模态对比学习从组织学图像预测空间转录组 | 创新性地结合动态阈值功能图和半径约束空间图的双分支图架构，并通过多模态对比学习与细胞类型引导的回归头实现图像特征与基因表达的精准对齐 | 未详细说明模型在更多组织类型或低质量图像上的泛化能力，以及计算资源需求 | 开发从组织学图像高效预测空间转录组的方法，降低实验成本和时间 | 皮肤鳞状细胞癌和两种人类乳腺癌的空间转录组数据 | 数字病理学 | 皮肤癌, 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图神经网络, 对比学习, 回归模型 | 组织学图像, 基因表达数据 | 三个癌症空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4149 | 2026-05-12 |
TransGRN: A Transfer Learning-Based Framework for Inferring Gene Regulatory Networks Across Cell Lines
2026-May, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3628564
PMID:41191474
|
研究论文 | 提出TransGRN，一种基于迁移学习的框架，用于跨细胞系推断基因调控网络 | 采用跨细胞系预训练策略，结合多个源细胞系的单细胞RNA测序数据和大语言模型的生物学知识，实现通用调控模式的迁移 | 依赖源细胞系数据的质量和多样性，可能影响在目标细胞系数据极度稀缺时的性能 | 开发无需大量先验调控信息即可推断基因调控网络的方法 | 基因调控网络推断、细胞系间调控模式迁移 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 迁移学习模型 | 基因表达数据 | 多个源细胞系和目标细胞系样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4150 | 2026-05-12 |
Deubiquitinase USP2 promotes hepatic stellate cell activation via p300 stabilization
2026-May, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70301
PMID:41703985
|
研究论文 | 该研究通过去泛素化酶抑制剂筛选发现USP2在肝星状细胞活化中稳定p300，促进肝纤维化 | 首次识别USP2作为p300的新型去泛素化酶，揭示其在肝星状细胞活化和肝纤维化中的关键调控作用，为纤维化治疗提供新靶点 | 未明确说明研究局限 | 探索肝星状细胞活化过程中p300稳定性的上游调控机制 | 肝星状细胞、纤维化肝脏组织、慢性肝病患者样本 | 数字病理学 | 肝纤维化、代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞RNA测序、去泛素化酶抑制剂筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 人纤维化肝脏组织样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 4151 | 2026-05-12 |
Single-cell transcriptomics reveals the impact of sex and age in the healthy human liver
2026-May, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101773
PMID:41990579
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析了37个健康人肝脏样本，揭示性别和年龄对肝脏细胞类型基因表达和细胞间相互作用的影响 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了性别和年龄对人肝脏所有细胞类型基因表达谱、信号通路和细胞间通讯的影响 | 未说明具体限制 | 通过单细胞测序技术研究性别和年龄如何影响健康人肝脏的基因表达和细胞功能 | 37个健康人肝脏样本，包含女性和男性捐赠者，年龄跨度超过七十年 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序, 差异表达分析, 通路富集分析, 配体-受体和蛋白-蛋白相互作用预测 | NA | 基因表达数据 | 37个健康人肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4152 | 2026-05-12 |
Multiomics and multi-region spatial transcriptome analysis reveal cellular networks and pathways associated with HCC recurrence
2026-May, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101790
PMID:41950768
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研究论文 | 通过多组学和多区域空间转录组分析，揭示与肝细胞癌复发相关的细胞网络和信号通路 | 发现了INTS6+内皮细胞亚群，其在复发患者的肿瘤中富集并与肿瘤细胞空间共定位，且与微血管侵犯区域相关 | 研究样本量有限，仅涉及4名患者和17个组织样本 | 研究肝细胞癌复杂肿瘤微环境中不同细胞类型间的相互作用及其在疾病复发中的作用 | 肝细胞癌手术切除后的多区域组织样本 | 机器学习和数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学，批量RNA测序，免疫荧光，多重免疫组织化学 | NA | 基因表达数据，组织图像 | 4名患者的17个组织样本（空间转录组），90名患者的329个分区（批量RNA测序） | NA | 空间转录组学，批量RNA测序 | NA | NA |
| 4153 | 2026-05-12 |
Tocilizumab Mitigates Immune Checkpoint Inhibitor-Induced Colitis and Inhibits Tumor Growth by Targeting the IL-6-JAK2-STAT3 Signaling Pathway
2026-May, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.70293
PMID:42051049
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研究论文 | 该研究通过建立PD-1抑制剂诱导的结肠炎小鼠模型，探究IL-6-JAK2-STAT3信号通路在免疫检查点抑制剂相关结肠炎中的作用，并验证托珠单抗通过靶向该通路缓解结肠炎症并抑制肿瘤生长的治疗效果 | 首次揭示托珠单抗通过靶向IL-6-JAK2-STAT3通路同时缓解PD-1抑制剂诱导的结肠炎和抑制肿瘤生长，为临床治疗提供了新思路 | 仅基于小鼠模型验证，尚需临床试验进一步评估托珠单抗在人类患者中的安全性和有效性 | 阐明免疫检查点抑制剂相关结肠炎的发病机制并探索潜在治疗策略 | PD-1抑制剂诱导的结肠炎小鼠模型 | 机器学习 | 结肠炎 | RNA测序，单细胞RNA测序，HE染色，免疫组化，ELISA，Western blot，小动物活体成像，肿瘤细胞功能分析 | NA | 基因表达数据，图像 | 小鼠模型（具体数量未说明） | Illumina | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 4154 | 2026-05-12 |
Microenvironmentally derived fatty acid-binding proteins 4 and 5 are novel therapeutic vulnerabilities in multiple myeloma
2026-May, Blood neoplasia
DOI:10.1016/j.bneo.2026.100229
PMID:42109313
|
研究论文 | 研究发现微环境来源的脂肪酸结合蛋白4和5是多发性骨髓瘤的新型治疗靶点 | 首次揭示微环境来源的FABP4/5支持多发性骨髓瘤进展，并提出双重靶向策略 | 未明确说明研究的局限性 | 验证微环境来源的FABP4/5促进多发性骨髓瘤进展的假设 | 多发性骨髓瘤患者和老鼠模型 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 多发性骨髓瘤患者数据和老鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4155 | 2026-05-12 |
Single-nucleus transcriptome profiling unveils cell-type-specific ethylene and TOR signaling in tomato
2026-May, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhag044
PMID:42111481
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研究论文 | 利用单核转录组图谱解析番茄黄化过程中细胞类型特异的乙烯和TOR信号调控机制 | 首次在单核分辨率下整合乙烯和TOR信号通路对番茄黄化过程的调控，并鉴定出表皮细胞中JA1转录因子作为乙烯负调控因子 | 未在摘要中说明实验重复次数或统计验证的详细方法 | 阐明番茄黄化过程中乙烯和TOR信号通路的细胞类型特异性调控机制 | 番茄幼苗的黄化顶钩和下胚轴组织 | 植物单细胞转录组学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 单核转录组表达谱 | 117,929个细胞核，来自三种处理（ACC、Torin2、对照）的顶钩和下胚轴组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4156 | 2026-05-12 |
Ginsenosides exhibit potential therapeutic potential in photoaging by regulating keratinocyte ferroptosis
2026-May, Journal of ginseng research
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.jgr.2025.11.002
PMID:42112127
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研究论文 | 本研究探讨人参皂苷通过调节角质细胞铁死亡来缓解皮肤光老化的潜在治疗机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示UVB照射后角质细胞铁死亡信号变化，并发现人参皂苷C-K和C-Mc靶向铁死亡调节蛋白SLC7A11/GPX4轴和HMGB1表达的机制 | 尚未提及具体研究局限，但可能包含动物模型与人体差异、样本量有限、机制细节未完全阐明等 | 探索人参皂苷调节角质细胞铁死亡在皮肤光老化治疗中的作用机制 | 小鼠UVB照射后的皮肤组织及培养的角质细胞 | 分子生物学与皮肤药理学 | 皮肤光老化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、Western blot、RT-qPCR、斑马鱼胚胎毒性实验 | NA（未明确使用特定深度学习模型） | 基因表达数据 | 小鼠皮肤组织样本（具体数量未给出）及斑马鱼胚胎样本 | NA（未明确平台公司） | 单细胞RNA测序 | NA（未明确具体平台或试剂盒） | NA（未提供具体平台配置细节） |
| 4157 | 2026-05-12 |
Multi omics and mechanistic investigation reveals CBFB as a prognostic biomarker in gastric cancer
2026-Apr-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05131-9
PMID:42056631
|
研究论文 | 该研究通过多组学分析发现CBFB是胃癌预后生物标志物，并探究其作用机制 | 首次系统性地利用多组学分析揭示CBFB在胃癌中的预后价值及功能机制，包括单细胞RNA测序和分子对接验证 | 未提及明显的局限性 | 探究CBFB在胃癌中的预后意义和潜在作用机制 | 胃癌患者的转录组数据及细胞样本 | 机器学习 | 胃癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接 | CNN（机器学习） | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4158 | 2026-05-12 |
CSsingle: a unified tool for robust decomposition of bulk and spatial transcriptomic data across diverse single-cell references
2026-Apr-23, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag410
PMID:42080261
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研究论文 | 提出了统一框架CSsingle，鲁棒地从多种单细胞参考中解卷积bulk和空间转录组数据 | 引入细胞大小校正和跨平台数据整合，通过External RNA Controls Consortium (ERCC) spike-ins或计算估计器明确校正细胞类型特异性RNA含量差异 | 未明确讨论 | 准确解卷积bulk和空间转录组数据，以研究组织架构和疾病 | bulk转录组和空间转录组数据 | 自然语言处理 | 肺癌 | NA | 重复加权最小二乘模型 | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4159 | 2026-05-12 |
Systems genetics reveals ITIH5 as a key mediator of adipocyte-Endothelial crosstalk
2026-Apr-21, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2026.102373
PMID:42025695
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研究论文 | 使用系统遗传学方法揭示ITIH5作为脂肪细胞与内皮细胞交互的关键调节因子，影响脂肪组织稳态和全身代谢 | 通过无偏倚系统遗传学分析发现ITIH5在脂肪组织稳态和全身代谢中的中心调控作用，并结合急性重组蛋白处理、时空调控的脂肪细胞特异性过表达模型和空间转录组学揭示其通过调节内皮-免疫相互作用的机制 | 未明确提及具体限制，但可能包括动物模型向人类转化、不同饮食条件下的效应差异及潜在的混杂遗传因素 | 探索脂肪组织稳态的遗传调控机制，特别是ITIH5在脂肪细胞-内皮细胞交互和全身代谢中的作用 | 小鼠和人类脂肪组织、内皮细胞 | 系统遗传学 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | 空间转录组学数据 | 未明确提供具体样本量，涉及小鼠模型和人类细胞实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4160 | 2026-05-12 |
Mapping breast cancer lineage in radiation and immunotherapy using the REMAP mouse
2026-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.15.718689
PMID:42039427
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研究论文 | 介绍REMAP小鼠模型，用于在放射和免疫治疗中绘制乳腺癌谱系，揭示肿瘤进化、转移及治疗反应由可遗传的谱系程序调控 | 首次将诱导型CRISPR记录与MMTV-PyMT小鼠模型结合，实现体内乳腺肿瘤克隆谱系的高分辨率追踪，并揭示可遗传的EMT程序在转移和治疗反应中的作用 | NA | 研究放射与抗PD1免疫治疗联合作用下激素受体阳性乳腺癌的肿瘤进化、转移及肿瘤微环境重塑机制 | REMAP小鼠模型中的激素受体阳性乳腺癌肿瘤及肿瘤微环境 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | REMAP小鼠模型中的多个肿瘤和转移灶样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达系统 |