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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3921 | 2026-07-10 |
Advancements in diagnosis and treatments of acute leukemia
2026-Jun-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
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评论 | 总结急性白血病在微小残留病灶指导的精准分层、靶向治疗、细胞免疫治疗和异基因造血干细胞移植方面的里程碑式进展,并讨论未解决的临床瓶颈和未来方向 | 将MRD从预后指标升级为风险分层的核心决策因素,并系统总结LSC导向的MRD检测、单细胞测序等技术创新在提高监测灵敏度方面的作用 | 仍面临抗原逃逸、CAR-T细胞持久性、移植物抗宿主病和治疗可及性等挑战 | 总结急性白血病诊断和治疗的最新进展,提出未来改善治愈率和长期生存的方向 | 急性白血病患者,包括复发/难治性和老年患者 | 自然语言处理 | 急性白血病 | 单细胞测序, 数字PCR | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3922 | 2026-07-10 |
Diosgenin alleviates radiation nephropathy by suppressing renal mTORC1 signalling with concomitant effects on the gut and liver
2026-Jun-29, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112702
PMID:42372898
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞转录组学、网络药理学和体内验证,揭示薯蓣皂苷通过抑制mTORC1信号通路减轻放射性肾病的机制,并伴随对肠道和肝脏的调节作用 | 首次利用单细胞转录组学解析放射性肾病中肾小管细胞和免疫细胞的mTORC1激活模式,并结合网络药理学和分子动力学模拟阐明薯蓣皂苷与mTOR的高亲和力结合,建立多组学框架揭示药物对肠道-肝脏轴的协同效应 | 未提及具体局限性,但可能包括小鼠模型与人类差异、辐射暴露方式的临床可比性以及长期疗效和安全性数据缺失 | 阐明薯蓣皂苷减轻放射性肾病的分子机制及其对肠道和肝脏的系统性影响 | 全身照射小鼠模型 | 数字病理学 | 放射性疾病(放射性肾病) | 单细胞转录组学(scRNA-seq)、网络药理学、分子对接、分子动力学模拟、体内验证 | mTORC1信号通路靶点分析 | 基因表达数据、蛋白质结构数据、组织病理学数据 | 小鼠模型,具体样本量未在摘要中明确给出 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3923 | 2026-07-10 |
Comparative Transcriptional Profiling of Key Macrophage and Fibroblast Subpopulations in Rheumatoid Arthritis-Associated Lung Disease
2026-Jun-22, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70256
PMID:42328894
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研究论文 | 利用Flex单细胞RNA测序比较类风湿关节炎相关肺病中关键巨噬细胞和成纤维细胞亚群的转录谱 | 首次使用探针基础的Flex单细胞RNA测序对固定肺组织标本进行转录组分析,比较RA-ILD与RA肺结节中巨噬细胞和成纤维细胞的基因表达差异,并揭示与IPF的转录重叠 | 标题和摘要未明确提及研究局限性,样本量较小(对照组4例,RA-ILD组9例,RA结节组3例) | 通过转录组分析评估不同类风湿肺病中细胞特异性基因表达和通路激活,比较RA-ILD与RA肺结节及IPF的差异 | 固定肺组织标本中的巨噬细胞和成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 类风湿关节炎、间质性肺病、肺结节、特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4名无疾病对照、9名RA-ILD患者、3名RA结节患者的肺标本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium Flex | 探针基础的Flex单细胞RNA测序(scRNA-seq)处理固定肺组织标本 |
| 3924 | 2026-07-10 |
Pathway-centric visualization of cell-cell communication in single-cell transcriptomics data
2026-06-20, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00768-2
PMID:42323351
|
研究论文 | 开发了scVizComm,一个用于交互式可视化单细胞转录组数据中细胞间通信的Web门户 | 提供了一个非编程的交互式可视化平台,并能够整合分子通路信息以优先分析细胞间通信中的下游受体信号 | 依赖于预计算的结果,可能无法实时分析新数据集 | 实现单细胞转录组数据中细胞间通信的途径中心化可视化 | 人类肾脏和心脏单核转录组数据,以及小鼠前脑数据 | 数字病理学 | 纤维化相关疾病 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类肾脏和心脏组织样本,以及小鼠前脑样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单核RNA测序数据 |
| 3925 | 2026-07-10 |
JMJD3-driven epigenetic reprogramming of p16INK4a-positive cells promotes tendon regeneration
2026-06-11, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-026-00537-1
PMID:42276987
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研究论文 | 研究表明损伤诱导的p16阳性细胞通过JMJD3驱动的表观遗传重编程促进肌腱再生 | 首次揭示p16阳性细胞在肌腱再生中的有益作用及其依赖JMJD3的表观遗传机制,挑战了p16仅为衰老标志的传统认知 | 主要基于小鼠模型,缺乏人体组织验证;具体信号通路上下游调控细节未完全阐明 | 阐明p16阳性细胞在肌腱再生中的细胞身份和功能贡献 | 小鼠跟腱损伤模型中的p16阳性细胞 | 数字病理学 | 肌腱损伤 | 单细胞RNA测序, 原位免疫染色, 组蛋白去甲基化酶活性分析 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 小鼠跟腱损伤模型(具体样本量未明确提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 3926 | 2026-07-10 |
circVDJ-seq for T cell clonotype detection in single-cell and spatial multi-omics
2026-06-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-026-01691-1
PMID:42271498
|
研究论文 | 介绍circVDJ-seq技术,用于从3'导向的单细胞和空间多组学工作流程中简化且高效地检测T细胞克隆型 | circVDJ-seq提供了一种简化且经济高效的T细胞受体分析方法,可从单细胞RNA测序、ATAC+RNA多组学和空间转录组学等3'导向工作流中获取VDJ信息,无需特殊测序设备 | NA | 开发并验证一种可兼容多种3'导向单细胞和空间组学技术的T细胞克隆型检测方法 | 新鲜切除的神经母细胞瘤组织和受肺炎或COVID-19影响的死后淋巴结组织中的T细胞 | machine learning | 肿瘤学, 传染病学 | circVDJ-seq | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、多组学数据 | 新鲜切除的神经母细胞瘤组织样本和死后淋巴结样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 多组学 | 10x Chromium | NA |
| 3927 | 2026-07-10 |
Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity and immune microenvironment in lymphatic metastasis of head and neck squamous cell carcinoma
2026-06, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-026-00392-4
PMID:41839993
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析揭示了头颈部鳞状细胞癌淋巴转移中的异质性和免疫微环境 | 首次对头颈部鳞状细胞癌的淋巴结转移组织和正常淋巴结组织进行单细胞RNA测序比较分析,识别出与肿瘤发生和转移相关的特定细胞亚群,并构建了基于INHBA、SFRP2、SPP1和IFI27表达的预后模型 | 样本量较小(7个转移组织和5个非转移组织),可能限制了发现的普适性和统计效力 | 探究头颈部鳞状细胞癌淋巴转移过程中的细胞异质性和免疫微环境特征 | 头颈部鳞状细胞癌患者的淋巴结转移组织和正常淋巴结组织 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7个淋巴结转移组织样本和5个非转移组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 3928 | 2026-07-10 |
Single-cell mapping of peripheral immune dynamics in pregnant women after Moderna mRNA COVID-19 vaccination
2026-06, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-026-00394-2
PMID:41981247
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序描绘孕妇接种Moderna mRNA COVID-19疫苗后外周免疫动态变化 | 首次在单细胞水平纵向解析孕妇接种mRNA疫苗后的免疫动态,发现妊娠驱动的免疫调节适应性,包括适度的先天性免疫激活、协调的T细胞反应和延迟的B细胞应答 | 样本量有限(仅3名孕妇),限制了对普遍性的推断 | 阐明孕妇接种mRNA COVID-19疫苗后外周免疫反应的动态变化及妊娠相关的免疫调节机制 | 孕妇的外周血单核细胞(PBMCs) | 单细胞测序 | COVID-19, 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 3名孕妇,每个样本在4个时间点采集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3929 | 2026-07-10 |
Decoding cellular communication networks and signaling pathways in bone, skeletal muscle, and bone-muscle crosstalk through spatial transcriptomics in a young male mouse
2026-05-19, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-026-00520-w
PMID:42156722
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术解码年轻雄性小鼠骨骼、骨骼肌及骨-肌互作中的细胞通信网络和信号通路 | 首次构建了骨-肌组织间空间分辨的转录组级别细胞间通信图谱,整合10x Visium空间转录组与计算工具,揭示了多种配体-受体对在组织间的交互作用 | 仅基于小鼠模型,且未考虑年龄、性别或疾病状态对骨-肌互作的影响 | 探究骨与骨骼肌之间的分子串扰机制,建立空间转录组学视角下的细胞通信网络 | 年轻雄性小鼠的股骨及相邻骨骼肌组织 | 数字病理学 | 骨质疏松症, 肌少症, 代谢综合征 | 空间转录组学, 10x Genomics Visium, 计算工具(SMART, CellChat) | NA | 空间转录组数据, 免疫荧光染色数据, 单细胞RNA测序数据 | 年轻雄性小鼠的股骨和骨骼肌组织,以及独立的小鼠和人类单细胞RNA测序数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台用于组织切片基因表达分析 |
| 3930 | 2026-07-10 |
From complexity to clarity: aging bone marrow niche in bone and blood regeneration and malignancy
2026-05-18, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-026-00543-3
PMID:42151108
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综述 | 本文综述了骨髓微环境在衰老过程中的动态变化及其对骨和血液再生与恶性肿瘤的影响 | 利用高分辨率成像、单细胞和空间转录组学及体内谱系追踪等新技术,揭示了骨髓微环境在衰老过程中的异质性和可塑性,并探讨了系统性因素如神经输入、代谢状态和炎症信号对骨髓微环境老化的影响 | 关键问题仍待解决,如间充质和成骨细胞谱系的身份和层次、内皮细胞亚群的特化、系统性调控的整合,以及衰老骨髓在恶性肿瘤和慢性炎症中是驱动因素还是被动参与者 | 重访骨髓微环境现有多模型,重点探讨成骨细胞与特殊血管之间的交互作用及其在衰老过程中的紊乱如何损害造血输出和骨骼重塑 | 骨髓微环境、造血干细胞、成骨细胞、血管内皮细胞、衰老的骨髓及其在骨和血液系统中的功能 | 生物信息学 | 老年病 | 单细胞转录组学、空间转录组学、体内谱系追踪、高分辨率成像 | NA | 基因表达数据、成像数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 3931 | 2026-07-10 |
PMN-MDSCs-derived exosomal S100A9 drives breast cancer progression by enhancing cancer stemness and CXCL5-mediated metastatic potential
2026-May-18, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-026-03134-7
PMID:42151127
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研究论文 | 揭示PMN-MDSCs来源的外泌体S100A9通过增强癌症干细胞性和CXCL5介导的转移潜能驱动乳腺癌进展的机制 | 首次阐明PMN-MDSCs通过外泌体S100A9激活STAT3-CXCL5-ERK正反馈调控轴,协同增强乳腺癌干细胞性和转移能力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床样本验证规模有限,具体机制在人体中的适用性需进一步验证 | 探究PMN-MDSCs如何通过外泌体S100A9调控乳腺癌干细胞性和转移潜能的分子机制 | PMN-MDSCs、乳腺癌干细胞(BCSCs)、4T1细胞、三阴性乳腺癌(TNBC)组织 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞测序、流式细胞术、外泌体功能分析、共培养实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 小鼠乳腺癌实体瘤组织、TNBC临床样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞测序数据分析 |
| 3932 | 2026-07-10 |
NPC2 deficiency as a potential target drives malignancy and chemo-resistance in DLBCL
2026-May-16, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00833-0
PMID:42143364
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研究论文 | 通过单细胞RNA-seq数据分析发现NPC2缺乏与弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的恶性进展和化疗耐药相关,并揭示其机制 | 首次发现NPC2通过调节线粒体功能和细胞运动性驱动DLBCL侵袭性和化疗耐药,提出其作为潜在治疗靶点 | 未明确说明研究局限性 | 探索NPC2在DLBCL进展和化疗耐药中的分子机制及潜在治疗价值 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者样本及SU-DHL-4和SU-DHL-2细胞系 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、shRNA敲低、qPCR、流式细胞术、异种移植模型 | NA | 单细胞转录组数据 | 公共单细胞RNA-seq数据集中的DLBCL患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3933 | 2026-07-10 |
scRAPID-web: a web server for predicting protein-RNA interactions from single-cell transcriptomics
2026-May-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12870-0
PMID:42129640
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研究论文 | scRAPID-web是一个基于单细胞转录组学预测蛋白质-RNA相互作用的网络服务器 | 将单细胞RNA测序数据与catRAPID预测整合,提供用户友好的网络界面,支持八种模式生物的RBP-RNA和RBP-RBP相互作用预测 | 依赖预先编译的文库和选择的基因调控网络推理算法,可能限制分析的灵活性和适用范围 | 开发可访问的网络工具,基于单细胞转录组数据预测蛋白质-RNA相互作用和调控网络 | 八种模式生物中与RNA结合蛋白和RNA相互作用相关的单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达矩阵数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3934 | 2026-07-10 |
Multi-omics mapping identifies a C/EBPβ-S100a4⁺ macrophage axis as a therapeutic target in acute spinal cord injury
2026-May-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08239-2
PMID:42135765
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研究论文 | 利用多组学整合方法鉴定急性脊髓损伤中的C/EBPβ-S100a4+巨噬细胞轴作为治疗靶点 | 首次通过高时间分辨率的单细胞RNA测序与系统网络建模,解析出C/EBPβ-S100a4+巨噬细胞轴作为急性神经炎症的主要驱动因子,并发现黄芩素能有效调控该轴 | 未提及明显局限性,但初步研究可能需进一步验证在人体中的适用性 | 阐明急性脊髓损伤后早期免疫细胞状态及其上游调控回路,以识别基于机理的治疗靶点 | 小鼠脊髓损伤模型及激活的巨噬细胞 | 机器学习 | 急性脊髓损伤 | RNA-seq | CNN | 图像 | 小鼠脊髓样本,具体数量未在摘要中提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3935 | 2026-07-10 |
Cellular state heterogeneity underlying sex differences in Alzheimer's disease based on single-cell transcriptome
2026-May-14, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-026-02081-w
PMID:42135783
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研究论文 | 基于单细胞转录组分析阿尔茨海默病中性别差异的细胞状态异质性 | 通过非负矩阵分解识别细胞类型特异性元程序,揭示性别偏向的细胞状态及其在代谢、细胞间通讯和疾病关联中的差异 | 未提及,但潜在包括样本来源的异质性和分析方法的计算偏差 | 探究阿尔茨海默病中性别差异的分子机制,聚焦于细胞状态异质性 | 阿尔茨海默病患者和正常对照的脑组织细胞,包括六种主要细胞类型 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞或单核转录组数据 | 603个样本(296个女性,307个男性;339个AD,264个正常)来自10个队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3936 | 2026-07-10 |
Modulation of tumor-derived exosomes and reprogramming of cancer-associated fibroblasts for colorectal cancer therapy
2026-May-06, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02661-2
PMID:42092888
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧条件下结直肠癌细胞来源外泌体通过HIF1A-AS2/miR-33/HIF-1α轴激活成纤维细胞为癌症相关成纤维细胞的机制,并探索了潜在治疗策略 | 首次发现缺氧诱导的外泌体lncRNA HIF1A-AS2通过海绵吸附miR-33解除对HIF-1α抑制,激活Notch1/ERK信号通路,驱动正常成纤维细胞向癌相关成纤维细胞转化,并利用机器学习和单细胞转录组分析验证其作为预后标志物的潜力 | 研究主要基于体外细胞实验和异种移植模型,尚需临床样本验证及深入机制解析 | 阐明缺氧肿瘤外泌体介导的成纤维细胞重编程在结直肠癌进展中的作用及其分子机制 | 结直肠癌细胞来源外泌体、正常组织相关成纤维细胞、癌症相关成纤维细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 外泌体分离与表征、单细胞RNA测序、机器学习分析 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 多种结直肠癌细胞系及异种移植模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3937 | 2026-07-10 |
Seesaw signatures capture trajectory-like transcriptomic shifts and enable compact tumour cell classification across cancers
2026-May-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10172-5
PMID:42086757
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research paper | 研究发现Seesaw配对能捕捉轨迹样转录组变化,实现跨癌种的紧凑肿瘤细胞分类 | 提出Seesaw配对概念,基于基因表达排名反转来识别恶性转化,仅需三个基因对即可在44个数据集上实现高精度分类 | 未明确说明实验验证或外部独立数据集中的泛化能力,可能受限于单细胞RNA-seq技术本身的数据异质性 | 开发一种简单、可解释的肿瘤细胞识别方法,提高跨癌种分类的准确性和普适性 | 44个单细胞RNA测序数据集,涵盖22种癌症类型 | 单细胞基因组学 | 多种癌症(如肺癌、前列腺癌等) | 单细胞RNA测序 | 基于Seesaw配对的分类器 | 单细胞基因表达数据 | 44个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3938 | 2026-07-10 |
Cross-species comparison of amniote single-cell transcriptomes reveals evolutionary conservation and divergence in the chicken immune system
2026-May-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72642-y
PMID:42086564
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研究论文 | 通过跨物种单细胞转录组比较,揭示鸡免疫系统的进化保守性和差异性 | 首次构建包含157万细胞、157种细胞类型的鸡单细胞转录组图谱,并整合龟类和鸭类数据与人类scRNA-seq数据进行比较,发现鸡滤泡树突状细胞起源于髓系而非基质系 | 仅涉及3种龟类、2种鸭类,人类数据为公开数据,可能存在批次效应和物种间比较的偏差 | 通过跨物种单细胞转录组比较,研究鸡免疫系统的进化保守性和差异性 | 鸡、龟、鸭和人类免疫细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 16只鸡(157万细胞,36组织)、3只龟(23万细胞,14组织)、2只鸭(2.2万细胞,3组织)、人类公共数据(96万细胞,32组织) | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 | NA | NA |
| 3939 | 2026-07-10 |
Single-cell transcriptome sequencing (ScRNA-seq) uncovers the regulatory role of lodicule cells in rice floret opening (FO)
2026-May-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10191-2
PMID:42082742
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示水稻浆片细胞在颖花开放中的调控机制 | 首次利用单细胞转录组测序解析了浆片细胞在颖花开放中的异质性调控网络,特别是韧皮部与浆片细胞的通讯在渗透调节和细胞壁重塑中的作用 | 研究仅关注了两个时间点(开花前和开花期),未涵盖更早或更晚的发育阶段;功能验证实验不足 | 阐明水稻颖花开放中浆片细胞介导的分子调控机制 | 水稻小穗样本中的浆片细胞及相关细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 水稻小穗样本,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 3940 | 2026-07-10 |
SCMBench: benchmarking domain-specific and foundation models for single-cell multi-omics data integration
2026-May-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72570-x
PMID:42069651
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研究论文 | 对域特定模型和基础模型在单细胞多组学数据整合中的表现进行基准测试 | 首次全面评估基础模型与域特定模型在多组学整合任务中的性能,并提出轻量级自适应策略来弥补基础模型的不足 | 未提及与其他数据类型或更大规模数据集的整合评估,可能限制泛化性 | 系统评估域特定模型和基础模型在单细胞多组学数据整合中的准确性、生物标志物检测、轨迹推断和批次校正能力 | 23种单细胞多组学数据整合方法 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 域特定模型和基础模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |