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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3781 | 2026-07-15 |
Glia Are Bussin': How Single-Cell and Spatial Transcriptomics Enlighten the Role of Neuroglia in Spinal Cord Injury and Regeneration
2026-Jun, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70139
PMID:41934089
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综述 | 综述单细胞和空间转录组学技术如何揭示神经胶质细胞在脊髓损伤与再生中的作用 | 通过元分析整合五个脊髓损伤单细胞时间图谱,揭示损伤模型、时间进程、样本制备等因素对研究结果解读的影响 | 未提及具体局限性 | 总结神经胶质细胞在脊髓损伤后表型变化和分子信号的最新发现,并通过对多个数据集的分析提供研究注意事项 | 神经胶质细胞在脊髓损伤中的角色 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 五个单细胞时间图谱数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3782 | 2026-07-15 |
Metabolic and inflammatory roles of glial cells in neurodegenerative and cerebrovascular diseases
2026-Jun, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2026.103120
PMID:41932503
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综述 | 探讨胶质细胞在神经退行性和脑血管疾病中的代谢与炎症作用 | 总结了单细胞转录组学和代谢谱分析揭示的小胶质细胞和星形胶质细胞异质性与可塑性,强调其神经保护与神经毒性的双重作用,并探讨了关键炎症通路(如NF-κB、NLRP3炎症小体和C3/C3aR信号轴)及代谢重编程(如氧化磷酸化向糖酵解的转变)在胶质细胞相互作用中的角色 | 对特定背景下胶质细胞相互作用的机制理解仍存在重要空白,且当前实验模型存在局限性 | 总结胶质细胞介导的神经炎症在老年相关神经系统疾病中的最新见解,并讨论靶向胶质代谢和免疫信号的新兴治疗策略 | 小胶质细胞和星形胶质细胞 | 机器学习 | 神经退行性疾病, 脑血管疾病 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 文本 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 |
| 3783 | 2026-07-15 |
Integration of multi-omics and machine learning to identify core genes in PANoptosisof lung adenocarcinoma and their mechanisms in the tumor microenvironment and therapeutic potential
2026-Jun, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05251-7
PMID:41935997
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研究论文 | 整合多组学和机器学习,鉴定肺腺癌PANoptosis核心基因,并探索它们在肿瘤微环境中的机制及治疗潜力 | 首次系统揭示肺腺癌中M2巨噬细胞为中心的PANoptosis核心基因网络,并阐明人参皂苷通过调控该网络诱导整合性细胞死亡的新机制 | NA | 鉴定肺腺癌PANoptosis核心基因,阐明其在肿瘤微环境中的作用机制及治疗潜力 | 肺腺癌转录组数据集、单细胞转录组数据、免疫细胞浸润分析、人参皂苷干预实验 | 机器学习 | 肺腺癌 | 转录组测序、单细胞转录组测序、分子对接、免疫组化、CCK-8、Western Blot | 113种机器学习算法 | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 三个LUAD转录组数据集 | NA | 转录组测序、单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 3784 | 2026-07-15 |
Integrative multi-omics identifies a diagnostic T cell signature for cutaneous squamous cell carcinoma
2026-Jun, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05272-2
PMID:41935998
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研究论文 | 通过整合多组学数据,鉴定出一组T细胞相关基因特征,用于诊断皮肤鳞状细胞癌并表征其免疫环境 | 利用单细胞RNA测序和批量微阵列数据整合分析,识别出CYBA、S100A2和APOE三个关键基因作为诊断标志物,并揭示了它们与免疫调节的关联 | 未明确说明研究的局限性 | 识别T细胞相关基因特征,以描绘皮肤鳞状细胞癌的免疫环境并辅助分子诊断 | 皮肤鳞状细胞癌患者 | 机器学习 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序, 批量微阵列, RNA-seq, qRT-PCR, 免疫荧光染色 | 机器学习模型, 诊断列线图 | 基因表达数据 | 多个队列,包括训练集和外部验证集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3785 | 2026-07-15 |
Integrated multi-omics and experimental validation for identifying novel biomarkers of acute myocardial infarction
2026-Jun, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05281-1
PMID:41949600
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研究论文 | 通过整合多组学和实验验证,鉴定急性心肌梗死的新型生物标志物STAT3和DUSP4 | 首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和分子对接技术,系统验证了STAT3和DUSP4作为AMI潜在治疗靶点的因果关系 | 实验部分仅限于大鼠和H9C2细胞模型,未在人体心肌组织样本中验证 | 鉴定急性心肌梗死的新型诊断和预后生物标志物 | 急性心肌梗死患者和大鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 孟德尔随机化, qRT-PCR, Western blotting, 分子对接 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 两个独立队列以及单细胞RNA测序的AMI分期样本 | Illumina | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | Illumina NovaSeq | 高通量bulk RNA测序及单细胞RNA测序 |
| 3786 | 2026-07-15 |
Network toxicology and single-cell transcriptomics nominate candidate pyrethroid-associated targets and pathways in clear cell renal cell carcinoma
2026-Jun, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05259-z
PMID:41949597
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研究论文 | 整合网络毒理学和单细胞转录组学,识别拟除虫菊酯类杀虫剂在透明细胞肾细胞癌中的潜在靶点和通路 | 首次将网络毒理学、单细胞测序分析和分子对接相结合,系统研究六种常见家用拟除虫菊酯杀虫剂活性成分在透明细胞肾细胞癌发展中的核心靶点和信号通路 | 研究主要基于计算分析和体外实验,缺乏体内模型验证和临床样本的进一步确认 | 阐明拟除虫菊酯类杀虫剂与透明细胞肾细胞癌之间的分子机制 | 六种常见家用拟除虫菊酯杀虫剂活性成分 | 计算机视觉 | 肾细胞癌 | 网络毒理学,单细胞转录组学,分子对接 | 机器学习算法 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | GSE36895数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3787 | 2026-07-15 |
Multimodal characterisation of spontaneous Merkel cell carcinoma in the endangered Caucasian squirrel (Sciurus anomalus pallescens): integrating spatial transcriptomics, imaging mass cytometry and metagenomic sequencing
2026-Jun, Journal of veterinary research
IF:1.3Q2
DOI:10.2478/jvetres-2026-0034
PMID:42441076
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研究论文 | 通过对濒危高加索松鼠的自发性Merkel细胞癌进行空间转录组学、成像质谱流式细胞术和宏基因组测序综合分析,揭示了肿瘤的分子特征和微环境 | 首次对非家养野生动物自发性Merkel细胞癌进行多模态整合分析,包括空间转录组学和成像质谱流式细胞术的高分辨率肿瘤表征 | 仅基于单个病例,缺乏跨物种比较,且未发现Merkel细胞多瘤病毒证据 | 探讨濒危高加索松鼠自发性Merkel细胞癌的分子和组织学特征 | 一只濒危高加索松鼠(Sciurus anomalus pallescens)的皮肤结节 | 数字病理学 | 皮肤癌(Merkel细胞癌) | 空间转录组学, 成像质谱流式细胞术, 宏基因组测序 | NA | 空间转录组数据, 质谱成像数据, 宏基因组序列 | 1个皮肤结节样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 3788 | 2026-07-15 |
Increased mRNA translation delays tumour initiation and exposes a therapeutic vulnerability in lung cancer
2026-May-21, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02680-z
PMID:42163342
|
研究论文 | 该研究探讨了mRNA翻译在KRAS驱动的肺腺癌早期发展中的作用,发现eIF4A2缺失导致蛋白质合成失调,延缓肿瘤起始,但使肿瘤对MEK抑制剂敏感 | 首次揭示eIF4A2缺失导致的翻译失调通过诱导衰老样特征延迟肿瘤发生,并发现此类肿瘤对MEK抑制剂的独特敏感性 | 主要基于小鼠模型,人类肺癌患者样本仅限于Lattice-A队列验证,临床转化需更大规模研究 | 研究mRNA翻译改变在KRAS驱动的肺腺癌早期发展中的动态作用 | KRAS驱动的肺腺癌小鼠模型及人非小细胞肺癌患者样本 | 机器学习 | 肺癌 | 核糖体足迹分析、空间转录组学、多重成像 | NA | 基因表达数据、空间转录组图像 | 小鼠模型(数量未明确)及Lattice-A队列的NSCLC患者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3789 | 2026-07-15 |
Identifying maximally informative signal-aware representations of single-cell data using the information bottleneck
2026-May-20, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101571
PMID:41928515
|
研究论文 | 提出一种基于信息瓶颈方法的框架bioIB,用于从单细胞RNA测序数据中提取最大化特定生物学信号信息的压缩表示 | 利用信息瓶颈理论生成加权基因簇(元基因),实现数据压缩同时最大化信号特异性信息,并揭示元基因间的层次结构及生物学过程与细胞群体间的关联 | 依赖于预先提供的细胞标签来表示感兴趣信号,可能限制其在无标签或标签不完整情况下的适用性 | 提取单细胞数据中与特定生物学信号(如疾病状态)最相关的信息表示 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体,涉及阿尔茨海默病、上皮间充质转化、免疫发育和造血作用等生物学背景 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3790 | 2026-07-15 |
PFAS is associated with perineural invasion in triple-negative breast cancer with a potential role for Cathepsin D dysregulation: a multi-omics and experimental study
2026-May-20, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02164-w
PMID:42159784
|
研究论文 | 本研究整合多组学数据与实验验证,发现全氟和多氟烷基物质(PFAS)与三阴性乳腺癌(TNBC)的神经浸润(PNI)相关,并揭示组织蛋白酶D(CTSD)失调在此过程中的潜在作用 | 首次系统阐明PFAS暴露通过CTSD失调促进三阴性乳腺癌神经浸润的分子机制,并发现天然化合物Aurantio-obtusin可作为CTSD抑制剂 | 未在体内模型中验证因果关系,且样本来源仅基于公开数据库,可能缺乏人群多样性 | 探究PFAS与三阴性乳腺癌神经浸润的关联及CTSD的潜在调控机制 | 三阴性乳腺癌患者的多组学数据及肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq | 机器学习 | RNA测序数据 | TCGA-BRCA、METABRIC及多个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3791 | 2026-07-15 |
Adipose tissue-derived mesenchymal stem cells combined with prednisone synergistically ameliorate autoimmune hepatitis in mice
2026-May-20, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-05069-3
PMID:42163288
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研究论文 | 探讨脂肪组织来源间充质干细胞联合泼尼松治疗自身免疫性肝炎小鼠的协同效应及其机制 | 首次评估ADSC与泼尼松联合疗法在自身免疫性肝炎小鼠模型中的疗效,并通过单细胞RNA测序揭示其重塑肝脏细胞景观和促进再生信号网络的机制 | 文章未明确阐述研究的局限性 | 评估ADSC-泼尼松联合疗法对自身免疫性肝炎小鼠的治疗效果并探究其机制 | ConA诱导和CFA/S100诱导的自身免疫性肝炎小鼠模型 | 机器学习和数字病理学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3792 | 2026-07-15 |
From prediction to precision: Biomarker discovery and predictive modeling for personalized immune checkpoint blockade therapy
2026-May-15, European journal of cancer (Oxford, England : 1990)
DOI:10.1016/j.ejca.2026.116711
PMID:41930857
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综述 | 本文综述了免疫检查点阻断疗法中生物标志物的发现、预测建模以及单细胞和空间转录组学技术在免疫治疗中的应用 | 强调将分子谱分析与预测模型结合在术前辅助治疗中实现精准免疫治疗的潜力 | 未提及具体研究的局限性 | 探讨免疫检查点阻断疗法生物标志物的现状及分子谱分析与计算方法的整合以提高疗效预测准确性 | 免疫检查点阻断疗法相关的肿瘤微环境、生物标志物及预测模型 | 机器学习 | 恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 分子谱数据 | NA | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 3793 | 2026-07-15 |
SCOTCH: isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing
2026-May-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72665-5
PMID:42098110
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研究论文 | 提出了SCOTCH管道,用于从长读长单细胞RNA测序数据中进行异构体级别的基因表达特征分析 | 通过动态阈值建模非重叠亚外显子组合、整合读取覆盖度与现有注释细化亚外显子边界以及迭代聚类策略重建新转录本,并使用poly(A)感知过滤减少假阳性结构 | 未明确说明,可能在模拟和实际数据集上的表现依赖于平台参数或需要进一步验证 | 开发一个端到端、平台无关的管道,用于从长读长单细胞RNA测序数据中可靠地恢复已知和新颖异构体 | 人类血液和脑类器官数据集 | 生物信息学 | NA | 长读长单细胞转录组测序、Nanopore、PacBio、10x Genomics、Parse Biosciences | NA | 序列数据 | 人类血液和脑类器官数据集(具体数量未提供) | 10x Genomics, Parse Biosciences | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Parse Biosciences 试剂盒 | 支持10x Genomics和Parse Biosciences协议的长读长单细胞RNA测序 |
| 3794 | 2026-07-15 |
Nested co-expression network analysis identifies compact gene clusters in a black box
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag167
PMID:41934621
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研究论文 | 提出一种名为Nested-WGCNA的两阶段无监督网络分析算法,用于在转录组数据中识别嵌套的基因模块 | 首次实现从粗粒度到细粒度的多层次基因模块识别,解决现有方法忽略紧凑基因集的局限性 | 对单细胞RNA-Seq数据的验证仅作为注释参考,未直接优化用于单细胞数据 | 开发能够识别嵌套基因模块的网络分析方法,揭示复杂生物过程中的功能异质性 | 组织样本的bulk RNA-Seq数据和免疫治疗反应数据集 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 加权基因共表达网络分析 | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3795 | 2026-07-15 |
Identification of high-risk cells in single-cell spatially resolved transcriptomics data using Diagnostic Evidence GAuge of Single-cells with spatial smoothing
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag098
PMID:41934088
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研究论文 | 提出DEGAS方法,利用单细胞空间分辨转录组数据识别高风险细胞和区域 | DEGAS通过潜在基因表达表征和域自适应技术将患者疾病属性转移到单个细胞,解决了现有方法无法关联单细胞与疾病属性的问题 | 未提及具体限制 | 开发并评估DEGAS方法在单细胞空间分辨转录组平台上的适用性及高风险细胞区域识别能力 | 肝细胞癌、皮肤黑色素瘤及II型糖尿病的组织样本 | 机器学习 | 肝细胞癌, 皮肤黑色素瘤, II型糖尿病 | 单细胞空间转录组学 | DEGAS(基于域自适应的潜在表征模型) | 基因表达数据 | 包含肝细胞癌、皮肤黑色素瘤及II型糖尿病Xenium数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium平台用于II型糖尿病数据生成 |
| 3796 | 2026-07-15 |
Nanoplastics target lung monocytes, disrupting immune dynamics
2026-May-01, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2026.141961
PMID:41934838
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研究论文 | 通过全身荧光成像、流式细胞术和单细胞RNA测序,研究了纳米塑料在雌性小鼠体内的生物分布及对免疫动力学的影响 | 首次揭示纳米塑料在体内主要靶向肺部,并特异性地被非经典单核细胞和CD206+间质巨噬细胞摄取,进而扰乱单核细胞向巨噬细胞的分化过程 | 未明确说明局限性 | 探究纳米塑料在全身暴露后的生物分布及其对肺部免疫系统的直接影响 | 雌性小鼠 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术、全身荧光成像 | NA | 单细胞基因表达数据 | 雌性小鼠(具体数量未提供) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3797 | 2026-07-15 |
Deciphering functional intra-tumoral heterogeneity in BRAFV600E-driven mouse thyroid cancer reveals EMT trajectory and metabolic remodeling
2026-May, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-026-03742-8
PMID:41935217
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析BRAFV600E驱动小鼠甲状腺癌的功能性瘤内异质性,揭示EMT轨迹和代谢重塑 | 首次在成年发病的BRAF驱动自体小鼠PTC模型中揭示恶性甲状腺细胞的转录异质性和层级轨迹,并发现EMT轨迹及相关基因模块对人类PTC具有预测价值 | 未提及明确限制 | 探究BRAF驱动PTC中肿瘤细胞的功能性异质性,为EMT靶向治疗提供理论基础 | BRAFV600E驱动小鼠甲状腺癌模型中的恶性甲状腺细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 成年发病自体小鼠PTC模型,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3798 | 2026-07-15 |
PEDF Prevents Corneal Endothelial Dysfunction of Fuchs Endothelial Corneal Dystrophy
2026-05-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.5.2
PMID:42080792
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研究论文 | 探讨色素上皮衍生因子对Fuchs角膜内皮营养不良角膜内皮功能障碍的保护作用 | 首次发现PEDF在FECD患者房水中水平显著降低,并通过抑制p53、TGF-β和Hippo信号通路预防角膜内皮损伤 | NA | 评估PEDF对FECD角膜内皮的保护潜力 | FECD患者的房水、人角膜内皮细胞、UVA诱导的FECD小鼠模型 | 数字病理学 | Fuchs角膜内皮营养不良 | 酶联免疫吸附测定、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、RNA测序、定量PCR、自动简单蛋白质印迹法 | NA | 图像、序列数据 | FECD患者房水样本(数量未明确)、UVA诱导FECD小鼠模型(数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 3799 | 2026-07-15 |
Single-cell transcriptomics reveal PRRC1 as a malignant cell enriched driver of DNA repair and therapy resistance in glioblastoma
2026-05, DNA repair
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.dnarep.2026.103934
PMID:41932066
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和多组学分析发现PRRC1是胶质母细胞瘤中DNA修复和治疗抵抗的恶性细胞富集驱动因子 | 首次鉴定PRRC1在胶质母细胞瘤中的功能角色,证明其通过调控染色质组织和细胞周期参与DNA损伤反应,并揭示其为潜在治疗靶点 | 未提及具体局限性 | 探索胶质母细胞瘤恶性细胞中调控DNA损伤反应相关细胞状态的未知因子,并评估PRRC1作为治疗靶点的潜力 | 胶质母细胞瘤细胞及患者来源的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、批量转录组分析、TCGA DNA甲基化数据、功能验证 | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、DNA甲基化数据 | 包括TCGA和GDSC数据集以及患者来源的胶质母细胞瘤细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3800 | 2026-07-15 |
Single-Cell Computational Frameworks for Quantifying BET Bromodomain Inhibitor Resistance and Screening Re-Sensitizer Drugs in Triple-Negative Breast Cancer
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202513246
PMID:41933924
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据,开发量化BET溴结构域抑制剂耐药性及筛选再敏化药物的计算框架 | 提出了两个计算框架FR20和D-FR20,分别用于在单细胞分辨率下量化BET溴结构域抑制剂耐药性和筛选潜在再敏化药物,并揭示了铁死亡在耐药性演化中的作用 | 未在更广泛的临床样本中验证框架的泛化能力,且对铁死亡抑制机制的研究可能不够深入 | 针对三阴性乳腺癌中BET溴结构域抑制剂耐药性问题,开发计算工具以量化耐药性并筛选再敏化药物 | 三阴性乳腺癌细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 基因表达数据 | 九个独立数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |