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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3541 | 2026-05-29 |
A Novel Dual-Level Momentum Distillation Method with Extreme Thresholding for Imputing Single-Cell RNA Sequencing Data
2026-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00754-y
PMID:40841490
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研究论文 | 提出了一种名为MoDET的新方法,用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值,以提高数据质量和后续分析准确性 | 提出双重水平动量蒸馏与极端阈值机制相结合的方法,有效提升了细胞表征学习能力和对稀有细胞类型的识别精度 | 未提及跨平台或更大规模数据集验证,且对极端阈值机制的普适性未作深入讨论 | 解决单细胞RNA测序数据因缺失现象导致的稀疏性问题,提升下游聚类分析和稀有细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 双重水平动量蒸馏模型 | 基因表达矩阵 | 七个真实世界数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3542 | 2026-05-29 |
Joint Low Rank Representation with Symmetric Orthogonal Decomposition for Clustering of scRNA-seq Data
2026-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00767-7
PMID:41131369
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研究论文 | 提出一种结合低秩表示与对称正交分解的单细胞RNA测序数据聚类新方法LRRS | 引入新的正交对称分解策略,无需预设聚类数量,通过测量正交空间下的加权距离自适应表征局部特性 | 未在更大规模或更复杂的数据集上验证,且迭代优化方法可能增加计算复杂度 | 开发高效的单细胞RNA测序数据聚类方法以准确识别细胞类型,揭示复杂疾病分子机制 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型组成 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 低秩表示与对称正交分解模型 | 基因表达数据 | 11个基准数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3543 | 2026-05-29 |
scFAST-seq reveals a wide diversity of transcripts, CNV events, and regulatory activity in adrenocortical tumor
2026-May-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-44117-z
PMID:42203806
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研究论文 | 比较10X Chromium 3' scRNA-seq和SeekGene scFAST-seq在肾上腺皮质肿瘤配对样本中的表现,发现scFAST-seq检测到更多长链非编码RNA、基因和转录本 | 首次系统比较scFAST-seq与主流10X Chromium 3' scRNA-seq技术在肾上腺皮质肿瘤单细胞转录组分析中的差异,揭示了scFAST-seq在检测长链非编码RNA、基因和转录本方面的优势 | 仅使用两个配对样本,样本量较小;未对不同肿瘤类型的适用性进行验证;对RNA动态和拷贝数变异检测差异的机制解释不够深入 | 比较两种高通量液滴式单细胞RNA测序技术在肾上腺皮质肿瘤研究中的性能差异 | 来自肾上腺皮质肿瘤的两个配对样本 | 单细胞转录组学 | 肾上腺皮质肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个肾上腺皮质肿瘤配对样本 | 10x Genomics, SeekGene | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium 3', SeekGene scFAST-seq | 10x Chromium 3' 单细胞RNA测序, SeekGene scFAST-seq单细胞RNA测序 |
| 3544 | 2026-05-29 |
Intrathecal Allogeneic B7-H3-targeted CAR γδ T Cells for Leptomeningeal Metastasis from Solid Tumors: Safety, Efficacy, and Immunological Dynamics in a Phase 1 Trial
2026-May-28, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-26-0738
PMID:42207176
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研究论文 | 评估异体B7-H3靶向嵌合抗原受体γδ T细胞鞘内注射治疗软脑膜转移瘤的安全性、有效性和免疫动力学 | 首次在临床试验中评估异体B7-H3-CAR γδ T细胞疗法通过鞘内给药治疗软脑膜转移瘤,并展示了早期安全性、临床活性、局部持久性和IFN-γ相关的脑脊液免疫重塑 | 样本量小,仅有三名患者,且为单臂试验,缺乏对照组,初步概念验证性质 | 评估鞘内注射异体B7-H3靶向CAR γδ T细胞治疗软脑膜转移瘤的临床反应、安全性、总生存期、生活质量和药代动力学/药效学特征 | 三名来自B7-H3阳性实体瘤的软脑膜转移瘤患者,包括两名肺腺癌患者和一名三阴性乳腺癌患者 | 机器学习 | 肺癌, 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 文本 | 3名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3545 | 2026-05-29 |
Protocol for the isolation of human buccal cells for single-cell applications
2026-May-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104601
PMID:42201808
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研究论文 | 描述了一种从人体颊粘膜活检组织中分离高活力单细胞悬浮液的温和解离方案,适用于单细胞应用 | 结合可控酶消化(胶原酶和核酸酶)与优化的速度、温度和孵育时间,高效释放异质性细胞群同时最小化细胞损伤,获得≥80%活力的单细胞悬浮液 | NA | 建立一种可靠的人体颊粘膜细胞分离方案用于单细胞RNA测序和流式细胞术 | 人体颊粘膜活检组织中的上皮细胞、基质细胞和驻留免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、细胞表型数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3546 | 2026-05-29 |
AdPrST:An Adversarial Graph Deep Learning Pre-clustering Framework for Deciphering Spatiotemporal Structures in Spatially Resolved Transcriptomics
2026-May-27, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3697726
PMID:42202195
|
研究论文 | 提出一种名为AdPrST的对抗性图深度学习预聚类框架,用于从空间分辨转录组学数据中解码时空结构,包括空间域识别、轨迹推断和伪时空图谱构建 | 通过对抗性自监督对比学习结合Wasserstein距离GAN和双重视图图结构,实现鲁棒的时空结构推断 | 未明确提及 | 解决空间分辨转录组学中复杂组织时空结构推断的挑战 | 空间分辨转录组学数据中的空间域、发育轨迹和时空特征 | 数字病理学 | 未指定 | 空间转录组学 | 生成对抗网络 | 基因表达数据 | 多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3547 | 2026-05-29 |
Recurrence in the chemotherapy regimen of bladder carcinoma originates from quiescent epidermoid-like cells
2026-May-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73632-w
PMID:42203766
|
研究论文 | 通过整合高分辨率CRISPR/Cas9进化谱系追踪与单细胞RNA测序,研究膀胱癌在化疗下的演化及复发机制 | 首次识别出类表皮样细胞状态群体作为化疗后复发的起源,并揭示其可塑性和进化动态 | 未提及局限性 | 解析膀胱癌在化疗过程中自然进展和复发的关键事件与进化动力学 | 膀胱癌小鼠模型的肿瘤细胞 | 机器学习 | 膀胱癌 | CRISPR/Cas9谱系追踪、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 3548 | 2026-05-29 |
Microglial state transitions dominate the brain immune response in the subacute phase after cardiac arrest
2026-May-27, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03874-4
PMID:42204534
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示心脏骤停后亚急性期大脑免疫反应中小胶质细胞状态的转变 | 首次描绘了心脏骤停后年轻和老年大脑在第三天的免疫景观,发现了五类心脏骤停相关小胶质细胞状态,并揭示了SPP1阳性小胶质细胞的时空动态特征 | 未提及具体局限 | 探究心脏骤停后大脑免疫反应中不同免疫细胞群体的贡献 | 心脏骤停后小鼠大脑免疫细胞 | 单细胞组学 | 心脏骤停相关脑损伤 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和老年小鼠(未具体说明数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3549 | 2026-05-29 |
Syrosingopine enhances immune checkpoint blockade efficacy by inhibition of MCTs and metabolic reprogramming in triple-negative breast cancer
2026-May-26, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2026.168308
PMID:42202910
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研究论文 | 研究西罗辛平通过抑制MCTs和代谢重编程增强三阴性乳腺癌免疫检查点阻断疗效 | 首次证明双MCT1/MCT4抑制剂西罗辛平可通过阻断乳酸输出重新编程肿瘤微环境,增强抗肿瘤免疫,与抗PD-1协同抑制三阴性乳腺癌生长 | 基于模型和细胞系研究,临床验证尚需进一步开展 | 探索MCT抑制作为三阴性乳腺癌免疫治疗增敏策略的潜力 | 三阴性乳腺癌肿瘤细胞、CD8 T细胞、NK细胞、免疫活性小鼠模型 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 批量转录组学、单细胞转录组学、组织分析 | NA | 转录组数据、组织切片数据 | 多个三阴性乳腺癌模型和免疫活性小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 3550 | 2026-05-29 |
Characterization of natural killer (NK) cells in lung adenocarcinoma and construction of an NK risk signature based on single-cell and macromolecular RNA-seg data
2026-May-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04552-w
PMID:42184019
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研究论文 | 基于单细胞和大分子RNA测序数据,研究肺腺癌中自然杀伤细胞的特性并构建其风险特征 | 首次利用单细胞RNA测序数据识别肺腺癌中NK细胞亚群,并建立基于NK细胞相关基因的风险特征用于预后预测 | 该研究主要基于公共数据库的数据,尚未在独立外部队列中进行验证 | 分析肺腺癌中NK细胞特征并建立基于NK细胞的风险特征以预测患者预后 | 肺腺癌患者的NK细胞及其基因表达数据 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 微阵列 | Cox回归, Lasso回归 | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3551 | 2026-05-29 |
Targeting VEGF signaling and stromal remodeling enhances chemoimmunotherapy efficacy in esophageal cancer
2026-May-22, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014249
PMID:42173653
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序、免疫组库分析和空间转录组学,揭示了靶向VEGF信号和基质重塑可增强食管癌化学免疫治疗疗效,并识别出关键的基质细胞亚群 | 首次通过多组学整合分析揭示化疗免疫治疗后食管鳞癌肿瘤微环境中基质细胞(如ACKR1+内皮细胞和CFD+癌症相关成纤维细胞)的动态变化及其与治疗反应的关系,并发现VGFA信号驱动RGCC+内皮细胞和MMP11+癌症相关成纤维细胞协同形成免疫抑制微环境 | 样本量较小(9例患者),主要依赖计算分析结果,功能验证仍需进一步扩展 | 阐明新辅助化学免疫疗法在食管鳞癌中疗效的微环境驱动机制,为优化治疗方案提供理论基础 | 食管鳞癌患者肿瘤组织样本 | 机器学习和数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序、免疫组库分析、空间转录组学 | 集成聚类、基因集富集分析、T细胞受体库表征、拷贝数估计、细胞间通讯推断 | 单细胞转录组数据、免疫组库数据、空间转录组数据 | 9例食管鳞癌患者,共18个样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组学 |
| 3552 | 2026-05-29 |
Defining Clock Neurons Within Distributed Circadian Circuits Through Multiscale Technologies
2026-May-22, Journal of biological rhythms
IF:2.9Q2
DOI:10.1177/07487304261448254
PMID:42175567
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综述 | 通过整合多尺度技术,重新定义哺乳动物大脑中分布在多个脑区的昼夜节律时钟神经元 | 提出一个操作性框架,包含分子振荡、自主性、生理节律性和回路影响四个标准来识别时钟神经元,挑战传统的主时钟-外周模型 | 未提供具体实验数据验证框架,主要基于已有文献的综合分析 | 明确昼夜节律时钟神经元的定义,并绘制大脑中分布的昼夜节律回路 | 哺乳动物大脑中具有内在昼夜节律特性的神经元 | 神经科学 | 神经系统疾病、神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、回路追踪、神经元操控 | NA | 分子数据、细胞数据、系统生物学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3553 | 2026-05-29 |
Aberrant p53 fuels macrophage immunoregulatory polarization and refractory clinical outcome in urothelial carcinoma
2026-May-20, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014408
PMID:42161402
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研究论文 | 研究异常p53状态如何驱动尿路上皮癌中肿瘤相关巨噬细胞的免疫调节极化和不良临床结局 | 首次整合单细胞RNA测序、免疫组化和流式细胞术,系统描绘p53突变与异常表达对巨噬细胞表型异质性和代谢重编程的影响,并揭示SPP1-CD44轴介导的协同免疫抑制网络 | 未提及具体不足之处 | 阐明异常p53状态(含TP53突变和p53异常表达)与肿瘤相关巨噬细胞表型和功能异质性之间的关联及其对免疫微环境的影响 | 尿路上皮癌患者肿瘤组织中的肿瘤相关巨噬细胞和CD4+ T细胞 | 机器学习 | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、免疫组化图像、流式细胞术数据 | 962例尿路上皮癌患者的多队列数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 3554 | 2026-05-29 |
Identification of metabolism-associated molecular classification and prognostic genes for medulloblastoma based on bioinformatics analysis
2026-May-18, Clinics (Sao Paulo, Brazil)
DOI:10.1016/j.clinsp.2026.101003
PMID:42150480
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定与代谢相关的髓母细胞瘤分子分型和预后基因 | 基于代谢特征对髓母细胞瘤进行分子分型,补充了现有亚型分类的代谢视角,并建立了17基因代谢相关预后预测模型 | 17基因特征需要额外的多中心验证以确认其临床实用性 | 探究代谢相关基因在髓母细胞瘤病理生理机制中的作用,并建立代谢相关的分子分型和预后预测模型 | 髓母细胞瘤样本 | 机器学习 | 髓母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解聚类 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、RNA测序数据 | 599个髓母细胞瘤样本(训练集400个,测试集199个),74个验证样本,8个单细胞RNA测序样本,37个RNA测序样本 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3555 | 2026-05-29 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Early Transcriptional Heterogeneity of Cardiac-Associated Cell Populations During Zebrafish Embryogenesis
2026-May-15, Biology
DOI:10.3390/biology15100791
PMID:42187752
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示斑马鱼胚胎发生过程中心脏相关细胞群的早期转录异质性 | 首次在单细胞水平上描绘了斑马鱼早期心脏谱系特化的转录动态和时序层次,证明了心脏祖细胞的转录异质性及其通过持续调控过程获得心脏命运 | 未提及具体局限性 | 探索斑马鱼胚胎早期心脏谱系特化的单细胞转录动力学 | 斑马鱼胚胎在受精后4小时和6小时的心脏祖细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类、子聚类、轨迹推断 | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎在4 hpf和6 hpf的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3556 | 2026-05-29 |
Prognostic and Immunological Significance of TIPARP in Pancreatic Cancer
2026-May, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-025-09546-2
PMID:41284141
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研究论文 | 本文系统分析了TIPARP在胰腺癌中的预后和免疫学意义 | 首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析证实TIPARP在胰腺癌成纤维细胞中特异性表达,并与免疫抑制微环境和不良预后存在因果关联 | 研究主要依赖公共数据库分析,缺乏大规模前瞻性临床验证和体内实验证据 | 探究TIPARP在胰腺导管腺癌中的表达模式、预后价值及其免疫调控机制 | 胰腺导管腺癌患者 | 计算机视觉 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 列线图模型 | 转录组数据 | TCGA-PAAD队列178例和GTEx数据库171例正常胰腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3557 | 2026-05-29 |
High INHBB Expression Shapes an Immunosuppressive Tumor Microenvironment and Predicts Poor Prognosis in Colorectal Carcinoma
2026-May, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-025-09574-y
PMID:41324886
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研究论文 | 探究INHBB高表达在结直肠癌中塑造免疫抑制肿瘤微环境及预测不良预后的作用 | 首次系统阐明INHBB在结直肠癌中通过促进免疫抑制微环境(T细胞减少、巨噬细胞增多)影响患者预后,并验证其作为免疫逃逸生物标志物和治疗靶点的潜力 | 未发现INHBB为独立预后因素;基于回顾性分析,需前瞻性验证;机制研究局限于相关性分析 | 评估INHBB在结直肠癌中的临床和免疫学意义及其作为预后标志物的潜力 | 248例结直肠癌患者的肿瘤组织样本及临床病理参数 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA原位杂交(RNAscope)、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 组织标本图像、基因表达数据 | 248例结直肠癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3558 | 2026-05-29 |
SpatialESD: Spatial Ensemble Domain Detection in Spatial Transcriptomics
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520912
PMID:41677098
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研究论文 | 提出一种名为SpatialESD的空间集成域检测方法,整合不同空间域检测方法的聚类结果以提高空间转录组数据分析中域检测的准确性和鲁棒性 | 通过同时捕获聚类间的直接共现模式和多尺度间接关系,增强了空间域检测的稳健性和准确性,并优于现有集成方法EnSDD | 方法性能依赖于所选基础检测方法的质量,且在大规模数据集上的计算效率可能需要进一步优化 | 改进空间转录组学中空间域检测的准确性和稳定性,以支持下游组织结构和疾病机制解析 | 10x Visium空间转录组数据集,包括人脑、乳腺癌和卵巢癌样本 | 数字病理学 | 乳腺癌, 卵巢癌 | 空间转录组学 | 集成学习 | 空间基因表达数据 | 模拟数据集和多个10x Visium空间转录组数据集(人脑、乳腺癌、卵巢癌样本) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 3559 | 2026-05-29 |
Cell-specific gene expression plasticity in response to hypoxia promotes high-altitude adaptive evolution
2026-05, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3108-3
PMID:41793589
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研究论文 | 通过绵羊高原适应实验,揭示细胞特异性基因表达可塑性如何促进高海拔适应性进化 | 首次生成重要器官在低氧适应过程中的细胞转录组图谱,并发现免疫细胞中的逆转可塑性通过自然选择促进遗传适应的新机制 | 未在摘要中明确提及,可能需要进一步验证其他物种或器官的通用性 | 探索基因表达可塑性与遗传适应在低氧环境响应中的分子和细胞机制 | 绵羊(正常氧适应、常氧转低氧、低氧适应三个群体的脑、心脏、肺组织) | 机器学习和转录组学 | 高原适应及低氧相关疾病 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序 | NA | 单细胞和单核转录组数据 | 27只绵羊,生成27个scRNA-seq和54个snRNA-seq数据集,分析236,805个细胞和906,315个细胞核 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
| 3560 | 2026-05-29 |
From Cell-Free Transcriptomes to Single-Cell Landscapes: Biomarker Discovery and Originating Cell Alteration Analysis via Graph Matrix Factorization
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.74814
PMID:41818613
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research paper | 提出CellFreeGMF工具,利用图矩阵分解从无细胞RNA转录组中识别生物标志物并分析其来源细胞的变化 | 通过图矩阵分解方法同时实现临床样本的诊断分类、cfRNA生物标志物识别及其来源细胞变化分析,并利用细胞间通讯分析探究疾病条件下来源细胞的功能变化 | 未提及具体局限性 | 整合cfRNA分析到临床工作流程和精准医学策略中,实现从大量水平到单细胞水平的生物标志物发现和来源细胞变化分析 | 无细胞RNA转录组临床数据集,特别是胰腺导管腺癌样本 | machine learning | pancreatic ductal adenocarcinoma | RNA-seq | NA | gene expression | 涉及多种无细胞RNA转录组临床数据集,具体数量未提及 | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |