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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3461 | 2026-03-01 |
Multi-Modal Metabolomics Deciphers Pan-Cancer Metabolic Landscapes and Spatial-Niche-Specific Alternations
2026-Feb-13, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo16020129
PMID:41745610
|
研究论文 | 本研究通过整合批量代谢组学和空间代谢组学,解析了泛癌症代谢景观及空间生态位特异性变化 | 首次在泛癌症层面结合批量与空间代谢组学,揭示代谢重编程的跨癌种共性和空间异质性,并识别出在多个分析层面一致改变的代谢物 | NA | 系统理解癌症代谢重编程的跨癌种共性和肿瘤微环境内的空间异质性 | 多种癌症类型的肿瘤组织和正常组织 | 代谢组学 | 泛癌症 | 批量代谢组学, 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | 代谢组数据, 转录组数据 | NA | NA | 批量代谢组学, 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3462 | 2026-02-10 |
CiCLoDS: Joint cell clustering and gene selection for single-cell spatial transcriptomics
2026-Feb-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-39168-1
PMID:41656346
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3463 | 2026-03-01 |
Advances in Spatial Transcriptomics for Infectious Disease Research: Insight for Vaccine Development
2026-Feb-07, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines14020158
PMID:41746079
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在传染病研究中的进展及其对疫苗开发的启示 | 系统总结了空间转录组学如何通过保留组织架构来揭示宿主-病原体相互作用,并比较了测序与成像两类平台的优势,强调了其在识别组织特异性免疫程序和疫苗设计中的应用潜力 | 面临RNA质量限制、分辨率与转录本广度之间的权衡、高成本以及分析复杂性等约束 | 探讨空间转录组学在传染病研究中的应用,以促进疫苗开发 | 传染病(包括病毒、细菌和寄生虫感染)中的宿主组织与病原体相互作用 | 空间转录组学 | 传染病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据与组织图像 | NA | 10x Genomics, NanoString, BGI, Vizgen, NanoString, Vizgen | 空间转录组学 | Visium, GeoMx, Stereo-seq, Xenium, CosMx, MERFISH | 测序方法(如Visium、GeoMx、Stereo-seq)提供全转录组覆盖但分辨率适中,成像平台(如Xenium、CosMx、MERFISH)提供单细胞或亚细胞细节但基因面板靶向 |
| 3464 | 2026-03-01 |
Advances in Single-Cell Transcriptomics for Livestock Health
2026-Feb-06, Veterinary sciences
IF:2.0Q2
DOI:10.3390/vetsci13020161
PMID:41745955
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在解析家畜物种细胞异质性、免疫系统复杂性及宿主-病原体相互作用方面的最新进展与应用 | 系统总结了单细胞转录组学在家畜健康研究中的关键应用,包括构建大规模多组织细胞图谱(如牛细胞图谱)、揭示物种特异性免疫特征(如反刍动物中γδ T细胞的重要作用),并探讨了整合空间转录组学与多组学方法的未来方向 | 面临基因组注释不完整、组织处理限制、跨平台数据整合等技术与分析挑战 | 提升家畜疾病抵抗力、疫苗效力及转化研究,为家畜健康提供新的研究框架 | 牛、猪、家禽及小型反刍动物 | 单细胞组学 | 家畜疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞免疫受体测序、空间转录组学、多组学方法 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3465 | 2026-03-01 |
A multi-omics study unravels the mechanism of water pollutants in gastric cancer: integrating network toxicology, machine learning, and tumor microenvironment remodeling
2026-Feb, Toxicology research
IF:2.2Q3
DOI:10.1093/toxres/tfag015
PMID:41756097
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、机器学习和肿瘤微环境重塑,探讨了水污染物在胃癌中的多靶点作用机制 | 首次将网络毒理学、机器学习与单细胞测序相结合,系统解析水污染物通过关键靶点(如预测的基因)影响胃癌发生及肿瘤微环境重塑的机制 | 研究主要基于计算和生物信息学方法,缺乏实验验证;污染物与靶点的相互作用仅通过分子对接模拟,需进一步体内外实验确认 | 探究水污染物促进胃癌发生的多靶点分子机制,为环境风险评估提供假设框架 | 美国环保署列出的69种水污染物及其在胃癌中的潜在作用靶点 | 机器学习 | 胃癌 | 网络毒理学、机器学习算法、分子对接、单细胞测序 | 三种机器学习算法(未具体说明类型) | 基因表达数据(GSE54129数据集)、污染物靶点预测数据 | 基于公共数据集GSE54129,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3466 | 2026-03-01 |
Integrative Multi-Omics and Machine Learning Identify ID1 as a Candidate Gene Associated with Abdominal Aortic Aneurysm
2026-Jan-30, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb48020156
PMID:41751419
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研究论文 | 本研究通过整合多组学与机器学习方法,识别出ID1作为与腹主动脉瘤相关的候选基因,并探讨其在血管免疫重塑和细胞外基质通路中的作用 | 首次结合多组学数据(包括两个批量转录组数据集和单细胞RNA测序)与三种机器学习算法(LASSO、随机森林和SVM-RFE)系统识别并验证ID1在腹主动脉瘤中的稳定下调及其与免疫细胞浸润的关联 | 研究主要基于公共数据集的分析,缺乏实验验证以确认ID1的功能机制;样本来源和数量可能限制结果的普适性 | 探究腹主动脉瘤的分子机制,特别是ID1基因在疾病发生发展中的作用 | 腹主动脉瘤患者的相关基因表达数据,包括ID1和CYP4B1等候选基因 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq | LASSO, Random Forest, SVM-RFE | 转录组数据 | 涉及两个批量转录组数据集(GSE232911和GSE183464)和一个单细胞RNA测序数据集(GSE226492),具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3467 | 2026-03-01 |
Field-Evolved Resistance to Bt Cry Toxins in Lepidopteran Pests: Insights into Multilayered Regulatory Mechanisms and Next-Generation Management Strategies
2026-Jan-25, Toxins
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxins18020060
PMID:41745726
|
综述 | 本文综述了鳞翅目害虫对Bt Cry毒素田间进化抗性的多层次调控机制,并探讨了下一代管理策略 | 提出了一个综合统一的机制框架,整合了Bt毒素作用模式、多层抗性调控机制(包括信号转导、免疫逃避、微生物群互作)以及基于CRISPR、AlphaFold3和AI的下一代抗性管理策略 | 这是一篇综述文章,主要总结现有研究,未报告新的原始实验数据 | 阐明鳞翅目害虫对Bt Cry毒素田间进化抗性的机制,并提出可持续的管理策略 | 鳞翅目害虫及其对Bt Cry毒素的抗性 | NA | NA | 单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因编辑、噬菌体辅助连续进化(PACE)、AlphaFold3结构预测、AI加速蛋白质设计 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3468 | 2026-03-01 |
Multimodal single-cell protein and RNA profiling unveils dysregulated immature neutrophil dynamics in gestational diabetes mellitus
2026-Jan-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09468-9
PMID:41501166
|
研究论文 | 本研究通过多模态单细胞蛋白质和RNA分析,揭示了妊娠期糖尿病中未成熟中性粒细胞动态的失调 | 首次结合InfinityFlow表面标记分析和单细胞RNA测序,在妊娠期糖尿病中识别出低密度未成熟中性粒细胞亚群及其与胰岛素敏感性的关联 | 研究样本量有限,且未深入探讨未成熟中性粒细胞功能机制 | 探究妊娠期糖尿病中中性粒细胞的异质性及其与疾病的关系 | 健康孕妇和妊娠期糖尿病孕妇的外周血中性粒细胞 | 数字病理学 | 妊娠期糖尿病 | InfinityFlow表面标记分析, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质表达数据, RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3469 | 2026-03-01 |
Extracellular Matrix-Associated Biomarkers for Hepatocellular Carcinoma: Insights From Machine Learning and Single-Cell Analysis
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6654142
PMID:41755885
|
研究论文 | 本研究通过整合组学数据和机器学习,识别了肝细胞癌中与细胞外基质相关的关键生物标志物,并利用单细胞RNA测序验证了其表达模式 | 结合系统生物学框架、机器学习与单细胞分析,首次识别出八个上调的ECM相关基因作为诊断生物标志物,并揭示了它们在单细胞水平上的表达特异性 | 研究主要基于公共数据库(如TCGA)的数据,可能需要进一步实验验证这些生物标志物的功能机制和临床适用性 | 识别肝细胞癌中与细胞外基质相关的生物标志物,以改善早期检测、预后评估和治疗靶向 | 肝细胞癌患者的基因表达和调控网络 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 基于TCGA、GSE104310和GSE144269数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3470 | 2026-03-01 |
Machine learning and single-cell RNA sequencing analyses identify MS-related monocytes and a five-gene candidate biomarker signature
2026, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2026.1739231
PMID:41756175
|
研究论文 | 本研究结合机器学习与单细胞RNA测序分析,识别了与多发性硬化相关的单核细胞及一个五基因候选生物标志物签名 | 首次整合机器学习算法与单细胞RNA测序数据,系统性识别并验证了五个关键基因作为多发性硬化的候选生物标志物 | 研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型数据,临床样本验证有限 | 识别与多发性硬化相关的单核细胞生物标志物,以改善疾病诊断和风险分层 | 多发性硬化相关的单核细胞及基因表达 | 机器学习 | 多发性硬化 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫荧光 | 逻辑回归, LDA, SVM, 朴素贝叶斯, KNN, Rpart, 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3471 | 2026-03-01 |
Repurposed Acarbose Targets Nidogen-1 to Remodel the Tumor Stroma and Suppress Portal Vein Tumor Thrombus in Hepatocellular Carcinoma
2026, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.1161
PMID:41756725
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肝细胞癌门静脉癌栓的免疫-基质特征,并发现阿卡波糖可通过靶向Nidogen-1重塑肿瘤基质,抑制癌栓进展 | 首次构建了PVTT微环境的空间图谱,揭示了巨噬细胞向肌成纤维样癌症相关成纤维细胞的转化过程,并首次将已获批药物阿卡波糖重新用于靶向NID1轴以改善免疫治疗反应 | 样本量相对有限(99个样本来自47名患者),且临床队列为回顾性分析,需要进一步的前瞻性临床试验验证 | 探究肝细胞癌门静脉癌栓的分子机制和免疫特征,并开发新的治疗策略 | 肝细胞癌患者样本(包括肿瘤组织和门静脉癌栓) | 数字病理学 | 肝细胞癌 | nCounter分析、单细胞RNA测序、数字空间分析、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、蛋白质数据 | 99个样本来自47名患者,另有一个独立临床队列包含810名肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学 | NA | NA |
| 3472 | 2026-02-28 |
Human ISG15 deficiency unveils impaired healing of ulcerations via type I interferon-mediated fibrosis
2026-May-04, Journal of human immunity
DOI:10.70962/jhi.20250011
PMID:41743834
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研究论文 | 本研究通过结合分子生物学方法和空间转录组学,揭示了ISG15缺陷导致I型干扰素介导的纤维化及溃疡愈合受损的机制 | 首次在ISG15缺陷患者样本中结合空间转录组学分析,阐明了慢性I型干扰素暴露如何通过影响上皮-间质转化、巨噬细胞极化和成纤维细胞功能导致多器官纤维化 | 研究主要基于体外模型和患者活检样本,缺乏体内动物模型的验证,且样本量有限 | 阐明ISG15缺陷导致免疫介导纤维化的分子机制 | ISG15缺陷患者皮肤活检样本、ISG15敲除的上皮细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 皮肤纤维化病变 | 空间转录组学、分子生物学方法、体外模型 | NA | 空间转录组数据、组织图像、细胞实验数据 | 患者皮肤活检样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3473 | 2026-02-28 |
Multi-omics identifies an epithelial-B cell cross-talk that drives functional B cell diversion in breast cancer lymph node metastasis
2026-May, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112394
PMID:41610965
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和体内功能模型,揭示了乳腺癌淋巴结转移中B细胞的功能异质性及其与上皮细胞的相互作用机制 | 首次系统性地绘制了乳腺癌转移过程中B细胞状态和相互作用的图谱,发现了IgA浆细胞在转移淋巴结中的特异性扩增,并鉴定了上皮来源的LPAR2信号调控B细胞功能的新机制 | 研究主要聚焦于HR/HER2乳腺癌亚型,其他亚型的普适性有待验证;功能验证主要在动物模型中进行,临床转化需要进一步研究 | 阐明乳腺癌淋巴结转移过程中B细胞的功能异质性及其在转移进展中的作用机制 | HR/HER2乳腺癌患者的配对原发肿瘤和转移淋巴结样本 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 体内功能模型 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 配对的原发肿瘤和转移淋巴结样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3474 | 2026-02-28 |
C3a-C3ar1 axis mediates macrophage M1 polarization to drive silicosis inflammation and fibrosis
2026-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2026.127816
PMID:41698428
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研究论文 | 本研究揭示了C3a-C3ar1轴通过调控巨噬细胞M1极化驱动矽肺炎症和纤维化的机制 | 首次通过时间序列转录组分析系统研究了矽肺不同阶段所有补体成分的表达模式,并确定了C3a-C3ar1轴是唯一贯穿矽肺发展的补体通路,同时结合时间序列单细胞测序定位了C3ar1在M1巨噬细胞中的表达 | 未明确提及 | 阐明补体系统在矽肺进展中的作用和机制 | 矽肺患者外周血和支气管肺泡灌洗液细胞,以及矽肺模型 | 生物医学研究 | 矽肺 | 时间序列转录组分析,时间序列单细胞测序 | NA | 转录组数据,单细胞数据,临床样本数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3475 | 2026-02-28 |
Unraveling dengue virus-host interactions through transcriptomics: Insights into disease progression and severity signatures
2026-Apr, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2026.108350
PMID:41638513
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综述 | 本文综述了利用转录组学技术研究登革热病毒与宿主相互作用的最新进展,揭示了疾病进展和严重性的分子特征 | 整合了从微阵列到空间转录组学等多种转录组学技术的研究发现,强调了转录组学在阐明登革热病毒致病机制中的关键作用 | 作为综述文章,未进行原始实验研究,主要依赖现有文献的总结和整合 | 通过转录组学技术深入理解登革热病毒与宿主的相互作用,以揭示疾病进展和严重性的分子机制 | 登革热病毒(DENV)及其与宿主的相互作用 | 自然语言处理 | 登革热 | 微阵列、bulk RNA-seq、scRNA-seq、ViscRNA-seq、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3476 | 2026-02-28 |
Targeting HSPB1 inhibits tumor growth and abrogates Treg-mediated tumor immunosuppression
2026-Apr-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116333
PMID:41671620
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、TCGA WGCNA和空间转录组学,发现HSPB1是结直肠癌肿瘤内Treg/CD8+ T细胞比例的关键调节因子,并揭示了其通过CCL20-CCR6轴招募Treg、塑造免疫抑制微环境的机制 | 首次整合单细胞RNA-seq、TCGA WGCNA和空间转录组学鉴定HSPB1为Treg/CD8+比例的关键调节因子,并阐明其通过CCL20-CCR6轴招募Treg的双重抗肿瘤机制 | 研究主要基于皮下肿瘤模型和体外实验,缺乏更复杂的体内模型验证;临床转化潜力尚未在人体试验中评估 | 探究结直肠癌免疫检查点阻断疗效有限的分子机制,寻找调节肿瘤免疫抑制微环境的关键靶点 | 结直肠癌细胞系(MC38、SW480)、小鼠皮下肿瘤模型、肿瘤微环境中的Treg和CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, CRISPR-Cas9基因编辑, 多参数流式细胞术, 批量RNA-seq, Transwell实验, Western blot, T细胞极化实验 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 蛋白质印迹数据, 细胞迁移数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及两种结直肠癌细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3477 | 2026-02-28 |
Thrombospondin-1-mediated macrophage efferocytosis dysfunction exacerbates intestinal pathology in Hirschsprung's disease
2026-Apr-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116344
PMID:41679183
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了血栓反应蛋白-1(THBS1)在巨噬细胞胞葬功能障碍中的作用,及其在先天性巨结肠症肠道病理中的关键调控机制 | 首次发现THBS1通过CD36/Rac1信号轴调控巨噬细胞胞葬功能,并证实其在先天性巨结肠症中作为新型治疗靶点和生物标志物的潜力 | 样本量相对较小(scRNA-seq仅3对样本),且体内验证主要依赖于DSS诱导的结肠炎模型,可能不完全反映人类疾病复杂性 | 阐明先天性巨结肠症中肠道稳态破坏、持续炎症和纤维化的细胞与分子机制 | 先天性巨结肠症患者结肠活检组织、骨髓来源巨噬细胞、DSS诱导的结肠炎小鼠模型 | 单细胞组学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、qRT-PCR、FRET生物传感器 | NA | 单细胞转录组数据、组织病理图像、流式细胞数据 | 3对配对结肠活检(scRNA-seq)+5例额外样本(验证实验) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3478 | 2026-02-28 |
NGR-modified cancer-associated fibroblast-derived exosomes deliver resveratrol to inhibit CXCR2/NF-κB signaling in myeloid-derived suppressor cells and reverse immune suppression in liver cancer
2026-Apr-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116326
PMID:41679176
|
研究论文 | 本研究开发了一种NGR肽修饰的癌症相关成纤维细胞来源的外泌体,用于递送白藜芦醇,靶向肿瘤微环境中的髓源性抑制细胞,通过抑制CXCR2/NF-κB信号通路逆转免疫抑制并抑制肝癌进展 | 创新性地提出了一种靶向肿瘤相关MDSCs而非直接杀伤肿瘤细胞的免疫治疗策略,并首次鉴定和验证了CXCR2作为白藜芦醇在MDSCs中的功能靶点 | NA | 开发靶向MDSCs的精准药物递送系统,以逆转肝癌免疫抑制微环境并克服免疫治疗耐药性 | 髓源性抑制细胞、癌症相关成纤维细胞、肝癌细胞、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝癌 | 网络药理学、分子对接、单细胞RNA测序、Western印迹、免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、体外实验数据、体内小鼠模型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3479 | 2026-02-28 |
Necroptosis mediated by FKBP5 in alveolar fibroblasts drives Pseudomonas aeruginosa-induced acute lung injury
2026-Apr-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116368
PMID:41687524
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺泡成纤维细胞中FKBP5介导的坏死性凋亡在铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中的核心作用机制 | 首次在单细胞水平上发现肺泡成纤维细胞中FKBP5通过促进坏死性凋亡激活NF-κB信号通路,驱动中性粒细胞募集和活化,从而加剧肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证尚需进一步开展 | 探究铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中肺泡成纤维细胞的具体作用机制 | 肺泡成纤维细胞 | 单细胞组学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3480 | 2026-02-28 |
High-cholesterol-load-triggered pyroptosis of gingival fibroblasts promotes periodontitis
2026-Apr-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116259
PMID:41707588
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研究论文 | 本研究揭示了高胆固醇通过诱导牙龈成纤维细胞焦亡加剧牙周炎的机制 | 首次发现胆固醇过载通过溶酶体损伤和CTSB依赖的NLRP3激活驱动牙龈成纤维细胞焦亡,从而促进牙槽骨吸收 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,尚未在人体中进行验证 | 探究胆固醇如何加重牙周组织损伤的分子机制 | 牙周炎患者数据、高胆固醇饮食大鼠模型、牙龈成纤维细胞 | 单细胞测序与分子生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | 单细胞测序数据、RNA测序数据 | 牙周炎患者单细胞数据集、高胆固醇饮食大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |