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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3381 | 2026-01-07 |
SPP1 secreted by nucleus pulposus cells mediates inflammatory infiltration and contributes to intervertebral disc degeneration
2026-Feb-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.116099
PMID:41443102
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研究论文 | 本研究揭示了SPP1在髓核细胞炎症反应和细胞外基质失衡中的关键作用,并探索了其作为椎间盘退变早期诊断和治疗靶点的潜力 | 首次在单细胞水平上鉴定出高表达SPP1的髓核细胞亚型,并阐明SPP1通过PI3K/AKT/NF-κB信号通路介导炎症反应,同时发现SPP1能增强巨噬细胞炎症因子分泌 | 研究主要基于体外实验和测序数据,缺乏在体动物模型验证SPP1靶向治疗的实际效果 | 探究SPP1在椎间盘退变过程中的作用机制,寻找潜在的治疗靶点 | 退变髓核组织、髓核细胞、巨噬细胞 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3382 | 2026-01-07 |
Recovering gene regulatory networks in single-cell multi-omics data with PRISM-GRN
2026-Jan-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280757.125
PMID:41067887
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研究论文 | 提出了一种名为PRISM-GRN的贝叶斯模型,用于从单细胞多组学数据中重建细胞类型特异性的基因调控网络 | 首次将已知的基因调控网络、scRNA-seq和scATAC-seq数据整合到一个概率框架中,采用基于生物学可解释机制的架构,能够处理非配对组学数据和有限的先验网络信息 | 未明确说明模型对计算资源的需求或可扩展性限制 | 从单细胞多组学数据中精确、稳健地重建基因调控网络 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 四个基准数据集(包含配对scRNA-seq和scATAC-seq数据) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 3383 | 2026-01-07 |
scHyperLink: Revealing Cell-Type-Specific Gene Regulation with Hypergraph Neural Networks
2026-Jan-05, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3650661
PMID:41489955
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研究论文 | 本文提出了一种基于超图神经网络的单细胞基因调控网络重建框架scHyperLink | 首次将超图神经网络应用于单细胞基因调控网络重建,能够捕捉基因间的高阶依赖关系,克服传统图神经网络仅能建模成对节点交互的局限 | 未明确说明模型在超大规模数据集上的计算效率,也未讨论对特定细胞类型或组织类型的泛化能力 | 提高单细胞分辨率下基因调控网络重建的准确性,特别是捕捉多转录因子协同调控的高阶依赖关系 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 超图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3384 | 2026-01-07 |
PPIA regulates fatty acid and glutamine metabolism in lung adenocarcinoma based on multiomics prognostic model and experiment validation
2026-Jan-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34313-8
PMID:41491011
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研究论文 | 本研究通过多组学分析构建了一个基于脂肪酸代谢相关基因的肺腺癌预后风险模型,并通过实验验证了PPIA通过c-Myc介导的脂肪酸-谷氨酰胺代谢轴驱动肺腺癌进展的机制 | 首次整合多组学数据、单细胞RNA测序和实验验证,揭示了PPIA通过调控c-Myc介导的脂肪酸-谷氨酰胺代谢网络重塑来促进肺腺癌恶性进展和影响免疫微环境的新机制,并构建了一个具有强预测能力的四基因预后风险模型 | 部分数据集的临床信息不完整,无法进行全面的亚组分析 | 阐明PPIA在肺腺癌代谢重编程和肿瘤进展中的具体作用机制,并构建有效的预后评估工具 | 肺腺癌细胞系(A549和H1975细胞)以及来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者多组学数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,WGCNA,qRT-PCR,Western blotting,CCK-8,集落形成,伤口愈合,Transwell实验,代谢谱分析 | Cox回归风险模型,WGCNA | 多组学数据,单细胞RNA测序数据,基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者队列数据,以及A549和H1975细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3385 | 2026-01-07 |
BCMA/CD19 CAR T cell therapy for refractory myasthenia gravis: Proteomic signatures and single-cell transcriptomics of disease flares
2026-Jan-02, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aeb6424
PMID:41481736
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研究论文 | 本研究探讨了BCMA/CD19 CAR T细胞疗法在治疗难治性重症肌无力中的安全性和有效性,并通过蛋白质组学和单细胞转录组学分析了疾病复发的分子特征 | 首次将BCMA/CD19 CAR T细胞疗法应用于难治性重症肌无力患者,并识别出FCRL5作为复发的新潜在靶点 | 样本量较小(仅6名患者),且为单中心研究,需要更大规模试验验证 | 评估BCMA/CD19 CAR T细胞疗法对难治性重症肌无力的治疗效果并探索复发机制 | 6名难治性重症肌无力患者 | 单细胞转录组学 | 重症肌无力 | 单细胞RNA测序, Olink蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据 | 6名患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3386 | 2026-01-07 |
A single-cell multiomics roadmap of zebrafish spermatogenesis reveals regulatory principles of male germline formation
2026-Jan, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00157-7
PMID:41087739
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术绘制了斑马鱼精子发生的路线图,揭示了雄性生殖细胞形成的调控原理 | 首次在斑马鱼中结合单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性分析和全基因组甲基化测序,全面解析精子发生过程,并识别出逃避全局染色质压缩的位点,为跨代遗传调控状态提供了潜在机制 | 研究主要聚焦于斑马鱼,对非羊膜动物精子发生的理解仍有限,且未涉及其他脊椎动物的比较验证 | 研究脊椎动物生殖细胞发育和表观遗传继承,特别是斑马鱼精子发生的调控机制 | 斑马鱼(Danio rerio)睾丸中的生殖细胞群体 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞染色质可及性分析(scATAC-seq),全基因组甲基化测序(WGBS) | NA | 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据,DNA甲基化数据 | 斑马鱼睾丸中分选的生殖细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,bulk DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 3387 | 2026-01-07 |
CellPredX, a computational framework for cross-data type, cross-sample, and cross-protocol cell type annotation through domain adaptation and deep metric learning
2026-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013824
PMID:41481570
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CellPredX的计算框架,用于通过域适应和深度度量学习实现跨数据类型、跨样本和跨协议的单细胞类型注释 | CellPredX是一个结构统一但参数自适应的半监督跨模态框架,集成了域适应和深度度量学习,并引入了带有注意力机制的稀疏中心损失以增强判别性表示,同时通过基于梯度归因的解释器模块提供生物可解释性 | NA | 解决单细胞分析中跨异构数据集和模态的细胞类型注释挑战,特别是在scRNA-seq和scATAC-seq数据之间的标签转移 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | 深度度量学习,域适应 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 3388 | 2026-01-07 |
TDP2 drives immune evasion and metastatic progression in prostate cancer
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0339607
PMID:41481587
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和通路富集分析,揭示了TDP2在前列腺癌中通过调控肿瘤微环境促进免疫逃逸和转移进展的关键作用 | 首次在单细胞水平上系统阐明了TDP2通过抑制M1巨噬细胞极化和树突状细胞成熟、富集EMT相关通路来驱动免疫逃逸和转移的机制 | 研究主要基于单细胞测序和通路分析,缺乏体内外功能实验的直接验证,且临床样本量未明确说明 | 探究TDP2在前列腺癌肿瘤微环境调控和疾病进展中的作用机制 | 前列腺癌患者样本中的上皮细胞、髓系细胞、巨噬细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3389 | 2026-01-07 |
A non-invasive urinary diagnostic signature for diabetic kidney disease revealed by machine learning and single-cell analysis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0340096
PMID:41481634
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研究论文 | 本研究通过整合尿液和肾脏单细胞测序数据与机器学习,开发了一种用于糖尿病肾病(DKD)的非侵入性诊断生物标志物面板 | 首次利用尿液来源细胞的单细胞分析结合机器学习,识别出与肾小管损伤相关的三基因生物标志物面板(PDK4、RHCG、FBP1),用于DKD的非侵入性诊断 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,需要进一步在独立临床队列中进行前瞻性验证以确认其诊断效能 | 开发糖尿病肾病的非侵入性诊断生物标志物 | 糖尿病肾病患者的尿液来源细胞和肾脏组织 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | 2089个尿液来源细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3390 | 2026-01-07 |
Roll with the punches: Fibroblast growth factor 10 alleviates pyroptosis of alveolar epithelial cells in different immune niches
2026-Jan, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70569
PMID:41482636
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研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞生长因子10(FGF10)通过抑制AMPK-RIPK1/caspase-8/caspase-3/GSDME介导的细胞焦亡,减轻急性肺损伤的机制 | 首次阐明FGF10通过调节ATP水平和AMPK活性,抑制不同免疫细胞引发的肺泡上皮细胞焦亡,为ARDS提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外共培养系统,临床样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探究FGF10在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的临床意义及其减轻肺泡上皮细胞焦亡的分子机制 | ARDS患者血清样本、LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型、肺泡上皮细胞、巨噬细胞、中性粒细胞 | 单细胞组学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | ARDS患者血清样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3391 | 2026-01-07 |
Integrated Network Pharmacology, Single-Cell Transcriptomics Unveil the Mechanistic Role of Morusin in Aortic Dissection
2026-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70971
PMID:41482800
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、单细胞转录组学和实验验证,揭示了桑根酮在主动脉夹层中的多靶点、多通路作用机制 | 首次结合网络药理学、单细胞转录组学及体内外实验,系统阐明桑根酮通过靶向IL-17、HIF-1和MAPK等信号通路,在细胞类型特异性水平上缓解主动脉夹层进展 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,尚未进行临床验证;单细胞转录组分析可能受样本量和技术限制 | 阐明桑根酮缓解主动脉夹层进展的多靶点、多通路药理机制 | 桑根酮的药理靶点、主动脉夹层相关基因、血管平滑肌细胞、BAPN诱导的主动脉夹层小鼠模型 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 网络药理学、单细胞转录组学、分子对接、体外细胞实验、体内动物模型 | NA | 转录组数据、蛋白质相互作用数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3392 | 2026-01-07 |
Pan-cancer analysis of RNA expression signatures associated with cancer tissue architecture
2026-Jan, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03233-9
PMID:41107552
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研究论文 | 本研究通过非负矩阵分解方法分析了28种癌症类型的RNA表达数据,识别出七个与癌症组织结构相关的特征,揭示了其与癌症病理特征的关联 | 首次在泛癌水平上系统分析癌症组织结构相关的RNA表达特征,并识别出七个不同的CTA特征,包括普遍存在的纤维胶原相关特征和具有组织特异性的细胞间粘附特征 | 研究主要基于TCGA数据集,虽然使用了多种验证方法,但仍需更多独立队列和实验验证来确认发现的普适性 | 探究癌症组织结构在泛癌水平上的RNA表达特征及其与癌症病理特征的关系 | 28种癌症类型的肿瘤组织样本 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 非负矩阵分解,空间转录组学,体内外模型实验 | 非负矩阵分解 | RNA表达数据 | 来自28种癌症类型的多个样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3393 | 2026-01-06 |
Bulk and Single-Cell Transcriptomics Reveal the Role of Inflammatory Response-Related Genes in Cerebral Ischemia-Reperfusion Injury
2026-Jan-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503423R
PMID:41460635
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量转录组学数据,揭示了炎症反应相关基因在脑缺血再灌注损伤中的关键作用 | 首次整合单细胞和批量转录组学数据,系统鉴定出四个关键的炎症反应相关基因,并发现小胶质细胞在CIRI中可分为七个功能异质性亚群 | 需要前瞻性临床研究和功能实验进一步验证 | 鉴定脑缺血再灌注损伤中的诊断和治疗性炎症反应相关基因 | 大鼠/小鼠脑缺血再灌注损伤模型 | 生物信息学 | 脑缺血再灌注损伤 | RNA-seq | LASSO回归, 共识聚类, Seurat, Monocle2 | 基因表达谱 | 来自GEO数据库的多个数据集(GSE97537, GSE61616, GSE137482, GSE227651) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3394 | 2026-01-06 |
Multi-Omic Profiling of T Cell-Mediated Rejection After Kidney Transplantation Reveals B Cell Receptor Repertoire Expansion and Its Prognostic Relevance
2026-Jan-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502448RR
PMID:41467897
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肾移植后T细胞介导排斥反应中B细胞受体库的扩增及其预后相关性 | 首次描绘了TCMR中BCR库的景观,识别了MEI1作为BCR相关关键基因,并发现浸润浆细胞是BCR的主要持有者,可作为独立的预后风险因素 | NA | 探索肾移植后T细胞介导排斥反应中B细胞受体库的免疫景观,以识别新的治疗靶点 | 肾移植患者的肾同种异体移植物,特别是T细胞介导排斥反应样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光 | TRUST4算法 | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 细胞系数据, 图像数据 | 三个独立的肾移植队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3395 | 2026-01-06 |
1,3,6-Tri-O-Galloyl-β-D-Glucose Alleviates Sepsis-Induced Lung Damage by Inhibiting Inflammatory Response and Oxidative Stress Through Targeting Neutrophil IFIT1
2026-Jan-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503249R
PMID:41479373
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研究论文 | 本研究探讨了1,3,6-Tri-O-Galloyl-β-D-Glucose通过靶向中性粒细胞IFIT1抑制炎症反应和氧化应激,从而减轻脓毒症诱导的肺损伤 | 首次识别出具有组织保护潜力的Ifit1中性粒细胞亚群,并发现天然化合物TGG作为IFIT1的有效激动剂,为脓毒症肺损伤提供了新的治疗靶点和候选药物 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人类临床试验中验证TGG的安全性和有效性 | 阐明调节过度免疫反应和决定脓毒症预后的关键机制,并提供新的干预策略 | 脓毒症小鼠模型中的免疫细胞,特别是中性粒细胞 | NA | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RNA测序,虚拟筛选,分子对接 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据,RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3396 | 2026-01-06 |
Integrative transcriptomics defines CD36 as a key regulator of immunometabolic signaling in acute myeloid leukemia
2026-Jan-05, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01728-6
PMID:41489721
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学和空间验证,揭示了CD36在急性髓系白血病(AML)中作为免疫代谢信号关键调节因子的作用 | 首次将CD36定义为AML中免疫代谢信号的核心枢纽,并通过单细胞RNA测序和空间转录组学验证其在免疫微环境中的功能 | 需要更全面的体外和体内实验验证 | 研究CD36在AML发病机制中作为免疫代谢介质的调控作用 | 急性髓系白血病(AML)细胞、单核细胞、巨噬细胞 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 整合转录组学、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3397 | 2026-01-06 |
The Role of Microglial Cells and Cytokine Modulation in Alzheimer's Disease: A Neuroinflammatory Perspective
2026-Jan-02, Current Alzheimer research
IF:1.8Q4
|
综述 | 本文从神经炎症角度综述了阿尔茨海默病中微胶质细胞和细胞因子调节的作用 | 强调了神经炎症作为阿尔茨海默病起始和进展关键初始事件的新兴证据,并探讨了疾病相关微胶质细胞(DAM)的复杂性及细胞因子失衡的自我延续炎症循环 | 针对微胶质细胞和细胞因子活性的疗法临床效果不一,仍需进一步探索神经炎症反应的时机、背景和变异以开发有效靶向治疗 | 探讨阿尔茨海默病中神经炎症过程与经典神经病理特征之间的关系,以及免疫反应的动态双重效应 | 阿尔茨海默病中的微胶质细胞、细胞因子信号及神经炎症机制 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 神经影像学(如TSPO-PET)、细胞因子收集与组成分析、单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 3398 | 2026-01-06 |
Oncogenic Ras, Yki and Notch signals converge to confer clone competitiveness through Upd2
2026-Jan, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.04.017
PMID:40320143
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了Ras、Yki和Notch信号通路在果蝇翅盘细胞竞争中通过上调Upd2来增强克隆竞争力,促进组织生长并可能驱动肿瘤发生 | 首次发现Ras、Yki和Notch信号通路在细胞竞争中共同上调Upd2作为关键汇聚点,并证明Upd2是维持组织生长但失调时可促进肿瘤发生的关键细胞适应性因子 | 研究主要基于果蝇模型,尚未在哺乳动物系统中验证;单细胞转录组学数据可能未完全捕捉所有信号通路细节 | 探究细胞竞争中信号通路如何通过共同机制克服克隆消除压力 | 果蝇翅盘中的scribble突变克隆和肠道干细胞 | 单细胞转录组学 | 肿瘤发生 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3399 | 2026-01-06 |
Single-cell spatial transcriptomics reveal intraglomerular cell activation and ligand-receptor relationships in chronic, active antibody mediated rejection
2026-Jan, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.08.042
PMID:41173191
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学技术,揭示了慢性活动性抗体介导排斥反应中肾小球内细胞激活及配体-受体关系的分子机制 | 首次在单细胞分辨率下应用空间转录组学技术,解析了CAMR中肾小球内皮细胞、NK细胞和巨噬细胞的空间分子相互作用,发现了新的配体-受体相互作用通路 | 研究样本量有限,仅基于福尔马林固定石蜡包埋的肾活检组织,且未进行功能验证实验 | 探究慢性活动性抗体介导排斥反应的发病机制,特别是肾小球内细胞的空间分子相互作用 | 慢性活动性抗体介导排斥反应患者的肾移植活检组织,以及无排斥反应的对照组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 未明确指定样本数量,但包括CAMR患者和对照组的肾活检组织 | NanoString | 空间转录组学 | CosMx Spatial Molecular Imager | CosMx空间分子成像仪,用于单细胞分辨率的空间转录组分析 |
| 3400 | 2026-01-06 |
Transcript profiling and gene regulation of the human pre-implantation embryo: parental effects and impact of ARTs
2026-Jan-01, Human reproduction update
IF:14.8Q1
DOI:10.1093/humupd/dmaf022
PMID:40891422
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综述 | 本文综述了人类植入前胚胎转录组如何受父母特征、辅助生殖技术条件及胚胎内在因素的影响 | 整合了多种因素(如父母年龄、ART干预、胚胎倍性)对胚胎转录组的影响,并利用单细胞RNA测序数据绘制了囊胚阶段谱系特异性转录模式 | 关于PCOS、子宫内膜异位症、精子异常及部分ART技术影响的人类囊胚数据仍然有限,部分结论依赖动物研究或其他发育阶段数据 | 探索父母特征、ART条件及胚胎因素如何影响人类植入前胚胎的转录组,并识别常见的失调分子通路 | 人类囊胚 | 生殖医学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序,基因本体分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |