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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3261 | 2026-07-31 |
Genome-wide identification of long non-coding RNAs in pigs and their roles in muscle development
2026-Jul-27, Animal bioscience
IF:2.4Q1
DOI:10.5713/ab.260444
PMID:42526870
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研究论文 | 构建猪长链非编码RNA综合性图谱并探索其在肌肉发育中的调控作用 | 整合了8,871个链特异性RNA-seq数据集,结合单细胞RNA-seq、Hi-C、H3K27ac ChIP-seq和群体分化分析,首次构建了最全面的猪lncRNA图谱,并发现PRANCR是Laiwu猪产后肌肉生长的候选调控因子,揭示了一个可能通过增强子-启动子调控PRANCR表达从而影响肌肉发育的机制 | 未提及 | 构建猪lncRNA综合性图谱并探索lncRNA在肌肉发育中的调控作用 | 猪的lncRNA基因及其在肌肉发育中的调控机制,以Laiwu猪为研究对象 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, Hi-C, ChIP-seq | NA | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, Hi-C数据, ChIP-seq数据 | 8,871个链特异性RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 染色质构象捕获, 染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 3262 | 2026-07-31 |
Downregulation of PHB1 due to Loss of VHL Protein Expression Promotes the Malignancy Progression of Kidney Renal Clear Cell Carcinoma
2026-Jul-24, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL53057
PMID:42530252
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研究论文 | 本研究探讨PHB1在肾透明细胞癌中的表达下调及其对肿瘤恶性进展的促进作用,并揭示其与VHL-SKP2信号轴及p53表达调控的潜在关联 | 首次系统阐明PHB1在KIRC中的肿瘤抑制功能及其与VHL-SKP2-p53信号轴的调控关系,并通过单细胞RNA测序揭示其在肿瘤微环境中的细胞类型特异性表达模式 | 研究主要基于TCGA、GEO等公开数据库及体外、体内实验,PHB1作为生物标志物和治疗靶点的临床验证尚需进一步研究 | 阐明PHB1在肾透明细胞癌中的表达、功能及其潜在的分子机制 | 肾透明细胞癌组织和细胞,以及19例KIRC患者和正常肾脏样本 | 癌症生物学 | 肾透明细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫印迹, CCK-8, EdU, 集落形成, Transwell, 异种移植模型 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 临床数据 | 19例KIRC患者及正常肾脏样本,以及TCGA和GEO数据库中的患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 3263 | 2026-07-31 |
Ifi27l2a is a Candidate Gene Associated With Osteoclast-Related Transcriptional Remodeling in the Aging Bone Marrow
2026-Jul-17, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL50499
PMID:42530269
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研究论文 | 该研究通过分析生理性衰老小鼠的骨髓转录组数据,发现Ifi27l2a是与衰老相关骨丢失相关的候选基因,并在单核细胞中富集表达,可能与炎症和破骨细胞谱系重塑有关 | 首次将Ifi27l2a基因与骨髓衰老相关的炎症重塑和破骨细胞分化联系起来,并利用整合的bulk和单细胞RNA-seq分析方法进行优先筛选 | 研究仅提供相关性证据,未建立确定因果关系,需要进一步的体内骨表型验证和通路水平研究来阐明其在年龄相关性骨重塑中的作用 | 识别与骨髓炎症重塑相关的衰老相关基因,并为优先候选基因提供初步细胞证据 | 生理性衰老小鼠的骨髓样本以及RAW264.7细胞和原代骨髓源性巨噬细胞 | 自然语言处理 | 老年性疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 慢病毒shRNA敲低, RT-qPCR, TRAP染色 | LASSO回归, SVM递归特征消除 | 基因表达数据, 转录组数据 | 从公开数据集GSE132040(bulk RNA-seq)和GSE132042(单细胞RNA-seq)分析,涵盖年轻和老年小鼠的骨髓样本,并在RAW264.7细胞和原代BMMs中进行细胞验证 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3264 | 2026-07-31 |
The Ferroptosis-Related Mechanisms of Pentoxifylline in Atrial Fibrillation Treatment
2026-Jul-17, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL51871
PMID:42530267
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研究论文 | 利用网络药理学、生物信息学和实验验证揭示己酮可可碱通过铁死亡相关机制治疗心房颤动的分子机制 | 首次结合网络药理学、生物信息学与实验验证,系统阐明PTX通过调节PIK3CA和TLR4干预铁死亡相关AF的机制 | 未提及具体局限性 | 阐明己酮可可碱在铁死亡相关心房颤动中的分子机制 | 心房颤动患者转录组数据、乙酰胆碱-氯化钙诱导的AF大鼠模型及血管紧张素II刺激的HL-1心肌细胞 | 生物信息学 | 心房颤动 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 无特定模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | GSE41177和GSE79768数据集(具体样本量未说明);大鼠模型和HL-1心肌细胞实验 | NA | NA | NA | NA |
| 3265 | 2026-07-31 |
IL-27 Signaling Protects Against Influenza-Associated Pulmonary Aspergillosis Through Inhibition of Type 2 Immunity and Enhanced Antifungal Immunity
2026-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.10.737799
PMID:42523266
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3266 | 2026-07-31 |
Broad remodeling of the pulmonary immune landscape occurs during IAPA with specific functional deficits of neutrophil subsets
2026-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.10.737810
PMID:42523365
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研究论文 | 利用单细胞转录组学和功能性中性粒细胞实验揭示了流感相关肺曲霉病(IAPA)中肺免疫景观的广泛重塑及中性粒细胞亚群的特异性功能缺陷 | 首次在单细胞水平全面描绘IAPA过程中肺免疫景观的变化,并鉴定出传统中性粒细胞和炎症性中性粒细胞在抗真菌效应功能上存在差异 | 未提及 | 表征IAPA过程中肺免疫景观的变化,并解析细胞类型特异的免疫机制 | 雄性C57BL/6小鼠的肺CD45+免疫细胞 | 数字病理学 | 呼吸道感染(IAPA) | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠分组:未感染对照组、甲型流感(H1N1)感染组、烟曲霉感染组和IAPA组 | 未明确 | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3267 | 2026-07-31 |
Ependymomas are cancers of the pre-neural crest/roof plate lineage
2026-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.13.736818
PMID:42523223
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学、免疫组化和谱系追踪表明,室管膜瘤转录上类似于MSX1表达的前神经嵴/顶板谱系衍生物,并确定了共同的胚胎细胞起源 | 首次发现室管膜瘤的共同胚胎细胞起源为MSX1阳性的前神经嵴/顶板谱系,解决了此前关于细胞起源的争议 | NA | 探究室管膜瘤的细胞起源并统一此前相互矛盾的理论模型 | 不同中枢神经系统部位的室管膜瘤样本及小鼠模型 | 数字病理学 | 室管膜瘤 | 单细胞转录组学、免疫组化、谱系追踪 | NA | 转录组数据、图像 | 未明确提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3268 | 2026-07-31 |
Transsulfuration links aspartate-asparagine metabolism and redox homeo-stasis to drive tumor growth
2026-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.10.737826
PMID:42523380
|
研究论文 | 该论文揭示了转硫途径通过连接天冬酰胺代谢与氧化还原稳态来驱动肿瘤生长的机制 | 首次发现天冬酰胺作为细胞质NAD⁺/NADH平衡的调节因子,并揭示转硫途径在肿瘤氧化还原维持中的可靶向脆弱性 | NA | 探究天冬酰胺代谢与氧化还原稳态在肿瘤生长中的作用 | 缺乏GOT1和GOT2的肿瘤细胞及其衍生的肿瘤 | 机器学习 | 癌症 | CRISPR筛选、代谢物追踪、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、代谢物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3269 | 2026-07-31 |
A spatially organized immune-stromal program drives the fissure-to-fistula continuum in Crohn's disease
2026-Jul-07, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjag107
PMID:42522256
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研究论文 | 通过空间转录组学研究克罗恩病中裂隙到瘘管连续的免疫-基质程序 | 首次将裂隙定义为活跃的免疫-基质微环境而非被动结构缺陷,并揭示了从裂隙到瘘管的渐进性细胞和分子重塑程序 | 研究样本来源有限,且主要基于克罗恩病患者的肠道手术标本,可能无法完全代表所有患者 | 阐明克罗恩病中裂隙形成并向瘘管进展的免疫-基质相互作用机制 | 克罗恩病患者的有炎症组织、不同深度裂隙和肠-肠瘘管的肠道手术标本 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 配体-受体分析 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台用于肠道手术标本,整合单细胞参考数据 |
| 3270 | 2026-07-31 |
Single-Cell Profiling Identifies the SPDEF/GAS5 Axis as a Potential Driver of Tamoxifen Resistance in Estrogen Receptor-Positive Breast Cancer
2026-Jun, Cureus
DOI:10.7759/cureus.111682
PMID:42528776
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据整合分析,识别出SPDEF/GAS5轴作为雌激素受体阳性乳腺癌他莫昔芬耐药的潜在驱动因素 | 首次在单细胞水平揭示SPDEF调控GAS5+肿瘤细胞亚群驱动他莫昔芬耐药的机制,并发现该亚群具有代谢重编程特征 | 样本量较小(仅3例耐药复发肿瘤),缺乏体外功能验证实验,公共数据可能存在批次效应 | 阐明ER+乳腺癌他莫昔芬耐药的细胞和分子机制 | 16例ER+乳腺癌标本(13例初治原发肿瘤和3例他莫昔芬耐药复发肿瘤)的恶性上皮细胞亚群 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | Monocle2, SCENIC, InferCNV | 基因表达矩阵 | 16例乳腺癌组织样本(13例原发+3例复发) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 公共数据库单细胞RNA测序数据 |
| 3271 | 2026-07-31 |
Single-cell profiling reveals immunometabolic remodeling with T-cell dysfunction in HIV-1 infected people
2026-Apr, Infectious diseases & immunity
DOI:10.1097/ID9.0000000000000189
PMID:42524707
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示HIV-1感染者中T细胞功能障碍的免疫代谢重塑 | 首次系统描绘HIV-1感染者不同T细胞亚群的代谢重编程特征,发现ASH1L/SETD1B-H3K4me3-FOXP1轴和IDH2介导的α-酮戊二酸生成通过JAK-STAT信号通路促进T细胞耗竭 | 研究仅基于公开数据集的重新分析,缺乏实验验证;样本量有限且未包括不同病程阶段的纵向队列 | 探究HIV-1感染者中代谢重编程与T细胞功能障碍的关系 | HIV-1感染者(包括未治疗者和接受抗病毒治疗者)的CD4+和CD8+ T细胞 | 机器学习 | HIV-1感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 58,752个CD4+ T细胞和68,907个CD8+ T细胞(来自健康供体、未治疗患者和抗病毒治疗患者) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 来自北京基因组研究所数据中心基因组序列档案的单细胞RNA测序数据 |
| 3272 | 2026-07-31 |
Toward a cell-type-specific lung HOX code
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1839422
PMID:42523700
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研究论文 | 通过全局基因表达分析和单细胞RNA测序数据,研究了成年人类肺部HOX基因的细胞类型特异性表达模式 | 首次全面描绘了成年人类肺部HOX基因的细胞类型特异性表达图谱,并利用肺类器官分化模型验证了发育过程中的表达模式 | 未明确说明研究局限性(摘要中未提及) | 明确成年人类呼吸系统中HOX基因的细胞类型特异性作用 | 正常肺组织标本、公开的单细胞RNA测序数据集、诱导多能干细胞来源的肺类器官 | 数字病理学 | 肺部疾病 | qRT-PCR, 单细胞RNA测序(scRNAseq), 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | 正常肺组织标本及公开数据集(未提供具体样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3273 | 2026-07-31 |
Advances in single-cell transcriptomic sequencing in hepatic echinococcosis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1829801
PMID:42523976
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综述 | 综述单细胞转录组测序在肝棘球蚴病研究中的应用 | 汇总了近年来单细胞RNA测序在肝脏棘球蚴病中的研究进展,重点关注病变周围免疫细胞异质性、细胞亚群分类和免疫微环境 | 该领域尚缺乏足够的化疗药物和靶向治疗,临床治疗存在局限 | 探讨肝脏棘球蚴病的分子免疫机制和生物学特性,为新药治疗靶点提供参考 | 肝脏棘球蚴病及其免疫细胞异质性 | 机器学习 | 肝脏棘球蚴病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3274 | 2026-07-31 |
Single-cell Transcriptomics Uncovers the Tumor Microenvironment and Collagen-CD44 Axis in HIV Positive Cervical Squamous Cell Carcinoma
2026, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.134138
PMID:42524145
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示HIV阳性宫颈鳞癌中肿瘤微环境和胶原-CD44轴的作用 | 首次分析了HIV阳性宫颈鳞癌的单细胞RNA测序数据,揭示了CAF通过胶原-CD44轴介导的细胞间交流,并发现CD44可作为潜在治疗靶点 | 仅包含3个HIV阳性CSCC样本和3个阴性对照,样本量较小,且未涉及术前放化疗患者的异质性 | 探究HIV阳性CSCC与阴性CSCC在肿瘤微环境中的细胞和分子差异 | HIV阳性宫颈鳞癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 宫颈鳞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个HIV阳性CSCC样本和3个HIV阴性CSCC公共数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3275 | 2026-07-31 |
Single-Cell-Derived Malignant Epithelial Programs Define Prognostic Risk and Therapeutic Vulnerability in Ovarian Cancer
2026, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.135548
PMID:42524312
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示卵巢癌恶性上皮细胞异质性,构建预后风险模型并验证PSMB1作为治疗靶点的潜力 | 利用单细胞RNA测序技术解析恶性上皮细胞的转录异质性和演化轨迹,建立基于亚群特异基因的预后风险模型,突破了传统bulk转录组模型忽视细胞来源的局限 | 需要进一步在更大队列中验证模型的临床适用性,以及PSMB1的功能机制尚未完全阐明 | 构建基于恶性上皮细胞异质性的预后框架,实现卵巢癌风险分层并识别治疗靶点 | 卵巢癌恶性上皮细胞的亚群及其基因特征 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,拷贝数变异推断,生存分析,LASSO回归 | Cox回归,LASSO模型 | 单细胞转录组数据,bulk RNA-seq数据 | 多个卵巢癌队列(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3276 | 2026-07-31 |
Integrative bulk and single-cell transcriptomic analysis identify an ac4C-related signature in lung adenocarcinoma
2026, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.135531
PMID:42524437
|
研究论文 | 通过整合批量与单细胞转录组分析,识别肺腺癌中与ac4C相关的特征 | 首次将ac4C RNA修饰与肺腺癌肿瘤微环境中的恶性和通讯模式联系起来,并建立六基因预后模型 | 结果主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探讨ac4C相关特征在肺腺癌肿瘤微环境中的临床意义和调控模式 | 肺腺癌患者肿瘤组织及单细胞数据 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO、随机森林、SVM-RFE | 批量RNA测序数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA和GEO数据集中的肺腺癌样本 | Illumina | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 3277 | 2026-07-31 |
Targeting Kupffer Cell CD44-Mediated Ammonia Death via the ELAVL1-GLS Metabolic Circuit in Radiation-Induced Liver Disease
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.136823
PMID:42524520
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research paper | 本研究揭示了放射诱导肝病中Kupffer细胞通过CD44-ELAVL1-GLS免疫代谢环路介导氨死亡的新机制 | 首次发现CD44通过稳定ELAVL1蛋白上调谷氨酰胺酶GLS,导致氨积累和Kupffer细胞死亡,提出RILD免疫代谢重编程新机制 | 机制仅在Kupffer细胞中验证,未涉及其他肝细胞类型;氨死亡的具体下游效应分子仍需进一步阐明 | 阐明放射诱导肝病中Kupffer细胞免疫代谢重编程的分子机制 | 放射诱导肝病小鼠模型中的Kupffer细胞 | 机器学习 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肝组织样本,具体数量未明确 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3‘基因表达方案 |
| 3278 | 2026-07-31 |
Neutrophils in Kidney Disease: Linking Neutrophil Function and Microenvironment to Therapeutic Targets
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S605349
PMID:42524556
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综述 | 综述中性粒细胞在肾脏疾病中的功能,连接其作用与微环境以探讨治疗靶点 | 整合空间转录组学、单细胞技术和活体成像等先进技术,强调中性粒细胞功能的区室特异性及其在感染、无菌和自身免疫性肾脏疾病中的不同作用,并提出靶向中性粒细胞激活通路的新治疗策略 | 未明确提及本文自身局限性,可能包括综述范围有限或依赖现有文献数据 | 总结中性粒细胞在感染、无菌和自身免疫性肾脏疾病中的生物学知识,聚焦补体特异性中性粒细胞功能和效应机制,并讨论新兴治疗策略 | 中性粒细胞在肾脏疾病中的功能及其微环境 | NA | 肾脏疾病 | 空间转录组学, 单细胞技术, 活体成像 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞技术 | NA | NA |
| 3279 | 2026-07-31 |
VASN Enhances IGF2BP3 Stability via USP10 Deubiquitination to Promote Triple-negative Breast Cancer Paclitaxel Resistance
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.136403
PMID:42524640
|
研究论文 | 本研究整合转录组和单细胞RNA测序数据,发现VASN通过USP10去泛素化稳定IGF2BP3,促进三阴性乳腺癌紫杉醇耐药 | 首次揭示CEBPB-VASN/IGF2BP3/USP10-ABCB1信号轴在TNBC紫杉醇耐药中的机制,并提出曲美替尼联合紫杉醇的潜在治疗策略 | 主要基于细胞系和异种移植模型,临床样本验证有限,且未在更多耐药模型或患者队列中进一步验证 | 探索VASN在TNBC紫杉醇耐药中的功能和分子机制,并寻找克服耐药的潜在治疗策略 | 三阴性乳腺癌细胞系(MDA-MB-231R和CAL-51R)及异种移植小鼠模型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | NGS, 单细胞RNA测序, RNA-seq | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 临床样本 | 公共数据库和临床样本(具体数量未说明) | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 转录组 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3', Illumina NovaSeq测序平台 |
| 3280 | 2026-07-31 |
Mechanical stress-induced STAT3/YAP signaling in fibroblasts programs immunosuppressive lymph node remodeling in lung squamous carcinoma
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.132656
PMID:42524647
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研究论文 | 揭示肿瘤机械应力通过成纤维细胞STAT3/YAP信号重塑免疫抑制性淋巴结微环境,促进肺鳞癌转移 | 首次阐明实体瘤产生的固体机械应力通过成纤维细胞中的STAT3/YAP信号通路驱动淋巴结预转移龛形成 | 未提及具体局限 | 探索肿瘤内在生物力学线索如何影响淋巴结免疫环境,为肺鳞癌早期淋巴转移提供干预靶点 | 肺鳞状细胞癌(LUSC)及肿瘤引流淋巴结(TDLNs)中的成纤维细胞和髓系细胞 | 机器学, 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 染色质可及性分析, ChIP实验 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 染色质可及性数据 | 小鼠模型及人类肺鳞癌组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |