单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 9441 篇文献,本页显示第 3041 - 3060 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
3041 2026-08-08
Integrated analysis of scRNA-seq and TCR-seq on T cells in aneurysmal subarachnoid hemorrhage: A descriptive, hypothesis-generating case study
2026-Jul-24, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 对2名动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者的脑脊液和外周血中T细胞进行单细胞RNA测序和T细胞受体测序的综合分析,构建高分辨率单细胞图谱并生成研究假设 首次对动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者脑脊液和外周血中的T细胞进行整合的scRNA-seq和TCR-seq分析,揭示了局部和全身T细胞反应差异 仅基于2名患者,样本量极小且无独立队列验证,结果无法推广至所有SAH患者;属于描述性、假设生成性研究,未探讨因果机制 描述动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者脑脊液和外周血中T细胞的转录组和TCR谱,生成未来机制研究的假设 2名男性动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者发病后第7天的脑脊液和外周血中的T细胞,以及8名健康个体的公共脑脊液scRNA-seq数据 单细胞组学 动脉瘤性蛛网膜下腔出血 单细胞RNA测序、T细胞受体测序 NA 单细胞转录组数据、TCR序列数据 2名患者(6058个T细胞用于scRNA-seq,5008个T细胞用于TCR-seq)和8名健康个体公共数据 NA 单细胞RNA测序、TCR测序 NA NA
3042 2026-08-08
Integrating single-cell and bulk transcriptomic perturbation resources reveals complementary therapeutic spaces for drug repurposing
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
research paper 开发了CDRPipe这一统一框架,整合单细胞和批量转录组扰动资源以进行药物重定位,扩展了治疗覆盖范围并识别出高置信度的候选药物 首次将大规模单细胞RNA测序数据生成的伪批量扰动特征与微阵列扰动数据(CMap)进行整合,用于药物重定位,并揭示了不同技术来源的互补性 药物库组成和临床注释覆盖率的差异可能影响性能比较;恢复的药物重叠率低可能部分反映技术差异而非生物学信号;研究仍需进一步验证预测候选药物的有效性 利用整合的转录组扰动数据提高药物重定位的稳健性和可解释性 药物扰动特征、疾病特征及已知药物-疾病关联 机器学习和计算生物学 自身免疫病和子宫内膜异位症 转录组学数据整合和预测 无特定模型,主要采用基于秩的连通性评分和零模型 微阵列和单细胞RNA测序转录组数据 包含1968个CMap微阵列实验和56782个Tahoe-100M单细胞实验以及233个疾病特征 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
3043 2026-08-08
Computational analysis in spatial transcriptomics: methods and perspectives
2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文综述了空间转录组学数据计算分析方法的现状,涵盖数据存储、预处理、分辨率增强及下游分析等关键方面 系统性地梳理了空间转录组计算分析的全流程方法,并特别关注高分辨率空间转录组平台相关的计算方法的未来方向 未提及具体局限性 为研究人员应用空间转录组数据分析策略提供清晰、结构化的指导 空间转录组学数据及其计算方法 生物信息学 不适用 空间转录组学 不适用 空间转录组数据 不适用 不适用 空间转录组学 不适用 不适用
3044 2026-08-08
Molecular pathology of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas: current understanding and perspectives on malignant progression
2026-07, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1
综述 本文综述了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤的分子病理学,重点探讨其恶性进展机制 综合了近年单细胞测序、空间转录组学等先进技术对IPMN病理生理的新认识 未提及具体局限性 总结IPMN发生发展的分子和细胞景观,特别强调驱动恶性进展的机制 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN) 分子病理学 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤 下一代测序、质谱分析、单细胞测序、空间转录组学 基因工程小鼠模型 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、微生物组数据 不适用 不适用 单细胞RNA测序、空间转录组学 不适用 不适用
3045 2026-08-08
Single-cell analyses identify the ginseng embryonic protoderm as a native compartment for high-efficiency ginsenoside production
2026-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 单细胞分析表明人参胚胎原表皮是高效生产人参皂苷的天然区室。 首次通过单细胞转录组和质谱成像揭示人参胚性愈伤组织原表皮具有与森林人参相当的人参皂苷积累能力,并发现组蛋白乙酰化和染色质可及性增强与这一能力相关。 研究主要在体外培养的胚性愈伤组织中进行,可能无法完全模拟天然人参的生长环境,且未深入探索长期稳定性。 探究人参胚性愈伤组织原表皮作为高效生产人参皂苷的天然生物区室的潜力。 人参胚性愈伤组织的原表皮细胞。 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组测序、质谱成像、表观遗传学分析 NA 单细胞转录组数据、质谱成像数据、表观遗传学数据 未明确说明样本数量,涉及人参胚胎愈伤组织。 NA 单细胞转录组测序、质谱成像、表观遗传学分析 NA NA
3046 2026-08-08
SMURF: soft-segmentation for single-cell reconstruction and topological analysis of spatial transcriptomic data
2026-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 提出SMURF,一种基于深度学习的软分割算法,用于空间转录组数据中mRNA到单细胞的分配和组织结构的拓扑分析 首次将软分割与流形展开结合,通过深度学习实现跨平台mRNA到单细胞的精确分配,并支持复杂组织架构的拓扑分析 依赖捕获点与细胞核的邻近性,可能受组织切片质量影响,且未在超大规模数据集上全面验证 开发高分辨率空间转录组数据分析方法,以准确分配转录本并揭示组织内的细胞类型组织和基因表达梯度 小鼠回肠组织以及多种组织类型和空间转录组技术下的细胞 计算生物学、空间转录组学 不适用 空间转录组学、深度学习 深度神经网络(软分割模型) 空间转录组数据 超过400,000个小鼠回肠细胞(使用Visium HD数据) 10x Genomics 空间转录组学 Visium HD Visium HD平台
3047 2026-08-08
Spatial transcriptomics identifies immune-stromal niches associated with cancer in adult dermatomyositis
2026-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过空间和单细胞转录组学分析,揭示了成人皮肌炎皮肤病变中与癌症相关的独特免疫和基质微环境 首次通过空间转录组学与单细胞转录组学整合分析,识别出与癌症相关的皮肌炎皮肤病变中独特的免疫和基质微环境,并发现非癌症相关的皮肌炎皮肤具有特定的细胞互作对(如mregDC和活化Treg)及IFNβ表达 摘要中未提及局限性信息 通过空间和单细胞转录组学分析,阐明成人皮肌炎皮肤病变中与癌症相关的免疫和基质微环境特征 成人皮肌炎(DM)和皮肤红斑狼疮(CLE)患者的皮肤病变组织 数字病理学 皮肌炎 空间转录组学、单细胞转录组学 NA 空间转录组数据、单细胞转录组数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA NA
3048 2026-08-08
Neutrophil-derived S100A8/A9 impairs megakaryocyte maturation in immune thrombocytopenia
2026-Jun-24, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过单细胞和空间转录组学揭示中性粒细胞来源的S100A8/A9通过TLR4-JNK/c-Jun信号通路抑制巨核细胞成熟,参与免疫性血小板减少症(ITP)的发病机制 首次在ITP骨髓中鉴定出中性粒细胞-巨核细胞轴,并揭示S100A8/A9-TLR4-JNK/c-Jun信号通路通过抑制GATA1来阻碍巨核细胞成熟,为ITP治疗提供了新的靶点 研究未明确S100A8/A9调控GATA1的具体分子机制,且tasquinimod的临床疗效需进一步验证 探究免疫性血小板减少症中炎症介质损害血小板生成的机制,并评估靶向S100A8/A9-TLR4信号的治疗潜力 ITP患者的骨髓组织、CD34+来源的巨核细胞培养物、以及活动性和被动性ITP小鼠模型 免疫学 免疫性血小板减少症 单细胞转录组学、空间转录组学、流式细胞术、细胞培养 小鼠模型(活动性和被动性ITP模型) 转录组数据、图像数据 未明确报告具体的样本数量 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 未提供具体配置
3049 2026-08-08
Mitochondrial DNA heteroplasmy drives cortical neuronal disturbances in human organoids harbouring the common m.3243A>G mutation
2026-Jun-21, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究利用人类诱导多能干细胞衍生的脑类器官切片模型,揭示了线粒体DNA异质性m.3243A>G突变对皮质神经元转录和细胞过程的影响,特别是导致深层神经元损伤。 首次在人类脑类器官模型中研究m.3243A>G突变对皮质神经元的影响,并结合单细胞RNA测序揭示异质性依赖的转录变化。 未提及具体局限性。 探索m.3243A>G突变在人类皮质神经元中的致病机制,为线粒体疾病提供治疗策略。 人类诱导多能干细胞衍生的脑类器官切片模型,包含皮质结构和线粒体病理。 神经科学 线粒体脑肌病伴乳酸酸中毒和卒中样发作(MELAS) 单细胞RNA测序 类器官模型 基因表达数据 未明确提及样本数量,可能涉及多个类器官样本。 未提及 单细胞RNA测序 未提及 未提及
3050 2026-08-08
Divergent 3D genome architecture of male germ cells across vertebrates
2026-Jun-20, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 整合FACS、Hi-C和单细胞RNA测序技术,研究真兽类、有袋类和爬行类雄性生殖细胞的3D基因组结构,揭示其进化可塑性及与减数分裂性染色体失活的关系 首次跨约3.5亿年进化距离比较脊椎动物雄性生殖细胞的3D基因组结构,揭示谱系特异的染色质折叠模式并发现与基因组大小和染色体形态的关联 未涉及无脊椎动物或更广泛的物种样本,且对3D基因组调控机制的详细分子机制探索有限 探究脊椎动物雄性生殖细胞3D基因组结构的进化可塑性及其与基因调控和减数分裂性染色体失活的关系 真兽类、有袋类和爬行类的雄性生殖细胞 基因组学 不适用 流式细胞分选、Hi-C、单细胞RNA测序 不适用 测序数据、基因表达数据 涵盖多个物种的生殖细胞样本(具体数量未在摘要中提供) 不适用 Hi-C、单细胞RNA测序 不适用 不适用
3051 2026-08-08
Tubular epithelial cells promote macrophage pyroptosis through PANX1-extracellular ATP-P2X7 signaling in aldosterone-dependent renal injury
2026-Jun-05, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究探讨了肾小管上皮细胞通过PANX1-eATP-P2X7信号通路促进巨噬细胞焦亡在醛固酮依赖性肾损伤中的作用 首次阐明醛固酮/盐皮质激素受体通过PANX1-eATP-P2X7信号通路调控肾小管上皮细胞与巨噬细胞间串扰,促进巨噬细胞焦亡,为高血压肾损伤提供新机制 本研究主要基于小鼠模型和体外细胞共培养,未在人类样本中验证,且未探讨其他信号通路可能参与的机制 阐明醛固酮/盐皮质激素受体诱导的PANX1-eATP-P2X7信号激活在高血压肾损伤中促进巨噬细胞焦亡的机制 高血压小鼠模型(DOCA-salt诱导)和原代小鼠肾小管上皮细胞与骨髓来源巨噬细胞共培养模型 数字病理学 高血压肾损伤 scRNA-seq, 荧光素酶报告基因检测, 腺相关病毒转染 NA 基因表达数据,图像 DOCA-salt小鼠模型及原代细胞共培养样本,具体数量未在摘要中说明 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
3052 2026-08-08
An integrated machine learning and mendelian randomization approach identifies SERPING1 as a prognostic biomarker associated with CD8 + T-cell infiltration in DLBCL
2026-Jun-03, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 结合机器学习和孟德尔随机化方法,确定SERPING1为与DLBCL中CD8+T细胞浸润相关的预后生物标志物 首次整合多组学数据、多种机器学习算法和孟德尔随机化,鉴定出SERPING1作为DLBCL的预后生物标志物,并揭示其通过补体系统失衡调控肿瘤微环境中的CD8+T细胞浸润 研究依赖公共数据库,缺乏体外或体内实验验证,且样本量有限 阐明DLBCL恶性行为的分子机制,识别新的预后标志物和治疗靶点,以改善患者预后 弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者样本及CD8+T细胞相关基因 机器学习 弥漫大B细胞淋巴瘤 多组学整合、机器学习、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接 LASSO、LDA、WGCNA、CIBERSORT、CellChat 基因表达数据(微阵列和RNA-seq)、单细胞转录组数据 6个GEO数据集(GSE56315, GSE25638, GSE12453, GSE12195, GSE32018, GSE83632)和TCGA-DLBC RNA-seq数据 NA NA NA NA
3053 2026-08-08
Vascular SMC-like CAF-derived THBS1 drives tumor-associated neutrophil recruitment to orchestrate an immunosuppressive microenvironment in gastric cancer
2026-Jun-03, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究揭示了胃癌中血管平滑肌样癌相关成纤维细胞分泌的THBS1通过招募肿瘤相关中性粒细胞,构建免疫抑制微环境并促进肿瘤进展的机制 首次阐明SMC样CAF来源的THBS1通过自分泌方式促进趋化因子分泌,进而招募TANs并驱动胃癌恶性进展的分子机制 摘要未明确提及研究局限性,可能包括样本量有限或未涉及临床免疫治疗疗效验证 探讨THBS1在胃癌中通过TANs招募塑造免疫抑制微环境并促进肿瘤进展的作用机制 胃癌组织样本、患者来源异种移植模型和裸鼠异种移植模型中的CAFs与TANs 肿瘤免疫学 胃癌 单细胞RNA测序、免疫组化、多重免疫荧光、患者来源异种移植模型 NA 单细胞转录组数据、组织病理图像 摘要未明确提及具体样本量 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 单细胞RNA测序平台用于分析胃癌组织中CAF亚群和TANs的转录组特征
3054 2026-08-08
Chronic liver diseases aggravate radiation-induced intestinal injury through taurocholic acid dysregulation
2026-Jun-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究探讨慢性肝病通过牛磺胆酸失调加重放射性肠损伤的机制,并提出潜在治疗策略 首次揭示慢性肝病通过胆汁酸介导的肝肠信号加重放射性肠损伤,并阐明牛磺胆酸通过三种协同机制破坏肠道稳态的分子机制 未提及具体局限性 研究慢性肝病对放射性肠损伤的影响及其潜在机制,并提出治疗策略 小鼠模型、细胞系、肠道类器官、肠道隐窝、肠道微生物 数字病理学 肝病 单细胞RNA测序、16S rRNA基因测序、非靶向代谢组学 NA 基因表达数据、微生物组数据、代谢组数据 小鼠模型(数量未提及) 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA测序、16S rRNA基因测序 10x Chromium, Illumina测序平台 10x Chromium Single Cell 3';Illumina测序平台
3055 2026-08-08
Radiotherapy synergizes with CD24 blockade to initiate macrophage-driven systemic antitumor immunity in non-small cell lung cancer
2026-Jun-02, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1
研究论文 本研究探讨了放疗与CD24阻断联合治疗非小细胞肺癌,通过巨噬细胞驱动系统性抗肿瘤免疫的机制 首次揭示CD24作为先天免疫检查点在放疗诱导的系统性抗肿瘤免疫中的关键抑制作用,并阐明CCL2-CCR2轴介导的巨噬细胞重编程机制 研究基于小鼠模型,尚未在人体中验证,且未涉及临床样本的验证 探究CD24在放疗诱导的抗肿瘤免疫反应中的作用及其作为治疗靶点的潜力 非小细胞肺癌小鼠模型(双侧、原位及转移性模型)及巨噬细胞、CD8+ T细胞等免疫细胞 免疫学 非小细胞肺癌 单细胞RNA测序 小鼠肿瘤模型(双侧、原位、转移性) 基因表达数据 未明确 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
3056 2026-08-08
Integrative multi-omics analysis identifies a circadian rhythm-associated gene signature for prognosis and therapeutic stratification in lung adenocarcinoma
2026-Jun-01, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 通过整合多组学数据,构建了基于昼夜节律相关基因的预后特征,用于肺腺癌的风险分层和治疗策略指导。 利用十种机器学习算法构建了10基因昼夜节律相关预后特征(CRGPS),并结合单细胞RNA测序分析揭示基因在细胞水平的表达及细胞间通讯。 基于计算机预测的免疫谱和药物敏感性结果需前瞻性验证。 开发稳健的昼夜节律相关基因特征,以改善肺腺癌的风险分层和个性化治疗策略。 肺腺癌(LUAD)患者,涉及TCGA和GEO数据库中的900多名患者。 机器学习 肺癌 多组学分析, 单细胞RNA测序 机器学习算法 多组学数据, 单细胞RNA测序数据 超过900名肺腺癌患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
3057 2026-08-08
CA9 targets ITGB1 to accelerate the progression of colorectal cancer by promoting the neutrophil extracellular traps formation
2026-May-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究揭示了碳酸酐酶IX(CA9)通过促进中性粒细胞胞外陷阱形成加速结直肠癌进展的机制。 首次阐明CA9通过结合ITGB1激活NF-κB通路,促进CXCL8分泌,进而诱导中性粒细胞募集和NETs形成,从而推动结直肠癌进展;并确定CA9为结直肠癌的潜在新治疗靶点。 未提及具体研究局限性。 探究CA9在结直肠癌进展中的免疫学作用及其分子机制。 结直肠癌细胞系、小鼠模型及结直肠癌患者血清样本。 分子生物学 结直肠癌 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、分子对接、免疫共沉淀、细胞因子芯片 NA 基因表达数据、细胞图像、蛋白质相互作用数据 结直肠癌患者血清样本(具体数量未提及)。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
3058 2026-08-08
Spatially resolved single cell analysis suggests an APOE NCF1 associated immunosuppressive niche and its prognostic signature in thyroid cancer
2026-May-30, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 整合单细胞与空间转录组分析揭示甲状腺癌中APOE-NCF1相关的免疫抑制微环境及其预后标志物 首次在甲状腺癌中描绘了特定肿瘤-免疫相互作用微环境,通过APOE-NCF1轴揭示免疫逃逸潜在机制,并构建了可转化的预后风险分层模型 未在摘要中明确说明局限性,可能包括样本量有限或需要进一步功能验证 系统解析甲状腺癌肿瘤微环境中与免疫耗竭和肿瘤演进相关的细胞互作,并构建预后预测模型 人类甲状腺癌样本中的肿瘤细胞亚群和CD8+ T细胞亚群 数字病理学 甲状腺癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学 机器学习模型 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 未明确说明样本数量,涉及人类甲状腺癌样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
3059 2026-08-08
[Dual role and therapeutic potential of TREM2 in atherosclerosis]
2026-May-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences
综述 本文综述了TREM2在动脉粥样硬化斑块进展不同阶段的双重调控作用、分子机制及其作为治疗靶点和生物标志物的临床转化潜力。 系统阐述了TREM2在动脉粥样硬化早期和晚期的双向调节作用,并结合单细胞测序技术明确了TREM2高表达巨噬细胞为脂质相关巨噬细胞亚群,提出阶段特异性的精准调控策略。 摘要未提及明确的研究局限性。 探讨TREM2在动脉粥样硬化中的双重角色及其治疗潜力,为免疫治疗提供新方向。 TREM2及其在动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞亚群。 免疫学 动脉粥样硬化 单细胞测序 NA NA NA NA 单细胞测序 NA NA
3060 2026-08-08
[Single-cell RNA sequencing reveals the driving mechanism of CXCL9꞉SPP1 polarization in the progression of non-alcoholic fatty liver disease]
2026-May-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了非酒精性脂肪肝病进展中库普弗细胞的CXCL9:SPP1极化特征及其与内皮细胞的通讯机制 首次在NAFLD中表征库普弗细胞的CXCL9:SPP1极化状态,并揭示其与内皮细胞亚群间的TNF-TNFRSF1A信号通讯 研究样本量较小(每组3只小鼠的测序数据),且基于动物模型,结果需在人体样本中进一步验证 探究NAFLD中库普弗细胞的CXCL9:SPP1极化及其与内皮细胞的细胞间通讯在疾病进展中的作用 NAFLD小鼠模型的肝脏组织,包括库普弗细胞、内皮细胞等细胞类型 单细胞转录组学 非酒精性脂肪肝病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、病理图像、小鼠生理数据 3只NAFLD小鼠和3只对照小鼠的肝脏单细胞数据,以及20只C57BL/6J小鼠(对照组10只,高脂饮食组10只) NA 单细胞RNA测序 NA NA
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