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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3001 | 2026-01-23 |
STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1473
PMID:41521668
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STAN的计算框架,用于从空间转录组学数据中推断空间感知的转录因子活性 | 提出了一个线性混合效应计算方法,整合了TF-靶基因先验知识、mRNA表达、空间坐标和组织学特征,以预测空间感知的、点特异性的TF活性 | 未在摘要中明确说明 | 系统性地推断转录因子活性及其在细胞身份中的作用,以增强空间转录组学数据的效用 | 淋巴结、背外侧前额叶皮层、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组学数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 线性混合效应模型 | mRNA表达数据, 空间坐标数据, 组织学特征数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3002 | 2026-01-23 |
Dysregulation of argininosuccinate synthase 1, phosphoenolpyruvate carboxykinase 1, and carbonyl reductase 3: Key arginine-proline metabolic mediators in mesangioproliferative glomerulopathies
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149479
PMID:41352509
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研究论文 | 本研究通过整合RNA测序和机器学习算法,鉴定了精氨酸-脯氨酸代谢通路中的关键基因ASS1、PCK1和CBR3,作为IgA肾病和狼疮性肾炎中系膜细胞增殖的核心调控因子,并验证了其诊断和治疗潜力 | 首次通过整合机器学习算法和单细胞RNA测序,系统性识别了精氨酸-脯氨酸代谢通路在系膜增殖性肾小球病中的关键调控基因,并建立了基于这些基因的诊断模型 | 研究主要基于转录组数据,功能验证多在细胞和小鼠模型中进行,缺乏大规模临床样本的直接验证 | 探究精氨酸-脯氨酸代谢通路在IgA肾病和狼疮性肾炎等系膜增殖性肾小球病中的调控机制,并识别关键诊断和治疗靶点 | 系膜细胞、小鼠模型(包括抗Thy1肾炎大鼠、BAFF转基因IgA肾病小鼠、MRL/lpr狼疮性肾炎小鼠)和人类系膜细胞 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | RNA测序、单细胞RNA测序、机器学习算法(LASSO和SVM-RFE) | LASSO、SVM-RFE | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及多个内部和外部数据集以及小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3003 | 2026-01-23 |
From chronic gastritis to gastric cancer: Mendelian randomisation and multi-omics interrogation of leukaemia inhibitory factor receptor (LIFR), hepatocyte growth factor (HGF), serine protease inhibitor E1 (SERPINE1) and interleukin-10 receptor subunit beta (IL10RB)
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149541
PMID:41380876
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研究论文 | 本研究结合孟德尔随机化与多组学分析,揭示了从慢性胃炎到胃癌进展过程中的关键炎症因子与分子机制 | 首次整合孟德尔随机化、多组学数据(转录组、蛋白质组、单细胞RNA测序)以及计算药物筛选,系统性地识别并验证了LIFR、HGF、SERPINE1和IL10RB在胃炎-胃癌转化中的核心作用,并提出了药物再利用策略 | 研究主要基于观察性数据和计算预测,虽然进行了实验验证,但具体的体内功能机制和临床转化效果仍需进一步研究 | 阐明驱动慢性胃炎进展为胃癌的特定炎症因子和分子机制,并探索潜在的治疗靶点 | 慢性胃炎和胃癌相关的基因组、转录组、蛋白质组数据以及患者样本 | 生物信息学与计算生物学 | 胃癌 | 孟德尔随机化、全基因组关联研究、转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、定量逆转录PCR、Western印迹、免疫组织化学、基于结构的虚拟筛选、分子对接 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 来自癌症基因组图谱、基因表达综合数据库及独立队列的数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3004 | 2026-01-23 |
Apoferritin-conjugated melanin nanoparticles rescue photoreceptor degeneration via dual iron chelation and ROS scavenging in dry AMD therapy
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149586
PMID:41390041
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研究论文 | 本研究开发了一种仿生纳米颗粒AFn-MNP,通过结合铁螯合和ROS清除能力,有效治疗干性年龄相关性黄斑变性模型中的光感受器退化 | 首次将载铁蛋白与黑色素纳米颗粒结合,构建了具有双重功能(铁螯合和抗氧化)的纳米治疗剂,并利用单细胞转录组分析揭示了光感受器铁死亡在疾病进展中的关键作用 | 研究主要基于NaIO诱导的动物模型,尚未在人类患者中进行验证;长期安全性和疗效有待进一步评估 | 开发一种针对干性年龄相关性黄斑变性的新型纳米疗法,通过同时调节铁稳态和氧化应激来治疗视网膜退行性疾病 | 视网膜组织、光感受器细胞、NaIO诱导的干性年龄相关性黄斑变性模型小鼠 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3005 | 2026-01-23 |
Cancer-cell-secreted DDAH1 induces TGF-β1/Smad3 signaling pathway to promote fibrosis and aging in lung
2026-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-01024-8
PMID:41444413
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研究论文 | 本文揭示了癌细胞分泌的DDAH1蛋白通过诱导瓜氨酸积累,促进肺纤维化和衰老的机制 | 首次发现癌细胞分泌的DDAH1蛋白通过调控瓜氨酸水平激活TGF-β1/Smad3信号通路,促进肺纤维化和衰老 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;DDAH1抑制剂的具体临床应用潜力尚未完全阐明 | 探究癌症背景下肺衰老的分子机制及治疗靶点 | 癌细胞、肺成纤维细胞、遗传敲除小鼠 | 分子生物学 | 肺癌 | 单细胞测序、遗传敲除 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3006 | 2026-01-23 |
Increased mROS Generation Associates With Cardiovascular Risk in BioHEART-CT PBMCs
2026-Jan, Clinical and translational science
DOI:10.1111/cts.70469
PMID:41549547
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研究论文 | 本研究探讨了外周血单个核细胞中线粒体活性氧产生与冠状动脉疾病之间的关联 | 首次结合MitoSOX流式细胞术和单细胞RNA测序技术,在BioHEART-CT队列中评估PBMC mROS作为CAD生物标志物的潜力 | 样本量较小(40名参与者),亚组分析结果不一致且缺乏普遍性,横断面设计无法确定因果关系 | 探索PBMC中mROS水平与CAD状态及心血管风险因素之间的关联 | 40名BioHEART-CT研究参与者(有或无CT定义的CAD)的外周血单个核细胞 | 心血管疾病研究 | 冠状动脉疾病 | MitoSOX流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据,单细胞RNA测序数据 | 40名参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3007 | 2026-01-23 |
A multimodal framework to identify molecular mechanisms driving patient group-associated morphology through the integration of spatial transcriptomics and whole slide imaging
2026, NPJ artificial intelligence
DOI:10.1038/s44387-025-00050-6
PMID:41551846
|
研究论文 | 提出一种整合空间转录组学和全切片成像的多模态AI框架,以识别与患者群体相关形态背后的分子机制 | 首次结合基础模型特征、多示例学习、无监督聚类和分子分析,在形态-分子机制-临床结局的完整轴向上提供可解释性见解 | 空间转录组数据可用性有限,方法在HER2+乳腺癌外的泛化能力未验证 | 识别驱动患者群体相关形态的分子机制,为精准医疗提供依据 | HER2阳性乳腺癌组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学,全切片成像 | 基础模型,多示例学习 | 图像,转录组数据 | 未明确 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3008 | 2026-01-23 |
Spatiotemporal Evolution of Malignant Hepatocyte Clones Unveils Immune Evasion Features and Therapeutic Vulnerabilities in Hepatocellular Carcinoma
2026-Jan, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70181
PMID:41566770
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学,揭示了肝细胞癌中恶性肝细胞克隆的时空演化、免疫逃逸特征及治疗脆弱性 | 识别了“Scissor细胞”(主要为肝细胞)作为潜在的恶性前体细胞,揭示了其获得免疫逃逸能力和不良预后的演化过程,并发现了驱动肝细胞恶性转化的关键信号通路(如MDK-SDC4和COL4A-SDC) | NA | 研究肝细胞癌的发生和进展过程中的多细胞生态系统及分子特征 | 肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3009 | 2026-01-22 |
Construction of biomimetic gradient-structured cartilage organoids and mechanistic study of their application for cartilage rejuvenation
2026-May, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.12.052
PMID:41551764
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研究论文 | 本研究开发了一种仿生梯度结构软骨类器官培养系统,用于诱导衰老软骨细胞的年轻化,并探索其在软骨再生中的应用机制 | 利用过表达SOX9的骨髓干细胞来源的细胞外囊泡与脱细胞软骨基质构建仿生梯度结构软骨类器官,结合单细胞测序揭示软骨细胞年轻化亚群,并构建体外骨关节炎芯片模型模拟机械微环境 | NA | 研究软骨类器官的构建及其在软骨年轻化和再生中的应用机制 | 衰老软骨细胞、骨髓干细胞、软骨类器官 | 组织工程与再生医学 | 骨关节炎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3010 | 2026-01-22 |
Engineered atopic dermatitis models for recreating hypoxic conditions in atopic dermatitis microenvironments
2026-May, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.12.045
PMID:41551767
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研究论文 | 本研究开发了一种基于明胶可交联水凝胶的工程化特应性皮炎模型,用于模拟AD微环境中的缺氧条件 | 利用单细胞RNA测序分析患者数据指导模型设计,首次在工程化AD模型中成功再现了缺氧微环境(O<5%)并整合了免疫刺激 | 模型基于工程化水凝胶构建,可能无法完全模拟真实皮肤组织的复杂结构和所有细胞类型相互作用 | 开发能够密切模拟特应性皮炎特征的临床前模型,用于药物筛选和基础研究 | 特应性皮炎(AD)组织微环境 | 组织工程与疾病模型 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序分析,3D细胞培养 | 水凝胶基工程化组织模型 | 基因表达数据,细胞培养数据 | 基于公共AD患者单细胞RNA测序数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3011 | 2026-01-22 |
Comparative spatial whole transcriptome analysis of matched frozen and formalin-fixed paraffin-embedded colorectal cancer tissues
2026-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102413
PMID:41550505
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研究论文 | 本研究通过空间全转录组分析比较了匹配的冷冻和福尔马林固定石蜡包埋结直肠癌组织的基因表达谱 | 首次使用空间全转录组技术系统比较FFPE、FF和SF三种组织保存方法在结直肠癌样本中的表现,揭示了不同方法在细胞形态分辨和基因表达水平上的优势 | 研究仅基于单例IV期结直肠癌患者的36个组织区域,样本量有限,需要更大规模验证 | 评估不同组织保存方法(FFPE、FF、SF)对结直肠癌空间转录组分析质量的影响 | 结直肠癌组织样本 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间全转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 36个组织区域(来自1例IV期结直肠癌患者) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3012 | 2026-01-22 |
Extracellular vesicles derived from adipose-derived mesenchymal stem/stromal cells prevent synovial inflammation and attenuate cartilage degeneration in rodent osteoarthritis
2026-Mar, Regenerative therapy
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.reth.2025.101056
PMID:41551961
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪来源间充质干细胞衍生的细胞外囊泡(MSC-EVs)在啮齿动物骨关节炎模型中减轻滑膜炎症和软骨退化的作用 | 首次结合单细胞RNA测序技术,在体内外系统评估MSC-EVs对骨关节炎的免疫调节和软骨保护作用,并揭示了其促进巨噬细胞向M2表型极化的新机制 | 研究仅在啮齿动物模型中进行,尚未在人体临床试验中验证;MSC-EVs的具体作用分子机制尚未完全阐明 | 评估脂肪来源MSC-EVs作为骨关节炎疾病修饰疗法的治疗潜力 | RAW264.7巨噬样细胞、人滑膜细胞、MIA诱导的骨关节炎大鼠模型 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 细胞实验(RAW264.7细胞、人滑膜细胞)和动物模型(MIA诱导OA大鼠) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3013 | 2026-01-22 |
Pulmonary macrophage-targeted RNAi and mRNA co-delivery via SORT lipid nanoparticles enhances immunotherapy in lung cancer
2026-Feb-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114519
PMID:41371503
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研究论文 | 本文开发了一种靶向肺巨噬细胞的RNAi和mRNA共递送系统,通过SORT脂质纳米颗粒增强肺癌免疫治疗效果 | 首次设计甘露糖修饰的SORT脂质纳米颗粒,实现肺限制性、甘露糖受体引导的SPP1巨噬细胞靶向递送,并协同递送SPP1-siRNA和IFN-γ mRNA,逆转M2样表型 | 未明确提及样本量或临床试验阶段,可能仅限于临床前动物模型研究 | 开发精准细胞类型靶向策略,将免疫检查点抑制剂非应答者转化为长期生存者 | 非小细胞肺癌中的SPP1巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3014 | 2026-01-22 |
Unraveling the Transcription Factor Code of Odontoblast Differentiation
2026-Feb, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251348148
PMID:40650465
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq分析揭示了控制成牙本质细胞分化的转录因子代码,并证明在小鼠诱导多能干细胞中过表达特定转录因子可引导其向成牙本质细胞样表型分化 | 首次基于单细胞RNA-seq数据筛选出4个在牙齿发育中未被研究过的转录因子,并证明其组合过表达足以驱动干细胞向成牙本质细胞定向分化 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类细胞中验证;体内外功能验证的长期效果和安全性需进一步评估 | 解析成牙本质细胞分化的分子机制,为组织工程和再生医学提供新策略 | 小鼠持续生长牙齿的干细胞、小鼠诱导多能干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA-seq、多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3015 | 2026-01-22 |
Differential Hes1 activation defines neural stem cell lineage commitment and niche maintenance in embryonic and adult mouse cortex
2026-Jan-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2511800123
PMID:41557790
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和条件敲除小鼠模型,揭示了Notch非依赖性表达的Hes1(NIHes1)神经干细胞在胚胎和成年小鼠皮层中的谱系承诺和微环境维持中的关键作用 | 首次将Hes1的差异激活模式与神经干细胞异质性联系起来,并定义了NIHes1 NSCs作为祖先前体细胞的功能独特性 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类或其他物种中的普适性尚需验证 | 探究Hes1差异激活如何定义神经干细胞谱系承诺和微环境维持 | 胚胎和成年小鼠皮层中的神经干细胞/祖细胞(NSCs/NPCs) | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学,条件敲除小鼠模型 | Nestin-CreERT2;NIHes1条件敲除小鼠模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3016 | 2026-01-22 |
Decoding 'Wntch': the intertwined Wnt and Notch pathways in development and disease
2026-Jan-21, Open biology
IF:4.5Q1
DOI:10.1098/rsob.250282
PMID:41558807
|
综述 | 本文综述了Wnt和Notch信号通路在发育和疾病中的相互作用,提出了'Wntch'信号概念 | 提出了'Wntch'信号概念,强调Wnt和Notch通路不是孤立线性途径,而是形成一个整合信号以确保发育和生理结果精确控制的连贯网络 | 作为一篇综述文章,未提出新的实验数据或模型,主要基于现有研究进行综合分析和讨论 | 探讨Wnt和Notch信号通路在发育和疾病中的直接交互作用及其功能整合 | 多细胞生物中的Wnt和Notch信号通路分子及其相互作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序、邻近标记 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3017 | 2026-01-22 |
EphrinB2 Regulates DPSC Pericyte-like Functions via the Focal Adhesion Pathway
2026-Jan-21, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251385554
PMID:41560563
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研究论文 | 本研究揭示了EphrinB2通过Src/FAK/paxillin信号通路调控牙髓干细胞(DPSCs)周细胞样功能及其与内皮细胞(ECs)的相互作用 | 首次阐明EphB4/ephrinB2信号如何通过黏着斑通路调控DPSCs的周细胞生物学功能及其与ECs的相互作用 | 研究主要基于体外实验,体内功能验证和临床转化潜力仍需进一步探索 | 探究EphB4/ephrinB2信号通路对牙髓干细胞周细胞功能的调控机制 | 人牙髓干细胞(DPSCs)、内皮细胞(ECs)、人脑血管周细胞 | 干细胞生物学 | 牙髓疾病 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、慢病毒转导、3D纤维蛋白珠分析 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 健康人牙髓组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3018 | 2026-01-22 |
Dissecting the Cell-Type-Specific Response to an Emerging Tobamovirus in Tomato Reveals Cultivar-Dependent Involvement of Brassinosteroid Signalling
2026-Jan-21, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70559
PMID:41562490
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了番茄对新兴烟草花叶病毒ToBRFV的细胞类型特异性响应,揭示了不同遗传背景番茄品种中油菜素内酯信号通路的差异参与 | 首次在单细胞分辨率下解析了番茄对ToBRFV的感染动态,并发现了油菜素内酯信号通路在品种依赖性抗性中的关键作用 | 研究仅针对两个番茄品种,可能无法代表所有遗传背景;单细胞测序数据仅来自叶片,未涵盖其他组织 | 探究植物病毒感染的细胞类型特异性响应机制,以及遗传背景如何影响这些响应 | 番茄植物及其对番茄褐色皱纹果病毒(ToBRFV)的感染响应 | 植物病理学与单细胞组学 | 植物病毒病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个番茄品种('Jinpeng No. 1'和'Rutgers')的感染叶片样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3019 | 2026-01-22 |
The topographical distribution of spermatogonial subpopulations during the cycle of seminiferous epithelium in Macaca Fascicularis†
2026-Jan-21, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioag018
PMID:41562564
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研究论文 | 本研究通过免疫组化染色和定量分析,探讨了猕猴(Macaca fascicularis)精原细胞亚群在生精上皮周期中的空间分布模式 | 首次描述了灵长类动物中不同精原细胞亚群(PIWIL4+、GFRA1+、NANOS3+和KIT+)在生精小管基底室中的阶段依赖性空间定位,揭示了其与生精上皮周期的协调关系 | 研究仅基于猕猴样本,可能无法完全代表其他灵长类或哺乳动物;且依赖于固定组织样本的免疫组化分析,可能受技术限制影响空间分辨率的精确性 | 旨在解析灵长类动物精原细胞亚群的空间拓扑分布及其与生精上皮微环境的动态关系 | 猕猴(Macaca fascicularis)睾丸组织中的精原细胞亚群 | 生殖生物学 | NA | 免疫组化染色、单细胞RNA测序(作为背景参考)、Strauss线性选择性指数分析 | NA | 组织图像、定量空间分布数据 | 未明确指定样本数量,但基于Bouin固定的猕猴睾丸样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3020 | 2026-01-22 |
Multi-omics integrative analysis of stemness-associated pathological signatures to guide prognosis and therapeutic strategies in uveal melanoma
2026-Jan-21, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004914
PMID:41563241
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、批量转录组数据和病理全切片图像,系统研究了葡萄膜黑色素瘤中与干性相关的异质性,并构建了一个基于机器学习的病理图像衍生预后评分系统 | 提出了一个结合病理组学和单细胞RNA测序的新颖整合框架,以解码葡萄膜黑色素瘤中干性驱动的异质性,并构建了一个非侵入性的预后评分模型用于风险分层和治疗指导 | 预后评分模型仅在单个TCGA-UVM队列中推导和内部验证,其普适性需要在独立的多中心队列中进行验证 | 研究葡萄膜黑色素瘤中与干性相关的病理特征,以指导预后和治疗策略 | 葡萄膜黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | 机器学习模型 | 图像, 文本 | TCGA-UVM队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |