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当前共找到 9342 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-09-23 |
Dynamic regulation of long non-coding RNAs across asexual and gametocyte development in Plasmodium falciparum
2026-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.15.718799
PMID:42039573
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研究论文 | 该研究整合了长读长牛津纳米孔直接RNA测序、核糖体图谱和单细胞转录组学，对恶性疟原虫在无性和配子体发育阶段的lncRNA进行了全面注释和动态调控分析 | 首次整合长读长ONT直接RNA测序、核糖体图谱和单细胞转录组学，克服了短读长测序、逆转录假象和第二链降解不完全等问题，实现了恶性疟原虫lncRNA的稳健阶段特异性表征 | 未明确提及 | 在全基因组范围内鉴定和表征恶性疟原虫在无性和有性血液阶段表达的lncRNA，并揭示其在配子体生成和传播中的可能作用 | 恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）的无性血液阶段和配子体阶段 | 基因组学，转录组学 | 疟疾 | ONT直接RNA测序，核糖体图谱，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列，图像 | NA | Oxford Nanopore Technology, Illumina | 长读长直接RNA测序，核糖体图谱，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 282 | 2026-09-23 |
Mapping breast cancer lineage in radiation and immunotherapy using the REMAP mouse
2026-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.15.718689
PMID:42039427
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研究论文 | 本文介绍了一种名为REMAP的谱系追踪小鼠模型，该模型将可诱导CRISPR记录技术与MMTV-PyMT激素受体阳性乳腺癌模型相结合，用于研究肿瘤演化及放疗联合抗PD1免疫治疗的响应 | 开发了REMAP小鼠模型，整合可诱导CRISPR记录与MMTV-PyMT乳腺癌模型，通过MARC1归巢引导RNA的可遗传谱系标记实现克隆关系重建，首次在体内将克隆历史与细胞状态高分辨率耦合 | 仅基于小鼠模型，结果向人类乳腺癌的转化适用性有待验证；REMAP模型局限于MMTV-PyMT激素受体阳性乳腺癌，可能不适用于其他乳腺癌亚型 | 研究乳腺癌肿瘤演化、转移及放疗联合抗PD1免疫治疗响应的克隆谱系机制 | MMTV-PyMT激素受体阳性乳腺癌小鼠模型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、CRISPR谱系追踪、可诱导CRISPR记录 | MMTV-PyMT小鼠模型、可诱导Cas9 | 图像、文本、单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞基因表达 |
| 283 | 2026-09-23 |
SEC-seq reveals translation-focused metabolic strategies for high IgG productivity in clonal CHO cells
2026-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.14.718270
PMID:42039631
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研究论文 | 该研究应用分泌编码单细胞测序（SEC-seq）技术，同时测量CHO细胞单细胞的转录组和分泌型IgG，揭示了高产IgG克隆细胞中以翻译为核心的代谢策略 | 首次将SEC-seq应用于CHO细胞，实现单细胞水平同时测量转录组和分泌型IgG，揭示了IgG mRNA与蛋白分泌仅呈中等相关，并发现了三种高产克隆通过不同的代谢和能量/氧化还原程序汇聚于翻译聚焦状态 | 研究仅涉及一个亲本生产细胞系和五个CHO克隆，样本量有限；未验证所发现的代谢靶点是否可直接用于工程化改造以提高产量 | 在单细胞分辨率下解析CHO细胞克隆内和克隆间制造表型的异质性及其代谢和分泌回路，识别高产IgG的亚群和回路特征以指导工程改造或筛选 | CHO细胞（一个亲本生产细胞系和五个克隆，每个克隆的细胞特异性生产力不同） | 单细胞测序、生物制造、代谢工程 | NA | 分泌编码单细胞测序（SEC-seq） | NA | 单细胞转录组数据、分泌型IgG蛋白数据 | 一个亲本生产细胞系和五个CHO克隆的单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞分泌蛋白检测 | NA | SEC-seq（分泌编码单细胞测序），同时测量单细胞转录组和分泌型IgG |
| 284 | 2026-09-23 |
Lineage-specific CK2α deletion reshapes the transcriptome of hematopoietic stem cells toward an immune-primed state
2026-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.10.717787
PMID:42039464
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析条件性敲除CK2α的小鼠造血干细胞，发现CK2α缺失导致造血干细胞转录组向免疫激活状态重塑 | 首次在稳态造血条件下揭示CK2α对造血干细胞转录组的调控作用，发现CK2α缺失导致造血干细胞发生免疫相关转录重编程，并鉴定出驱动该过程的转录因子网络和细胞间通讯变化 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证；未探讨CK2α缺失对造血干细胞功能的长期影响；未进行功能验证实验 | 探究CK2α在稳态造血过程中对造血干细胞的调控作用及其分子机制 | 转基因小鼠的骨髓和脾脏组织样本中的造血干细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 野生型对照和CK2α条件性敲除小鼠的骨髓和脾脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 285 | 2026-09-23 |
Benchmarking scRNA-seq Copy Number Inference: A Comprehensive Evaluation and Practitioner's Guide
2026-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.12.718050
PMID:42039587
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研究论文 | 对12种从scRNA-seq数据推断拷贝数变异（CNV）的方法在28个真实数据集和多种合成数据集上进行了全面基准测试，并提供了实践指南 | 首次在28个真实数据集（超过10万个细胞）和多种合成数据集上对12种CNV推断方法进行全面基准测试，并建立了一个实用的决策框架 | 未提及具体局限性 | 评估和比较从scRNA-seq数据推断拷贝数变异（CNV）的方法，为研究人员提供实践指南 | 12种CNV推断方法（包括Numbat、Clonalscope、CopyKAT、inferCNV、SCEVAN等）、28个真实数据集（超过10万个细胞）和多种合成数据集 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 文本、图像 | 28个真实数据集（超过100,000个细胞）和多种合成数据集 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA |
| 286 | 2026-09-23 |
Serial Spatial Transcriptomics Reveal Divergent Routes to Therapy Resistance in Metastatic Breast Cancer
2026-Apr-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9365657/v1
PMID:42040933
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研究论文 | 该研究通过纵向空间转录组学分析四名转移性乳腺癌患者长达3.5年治疗过程中的十次活检样本，揭示了肿瘤治疗耐药的不同空间适应策略 | 首次以患者为中心，结合概率主题建模与空间深度学习，对转移性乳腺癌进行长达3.5年的纵向空间转录组学追踪，揭示了耐药机制在空间层面的异质性及三种普适性耐药原则 | 样本量较小，仅涉及四名转移性乳腺癌患者，研究结果的普适性有待更大规模队列验证 | 解析转移性乳腺癌在个性化治疗过程中治疗耐药的空间架构和细胞上下文，揭示耐药机制的空间异质性 | 四名转移性乳腺癌患者的十次活检样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 概率主题建模，空间深度学习 | 空间转录组数据，图像 | 345207个细胞，来自4名转移性乳腺癌患者的10次活检 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 287 | 2026-09-23 |
sigNATURE maps cohort-specific T-cell states to reproducible programs of ICI response
2026-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.14.718532
PMID:42039669
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研究论文 | 该文章提出了sigNATURE框架，通过将查询细胞映射到大型CD4和CD8 T细胞图谱上，评估已发表的ICI响应标志物，并量化图谱支持度，从而提高单细胞ICI生物标志物的可重复性和跨队列可比性 | 提出了一种参考引导的框架sigNATURE，将查询细胞映射到大型CD4和CD8 T细胞图谱上，在坐标对齐系统中评估已发表的ICI响应标志物，并通过细胞级可识别性评分量化映射细胞的图谱支持度，解决了T细胞状态通常在各队列中从头定义导致标志物基因对队列组成和分析选择敏感的问题 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 提高单细胞ICI生物标志物的可重复性、跨队列可比性和机制可解释性 | 两个独立的ICI scRNA-seq队列，包括36名非小细胞肺癌患者和15名皮肤癌患者（11名基底细胞癌和4名鳞状细胞癌） | 数字病理学 | 肺癌，皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本，图像 | 51名患者（36名非小细胞肺癌患者和15名皮肤癌患者） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 288 | 2026-09-23 |
Regional and Systemic Metabolic Remodeling Promotes Longevity by Bioengineered Yeast-Derived Lipids
2026-Apr-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.10.717033
PMID:42039507
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研究论文 | 本文发现从基因工程长寿命酵母菌株中提取的膳食脂质能显著延长果蝇寿命，并通过D2O探针的受激拉曼散射显微镜成像代谢动态和单核RNA测序（snRNA-seq）揭示其机制 | 首次发现基因工程酵母来源的膳食脂质能通过区域和系统性代谢重塑延长果蝇寿命，揭示了跨物种的代谢长寿调控机制，并开发了FLY-MAP分析流程 | 研究主要基于果蝇模型，尚未在哺乳动物或人类中验证；酵母脂质的具体活性成分和最佳剂量仍需进一步研究 | 探究酵母来源膳食脂质对寿命的影响及其代谢调控机制 | 果蝇（Drosophila） | 代谢组学，衰老研究 | 衰老相关疾病 | 受激拉曼散射显微镜，单核RNA测序（snRNA-seq），拉曼光谱，脂质组学 | NA | 图像，文本（测序数据） | NA | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | NA |
| 289 | 2026-09-23 |
Spatial Transcriptomics and Dual Dye Mapping Identify Wnt-Driven BBB Protection in Endothelial EphA4-Deficiency
2026-Apr-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9261231/v1
PMID:41994141
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研究论文 | 该研究结合双染料标记系统和空间转录组学，揭示了内皮细胞EphA4缺失通过Wnt信号通路保护创伤性脑损伤后血脑屏障的机制 | 开发了双染料标记系统（EBD、NaFl和IgG）来评估CCI损伤后BBB通透性的时空动态变化，并首次将空间转录组学与染料定量相结合，发现EphA4内皮细胞缺失通过上调Wnt信号通路基因（包括FZD4）发挥BBB保护作用，并验证了FZD4激动剂FZM1.8的药理激活可减少病灶体积和BBB破坏 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究创伤性脑损伤后血脑屏障破坏的分子和空间特征，以及EphA4/Wnt信号通路在BBB保护中的作用 | 内皮细胞特异性EphA4敲除小鼠和野生型小鼠的CCI损伤模型 | 空间转录组学 | 创伤性脑损伤 | 空间转录组学，双染料标记（EBD、NaFl、IgG免疫染色） | NA | 图像，文本（基因表达数据） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 290 | 2026-09-23 |
Emergent latent neurotoxic effects of manganese following nominal chronic exposures in human stem cell and Caenorhabditis elegans models
2026-Apr-07, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfag040
PMID:42033779
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研究论文 | 该研究利用人诱导多能干细胞（hiPSC）来源的皮层培养物和秀丽隐杆线虫两种模型，发现慢性锰暴露停止后会出现显著的潜在神经毒性效应，通过单细胞RNA测序揭示了暴露停止后才显现的转录组变化，并在线虫中验证了行为表型的放大效应 | 首次在两种遗传和机制可操作系统中证明了慢性锰暴露停止后出现潜在的神经毒性效应，且该效应的幅度远超慢性暴露本身；利用单细胞RNA测序比较了暴露期间与暴露停止后的转录组变化，发现了仅在暴露停止后才显现的转录组改变 | 研究主要基于hiPSC来源的皮层培养物和秀丽隐杆线虫模型，尚未在人类或其他哺乳动物体内直接验证；单细胞RNA测序的样本量和时间点覆盖范围可能有限；潜在效应的长期持续性和可逆性未充分探讨 | 探究慢性锰暴露停止后是否会出现潜在的神经毒性效应，并阐明其背后的细胞通路和分子机制 | 人诱导多能干细胞（hiPSC）来源的皮层培养物和秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans） | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | hiPSC来源的皮层培养物经历40天慢性锰暴露，秀丽隐杆线虫用于行为学终点评估 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2026-09-23 |
Infection of 5xFAD mice with a mouse-adapted SARS-CoV-2 does not alter Alzheimer's disease neuropathology yet induces widespread changes in gene expression across diverse cell types
2026-Apr, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71394
PMID:42029189
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研究论文 | 该研究使用小鼠适应性SARS-CoV-2（MA10）感染老年5xFAD和野生型小鼠，发现感染未改变阿尔茨海默病神经病理学，但引起多种细胞类型的广泛基因表达变化 | 首次在老年5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型中系统评估小鼠适应性SARS-CoV-2感染对AD神经病理学的影响，并利用空间转录组学揭示脑内多种细胞类型的基因表达变化 | 小鼠适应性病毒可能无法完全模拟人类SARS-CoV-2感染；脑内未检测到病毒RNA，可能未完全反映人类感染情况；仅使用一种AD小鼠模型 | 探究SARS-CoV-2感染对阿尔茨海默病神经病理学和脑内基因表达的影响 | 老年5xFAD转基因阿尔茨海默病小鼠和野生型小鼠 | 空间转录组学, 神经科学 | 阿尔茨海默病, COVID-19 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 图像 | 老年5xFAD和野生型小鼠（具体数量未在摘要中说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 292 | 2026-09-23 |
Mucosal Inflammation Shapes Human Neutrophil States in Tissue and Circulation
2026-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.21.713286
PMID:42051301
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序、光谱流式细胞术和空间蛋白质组学，分析了健康个体和牙周炎患者牙龈、血液及口腔中的中性粒细胞状态，揭示了黏膜炎症如何影响组织局部和循环系统中的中性粒细胞 | 首次在健康和疾病状态下系统定义口腔黏膜中性粒细胞的的组织特异性状态，发现健康黏膜中性粒细胞具有独立的免疫调节状态，牙周炎通过浸润血样中性粒细胞亚群、增加转录噪声和增强效应激活来破坏这些程序，并首次发现口腔炎症通过Rho-GTP酶调节程序的扩增在循环中性粒细胞上留下系统性印记，该程序在多种人类炎症疾病中共享 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究中性粒细胞在健康或疾病状态下是否获得组织特异性状态，以及局部组织炎症如何影响屏障表面中性粒细胞的可塑性和系统性中性粒细胞状态 | 健康个体和牙周炎患者（牙周炎是一种中性粒细胞主导的炎症性疾病）的牙周相关口腔黏膜（牙龈）、血液和口腔互联区室中的中性粒细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 牙周炎, 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 光谱流式细胞术, 空间蛋白质组学 | NA | 图像, 文本 | NA（摘要中未提供具体样本量信息） | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 293 | 2026-09-23 |
Hypoxia-activated scleraxis a mediates epicardial progenitor differentiation into a unique cardiac perivascular cell type
2026-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.26.708296
PMID:42124670
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学、遗传谱系追踪和心脏损伤模型，揭示了转录因子Scleraxis a（Scxa）在缺氧和Hif1a信号调控下，驱动心外膜祖细胞分化为一种独特的支持血管的心脏血管周围细胞类型（Epi-PMCs） | 首次鉴定出Scxa是心外膜祖细胞分化的关键调控因子；发现了一类此前未被表征的心脏血管周围细胞群体Epi-PMCs，其分子特征与经典周细胞和血管平滑肌细胞不同；揭示了缺氧-Hif1a-Scxa-Col18a1a轴驱动心外膜细胞向血管支持性命运分化的机制 | 研究主要基于斑马鱼模型，其在心脏结构和再生能力上与哺乳动物存在差异，Epi-PMCs在哺乳动物心脏中的存在和功能尚需进一步验证；Epi-PMCs的具体功能贡献及分子机制仍需更深入研究 | 探究心外膜祖细胞命运决定的分子机制，特别是鉴定调控心外膜祖细胞分化的关键转录因子及其上游信号通路 | 斑马鱼心外膜祖细胞、活化心外膜祖细胞（aEPCs）、心外膜来源血管周围间充质细胞（Epi-PMCs）、冠状动脉血管 | 单细胞转录组学、发育生物学、心血管生物学 | 心血管疾病、冠心病 | 单细胞转录组测序、遗传谱系追踪、心脏损伤模型 | 斑马鱼动物模型 | 单细胞转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2026-09-23 |
Optimal transport fate mapping resolves T cell differentiation dynamics across tissues
2026-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.24.707057
PMID:42124734
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研究论文 | 本文提出了一种基于最优传输的命运映射框架，用于重建CD8 T细胞在时间和组织间的连续分化轨迹 | 首次将最优传输理论应用于免疫细胞命运映射，能够从静态单细胞快照中重建连续的细胞分化轨迹，并整合时间分辨标记技术识别组织新进入细胞 | 该研究主要基于小鼠急性病毒感染模型，尚未在人类或其他疾病模型中验证；依赖于纵向单细胞RNA-seq数据，时间分辨率受采样时间点限制 | 重建CD8 T细胞在急性病毒感染过程中跨组织和时间的连续分化轨迹，揭示组织驻留记忆T细胞的分化起源和调控机制 | 小鼠急性病毒感染模型中的CD8 T细胞 | 机器学习 | 病毒感染 | 单细胞RNA-seq | 最优传输 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 295 | 2026-09-23 |
BARTsc identifies key transcriptional regulators from single-cell omics data
2026-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.24.707729
PMID:42124611
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研究论文 | 提出BARTsc计算方法，利用公共ChIP-seq数据从单细胞组学数据中推断转录调控因子 | 利用大规模公共ChIP-seq图谱，从单模态或双模态单细胞数据推断顺式调控图谱，识别功能性转录调控因子，不依赖共表达或基序富集 | 摘要中未明确提及 | 从单细胞组学数据中准确预测功能性转录调控因子 | 单细胞组学数据，包括scRNA-seq、scATAC-seq和scMultiome；小鼠皮层、人外周血单核细胞、人胰腺导管腺癌 | 机器学习 | 胰腺癌 | scRNA-seq, scATAC-seq, scMultiome, ChIP-seq | NA | 文本、图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 296 | 2026-09-23 |
Imbalance of Ciliary Programs Drives Fibroblast Differentiation and Fibrotic Signaling in Systemic Sclerosis
2026-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.25.707978
PMID:42124727
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研究论文 | 该文章通过整合人类队列、单细胞轨迹和靶向扰动模型，揭示了系统性硬化症中纤毛程序失衡驱动成纤维细胞分化和纤维化信号传导的机制 | 首次发现纤毛程序动态失衡是系统性硬化症纤维化成纤维细胞活化的统一驱动因素，并证明纤毛破坏是成纤维细胞重编程的起始事件而非继发事件，提出纤毛稳定化治疗（ciliotherapy）作为抗纤维化新策略 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究系统性硬化症中致病性成纤维细胞向肌成纤维细胞重编程的触发机制以及维持活化肌成纤维细胞状态的机制 | 系统性硬化症患者的皮肤活检样本及培养的成纤维细胞 | 单细胞组学、转录组学 | 系统性硬化症 | 微阵列分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞轨迹分析、遗传和药理学扰动实验 | 单细胞轨迹映射模型 | 基因表达数据、图像 | 8个微阵列数据集和2个独立的scRNA-seq队列的皮肤活检样本 | NA | bulk microarray, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 297 | 2026-09-23 |
Predictable clonal hierarchies from restricted progenitors provide a framework for cell type-specific therapies in glioblastoma
2026-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.21.707071
PMID:42124710
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研究论文 | 该研究通过整合高复杂度组合DNA条形码与单细胞转录组学，在患者来源的IDH1野生型胶质母细胞瘤中实现谱系解析的祖细胞组织映射，揭示了肿瘤生长的克隆层级逻辑并指导细胞类型特异性联合治疗 | 首次在患者直接来源的胶质母细胞瘤中整合高复杂度组合DNA条形码与单细胞转录组学，实现谱系解析的祖细胞组织映射；发现肿瘤生长由多个非冗余祖细胞而非单一优势群体驱动；基于谱系层级框架识别不同祖细胞区室的互补药物靶点，并证明层级信息指导的联合治疗可破坏祖细胞间相互作用并重塑谱系输出 | 未明确说明肿瘤样本数量有限（仅9个肿瘤）是否足以代表胶质母细胞瘤的全面异质性；未提及DNA条形码技术在高复杂度克隆追踪中的潜在技术偏差；缺乏体内功能验证实验的详细描述；未讨论该框架在临床转化中的可行性和时间窗口 | 揭示胶质母细胞瘤中细胞谱系如何随时间组织以驱动肿瘤传播和治疗反应，建立基于克隆层级的细胞类型特异性治疗框架 | 患者直接来源的IDH1野生型胶质母细胞瘤样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学，组合DNA条形码谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据，DNA条形码谱系数据 | 来自9个肿瘤的235,155个恶性细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，组合DNA条形码 | NA | NA |
| 298 | 2026-09-23 |
Local Tumor Microenvironment Niches Correlate With Survival And Immunotherapy Response In Human Glioblastoma
2026-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.23.707276
PMID:42124719
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研究论文 | 该研究整合空间转录组学、单细胞RNA测序和组织学数据，揭示了胶质母细胞瘤肿瘤微环境的空间异质性，并发现不同的微环境生态位与患者生存和免疫治疗反应相关 | 首次在人类胶质母细胞瘤中系统性地整合空间转录组学、单细胞RNA测序和组织学数据来全面刻画肿瘤微环境的空间和细胞异质性，发现六种独特的肿瘤微环境生态位类别，并揭示了生态位组成与患者生存及免疫治疗反应之间的显著关联 | 样本量相对有限（25个肿瘤），需要更大规模的队列研究验证；空间转录组学的分辨率限制了对单细胞水平相互作用的精确解析；免疫治疗反应分析的数据来源可能需要进一步前瞻性验证 | 利用空间转录组学、单细胞RNA测序和组织学方法表征胶质母细胞瘤肿瘤微环境的空间和细胞异质性，并探究肿瘤微环境组成和组织方式如何影响患者临床结局 | 25个胶质母细胞瘤肿瘤样本中的超过46,000个55微米宽的空间spots，以及大规模bulk RNA-seq数据集 | 数字病理学 | 脑癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序，组织学 | NA | 图像，文本 | 25个肿瘤样本，超过46,000个55微米宽的空间spots | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 299 | 2026-09-23 |
Pixel2Gene enables histology-guided reconstruction and prediction of spatial gene expression
2026-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.21.707168
PMID:42124685
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研究论文 | 该文章提出了Pixel2Gene深度学习框架，整合组织学图像与空间转录组数据，实现组织学引导的空间基因表达重建与预测 | 利用常规组织学图像的可扩展性和普遍性，通过深度学习实现全组织尺度、经济高效的空间转录组分析，同时支持未测量区域和新样本的基因表达预测 | 摘要中未明确说明研究的具体局限性 | 解决当前高分辨率空间转录组平台成本高、组织覆盖有限、技术伪影导致数据噪声大、稀疏和不完整的问题，提升分析准确性、生物学解释和临床实用性 | 多种高分辨率空间转录组平台数据及多种组织类型和疾病背景下的临床样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，组织学成像 | 深度学习 | 图像，文本（基因表达数据） | NA | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium HD, 10x Xenium, NanoString CosMx | 10x Visium HD, 10x Xenium, NanoString CosMx 空间转录组平台 |
| 300 | 2026-09-23 |
Stochastic gradient descent estimation of generalized matrix factorization models with application to single-cell RNA sequencing data
2026-01-20, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxag010
PMID:42086483
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研究论文 | 本文提出一种广义矩阵分解模型，并采用自适应随机梯度下降算法进行估计，用于单细胞RNA测序数据的降维分析 | 提出假设广义指数离散族分布的广义矩阵分解模型，将现有单细胞降维方法统一为特例，并开发可扩展的自适应随机梯度下降算法，能够高效处理数百万个细胞 | 摘要中未明确提及局限性 | 解决单细胞RNA测序数据降维中因数据规模和复杂度带来的挑战，实现大规模单细胞数据的可视化、聚类和表型表征 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义矩阵分解模型、随机梯度下降 | 基因表达矩阵 | 数百万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |