本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2961 | 2026-06-07 |
Molecular Mechanisms of DBNL in Heart Failure: From Macrophage Immunometabolism to Therapeutic Implications
2026-Jan-02, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69756
PMID:41553874
|
研究论文 | 利用多组学方法整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序,探讨DBNL在心力衰竭中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力 | 首次通过多组学整合分析揭示DBNL在心脏巨噬细胞免疫代谢和促纤维化通路中的动态调控作用,并预测吡啶酸作为DBNL潜在调节剂 | 治疗相关性仅基于计算预测,缺乏额外的实验验证和临床前研究来证实DBNL作为治疗靶点的临床疗效 | 寻找心力衰竭的潜在生物标志物和治疗靶点,阐明DBNL在心力衰竭进展中的作用机制 | 心脏巨噬细胞中的DBNL基因表达及其在心力衰竭病理条件下的调控 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2962 | 2026-06-07 |
Itaconate-Related Gene Signatures as Prognostic Markers in Colon Cancer: Insights From Transcriptomic and Spatial Analysis
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/7928082
PMID:41523911
|
研究论文 | 基于转录组和空间分析,首次全面研究衣康酸及Hallmark通路相关基因在结肠癌中的表达、生物学作用和预后价值 | 首次结合批量转录组、单细胞转录组和空间转录组数据,系统分析衣康酸相关基因标志物在结肠癌中的预后作用,并构建优于传统临床特征和已有模型的预后预测模型 | 仅基于公开数据库(TCGA和GEO),需进一步在更大规模、多中心临床样本中验证 | 开发结肠癌的衣康酸相关基因预后标志物,为精准预后和分层治疗提供理论依据 | 结肠癌患者(TCGA数据库448例训练集,GEO数据库1473例验证集) | 计算机视觉 | 结肠癌 | 批量转录组、单细胞转录组、空间转录组、组织微阵列 | 弹性网络(alpha=0.2) | 转录组数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、组织微阵列数据 | 448例训练集,1473例验证集(共7个GEO数据集) | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 2963 | 2026-06-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Correlation Between Immune Cell Composition and Gene Expression in Cervical Cancer
2026-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70998
PMID:41588920
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序分析揭示宫颈癌中免疫细胞组成与基因表达之间的相关性 | 首次通过单细胞RNA测序全面描绘宫颈癌肿瘤微环境中免疫细胞亚群分布模式,并系统分析关键基因如TNFRSF18与免疫细胞比例的关系 | 样本量可能有限,未明确说明;具体免疫细胞亚群功能验证及因果关系尚需进一步实验 | 探讨基于单细胞RNA测序数据的宫颈癌患者免疫细胞亚群分布模式及其与特定基因表达的相关性 | 宫颈癌患者单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2964 | 2026-06-07 |
Evaluation of the causal effects of PFOS on atherosclerosis and its potential toxicological mechanisms: Integrated Mendelian randomization and network toxicology analysis
2026-Jan-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119618
PMID:41601048
|
研究论文 | 结合孟德尔随机化和网络毒理学分析,评估全氟辛烷磺酸对动脉粥样硬化的因果效应及其潜在毒理学机制 | 首次将孟德尔随机化分析与网络毒理学相结合,系统探究PFOS与AS的因果关系及潜在毒理机制 | 数据主要来自公共数据库,可能无法完全反映实际暴露水平和人群异质性 | 阐明PFOS对动脉粥样硬化的因果关系及其毒理学机制,为心血管毒性评估和疾病防治提供科学依据 | 全氟辛烷磺酸与动脉粥样硬化之间的因果关系及潜在毒理学机制 | 机器学习 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化分析、网络毒理学、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用单细胞RNA测序分析动脉粥样硬化斑块中不同细胞亚群的核心靶基因表达 |
| 2965 | 2026-06-07 |
Combining multi-omics analysis and network toxicology to explore the role and underlying mechanisms of an environmental pollutant in gastric cancer: A study of Diisononyl Phthalate
2026-Jan-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119645
PMID:41601071
|
研究论文 | 通过整合多组学分析与网络毒理学,探究环境污染物邻苯二甲酸二异壬酯在胃癌中的作用及分子机制 | 首次结合计算毒理学、网络毒理学与多组学分析揭示DINP对胃癌的潜在致癌机制,并构建基于四个核心基因的预后风险模型 | DINP的急性细胞毒性较弱,需要进一步验证其长期暴露效应及体内实验数据 | 阐明环境污染物DINP与胃癌之间的分子关联机制 | DINP、胃癌细胞系(AGS)、TCGA-STAD队列样本 | 计算毒理学、网络毒理学、多组学分析 | 胃癌 | 网络毒理学、单细胞RNA测序、qRT-PCR、分子对接 | 预后风险模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | TCGA-STAD队列、AGS细胞系实验数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2966 | 2026-06-07 |
From Laser Microdissection to Spatial Glycomics: Lectin Microarray Protocols for Tissue Glycome Mapping with High-End Scanners
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5154-4_3
PMID:41629708
|
研究论文 | 提出了将激光显微切割与凝集素微阵列结合的方法,用于福尔马林固定石蜡包埋组织的空间糖组学分析 | 利用高灵敏度倏逝场荧光扫描仪GSR2300提升检测灵敏度并降低背景噪声,实现微尺度组织区域的精确、可重复糖组学分析 | 可能受限于凝集素微阵列的抗体特异性和组织样本的复杂性,需要进一步验证跨平台通用性 | 开发并优化激光显微切割整合凝集素微阵列的工作流程,实现组织糖组图谱的空间解析 | 福尔马林固定石蜡包埋组织样本 | 计算机视觉 | NA | 激光显微切割,凝集素微阵列,荧光扫描 | NA | 图像 | 微米级组织区域(约0.1 mm²区域,5 μm厚度) | NA | 空间糖组学 | GSR2300 | 高端倏逝场荧光扫描仪GSR2300 |
| 2967 | 2026-06-07 |
Allogeneic hematopoietic stem cell transplantation for the treatment of chronic active Epstein-Barr virus infection
2026 Jan-Dec, Cell transplantation
IF:3.2Q2
DOI:10.1177/09636897251414206
PMID:41618712
|
综述 | 探讨异基因造血干细胞移植治疗慢性活动性EB病毒感染的现状与未来方向 | 通过单细胞测序和嵌合体研究证实EB病毒感染造血干细胞是CAEBV的“种子”细胞,强调allo-HSCT是唯一能根除病毒库并恢复免疫的治愈性疗法 | 移植时机、供者匹配、预处理强度及移植相关并发症对长期预后有显著影响,临床决策需高度个体化 | 为CAEBV患者提供基于allo-HSCT的综合治疗策略,并展望未来降低移植死亡率及改善生存结局的途径 | 慢性活动性EB病毒感染患者 | 机器学习 | EB病毒感染 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 2968 | 2026-06-07 |
Pathogenomic analysis reveals clinically relevant epithelial-mesenchymal plasticity in esophageal squamous cell carcinoma
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.125381
PMID:41608573
|
研究论文 | 通过整合病理图像、批量RNA测序、单细胞和空间转录组学数据,揭示了食管鳞状细胞癌中与临床相关的上皮间质可塑性 | 首次揭示上皮间质转化在食管鳞状细胞癌中的三种宏观状态及其空间分布,并通过病理图像深度学习模型预测基因空间表达分布,提出靶向干预新策略 | 未明确提及研究局限性,但可能涉及样本量有限或模型临床验证不充分 | 研究食管鳞状细胞癌中上皮间质转化的机制、异质性及临床诊断与干预策略 | 食管鳞状细胞癌患者肿瘤组织样本及相关基因、细胞类型 | 数字病理学 | 食管癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | 深度学习模型(基于病理图像) | 病理图像、批量RNA测序数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,可能涉及多个ESCC患者样本 | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 2969 | 2026-06-07 |
Targeting CDC42 Protects Mitochondrial Function through KLF2/HIF-1α/PINK1 Signaling in Acute Kidney Injury
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.125930
PMID:41608633
|
研究论文 | 本研究揭示CDC42通过KLF2/HIF-1α/PINK1信号通路保护线粒体功能在急性肾损伤中的作用 | 首次发现CDC42在急性肾损伤中的关键作用,并阐明其通过KLF2/HIF-1α/PINK1转录级联调控线粒体自噬和氧化应激的新机制 | 未明确提及具体局限性,可能包括临床转化验证不足或样本量有限 | 探索CDC42在急性肾损伤中的功能及其分子机制,为治疗提供新靶点 | 肾小管上皮细胞(RTECs)及小鼠急性肾损伤模型(顺铂和缺血再灌注诱导) | 机器学习 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),转录组分析,ChIP实验,双荧光素酶报告基因实验 | NA | 单细胞基因表达数据,转录组数据 | 人类scRNA-seq数据集(未具体说明数量);小鼠模型(顺铂和缺血再灌注诱导组) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 2970 | 2026-06-06 |
T cell populations are negatively correlated with natural killer and macrophage cell populations in aspirate samples of peripheral lymphadenopathies
2026-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2026.2624191
PMID:41606824
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序对结核病患者肉芽肿性淋巴结进行细胞和通讯网络分析 | 首次通过细针抽吸物的单细胞RNA测序描述结核肉芽肿性淋巴结的细胞组成和通讯网络,并发现T细胞与NK细胞及巨噬细胞/树突状细胞群呈负相关关系,且可检测到结核分枝杆菌RNA并识别单个感染细胞 | NA | 描述结核病患者肉芽肿性淋巴结的细胞类型和通讯网络特征 | 结核病患者的外周淋巴结细针抽吸样本 | 单细胞组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 19名结核病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2971 | 2026-06-06 |
Identification of key driver genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension by single-cell RNA sequencing and experimental validation
2026-07-09, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153869
PMID:42068750
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序与实验验证,鉴定特发性肺动脉高压的关键驱动基因 | 整合单细胞RNA测序分析与体内外验证,首次发现COL1A1、MYL9、COL1A2和TPM2四个枢纽基因在IPAH中显著上调,并验证了其沉默可抑制PASMC增殖和迁移 | 未提及 | 鉴定特发性肺动脉高压中驱动肺动脉平滑肌细胞异常增殖和迁移的关键基因 | 特发性肺动脉高压患者及单侧气肿诱导的PAH大鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | IPAH患者样本(具体数量未提及)及MCT诱导的PAH大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | GSE169471数据集来自Gene Expression Omnibus |
| 2972 | 2026-06-06 |
Integrated single-cell transcriptomics and in vivo investigation reveal the role of ANXA1 in intestinal barrier dysfunction during heat stroke by mediating neutrophil-monocyte interaction and regulating the TLR4/ERK/NF-κB pathway
2026-07-09, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153873
PMID:42070539
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学与体内实验,揭示ANXA1在中暑引起的肠屏障功能障碍中通过调控中性粒细胞-单核细胞相互作用及TLR4/ERK/NF-κB通路的作用 | 首次结合单细胞转录组学与体内实验阐明ANXA1-FPR2轴在中暑肠屏障功能障碍中的保护机制,发现中性粒细胞-单核细胞相互作用的关键角色 | 未提及研究局限性 | 探究ANXA1在中暑诱导的肠屏障功能障碍中的作用机制 | 中暑患者和炎症性肠病患者的结肠组织细胞,以及中暑小鼠模型 | 生物信息学 | 中暑 | 单细胞RNA测序, 组织染色, 流式细胞术, ELISA, 蛋白印迹, 免疫荧光共定位 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 蛋白表达数据 | 中暑患者与健康对照的单细胞RNA测序数据,以及小鼠结肠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2973 | 2026-06-06 |
Dissecting Pirtobrutinib Resistance in Mantle Cell Lymphoma Through Single-Cell Multi-Omics
2026-Jul, American journal of hematology
IF:10.1Q1
DOI:10.1002/ajh.70304
PMID:41998849
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示套细胞淋巴瘤中Pirtobrutinib耐药的分子机制 | 首次通过整合单细胞RNA-seq、ATAC-seq和DNA-seq的多组学分析,揭示了PBN耐药的遗传和非遗传双重机制,并识别出黏连蛋白复合体核心成分RAD21和SMC3作为潜在治疗靶点 | 未明确说明 | 阐明Pirtobrutinib在套细胞淋巴瘤中产生耐药的分子动态机制 | 套细胞淋巴瘤患者的纵向样本 | 单细胞多组学 | 套细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞DNA-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据, DNA测序数据 | 套细胞淋巴瘤患者纵向样本(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞DNA-seq | NA | NA |
| 2974 | 2026-06-06 |
Integrated single-cell multi-omics analysis identifies fibroblast-like smooth muscle cells as a key driving phenotypic switching during aortic aneurysm progression
2026-Jul, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2026.05.006
PMID:42140576
|
研究论文 | 整合单细胞多组学分析发现成纤维细胞样平滑肌细胞是驱动主动脉瘤进展中表型转换的关键细胞 | 首次通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,系统鉴定出成纤维细胞样平滑肌细胞作为祖细胞样群体,并通过KAT5介导的代谢-表观遗传调控轴驱动主动脉瘤中平滑肌细胞表型转换 | 研究主要基于人主动脉组织样本的体外和动物模型验证,可能无法完全模拟体内复杂微环境,且样本量有限 | 探索主动脉瘤进展中平滑肌细胞的异质性和表型转换的调控机制 | 健康和主动脉瘤患者的人主动脉组织,以及人主动脉平滑肌细胞 | 机器学习 | 主动脉瘤 | scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫荧光染色, 动物模型, 体外实验 | 轨迹推断模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 人主动脉组织样本(健康与患病)及多种细胞亚群 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序和单细胞ATAC测序 |
| 2975 | 2026-06-06 |
Spatial transcriptomics and multi-omics approach to decipher age-related tissue microenvironments and therapeutics in neurodegeneration and aging
2026-Jul, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2026.103189
PMID:42214504
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在解析年龄相关的神经退行性疾病组织微环境中的应用 | 强调空间转录组学作为连接分子发现与临床应用的桥梁技术,整合多组学与临床影像建立综合特征,用于早期疾病检测和患者分层 | 未明确讨论技术局限性,但提及衰老特异性挑战 | 探讨空间转录组学在揭示衰老相关病理机制和开发精准治疗干预中的应用 | 年龄相关的神经退行性病变和小胶质细胞微环境 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2976 | 2026-06-06 |
Benzene-induced myelosuppression confers a survival advantage to hematopoietic progenitors: Single-cell analysis of malignant transformation dynamics in a murine model
2026-07-01, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2026.142337
PMID:42139775
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析苯诱导小鼠骨髓抑制向恶性转化的动态过程 | 首次通过单细胞分析揭示苯诱导骨髓抑制向白血病转化的关键时间窗及S100a8/S100a9相关转录程序作为早期分子特征 | 未在文献中明确提及 | 解析苯诱导骨髓抑制向快速恶性转化的演变机制 | Mll-Af9嵌合体小鼠模型及苯暴露后的造血干细胞/祖细胞 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Mll-Af9嵌合体小鼠经慢性苯吸入暴露,具体样本量未详述 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2977 | 2026-06-06 |
Integrating Single-Cell Sequencing and Proteomics to Unravel Stem Cell Heterogeneity: Implications for Precision Regenerative Medicine
2026-Jul, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-026-11116-6
PMID:41951880
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2978 | 2026-06-06 |
Machine Learning-Based Identification of Molecular Signatures in PTOA Cell Subtypes via Single-Cell Transcriptomics in a Mouse Model
2026-Jul, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-026-11121-9
PMID:41979832
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2979 | 2026-06-06 |
Hypoplastic Left Heart Syndrome Cardiomyocytes Exhibit Intrinsic Stress Vulnerabilities and Augmented Stress Responses in vitro
2026-Jul, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-026-11127-3
PMID:42089915
|
研究论文 | 该论文研究了左心发育不全综合征(HLHS)心肌细胞在体外表现出的内在应激脆弱性和增强的应激反应 | 首次通过单细胞RNA测序和功能分析,揭示HLHS患者诱导多能干细胞来源的心肌细胞在转录水平上的内在脆弱性和对特定应激源的敏感性增强,为理解基因-环境相互作用在HLHS发病机制中的角色提供了新见解 | 研究仅基于体外模型(hiPSC-CMs),可能无法完全复制体内复杂的微环境;且样本量有限,可能限制结果的普遍性 | 识别HLHS患者与健康对照者心肌细胞之间的分子和功能差异,以揭示可能导致HLHS表型的潜在脆弱性 | 来自HLHS患者和健康对照者的诱导多能干细胞来源的心肌细胞(hiPSC-CMs) | 数字病理学 | 先天性心脏病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | HLHS患者和健康对照者的诱导多能干细胞来源的心肌细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 2980 | 2026-06-06 |
TREM1+ Neutrophils Determine Immunosuppressive Microenvironment and Immunotherapy Response in Hepatocellular Carcinoma
2026-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70726
PMID:42244441
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和质谱流式技术,揭示TREM1+中性粒细胞在肝细胞癌中驱动免疫抑制微环境并影响免疫治疗反应 | 首次确定TREM1+中性粒细胞亚群在肝细胞癌中作为关键免疫抑制细胞,通过CyTOF全面表征其功能表型,并证明靶向TREM1可增强抗PD-1抗体疗效 | 未在更大样本量或不同种族人群中验证,且TREM1抑制剂VJDT的具体作用机制需进一步阐明 | 识别驱动肝细胞癌进展的关键中性粒细胞亚群并探索其免疫治疗潜力 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的中性粒细胞亚群,特别是TREM1+中性粒细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | NA | 单细胞基因表达数据, 蛋白质组学数据 | 肝细胞癌患者队列(具体数量未在摘要中提及) | Fluidigm, 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | 10x Chromium, CyTOF | 10x Chromium用于scRNA-seq, CyTOF用于质谱流式分析 |