单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 5229 篇文献,本页显示第 2921 - 2940 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
2921 2026-03-16
Unraveling the VEGF-ETS1 axis: a transcriptomic and single-cell analysis of angiogenesis in endometriosis
2026-Mar, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2
研究论文 本研究通过整合bulk和单细胞转录组数据分析,揭示了VEGF-ETS1轴在子宫内膜异位症病理血管生成中的核心驱动作用 首次通过单细胞RNA测序技术识别ETS1作为子宫内膜异位症中内皮细胞的关键转录调节因子,并阐明其通过放大VEGF信号通路促进血管生成的机制 研究主要基于转录组数据分析,缺乏体内功能验证实验,且样本来源和数量可能限制结论的普适性 探究子宫内膜异位症中病理血管重塑的转录机制,识别关键调控因子和治疗靶点 子宫内膜异位症患者的病变组织,特别是卵巢子宫内膜异位囊肿,以及其中的内皮细胞和巨噬细胞 数字病理学 子宫内膜异位症 单细胞RNA测序,bulk转录组分析,功能富集分析,伪时间分析 NA 转录组数据,单细胞RNA测序数据 三个独立转录组数据集和两个验证队列,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
2922 2026-03-16
The proliferative Scissor+ gene signature model uncovers the ISG15-KPNA2 axis as a critical driver of malignancy in ccRCC
2026-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,识别了ccRCC中的增殖性细胞亚群,构建了一个基于11个基因的预后模型,并揭示了ISG15通过泛素-蛋白酶体途径调控KPNA2稳定性从而驱动ccRCC恶性进展的新机制 首次在ccRCC中应用Scissor算法识别与表型相关的增殖性恶性亚群,并构建了一个基于机器学习的稳健预后模型,同时发现了ISG15-KPNA2轴作为ccRCC恶性进展的关键驱动因子 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏大规模前瞻性临床队列验证,且未深入探讨ISG15-KPNA2轴在肿瘤微环境中的细胞间相互作用 阐明透明细胞肾细胞癌中增殖性细胞亚群的转录特征及其临床意义,并探索关键驱动基因的分子机制 透明细胞肾细胞癌患者样本、细胞系及小鼠异种移植模型 生物信息学与癌症生物学 肾细胞癌 单细胞RNA测序、批量转录组测序、机器学习算法、功能验证实验(CCK-8、克隆形成、伤口愈合、Transwell、免疫共沉淀、免疫荧光、泛素化分析) Lasso+plsRcox模型及117种机器学习算法 单细胞RNA-seq数据、批量转录组数据 整合了GSE156632(单细胞RNA-seq)、TCGA-KIRC、EMTAB1980和CPTAC等多个队列的数据 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2923 2026-03-16
PDE4B deficiency aids macrophage differentiation and contributes to Cryptococcus neoformans brain infection
2026-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1
研究论文 本研究揭示了磷酸二酯酶4B(PDE4B)在调控巨噬细胞功能编程中的作用,并支持巨噬细胞介导的新型隐球菌脑部感染机制 首次通过单细胞RNA测序在隐球菌脑膜炎小鼠模型中鉴定出PDE4B是调控感染相关巨噬细胞功能的关键候选调节因子,并阐明了其通过cAMP/PKA信号通路影响巨噬细胞迁移和穿越血脑屏障能力的机制 研究主要在动物模型和体外实验中进行,其结论在人类患者中的直接适用性尚需进一步验证 探究隐球菌脑膜炎中巨噬细胞作为“特洛伊木马”介导新型隐球菌入侵大脑的分子机制 新型隐球菌感染的小鼠模型及其脑部浸润的免疫细胞,特别是巨噬细胞 数字病理学 隐球菌脑膜炎 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2924 2026-03-16
Non-Coding Regulatory Variants in Autoimmune Disease: Biological Mechanisms, Immune Context, and Integrative Multi-Omics Interpretation
2026-Feb-28, Biology
综述 本文综述了如何通过整合功能基因组学、单细胞分析、空间转录组学和多组学数据,解释自身免疫病中非编码调控变异的生物学机制和免疫背景 提出了从静态变异注释转向动态、情境感知的分析框架,强调在特定免疫细胞状态、激活轨迹或组织微环境中解读风险变异的上下文依赖性效应 NA 解释自身免疫病中非编码调控变异的生物学机制,并整合多组学数据进行功能解读 自身免疫病(如系统性红斑狼疮和类风湿关节炎)中的非编码调控变异 自然语言处理 自身免疫病 功能基因组学、单细胞分析、空间转录组学、多组学整合 机器学习 多组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
2925 2026-03-16
Integrative transcriptomic and machine learning framework reveals candidate genes and potential mechanisms of aflatoxin B1 exposure in breast cancer
2026-Feb-13, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过整合转录组学和机器学习框架,揭示了黄曲霉毒素B1暴露在乳腺癌中的候选基因和潜在机制 采用多组学评估(包括转录组分析、共表达网络建模、免疫景观分析、转录因子调控映射、空间和单细胞转录组学)结合机器学习管道,识别了AFB1暴露与乳腺癌相关的关键基因和生物标志物 未明确提及样本大小或实验验证细节,可能依赖于计算分析,需要进一步实验验证机制 研究黄曲霉毒素B1如何影响乳腺癌肿瘤生物学,揭示其致癌潜力的分子途径 乳腺癌相关基因和生物标志物,特别是AFB1暴露下的转录组变化 机器学习 乳腺癌 转录组分析、共表达网络建模(WGCNA)、免疫景观分析、转录因子调控映射、空间转录组学、单细胞转录组学 glmBoost, StepGLM, SHAP 转录组数据 NA NA 单细胞转录组学, 空间转录组学 NA NA
2926 2026-03-16
A novel nanotherapeutic strategy: rescuing nucleus pulposus cells from fatty acid metabolic disorder and pyroptosis through ACOT13 by Chinese herbal formula nanoparticles
2026-Feb-08, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1
研究论文 本研究探讨了脂肪酸代谢在椎间盘退变中的作用,并开发了一种基于中药配方的自组装纳米颗粒,通过靶向ACOT13来改善代谢紊乱和抑制细胞焦亡,从而缓解椎间盘退变 从脂肪酸代谢角度揭示了椎间盘退变的新机制,并首次开发了基于中药配方的自组装纳米颗粒作为靶向治疗策略 NA 探究椎间盘退变的病理机制并开发一种新的纳米治疗策略 椎间盘髓核细胞 数字病理学 椎间盘退变 单细胞测序,多组学分析,分子动力学模拟 NA 测序数据,模拟数据 临床样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2927 2026-03-16
ShinySC: An R/Shiny-based desktop application for seamless analysis of scRNA-Seq data
2026-Feb, Biomedical journal IF:4.1Q2
研究论文 本文介绍了一个名为ShinySC的基于R/Shiny的桌面应用程序,旨在通过直观的图形界面简化单细胞RNA测序数据的全面分析 开发了一个统一的、用户友好的、可扩展的平台,支持多种数据格式,集成了多种自动细胞类型注释方法(包括基于参考、基于标记和基于GPT的方法),并允许并排比较和手动标签细化 分析性能受标准桌面系统硬件限制(例如,在64GB RAM的系统中,对包含多达200,000个细胞的数据集表现稳健),分析时长取决于具体任务和注释方法 为没有编程专业知识的临床医生和研究人员提供一个易于访问的单细胞RNA测序数据分析平台 单细胞RNA测序数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 演示分析使用了PBMC和干扰素刺激数据集,基准测试表明可处理多达200,000个细胞的数据集 10x Genomics, BD Biosciences 单细胞RNA-seq 10x Chromium, BD Rhapsody 支持10x Genomics、BD Rhapsody等多种单细胞测序平台的数据格式
2928 2026-03-16
Elucidating the mechanistic association of xylene inducing non-small cell lung cancer through network toxicology and molecular docking analysis
2026, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 本研究结合网络毒理学和分子对接分析,探讨二甲苯暴露与非小细胞肺癌(NSCLC)发生之间的潜在分子机制 首次整合网络毒理学、分子对接与单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,系统揭示二甲苯异构体通过影响核心靶点基因(IL1A、H3C13、ITGAM、CCR5、COMT)及相关信号通路(如PI3K-Akt)促进NSCLC发展的分子机制 研究主要基于生物信息学分析和体外分子对接模拟,缺乏体内实验或临床样本验证,且二甲苯暴露剂量与基因表达变化的定量关系尚未明确 阐明环境二甲苯暴露与非小细胞肺癌(NSCLC)发生之间的分子关联机制 二甲苯异构体(邻二甲苯、间二甲苯、对二甲苯)及其潜在作用靶点基因与信号通路 计算毒理学 肺癌 网络毒理学分析、分子对接模拟、单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析 分子对接模型、蛋白-配体相互作用模型 基因表达数据、蛋白质结构数据、化合物-靶点相互作用数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2929 2026-03-16
From genes to diagnosis: The impact of UNC5B and DOK5 in intracranial aneurysm detection and pathogenesis
2026, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 本研究通过整合机器学习、免疫浸润分析和单基因测序,探讨UNC5B和DOK5基因在颅内动脉瘤检测和发病机制中的作用 首次结合机器学习算法(LASSO、随机森林、SVM-RFE)识别UNC5B和DOK5作为颅内动脉瘤的潜在诊断生物标志物,并通过免疫细胞浸润和单细胞测序分析揭示其与M1巨噬细胞和成纤维细胞的关联 研究基于微阵列数据,样本来源和数量未明确说明,可能影响结果的普遍性;外部验证数据集的具体细节未详细描述 识别颅内动脉瘤的诊断和治疗相关基因,并阐明其发病机制 颅内动脉瘤患者和健康对照的基因表达数据 机器学习 颅内动脉瘤 单基因测序、微阵列分析 LASSO、随机森林、SVM-RFE 基因表达数据 NA NA 单基因测序 NA NA
2930 2026-03-15
Tanreqing injection regulates Sema7a/Plxnc1 signaling pathway mediated neutrophil extracellular trap formation to alleviate lipopolysaccharide-induced acute lung injury
2026-May-23, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究探讨了痰热清注射液通过调节Sema7a/Plxnc1信号通路介导的中性粒细胞胞外诱捕网形成,以减轻脂多糖诱导的急性肺损伤 首次揭示了痰热清注射液通过抑制Sema7a/Plxnc1信号通路来减少中性粒细胞胞外诱捕网形成,从而缓解急性肺损伤的分子机制 研究主要基于大鼠模型和体外实验,其结论在人体中的适用性尚需进一步临床验证 评估痰热清注射液对急性肺损伤的治疗效果并阐明其分子机制 脂多糖诱导的急性肺损伤大鼠模型 药理学与分子生物学 急性肺损伤 超高效液相色谱-四极杆-电喷雾质谱、代谢组学、RNA测序、单细胞测序、分子对接 NA 代谢组学数据、转录组数据、单细胞数据 NA NA 单细胞测序、RNA测序 NA NA
2931 2026-03-15
The co-action mechanism of agreement prescription "homotherapy for heteropathy" against esophageal, head and neck cancer, and lung cancer: network pharmacology, bioinformatics analysis, and experimental validation
2026-May-23, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过网络药理学、生物信息学分析和实验验证,探讨了协定处方“异病同治”治疗食管癌、头颈癌和肺癌的共同靶点与分子机制 首次整合网络药理学、生物信息学(包括单细胞转录组学)和体内外实验,系统揭示了“异病同治”协定处方在多种癌症中的共同作用靶点(如CCR7、VEGFA)和PI3K-AKT通路机制 研究主要基于数据库分析和实验模型,未涉及临床患者数据,且具体处方成分未明确列出,可能影响结果的普适性 探索中医“异病同治”协定处方治疗食管癌、头颈癌和肺癌的共同分子靶点与作用机制 协定处方的活性成分、癌症相关基因、PI3K-AKT信号通路、以及食管癌、头颈癌和肺癌的细胞与动物模型 生物信息学 肺癌 网络药理学、生物信息学分析、分子对接、单细胞转录组学、体内外实验 NA 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、转录组数据 未明确样本数量,但使用了TCGA/UALCAN数据库的泛癌数据及实验模型 NA 单细胞转录组学 NA NA
2932 2026-03-15
From Single-Cell Clusters to Causality: ITCH Engagement for CKD Uncovered by Integrative Analysis of MR and MAGMA
2026-Mar-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 本研究通过整合人类肾脏单细胞RNA测序数据与遗传关联及因果推断框架,识别并验证了ITCH作为慢性肾脏病(CKD)的潜在易感基因 采用供体感知的伪批量策略缓解单细胞数据中的假重复问题,并整合转录组差异表达、孟德尔随机化(MR)和MAGMA基因水平关联分析等多层证据,首次将ITCH确立为CKD的高置信度候选基因 研究主要基于已有数据集和计算模拟,实验验证仅在动物模型中进行,尚未在人体中进行功能验证;药物预测部分为假设生成性质,需后续实验测试 识别慢性肾脏病(CKD)的潜在分子靶点 人类肾脏组织、实验性肾损伤模型 生物信息学 慢性肾脏病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)、MAGMA基因关联分析、免疫组织化学、分子对接、分子动力学模拟 NA 单细胞转录组数据、GWAS汇总统计数据、图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2933 2026-03-15
Multistep genomics on single cells and live cultures in subnanoliter capsules
2026-Mar-12, Science (New York, N.Y.)
研究论文 本研究开发了一种名为CAGEs的亚纳升胶囊,用于实现单细胞的高通量多步基因组学分析,结合活细胞培养与全基因组读数 CAGEs胶囊通过两亲性凝胶包膜选择性保留细胞和大分析物,同时允许培养基、酶和试剂自由进入,从而首次实现了高通量多步活细胞分析与基因组学测量的结合 未在摘要中明确提及具体限制 开发一种能够支持高通量多步基因组学分析的单细胞技术,扩展单细胞高通量测量的范围至活细胞分析 单细胞和活细胞培养 基因组学 NA 单细胞测序,全基因组读数 NA 转录组数据 数万个扩展克隆的转录组 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2934 2026-03-15
Defining subcellular synovial responses in TMJ osteoarthritis onset via mechanical stress and articular disk derangement models
2026-Mar-12, International journal of oral science IF:10.8Q1
研究论文 本研究通过整合亚细胞空间转录组学和单细胞RNA测序技术,在小鼠模型中探索颞下颌关节骨关节炎(TMJ-OA)发病机制中滑膜对机械和炎症刺激的分子响应 首次结合亚细胞空间转录组学和单细胞RNA测序技术,在机械应力和关节盘紊乱模型中系统分析滑膜的分子变化,揭示了与脂肪生成、纤维化和巨噬细胞激活相关的关键通路 研究基于小鼠模型,结果可能无法完全反映人类TMJ-OA的复杂性;样本量未明确说明,可能影响统计效力 探究TMJ-OA发病机制中滑膜对机械和炎症刺激的分子响应,为靶向治疗策略提供基础 小鼠颞下颌关节滑膜组织 数字病理学 颞下颌关节骨关节炎 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
2935 2026-03-15
Multi-omics study on tumor-associated macrophages remodeling the tumor microenvironment via the CXCL5-CXCR2 axis to drive immune escape in bladder cancer
2026-Mar-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究通过多组学方法探讨了肿瘤相关巨噬细胞通过CXCL5-CXCR2轴重塑膀胱癌肿瘤微环境以驱动免疫逃逸的机制 从肿瘤微环境视角出发,首次系统揭示了CXCL5+ TAMs与FOLR2+ TAMs在膀胱癌预后和免疫治疗反应中的不同作用,并发现了CXCL5-CXCR2-NF-κB轴在促进免疫抑制和肿瘤进展中的关键功能 研究主要基于体外和动物模型,临床样本验证有限,且未涉及其他潜在信号通路的交叉作用 探究膀胱癌中肿瘤相关巨噬细胞与肿瘤细胞相互作用的机制及其对免疫治疗疗效的影响 膀胱癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、小鼠异种移植模型 单细胞组学 膀胱癌 单细胞测序、批量测序、靶向代谢组学测序 共培养模型、异种移植模型、尾静脉转移模型 单细胞RNA-seq数据、批量RNA-seq数据、代谢组学数据 未明确说明具体样本数量,涉及体外细胞培养和动物模型 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 代谢组学 NA NA
2936 2026-03-15
Single-cell proteomics reveal lesion-specific aberrant T cells and immunological profiles in Mycosis Fungoides
2026-Mar-11, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞蛋白质组学技术,揭示了蕈样肉芽肿(MF)中病变特异性异常T细胞及免疫微环境的特征 首次利用质谱流式细胞术结合公共单细胞RNA-seq数据,系统分析了MF不同病变阶段(斑片与肿瘤)的异常T细胞和免疫细胞组成,并关联临床预后 研究样本量有限,且主要依赖回顾性数据,未来需扩大队列验证 探究MF病变特异性免疫异质性及其与疾病严重程度的关系 MF皮肤病变中的异常T细胞和肿瘤微环境免疫细胞 单细胞蛋白质组学 皮肤T细胞淋巴瘤 质谱流式细胞术,单细胞RNA-seq NA 蛋白质表达数据,RNA-seq数据 未明确样本数量,但涉及MF皮肤病变组织 NA 单细胞蛋白质组学,单细胞RNA-seq NA NA
2937 2026-03-15
Metabolic reprogramming by baicalein disrupts fibroblast-macrophage crosstalk in idiopathic pulmonary fibrosis
2026-Mar-10, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了黄芩素通过抑制成纤维细胞和巨噬细胞的糖酵解,破坏两者间的代谢串扰,从而减轻特发性肺纤维化的分子机制 首次发现黄芩素能同时靶向成纤维细胞和巨噬细胞的糖酵解通路,并揭示了一种新的代谢-细胞间信号轴在肺纤维化中的作用 研究基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证;单细胞测序数据可能受样本量和技术限制 探究黄芩素在特发性肺纤维化中的治疗机制及细胞特异性效应 博来霉素诱导的小鼠特发性肺纤维化模型中的肺组织细胞 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量的小鼠肺组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2938 2026-03-15
Single-cell RNA sequencing reveals the neuronal transcriptional differentiation program associated with ferroptosis-related heterogeneity in human hepatoblastoma
2026-Mar-07, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人肝母细胞瘤中与铁死亡相关异质性相关的神经元转录分化程序 首次在单细胞水平上结合铁死亡相关转录程序分析肝母细胞瘤的肿瘤异质性,并揭示了神经元肿瘤细胞中铁死亡程序的特定激活模式 研究依赖于公开数据集,样本量有限,且主要基于转录组数据,缺乏功能验证实验 探究肝母细胞瘤中铁死亡相关转录程序的失调及其与肿瘤异质性和神经元分化的关联 人肝母细胞瘤肿瘤样本、患者来源的异种移植模型及正常肝脏组织 数字病理学 肝母细胞瘤 单细胞RNA测序、批量转录组分析 监督学习方法、Slingshot伪时间轨迹分析 转录组数据 两个独立队列的批量转录组数据(GSE131329和GSE104766)及单细胞RNA测序数据(GSE180665,包含正常肝脏、异种移植模型和肿瘤样本) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2939 2026-03-15
Amino acid metabolism-related model for prognosis and immunity in gastric cancer
2026-Mar-05, Amino acids IF:3.0Q3
研究论文 本研究构建了一个基于氨基酸代谢相关基因的胃癌预后模型,并探讨了其与免疫细胞浸润的关联 系统性地研究了胃癌中的氨基酸代谢重编程,构建了一个包含16个关键基因的预后模型,并通过单细胞RNA-seq数据集揭示了8个枢纽基因与免疫细胞的关联 研究主要基于公共数据库(TCGA和GEO)的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床研究验证 系统研究胃癌中的氨基酸代谢重编程,构建预后模型并验证其预测价值,以指导临床决策 胃癌细胞及肿瘤组织 生物信息学 胃癌 PCR, scRNA-seq, 生物信息学分析(GO, GSEA, GSVA, PPI网络) 预后模型 基因表达数据(RNA-seq, scRNA-seq) 基于TCGA和GEO数据库的胃癌样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2940 2026-03-15
Identification and validation of lymphangiogenesis-related genes for predicting acute myeloid leukemia prognosis: insights from bulk RNA sequencing and single-cell RNA sequencing analyses
2026-Mar-02, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
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