单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 5215 篇文献,本页显示第 261 - 280 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
261 2026-05-12
Single-nucleus transcriptome profiling unveils cell-type-specific ethylene and TOR signaling in tomato
2026-May, Horticulture research IF:7.6Q1
研究论文 利用单核转录组图谱解析番茄黄化过程中细胞类型特异的乙烯和TOR信号调控机制 首次在单核分辨率下整合乙烯和TOR信号通路对番茄黄化过程的调控,并鉴定出表皮细胞中JA1转录因子作为乙烯负调控因子 未在摘要中说明实验重复次数或统计验证的详细方法 阐明番茄黄化过程中乙烯和TOR信号通路的细胞类型特异性调控机制 番茄幼苗的黄化顶钩和下胚轴组织 植物单细胞转录组学 NA 单核RNA测序(snRNA-seq) NA 单核转录组表达谱 117,929个细胞核,来自三种处理(ACC、Torin2、对照)的顶钩和下胚轴组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
262 2026-05-12
Ginsenosides exhibit potential therapeutic potential in photoaging by regulating keratinocyte ferroptosis
2026-May, Journal of ginseng research IF:6.8Q1
研究论文 本研究探讨人参皂苷通过调节角质细胞铁死亡来缓解皮肤光老化的潜在治疗机制 首次通过单细胞RNA测序揭示UVB照射后角质细胞铁死亡信号变化,并发现人参皂苷C-K和C-Mc靶向铁死亡调节蛋白SLC7A11/GPX4轴和HMGB1表达的机制 尚未提及具体研究局限,但可能包含动物模型与人体差异、样本量有限、机制细节未完全阐明等 探索人参皂苷调节角质细胞铁死亡在皮肤光老化治疗中的作用机制 小鼠UVB照射后的皮肤组织及培养的角质细胞 分子生物学与皮肤药理学 皮肤光老化 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接、Western blot、RT-qPCR、斑马鱼胚胎毒性实验 NA(未明确使用特定深度学习模型) 基因表达数据 小鼠皮肤组织样本(具体数量未给出)及斑马鱼胚胎样本 NA(未明确平台公司) 单细胞RNA测序 NA(未明确具体平台或试剂盒) NA(未提供具体平台配置细节)
263 2026-05-12
Multi omics and mechanistic investigation reveals CBFB as a prognostic biomarker in gastric cancer
2026-Apr-30, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 该研究通过多组学分析发现CBFB是胃癌预后生物标志物,并探究其作用机制 首次系统性地利用多组学分析揭示CBFB在胃癌中的预后价值及功能机制,包括单细胞RNA测序和分子对接验证 未提及明显的局限性 探究CBFB在胃癌中的预后意义和潜在作用机制 胃癌患者的转录组数据及细胞样本 机器学习 胃癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接 CNN(机器学习) 基因表达数据, 单细胞转录组数据 未明确提及样本数量 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
264 2026-05-12
CSsingle: a unified tool for robust decomposition of bulk and spatial transcriptomic data across diverse single-cell references
2026-Apr-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 提出了统一框架CSsingle,鲁棒地从多种单细胞参考中解卷积bulk和空间转录组数据 引入细胞大小校正和跨平台数据整合,通过External RNA Controls Consortium (ERCC) spike-ins或计算估计器明确校正细胞类型特异性RNA含量差异 未明确讨论 准确解卷积bulk和空间转录组数据,以研究组织架构和疾病 bulk转录组和空间转录组数据 自然语言处理 肺癌 NA 重复加权最小二乘模型 转录组数据 NA NA bulk RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
265 2026-05-12
Systems genetics reveals ITIH5 as a key mediator of adipocyte-Endothelial crosstalk
2026-Apr-21, Molecular metabolism IF:7.0Q1
研究论文 使用系统遗传学方法揭示ITIH5作为脂肪细胞与内皮细胞交互的关键调节因子,影响脂肪组织稳态和全身代谢 通过无偏倚系统遗传学分析发现ITIH5在脂肪组织稳态和全身代谢中的中心调控作用,并结合急性重组蛋白处理、时空调控的脂肪细胞特异性过表达模型和空间转录组学揭示其通过调节内皮-免疫相互作用的机制 未明确提及具体限制,但可能包括动物模型向人类转化、不同饮食条件下的效应差异及潜在的混杂遗传因素 探索脂肪组织稳态的遗传调控机制,特别是ITIH5在脂肪细胞-内皮细胞交互和全身代谢中的作用 小鼠和人类脂肪组织、内皮细胞 系统遗传学 心血管疾病 RNA-seq NA 空间转录组学数据 未明确提供具体样本量,涉及小鼠模型和人类细胞实验 NA 空间转录组学 NA NA
266 2026-05-12
Mapping breast cancer lineage in radiation and immunotherapy using the REMAP mouse
2026-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍REMAP小鼠模型,用于在放射和免疫治疗中绘制乳腺癌谱系,揭示肿瘤进化、转移及治疗反应由可遗传的谱系程序调控 首次将诱导型CRISPR记录与MMTV-PyMT小鼠模型结合,实现体内乳腺肿瘤克隆谱系的高分辨率追踪,并揭示可遗传的EMT程序在转移和治疗反应中的作用 NA 研究放射与抗PD1免疫治疗联合作用下激素受体阳性乳腺癌的肿瘤进化、转移及肿瘤微环境重塑机制 REMAP小鼠模型中的激素受体阳性乳腺癌肿瘤及肿瘤微环境 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 REMAP小鼠模型中的多个肿瘤和转移灶样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'基因表达系统
267 2026-05-12
Distinct gene signatures of human intermuscular adipose tissue expansion visualized by spatial transcriptomics in mice
2026-Apr-17, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 通过空间转录组学揭示小鼠及人类肌间脂肪组织扩张的独特基因特征 首次结合人类大块转录组学与小鼠空间转录组学,跨物种比较揭示肌间脂肪组织扩张的局部化、上下文依赖性谱系转变机制,并鉴定到EBF2作为关键成脂转录因子 仅在小鼠模型中验证空间转录组数据,人类样本大块转录组缺乏空间分辨率;未完全解析人类与小鼠间物种特异性调控网络的差异 阐明肌间脂肪组织扩张的细胞组织及调控机制,以揭示其与心血管代谢疾病的关联 人类肌间脂肪组织样本及心血管代谢疾病模型的SAM小鼠肌间脂肪组织 空间转录组学 心血管代谢疾病 空间转录组学 NA 转录组数据 人类肌间脂肪组织样本(具体数量未提供)、SAM小鼠(具体数量未提供) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组学平台
268 2026-05-12
Serial Spatial Transcriptomics Reveal Divergent Routes to Therapy Resistance in Metastatic Breast Cancer
2026-Apr-15, Research square
研究论文 通过连续空间转录组学揭示四名转移性乳腺癌患者在长达3.5年的个性化治疗过程中产生的治疗耐药性差异路径 将概率主题建模与空间深度学习相结合,首次在患者层面系统解析了转移性乳腺癌中治疗耐药性的三种普遍原则(通路独立性、微环境重塑和代偿性信号)及其背后的具体分子机制 样本量较小(仅四名患者),可能限制了结果的普遍适用性;研究主要基于空间转录组学数据,未结合其他组学数据(如蛋白质组学)进行验证 探索转移性乳腺癌在治疗过程中如何通过复杂的空间异质性机制产生耐药性 四名转移性乳腺癌患者在不同治疗时间点获取的十份活检样本中的345,207个细胞 数字病理学 乳腺癌 空间转录组学 概率主题模型、空间深度学习 空间转录组数据 四名患者的十份活检样本,共计345,207个细胞 NA 空间转录组学 NA NA
269 2026-05-12
sigNATURE maps cohort-specific T-cell states to reproducible programs of ICI response
2026-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出sigNATURE框架,通过参考图谱映射方法增强免疫检查点抑制剂单细胞RNA-seq研究中T细胞生物标志物的可重复性 提出参考引导框架sigNATURE,将查询细胞映射到大型CD4和CD8 T细胞图谱,并在图谱对齐坐标系中评估已发布的免疫检查点抑制剂响应标志物,通过细胞级可识别性评分量化图谱支持度 基于两个独立队列(36例非小细胞肺癌和15例皮肤癌患者)验证,样本量和癌症类型有限 提高单细胞RNA-seq研究中免疫检查点抑制剂响应T细胞标志物的可重复性和跨队列可比性 免疫检查点抑制剂治疗患者的T细胞状态 自然语言处理 非小细胞肺癌, 皮肤癌 单细胞RNA测序 参考图谱映射 单细胞RNA-seq数据 36例非小细胞肺癌患者和15例皮肤癌患者(11例基底细胞癌和4例鳞状细胞癌) NA 单细胞RNA-seq NA NA
270 2026-05-12
Regional and Systemic Metabolic Remodeling Promotes Longevity by Bioengineered Yeast-Derived Lipids
2026-Apr-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 研究发现从基因工程改造的长寿酵母菌株中提取的脂质能延长果蝇寿命,揭示其通过改善肠道完整性、代谢重编程和肠道-脑通讯等机制促进健康衰老 首次发现来自基因改造长寿酵母的饮食脂质能跨物种延长果蝇寿命,结合重水探针受激拉曼散射显微镜、单核RNA测序和FLY-MAP代谢分析流程,系统揭示了脂质通过改善肠道上皮结构、重编程代谢及增强肠-脑通讯的多层次长寿机制 研究主要基于果蝇模型,酵母脂质在哺乳动物中的功效和安全性有待验证;脂质组成复杂,具体活性成分和作用靶点需进一步阐明 探究基因工程改造长寿酵母来源的饮食脂质对果蝇寿命的影响及其分子机制 果蝇(Drosophila)以及基因工程改造的长寿酵母菌株 机器学习 老年病 重水探针受激拉曼散射显微镜、单核RNA测序、拉曼光谱、脂质组学 NA 图像、文本、序列 未明确说明样本量,涉及果蝇肠道和脑组织的单核RNA测序及代谢成像 10x Genomics 单核RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 单核RNA测序
271 2026-05-12
MitoChontrol: Adaptive mitochondrial filtering for robust single-cell RNA sequencing quality control
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出MitoChontrol,一种基于细胞类型感知的概率框架,用于单细胞RNA测序质量控制中的线粒体过滤 采用高斯混合分布建模转录相干簇内的线粒体转录本比例,动态确定过滤阈值,避免固定百分比阈值的局限性 未提及具体限制 开发更稳健的自适应线粒体过滤方法,以改进单细胞RNA测序质量控制 受控扰动实验和胰腺导管腺癌单细胞数据集中的细胞群体 机器学习 胰腺癌 单细胞RNA测序 高斯混合模型 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
272 2026-05-12
Mass cytometry uncovers distinct blood myeloid phenotypes linked to clinical responses during gastric cancer chemoimmunotherapy
2026-Mar-31, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 利用质谱流式技术揭示胃癌化疗联合免疫治疗中与临床反应相关的外周血髓系细胞表型 首次通过高维度质谱流式技术动态监测胃癌患者化疗联合免疫治疗过程中外周血免疫细胞的变化,发现早期单核细胞升高与良好生存率相关 样本量较小(24例患者),且为回顾性分析,需要更大规模前瞻性研究验证 探索胃癌患者在帕博利珠单抗联合XELOX化疗方案治疗下外周血免疫细胞的动态变化及其与临床反应的关系 转移性胃癌患者的外周血免疫细胞和配对组织样本 免疫学 胃癌 质谱流式细胞术、单细胞RNA测序 NA 细胞数据、基因表达数据 24例胃癌患者在基线、一个周期XELOX化疗后、帕博利珠单抗添加18周后采集的外周血样本 NA 质谱流式细胞术、单细胞RNA测序 NA NA
273 2026-05-12
Identification of suicide brain transcriptomic signatures using meta-analysis of multiple cohorts
2026-Mar-31, Translational psychiatry IF:5.8Q1
研究论文 通过多个队列的荟萃分析鉴定自杀大脑转录组特征 整合了16个队列的公开死后大脑转录组数据集及一个国内队列,采用多种荟萃分析方法并结合细胞类型特异性表达反卷积,识别出与自杀相关的差异表达基因,突出了小胶质细胞、星形胶质细胞、免疫反应及长链非编码RNA的表观遗传调控机制 未提及具体限制 识别自杀行为的转录组生物标志物,为预防和治疗提供分子靶点 死后大脑样本的转录组数据 机器学习 精神疾病 RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序 荟萃分析 转录组数据 16个队列 NA 单细胞RNA测序 NA 多个技术平台,具体未指明
274 2026-05-12
Identification of biomarkers associated with endoplasmic reticulum stress-related cell death in osteoporosis based on bulk and single-cell transcriptomic analyses and experimental validation
2026-Mar-30, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 基于批量与单细胞转录组分析及实验验证,鉴定与骨质疏松中内质网应激相关细胞死亡有关的生物标志物 首次整合内质网应激和程序性细胞死亡相关基因,通过批量与单细胞转录组分析及实验验证,确定CAMKK2和DAPK3为骨质疏松的诊断生物标志物,并揭示其在骨髓间充质干细胞分化中的动态表达及细胞间相互作用 未提及具体局限性,可能包括样本量有限、缺乏大规模临床验证、以及生物标志物在更广泛人群中的适用性需进一步探索 鉴定与骨质疏松中内质网应激相关细胞死亡有关的诊断生物标志物,并探索其潜在机制 骨质疏松患者与对照组的批量转录组数据(GSE56815和GSE56814)及单细胞RNA测序数据(GSE147287) 机器学习 骨质疏松 批量RNA测序、单细胞RNA测序、逆转录定量聚合酶链反应 机器学习模型 基因表达数据、单细胞转录组数据 训练数据集GSE56815、验证数据集GSE56814、单细胞RNA测序数据集GSE147287,具体样本数未提供 NA 批量RNA测序、单细胞RNA测序 NA NA
275 2026-05-12
Targeting LAPTM5 enhances AML sensitivity to cytarabine through autophagy inhibition
2026-Mar-30, Cell death & disease IF:8.1Q1
原创研究论文 本研究通过分析AML患者单细胞RNA测序数据发现LAPTM5高表达与阿糖胞苷耐药相关,并证实靶向LAPTM5可通过抑制自噬增强AML细胞对阿糖胞苷的敏感性 首次揭示LAPTM5通过调控LAMP1/LAMP2转录促进溶酶体生成和自噬流,进而介导AML对阿糖胞苷耐药的新机制 具体样本量和体内实验模型细节未在摘要中说明 探究LAPTM5在AML对阿糖胞苷耐药中的作用机制及靶向治疗潜力 急性髓系白血病(AML)细胞及耐药细胞 数字病理学 急性髓系白血病 单细胞RNA测序 未明确 单细胞RNA测序数据 未明确 未明确 单细胞RNA-seq 未明确 公开的AML患者scRNA-seq数据
276 2026-05-12
The RASSF1C-HIF-1α axis drives macrophage lipid metabolism to promote pancreatic cancer
2026-Mar-30, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示RASSF1C-HIF-1α轴通过乳酸调控巨噬细胞脂质代谢促进胰腺癌进展的机制 首次阐明RASSF1C-HIF-1α轴通过乳酸介导的免疫代谢调控重塑肿瘤相关巨噬细胞功能,并揭示UFL1-IRF7 UFMylation修饰在其中的关键抑制作用 未提及 探究胰腺癌微环境中肿瘤相关巨噬细胞的作用机制及潜在治疗靶点 胰腺癌患者组织样本及肿瘤相关巨噬细胞 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组化 NA 图像,文本 20例人胰腺导管腺癌组织微阵列样本 10x Genomics 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium,10x Visium 10x Chromium Single Cell 3',10x Visium FFPE
277 2026-05-12
Bisphenol a exposure and major depressive disorder: an integrative analysis combining network toxicology, molecular docking, genetic epidemiology, and transcriptomic validation
2026-Mar-30, Translational psychiatry IF:5.8Q1
研究论文 整合网络毒理学、分子对接、遗传流行病学和转录组学验证分析双酚A暴露与重度抑郁症的关系 首次综合运用网络毒理学、基于汇总数据的孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接和实验验证等多维方法,系统揭示双酚A暴露导致重度抑郁症的分子机制 未提及具体局限性 探究双酚A暴露对重度抑郁症的潜在毒理学机制 双酚A暴露与重度抑郁症相关的分子靶点及因果机制 机器学习 重度抑郁症 网络毒理学, 分子对接, 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 表达数量性状位点分析, 批量RNA测序, 酶联免疫吸附测定, 定量实时聚合酶链反应 NA 基因表达数据, 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
278 2026-05-12
Antagonistic SMAD2/3 control of TIMP-1, VEGF-A, and hypoxia signaling in myofibroblasts shapes histotype-specific angiogenesis in lung cancer
2026-Mar-30, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 研究发现肺癌相关肌成纤维细胞中SMAD2/3对TIMP-1、VEGF-A和缺氧信号通路的拮抗调控决定了肺癌组织学亚型特异的血管生成模式 首次揭示了肿瘤相关肌成纤维细胞通过SMAD3依赖的TIMP-1和VEGF-A过量产生驱动肺腺癌血管生成,而鳞状细胞癌中SMAD2补偿性上调导致血管生成能力减弱 未明确提及研究的局限性 探究肿瘤相关肌成纤维细胞在非小细胞肺癌两种主要组织学亚型中调控血管生成的机制 肿瘤相关肌成纤维细胞、非小细胞肺癌患者样本、内皮细胞 machine learning lung cancer RNA-seq, scRNA-seq, 血管生成检测阵列, 遗传扰动 NA 转录组数据、血管生成功能数据 多个患者队列 NA bulk RNA-seq, scRNA-seq NA NA
279 2026-05-12
Spatial transcriptomics in the human adult ovary: insights into key signalling pathways during follicular atresia
2026-Mar-26, Human reproduction (Oxford, England)
研究论文 利用空间转录组学探究人类成年卵巢中卵泡闭锁期间WNT、TGFβ/BMP、NOTCH和HH等关键信号通路 首次应用空间转录组学技术研究人类卵巢卵泡闭锁,揭示了不同卵泡类型中关键信号通路的动态变化 研究基于跨性别男性捐赠者的卵巢组织,无法排除睾酮治疗对卵泡动力学的影响 阐明WNT、TGFβ/BMP、NOTCH和HH信号通路在人类成年卵巢卵泡闭锁进程中的作用 人类卵巢组织中的健康与不同闭锁阶段的小窦状卵泡 生物信息学 妇科疾病 空间转录组学、单分子荧光原位杂交 NA 空间转录组数据 6名捐赠者的16个卵巢组织区域,包含21个直径0.5-4毫米的小窦状卵泡 Resolve BioSciences 空间转录组学 Molecular Cartography平台 Resolve BioSciences Molecular Cartography平台,冷冻切片上多重单分子荧光原位杂交
280 2026-05-12
CXCR6+ T cells promote apoptosis and necroptosis in proximal tubules during AKI-to-CKD transition
2026-Mar-24, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究利用小鼠模型,整合批量及单细胞RNA测序与免疫组化和蛋白质分析,揭示了CXCR6+ T细胞在急性肾损伤向慢性肾脏病转化过程中通过促进近端肾小管凋亡和坏死性凋亡的作用机制 首次鉴定CXCR6+ T细胞作为免疫驱动肾小管细胞死亡的关键介质,并揭示CXCL16-CXCR6轴在适应不良修复中的作用 研究主要基于小鼠模型,人类中的验证有限 探索免疫浸润如何促进肾小管损伤和细胞死亡,特别是急性肾损伤向慢性肾脏病转化过程中的机制 近端肾小管细胞和T细胞(特别是CXCR6+ T细胞) 机器学习 肾脏疾病 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA 基因表达数据 小鼠模型样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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