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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
2701 2026-02-05
Advances and challenges in single-cell RNA sequencing data analysis: a comprehensive review
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文全面回顾了单细胞RNA测序数据分析的进展与挑战,包括预处理、注释工具和多模态整合等计算策略 综述了新兴的计算策略,如SCTransform和Harmony用于预处理与批次整合,基于transformer的注释工具scGPT和CellTypist,以及多模态整合方法,并提出了促进临床应用的路线图 临床转化仍受数据稀疏性、批次效应和缺乏标准化基准等挑战限制,且存在罕见患者来源克隆再识别的伦理风险 回顾单细胞RNA测序数据分析的进展与挑战,并促进其临床转化 单细胞RNA测序数据及其分析计算策略 自然语言处理 胶质母细胞瘤, 严重COVID-19 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 transformer, scGPT, CellTypist, scANVI 基因表达数据, 空间转录组数据, 表观遗传数据 超过100,000个细胞的队列, 预训练模型使用3,300万个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 10x Visium 10x Visium空间转录组平台
2702 2026-02-05
Advancing single-cell omics and cell-based therapeutics with quantum computing
2026-Jan-02, Nature reviews. Molecular cell biology
路线图文章 本文探讨了量子计算如何与单细胞组学技术结合,以克服计算瓶颈并推动细胞行为建模和细胞疗法的发展 提出了量子计算作为新型计算范式,用于解决单细胞分析中的计算挑战,并展示了其在细胞疗法中的潜在应用案例 NA 探索量子计算在单细胞组学和细胞疗法中的整合潜力,以生成变革性的细胞行为模型 单细胞和空间转录组学、多组学技术以及细胞群体 机器学习和计算生物学 NA 单细胞转录组学、空间转录组学、多组学技术 NA 单细胞组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 NA NA
2703 2026-02-05
AugGCL: Multimodal graph learning for spatial transcriptomics analysis with enhanced gene and morphological data
2026-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文提出了一种名为AugGCL的增强图卷积学习框架,用于空间转录组学分析,通过增强基因和形态学数据来改善空间结构解码和基因表达重建 AugGCL引入了邻域信息聚合机制,整合表达相似性和空间邻近性构建加权图和增强表达矩阵,同时采用双流加权图卷积网络联合建模基因特征和图像衍生形态信息,增强弱空间信号并锐化边界 NA 旨在解决空间转录组学中表达稀疏性、复杂组织结构和弱空间信号等挑战,以重建解剖学准确的空间域 人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠胚胎数据集 空间转录组学 乳腺癌 空间转录组学 图卷积网络(GCN) 基因表达数据和图像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
2704 2026-02-05
Single-cell multi-omics sequencing reveals the immunological disturbance underlying Kawasaki disease
2026, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术,揭示了川崎病中免疫细胞群的异质性及其潜在的免疫失调机制 首次在单细胞水平上整合多组学数据(scRNA-seq和scATAC-seq)系统描绘川崎病的免疫细胞异质性和染色质可及性变化,并识别出与静脉注射免疫球蛋白耐药相关的特定NK细胞亚群 样本量较小(仅2名川崎病患儿和2名健康对照),且为横断面研究,无法评估疾病进程中的动态变化 阐明川崎病的免疫失调细胞异质性和调控机制 川崎病患儿和健康对照儿童的外周血单个核细胞 单细胞多组学 川崎病 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 NA 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 4例样本(2名川崎病患儿,2名年龄匹配的健康对照儿童) NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞多组学 NA NA
2705 2026-02-05
Hypoxia-Induced Osteopontin-Positive Glioma-Associated Macrophages Facilitate Glioma Mesenchymal Transition via NF-κB Pathway Activation
2026, Cancer communications (London, England)
研究论文 本研究揭示了缺氧诱导的骨桥蛋白阳性胶质瘤相关巨噬细胞通过NF-κB通路促进胶质母细胞瘤间质转化的机制 首次发现缺氧通过H3K4me3-WDR5表观遗传轴诱导巨噬细胞表达骨桥蛋白,并阐明这些OPN阳性GAMs通过分泌OPN激活CD44/NF-κB/PD-L1通路促进胶质瘤间质转化 研究主要基于体外和动物模型,临床样本验证相对有限,且未深入探讨其他缺氧相关因子在GAMs调控中的作用 阐明缺氧条件下胶质瘤相关巨噬细胞促进胶质母细胞瘤进展的分子机制 胶质母细胞瘤细胞、胶质瘤相关巨噬细胞、临床胶质瘤样本 数字病理学 胶质母细胞瘤 转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组分析、染色质免疫沉淀、实时定量PCR、Western印迹、免疫荧光 NA RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质印迹数据、免疫荧光图像 未明确说明具体样本数量,但包含临床样本和体内模型 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
2706 2026-02-05
CXCL8/SDC1 axis mediates tumor stem cell interactions to drive remote transfer in thyroid cancer
2026-Jan, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞和空间转录组测序,揭示了CXCL8/SDC1轴通过激活JAK-STAT信号通路驱动甲状腺癌干细胞自我更新和远处转移的分子机制 首次在甲状腺癌中利用单细胞和空间转录组测序技术,结合功能实验和动物模型,系统阐明了CXCL8/SDC1轴介导肿瘤干细胞与单细胞互作网络促进远处转移的新机制 研究主要基于体外细胞系和动物模型,临床样本验证的队列规模未明确说明,且缺乏对CXCL8/SDC1轴靶向治疗的深入药效学评估 探究甲状腺癌远处转移的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点 甲状腺癌患者肿瘤样本、FTC-238细胞系、裸鼠模型 数字病理学 甲状腺癌 单细胞RNA测序、空间转录组测序、肿瘤组织转录组分析、ELISA、Western blotting、球体形成实验、集落形成实验、CCK-8实验、Transwell实验 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据、临床数据 甲状腺癌患者肿瘤样本(具体数量未明确)、FTC-238细胞系、裸鼠模型 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
2707 2026-02-05
IER3 Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer Through the NF-κB Pathway
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 本研究揭示了应激反应基因IER3通过激活NF-κB通路,驱动结直肠癌恶性进展并重塑免疫抑制性肿瘤免疫微环境 首次在单细胞分辨率上鉴定出与侵袭性疾病和不良预后相关的IER3表达恶性亚群,并阐明IER3通过FN1-CD44轴重塑免疫微环境的机制 未明确IER3表达调控的具体上游机制,临床样本量可能有限,动物模型验证需进一步扩展 探究IER3在结直肠癌发病机制和免疫调节中的功能作用 结直肠癌临床样本及体外/体内模型 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 临床样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
2708 2026-02-05
Construction of a Mitochondria-Related Gene Diagnostic Model Based on Integrated Multiomics Data and Functional Validation of ANK2 as a Key Regulator in Colorectal Cancer
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 本研究通过整合多组学数据,构建了一个基于线粒体相关基因的结直肠癌诊断模型,并验证了ANK2作为关键调控因子的功能 整合TCGA和多个GEO公共数据集的转录组数据与MitoCarta3.0数据库的线粒体相关基因数据,利用LASSO回归和SVM-RFE两种机器学习算法识别关键基因并构建诊断模型,并结合单细胞RNA测序数据和分子生物学实验进行功能验证 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床队列进一步验证模型的诊断效能 开发一种基于线粒体相关基因的新型、高效的结直肠癌分子诊断方法 结直肠癌组织和细胞系 生物信息学 结直肠癌 转录组测序,单细胞RNA测序,qRT-PCR,Western blotting,免疫组化 LASSO回归,SVM-RFE 基因表达数据,单细胞数据 1174个样本(来自TCGA和GEO数据集:GSE21510,GSE44076,GSE9348),以及单细胞数据集GSE245552 NA bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
2709 2026-02-05
Multi-Omics Evidence Based on Spatial Transcriptomics Data Reveals the Therapeutic Value of Copper Death Genes in Glioblastoma
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 本研究基于空间转录组学数据,通过多组学分析揭示了铜死亡基因在胶质母细胞瘤中的治疗价值 首次构建了基于铜死亡相关microRNAs的预后特征模型,并验证其在低级别胶质瘤预后预测和免疫治疗评估中的新框架 研究主要依赖于TCGA和CGGA等公共数据库数据,需要进一步实验验证临床适用性 探索铜死亡相关基因在胶质瘤预后预测和免疫治疗评估中的价值 低级别胶质瘤患者和胶质母细胞瘤细胞 生物信息学 胶质瘤 空间转录组学,多组学分析,单变量Cox回归,Lasso回归,多变量Cox回归,Kaplan-Meier生存分析,基因集富集分析,基因集变异分析 预后特征模型 转录组数据,临床数据,突变数据 TCGA数据库和CGGA外部验证队列的低级别胶质瘤患者样本 NA 空间转录组学 NA NA
2710 2026-02-04
ARX mutation-associated interneuron defects provide insights into mechanisms underlying developmental epilepsies
2026-Feb-03, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1
研究论文 本研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序技术,探讨了ARX基因突变如何导致皮质中间神经元缺陷,进而引发发育性癫痫等神经发育障碍 揭示了ARX通过调控LMO1基因来调节皮质中间神经元的迁移和数量,为ARX相关神经发育障碍的病理机制提供了新见解 研究主要基于小鼠模型,人类样本仅涉及一例患者,样本量有限,且机制验证仍需进一步扩展 阐明ARX基因在皮质中间神经元发育和迁移中的作用及其与癫痫表型的关系 ARX条件性突变小鼠模型和一名携带ARX致病性变异的发育性癫痫性脑病患者 神经科学 发育性癫痫 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 条件性基因敲除小鼠模型 基因表达数据, 染色质结合数据 多个小鼠品系和一例人类患者 NA 单细胞RNA-seq, ChIP-seq NA NA
2711 2026-02-04
Single-cell analysis reveals that MXRA8 affected the progression of breast cancer via regulating ferroptosis
2026-Feb-02, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞分析揭示了MXRA8通过调控铁死亡影响乳腺癌进展的关键作用 首次在单细胞水平上识别出乳腺癌中对铁死亡最敏感的肿瘤亚群,并发现MXRA8作为调控铁死亡的关键基因 研究样本量有限(26例患者),且主要基于生物信息学分析,实验验证部分相对较少 探究乳腺癌细胞对铁死亡的异质性反应及其调控机制,为开发新的治疗策略提供依据 乳腺癌患者(26例)的单细胞RNA-seq数据及体外培养的癌细胞 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA-seq, NMF算法, GSEA富集分析, 伪时序分析, CellChat分析 NMF(非负矩阵分解) 单细胞RNA-seq数据 26例乳腺癌患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2712 2026-02-04
Super-Enhancer-Driven TCF4 Orchestrates Neuroblastoma Metastasis by Sphingolipid-Dependent Membrane Remodeling and ITGB1-FAK Activation
2026-Feb-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究揭示了超级增强子驱动的转录因子TCF4通过调控神经母细胞瘤的转移过程,并提出了潜在的治疗靶点 首次阐明了超级增强子介导的TCF4在神经母细胞瘤转移中的关键作用,并发现其通过鞘脂代谢途径影响细胞膜重塑和FAK信号激活 研究主要基于细胞和动物模型,临床转化效果需进一步验证 鉴定参与神经母细胞瘤转移的超级增强子驱动转录因子并探索潜在靶向药物 神经母细胞瘤细胞及患者样本 NA 神经母细胞瘤 H3K27ac ChIP-seq, scRNA-seq, CUT&Tag, 转录组测序 NA 基因组测序数据, 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, ChIP-seq NA NA
2713 2026-02-04
Identification of a potential relationship between pigmented villonodular synovitis and atherosclerosis using comprehensive bioinformatics analyses
2026-Feb-02, Biomarkers : biochemical indicators of exposure, response, and susceptibility to chemicals IF:2.0Q4
研究论文 本研究通过生物信息学方法探讨色素沉着绒毛结节性滑膜炎(PVNS)与动脉粥样硬化(AS)之间的潜在关系,并识别关键候选基因CSF2RB 首次将PVNS与AS的发病机制联系起来,利用综合生物信息学分析(包括PPI网络、机器学习、免疫浸润和单细胞RNA-seq)识别CSF2RB作为关键候选基因 研究基于公共数据集(GSE3698、GSE28829、GSE100927、GSE155527),样本来源和实验条件可能受限,且免疫浸润和scRNA-seq分析需要进一步实验验证 探究PVNS的发病机制,并识别其与AS共享的潜在生物标志物和治疗靶点 色素沉着绒毛结节性滑膜炎(PVNS)和动脉粥样硬化(AS)的基因表达数据及免疫细胞 生物信息学 色素沉着绒毛结节性滑膜炎和动脉粥样硬化 生物信息学分析、免疫组织化学、单细胞RNA-seq 机器学习 基因表达数据(微阵列和scRNA-seq) 基于多个公共数据集(GSE3698、GSE28829、GSE100927、GSE155527),具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2714 2026-02-04
High-Resolution Laser Microdissection to Investigate Transcriptional States in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文介绍了一种结合激光显微切割与RNA测序的高分辨率方法,用于分析福尔马林固定石蜡包埋样本的转录状态 强调激光显微切割在特定研究问题中相对于新兴空间转录组学技术的优势,特别是在形态注释精度、对FFPE样本的兼容性、成本效益及大规模回顾性研究可扩展性方面 未明确说明方法的具体操作限制或样本处理中的潜在技术挑战 开发并验证一种适用于常规组织学样本(尤其是FFPE样本)的高空间分辨率转录组分析方法 福尔马林固定石蜡包埋的组织样本 空间转录组学 NA 激光显微切割, RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 激光显微切割, RNA-seq NA NA
2715 2026-02-04
From Laser Microdissection to Spatial Glycomics: Lectin Microarray Protocols for Tissue Glycome Mapping with High-End Scanners
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文介绍了基于激光显微切割和凝集素微阵列的空间糖组学协议,用于组织糖组图谱绘制 将激光显微切割整合到凝集素微阵列工作流中,实现微尺度组织区域(约0.1 mm²,5 μm厚度)的精确糖组分析,并利用高端扫描仪提高灵敏度 NA 开发空间糖组学方法以揭示组织内和组织间的特异性糖基化模式 福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织 数字病理学 NA 激光显微切割(LMD),凝集素微阵列(LMA),糖组学 NA 图像,荧光信号 NA NA 空间糖组学 GSR2300扫描仪 高端渐逝场荧光扫描仪(GSR2300)
2716 2026-02-03
Duhuo Jisheng decoction alleviates knee osteoarthritis via synovial mesenchymal stem cell-derived exosomes mediating the microRNA-194-5p/wnt signaling pathway
2026-Apr-06, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究探讨了独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导microRNA-194-5p/Wnt信号通路,从而缓解膝骨关节炎的机制 首次探索了独活寄生汤对滑膜间充质干细胞及其外泌体的影响,并揭示了其通过外泌体传递miR-194-5p调控Wnt信号通路促进软骨修复的新机制 研究为临床前动物和细胞模型,未来需进行更深入的机制探索、转化研究并确保复方中药成分的一致性以推进临床应用 研究独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导的miR-194-5p/Wnt信号通路修复软骨的治疗效果 膝骨关节炎大鼠模型、原代滑膜间充质干细胞、H2O2诱导的软骨细胞 NA 膝骨关节炎 LC-MS, RNA测序, 定量聚合酶链反应, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹法, 流式细胞术 NA NA NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
2717 2026-02-03
Meflin/ISLR is a meningeal cell-specific marker involved in the development of meninges and meningioma progression
2026-Mar, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
研究论文 本研究探讨了Meflin/ISLR作为脑膜细胞特异性标志物在脑膜发育和脑膜瘤进展中的作用 首次揭示了Meflin在脑膜发育中的早期表达模式及其在脑膜瘤中与WNT信号通路激活的潜在关联 研究主要基于小鼠模型和人类组织样本的观察性分析,缺乏直接的机制验证实验 探究Meflin在脑膜发育和脑膜瘤病理生理学中的功能 小鼠胚胎脑膜、人类脑膜瘤组织样本 NA 脑膜瘤 单细胞RNA测序、谱系追踪、基因表达分析 NA RNA测序数据、组织样本 小鼠模型和人类脑膜瘤样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
2718 2026-02-03
131I-Labeled Dual Immune Checkpoint Inhibitors for Tumor Microenvironment Improvement To Enhance Antitumor Efficacy
2026-Feb-02, Molecular pharmaceutics IF:4.5Q1
研究论文 本研究开发了一种新型放射性免疫治疗剂[I]I-AK104,用于治疗非小细胞肺癌,并探索了其通过重塑肿瘤微环境增强抗肿瘤疗效的机制 首次将放射性碘标记的双特异性免疫检查点抑制剂(靶向PD-1/CTLA-4的AK104)用作放射免疫治疗剂,并系统阐明了其通过激活CD8 T细胞和中性粒细胞介导的免疫原性细胞死亡来重塑肿瘤微环境的双重机制 研究仅在荷瘤小鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验;机制探索虽全面,但具体信号通路细节有待进一步深化 开发一种新型放射免疫治疗策略,通过双特异性免疫检查点抑制剂与放射性核素结合,增强对非小细胞肺癌的抗肿瘤疗效 非小细胞肺癌(NSCLC)荷瘤小鼠模型 肿瘤免疫治疗 肺癌 SPECT/CT成像、成像质谱流式技术、单细胞RNA测序、组织病理学分析 NA 影像数据、单细胞转录组数据、组织病理图像 荷瘤小鼠模型(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
2719 2026-02-03
Impairment of hippocampal gamma oscillations, mitochondria and neurovascular function in CADASIL
2026-Feb-02, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1
研究论文 本研究通过CADASIL小鼠模型、人脑组织样本和原代血管平滑肌细胞,揭示了CADASIL中小血管病变如何导致海马神经元功能障碍、线粒体异常和神经血管单元损伤 首次在CADASIL模型中系统揭示海马伽马振荡受损、线粒体呼吸复合物减少及神经血管单元结构功能异常的多层次病理机制 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,人类样本数量有限,且未涉及长期病程动态观察 阐明CADASIL中小血管病变导致认知障碍的细胞分子机制,特别关注海马区的易感性 人源化CADASIL小鼠模型、尸检人脑组织切片、原代人脑血管平滑肌细胞 神经科学 脑血管疾病 离体电生理学、免疫组化、Western blotting、Seahorse能量代谢分析、qPCR、单细胞RNA测序 NA 电生理信号、图像、蛋白质印迹、基因表达数据、单细胞转录组数据 包含四种不同NOTCH3基因变异的人脑组织样本及对应细胞模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2720 2026-02-03
Epithelial-Associated CD207+ DCs Link Allergen Sensing and IL-25-Driven Th2 Inflammation in Asthma
2026-Feb-02, Allergy IF:12.6Q1
研究论文 本研究揭示了CD207+树突状细胞作为上皮相关抗原呈递细胞,在过敏性哮喘中连接IL-25信号和Th2极化的作用 首次将CD207+树突状细胞鉴定为连接上皮源性IL-25信号与Th2免疫反应的关键桥梁,并提出了IL-25-CD207轴作为T2高表型哮喘的潜在治疗靶点 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证有限,且未深入探讨其他上皮源性细胞因子或DC亚型的作用 阐明IL-25在哮喘中驱动Th2炎症的下游机制,特别是CD207+树突状细胞在其中的作用 健康人肺单细胞RNA-seq数据、HDM诱导的哮喘小鼠模型、哮喘患者气道样本(U-BIOPRED队列) 免疫学 哮喘 单细胞RNA-seq、流式细胞术、DC-T细胞共培养、Transwell共培养 NA 单细胞转录组数据、流式细胞数据、临床样本数据 健康人肺单细胞RNA-seq数据、Cd207-/-小鼠模型、U-BIOPRED队列哮喘患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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