单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202601-202612] [清除筛选条件]
当前共找到 9441 篇文献,本页显示第 2601 - 2620 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
2601 2026-08-16
A Hierarchical Multimodal Knowledge Graph for Neural Cell-Type-Specific Regulation Integrating Single-Cell Transcriptomics and Literature Evidence
2026-Jul-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 构建了一个以神经细胞为中心的多模态知识图谱,整合单细胞转录组数据和文献证据,支持细胞类型特异性调控的标准化表示和跨研究比较 提出了基于细胞本体论的三级层次细胞类型分类法,结合大规模单细胞转录组数据和大型语言模型提取文献证据,构建了包含定向关系的知识图谱,并利用知识图谱嵌入支持细胞类型特异的链接预测 未提及具体局限性,可能包括数据来源的偏差、知识图谱的完整性以及链接预测的验证不足 构建神经细胞类型特异性调控的标准化知识图谱,以促进系统整合、跨研究比较和假设生成 人类大脑单细胞转录组数据集和PubMed摘要中的调控证据 机器学习和自然语言处理 神经退行性疾病相关(推测,但未明确指定,因涉及神经细胞类型) 单细胞RNA测序和大型语言模型 知识图谱嵌入模型(可能包括TransE、RotatE等,但未指定) 单细胞转录组数据、文献文本和知识图谱 超过400万个细胞,来自两个大规模人类大脑单细胞转录组数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2602 2026-08-16
Phylogeography of Bone Metastasis: Clonal Evolution, Skeletal Niche Adaptation, and Clinical Implications
2026-Jul-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 本文通过系统发育地理学框架审视骨转移,探讨其克隆演化、骨骼微环境适应及临床意义,并评估相关研究方法 将骨转移视为由克隆选择、微环境适应、休眠和再播散塑造的空间演化过程,提出骨骼病变可能作为二次播散的储库,并倡导将演化思维应用于生物标志物开发和治疗策略 未具体指出该综述的局限性 从演化生物学角度重新定义骨转移,探讨其克隆演化、骨骼微环境适应机制及对临床治疗的潜在影响 骨转移中的肿瘤克隆、循环肿瘤细胞、播散肿瘤细胞及骨骼微环境 数字病理学 癌症 多区域测序、单细胞测序、空间转录组学、谱系追踪、液体活检 NA 基因组、转录组、空间图像、液体活检数据 涉及乳腺癌、前列腺癌、肺癌和肾细胞癌的骨转移样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序、空间转录组学、多区域测序 NA NA
2603 2026-08-16
The Role of Muscle Biopsy in the Era of Modern Genomic Medicine-A Review
2026-Jul-29, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1
综述 本文综述了在现代基因组医学时代,肌肉活检在神经肌肉疾病诊断中不断演变的作用,强调其与基因组检测相结合的互补性 强调了新兴技术如RNA测序、空间转录组学和人工智能辅助病理学正在扩展肌肉活检的诊断价值,超越了传统形态学评估 未具体说明局限,但作为综述,可能缺乏对特定技术的详细比较和临床实践的具体指导 探讨肌肉活检在现代基因组医学时代的诊断作用及其与基因组检测的整合策略 神经肌肉疾病患者 数字病理学 神经肌肉疾病 肌肉活检、下一代测序、RNA测序、转录组学、蛋白质组学、空间转录组学 NA 图像、文本、基因表达数据 NA NA NA NA NA
2604 2026-08-16
CAF-Driven EMT and ECM Remodeling Programs Promote Mesothelioma Progression
2026-Jul-28, Cancers IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过纵向转录组学与单细胞RNA测序,揭示了癌症相关成纤维细胞驱动间皮瘤上皮-间质转化和细胞外基质重塑,促进肿瘤进展的机制 首次在间皮瘤小鼠模型中识别出八种CAF亚型,并阐明其通过协调的细胞间通讯网络(包括间质转化、纤维化重塑等)促进肿瘤进展,以及成纤维细胞信号诱导比例依赖性转录变化,推动从上皮样向间质样表型转变 研究主要基于小鼠模型,在体外共培养系统中验证,可能不完全代表人类间皮瘤的复杂性 探究基质细胞群如何调控上皮-间质转化、肿瘤演变和治疗抵抗,以识别间皮瘤进展的关键机制和潜在治疗靶点 小鼠腹腔间皮瘤模型中的肿瘤细胞和基质细胞,特别是癌症相关成纤维细胞亚型 数字病理学 间皮瘤 单细胞RNA测序、纵向转录组分析、体外共培养系统 NA 基因表达数据(单细胞RNA-seq和转录组) 间皮瘤小鼠模型从0周到8周多个时间点的样本 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
2605 2026-08-16
Landscape of Cell States and Multicellular Ecotypes in Non-Small Cell Lung Cancer
2026-Jul-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究利用EcoTyper框架系统描绘了非小细胞肺癌肿瘤微环境中的细胞状态和多细胞生态型景观 首次使用EcoTyper框架在非小细胞肺癌中鉴定出34种转录定义的细胞状态和6种多细胞生态型,并跨多个独立数据集验证其稳健性 未明确说明局限性 全面表征非小细胞肺癌肿瘤微环境异质性,以理解肿瘤进展和临床结果 非小细胞肺癌肿瘤微环境中的细胞状态和多细胞生态型 肿瘤微环境分析 非小细胞肺癌 转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 EcoTyper框架 转录组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 1个单细胞RNA测序队列、1个空间转录组队列、11个独立的批量转录组队列 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
2606 2026-08-16
Betaine Downregulates RARRES1 to Alleviate Cartilage Fibrosis and Promote Hyaline Cartilage Repair
2026-Jul-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过生物信息学分析和实验验证,揭示甜菜碱通过下调RARRES1上调RGS2,促进活性氧清除,从而减轻软骨纤维化并促进透明软骨修复 首次将RARRES1鉴定为软骨纤维化的关键生物标志物,并发现甜菜碱可通过下调RARRES1上调RGS2,促进ROS清除,为骨关节炎治疗提供新靶点 尚未明确RARRES1下游具体分子机制,且体内实验模型可能无法完全模拟人类OA病理过程 探究软骨纤维化的生物标志物及治疗靶点,评估甜菜碱对软骨修复的作用机制 骨关节炎患者软骨组织、CTGF诱导的软骨细胞纤维化模型及siRNA介导的基因敲低模型 数字病理学 骨关节炎 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, Western blotting, 流式细胞术 NA 测序数据、图像、病理染色数据 未提供具体样本数量 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
2607 2026-08-16
Multi-Omics Profiling Reveals Neutrophil Extracellular Trap Dysregulation in Diabetic Foot Ulcer Healing Impairment
2026-Jul-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,揭示了中性粒细胞胞外陷阱在糖尿病足溃疡愈合障碍中的失调机制 首次通过多组学方法全面解析NETs在DFU愈合障碍中的转录程序,并识别出四个中性粒细胞亚群及NETs高表达亚群在非愈合者中的扩增 基于公共数据集,样本量有限,且缺乏前瞻性验证 探究NETs在糖尿病足溃疡愈合失败中的机制作用及潜在预后生物标志物 糖尿病足溃疡患者的转录组数据,包括批量RNA测序和单细胞RNA测序数据 机器学习 糖尿病足溃疡 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 批量RNA测序9例,单细胞RNA测序11例,共334654个单细胞 NA 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 NA NA
2608 2026-08-16
Transcriptomic Analysis Reveals PACS1 as a Potential Shared Candidate Biomarker for Apical Periodontitis and Osteoporosis
2026-Jul-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 通过转录组分析揭示PACS1可能是根尖周炎和骨质疏松症的共享候选生物标志物 首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据,识别出PACS1作为根尖周炎和骨质疏松症之间的共享候选生物标志物,并通过体外实验验证其功能 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内验证及大规模临床样本的进一步确认 旨在识别连接根尖周炎和骨质疏松症的共享生物标志物和致病通路 根尖周炎和骨质疏松症的基因表达数据集、临床样本和细胞模型 生物信息学、转录组学 根尖周炎、骨质疏松症 基因表达芯片分析、随机森林模型、单细胞RNA测序、基因集富集分析、基因集变异分析、免疫浸润分析 随机森林模型 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据 未在摘要中明确说明样本数量,涉及公共数据库数据集及临床样本 未在摘要中明确说明 转录组测序、单细胞RNA测序 未在摘要中明确说明 未在摘要中明确说明
2609 2026-08-16
Immune Phenotype in Urothelial Carcinoma: From Tumor Biology to Therapeutic Stratification
2026-Jul-24, Cancers IF:4.5Q1
综述 本文综述了尿路上皮癌的免疫表型,涵盖从肿瘤生物学到治疗分层的各个方面,并整合了转录组学、空间分析和转化研究的数据 强调了尿路上皮癌免疫微环境在不同疾病阶段和解剖部位的演变,并评估了新兴生物标志物及AI辅助数字病理和多模态整合的未来方向 多数生物标志物仍处于研究阶段,需前瞻性验证才能用于临床 全面表征尿路上皮癌免疫表型,以指导基于生物标志物的患者选择和优化下一代免疫治疗策略 尿路上皮癌的肿瘤微环境,包括免疫细胞群体和分子亚型 数字病理学 尿路上皮癌 NA NA 转录组数据、空间数据 NA NA 转录组测序、单细胞转录组测序、空间转录组学 NA NA
2610 2026-08-16
DepthDiff: Restoring Low-Depth Single-Cell RNA-Seq Signals via Diffusion Denoising
2026-Jul-23, Biology
研究论文 提出DepthDiff模型,利用扩散去噪恢复低深度单细胞RNA测序信号,提升表达重建和生物信号保留。 创新性地将扩散模型用于单细胞RNA测序低深度表达增强,采用深度条件回归映射和单步前向预测,避免多步采样,提高效率。 未在论文中明确提及局限性,可能依赖配对高深度参考数据进行监督训练,且跨数据集泛化能力需进一步验证。 开发一个高效监督框架,恢复低深度单细胞RNA测序信号,提高下游分析可靠性。 三个公共数据集的单细胞RNA测序数据,以及CITE-seq验证数据。 机器学习 不适用 单细胞RNA测序 扩散模型 基因表达数据(单细胞RNA测序数据) 三个公共数据集,具体样本数量未在标题和摘要中说明。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2611 2026-08-16
Ectomesenchyme contributes to epidermal stem cell formation through mesenchymal-to-epithelial transition
2026-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究通过谱系追踪、单细胞转录组和表观基因组分析,揭示了小鼠皮肤中间充质细胞(外胚间充质)通过间充质-上皮转化形成表皮干细胞,并在人类诱导多能干细胞模型中验证了该过程 首次揭示外胚间充质干细胞在生理性皮肤发育中对表皮形成的重要贡献,并发现其通过间充质-上皮转化过程生成表皮干细胞,为皮肤表皮镶嵌病提供了新见解 摘要中未提及研究的局限性 探究间充质细胞在生理性皮肤发育中对角质形成细胞生成的贡献及其机制 小鼠皮肤组织(胚胎期和成体)以及人类诱导多能干细胞来源的外胚间充质细胞 数字病理学 皮肤疾病、表皮镶嵌病 谱系追踪、单细胞转录组测序、单细胞表观基因组分析、活体成像、人类诱导多能干细胞分化 NA 单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据、图像数据(活体成像) 小鼠胚胎(多个时间点)和人类诱导多能干细胞来源外胚间充质细胞 NA 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 NA NA
2612 2026-08-16
Spatial transcriptomic atlas of aggressive osteosarcomas reveals shared immune landscape and targetable surface markers
2026-Jul-03, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 对侵袭性骨肉瘤进行空间转录组分析,揭示共享免疫景观和可靶向的表面标志物 首次对骨肉瘤进行全面的空间转录组分析,涵盖原发肿瘤和转移性复发,并识别出具有治疗潜力的九基因细胞表面特征,以及单核细胞来源的破骨细胞分化证据 未明确提及 通过空间转录组分析揭示骨肉瘤的肿瘤微环境和可靶向的表面标志物 骨肉瘤原发肿瘤和局部或转移性复发样本,涵盖不同表型亚型 空间转录组学 骨肉瘤 空间转录组分析 NA 空间转录组数据,免疫组化图像 未明确提及,但包括原发肿瘤和转移性复发样本 NA 空间转录组学 NA NA
2613 2026-08-16
Giant cell tumor of bone inhibits osteoblastogenesis via WNT5B
2026-Jul, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3
研究论文 本研究揭示骨巨细胞瘤通过表达WNT5B抑制骨形成,从而在促进骨吸收的同时阻碍骨修复 首次发现骨巨细胞瘤通过WNT5B抑制成骨分化,并利用单细胞RNA测序和空间转录组分析鉴定该机制 研究主要基于细胞系和共培养实验,缺乏体内模型验证 探究骨巨细胞瘤对骨形成的抑制作用及其分子机制 人骨巨细胞瘤细胞系NCC-GCTB1-C1和人脂肪干细胞 数字病理学 骨巨细胞瘤 单细胞RNA测序、空间转录组分析、CRISPR/Cas9基因敲除 NA 基因表达数据、空间转录组数据 1种细胞系和1种干细胞,具体数量未说明 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组分析
2614 2026-08-16
Single-cell reanalysis highlights the MIF-PTGDR axis as a candidate immunoregulatory program in hepatocellular carcinoma
2026-Jun-27, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 通过重新分析公共单细胞RNA测序数据,识别肝细胞癌中与T细胞功能障碍相关的候选免疫调控程序,特别是MIF-PTGDR信号轴 利用公共scRNA-seq数据的再分析框架,首次突出MIF-PTGDR轴作为肝细胞癌中候选免疫调控程序,并详细描述了Treg亚群的转录特征 研究基于公共数据的再分析,缺乏实验验证,结论需进一步机制和转化研究确认 识别肝细胞癌中与T细胞功能障碍相关的细胞间信号网络和免疫调控信号轴 肝细胞癌肿瘤微环境中的免疫细胞,包括CD8+ T细胞、调节性T细胞、巨噬细胞等 单细胞转录组学 肝细胞癌 scRNA-seq NA 基因表达数据 未提供具体样本量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2615 2026-08-16
Integrated multi-omics profiling of treatment-naive cervix uteri premalignant lesions and cervical squamous cell carcinoma reveals ecosystem and drivers underlying cervical cancer progression
2026-Jun-09, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学,对同一患者来源的宫颈癌前病变和宫颈鳞状细胞癌进展过程中的组织进行多组学分析,揭示了宫颈癌进展的生态系统和驱动因素 首次在相同患者的连续宫颈病变样本中整合单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了恶性转化过程中细胞组成和基因网络的动态变化,并鉴定出具有临床意义的基因面板(CLDN1、ISG15、PTGDS)及ISG15介导的信号通路 需在更大的宫颈癌队列中验证基因面板和免疫治疗反应的发现,体外和体内实验未覆盖所有亚型 阐明宫颈癌前病变(PCT)向宫颈鳞状细胞癌(CSCC)进展的细胞生态系统和分子驱动因素,为诊断和治疗提供新靶点 人类宫颈组织样本,涵盖正常、癌前病变、原位癌和浸润性癌阶段 数字病理学 宫颈癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 基因表达数据,空间转录组图像 来自同一患者的多个宫颈组织样本(具体数量未在摘要中提供) 10x Genomics 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium,10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组(FFPE)
2616 2026-08-16
High-resolution spatial transcriptomics identifies that insufficient radiofrequency ablation induces hepatocellular carcinoma progression via the CEBPD/CXCL2 axis
2026-Jun-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 利用高分辨率空间转录组学识别出射频消融不足通过CEBPD/CXCL2轴促进肝细胞癌进展 首次整合Visium HD空间转录组与单细胞RNA测序,绘制射频消融不足肝细胞癌的高分辨率空间图谱,并揭示CEBPD/CXCL2轴在肿瘤进展和免疫逃逸中的关键作用 样本量较小(6例),且未在更大队列中验证CXCR2抑制的疗效 系统表征射频消融不足肝细胞癌的空间结构和细胞互作,识别亚致死热应激促进免疫逃逸和复发的关键转录机制 射频消融不足后接受手术切除的6例肝细胞癌患者样本 空间转录组学 肝细胞癌 空间转录组学、单细胞RNA测序、体外热应激模型、共培养实验、原位小鼠模型 NA 空间转录组数据、单细胞转录组数据、图像数据 6例肝细胞癌患者样本 10x Genomics 空间转录组学、单细胞RNA测序 Visium HD、10x Chromium Visium HD空间转录组、10x Chromium单细胞RNA测序
2617 2026-08-16
Single cell and spatial atlas of macrophage and astrocyte interactions in glioblastoma
2026-Jun-06, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过单细胞和空间图谱分析,揭示了胶质母细胞瘤中巨噬细胞与星形胶质样细胞的相互作用 首次整合单细胞和空间数据,描绘了胶质母细胞瘤中巨噬细胞与星形胶质样细胞的交互图谱,并识别出关键的APP-CD74信号网络 样本量较小,仅基于10例患者,且未进行功能验证实验 阐明胶质母细胞瘤中巨噬细胞与星形胶质样细胞之间的相互作用及其预后意义 10例胶质母细胞瘤患者的巨噬细胞和星形胶质样细胞亚群 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序 Cox回归模型 单细胞转录组数据 10例胶质母细胞瘤患者样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2618 2026-08-16
Tissueformer: extending single-cell foundation models to predict population-level phenotypes
2026-Jun-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 介绍TissueFormer,一种基于Transformer的神经网络,从单细胞RNA谱中推断群体水平表型,同时保持单细胞分辨率,并应用于预测COVID-19严重程度和小鼠大脑皮层区域身份。 提出了TissueFormer,扩展单细胞基础模型以预测群体水平表型,通过保留单细胞分辨率并考虑样本内细胞组成,超越了传统的基于伪批量或细胞类型组成的方法。 摘要中未明确提及局限性。 开发一种方法,从单细胞RNA测序数据中推断样本级别的群体表型,以提高诊断准确性和组织注释能力。 单细胞RNA测序数据(血液样本)和空间转录组数据(小鼠大脑)。 机器学习 COVID-19 单细胞RNA测序和空间转录组学 Transformer 基因表达数据(单细胞和空间) 未明确提供 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
2619 2026-08-16
Single-cell transcriptomics reveals anti-inflammatory effects of prednisolone on the hepatic niche in biliary atresia
2026-May-19, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示泼尼松龙在胆道闭锁中对肝脏微环境的抗炎作用机制 首次在胆道闭锁动物模型中利用单细胞RNA测序解析泼尼松龙对肝星状细胞和巨噬细胞亚群的调控作用,并识别出Nr3c1-Klf7和Fosl1-Hnf1b基因调控网络,以及具有不同致病潜力的肌成纤维细胞亚群 研究限于小鼠模型和特定时间点,未涉及人类长期临床效果,且未深入探讨泼尼松龙耐药性的分子机制 探究泼尼松龙在胆道闭锁中的治疗作用及其潜在的细胞和分子机制 恒河猴轮状病毒诱导的胆道闭锁小鼠模型的肝脏样本,以及胆道闭锁患者的肝脏组织 单细胞转录组学 胆道闭锁 单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫组织化学 无特定模型(主要采用scRNA-seq数据分析) 单细胞转录组数据,组织图像 小鼠肝脏样本(第21天和第28天),胆道闭锁患者肝脏样本(数量未在摘要中明确提及) 未在摘要中明确提及 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 未在摘要中明确提及 未在摘要中明确提及
2620 2026-08-16
Novel CRISPR-Cas9 BAP1 knockout pre-clinical tumor model recapitulates human melanoma tumorigenesis and immune evolution
2026-May-05, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究利用CRISPR-Cas9技术生成BAP1敲除的黑色素瘤细胞系,并在免疫健全小鼠中验证其能重现人类BAP1缺陷黑色素瘤的致瘤性和免疫逃逸特征。 首次建立了免疫健全的BAP1敲除黑色素瘤同系小鼠模型,该模型能够重现人类BAP1缺陷黑色素瘤的代谢重编程和免疫抑制特征。 目前尚无提及明显的局限性。 建立BAP1缺陷黑色素瘤的免疫健全临床前模型,以研究BAP1缺失驱动的肿瘤侵袭和免疫逃逸,并促进新免疫疗法的开发。 CRISPR-Cas9介导的BAP1敲除黑色素细胞肿瘤细胞系。 癌症研究 黑色素瘤 CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞转录组测序 CRISPR-Cas9 转录组数据 未明确说明样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
回到顶部