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当前共找到 9441 篇文献,本页显示第 2581 - 2600 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
2581 2026-08-16
A HEK293T-derived explainable CatBoost signature for estimating HCoV-OC43 viral burden from host transcriptomes
2026-Aug-10, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 该研究开发了一种基于单细胞RNA测序数据的CatBoost回归模型,用于预测HCoV-OC43病毒感染负荷,并识别核心宿主基因及其作用方向。 利用CatBoost的特征重要性指标和SHAP值,从单细胞转录组中识别出10个核心宿主基因,构建了可解释的紧凑模型,并在独立数据集上验证了其预测性能,展示了区分病毒感染与通用应激的能力。 HCoV-OC43作为模型仅能有限模拟广义β冠状病毒宿主程序,不能直接替代SARS-CoV-2,且模型在真实感染场景中的泛化性可能需要更多验证。 开发一种可解释的转录组特征,用于从宿主转录组中估计HCoV-OC43病毒负荷,并识别核心预测基因。 HEK293T细胞、MRC-5肺成纤维细胞和K562细胞。 机器学习 病毒感染(HCoV-OC43) 单细胞RNA测序、批量RNA测序 CatBoost回归模型 基因表达数据(单细胞和批量) 12,980个HEK293T细胞用于训练,2,598个细胞用于测试,5个时间点的MRC-5细胞批量数据,以及K562细胞应激数据集 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
2582 2026-08-16
Sparse integrative dictionary learning resolves conserved drug-response states in multiple myeloma (MM)
2026-Aug-08, Cancer genetics IF:1.4Q4
研究论文 开发了PRISM-MM可解释稀疏集成字典学习框架,用于解析多发性骨髓瘤中多种药物处理共有的转录响应程序 首次将配对单细胞RNA测序作为校准层集成到稀疏字典学习框架中,以保留细胞状态级可解释性,并识别跨药物、跨研究的保守药物响应程序 摘要未提及明确的局限性 鉴定多发性骨髓瘤中不同药物处理间共有的转录适应程序,并生成关于治疗适应的机制性假设 多发性骨髓瘤细胞及其药物处理前后的转录组变化 机器学习 多发性骨髓瘤 RNA-seq, 单细胞RNA测序 稀疏集成字典学习 基因表达数据 多研究多发性骨髓瘤扰动数据集(具体样本数未在摘要中说明)以及外部配对单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
2583 2026-08-16
Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis identifies a novel senescent fibroblast subtype associated with poor prognosis in acral melanoma
2026-Aug-06, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 通过整合单细胞和批量转录组分析,识别出肢端黑色素瘤中与不良预后相关的新型衰老成纤维细胞亚型 首次在肢端黑色素瘤中鉴定出衰老成纤维细胞亚型sCAF_CDKN2A,并揭示其通过MIF信号与Tregs相互作用形成免疫抑制网络,建立了基于转录因子的预后模型 主要依赖公共数据库数据,样本量有限,缺乏功能实验验证;mIHC验证仅限于蛋白水平,未进行单细胞水平验证 解析肢端黑色素瘤的肿瘤微环境异质性,并建立基于关键细胞亚群的预后模型 肢端黑色素瘤患者的肿瘤组织样本 数字病理学 肢端黑色素瘤 单细胞RNA测序、批量RNA测序、多重免疫组化 无监督聚类、CellChat、Scissor、Kaplan-Meier分析 基因表达数据、图像 未明确说明具体样本量,仅提及来自GEO和TCGA的数据 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2584 2026-08-16
Unveiling the power of TIIC: A prognostic tool for esophageal adenocarcinoma
2026-Aug-05, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,开发了一种基于肿瘤浸润免疫细胞的TIIC-Score预后工具,用于食管腺癌的风险分层和免疫治疗反应预测。 首次通过结合组织特异性指数计算和多种机器学习算法,构建了优化的TIIC-Score,并证明其预后价值优于22种已发表模型,同时结合孟德尔随机化揭示遗传关联。 研究主要依赖公开数据库,缺乏前瞻性临床验证;功能验证仅限于细胞系,未进行体内实验。 开发一种基于肿瘤浸润免疫细胞的预后工具,用于食管腺癌的风险分层和免疫治疗反应预测。 食管腺癌患者样本及食管癌细胞系,包括来自TCGA和GEO数据库的转录组数据。 数字病理学 食管腺癌 单细胞RNA测序、批量转录组测序、机器学习特征选择、孟德尔随机化 Cox比例风险模型、随机森林、支持向量机等 基因组数据(RNA-seq)、临床数据、细胞系数据 涉及多个队列,包括TCGA和GEO数据库样本,具体数量未提及,以及食管癌细胞系的功能实验。 未提及 单细胞RNA-seq 未提及 未提及
2585 2026-08-16
Citrullination-associated transcriptional states identify a non-canonical invasive program in malignant epithelial cells and correlate with SPP1-CD44 immune microenvironment niches in thyroid cancer
2026-Aug-04, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究整合单细胞和空间转录组数据,揭示甲状腺癌中瓜氨酸化相关的恶性上皮细胞非经典侵袭程序及其与SPP1-CD44免疫微环境生态位的关联 首次描绘甲状腺癌中瓜氨酸化的细胞分布和功能状态,发现高瓜氨酸化恶性细胞具有非经典的“高侵袭/高凋亡”程序而不伴随EMT升高,并确定SPP1-CD44轴为功能性巨噬细胞-恶性细胞通讯枢纽 未提供明确的局限性信息 阐明瓜氨酸化在甲状腺癌恶性进展和微环境重塑中的作用及其潜在治疗靶点 甲状腺癌中的恶性上皮细胞、髓系细胞(特别是常规树突状细胞和巨噬细胞)以及SPP1-CD44免疫微环境生态位 数字病理学 甲状腺癌 单细胞转录组测序、空间转录组测序、批量转录组测序、CopyKAT、基因敲低和过表达实验 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据、细胞实验数据 单细胞数据含92,519个细胞(GSE232237),空间转录组数据(GSE250521),TCGA-THCA批量数据,以及TPC-1和8505C细胞系 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序 NA NA
2586 2026-08-16
Protocol for high-resolution multiplexed sequencing of single-cell full-length transcriptome with CBTi-seq
2026-Aug-03, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 本文介绍了一种名为CBTi-seq的高分辨率多重测序方案,用于单细胞全长转录组分析,详细描述了从样本获取到文库富集的完整实验流程。 CBTi-seq通过组合条形码Tn5转座酶插入技术,实现了高可扩展性和全长转录组覆盖,解决了通量与全长覆盖之间的平衡难题。 摘要中未提及明显的局限性信息。 提供一种高效、可扩展的单细胞全长转录组测序方案,以支持单细胞和微区域组织的转录组分析。 单细胞和微区域组织样本。 基因组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA CBTi-seq(组合条形码Tn5转座酶插入测序)
2587 2026-08-16
Exploring Heteroplasmic Variants in mtDNA: Insights from Single-Cell Transcriptomics
2026-Aug-03, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学流程,表征了线粒体DNA异质性,并探讨了突变水平与转录组变化的关系 首次利用单细胞转录组学在单细胞分辨率下揭示线粒体DNA异质性的分布特征,发现大多数细胞呈现近同质性,而非均匀混合 研究样本仅来自四株成纤维细胞系,且突变水平与转录组的关联具有高度样本特异性,可能受核背景和细胞环境的影响 利用单细胞RNA测序技术研究线粒体DNA异质性及其对细胞表型和转录组的影响 携带呼吸复合体I亚基基因异质性致病变异的患者来源的成纤维细胞系 单细胞转录组学 线粒体疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 4株成纤维细胞系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2588 2026-08-16
Multi-Omics Identification of Vasculogenic Mimicry-Associated Molecular Subtypes in Hepatocellular Carcinoma for Prognostic Stratification and Therapeutic Response Prediction
2026-Aug-02, Cancers IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据,建立了基于血管生成拟态相关的肝细胞癌分子亚型分类系统,并系统表征了其生物学特征,为预后分层和治疗决策提供框架。 创新性地基于血管生成拟态相关基因集和单细胞RNA测序数据,识别出六个预后相关VM基因,并构建了VM评分亚型分类系统,结合空间转录组学、CyTOF、代谢组学等多组学手段全面刻画了亚型特征。 伊维菌素的抗肿瘤活性仍需进一步的实验验证,且研究主要基于公共数据集和动物模型,临床验证尚不充分。 建立肝细胞癌中基于血管生成拟态的分子分型系统,评估其预后价值,并探索亚型特异的治疗反应预测。 肝细胞癌患者样本,包括bulk转录组、单细胞RNA测序、空间转录组、CyTOF、代谢组学、脂质组学、体细胞突变和拷贝数变异数据,以及原位肝癌小鼠模型。 多组学分析 肝细胞癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、质谱流式细胞术、代谢组学、脂质组学、体细胞突变分析、拷贝数变异分析、LASSO-Cox回归 Cox回归模型、LASSO 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、脂质组数据、基因组变异数据 多个独立HCC队列,具体样本量未在摘要中提及 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学、质谱流式细胞术 NA NA
2589 2026-08-16
Myofibroblastic CAF and Malignant Ductal Cell Crosstalk Drives Epithelial-Mesenchymal Transition and Progression in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma via THBS2-SDC/Integrin Axes
2026-Aug-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过多组学数据分析,识别出胰腺导管腺癌中具有高上皮-间质转化活性的恶性导管亚群Ductal-T0,并揭示了肌成纤维细胞CAF通过THBS2-SDC/整合素轴促进该亚群EMT和肿瘤进展的机制 首次在PDAC中识别出具有最高EMT活性和myCAF样转录程序的Ductal-T0亚群,并通过多组学整合分析预测了myCAF分泌的THBS2与ITGA3/ITGB1/SDC1/SDC4受体轴的相互作用,结合空间转录组揭示了肿瘤边缘的共定位和免疫排斥机制 该研究主要基于计算预测和数据推断,缺乏实验验证;EMT相关免疫排斥模型为计算推断,需进一步功能实验证实 阐明PDAC中特定CAF亚型与恶性导管细胞之间的分子交互作用及其在EMT和肿瘤进展中的驱动机制 胰腺导管腺癌样本中的恶性导管细胞亚群和肌成纤维细胞CAF 多组学与计算生物学 胰腺导管腺癌 多组学分析、空间转录组学 计算预测模型 多组学数据、空间转录组数据 未具体说明 NA 空间转录组学 NA NA
2590 2026-08-16
Tissue and cellular spatiotemporal dynamics in colon aging
2026-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1
研究论文 构建了跨越三个解剖区域和11个年龄组的结肠细胞和空间图谱,并开发了计算框架cSplotch来研究衰老过程中的组织与细胞时空动态 开发了新的计算框架cSplotch,利用层次贝叶斯模型整合空间转录组和单核RNA测序数据,通过组织学特征共享信息,识别结肠衰老相关的细胞和分子梯度 未提及明显的局限性 揭示结肠衰老过程中组织结构和分子调控的时空动态变化 小鼠结肠组织,涵盖三个解剖区域和11个年龄组 空间转录组学, 单细胞转录组学 衰老相关疾病 空间转录组学, 单核RNA测序 层次贝叶斯模型 空间转录组数据, 单核RNA测序数据, 组织学图像 约1,500个小鼠肠道组织(空间转录组)和约400,000个单核RNA测序谱 NA 空间转录组学, 单核RNA测序 NA NA
2591 2026-08-16
Prognostic value and spatial transcriptomic landscape of histopathological growth patterns in synchronous colorectal liver metastases
2026-08, European journal of surgical oncology : the journal of the European Society of Surgical Oncology and the British Association of Surgical Oncology
research paper 本研究验证了组织学生长模式(HGPs)在同步性结直肠癌肝转移中的预后价值,并通过空间转录组学揭示了其分子机制 首次将空间转录组学与HGPs结合,揭示了促结缔组织增生型和替代型肿瘤两种不同的分子适应策略,即血管生成受限与代谢共选 未提及具体限制 验证HGPs在同步性结直肠癌肝转移中的预后价值,并探索其空间转录组学基础 182例手术切除的同步性结直肠癌肝转移患者 digital pathology colorectal liver metastases spatial transcriptomics, NMF NA clinicopathological data, spatial transcriptomics data 182 patients NA spatial transcriptomics NA NA
2592 2026-08-16
Foxs1-mediated transformation of CD34+ fibroblast to myCAFs promotes tumor growth
2026-Aug, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1
研究论文 本研究通过谱系追踪、单细胞RNA测序和空间转录组学,鉴定出Cd34Pi16成纤维细胞祖细胞,并揭示其通过转录因子Foxs1向Acta2肌成纤维细胞分化的过程,提出靶向该分化过程的抗肿瘤策略 首次确定Acta2肌成纤维细胞的发育起源,实验验证了Cd34向Acta2的转化,并结合CMap/LINCS L1000数据库筛选出抑制Foxs1上调的小分子化合物,提出靶向CAF谱系发育的新型抗肿瘤策略 尚不清楚其他肿瘤类型中该分化机制是否普遍适用,且小分子候选物的体内疗效和安全性有待进一步验证 阐明癌症相关成纤维细胞的发育起源和分化轨迹,并探索靶向其分化的抗肿瘤治疗策略 黑色素瘤和胃癌中的Cd34Pi16成纤维细胞祖细胞及其分化的Acta2肌成纤维细胞 数字病理学 黑色素瘤、胃癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、诱导型遗传谱系追踪 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据 不明确,涉及黑色素瘤和胃癌组织及小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium、10x Visium 10x Chromium单细胞3'试剂盒、10x Visium空间转录组FFPE方案
2593 2026-08-16
Pericyte KATP channel hyperactivity redistributes cortical blood flow in a CADASIL mouse model
2026-Aug, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 本研究结合空间转录组学与活体双光子及三光子成像,探究CADASIL小鼠模型中周细胞K通道活性增强如何导致皮层血流重新分布,并加剧深层脑区灌注不足 首次揭示周细胞K通道病理性过度活跃导致脑血流空间分配失衡的新机制,并利用空间转录组学与多光子成像结合的方法,深入解析微血管代谢障碍对深层灌注的影响 摘要中未明确提及研究局限,可能涉及样本量有限或动物模型与人类疾病的差异等 阐明CADASIL模型中毛细血管周细胞功能异常对脑血流空间分布及深层灌注的影响机制 CADASIL小鼠模型(TgNotch3R169C)及对照小鼠的脑微血管系统,尤其是周细胞和毛细血管 数字病理学 小血管疾病 空间转录组学、双光子成像、三光子成像、电生理学、离体实验、计算机模拟 NA 基因表达数据、图像数据、电生理数据 未明确说明具体样本数量,涉及CADASIL小鼠模型和对照小鼠 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组平台
2594 2026-08-16
RareCapsNet: An explainable capsule network enables robust discovery of rare cell populations from large-scale single-cell transcriptomics
2026-Aug, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 开发了RareCapsNet,一种基于胶囊网络的罕见细胞识别技术,用于大规模单细胞RNA测序数据中稳健地发现罕见细胞群体 利用胶囊网络的低级胶囊解释性,通过标记基因以人类友好的方式识别罕见、低代表性或推定罕见的细胞群体,并支持跨批次知识迁移 未在摘要中明确提及,可能包括计算复杂性和对真实数据复杂性的依赖 通过胶囊网络改进大规模单细胞转录组数据中罕见细胞群体的识别和解释 罕见细胞群体及其转录组特征 机器学习 NA 单细胞RNA测序数据分析 胶囊网络 单细胞转录组数据(模拟和真实数据) 未明确,涉及大规模单细胞数据(数万细胞) NA 单细胞RNA-seq NA NA
2595 2026-08-16
Integrating short-read and long-read single-cell transcriptomics of pig pituitary reveals mechanisms of high-altitude hypoxia adaptation
2026-Aug, PLoS genetics IF:4.0Q1
研究论文 整合长读长和短读长单细胞转录组测序技术,构建猪垂体的单细胞图谱,揭示高海拔低氧适应机制 首次整合Oxford Nanopore长读长和Illumina短读长单细胞测序技术,生成猪垂体的全长度单细胞图谱,并鉴定出约28%的新转录本异构体,揭示了高海拔适应中的代谢重编程和细胞间通讯变化 未提供明确的局限性信息 通过单细胞转录组分析,揭示猪垂体在高海拔低氧环境下的适应机制 来自迪庆藏猪(高海拔3200米)和滇南小耳猪(低海拔500米)的垂体组织 单细胞转录组学 不适用 长读长单细胞测序(Oxford Nanopore)和短读长单细胞测序(Illumina) 无监督聚类和标记基因注释 单细胞转录组数据 27,339个单细胞,涵盖28,932个表达基因,来自两种猪品种 Oxford Nanopore, Illumina 单细胞RNA-seq Oxford Nanopore, Illumina NovaSeq Oxford Nanopore长读长单细胞测序和Illumina短读长单细胞测序
2596 2026-08-16
Patient-derived resources for decoding and targeting brain metastases ecosystems
2026-Aug, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1
观点评论 本文基于RISEbrain联盟的经验,综述了患者来源资源在解码和靶向脑转移生态系统中的应用,包括临床队列、生物库、功能性离体模型和多组学平台 强调快速尸检项目在捕获早期转移播种中的未充分利用潜力,并提出整合多种患者来源资源形成相互依赖的工具包以推进脑转移的早期检测、预防和精准治疗 文中未明确提及局限性,但可推断资源和平台的整合面临实质性后勤和技术障碍 探讨患者来源资源如何用于解码脑转移的生态系统,以推进早期检测、预防和精准治疗 脑转移患者来源的临床队列、生物库、功能性离体模型(如器官型培养和类器官)及多组学数据 数字病理学 脑转移 空间转录组学、蛋白质组学、液体活检、光子生物传感器 类器官模型 转录组数据、蛋白质组数据、影像数据 未明确 NA 空间转录组学、单细胞转录组学、蛋白质组学 NA NA
2597 2026-08-16
Multi-omics uncovers the critical role of ceramide-mediated Acinetobacter growth suppression in pressure injury healing under aging and malnutrition
2026-Aug, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过多组学方法揭示了衰老和营养不良双重干预下,神经酰胺介导的醋杆菌生长抑制在压疮愈合中的关键作用 首次发现神经酰胺-花生四烯酸-自噬/WNT轴在衰老和营养不良条件下调节压疮愈合的新的分子机制,并证明神经酰胺补充可促进老年人伤口愈合 摘要未明确提及研究局限性 阐明衰老和营养不良对压疮愈合的影响及其分子机制 衰老和营养不良干预下的压疮伤口模型,包括皮肤微生物组、代谢组和转录组数据 数字病理学 压疮 16S rRNA测序、血清和皮肤代谢组学、批量RNA测序、单细胞RNA测序 随机森林 微生物组、代谢组、转录组数据 未明确说明样本数量 NA 16S rRNA测序、代谢组学、批量RNA测序、单细胞RNA测序 NA NA
2598 2026-08-16
A multi-omics analysis of a succinylation-associated gene-expression signature in clear cell renal cell carcinoma: prognostic significance and the immune-metabolic microenvironment
2026-Aug, Genes & genomics IF:1.6Q3
研究论文 通过多组学分析,研究了透明细胞肾细胞癌中琥珀酰化相关基因表达特征的预后意义及免疫代谢微环境 首次构建了基于20基因组的琥珀酰化相关转录评分,并结合单细胞和空间转录组学分析其在肿瘤细胞中的定位,揭示了低评分肿瘤的免疫热表型特征 基于文献策划的20基因面板可能未完全覆盖所有琥珀酰化相关基因,且计算药物敏感性分析仅为探索性关联,需进一步验证 表征琥珀酰化相关转录特征及其在透明细胞肾细胞癌中的临床相关性 透明细胞肾细胞癌肿瘤组织和正常组织样本 机器学习和数字病理 透明细胞肾细胞癌 RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 多变量Cox回归模型 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 TCGA-KIRC(约530例)、E-MTAB-1980(约101例)、CPTAC(约100例),以及其他验证队列 NA RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 NA NA
2599 2026-08-16
Extracellular cyclophilin A promotes B-cell acute lymphoblastic leukemia progression via MC2R
2026-Aug, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1
研究论文 研究表明细胞外亲环蛋白A通过结合MC2R受体激活下游信号通路,促进B细胞急性淋巴细胞白血病进展,并可作为潜在治疗靶点 首次揭示细胞外亲环蛋白A在B-ALL中的促癌机制,通过MC2R受体激活cAMP-PKA-CREB通路,调控CD44、FN1和MMP9表达,并验证了抗CypA抗体的治疗潜力 抗CypA抗体仅能适度降低白血病负担,且研究主要在异种移植小鼠模型中进行,临床效果需进一步验证 探究细胞外亲环蛋白A在B细胞急性淋巴细胞白血病进展中的作用机制,并评估其作为治疗靶点的可行性 B细胞急性淋巴细胞白血病患者样本、NALM6细胞系、小鼠异种移植模型和患者来源的异种移植模型 分子生物学 B细胞急性淋巴细胞白血病 单细胞转录组测序 异种移植小鼠模型 基因表达数据 未明确说明患者样本数量,小鼠模型包括NALM6异种移植和患者来源异种移植 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2600 2026-08-16
Coordinated MBW, GIS, and RSL Regulatory Networks in Plant Epidermal Patterning Under Environmental Cues
2026-Jul-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 本文综述了植物表皮毛和根毛发育中MBW、GIS和RSL调控网络的协同作用,以及这些网络在环境信号下的调节机制 整合了单细胞转录组学、营养感知和进化视角,提出了环境响应性表皮发育的框架,并识别了作物改良的可测试机会 强调了在作物物种中,天然网络等价性、多效性效应和田间胁迫益处仍有待证实 理解环境响应性表皮发育的调控机制,并为提高作物抗逆性提供框架 植物表皮中的毛状体和根毛,以及相关的转录因子网络(MBW、GIS、RSL) 植物发育生物学 NA 单细胞转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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