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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2341 | 2026-06-14 |
Inflammation reprograms fibro-adipogenic progenitors to sustain immunopathogenic niches in myositis
2026-Jun-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08966-w
PMID:42285969
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研究论文 | 本研究揭示了炎症通过重编程纤维-脂肪祖细胞来维持肌炎中免疫致病微环境的新机制 | 首次发现组织驻留基质细胞(纤维-脂肪祖细胞)在特发性炎症性肌病中通过感知组织环境并形成炎性微环境,驱动促炎和促纤维化表型,其作用此前未被认识 | 研究主要基于转录组学分析,功能验证依赖体外实验,体内成像和因果关系的直接证据可能不足 | 探究特发性炎症性肌病中疾病活动持续存在的机制,寻找新的治疗靶点 | 特发性炎症性肌病患者(24例)和非疾病对照(6例)的骨骼肌组织 | 数字病理学 | 肌炎 | 单细胞核RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 24例IIM患者和6例非疾病对照的骨骼肌样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞核3'测序,10x Visium空间转录组学 |
| 2342 | 2026-06-14 |
CD49a+ NK cells promote M2 polarization and are associated with poor pathological response in NSCLC
2026-Jun-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-57649-1
PMID:42286110
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研究论文 | 本研究鉴定出CD49a+组织驻留NK细胞亚群,并揭示其通过驱动M2巨噬细胞极化促进非小细胞肺癌免疫抑制微环境的机制 | 首次鉴定CD49a+ NK细胞作为非小细胞肺癌中的组织驻留亚群,发现其通过CSF-1表达驱动M2巨噬细胞极化并与不良病理反应相关 | 研究主要基于手术标本,未涉及其他样本类型;机制研究尚未深入阐明CD49a+ NK细胞调控M2极化的具体信号通路 | 分析非小细胞肺癌肿瘤微环境中NK细胞的异质性,鉴定组织驻留亚群及其临床相关性 | 非小细胞肺癌手术标本中的NK细胞亚群 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于单细胞转录组分析 |
| 2343 | 2026-06-14 |
Developing WNT-derived bone anabolic peptides for skeletal aging and fracture by reconstructing thumb and index domains of WNT7B
2026-Jun-12, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-026-01695-7
PMID:42286253
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研究论文 | 通过重建WNT7B的拇指和索引结构域,开发出WNT来源的骨合成肽,用于治疗骨骼老化和骨折 | 利用AlphaFold增强的序列预测和计算机对接筛选,首次识别WNT7B的重组结构域作为骨合成肽,并通过非经典Ca-NFAT通路独立于致癌的经典Wnt/β-catenin信号发挥作用 | 未提及具体局限性 | 开发WNT来源的骨合成肽以治疗骨骼老化和促进骨折愈合 | WNT7B肽对老龄小鼠和猪骨质疏松模型的治疗效果,以及其促进间充质干细胞功能和骨再生的机制 | 机器学习 | 骨骼老化,骨质疏松 | AlphaFold序列预测,计算机对接筛选,单细胞测序,转基因谱系追踪,生化分析 | AlphaFold | 序列数据,单细胞测序数据,图像(用于骨再生评估) | 老龄小鼠和猪骨质疏松模型,临界尺寸骨缺损模型,涉及多种组织样本和细胞(间充质干细胞) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2344 | 2026-06-14 |
Fibronectin 1 mediates pressure-induced aggressive phenotypes in colorectal cancer cells and cancer stem cells
2026-Jun-12, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04381-5
PMID:42286651
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研究论文 | 本研究揭示纤维连接蛋白1在结直肠癌细胞中介导压力诱导的侵袭性表型及癌症干细胞作用 | 首次阐明机械压力与纤维连接蛋白1在结直肠癌进展中的协同作用机制 | 研究主要基于体外模型,缺乏体内实验验证;样本量较小(n=19) | 评估纤维连接蛋白1在结直肠癌中的预后作用及其与机械压力的相互作用 | 结直肠癌细胞及癌症干细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 19对结直肠癌组织及癌旁正常组织;单细胞RNA测序数据(GSE302903) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2345 | 2026-06-14 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune-peritubular myoid cell crosstalk driving testicular interstitial fibrosis in idiopathic non-obstructive azoospermia
2026-Jun-12, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01600-4
PMID:42286720
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示特发性非梗阻性无精子症中免疫-管周肌样细胞交互驱动睾丸间质纤维化的机制 | 首次识别管周肌样细胞为睾丸间质纤维化的主要贡献者,发现巨噬细胞来源的PDGF信号促进纤维化,并鉴定瑞戈非尼为潜在治疗药物 | 研究主要基于计算分析和有限样本验证,需进一步在更大队列和动物模型中验证机制及治疗效果 | 探究特发性非梗阻性无精子症的发病机制,特别是睾丸间质纤维化的细胞和分子机制 | 特发性非梗阻性无精子症患者和健康对照者的睾丸组织样本 | 数字病理学, 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, H&E染色, Masson三色染色, 多重免疫荧光, 网络药理学, 分子对接 | 细胞间通信分析模型 | 单细胞转录组数据, 组织图像 | 特发性非梗阻性无精子症患者和健康对照者的睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2346 | 2026-06-14 |
Brillouin microscopy for contact- and label-free quantification of tissue stiffness in lung fibrosis
2026-Jun-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1093/ajrcmb/aanag114
PMID:42286788
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研究论文 | 利用布里渊显微镜对肺纤维化组织硬度进行无标记、无接触的定量评估 | 首次证明布里渊显微镜可对肺纤维化组织进行定量空间硬度测量,并整合到常规研究流程中 | 该研究为概念验证性研究,且仅限于冷冻切片的离体测量,未涉及活体组织检测 | 评估布里渊显微镜在肺纤维化组织硬度定量表征中的可行性,为机械生物学研究提供新工具 | 小鼠肺组织冷冻切片(含纤维化及对照组)和人类纤维化肺组织切片 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 布里渊显微镜 | NA | 图像 | 未在标题和摘要中明确说明样本数量 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、布里渊显微镜 | NA | 自制布里渊显微镜系统,已用水凝胶刚度标准进行校准 |
| 2347 | 2026-06-14 |
Unraveling the HGF/MET axis in Mallory-Denk body pathogenesis associated with liver fibrosis through single-cell transcriptomics
2026-Jun-11, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02722-4
PMID:42270593
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示Mallory-Denk小体(MDB)发病机制中HGF/MET轴的作用及其与肝纤维化的关系 | 首次通过单核RNA测序(snRNA-seq)识别出与MDB相关的肝细胞亚群(MAHs)及肝星状细胞亚群(aHSCs),并揭示HGF/MET/Ubd轴在MDB形成和肝纤维化中的正反馈调控机制 | 主要基于动物模型和体外类器官实验,人类样本验证规模有限 | 探究肝内细胞间交互驱动MDB发病机制及肝纤维化进展的分子途径 | 小鼠肝纤维化模型、MDB类器官培养样本、含MDB的人肝活检组织 | 数字病理学 | 肝纤维化、肝细胞癌 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型(含Ubd基因敲除鼠)及人类肝活检样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单核RNA测序(snRNA-seq) |
| 2348 | 2026-06-14 |
ScRNA-seq Data Reveal Gene Upregulation and Downregulation in Oxygen-Induced Retinopathy
2026-Jun-11, Medical science monitor : international medical journal of experimental and clinical research
IF:2.2Q3
DOI:10.12659/MSM.951911
PMID:42272073
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据分析氧气诱导的视网膜病变中的基因上调和下调 | 首次利用单细胞RNA测序数据全面解析氧气诱导视网膜病变中的关键基因表达变化,并鉴定了多个潜在靶基因如Hnrnpu、Vamp2等 | 研究基于小鼠模型,结果需在人类样本中验证;数据来源单一(GSE150703),可能缺乏普适性 | 探索早产儿视网膜病变中氧气诱导视网膜病变的靶基因 | 小鼠视网膜组织细胞 | 数字病理学 | 早产儿视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 来自GSE150703数据集的视网膜组织样本 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 2349 | 2026-06-14 |
Causal effect estimation from trans-regulatory single-cell CRISPR screens
2026-Jun-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101251
PMID:42269591
|
评论 | 介绍从反式调控单细胞CRISPR筛选实验中估计因果效应的关键概念和原则 | 系统解析了在单细胞CRISPR研究中将统计关联解释为因果效应所需的核心假设,并通过实例展示假设违背如何导致偏差 | 未提出新的统计方法或验证框架,仅对现有方法进行因果假设层面的综述性分析 | 阐明在反式调控单细胞CRISPR研究中实现因果效应估计的统计原则与假设条件 | 单细胞CRISPR筛选实验中的基因扰动与表达数据的因果关联 | 机器学习 | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2350 | 2026-06-14 |
A Systemic Immune State Axis Distinguishes Psoriatic Arthritis from Psoriasis
2026-Jun-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27115121
PMID:42278644
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研究论文 | 通过分析多项公开数据集,定义了区分银屑病关节炎与银屑病的系统性免疫状态轴 | 首次定义了一个与银屑病关节炎相关的系统性免疫状态坐标(CRS),该坐标独立于皮肤炎症反应轴(DIR),并在多种数据层面验证其区分能力 | 研究依赖公开数据集,可能受限于样本异质性和数据整合的批次效应;主要关注未治疗患者,治疗影响未充分探讨 | 揭示区分银屑病与银屑病关节炎的系统性免疫状态特征 | 银屑病患者、银屑病关节炎患者及健康对照者 | 机器学习 | 银屑病、银屑病关节炎 | 全血甲基化测序、单细胞RNA测序、RNA测序、甲基化测序 | NA | 甲基化数据、单细胞转录组数据、转录组数据 | 跨四个核心公开数据集,涉及全血甲基化、PBMC单细胞RNA测序(受试者层面汇总)、皮肤RNA测序和纯化CD4 T细胞甲基化,外加两个外部皮肤队列 | NA | 单细胞RNA测序、全血甲基化测序、RNA测序 | NA | NA |
| 2351 | 2026-06-14 |
Integrated Transcriptomic Analysis Suggests a C1Q-Related Macrophage-Fibroblast Signaling Axis in Keloids
2026-Jun-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27115140
PMID:42278663
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研究论文 | 通过整合转录组分析,揭示瘢痕疙瘩中C1Q相关的巨噬细胞-成纤维细胞信号轴 | 首次提出C1Q相关的巨噬细胞-成纤维细胞通讯模型,并通过体外实验初步验证C1Q对瘢痕疙瘩成纤维细胞的激活作用 | 研究主要基于公共数据集和初步体外实验,缺乏体内实验验证和更深入的机制研究 | 阐明巨噬细胞功能状态如何调控瘢痕疙瘩中成纤维细胞的病理性激活 | 瘢痕疙瘩组织中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 组织免疫荧光 | NA | 转录组数据, 图像 | 多个公共数据集及组织样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2352 | 2026-06-14 |
Integrating Single-Cell Profiling with Generative AI for De Novo Design of MMP9 Protein Binders in Diffuse Large B-Cell Lymphoma
2026-Jun-05, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules31111969
PMID:42280270
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研究论文 | 结合单细胞RNA测序和生成式AI设计针对弥漫大B细胞淋巴瘤中MMP9的蛋白结合剂 | 首次整合单细胞RNA测序与生成式AI管道(RFdiffusion、ProteinMPNN、AlphaFold),用于设计靶向MMP9 PEX结构域的蛋白结合剂 | 研究仅验证了部分设计蛋白的结合能力,且蛋白结合剂的体内功能及疗效尚未评估 | 探索MMP9在弥漫大B细胞淋巴瘤ABC亚型中的细胞来源,并设计靶向MMP9的蛋白结合剂 | MMP9蛋白及其PEX结构域,弥漫大B细胞淋巴瘤ABC亚型中的特异性巨噬细胞 | 机器学习 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,生成式AI(RFdiffusion、ProteinMPNN、AlphaFold),ELISA | RFdiffusion、ProteinMPNN、AlphaFold | 单细胞转录组数据、蛋白质结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2353 | 2026-06-14 |
Integrative Transcriptomics and Machine Learning Identify Macrophage-Associated Biomarkers in Hypertrophic Cardiomyopathy
2026-Jun-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27115102
PMID:42278626
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研究论文 | 通过整合转录组学和机器学习,在单细胞水平上分析巨噬细胞相关基因在肥厚型心肌病中的表达,识别出三个核心基因并构建诊断模型 | 首次利用单细胞RNA测序结合机器学习方法系统鉴定肥厚型心肌病中巨噬细胞相关的生物标志物并建立诊断模型 | 基于公开数据集,结果需进一步在独立队列中验证;样本量有限,可能影响模型泛化性 | 探究肥厚型心肌病的分子机制,识别巨噬细胞相关的生物标志物并构建诊断模型 | 肥厚型心肌病患者的心肌组织细胞,包括巨噬细胞在内的免疫细胞亚群 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,LASSO回归 | LASSO回归模型,机器学习 | 基因表达数据 | 多个公开数据集(GSE181764、GSE161921、GSE249925),具体样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 2354 | 2026-06-14 |
SpatioCell: deep integration of histology and spatial transcriptomics for profiling the cellular microenvironment at single-cell level
2026-Jun-03, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2026.06.006
PMID:42285802
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研究论文 | 提出了SpatioCell算法,通过整合组织学与空间转录组学数据,以单细胞分辨率自动提取细胞类型和表达信息 | 创新性地通过动态规划结合形态与转录组信息,实现确定性单细胞空间重构,纠正去卷积错误并揭示被忽视的微环境特征 | NA | 开发一种计算算法,将空间转录组数据提升至单细胞分辨率,以深入理解细胞空间组织 | 三阴性乳腺癌组织样本中的空间转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 动态规划 | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2355 | 2026-06-14 |
Beyond Molecular Classification in Metastatic Triple-Negative Breast Cancer: Toward Subtype-Guided Precision Oncology
2026-Jun-02, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27115040
PMID:42278564
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综述 | 本文综述了转移性三阴性乳腺癌的分子分类及其在精准肿瘤学中的应用 | 系统整合了mTNBC的基因组、转录组、表观遗传、免疫、基质及生物力学维度的肿瘤异质性,并介绍了新兴工具如单细胞RNA测序、空间转录组学和循环肿瘤DNA分析在患者分层中的潜力 | 临床实施需要更高的方法学标准化、经过验证的预测性生物标志物、可及的诊断平台以及能够捕捉治疗压力下亚型演变的动态监测策略 | 探索mTNBC的分子分类和亚型导向的精准治疗策略 | 转移性三阴性乳腺癌及其分子亚型(BL1、BL2、M、MSL、IM、LAR) | 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 循环肿瘤DNA分析, 长链非编码RNA分析, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 免疫组化数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 单细胞RNA测序和空间转录组学技术 |
| 2356 | 2026-06-14 |
Effects of Ripasudil on Mouse Subconjunctival Immune Cell Motility Activated by Monocyte Chemoattractant Protein-1
2026-Jun-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.6.20
PMID:42274198
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研究论文 | 探讨Rho激酶抑制剂ripasudil对单核细胞趋化蛋白-1激活的小鼠结膜下免疫细胞运动的影响 | 首次在体内和体外实验中证明ripasudil能够抑制MCP-1激活的巨噬细胞运动,为青光眼滤过手术后伤口愈合调控提供新思路 | 仅使用小鼠模型和细胞系,临床相关性需进一步验证;且细胞数量变化不显著,机制研究有限 | 研究ripasudil对MCP-1激活的免疫细胞运动的影响及其在青光眼滤过手术后伤口愈合中的潜在治疗价值 | 小鼠结膜下的LysM阳性细胞(巨噬细胞)以及THP-1和RAW264.7细胞系 | 机器学习 | 青光眼 | 单细胞RNA测序、免疫细胞化学、多光子显微镜成像、Boyden室实验 | NA | 图像、基因表达数据 | LysM-eGFP敲入小鼠及THP-1/RAW264.7细胞系,样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2357 | 2026-06-14 |
Integrated Single-Cell Virtual Knockout and Machine Learning Analyses Reveal a Protective Role of CKAP2 in Gastric Cancer
2026-Jun-01, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules31111901
PMID:42280204
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研究论文 | 通过整合单细胞虚拟敲除和机器学习分析,揭示了CKAP2在胃癌中的保护作用 | 首次结合单细胞虚拟敲除、机器学习算法及孟德尔随机化分析,系统研究CKAP2在胃癌中的保护机制及其与5-HT通路的关联 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,缺乏体内动物模型实验及大规模临床队列的进一步验证 | 阐明CKAP2在胃癌进展中的作用,评估其预后价值和潜在保护意义 | 胃癌患者组织样本和胃癌细胞系 | 机器学习 | 胃癌 | 全转录组测序 | 加权基因共表达网络分析, 机器学习算法 | 表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2358 | 2026-06-14 |
SGO1 and SGO2 are Associated With Disease Progression and an Immunosuppressive Microenvironment in Papillary Renal Cell Carcinoma
2026-Jun, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.72034
PMID:42287003
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research paper | 本研究整合多组学数据探究SGO1和SGO2在乳头状肾细胞癌中的表达模式、预后意义及对肿瘤免疫微环境的影响 | 首次揭示SGO1和SGO2在乳头状肾细胞癌中协同促进肿瘤进展并与免疫抑制性微环境重塑相关 | SGO1和SGO2与肿瘤免疫微环境的关联仍为相关性结论,尚需进一步机制研究建立直接的因果关系 | 确定SGO1和SGO2在乳头状肾细胞癌中的表达模式及预后意义,阐明其驱动肿瘤进展的功能机制,并评估其对肿瘤免疫微环境的影响 | 乳头状肾细胞癌(KIRP)中的SGO1和SGO2蛋白 | machine learning | 肾癌 | 多组学整合分析,单细胞转录组学,免疫组化,功能实验 | NA | 转录组数据,免疫组化图像 | TCGA、GTEx和GEO数据库中的多组学数据集,以及患者样本的免疫组化分析 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2359 | 2026-06-14 |
Single-Cell and Bulk Transcriptomics Uncover the Cellular Ecosystem of Vascular Invasion in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2026-May-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15111016
PMID:42274609
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研究论文 | 通过单细胞和 bulk 转录组学揭示了肝内胆管癌中血管浸润的细胞生态系统 | 首次发现一种新型肿瘤样癌症相关成纤维细胞(tCAFs)在血管浸润阳性的肝内胆管癌中富集,并揭示缺氧-tCAFs-内皮细胞轴作为血管浸润的关键机制 | 未明确具体限制信息 | 探究肝内胆管癌中血管浸润的肿瘤微环境驱动因素及其分子机制 | 肝内胆管癌患者的肿瘤样本及临床特征 | 机器学学习,数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞 RNA 测序,bulk RNA 测序,空间转录组学,多重免疫荧光,RT-qPCR | NA | 转录组数据,空间转录组数据,图像数据 | 25 个肝内胆管癌样本 | NA | 单细胞 RNA 测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2360 | 2026-06-14 |
Transcriptomic Signature of PDGF-BB Control of Annulus Fibrosus Reveals Modulation of Inflammatory and Neurogenic Pathways
2026-May-30, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15111007
PMID:42274599
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了PDGF-BB对人类纤维环细胞中炎症和神经源性信号通路及细胞外基质重塑的调控作用 | 首次通过转录组分析揭示PDGF-BB在健康和退变纤维环细胞中具有上下文依赖性的转录调控作用,并发现其通过调节GPCR网络和抑制炎症-神经源性信号通路发挥抗炎效果 | 未明确提出局限性 | 研究PDGF-BB对纤维环细胞生物学的影响及其在椎间盘退变中的作用机制 | 人类纤维环细胞(健康和退变) | 转录组学 | 椎间盘退变 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 健康和退变AF细胞经PDGF-BB处理3或5天 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 使用了公开的单细胞RNA-seq数据集 |