单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 5229 篇文献,本页显示第 1981 - 2000 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1981 2026-04-12
Evaluating genetic ancestry inference from single-cell transcriptomic datasets
2026-Apr-09, HGG advances
研究论文 本文提出一个评估从单细胞转录组数据推断遗传祖先方法的框架,并应用于人类细胞图谱数据集 首次系统评估单细胞转录组数据中遗传祖先推断方法的准确性,并揭示现有数据集中祖先代表性的不平衡问题 评估主要基于模拟数据和现有数据集,未涵盖所有可能的祖先群体和测序技术 评估和改进单细胞转录组数据中遗传祖先推断方法,以促进遗传多样性研究和减少分析偏差 单细胞转录组测序数据中的遗传多态性 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 ADMIXTURE等群体遗传学工具 测序reads中的遗传变异数据 来自10个人类细胞图谱数据集的401名供体 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1982 2026-04-12
CIPHER-seq enables intracellular multimodal profiling of cytokine responses in single immune cells
2026-Apr-08, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本文介绍了一种名为CIPHER-seq的新方法,用于在单个免疫细胞中同时量化细胞内蛋白质和转录组,以解决单细胞RNA测序在预测蛋白质丰度方面的不足 开发了CIPHER-seq技术,首次实现了在单细胞水平上同时分析细胞内蛋白质和转录组,提供了五层分析能力,并在免疫细胞回收方面与商业协议相匹配,同时显著减少了线粒体应激信号 NA 开发一种能够同时量化细胞内蛋白质和转录组的技术,以改善单细胞RNA测序在预测蛋白质丰度方面的局限性 刺激后的外周血单个核细胞(PBMCs) 单细胞多组学 NA 单细胞RNA测序,细胞内蛋白质分析 NA RNA序列数据,蛋白质丰度数据 NA NA 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 NA NA
1983 2026-04-12
An Artificial Intelligence Optimized Hepatic Differentiation Unveils NR5A2 and AP-1 Transcriptional Regulation in Hepatic Maturation
2026-Apr-08, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究开发了一种基于机器学习的AI工具,利用肝祖细胞的相差图像优化肝细胞分化,揭示了NR5A2和AP-1转录因子在肝细胞成熟中的关键调控作用 首次结合AI算法和计算基因组学优化肝细胞分化协议,无需免疫染色或谱系追踪即可提高成功率,并发现NR5A2和AP-1在肝细胞成熟中的新调控机制 未明确说明AI工具的具体算法细节或在不同细胞系中的普适性验证 优化人类多能干细胞向肝细胞样细胞的分化协议,并研究肝细胞分化的基因调控机制 人类多能干细胞(hPSCs)、肝祖细胞(HPCs)和肝细胞样细胞(HLCs) 机器学习 肝病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学、表观基因组学 机器学习模型(具体未指定) 图像(相差图像)、转录组数据、表观基因组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1984 2026-04-12
Structure-preserving multivariate hypothesis testing for mass spectrometry imaging and single-cell data
2026-Apr-07, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了一种名为block-SAM的结构保持多变量假设检验方法,用于处理质谱成像和单细胞RNA测序数据,以减少假阳性发现 提出block-SAM方法,考虑像素或细胞的嵌套样本结构,避免传统方法因忽略此结构而导致的样本量膨胀和假阳性增加问题 未明确讨论方法在极端数据分布或小样本情况下的性能,且主要针对特定数据类型(MSI和scRNA-seq) 开发一种统计方法,以更准确地识别质谱成像和单细胞RNA测序数据中的差异特征,同时保留空间或细胞分辨率 质谱成像数据和单细胞RNA测序数据,包括肾脏、肺、卵巢肿瘤的DESI-MSI数据以及转移性肾细胞癌的scRNA-seq数据 生物信息学 肾癌、肺癌、卵巢癌 质谱成像(MSI)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) block-SAM(一种多变量假设检验方法) 图像数据(质谱成像)、基因表达数据(单细胞RNA测序) 未明确指定具体样本数量,但涉及多个肿瘤数据集和患者比较 NA 质谱成像(DESI-MSI)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA NA
1985 2026-04-12
AutoGERN: single-cell RNA-seq gene regulatory network inference via explicit link modeling and adaptive architectures
2026-Apr-07, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了AutoGERN,一种专为单细胞RNA测序数据设计的图神经网络框架,用于推断基因调控网络 AutoGERN通过显式建模调控信息在消息传递空间中的表达,学习链接嵌入,并采用自适应架构搜索以适应不同数据集分布 未在摘要中明确提及 开发一个能够从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络的图神经网络框架 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 机器学习 NA 单细胞RNA测序 图神经网络 RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1986 2026-04-12
UBTF-HSP90A-MIF stress circuit drives lenvatinib resistance and immune exclusion in hepatocellular carcinoma
2026-Apr-05, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究揭示了肝细胞癌中UBTF/HSP90A/MIF调控环路介导乐伐替尼耐药和免疫排斥的分子机制 首次阐明UBTF/HSP90A/MIF应激环路在肝细胞癌乐伐替尼耐药和免疫微环境重塑中的核心作用,并验证MIF作为预测生物标志物和治疗靶点的潜力 研究主要基于临床前模型,临床验证队列样本量有限,需进一步大规模临床试验验证 阐明肝细胞癌中乐伐替尼-PD-1联合治疗的适应性耐药和免疫排斥机制 肝细胞癌细胞系、患者来源类器官、异种移植模型、免疫活性小鼠模型及临床患者队列 肿瘤生物学 肝细胞癌 RNA测序、启动子下拉实验、染色质免疫沉淀、荧光素酶报告基因检测、邻近连接分析、流式细胞术、单细胞RNA测序、多重免疫组化 NA 基因组学数据、转录组学数据、蛋白质组学数据、临床数据 配对乐伐替尼敏感和耐药HCC模型、患者来源类器官、异种移植模型、免疫活性小鼠模型及独立临床队列 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1987 2026-04-12
TMBIM6 enhances dopaminergic neuron survival by modulating the IRE1a pathway in Parkinson's disease
2026-Apr-03, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究探讨了TMBIM6通过调节IRE1a通路在帕金森病中增强多巴胺能神经元存活的作用机制 首次揭示了TMBIM6在帕金森病中通过直接结合并抑制IRE1a来调节内质网应激反应,从而保护多巴胺能神经元,并证明了TMBIM6/IRE1a轴作为治疗靶点的潜力 研究主要基于细胞和动物模型,人类样本数据有限,且未详细探讨TMBIM6在其他神经退行性疾病中的普遍性 探究TMBIM6在帕金森病多巴胺能神经元存活中的作用及其分子机制 多巴胺能神经元、帕金森病细胞模型、果蝇和小鼠动物模型、人类死后脑组织样本 神经科学 帕金森病 单细胞RNA-seq、基因敲低、过表达、AAV介导的基因传递、药理学抑制 NA RNA-seq数据、蛋白质水平数据、行为学数据 未明确指定具体样本数量,但涉及细胞模型、动物模型和人类组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1988 2026-04-12
Exploring Parkinson's through the Lens of Genomics and Bioinformatics
2026-Apr-02, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1
综述 本文综述了基因组学和生物信息学技术在帕金森病研究中的应用进展 系统总结了近三十年来基因组学技术(从风险基因鉴定到单细胞转录组学)如何革新对帕金森病分子机制的理解,并强调了细胞类型特异性失调的新发现 作为一篇综述文章,未提出新的原始数据或实验验证,主要基于已有研究进行归纳总结 探讨如何运用神经基因组学和生物信息学解析帕金森病的复杂本质,以发现新的治疗靶点 帕金森病的遗传位点、分子通路、细胞类型特异性失调(特别是多巴胺能神经元以外的细胞) 生物信息学 帕金森病 基因分型、基因组测序、转录组学、单细胞转录组学 NA 基因组数据、转录组数据 大规模人类群体或模式生物队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1989 2026-04-12
PPAR-γ suppresses macrophage senescence and allergic airway inflammation through controlling lipid metabolic pathways
2026-Apr, EBioMedicine IF:9.7Q1
研究论文 本研究揭示了巨噬细胞衰老在过敏性气道炎症中的致病作用,并确立了PPAR-γ作为调控巨噬细胞衰老和稳态的关键因子 首次通过单细胞RNA测序在过敏性哮喘模型中鉴定单核吞噬细胞的衰老特征,并利用巨噬细胞谱系特异性PPAR-γ条件敲除模型及脂质体靶向递送技术,阐明了PPAR-γ通过调控脂质代谢通路抑制巨噬细胞衰老的新机制 研究主要基于小鼠模型,其在人类疾病中的直接适用性尚需进一步验证;靶向递送系统的长期安全性和疗效有待评估 探究PPAR-γ在过敏性气道炎症中通过调控巨噬细胞衰老的作用机制 过敏性哮喘小鼠模型、巨噬细胞(特别是肺泡巨噬细胞) 数字病理学 哮喘 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质结合与转录组学整合分析 条件敲除小鼠模型(PpargΔCD11c) 单细胞转录组数据、基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1990 2026-04-12
A single-cell and spatial transcriptomic atlas of human tuberculous constrictive pericardium
2026-Apr, EBioMedicine IF:9.7Q1
研究论文 本研究构建了人类结核性缩窄性心包炎的单细胞和空间转录组图谱,揭示了其细胞景观和关键的细胞间通讯网络 首次整合单细胞RNA测序与空间转录组学,结合组织学和免疫荧光技术,在空间原位解析了结核性缩窄性心包炎的细胞结构、信号通路和免疫-基质微环境 样本量相对较小(6例患者和3例对照),且为横断面研究,无法动态观察疾病进程 阐明结核性心包炎进展为纤维化缩窄性心包炎的细胞机制和细胞间通讯网络 手术切除的结核性缩窄性心包炎患者心包组织及正常对照心包组织 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 组织学, 免疫组织化学, 多重免疫荧光 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 6名结核性缩窄性心包炎患者和3名正常对照的心包组织,共81,634个细胞 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
1991 2026-04-12
Generation of spatially patterned human neural tube-like structures using microfluidic gradient devices
2026-Apr, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本研究介绍了一种利用微流控梯度装置生成具有空间模式的人源神经管样结构的方法 开发了一种新型微流控梯度装置,能够在受控化学梯度下生成管状或球状的人多能干细胞集落,模拟神经管形成和区域模式化过程 需要研究人员具备聚二甲基硅氧烷软光刻和细胞培养经验,实验周期较长(8-41天),且神经结构类型和发育阶段影响完成时间 研究人类神经管形成和区域模式化,开发人类神经发育和疾病研究的模型系统 人多能干细胞 生物医学工程 NA 微流控技术、软光刻技术、免疫荧光染色、单细胞测序 微流控神经管样结构模型、微流控前脑样结构模型 图像数据、测序数据 NA NA 单细胞测序 NA NA
1992 2026-04-12
Multiscale domain identification for spatial transcriptomics via persistent homology
2026-Mar-30, Cell reports methods IF:4.3Q2
研究论文 本研究提出了一种基于持续同调的多尺度空间域识别方法,用于分析空间转录组数据 首次将拓扑数据分析(TDA)中的持续同调方法应用于空间转录组学,能够识别跨多个形态尺度的组织空间结构 未明确说明方法对计算资源的需求及在处理超大规模数据集时的可扩展性 开发能够识别多尺度空间域的算法,以更全面地解析组织结构的层次性 空间转录组数据中的基因表达空间模式 空间转录组学 NA 空间转录组学 持续同调(拓扑数据分析) 空间基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1993 2026-04-12
Hh and EGFR-Ras signaling promote distinct steps of tumor progression in the Drosophila follicle epithelium
2026-Mar-24, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究结合单细胞转录组学与遗传学、成像分析,探究EGFR-Ras和Hedgehog信号通路在果蝇滤泡干细胞谱系稳态中的作用 首次揭示Hedgehog信号同时维持未分化状态并通过激活Zfh1诱导分化,EGFR-Ras过激活通过Pointed和E2f1引起细胞周期缺陷,双通路共激活导致肿瘤样生长 研究基于果蝇模型,在哺乳动物系统中的普适性需进一步验证 探究EGFR-Ras和Hedgehog信号通路在组织稳态和肿瘤发生中的作用机制 果蝇滤泡上皮干细胞谱系 发育生物学与肿瘤生物学 肿瘤发生 单细胞RNA-seq, 遗传学分析, 成像分析 果蝇遗传模型 转录组数据, 图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1994 2026-04-12
Myeloid-derived immunosuppression of chimeric antigen receptor T cells in the neuronal microenvironment of glioblastoma
2026-Mar-13, BMC medicine IF:7.0Q1
研究论文 本研究利用人脑切片模型探究了CAR-T细胞在胶质母细胞瘤微环境中的免疫抑制机制 首次在保留复杂肿瘤微环境的人脑切片模型中,结合单细胞测序和空间转录组学技术,系统分析了CAR-T细胞与胶质母细胞瘤生态系统的相互作用 研究基于体外脑切片模型,可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的动态变化 探究胶质母细胞瘤微环境中CAR-T细胞快速失效的机制 NKG2D CAR-T细胞与胶质母细胞瘤微环境中的免疫细胞及肿瘤细胞 数字病理学 胶质母细胞瘤 PIC-seq, 空间转录组学, 基因调控网络重建 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
1995 2026-04-12
Expression of CD25 in human lung mast cells and its regulation by IL-33
2026-Mar-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1
研究论文 本研究探讨了IL-33对人类肺肥大细胞中CD25表达的调控作用 首次揭示了IL-33在正常成熟组织驻留肥大细胞中调控CD25表达的机制,并利用单细胞RNA测序数据识别了IL2RA+肥大细胞亚群 研究主要基于体外实验和公开数据集,体内功能验证可能有限 研究IL-33对肺肥大细胞CD25表达的调控及其在免疫反应中的作用 纯化的人类肺肥大细胞 免疫学 肺部炎症 RNA测序,实时定量PCR,流式细胞术,免疫荧光染色 NA 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,组织图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1996 2026-04-11
Unraveling new characteristics of γδ T cells using scRNA-seq in TCR KO chicken
2026-Mar-11, BMC genomics IF:3.5Q2
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
1997 2026-04-12
Identification of cryosensitive niches and a targetable FOS/AP‑1 program in the human ovarian cortex by single‑cell and spatial transcriptomics
2026-Mar-03, BMC medicine IF:7.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞和空间转录组学技术,识别了人卵巢皮质中对冷冻损伤敏感的细胞亚群,并揭示了FOS/AP-1通路在冷冻保存相关损伤中的关键作用 首次在单细胞和空间水平上系统鉴定了人卵巢皮质中对冷冻损伤敏感的细胞亚群,并发现FOS/AP-1通路是冷冻损伤的关键分子机制,且其抑制剂T-5224能有效挽救冷冻解冻卵巢的形态和功能 样本量较小,仅来自三例性别重置手术患者,且研究主要聚焦于卵巢皮质,未全面评估整个卵巢的冷冻损伤 识别卵巢冷冻保存中易受损的细胞亚群,并阐明冷冻损伤的分子机制 人卵巢皮质组织,包括新鲜和玻璃化-快速复温处理后的细胞 数字病理学 生殖系统疾病 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, Smart-seq2, β-半乳糖苷酶染色, 免疫荧光, qRT-PCR NA 转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 三例性别重置手术患者的卵巢皮质组织,共分析52,665个单细胞(27,185个新鲜细胞和25,480个冷冻解冻细胞)及110个卵母细胞(66个新鲜,44个玻璃化-快速复温) 10x Genomics, BGI 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 10x Chromium, BGI Stereo-seq 10x Genomics单细胞RNA-seq用于解离的卵巢细胞悬液,BGI Stereo-seq用于空间转录组分析
1998 2026-04-12
Exploring single-cell and multi-omics technologies and their role in unraveling tumor heterogeneity of hepatocellular carcinoma
2026-Mar, Journal of liver cancer
综述 本文综述了单细胞和多组学技术在揭示肝细胞癌肿瘤异质性方面的变革性作用 强调了单细胞和空间组学技术如何通过高分辨率分析肿瘤生态系统,重塑了HCC研究,并推动了生物标志物、治疗靶点和患者分层策略的发现 高成本、技术要求高以及在资源有限的环境中可及性差,是其广泛应用的主要障碍 探讨单细胞及多组学技术在解析肝细胞癌肿瘤异质性中的作用 肝细胞癌 数字病理学 肝癌 单细胞转录组学、表观基因组学、多组学、空间转录组学 NA 单细胞测序数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 NA NA
1999 2026-04-12
Fibulin-7 in progenitor cells promotes adipose tissue fibrosis and disrupts metabolic homeostasis in obesity
2026-Mar-01, Protein & cell IF:13.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA-seq技术,发现脂肪生成干细胞和祖细胞(ASPCs)中Fibulin-7(FBLN7)的表达上调会促进脂肪组织纤维化,并揭示了其通过稳定TSP1蛋白激活TGF-β信号通路的分子机制 首次在单细胞水平上识别出与细胞外基质功能密切相关的ASPCs亚群,并发现FBLN7是该亚群中在肥胖状态下显著上调的关键因子;阐明了FBLN7通过结合TSP1增强其稳定性,进而激活TGF-β信号通路促进纤维化的新机制;开发了能够显著缓解饮食诱导脂肪组织纤维化的抗FBLN7中和抗体 研究主要基于小鼠模型,人类样本的相关性分析仍需进一步验证;FBLN7在ASPCs中的特异性调控机制及其在其他组织纤维化中的作用尚未完全阐明;中和抗体的长期疗效和潜在副作用需要更多临床前研究 探究脂肪组织纤维化的细胞起源和分子机制,寻找改善肥胖相关代谢紊乱的潜在治疗靶点 小鼠脂肪生成干细胞和祖细胞(ASPCs)、肥胖小鼠模型、人类肥胖个体的内脏脂肪组织 单细胞组学 肥胖及相关代谢疾病 单细胞RNA-seq 基因敲除小鼠模型、过表达模型 单细胞转录组数据、临床代谢表型数据 未明确说明具体样本数量,涉及肥胖小鼠模型和人类肥胖个体样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2000 2026-04-12
Single-cell transcriptomics reveals hair growth retardation mediated by aberrant connective tissue sheath contraction in male androgenetic alopecia
2026-Feb-26, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究结合空间和单细胞转录组学,揭示了男性雄激素性脱发中毛囊微型化的细胞动态机制,并发现结缔组织鞘的异常收缩是关键驱动因素 首次通过单细胞和空间转录组学构建男性雄激素性脱发毛囊的单细胞图谱,揭示结缔组织鞘机械性收缩通过激活PIEZO1通道导致毛囊祖细胞凋亡和增殖抑制,从而驱动毛囊微型化,并证明ML-7药物干预可改善毛囊生长 研究主要基于男性雄激素性脱发模型,可能不适用于女性或其他类型脱发;体外器官培养和人源化小鼠模型可能无法完全模拟体内复杂环境 阐明男性雄激素性脱发的发病机制,特别是毛囊微型化的细胞和分子驱动因素 男性雄激素性脱发患者的毛囊组织,包括毛囊干细胞、祖细胞和结缔组织鞘细胞 数字病理学 雄激素性脱发 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA 转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及男性雄激素性脱发患者来源的毛囊组织 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
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