单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 3608 篇文献,本页显示第 181 - 200 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
181 2026-03-28
Patches: A Representation Learning Framework for Decoding Shared and Condition-Specific Transcriptional Programs in Wound Healing
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个名为Patches的表示学习框架,用于解码伤口愈合过程中共享和条件特异性的转录程序 开发了条件子空间学习方法,能够同时解析共享和条件特异性转录模式,特别适用于具有缺失数据、不匹配细胞群或复杂属性组合的实验设计 未明确说明框架的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 解码伤口愈合过程中共享和条件特异性的转录程序 皮肤损伤模型中的单细胞转录组数据 计算生物学 伤口愈合 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 条件子空间学习 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
182 2026-03-28
Diverse high-fat diets drive multi-omic reprogramming that persists after dietary reversal
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过纵向多组学分析,揭示了不同高脂饮食对宿主生理和肠道微生物组的长期影响,以及饮食逆转后部分变化的持续性 首次系统比较了七种不同脂肪来源的高脂饮食的长期效应,并揭示了饮食逆转后微生物组和宿主基因表达的持久性变化(“微生物组记忆”效应) 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;研究窗口期可能不足以观察所有变化的完全恢复 探究不同脂肪来源的高脂饮食对宿主-微生物组互作组的长期影响及饮食逆转后的恢复程度 小鼠(包括不同基线微生物组结构的队列) 微生物组学 代谢性疾病 粪便宏基因组学、粪便代谢组学、血浆代谢组学、脂质组学、肠道单细胞RNA测序 NA 多组学数据(基因组、代谢组、转录组) 长期饲养一年的小鼠队列,包括对照组、七种高脂饮食组及饮食逆转组 NA 单细胞RNA测序, 宏基因组测序, 代谢组学, 脂质组学 NA NA
183 2026-03-28
STiLE: Automated Tissue Microarray Dearraying for Spatial Transcriptomics
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为STiLE的工具,用于自动化组织微阵列(TMA)的去阵列化,该工具仅基于细胞质心坐标操作,无需依赖组织学图像 STiLE是首个仅基于细胞质心坐标进行TMA去阵列化的工具,消除了对图像数据的依赖,从而对染色质量不均和光照不均等伪影具有鲁棒性 NA 开发一种自动化工具,用于空间转录组学中组织微阵列的去阵列化,以克服现有方法依赖图像数据且不支持坐标输出的瓶颈 组织微阵列(TMA)样本中的细胞质心坐标 空间转录组学 NA 空间转录组学 基于连通性的组件检测、基于密度的聚类(HDBSCAN)、组件引导的聚类合并、可选的基于网格的峰值检测 细胞质心坐标 11个公共TMA样本(50-150个核心)和396个合成数据集 Vizgen, 10x Genomics, NanoString 空间转录组学 Vizgen MERSCOPE, 10x Xenium, NanoString CosMx 支持多种空间转录组学平台,包括Vizgen MERSCOPE、10x Xenium和NanoString CosMx
184 2026-03-28
Frequency-domain kernels enable atlas-scale detection of spatially variable genes
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出了一种名为FlashS的新方法,利用频域核在空间转录组学数据中高效检测空间可变基因 将空间检测移至频域,结合随机傅里叶特征和稀疏草图技术,实现多尺度核检测而无需构建距离矩阵,并采用峰度校正零假设保持校准 未明确说明方法在特定组织类型或低质量数据中的性能限制 开发准确、校准良好且可扩展的空间可变基因检测方法 空间转录组学数据中的基因空间表达模式 空间转录组学 NA 空间转录组学 频域核方法 空间基因表达数据 9个平台的50个数据集,包括Allen Brain MERFISH图谱的394万个细胞和人类心脏组织样本 NA 空间转录组学 NA NA
185 2026-03-28
Single-cell-based identification of drug synergy with immunotherapy via tumor microenvironment remodeling
2026-Mar-18, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和L1000平台筛选,建立了一个评估肿瘤微环境重塑的框架,并识别出增强免疫疗法疗效的药物组合 开发了一个基于单细胞RNA测序的免疫调节药物资源库和MP评分算法,首次系统性地量化肿瘤微环境对治疗干预的响应,并发现痛风药物别嘌醇能显著增强抗PD-1疗法的效果 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证;样本量相对有限,可能影响结果的普适性 识别在复杂肿瘤微环境中有效的治疗药物,特别是通过重塑肿瘤微环境来增强免疫疗法疗效的药物协同作用 肿瘤微环境中的细胞类型,包括髓源性抑制细胞等免疫细胞,以及739种免疫调节化合物 数字病理学 癌症 单细胞RNA测序,L1000平台筛选 MP评分算法 单细胞RNA测序数据 涉及多种癌症的小鼠模型,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
186 2026-03-28
Spatial remodeling of the tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma with cirrhosis driven by Treg-CD8⁺T cell crosstalk via the SPP1-ITGA4 axis
2026-Mar-18, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究系统比较了伴有肝硬化与不伴有肝硬化的肝细胞癌肿瘤免疫微环境的细胞组成、空间结构及免疫调节相互作用 揭示了肝硬化背景下肝细胞癌特有的免疫抑制微环境空间重构模式,首次提出Treg-CD8⁺T细胞通过SPP1-ITGA4信号轴进行空间交互的新机制 研究主要基于HBV阳性病例,结论在其他病因肝细胞癌中的普适性有待验证;空间分析样本量相对有限 阐明肝硬化背景如何重塑肝细胞癌肿瘤免疫微环境的空间结构和功能 肝细胞癌患者肿瘤组织(伴有肝硬化 vs 不伴有肝硬化) 数字病理学 肝细胞癌 空间转录组分析,单细胞RNA测序 空间分析模型 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 278例HBV阳性病例,共绘制2,837,999个细胞 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
187 2026-03-28
Subcellular transcriptome sequencing with single cell APEX-seq identifies regulators of cell-cell interactions
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为单细胞APEX-seq的新方法,用于在单细胞分辨率下绘制亚细胞转录组图谱,并应用于肿瘤-巨噬细胞和CAR T细胞共培养系统,以揭示细胞间相互作用的调控因子 开发了基于邻近标记的单细胞APEX-seq方法,首次实现了亚细胞转录组在单细胞水平的高通量映射,特别富集了传统scRNA-seq难以解析的细胞表面和分泌转录本 方法主要针对内质网相关转录本,可能未覆盖其他亚细胞区域的RNA;应用场景目前局限于共培养系统,在体内复杂组织中的验证尚需进一步研究 开发并应用一种新方法来研究亚细胞RNA定位及其在细胞间相互作用调控中的作用 肿瘤细胞、巨噬细胞、人类CAR T细胞及其共培养系统 单细胞组学 癌症 邻近标记、单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 数千个单个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA 基于液滴的单细胞RNA测序平台
188 2026-03-28
A Rare T-Cell Factor 4 Lineage-negative Epithelial Stem Cell Supports Wound Repair and APC-deletion-induced Colon Tumorigenesis
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过小鼠谱系追踪、免疫组化和单细胞测序,鉴定出一种罕见的非CBC、Tcf4谱系阴性(Tcf4 Lin-)上皮干细胞群,该细胞群在伤口修复和APC缺失诱导的结肠肿瘤发生中发挥关键作用 首次发现并表征了一种罕见的Tcf4谱系阴性结肠上皮干细胞群,揭示了其在损伤修复和肿瘤发生中的独特功能 研究主要基于小鼠模型,人类中的相关性尚需进一步验证 探索结肠上皮干细胞在组织稳态维持和肿瘤发生中的作用机制 小鼠结肠上皮细胞,特别是Tcf4 Lin-干细胞群 单细胞生物学 结肠肿瘤 谱系追踪,免疫组化,单细胞测序 NA 单细胞测序数据,组织图像数据 未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
189 2026-03-28
Binary-SPA: A Reference-Free Method for Cell Annotation in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为Binary-SPA的计算框架,用于高分辨率空间转录组学数据的细胞类型注释,无需依赖外部参考数据集 开发了一种两阶段注释方法,结合二进制分类和基于锚点的标签转移,实现了无参考的高精度细胞注释 未明确提及方法在极低表达或高度异质性样本中的性能限制 解决高分辨率空间转录组学中细胞类型注释的挑战 高分辨率空间转录组学数据中的细胞 空间转录组学 NA 空间转录组学 二进制分类模型 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
190 2026-03-28
PalmaClust: A graph-fusion framework leveraging the Palma ratio for robust ultra-rare cell type detection in scRNA-seq data
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为PalmaClust的图融合聚类框架,用于在单细胞RNA测序数据中稳健地检测超罕见细胞类型 PalmaClust创新性地将社会学中的尾敏感不平等度量指标Palma比率重新用于识别由极端稀疏性驱动的标记基因,并通过融合多个基于互补基因选择统计量构建的KNN图来提高检测性能 NA 开发一种可扩展且统计基础扎实的方法,以灵敏地检测罕见细胞群体,同时提供校准的置信度和可解释的分子特征 单细胞RNA测序数据中的罕见细胞群体,如瞬时祖细胞、耐药肿瘤亚克隆和抗原特异性淋巴细胞 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 图融合聚类框架 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
191 2026-03-28
Tetrastigma hemsleyanum alleviates febrile seizures by inhibiting HSPB1/Akt/NF-κB signaling via small extracellular vesicle-mediated astrocyte-microglia crosstalk
2026-Mar-17, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1
研究论文 本研究探讨了三叶崖爬藤总黄酮通过抑制HSPB1/Akt/NF-κB信号通路缓解热性惊厥的机制,涉及星形胶质细胞与小胶质细胞通过小细胞外囊泡的交互作用 首次揭示热性惊厥中星形胶质细胞通过释放小细胞外囊泡激活小胶质细胞HSPB1/Akt/NF-κB信号通路的机制,并鉴定儿茶素为三叶崖爬藤总黄酮的主要活性成分 研究主要基于大鼠模型和体外实验,人类临床验证尚未进行,且小细胞外囊泡的具体作用机制需进一步阐明 探究三叶崖爬藤总黄酮缓解热性惊厥的分子机制 热性惊厥大鼠模型、星形胶质细胞、小胶质细胞 神经科学 热性惊厥 单细胞RNA测序、小细胞外囊泡测序、Transwell共培养实验 动物模型(大鼠)、细胞共培养模型 基因表达数据、蛋白质表达数据 未明确具体样本数量,但涉及大鼠模型和细胞实验 NA 单细胞RNA测序、小细胞外囊泡测序 NA NA
192 2026-03-28
Müller glia-mediated regeneration restores neuronal diversity and retinal circuit organization in the adult zebrafish
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究结合诱导谱系追踪、单细胞RNA测序和形态学分析,揭示了成年斑马鱼视网膜中Müller胶质细胞来源的再生神经元的分子和结构特征 首次系统性地证明了成年斑马鱼视网膜中Müller胶质细胞介导的再生能够恢复神经元的多样性并重建视网膜环路的关键组织特征 研究主要聚焦于斑马鱼模型,其发现向哺乳动物(尤其是人类)的转化应用仍需进一步探索 探究成年斑马鱼视网膜损伤后,Müller胶质细胞介导的神经元再生是否能够恢复原有的细胞身份、多样性和环路连接 成年斑马鱼视网膜中的Müller胶质细胞及其再生出的神经元(包括光感受器、无长突细胞、视网膜神经节细胞等) 再生神经科学 视网膜损伤/神经退行性疾病 诱导谱系追踪, 单细胞RNA测序, 形态学分析, 光损伤模型, NMDA损伤模型 NA 单细胞转录组数据, 形态学图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
193 2026-03-28
Preferential formation of NUP98-KDM5A condensates at specific H3K4me3-rich loci drives leukemogenic gene expression
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了NUP98-KDM5A融合蛋白通过结合高密度H3K4me3区域形成凝胶状凝聚体,从而特异性驱动白血病基因表达的机制 首次阐明了染色质修饰(H3K4me3)与相分离凝聚体形成之间的定量靶向机制,解释了融合蛋白在广泛H3K4me3存在下仍能特异性靶向白血病基因簇的原理 研究主要基于NUP98-KDM5A模型,其他NUP98融合蛋白的机制可能不同;患者单细胞数据为相关性分析,因果机制需进一步验证 探究NUP98融合蛋白的基因靶向和凝聚体形成机制 NUP98-KDM5A融合蛋白及其在白血病发生中的作用 表观遗传学 白血病 细胞成像、基因组分析、单细胞测序 NA 成像数据、基因组数据、单细胞测序数据 患者单细胞测序数据(未明确具体数量) NA 单细胞测序 NA NA
194 2026-03-28
High-Fidelity Long-term Whole-embryo Lineage and Fate Reconstruction by Iterative Tracking with Error Correction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为ITEC的无监督方法,用于高保真地重建活体胚胎的完整细胞谱系和命运图 ITEC是一种全自动、无监督的方法,能高精度重建胚胎中每个细胞的谱系,并在斑马鱼、小鼠等多个物种数据集上验证,准确率超过99.7% NA 重建活体胚胎的完整细胞谱系和命运图,以探索发育动力学 斑马鱼、小鼠等胚胎的细胞 发育生物学 NA 迭代追踪与错误校正 无监督方法 图像数据(基于胚胎成像) 斑马鱼胚胎数据包含1850万个细胞 NA 空间转录组学 NA NA
195 2026-03-28
UniST: A Unified Computational Framework for 3D Spatial Transcriptomics Reconstruction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个统一的生成式AI框架UniST,用于从稀疏的连续切片中计算重建密集且连续的三维空间转录组学景观 UniST整合了三个互补模块:用于点云上采样的核点卷积与交叉注意力层、用于连续切片重建的基于光流的插值方法,以及用于基因表达插补的图自编码器与隐式神经表示,从而在不改变基础实验技术的情况下,从稀疏切片重建三维空间转录组学数据 NA 开发一个通用的计算框架,以解决从稀疏、异质的二维切片数据重建连贯三维组织架构的挑战 三维空间转录组学数据,特别是来自小鼠胚胎和人类癌症组织的稀疏连续切片 空间转录组学 癌症 空间转录组学 生成式AI框架,包含核点卷积、交叉注意力层、光流插值、图自编码器、隐式神经表示 空间转录组学数据(点云、基因表达) NA NA 空间转录组学 NA NA
196 2026-03-28
Predicting targeted- and immunotherapeutic response outcomes in melanoma with single-cell Raman spectroscopy and AI
2026-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种结合单细胞拉曼光谱和机器学习的方法,用于预测黑色素瘤对靶向和免疫疗法的反应 首次将单细胞拉曼光谱与机器学习结合,提供了一种非破坏性、可扩展的平台来预测黑色素瘤的治疗耐药性,并识别与治疗途径相关的生化变化 研究样本量有限(包括小鼠和人类细胞系以及9例患者样本),且方法尚未在更大规模或前瞻性临床研究中验证 开发一种可靠的方法来预测黑色素瘤对靶向和免疫疗法的反应,以改善精准医疗中的治疗选择 小鼠和人类黑色素瘤细胞系,以及9例已知对靶向和免疫治疗抑制剂有耐药性谱的患者来源样本 机器学习 黑色素瘤 单细胞拉曼光谱 随机森林 光谱数据 小鼠和人类黑色素瘤细胞系,以及9例患者样本 NA 单细胞拉曼光谱 NA NA
197 2026-03-28
Cell-type-specific transposon demethylation and TAD remodeling in aging mouse brain
2026-Mar-11, Cell IF:45.5Q1
研究论文 本研究通过生成小鼠大脑衰老的单细胞表观基因组图谱,揭示了细胞类型特异的转座子去甲基化和染色质构象变化 整合了单细胞甲基组、染色质构象、转录组和染色质可及性数据,构建了跨模态细胞分类,并开发了基于深度学习模型预测衰老相关基因表达变化 使用2月龄小鼠作为基线,可能无法完全反映更早或更晚生命阶段的衰老过程 探究大脑衰老的表观遗传机制,特别是转座子甲基化和染色质构象变化 小鼠大脑多个区域的细胞 表观遗传学 神经退行性疾病 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 深度学习模型 甲基组数据、染色质构象数据、转录组数据、染色质可及性数据 132,551个单细胞甲基组和72,666个联合染色质构象-甲基组细胞核,以及895,296个细胞的空间转录组数据 NA 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 NA NA
198 2026-03-28
ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics
2026-Mar-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍了一个名为ChatSpatial的平台,该平台利用LLM通过预验证的工具模式选择和编排空间转录组学分析方法,以提高分析的可重复性和跨平台兼容性 提出了基于模式强制编排的代理协调框架,将领域专业知识嵌入模式描述中,实现上下文感知的参数推断,并首次将60多种方法统一到单一对话工作流中 未明确说明平台对计算资源的要求、处理大规模数据集的性能限制以及非专业用户的学习曲线 解决空间转录组学数据分析中工具生态系统不兼容、可重复性差的问题,简化多步骤分析流程 空间转录组学数据分析工具和方法 空间转录组学 卵巢癌,口腔鳞状细胞癌 空间转录组学分析 LLM(大语言模型) 空间转录组学数据 涉及两个已发表研究的数据集 NA 空间转录组学 NA 基于模型上下文协议(MCP)构建,支持Python和R生态系统
199 2026-03-28
Smarca4 maintains mitochondrial homeostasis and energy metabolism during cardiac development
2026-Mar-07, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1
研究论文 本研究揭示了SWI/SNF染色质重塑ATP酶亚基Smarca4在心脏发育过程中作为线粒体稳态和细胞能量代谢的关键调节因子 首次将Smarca4鉴定为连接核调控与线粒体能量稳态的保守染色质重塑因子,在脊椎动物肌肉发育中起核心作用 研究主要基于斑马鱼模型,在人类细胞和小鼠肌管中的验证仍需进一步体内研究确认 探究表观遗传机制如何调控线粒体结构和功能,特别是在心脏发育过程中的作用 斑马鱼(smarca4a缺陷模型)、人类心肌细胞和小鼠肌管 表观遗传学 心血管疾病 RNA-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 高分辨率共聚焦成像, Seahorse代谢分析 NA 基因表达数据、染色质可及性数据、单细胞转录组数据、成像数据、代谢数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq NA NA
200 2026-03-28
SR2P: an efficient stacking method to predict protein abundance from gene expression in spatial transcriptomics data
2026-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种基于堆叠的机器学习框架SR2P,用于从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度 SR2P通过整合11种互补的预测模型,在多个空间多组学基准测试中持续优于现有方法,能够从仅含RNA的空间数据中推断蛋白质丰度 技术及成本限制仍是空间多组学分析的障碍,且蛋白质-RNA丰度在关键免疫细胞表面标记物中存在不一致性 预测空间转录组学数据中的蛋白质丰度,以扩展当前空间平台在肿瘤免疫学研究中的分析能力 头颈部鳞状细胞癌患者的空间转录组学数据 机器学习 头颈部鳞状细胞癌 空间转录组学 堆叠机器学习框架 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
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