单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 2200 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-09-20 |
SPP1+ macrophages polarized by lactate confer the progression of hypoxic adaptive tumor cells in brain
2026-Jan-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf208
PMID:40973181
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组图谱全面解析泛脑肿瘤微环境，揭示了缺氧适应性肿瘤细胞与SPP1+巨噬细胞之间的互作机制及其在脑肿瘤进展中的作用 | 首次构建泛脑肿瘤的单细胞RNA测序和空间转录组图谱，揭示了HIF-1信号介导的缺氧适应性赋予脑内肿瘤生长优势；发现了缺氧适应性肿瘤细胞通过LGALS1招募巨噬细胞并通过乳酸介导的组蛋白乳酸化诱导其向SPP1+亚群分化；阐明了SPP1直接激活肿瘤细胞MAPK信号促进肿瘤生长并抑制CD8+ T细胞杀伤活性；提出了靶向LDHA的司替戊醇与抗PD-1联合治疗脑肿瘤的新策略 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 全面研究泛脑肿瘤微环境，阐明脑恶性肿瘤（中枢神经系统原发和颅外转移）进展的潜在机制 | 泛脑肿瘤微环境，包括脑内转移瘤和间充质亚型胶质母细胞瘤，以及其中的肿瘤细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, CRISPR/Cas9基因编辑, 流式细胞术, 免疫组织化学, 免疫荧光, 定量逆转录聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 共免疫沉淀, DNA下拉实验, 染色质免疫沉淀 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 162 | 2026-09-20 |
The single-cell landscape of the human vein after arteriovenous fistula creation and implications for maturation failure
2026-Jan, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.08.024
PMID:40992573
|
研究论文 | 本研究通过组织学和多细胞转录组分析，揭示了人类动静脉内瘘（AVF）建立后静脉壁的细胞和分子变化，并阐明了AVF成熟失败的潜在机制 | 首次构建了AVF建立前后人类静脉的单细胞转录组图谱，揭示了AVF成熟失败的细胞和分子特征，并发现巨噬细胞来源的骨桥蛋白是驱动血管细胞活化的关键旁分泌信号 | 样本量相对有限（组织学23例，单细胞测序20例），且未进行功能验证实验来证实所发现的治疗靶点的有效性 | 探究AVF建立后静脉重塑的生物学机制以及AVF成熟失败的细胞和分子基础 | 接受血液透析的AVF患者，包括术前静脉、早期切除标本、成熟AVF和失败AVF | 单细胞转录组学，数字病理学 | 心血管疾病，慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序，组织学 | NA | 图像，文本 | 组织学分析23例患者，单细胞RNA测序分析20例患者的70,281个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 163 | 2026-09-20 |
Loss of Ribosomal Protein L22 (RPL22) Expression Identifies a Transcriptional Subset of MLH1-Deficient Endometrial Cancers With Lower Numbers of Tumor-Associated Lymphocytes
2026-Jan, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100899
PMID:41005533
|
研究论文 | 本研究开发了一种免疫组化检测方法，用于识别核糖体蛋白L22（RPL22）表达缺失的子宫内膜癌，并通过数字空间转录组学发现RPL22缺失的MLH1缺陷型子宫内膜癌具有免疫低表达特征 | 首次提供证据表明RPL22缺失是MLH1缺陷型子宫内膜癌中一个独特亚群的易于测量的指标，该亚群可被表征为免疫低表达型，且RPL22表达和肿瘤相关T淋巴细胞水平与肿瘤突变负荷或PD-L1表达无关 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究RPL22突变在微卫星不稳定高型子宫内膜癌中的意义，特别是RPL22表达缺失与MLH1缺陷型子宫内膜癌免疫微环境的关系 | 子宫内膜癌（EC）患者样本及RPL22敲低的EC细胞系 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 免疫组化（IHC）、数字空间转录组学 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 164 | 2026-09-20 |
Endothelial Heterogeneity in Pulmonary Hypertension
2026-01, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322482
PMID:41230600
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术揭示的肺动脉高压中肺内皮细胞异质性及其在内皮功能障碍和血管重塑中的作用，并探讨了靶向内皮功能障碍的新型治疗策略 | 聚焦于肺动脉高压中特化内皮细胞亚群的异质性，强调整合前沿技术（如单细胞RNA测序）来理解内皮异质性如何塑造肺动脉高压的疾病轨迹，并提出新的治疗创新方向 | 作为一篇简要综述，未提供原始实验数据，对具体分子机制的探讨可能不够深入，且未系统比较不同内皮亚群在肺动脉高压中的功能贡献 | 总结肺动脉高压中内皮功能障碍的最新研究进展，重点关注特化内皮细胞亚群的作用以及靶向内皮功能障碍的新型治疗策略 | 肺动脉高压中的肺内皮细胞及其亚群 | 机器学习 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 165 | 2026-09-20 |
Scaling Large Language Models for Next-Generation Single-Cell Analysis
2026-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.14.648850
PMID:41279114
|
研究论文 | 该研究基于Cell2Sentence框架，将单细胞RNA测序数据表示为文本“细胞句子”，训练规模达270亿参数的大语言模型，用于单细胞分析和虚拟细胞构建 | 首次将大语言模型扩展至270亿参数用于单细胞分析，将转录组数据与文本数据在超大规模上统一，支持多细胞上下文信息整合和复杂生物学推理，并通过虚拟筛选发现激酶抑制剂silmitasertib可上调抗原呈递 | 实验验证仅限于训练中未见的人类细胞模型，尚未在更广泛的生物学情境和临床应用中验证 | 构建下一代单细胞分析平台，统一转录组和文本数据，实现虚拟细胞开发 | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、生物文本和元数据 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 文本, 图像 | 超过十亿token的转录组数据、生物文本和元数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 166 | 2026-09-20 |
Normal cardiac lymphatics and their mimics
2026-01-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00549.2025
PMID:41285409
|
研究论文 | 本研究利用Prox1-tdTomato淋巴管报告小鼠，通过光片显微镜、冰冻和振动切片以及免疫染色，系统描绘了正常小鼠心脏各解剖部位的淋巴管分布模式，并结合单细胞RNA测序分析了心脏淋巴管内皮细胞的异质性 | 首次使用淋巴管报告小鼠模型结合多种标志物和现代成像技术，详细描述正常心脏各解剖部位的淋巴管分布，并提供心脏淋巴管内皮细胞单细胞转录组异质性图谱，强调淋巴管标志物的非特异性及使用至少两种标志物鉴定的必要性 | 研究仅基于小鼠模型，结果向人类心脏的转化性有待验证；摘要中未提及样本量等具体实验细节 | 明确正常心脏各解剖部位淋巴管的分布模式，并定义心脏淋巴管内皮细胞的细胞和转录异质性 | Prox1-tdTomato淋巴管报告小鼠的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫染色, 光片显微镜, 冰冻切片, 振动切片 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2026-09-20 |
Fibroblast-derived NEU1 as a therapeutic target for improving cortical bone integrity and fracture healing
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.119200
PMID:41356197
|
研究论文 | 该研究通过单细胞测序和动物模型揭示了骨膜成纤维细胞来源的NEU1通过去唾液酸化调控破骨细胞活性，进而影响皮质骨完整性和骨折愈合 | 首次发现骨膜成纤维细胞来源的NEU1通过去唾液酸化α2,3-连接的唾液酸残基来调控破骨细胞活性，揭示了NEU1在维持破骨细胞单核状态和皮质骨稳态中的关键作用，并证明靶向抑制NEU1可使骨折愈合时间缩短达30% | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证NEU1靶向治疗的安全性和有效性，且对NEU1调控破骨细胞的具体下游信号通路机制尚未完全阐明 | 探究骨膜中唾液酸修饰调控破骨细胞活化的分子机制，验证靶向调控NEU1在维持皮质骨稳态和促进骨折愈合中的治疗潜力 | 小鼠后肢骨组织、人骨膜组织、破骨细胞 | 数字病理学 | 代谢性骨病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学染色 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 168 | 2026-09-20 |
A single-cell multiomics roadmap of zebrafish spermatogenesis reveals regulatory principles of male germline formation
2026-Jan, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00157-7
PMID:41087739
|
研究论文 | 该研究构建了斑马鱼精子发生的单细胞多组学图谱，结合scRNA-seq、scATAC-seq和WGBS分析，揭示了雄性生殖细胞形成的调控原则 | 首次在斑马鱼中整合单细胞转录组、单细胞染色质可及性和全基因组亚硫酸氢盐测序，构建了全面的精子发生多组学图谱，发现了逃逸全局染色质压缩的位点，为跨代遗传提供了潜在机制 | 研究仅基于斑马鱼模型，尚未在其它非羊膜动物中验证；未进行功能实验验证所发现的调控机制 | 解析斑马鱼精子发生过程中生殖细胞类型的转录状态、染色质可及性动态和DNA甲基化变化，探究跨代遗传的调控机制 | 斑马鱼（Danio rerio）睾丸中的生殖细胞群体 | 单细胞多组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, WGBS | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据, DNA甲基化数据 | 分选得到的斑马鱼睾丸生殖细胞群体 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 169 | 2026-09-20 |
Mechanistic Insights into Threonine Tyrosine Kinase Mediated Cell Cycle Regulation in Triple-negative Breast Cancer
2026 Jan-Feb, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20563
PMID:41482351
|
研究论文 | 本研究通过分析 bulk 和单细胞 RNA 测序数据并结合体外功能实验，揭示 TTK 通过维持 β-catenin-Cyclin D1 信号驱动三阴性乳腺癌细胞周期进展的机制 | 结合 bulk 与单细胞转录组及 pseudotime 轨迹分析，阐明 TTK 在 G1-S-G2/M 转换中的动态上调及其与 β-catenin-Cyclin D1 信号的机制联系，并提出 TTK 作为预后生物标志物和治疗靶点 | 摘要中未明确说明研究局限性，主要为体外细胞实验和公共数据集分析，缺乏体内动物模型或临床队列验证 | 深入理解 TTK 驱动的肿瘤发生机制，并评估其作为三阴性乳腺癌预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 三阴性乳腺癌细胞系、正常乳腺上皮细胞以及乳腺癌 bulk 和单细胞 RNA 测序数据集 | 机器学习, 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, siRNA 敲低, 免疫荧光, Western blotting | NA | 文本, 图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 170 | 2026-09-20 |
Exosomes Transfer ST6GAL1-mediated Therapeutic Resistance in Rectal Cancer Cells
2026 Jan-Feb, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20558
PMID:41482354
|
研究论文 | 该研究发现直肠癌外泌体可转移ST6GAL1蛋白至其他癌细胞，从而传播放化疗耐药性 | 首次证明外泌体可在直肠癌细胞间转移ST6GAL1蛋白（而非mRNA），导致治疗耐药性的传播 | 样本量较小（n=4），仅使用细胞系和类器官模型，缺乏体内实验和临床验证 | 探究外泌体是否能够转移ST6GAL1从而在直肠癌细胞间传播治疗耐药性 | 多种表达ST6GAL1的结直肠癌细胞系及CRC类器官 | 肿瘤生物学 | 直肠癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 外泌体分离 | NA | RNA测序数据, 蛋白质数据, 图像 | 4组生物学重复样本，多种CRC细胞系及CRC类器官 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 171 | 2026-09-20 |
Single-Cell Transcriptomics and Integrated Bioinformatic Analysis Reveal Critical Biomarkers and Immune Infiltration Characteristics in Osteoarthritis
2026, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/genr/1174568
PMID:41502501
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和整合生物信息学分析，揭示了骨关节炎中关键的生物标志物及免疫浸润特征 | 结合单细胞转录组测序与整合生物信息学分析，识别了八种不同的软骨细胞亚群，并发现NR4A2、BMP1和AVPR1A等关键骨关节炎相关药物靶点，同时通过分子对接发现贝沙罗汀具有良好的结合亲和力 | 研究主要基于公共数据集的二次分析，缺乏实验验证；分子对接结果需要进一步的体内外实验证实 | 探究骨关节炎组织中的细胞组成和分子通路，识别关键生物标志物和免疫浸润特征，为骨关节炎的干预提供新的治疗靶点 | 骨关节炎患者和正常个体的软骨样本 | 机器学习 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | GSE220243数据集的骨关节炎和正常软骨样本，以及GSE114007数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2026-09-20 |
Vascular Smooth Muscle Cell-Specific BCAT2 Deficiency Attenuates Diabetic Atherosclerotic Calcification via Histone Propionylation
2026, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.1052
PMID:41503231
|
研究论文 | 本研究揭示血管平滑肌细胞中BCAT2通过组蛋白丙酰化调控RUNX2表达，从而促进糖尿病动脉粥样硬化钙化 | 首次发现BCAA分解代谢关键酶BCAT2在糖尿病动脉粥样硬化钙化中的重要作用，阐明了BCAT2-BCKA轴通过组蛋白丙酰化表观遗传调控RUNX2表达的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人体样本量有限，BCAT2作为治疗靶点的临床转化潜力仍需进一步验证 | 阐明BCAT2在糖尿病动脉粥样硬化钙化中的作用及其分子机制 | 糖尿病足截肢患者的动脉组织、ApoE敲除小鼠血管平滑肌细胞特异性BCAT2缺失模型 | 数字病理学 | 糖尿病动脉粥样硬化、心血管疾病 | 气流辅助解吸电喷雾电离质谱成像、单细胞RNA测序、空间代谢组学 | ApoE敲除小鼠模型、血管平滑肌细胞特异性BCAT2敲除小鼠模型 | 图像、文本 | 糖尿病足截肢患者的动脉组织样本（具体数量未在摘要中说明）及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序、空间代谢组学 | NA | NA |
| 173 | 2026-09-20 |
Transcriptional Heterogeneity Reveals a Synaptic Gene Program in Developing and Adult Human Oligodendrocyte Precursor Cells
2026-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.01.697017
PMID:41509247
|
研究论文 | 该研究通过优化的PDGFRα免疫淘选法从孕后17周人皮层中分离出2300多个高纯度OPC并进行单细胞RNA测序，揭示了四个转录异质性胚胎OPC亚群，其中包含一个具有突触基因程序的eSyn-OPC群体，并在成人数据中发现类似群体 | 首次鉴定出胚胎突触OPC亚群（eSyn-OPCs）和成人突触OPC亚群（aSyn-OPCs），揭示了OPC具有意想不到的丰富突触信号机制，并发现其可能参与早期皮层发育中的神经元-胶质细胞通讯 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 探究人胚胎和成人少突胶质前体细胞（OPC）的转录异质性及其在皮层发育中的角色 | 人胚胎（孕后12-22周）皮层中的少突胶质前体细胞（OPCs）及成人脑组织中的OPC | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 免疫淘选 | NA | 图像, 文本 | 从孕后17周人皮层中分离出超过2300个高纯度OPCs，另分析了孕后12-22周的组织学样本及已公开的成人单核RNA-seq数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 174 | 2026-09-20 |
ZIC2 drives colorectal cancer progression by regulating QPRT-mediated cell migration
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1722707
PMID:41694394
|
研究论文 | 本文通过多组学分析和细胞实验，揭示ZIC2通过调控QPRT促进结直肠癌进展和细胞迁移的机制 | 首次利用空间转录组学数据结合多组学分析，发现ZIC2通过上调QPRT驱动结直肠癌细胞迁移，并验证了QPRT抑制剂可部分逆转该效应 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证和临床样本的进一步确认 | 探究ZIC2在结直肠癌中的表达、临床意义及其调控下游靶点QPRT促进细胞迁移的分子机制 | 结直肠癌患者队列数据、结直肠癌细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组测序、单细胞转录组测序、空间转录组学 | WGCNA | 图像、文本 | TCGA队列数据、GEO数据集（GSE39582和GSE139555）及CRC_10x空间转录组数据集，具体样本量未明确 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | CRC_10x空间转录组数据集 |
| 175 | 2026-09-20 |
Integrated multi-omics analysis reveals dendritic cell centered regulatory networks and therapeutic targets in necrotizing enterocolitis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1900420
PMID:42630183
|
研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，揭示了坏死性小肠结肠炎（NEC）中以树突状细胞为中心的调控网络，并鉴定出ALPK2等潜在治疗靶点 | 首次揭示树突状细胞在NEC细胞间通讯网络中的核心地位，并通过机器学习鉴定出ALPK2、ERICH1和TMEM123为新候选NEC相关基因，发现ALPK2在NEC患者和实验小鼠回肠组织中显著升高，TGX221可抑制炎症因子并恢复紧密连接蛋白表达 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 阐明NEC发病机制中的细胞通讯网络和关键分子调控因子，寻找潜在治疗靶点 | NEC患者肠道组织、实验性NEC小鼠模型、LPS诱导的小鼠肠道类器官 | 机器学习 | 坏死性小肠结肠炎 | 单细胞RNA测序，转录组测序，定量实时PCR | 机器学习 | 单细胞转录组数据，基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，转录组测序 | NA | NA |
| 176 | 2026-09-20 |
FLNA promotes the progression of diabetic retinopathy by increasing M1 macrophages
2026, International journal of ophthalmology
IF:1.9Q2
DOI:10.18240/ijo.2026.09.04
PMID:42639319
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了FLNA通过增强M1巨噬细胞介导的炎症和AMPK磷酸化促进糖尿病视网膜病变进展的机制 | 首次阐明FLNA通过调控M1巨噬细胞炎症和AMPK磷酸化促进糖尿病视网膜病变进展，并验证其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 阐明FLNA在促进糖尿病视网膜病变进展中的作用及其通过调节M1巨噬细胞炎症和AMPK磷酸化的潜在机制 | 糖尿病视网膜病变患者、糖尿病患者和对照组的基因表达数据及细胞模型 | 机器学习 | 糖尿病视网膜病变 | q-PCR, Western blotting, 单细胞测序 | 随机森林 | 基因表达数据, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 177 | 2026-09-20 |
Spatially resolved gene expression analysis illuminates location-specific functions in the reef-building coral Pocillopora acuta
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0358454
PMID:42748126
|
研究论文 | 该研究结合激光捕获显微切割与RNA测序技术，对造礁珊瑚Pocillopora acuta进行空间分辨的基因表达分析，揭示了口部组织和反口部组织的组织特异性功能 | 首次将激光捕获显微切割与RNA测序结合应用于造礁珊瑚Pocillopora acuta，实现了空间分辨的高通量基因表达谱分析，揭示了珊瑚不同组织区域的特异性基因表达模式，并发现许多特化功能基因在多个组织中均有表达，表明功能生物标志物需要多基因表达模式而非单一基因 | 空间分辨率仍然有限，许多特化功能基因在多个组织中均有表达，缺乏位置特异性，需要更高分辨率技术（如单细胞/单核RNA测序和空间转录组学）才能在其原生组织复杂性中完全解析珊瑚响应 | 利用空间分辨的高通量基因表达谱分析技术，表征造礁珊瑚Pocillopora acuta的组织特异性基因表达，以理解珊瑚不同组织类型的功能分工 | 造礁珊瑚Pocillopora acuta的口部组织和反口部组织 | 空间转录组学 | NA | 激光捕获显微切割, RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 178 | 2026-09-20 |
Pseudotime-conditioned diffusion models for imputing time-series single-cell data
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbag248
PMID:42750914
|
研究论文 | 提出首个基于伪时间条件的扩散模型插补框架，用于时间序列单细胞RNA测序数据的缺失值插补 | 首次将伪时间作为条件信号引入扩散模型，提出P-CSDI和PH-CSDI两种轨迹感知模型，其中PH-CSDI进一步引入混合结构化噪声以增强频率感知的时间建模 | 未明确说明，但可能受限于伪时间推断的准确性以及实验测量时间点数量较少的问题 | 解决时间序列scRNA-seq数据中由于时间点少和细胞异质性导致的观测时间标签无法准确反映真实生物进程的问题，提高缺失基因表达值的插补精度 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 扩散模型 | 基因表达数据 | 两个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2026-09-20 |
BET Protein Degrader ZBC260 Induces Tumor Vascular Reprogramming Through Endothelial Cell Remodeling
2026, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S626513
PMID:42751599
|
研究论文 | 本研究在两种免疫健全的小鼠乳腺癌模型中，通过单细胞RNA测序分析了BET蛋白降解剂ZBC260对肿瘤内皮细胞异质性及血管重塑的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了BET蛋白降解剂ZBC260通过重塑内皮细胞异质性来重编程肿瘤血管景观，发现ZBC260可减少增殖型、尖端型和动脉内皮细胞，富集静脉和淋巴内皮细胞，并破坏内皮细胞与肿瘤及免疫细胞间的通讯 | 研究仅基于两种小鼠乳腺癌模型，样本量较小（每组n=3），未在人类乳腺癌样本中验证，且缺乏ZBC260与免疫治疗联合使用的体内功能验证实验 | 探究BET蛋白降解剂ZBC260对乳腺癌肿瘤微环境中内皮细胞异质性和血管重塑的调控作用 | 两种免疫健全的小鼠乳腺癌模型（PyMT_FVB/N和D2A1_BALB/c肿瘤）中的内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | Seurat | 单细胞转录组数据 | 两种乳腺癌模型各3个对照组和3个ZBC260处理组，共12个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 180 | 2026-09-20 |
Multi-omics mapping of PSC genetic risk to a high TWAS-active JAML+ lipid-associated macrophage program: bridging single-cell heterogeneity, spatial fibrotic niches, and machine learning selection
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1923026
PMID:42707798
|
研究论文 | 通过整合转录组范围关联研究（TWAS）、单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习，揭示了原发性硬化性胆管炎（PSC）遗传风险与高TWAS活性JAML+脂质相关巨噬细胞程序之间的关联，并提名JAML+ LAMs作为连接遗传易感性与胆管周围纤维化的效应细胞群 | 首次将PSC的TWAS遗传风险映射到单细胞图谱中的特定巨噬细胞亚群，发现高TWAS活性的脂质相关巨噬细胞（LAMs）占据晚期拟时序状态并富集纤维化和先天免疫通路，通过七种机器学习特征选择算法鉴定JAML为核心区分基因，并结合空间转录组学、虚拟敲除和体外实验验证了JAML/NF-κB/PD-L1炎症轴 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，样本量有限，缺乏体内功能验证实验，JAML+ LAMs作为效应细胞群的治疗靶点仍需进一步体内研究证实 | 探究PSC遗传易感性如何通过特定免疫细胞状态导致胆管周围炎症和纤维化，并鉴定关键效应细胞群和分子机制 | PSC患者肝脏组织、外周血单核细胞来源的巨噬细胞、公共转录组数据集（GSE247128、GSE119600、GSE177044、GSE245620、GSE240429） | 数字病理学、机器学习 | 原发性硬化性胆管炎、肝纤维化 | 转录组范围关联研究（TWAS）、单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、Western blot、ELISA | 七种机器学习特征选择算法、CellChat细胞通讯推断、scTenifoldKnk虚拟敲除 | 图像、文本 | PSC肝脏单细胞RNA测序图谱（GSE247128）、批量转录组队列（GSE119600、GSE177044）、空间转录组学样本（PSC: GSE245620; 对照: GSE240429）、体外巨噬细胞模型 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium FFPE, Illumina NovaSeq测序平台 |