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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
141 2026-09-21
Multi-omics analysis identifies oxidative stress-related biomarkers and therapeutic targets linking periodontitis and ulcerative colitis via the oral-gut axis
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究整合牙周炎和溃疡性结肠炎的转录组数据集,通过多组学分析鉴定氧化应激相关的共享生物标志物和治疗靶点 首次通过整合WGCNA、机器学习和单细胞RNA测序多组学方法,鉴定出连接牙周炎和溃疡性结肠炎的氧化应激相关共享诊断生物标志物(CXCL1、XBP1、CD93、FYN、SELP和CXCR4),并发现SELP和CD93在内皮细胞中的特异性共表达 摘要中未明确提及研究局限性 阐明牙周炎和溃疡性结肠炎通过口腔-肠道轴共享的氧化应激驱动分子机制,并寻找新型生物标志物和治疗靶点 牙周炎和溃疡性结肠炎患者的转录组数据集 机器学习 牙周炎、溃疡性结肠炎 转录组测序、单细胞RNA测序 机器学习、WGCNA 转录组数据、单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq NA NA
142 2026-09-21
Trem2 activation by renal tubular debris sustains Arg1+ macrophage survival and promotes tubular epithelial repair in renal ischemia-reperfusion injury
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文揭示了Trem2通过激活PI3K-AKT信号通路维持Arg1+巨噬细胞存活,从而促进肾缺血再灌注损伤后肾小管上皮修复的机制 首次发现Trem2不仅调控Arg1巨噬细胞的吞噬活性,还通过PI3K-AKT信号通路维持其存活,并揭示了肾小管碎片通过Trem2激活促进巨噬细胞增殖和旁分泌修复因子的新机制 未明确说明 探究Trem2在肾缺血再灌注损伤后Arg1巨噬细胞存活及肾小管上皮修复中的作用机制 肾缺血再灌注损伤模型中的Arg1+巨噬细胞及肾小管上皮细胞 单细胞转录组学, 免疫学, 肾脏病学 肾缺血再灌注损伤, 急性肾损伤 单细胞转录组测序, 轨迹分析, 细胞间通讯分析, 转录组分析 NA 单细胞转录组数据, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
143 2026-09-21
Hybrid nanovesicles promote diabetic wound healing via dual-targeted multimodal therapy
2026, Burns & trauma IF:6.3Q1
研究论文 该研究构建了负载去铁胺(DFO)的杂合细胞外囊泡系统(DFO@HEVs),通过融合内皮细胞来源的细胞外囊泡与中性粒细胞来源的纳米囊泡,实现对糖尿病创面的双靶向多模式治疗 首次将内皮细胞来源的细胞外囊泡与中性粒细胞来源的纳米囊泡融合形成杂合细胞外囊泡(HEVs),并负载去铁胺(DFO),实现对内皮细胞(通过CXCR4)和炎症部位(通过β2整合素)的双重靶向,同时具备促血管生成、抑制铁死亡和抗炎的多模式治疗功能 摘要中未明确提及该研究的局限性 开发一种杂合细胞外囊泡系统,同时靶向糖尿病创面中的氧化应激、慢性炎症和血管功能障碍等多重障碍,以促进糖尿病创面愈合 高糖/棕榈酸刺激的内皮细胞和巨噬细胞(体外实验)以及糖尿病小鼠创面模型(体内实验) 机器学习 糖尿病创面 细胞外囊泡融合技术、药物递送、流式细胞术、组织学分析、转录组学、单细胞RNA测序 NA 图像、文本、转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序、转录组学 NA NA
144 2026-09-21
Chronic hepatitis B and perioperative chemotherapy efficacy in colorectal liver metastases: an exploratory analysis of clinical and mechanistic evidence
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究通过回顾性分析822例结直肠癌肝转移患者,比较围手术期与辅助化疗的疗效,并结合单细胞RNA测序和类器官实验探索慢性乙型肝炎影响化疗疗效的机制 首次发现慢性乙型肝炎与结直肠癌肝转移患者围手术期化疗耐药相关,并通过单细胞测序揭示TSPAN8+干性上皮细胞富集及SPP1-CD44信号增强导致5-氟尿嘧啶耐药的机制 回顾性研究设计,探索性分析, findings需要进一步验证 评估围手术期与辅助化疗对可切除结直肠癌肝转移患者无病生存期的影响,并探索影响化疗疗效的潜在机制 接受根治性切除术的结直肠癌肝转移患者 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序,类器官培养 NA 临床数据,单细胞RNA测序数据,类器官实验数据 822例患者(倾向性评分匹配后630例),单细胞RNA测序样本和患者来源的肝转移类器官 NA 单细胞RNA测序 NA NA
145 2026-09-21
The tumor immune microenvironment of thyroid cancer and colorectal cancer: cellular crosstalk and therapeutic implications
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 该综述系统比较了甲状腺癌与结直肠癌的肿瘤免疫微环境,重点阐述细胞组成、细胞间通讯网络及其治疗意义 系统比较甲状腺癌与结直肠癌两种恶性肿瘤肿瘤免疫微环境的共有与独特特征,并整合单细胞测序和空间转录组学的最新发现 大多数现有研究聚焦于单一肿瘤类型,缺乏对甲状腺癌与结直肠癌肿瘤免疫微环境的系统性比较,且针对肿瘤免疫微环境的联合治疗策略仍在积极探索中 系统比较甲状腺癌与结直肠癌的免疫微环境,为开发更精准有效的免疫治疗策略提供依据 甲状腺癌与结直肠癌的肿瘤免疫微环境 肿瘤免疫学 甲状腺癌,结直肠癌 单细胞测序,空间转录组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
146 2026-09-21
Spatial multi-omics decoding of the fracture nonunion niche: from immune-vascular-skeletal crosstalk to precision regeneration
2026, Frontiers in medicine IF:3.1Q1
综述 该文章综述了2022至2025年间关于骨折不愈合微环境的空间多组学研究,揭示了免疫-血管-骨骼互作失调的三大轴,并探讨了基于空间多组学发现指导的精准再生治疗策略 首次系统整合了空间转录组学、单细胞多组学、空间蛋白质组学和计算整合方法,从空间组织层面解码骨折不愈合微环境,提出了三条相互依赖的微环境功能障碍轴,并发现了空间限制性治疗靶点 作为综述文章,未提供原始实验数据;所综述的研究时间范围限于2022至2025年,可能存在文献覆盖不全;对空间多组学技术的标准化和临床转化挑战未作深入讨论 总结骨折不愈合微环境的细胞和分子机制,探讨空间多组学技术如何揭示微环境功能障碍,并探索将机制见解转化为精准再生策略的途径 骨折不愈合微环境,包括巨噬细胞、T细胞、血管内皮细胞、骨骼干细胞和祖细胞等 空间多组学 骨折不愈合 空间转录组学, 单细胞多组学, 空间蛋白质组学, 成像质谱流式, MALDI质谱成像 NA 图像, 文本 NA 10x Genomics, NanoString, Vizgen, Fluidigm, Thermo Fisher, Bruker 空间转录组学, 单细胞多组学, 空间蛋白质组学, 成像质谱流式, 质谱成像 10x Visium, 10x Xenium, MERFISH, Imaging Mass Cytometry, MALDI-MSI 10x Visium空间转录组, 10x Xenium原位分析, MERFISH多重错误鲁棒荧光原位杂交, Fluidigm Imaging Mass Cytometry, Bruker MALDI质谱成像
147 2026-09-21
The plasticity and metabolic reprogramming of macrophage in ulcerative colitis
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文综述了溃疡性结肠炎中巨噬细胞的表型可塑性、代谢重编程以及微环境信号对巨噬细胞极化的调控作用,并探讨了基于巨噬细胞的临床干预策略 系统整合了巨噬细胞可塑性与代谢重编程在溃疡性结肠炎中的调控机制,并从代谢编程角度提出了基于巨噬细胞的临床干预新思路 作为综述文章,未提供原始实验数据,缺乏对具体机制的实验验证 分析巨噬细胞的可塑性与功能多样性,以及塑造巨噬细胞极化的代谢重编程和微环境信号,为溃疡性结肠炎的巨噬细胞靶向临床干预提供新见解 溃疡性结肠炎中的肠道巨噬细胞,包括胚胎来源的驻留巨噬细胞和循环单核细胞来源的巨噬细胞 数字病理学 溃疡性结肠炎 转录组学, 蛋白质组学, 单细胞测序 NA 文本 NA NA NA NA NA
148 2026-09-20
Tumor-initiating stem cells fine-tune the plasticity of neutrophils to sculpt a protective niche
2026-Jan-12, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和基因操作,揭示了肿瘤起始干细胞通过Fads1-花生四烯酸-PGE信号通路调控肿瘤相关中性粒细胞的异质性和可塑性,从而塑造保护性微环境并促进免疫治疗耐药和肿瘤复发 首次发现位于肿瘤-基质界面的SOX2肿瘤起始干细胞通过上调Fads1产生花生四烯酸,增强中性粒细胞中的PGE信号,破坏干扰素反应,从而精细调控中性粒细胞可塑性并塑造保护性微环境 NA 探究肿瘤相关中性粒细胞不同细胞状态的出现、演化、分布及其对癌症免疫治疗疗效的影响机制 鳞状细胞癌中的肿瘤相关中性粒细胞和SOX2肿瘤起始干细胞 数字病理学, 机器学习 鳞状细胞癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 基因操作 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
149 2026-09-20
Tumor-infiltrating bacteria disrupt cancer epithelial cell interactions and induce cell-cycle arrest
2026-Jan-12, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 本文揭示了肿瘤浸润细菌通过破坏上皮细胞相互作用诱导细胞周期停滞并导致化疗耐药的机制 首次结合空间成像和单细胞空间转录组学证明胞外肿瘤内细菌(如梭杆菌)在结直肠癌和口腔癌的肿瘤微环境中局部定位,并阐明其通过破坏上皮接触诱导G0-G1期停滞和转录静默,进而导致5-氟尿嘧啶耐药 研究主要基于相关性观察和体外实验,体内因果机制仍需进一步验证;患者队列样本量有限 探究肿瘤浸润细菌对癌症上皮细胞行为的影响及其在化疗耐药中的作用 结直肠癌和口腔癌肿瘤微环境中的胞外细菌及肿瘤上皮细胞 数字病理学, 空间转录组学 结直肠癌, 口腔癌 单细胞空间转录组学, 空间成像, 活细胞成像 NA 图像, 文本 52例结直肠癌患者队列及一个独立的直肠癌队列 NA 单细胞空间转录组学 NA NA
150 2026-09-20
The gain-of-function TREM2-T96K mutation increases risk for Alzheimer's disease by impairing microglial function
2026-01-07, Neuron IF:14.7Q1
研究论文 本文研究了TREM2-T96K突变通过损害小胶质细胞功能增加阿尔茨海默病风险,并揭示了其性别依赖性效应 首次在全基因组测序数据中证明T96K增加阿尔茨海默病风险,并发现其通过影响小胶质细胞功能以性别依赖的方式发挥作用,类似于功能丧失突变R47H 研究主要基于小鼠模型和体外细胞培养,人类样本验证有限,且具体分子机制尚未完全阐明 探究TREM2-T96K突变在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞功能的影响 家族性和病例对照样本、雌性5xFAD小鼠、人类小胶质细胞培养物 机器学习, 数字病理学 阿尔茨海默病 全基因组测序, 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 全基因组测序 NA NA
151 2026-09-20
Digital twins for in vivo metabolic flux estimations in patients with brain cancer
2026-Jan-06, Cell metabolism IF:27.7Q1
研究论文 本文开发了两种基于机器学习的框架,用于在脑癌患者体内进行代谢通量估计,包括数字孪生框架(DTF)和单细胞代谢通量分析框架(C-scMFA),并揭示了胶质瘤细胞的代谢异质性及治疗反应预测 首次将第一性原理化学计量和同位素模拟与卷积神经网络结合构建数字孪生框架,用于患者批量样本的通量估计;同时开发了结合单细胞RNA测序与13C同位素示踪的单细胞代谢通量分析框架,实现单细胞水平的通量定量 摘要中未明确提及研究限制 克服组织采样困难、肿瘤微环境异质性和非稳态条件等挑战,实现人类脑癌患者的体内代谢通量估计,并预测代谢抑制剂治疗反应 脑癌患者(胶质瘤)的批量样本和单细胞样本,以及脑癌小鼠模型 机器学习 脑癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、13C同位素示踪 卷积神经网络(CNN) 图像、文本(组学数据) NA NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA NA
152 2026-09-20
scSuperAnnotator: a platform for benchmarking comparison and visualizing automated cellular annotation methods for scRNA-seq data
2026-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 开发了首个在线平台scSuperAnnotator,整合多种基于标记基因和基于参考的细胞类型注释方法,用于单细胞RNA-seq数据的自动化细胞注释、基准比较和可视化 首个整合多种基于标记基因和基于参考的细胞类型识别方法的在线平台,提供用户友好的界面,使研究人员无需编程即可完成一站式注释和分析,并提供现有注释方法的全面系统比较 摘要中未明确提及该平台的局限性 构建一个整合多种自动化细胞注释方法的在线平台,用于单细胞RNA-seq数据的细胞类型自动识别、基准比较和可视化,解决现有方法缺乏综合比较平台的问题 单细胞RNA-seq数据及其细胞类型注释方法 机器学习 NA 单细胞RNA-seq NA 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA 在线平台scSuperAnnotator,支持基于标记基因和基于参考的自动化细胞类型注释方法
153 2026-09-20
Characterize Oral-to-Blood Microbial DNA Translocation in Individuals with Cocaine Use Disorder
2026-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过对比可卡因使用障碍患者与健康对照的唾液和血浆微生物DNA,结合单细胞RNA测序,揭示了口腔至血液的微生物易位现象及其免疫激活作用 首次证明可卡因使用障碍个体存在口腔微生物失调和选择性的口腔至血液微生物易位,且易位而非可卡因本身促进免疫紊乱 样本量较小,仅10例CUD患者和24例对照,且为横断面研究,无法确定因果关系 确定口腔是否是当前可卡因使用障碍个体循环微生物DNA易位的来源 可卡因使用障碍患者(通过吸烟或吸入)和人口学匹配的非药物对照的唾液和血液样本 微生物组学 可卡因使用障碍 16S rRNA测序, 单细胞RNA测序 NA 序列数据, 文本 10例CUD患者和24例对照的配对唾液和血液样本 Illumina, 10x Genomics 16S rRNA测序, 单细胞RNA测序 Illumina MiSeq, 10x Chromium 16S rRNA V4区测序, 10x Chromium单细胞3'转录组
154 2026-09-20
Integration of in situ hybridization and scRNA-seq data provides a 2D topographical map of the developing retina across species
2026-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 结合多重原位杂交与单细胞转录组数据,构建跨物种发育视网膜的二维拓扑图谱 将多重原位杂交数据与scRNA-seq数据整合,创建发育视网膜细胞的定量二维图谱,并发现HAA原基中富集的新候选基因 摘要未明确说明 研究发育组织的空间分子组织逻辑,特别是视网膜沿背腹和鼻颞轴的区域特化 发育中的鸡、小鼠和人类视网膜 空间转录组学 NA 多重原位杂交,单细胞RNA测序 NA 图像,文本 NA NA single-cell RNA-seq, multiplexed in situ hybridization NA NA
155 2026-09-20
Radial-glia-to-astrocyte trans-differentiation and astrocyte transcriptional convergence are coordinated by CEH-43/DLX in C. elegans
2026-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章通过谱系限制性单细胞RNA测序,揭示了秀丽隐杆线虫CEPsh星形胶质细胞形成的两阶段程序,并发现转录因子CEH-43/DLX协调放射状胶质细胞向星形胶质细胞的转分化和转录汇聚 首次通过谱系限制性单细胞RNA测序揭示CEPsh星形胶质细胞形成的两阶段程序;发现CEH-43是协调放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化和转录汇聚的关键转录因子;证明CEH-43同源物DLX1/2在小鼠星形胶质细胞中表达,揭示进化保守性 研究主要基于秀丽隐杆线虫模型,虽然发现了与小鼠的保守性,但尚未在哺乳动物体内直接验证CEH-43/DLX在放射状胶质细胞向星形胶质细胞转化中的功能;单细胞RNA测序的细胞数量可能有限 揭示驱动放射状胶质细胞向星形胶质细胞汇聚转化的分子程序 秀丽隐杆线虫CEPsh星形胶质细胞及其祖细胞,以及小鼠星形胶质细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
156 2026-09-20
Single-cell profiling reveals lineage-specific fibroblast stromal subtypes drive ECM remodeling and immune modulation in the hepatocellular carcinoma tumor microenvironment
2026-Jan-03, Medical oncology (Northwood, London, England)
研究论文 通过对六个公共肝细胞癌单细胞RNA测序数据集进行整合分析,结合空间转录组和组织水平分析,鉴定出肝细胞癌肿瘤微环境中具有谱系特异性的成纤维细胞基质亚型,并验证COL1A1和COL3A1在细胞外基质重塑中的功能 首次系统性地在肝细胞癌中鉴定出八个ECM高表达基质细胞亚型和五个功能性成纤维细胞亚群,揭示了肌成纤维细胞和炎症性CAFs作为主要信号发送者,并通过siRNA敲低实验验证了COL1A1和COL3A1在促进肝细胞癌细胞增殖、迁移和集落形成中的作用 主要基于公共数据集的整合分析和体外细胞实验验证,缺乏体内动物模型实验和临床样本的直接验证 解析肝细胞癌肿瘤微环境中成纤维细胞的转录多样性及其在免疫调节和细胞外基质重塑中的作用 肝细胞癌肿瘤微环境中的基质细胞,特别是成纤维细胞亚群 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, siRNA敲低, RT-qPCR, Western blot NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像 六个公共肝细胞癌单细胞RNA测序数据集,以及HepG2和HepB3细胞系 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
157 2026-09-20
Loss of E3 ligase Ube4A Disrupts Colon Homeostasis and Accelerates Experimental Colitis via Altered Lipid Handling
2026-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究揭示了E3泛素连接酶Ube4A在结肠稳态中的重要作用,及其缺失通过改变脂质代谢加剧实验性结肠炎的机制 首次发现Ube4A是结肠稳态的调控因子,此前其在胃肠道中的生理功能未知;揭示了Ube4A缺失通过脂质转运和储存失调及上皮应激预致结肠对炎症的敏感性增加 研究主要基于小鼠模型和公共单细胞RNA测序数据,缺乏Ube4A调控结肠脂质代谢的具体分子机制解析,且未验证靶向Ube4A的治疗潜力 定义Ube4A在结肠中的功能,并确定其缺失如何影响实验性结肠炎的易感性 人结肠组织(健康个体和IBD患者)及Ube4A全局敲除小鼠 机器学习 炎症性肠病 单细胞RNA测序,转录组分析,免疫荧光,流式细胞术 NA 图像,文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
158 2026-09-20
Disruption of Pre-Bötzinger Complex neuropeptidergic tonality controls fear and metabolic response
2026-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文揭示了脑干呼吸节律发生器preBötC作为应激响应枢纽,通过PACAP-PAC1R信号通路协调应激、呼吸与代谢适应 首次鉴定preBötC为连接应激反应与外周代谢调控的关键脑干枢纽,发现PAC1R阳性投射神经元通过PACAP信号调控棕色脂肪和肝脏代谢,揭示了神经肽能脑干-外周环路整合应激、呼吸与代谢的新机制 未明确说明preBötC神经元向棕色脂肪和肝脏投射的具体神经通路细节,PAC1R敲低后代谢重编程的分子机制尚需进一步验证,研究主要基于动物模型,临床转化价值有待评估 探究连接应激反应与外周代谢调控的中枢神经环路机制,特别是preBötC在应激诱导代谢适应中的作用 preBötC神经元、PAC1R阳性投射神经元、棕色脂肪组织、肝脏 神经科学 代谢疾病 病毒示踪、全脑c-Fos映射、空间转录组学、基因敲低 NA 图像、文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
159 2026-09-20
Tumor-infiltrating natural killer cell profiling for therapeutic stratification in patients with resectable non-small cell lung cancer
2026-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序分析吸烟者与非吸烟者肺组织中的自然杀伤细胞亚群,发现两种NK细胞亚群与吸烟及COPD严重程度相关,并可指导可切除非小细胞肺癌患者的治疗分层 首次鉴定出两种与吸烟和COPD严重程度密切相关的肿瘤浸润NK细胞亚群(NKSR和NKAIR),并揭示其作为可切除NSCLC治疗分层生物标志物的潜力,即NKSR高预示手术获益,NKAIR高预示新辅助化免疫治疗获益 研究样本量相对有限,需要在更大队列中进一步验证;NK细胞亚群的具体分子机制尚未完全阐明;回顾性分析可能存在选择偏倚 识别与吸烟相关的免疫细胞决定因素,以指导可切除非小细胞肺癌患者的治疗策略选择 非吸烟者和吸烟者的肺组织、侵袭性肺腺癌组织、切除的NSCLC患者及接受新辅助化免疫治疗后手术的NSCLC患者 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA 图像,文本 61例肺组织(单细胞RNA测序),19例侵袭性肺腺癌(单细胞RNA测序),102例切除的NSCLC(批量RNA测序),24例接受新辅助化免疫治疗的NSCLC患者(批量RNA测序) NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
160 2026-09-20
Single cell RNA-sequencing reveals an association between testosterone treatment and reduced hormone signaling in the human mammary gland
2026-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序比较了接受睾酮替代治疗的跨性别男性与顺性别女性的乳腺组织,发现睾酮治疗与乳腺激素信号通路下调相关 首次在人口统计学匹配的队列中,利用单细胞RNA测序技术揭示睾酮替代治疗对跨性别男性乳腺组织中激素受体阳性管腔上皮细胞雌激素信号通路基因表达的显著抑制作用,并实验验证了孕激素受体a/b表达的降低 样本量相对有限,未涉及长期随访数据,且研究对象仅为跨性别男性和顺性别女性,未包括其他人群 探究睾酮替代治疗对乳腺组织生物学的影响及其长期安全性 接受睾酮替代治疗的跨性别男性和人口统计学匹配的顺性别女性的乳腺组织 单细胞组学 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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