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当前共找到 1234 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 141 | 2026-02-07 |
Dysregulated TGFβ-ERK Signaling Drives Aberrant Extracellular Matrix Production in Noonan Syndrome-Associated Pulmonary Valve Stenosis
2026-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.16.700032
PMID:41648231
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研究论文 | 本研究利用人iPSC来源的瓣膜分化平台，揭示了Noonan综合征相关肺动脉瓣狭窄中TGFβ-ERK信号失调驱动细胞外基质异常产生的分子机制 | 首次建立了人iPSC来源的瓣膜间质细胞分化平台，结合单细胞转录组学和磷酸化蛋白质组学，系统阐明了NS相关基因变异通过增强TGFβ信号敏感性导致细胞外基质病理改变的机制 | 研究主要基于体外iPSC模型，虽然验证了临床样本但仍需更多体内实验验证；样本量有限（仅两名NS婴儿的瓣膜组织） | 阐明Noonan综合征相关肺动脉瓣狭窄的分子发病机制 | 人诱导多能干细胞（iPSC）、CRISPR编辑的NS基因变异细胞、临床肺动脉瓣组织样本 | 发育生物学与心血管疾病 | 先天性心脏病（肺动脉瓣狭窄） | iPSC分化、CRISPR基因编辑、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学（质谱）、组织病理学分析 | 疾病建模（iPSC分化模型） | 单细胞转录组数据、磷酸化蛋白质组数据、组织病理图像 | CRISPR编辑的iPSC细胞系、两名NS婴儿的肺动脉瓣组织 | NA | 单细胞RNA-seq、磷酸化蛋白质组学 | NA | NA |
| 142 | 2026-02-07 |
Targeting thymidylate synthase enhances CD8 + T-cell infiltration and inhibits tumor growth in cervical cancer
2026-Jan-19, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-026-03250-5
PMID:41553654
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、功能实验和体内模型，揭示了胸苷酸合成酶（TYMS）在宫颈癌中作为免疫代谢调节剂的作用，并证明靶向TYMS可增强CD8+T细胞浸润并抑制肿瘤生长 | 首次探索了TYMS在宫颈癌中作为免疫代谢调节剂的功能，开发了基于TYMS等基因的T细胞相关预后特征，并发现脱氧尿苷单磷酸是TYMS的高亲和力抑制剂 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，需要在临床样本中进行进一步验证 | 阐明TYMS在宫颈癌肿瘤微环境中的免疫代谢调控作用，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 宫颈癌（CESC） | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、bulk转录组学、功能测定、体内建模、分子对接 | NA | 单细胞RNA测序数据、bulk转录组数据 | 47,589个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2026-02-07 |
Hyperactivated YAP1 Drives an Invasive EMT Subtype of Cervical Squamous Cell Carcinoma
2026-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.18.700207
PMID:41648504
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研究论文 | 本研究揭示了YAP1过度激活驱动一种新型HPV非依赖性、侵袭性宫颈鳞状细胞癌亚型，该亚型因缺乏表面病变而逃逸现有筛查策略 | 首次发现Hippo-YAP信号通路破坏导致的YAP1过度激活足以诱导HPV非依赖性侵袭性宫颈癌亚型，并利用单细胞和空间转录组学解析其细胞结构和免疫微环境 | 未明确说明样本量大小，且主要基于分子机制研究，临床转化应用仍需进一步验证 | 探究逃逸现有筛查策略的宫颈癌亚型的分子机制和免疫微环境特征 | 宫颈鳞状细胞癌（CVC） | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据，空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 144 | 2026-02-07 |
Multimodal single-cell and spatial profiling reveals altered T cell-mediated immunity and B-cell follicular architecture in non-metastatic lymph nodes of patients with aggressive non-small cell lung cancer
2026-Jan-18, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.01.12.25343268
PMID:41646724
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研究论文 | 本文通过多模态单细胞和空间分析，揭示了侵袭性非小细胞肺癌患者非转移性区域淋巴结中T细胞介导的免疫和B细胞滤泡结构的改变 | 结合CITE-seq、scRNA-seq和成像质谱流式细胞术，首次在侵袭性NSCLC患者的非转移性区域淋巴结中识别出免疫抑制微环境和B细胞滤泡结构紊乱 | 样本量相对较小（11名患者的36个淋巴结），且仅针对非转移性淋巴结，未探讨转移性淋巴结或更广泛的患者群体 | 研究侵袭性非小细胞肺癌患者非转移性区域淋巴结中的免疫失调机制 | 非小细胞肺癌患者的区域淋巴结 | 数字病理学 | 肺癌 | CITE-seq, scRNA-seq, 成像质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据、空间成像数据 | 11名患者的36个淋巴结 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 145 | 2026-02-07 |
Nephron-associated Support Cell Transcriptional Plasticity Expands in Hypertension
2026-Jan-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.16.699969
PMID:41648558
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析高血压小鼠肾脏中的肾单位相关支持细胞，揭示了其在高血压条件下的转录可塑性增强及抗炎和促再生特性 | 首次在高血压模型中系统鉴定肾单位相关支持细胞的转录组变化，发现其相比淋巴内皮细胞对炎症诱导变化更具抵抗力，并调控干细胞抑制与增殖相关基因 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证；单细胞测序样本量有限；机制研究仍需进一步实验验证 | 探究高血压条件下肾脏支持细胞的转录可塑性及其在组织稳态中的作用 | 高血压小鼠肾脏中的CD31+和podoplanin+细胞（包括肾单位相关支持细胞和淋巴内皮细胞） | 单细胞转录组学 | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自两种高血压小鼠模型的肾脏细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2026-02-07 |
Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns underlying accumulation of p-Ser129 α-synuclein in a transgenic mouse model
2026-Jan-16, NPJ Parkinson's disease
DOI:10.1038/s41531-025-01246-y
PMID:41545426
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研究论文 | 本研究利用成像空间转录组学结合免疫荧光技术，在转基因小鼠模型中揭示了p-Ser129 α-突触核蛋白积累的分子模式 | 首次将成像空间转录组学与下游免疫荧光技术结合，在同一组织切片中识别出易积累pSyn的神经元亚型，并揭示了Plk2和hSNCA表达在pSyn形成中的关键作用 | 研究基于转基因小鼠模型，可能无法完全模拟人类帕金森病或路易体痴呆的复杂性 | 探究帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白选择性积累的分子机制 | 转基因过表达人α-突触核蛋白的小鼠皮层和海马神经元 | 数字病理学 | 帕金森病 | 成像空间转录组学，免疫荧光 | NA | 空间转录组数据，图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 147 | 2026-02-07 |
Macrophage Niche Reconstitution Reveals Dynamic Transcriptional and Communication Networks Renal Macrophage-Epithelial Communication
2026-Jan-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8467072/v1
PMID:41646422
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研究论文 | 本研究通过诱导性hCD59 ILY消融系统结合纵向单细胞RNA测序，揭示了肾脏驻留巨噬细胞在急性耗竭后再生过程中的转录组和细胞间通讯网络 | 首次利用诱导性消融系统结合纵向scRNA-seq，系统解析了肾脏巨噬细胞再生过程中的动态转录组和细胞间通讯网络，并识别了上皮细胞来源的CX3CL1在巨噬细胞招募中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类肾脏中的巨噬细胞再生机制可能有所不同；且scRNA-seq技术本身存在技术噪音和细胞捕获偏差 | 探究肾脏驻留巨噬细胞在急性耗竭后再生过程中的细胞和分子机制，特别是上皮-免疫相互作用的协调作用 | 小鼠肾脏驻留巨噬细胞和上皮细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 基线及消融后第1、3、7天的小鼠肾脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 148 | 2026-02-07 |
Uniform pre-processing of bacterial single-cell RNA-seq
2026-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.04.692398
PMID:41648409
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研究论文 | 本文提出了一种针对细菌单细胞RNA测序的统一预处理方法，通过改进kallisto-bustools工具套件以适应细菌转录组特征 | 将原本用于真核生物的kallisto-bustools工具套件进行改进，使其能够处理细菌特有的操纵子结构和更短的基因长度分布，实现了细菌scRNA-seq数据的统一高效预处理 | 未明确说明该方法在具体细菌物种或实验条件下的性能局限性，也未与其他预处理工具进行系统比较 | 开发适用于细菌单细胞RNA测序数据的统一预处理流程，解决现有方法分散且定制化的问题 | 细菌单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2026-02-07 |
Dual Lineage Tracing Identifies Cellular Mechanisms Underlying Radiation-Associated Changes in Atherosclerotic Lesion Composition
2026-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.14.699566
PMID:41648299
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研究论文 | 本研究开发了一种双谱系示踪小鼠模型，用于同时追踪动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞和内皮细胞的命运，揭示了辐射如何通过改变这两种细胞的动态变化来影响斑块组成和稳定性 | 开发了首个能够同时示踪平滑肌细胞和内皮细胞命运的双谱系示踪小鼠模型，克服了传统单谱系示踪方法无法在同一病变中同时追踪两种细胞类型的局限性 | 研究基于小鼠模型，其发现向人类临床的转化需要进一步验证；研究主要关注辐射这一特定血管应激源，其他应激条件下的细胞动态可能不同 | 探究辐射条件下平滑肌细胞和内皮细胞在动脉粥样硬化斑块中的命运变化及其对斑块稳定性的影响机制 | Apoe缺陷小鼠的平滑肌细胞和内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 谱系示踪、免疫染色、单细胞RNA测序 | 双谱系示踪小鼠模型 | 基因表达数据、成像数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及双谱系示踪Apoe缺陷小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2026-02-07 |
Integrative Single-cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Osteosarcoma Reveals Conserved and Distinct Ecosystems Across Sites and Species
2026-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.698472
PMID:41648517
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学分析，揭示了骨肉瘤在跨物种和不同部位间保守且独特的生态系统 | 构建了首个跨物种骨肉瘤单细胞转录组数据集，涵盖人类、犬类、PDX和同基因小鼠模型，并识别了保守的肿瘤细胞状态和肿瘤相关细胞群的重编程特征 | 研究依赖于转录组数据，可能未完全捕捉蛋白质水平或表观遗传变化，且样本来源的多样性可能引入批次效应 | 探究骨肉瘤的肿瘤微环境异质性及其在跨物种和不同解剖部位的保守与差异 | 人类、犬类骨肉瘤标本、患者来源异种移植(PDX)、同基因小鼠模型的原发（骨）和转移（肺）部位细胞 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 超过一百万个细胞/核，来自多物种和多部位样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 151 | 2026-02-07 |
3D reconstruction of spatial transcriptomics with spatial pattern enhanced graph convolutional neural network
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699328
PMID:41648149
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Spa3D的方法，利用反泄漏傅里叶变换和图卷积神经网络模型，从多个二维空间转录组切片重建三维空间结构，以提升空间域识别、细胞间通讯分析、器官级时空发育模式建模和三维空间轨迹注释的准确性 | Spa3D首次通过结合反泄漏傅里叶变换和图卷积神经网络，从二维空间转录组数据重建三维空间结构，克服了现有方法仅依赖二维坐标的限制，在三维空间域识别、细胞通讯、发育模式和轨迹分析方面优于现有技术 | NA | 开发一种能够从二维空间转录组数据重建三维空间结构的方法，以更准确地分析空间域、基因表达、细胞通讯和发育轨迹 | 空间解析转录组学数据，包括多个二维切片 | 数字病理学 | NA | 空间解析转录组学 | 图卷积神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 152 | 2026-02-07 |
Intranasal Human NSC-Derived EVs Therapy Can Restrain Inflammatory Microglial Transcriptome, and NLRP3 and cGAS-STING Signaling, in Aged Hippocampus
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.02.641082
PMID:41648159
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研究论文 | 本研究探讨了人诱导多能干细胞来源的神经干细胞外泌体通过鼻内给药，抑制老年小鼠海马神经炎症并改善认知功能的机制 | 首次证明hiPSC-NSC-EVs中的特定miRNA（miRNA-30e-3p和miRNA-181a-5p）能分别抑制NLRP3炎症小体和STING通路激活，并通过单细胞RNA测序揭示了其对小胶质细胞转录组的广泛调控作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证；长期安全性和疗效需进一步评估；机制研究主要基于体外细胞实验 | 探究hiPSC-NSC-EVs疗法对老年海马神经炎症的抑制作用及其分子机制 | 18月龄C57BL6/J雄性和雌性小鼠的海马组织，以及基因工程RAW细胞 | 神经科学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序，体外细胞实验，蛋白质和基因表达分析 | 动物模型（小鼠），细胞模型 | 基因表达数据，蛋白质数据，行为数据 | 18月龄C57BL6/J雄性和雌性小鼠，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 153 | 2026-02-07 |
Defects in tissue-resident macrophages lead to smaller eardrums and abnormal neurovascular networks with increased middle-ear infection
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699360
PMID:41648196
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研究论文 | 本研究揭示了组织驻留巨噬细胞在鼓膜发育和神经血管网络成熟中的关键作用，并探讨了其缺陷如何导致鼓膜变小、神经血管网络异常及中耳感染风险增加 | 首次发现出生后鼓膜中的组织驻留巨噬细胞具有异质性，主要来源于胚胎髓系谱系，并逐渐增加来自出生后单核祖细胞的贡献；通过单细胞RNA测序鉴定了对血管和神经元发育至关重要的基因特征 | 未详细探讨巨噬细胞耗竭的具体机制或长期影响，也未涉及人类样本验证 | 探究组织驻留巨噬细胞在出生后鼓膜发育和神经血管网络成熟中的作用，以及其缺陷如何影响中耳感染风险 | 小鼠鼓膜中的组织驻留巨噬细胞、神经血管网络及中耳感染模型 | 免疫学与发育生物学 | 中耳感染 | 命运图谱分析、单细胞RNA测序、巨噬细胞耗竭 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2026-02-07 |
Benchmarking cell type deconvolution in spatial transcriptomics and application to cancer immunotherapy
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699379
PMID:41648323
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研究论文 | 本文介绍了一个用于评估空间转录组学中细胞类型反卷积方法的基准测试框架，并将其应用于癌症免疫治疗研究 | 提出了一个结合空间和转录复杂性的现实模拟基准测试框架，发现简单的标记基因签名评分方法在性能上具有竞争力，尤其适用于稀有细胞类型 | 基准测试主要基于模拟数据，可能无法完全反映真实生物样本的复杂性；方法在缺乏匹配单细胞参考数据时的适用性仍需进一步验证 | 评估和比较空间转录组学中细胞类型反卷积方法的准确性和一致性，并应用于癌症免疫治疗响应分析 | 空间转录组学数据，包括模拟数据集和真实小鼠癌症模型中的肿瘤及引流淋巴结样本 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 标记基因签名评分方法 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 155 | 2026-02-07 |
A supervised ontology-aware cell annotation method for single-cell transcriptomic data
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699356
PMID:41648349
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研究论文 | 提出一种基于监督学习和本体论的细胞注释方法SOCAM，用于单细胞转录组数据，通过概率传播策略确保细胞类型分类的层次一致性 | 引入概率传播策略以强制本体一致性，无需重新训练现有模型即可提升性能，并提出了基于跳数的F1评分用于本体感知评估 | NA | 开发一种快速、可解释且本体一致的细胞注释方法，以改进单细胞RNA-seq数据的细胞类型分类 | 人类单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 逻辑回归 | 单细胞转录组数据 | 4200万个人类细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2026-02-07 |
Microbiome-Derived Metabolites Shape CD4⁺ T-Cell Differentiation and Immune Aging in Chronic HIV-1 Infection
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699280
PMID:41648363
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研究论文 | 本研究探讨了芳香族肠道来源细菌代谢物（GDBMs）在慢性HIV-1感染中如何影响CD4⁺ T细胞分化和免疫衰老 | 首次将细胞相关GDBMs（特别是p-甲酚硫酸盐）与CD4⁺ T细胞代谢状态、功能受损和HIV-1病毒库持久性联系起来，揭示了微生物组通过代谢物重塑免疫细胞命运的新机制 | 研究主要基于体外和离体实验，体内直接因果关系的证据有限，且样本可能来自特定人群，限制了普遍性 | 探究肠道微生物代谢物在HIV-1感染中如何调控CD4⁺ T细胞的免疫代谢和衰老过程 | HIV-1感染者（PLWH）的CD4⁺ T细胞 | 免疫代谢学 | HIV感染 | 代谢组学分析、流式细胞术、单细胞RNA测序、转录组学、蛋白质组学 | NA | 代谢物数据、单细胞RNA-seq数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 来自HIV-1感染者的配对血浆和CD4⁺ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2026-02-07 |
MIF-mediated reprogramming of myeloid lineage within the glioma tumor microenvironment impacts the efficacy of immune stimulatory gene therapy
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699283
PMID:41648606
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了IDH1突变型胶质瘤中单核细胞来源的肿瘤相关巨噬细胞减少及MIF表达降低的现象，并证实靶向MIF-CD74轴可增强免疫刺激基因疗法在野生型IDH1胶质瘤模型中的疗效 | 首次在单细胞层面系统比较了IDH1突变型与野生型胶质瘤的免疫微环境差异，揭示了MIF-CD74轴通过表观遗传重编程调控髓系细胞的关键机制，并创新性地将MIF抑制与TK/Flt3L基因疗法联合应用 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需验证；未深入探讨其他免疫细胞亚群的作用；表观遗传重编程的具体分子机制有待进一步阐明 | 探究IDH1突变状态对胶质瘤免疫微环境的影响，并开发针对MIF-CD74轴的联合免疫治疗策略 | 野生型与突变型IDH1胶质瘤的肿瘤微环境，特别是髓系细胞群体 | 单细胞组学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序，基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及wtIDH1与mIDH1胶质瘤样本及基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2026-02-07 |
From glycolytic signatures to patients: A translational roadmap for reproducible, equitable deployment of multi-omics and AI in colorectal cancer
2026-Jan-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-026-03236-3
PMID:41528598
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综述 | 本文提出一个基于多组学和人工智能的可重复、公平部署的路线图，用于结直肠癌的精准肿瘤学 | 整合国际公认框架（TRIPOD+AI、PROBAST+AI、DECIDE-AI）以确保透明度、校准和分阶段临床评估，并强调使用代谢成像和光谱学进行正交验证 | 未具体说明数据样本量或模型类型，主要关注方法论和路线图，缺乏实证研究细节 | 为结直肠癌中多组学和人工智能的可重复、公平临床工具开发提供结构化路线图 | 结直肠癌的糖酵解异质性及相关生物标志物 | 机器学习 | 结直肠癌 | 批量转录组学、单细胞转录组学、代谢成像、光谱学 | NA | 转录组数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 159 | 2026-02-07 |
Acute wood smoke exposure is associated with cell-specific hippocampal transcriptomic responses in an accelerated ovarian failure mouse model
2026-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.12.699079
PMID:41648121
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研究论文 | 本研究探讨了急性木烟暴露在加速卵巢衰竭小鼠模型中如何影响海马区细胞特异性转录组反应 | 首次结合卵巢激素下降与急性木烟暴露，利用空间转录组学技术揭示海马区不同细胞类型的特异性转录变化 | 研究仅使用小鼠模型，样本量较小（每组4个切片），且暴露时间较短（2天），可能无法完全模拟人类长期暴露或更广泛的生理变化 | 探究卵巢激素下降是否加剧大脑对空气污染（特别是木烟）的脆弱性，并识别相关的细胞通路 | 雌性C57BL/6小鼠，采用4-乙烯基环己烯二环氧化物诱导的加速卵巢衰竭模型 | 空间转录组学 | 老年疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 每组4个海马切片（具体动物数量未明确说明） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台用于空间转录组分析 |
| 160 | 2026-02-07 |
SCALPEL: A pipeline for processing large-scale spatial transcriptomics data
2026-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.09.698732
PMID:41648271
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SCALPEL的管道工具，专门用于处理大规模空间转录组学数据，以提升数据质量和分析精度 | SCALPEL引入了优化的3D分割、改进的过滤标准、基于转录组的双联体检测、空间域检测以及整合到Allen Mouse Brain CCFv3的精确解剖对齐，显著提高了细胞数量、表达谱清晰度和空间配准 | NA | 开发一个高效处理大规模空间转录组学数据的管道，以支持细胞相互作用、组织异质性和疾病病理学的研究 | 小鼠全脑组织的大规模空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 空间转录组学数据，图像数据 | 基于先前发表的小鼠全脑数据集（Yao et al., 2023b） | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |