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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1561 | 2025-12-25 |
The prognostic value of tumor macroscopic morphology in colorectal cancer
2026-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102607
PMID:41319390
|
研究论文 | 本研究评估了结直肠癌肿瘤宏观形态的预后价值,并探讨了不同形态背后的分子机制 | 提出了修订的结直肠癌肿瘤宏观形态分类系统,并首次将内镜和CT影像形态作为术前疾病无进展生存期的预测因子 | 研究包含回顾性和前瞻性队列,可能存在选择偏倚,且样本量相对有限 | 评估结直肠癌肿瘤宏观形态的预后价值并理解其分子机制 | 结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | RNA测序数据, 单细胞数据, 图像数据 | 642名患者(335名前瞻性研究,307名回顾性研究) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1562 | 2025-12-23 |
Decoding CNS regeneration: Insights from single-cell RNA sequencing in SCI and TBI across multiple species
2026-Jan-09, Neuroscience
IF:2.9Q2
|
综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术研究脊髓损伤和创伤性脑损伤后中枢神经系统再生机制的多物种研究成果 | 通过整合哺乳动物、青蛙和斑马鱼等多种物种的scRNA-seq数据,进行跨物种比较分析,揭示了中枢神经系统损伤后保守的细胞反应和再生机制 | NA | 深入理解中枢神经系统损伤与修复的分子和细胞机制 | 脊髓损伤和创伤性脑损伤模型中的细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1563 | 2025-12-23 |
Single-cell RNA seq reveals heterogeneous survival strategies of Vibrio parahaemolyticus against ampicillin
2026-Jan, Journal of microbiological methods
IF:1.7Q4
DOI:10.1016/j.mimet.2025.107343
PMID:41297564
|
研究论文 | 本研究创新性地应用基于液滴的单细胞RNA测序技术,揭示了副溶血弧菌在氨苄青霉素压力下的异质性生存策略 | 首次将液滴单细胞RNA测序技术应用于细菌耐药性异质性分析,突破了传统批量RNA测序只能获取群体平均表达水平的限制 | 研究仅针对氨苄青霉素一种抗生素,未涉及其他抗生素或联合用药场景 | 解析副溶血弧菌对抗生素的异质性耐药机制 | 副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus) | 微生物学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于液滴的单细胞RNA测序技术 |
| 1564 | 2025-12-23 |
Machine learning and multi-omics-based identification of hub paternal imprinted genes PEG11/RTL1, PEG9/DLK1, PEG6/NDN, and PEG5/NNAT in sperm of couples experiencing idiopathic recurrent pregnancy loss
2026-Jan-01, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.111369
PMID:41397315
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、DNA甲基化分析和机器学习方法,鉴定了在特发性复发性妊娠丢失(IRPL)患者精子中异常表达和甲基化的关键父源印记基因 | 首次结合多组学数据和机器学习模型,系统性地揭示了父源印记基因在IRPL中的关键作用,并构建了高预测准确性的共识模型 | 样本量相对有限,且研究主要聚焦于特定父源印记基因,未全面评估其他潜在遗传或表观遗传因素 | 探究父源印记基因在特发性复发性妊娠丢失(IRPL)中的遗传和表观遗传贡献,并识别潜在的诊断生物标志物和治疗靶点 | 经历特发性复发性妊娠丢失(IRPL)的夫妇的精子样本 | 机器学习 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA-seq, DNA甲基化分析 | Random Survival Forest | 基因表达数据, DNA甲基化数据 | 未明确指定样本数量,但涉及IRPL组和对照组的精子样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1565 | 2025-12-23 |
Ischemia/Reperfusion Injury and Outcomes in Liver Transplantation Assessed by Omics Technologies: Where Do We Stand?
2026-Jan-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000005466
PMID:40797081
|
综述 | 本文综述了利用组学技术(如表观基因组学、转录组学和蛋白质组学)评估肝移植中缺血/再灌注损伤的研究进展 | 强调了单细胞RNA测序、空间转录组学和多重蛋白质组学等前沿组学技术的整合应用,为肝移植监测提供精确生物标志物和新疗法开发铺平道路 | NA | 深入理解肝移植中的生物学挑战,以改善患者护理和移植结果 | 肝移植过程中的缺血/再灌注损伤、移植物排斥或耐受以及疾病复发 | 数字病理学 | 肝移植相关并发症 | 表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学、多重蛋白质组学 | NA | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重蛋白质组学 | NA | NA |
| 1566 | 2025-12-21 |
A cell-type-specific regulon controlling monoterpene indole alkaloid biosynthesis with feedback and feedforward activation loops
2026-Jan, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70712
PMID:41208325
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探究了两种植物中单萜吲哚生物碱生物合成基因的细胞类型特异性及其调控网络 | 首次在两种远缘植物物种中,通过单细胞RNA-seq数据揭示了MYB和bHLH转录因子在细胞类型特异性MIA生物合成中的共同调控机制,并构建了包含反馈和前馈激活环路的基因调控网络 | 研究主要基于单细胞RNA-seq数据,可能未完全覆盖所有调控因子或细胞类型,且实验验证主要依赖于过表达分析 | 探究单萜吲哚生物碱生物合成基因的细胞类型特异性及其转录调控机制 | 两种植物物种:Catharanthus roseus和Camptotheca acuminata | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 来自C. acuminata茎部的单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1567 | 2025-12-20 |
In Vivo CRISPR Interference Screen Reveals Long Noncoding RNA Portfolio Crucial for Cutaneous Squamous Cell Carcinoma Tumor Growth
2026-Jan, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.038
PMID:40441291
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研究论文 | 本研究通过CRISPR干扰筛选揭示了长链非编码RNA在皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长中的关键作用 | 首次结合单细胞测序数据的伪批量分析与体内外CRISPR干扰筛选,系统鉴定出调控cSCC生长的lncRNA组合,并发现LINC00704和LINC01116作为潜在生物标志物 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,尚未在人体内直接验证;lncRNA的具体作用机制有待进一步阐明 | 揭示长链非编码RNA在皮肤鳞状细胞癌发生发展中的调控作用 | 皮肤鳞状细胞癌(cSCC)细胞系、正常与癌变人类皮肤组织 | 基因组学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞测序、CRISPR干扰筛选、异种移植模型 | CRISPR干扰模型、异种移植模型 | 单细胞测序数据 | 正常与cSCC人类皮肤组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1568 | 2025-12-20 |
High-Resolution Spatial Map of the Human Facial Sebaceous Gland Reveals Marker Genes and Decodes Sebocyte Differentiation
2026-Jan, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.041
PMID:40449655
|
研究论文 | 本研究通过整合Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序和多重错误稳健FISH验证,提供了人类面部皮脂腺的全面分子分析,揭示了皮脂细胞分化的四个不同阶段及其独特基因标记 | 首次对人类皮脂腺进行高分辨率空间图谱绘制,识别了皮脂细胞分化的四个阶段和先前未报道的基因标记,揭示了分化过程的动态复杂性 | 研究主要基于人类面部皮脂腺,可能无法完全代表其他部位或物种的皮脂腺特性,且依赖特定技术平台 | 解析人类皮脂腺的细胞和分子机制,特别是皮脂细胞分化过程,以增进对皮肤稳态和相关疾病的理解 | 人类面部皮脂腺 | 空间转录组学 | 痤疮 | Stereo-seq空间转录组学, 单细胞RNA测序, 多重错误稳健FISH | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1569 | 2025-12-20 |
Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus
2026-Jan, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008
PMID:40419016
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序,揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例、特征及其异质性 | 首次在天疱疮病理皮肤组织的三级淋巴结构中鉴定出高比例且具有独特转录特征和克隆扩增的双TCR T细胞,特别是CXCL13+CD4+ T细胞亚群 | 研究样本量相对较小,且主要集中于描述性分析,对双TCR T细胞在天疱疮发病中的具体功能和机制尚未深入阐明 | 探究天疱疮病理皮肤组织中三级淋巴结构内淋巴细胞的来源、特征、作用机制及其在疾病发病中的作用 | 天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者及健康对照者的皮肤组织(特别是其中的三级淋巴结构) | 单细胞组学 | 天疱疮 | 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据 | 涉及天疱疮、慢性特发性红皮病及健康对照的皮肤组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1570 | 2025-12-20 |
Change in brain molecular landscapes following electrical stimulation of the nucleus accumbens
2026-Jan, Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology
IF:6.6Q1
DOI:10.1038/s41386-025-02241-w
PMID:40999234
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研究论文 | 本研究利用高分辨率空间转录组学技术探究了小鼠大脑中伏隔核深部脑刺激诱导的基因表达变化 | 首次应用Stereo-seq空间转录组学技术系统分析NAc DBS后不同脑区的基因表达变化,并在单细胞分辨率下识别关键分子 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类临床样本中验证;刺激参数固定,未探索不同刺激模式的影响 | 揭示伏隔核深部脑刺激治疗神经精神疾病的分子机制 | 接受NAc DBS或假处理的小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | 抑郁症、焦虑症、成瘾等神经精神疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 随机分配接受电刺激或假处理的小鼠,具体数量未明确说明 | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | NA |
| 1571 | 2025-12-20 |
Neuroendocrine prostate cancer (NEPC)-associated CEP55 promotes cisplatin resistance in prostate cancer by regulating CDK1 phosphorylation
2026-Jan, Cancer pathogenesis and therapy
DOI:10.1016/j.cpt.2025.06.008
PMID:41403895
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和数据分析,发现CEP55基因在前列腺癌向神经内分泌亚型转化及顺铂耐药中的关键作用 | 首次揭示CEP55通过调控CDK1的Tyr15位点磷酸化来介导神经内分泌前列腺癌的顺铂耐药性 | 未明确CEP55与肿瘤免疫微环境或癌症相关成纤维细胞的关联 | 探究神经内分泌前列腺癌的耐药机制并寻找潜在治疗靶点 | 前列腺癌细胞及临床组织样本 | 单细胞组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 临床组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1572 | 2025-12-19 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptome Changes in the Intestinal Epithelium at the Suckling-to-Weaning Transition in Male Rabbits
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101628
PMID:40907661
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了雄性兔子在哺乳到断奶过渡期间肠道上皮细胞的转录组变化 | 首次提供了兔子肠道上皮的单细胞图谱,并突出了兔子作为研究BEST4+上皮细胞模型的优势,这些细胞在小鼠中缺失 | 研究仅针对雄性兔子,未涉及雌性;样本来自盲肠,可能不全面代表整个肠道 | 识别固体食物摄入诱导的肠道上皮各细胞类型的转录组变化 | 雄性兔子的肠道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 年龄匹配的同窝雄性兔子,分为摄入固体食物组和未摄入组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1573 | 2025-12-19 |
Sex-related variations in liver homeostasis and disease: From zonation dynamics to clinical implications
2026-Jan, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.007
PMID:40846185
|
综述 | 本文综述了肝脏在性别上的显著二态性,包括结构、代谢功能和疾病易感性的差异,并探讨了肝区带异质性、性激素影响以及相关疾病临床意义 | 整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学等新技术,揭示了基因和蛋白表达的性别特异性差异与肝脏功能空间异质性的关联,并探讨了数字孪生模型在个性化诊疗中的前景 | NA | 探讨肝脏性别二态性的生物学基础及其对疾病易感性和进展的临床影响 | 肝脏的区带异质性、性激素信号通路及相关肝脏疾病 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | 数字孪生模型 | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1574 | 2025-12-19 |
Patient-derived liver organoids recapitulate liver epithelial heterogeneity and enable precision modeling of alcohol-related liver disease
2026-Jan, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.07.014
PMID:40754225
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研究论文 | 本研究开发了一种基于肝穿刺活检的类器官模型,用于模拟酒精相关肝病并支持个性化药物测试 | 首次利用肝穿刺活检生成类器官,成功捕捉了肝脏上皮细胞的异质性,并保留了疾病阶段特征 | 研究依赖于活检样本,可能无法完全代表所有患者群体或疾病亚型 | 开发一种能够模拟酒精相关肝病并用于个性化医疗的人类类器官模型 | 酒精相关肝病患者 | 数字病理学 | 酒精相关肝病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,批量RNA测序 | 类器官模型 | RNA测序数据,图像数据 | 早期阶段患者28例,晚期阶段患者34例 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1575 | 2025-12-19 |
Single-cell RNA sequencing methodology, analysis, applications, and future directions with special focus on cotton
2026-Jan, Plant biology (Stuttgart, Germany)
DOI:10.1111/plb.70131
PMID:41139384
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在棉花研究中的方法学、分析流程、应用及未来方向 | 重点探讨了scRNA-seq在植物细胞(特别是棉花)中的独特挑战与解决方案,如原生质体制备和细胞大小变异性,并展望了多组学整合的未来趋势 | 仍面临原生质体制备困难、细胞大小变异性大以及可靠标记基因需求等挑战 | 总结scRNA-seq技术在植物研究(尤其是棉花)中的进展、应用与未来发展方向 | 植物细胞,特别是棉花细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1576 | 2025-12-18 |
Contribution of S1pr1 -featured astrocyte subpopulation to cisplatin-induced neuropathic pain in male mice
2026-Jan-01, Pain
IF:5.9Q1
DOI:10.1097/j.pain.0000000000003780
PMID:40899794
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了顺铂诱导的神经病理性疼痛中S1pr1高表达星形胶质细胞亚群的作用及其与Wnt信号通路的关联 | 首次在顺铂诱导的神经病理性疼痛模型中,利用单细胞转录组学识别出S1pr1高表达星形胶质细胞亚群,并发现其通过Wnt信号通路(特别是FGFR3)介导疼痛机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未涉及雌性动物或人类样本,可能限制结果的普适性 | 探究顺铂诱导的神经病理性疼痛(CIPN)中S1PR1下游的分子机制 | 雄性小鼠脊髓组织 | 单细胞转录组学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量,但基于雄性小鼠脊髓单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1577 | 2025-12-18 |
Current Knowledge and Future Directions for Cyclospora cayetanensis Research and Its Surrogates
2026-Jan, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.70327
PMID:41347294
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综述 | 本文回顾了环孢子虫的当前研究现状,包括其发生、传播、检测方法、宿主-寄生虫相互作用、遗传学和补救策略,并评估了使用替代生物来填补研究空白 | 评估了替代生物在环孢子虫研究中的应用,并探讨了新兴工具如宏基因组学、单细胞测序和AI驱动的生物信息学在克服研究障碍方面的潜力 | 替代生物无法完全复制环孢子虫的生物学特性,限制了基于替代研究的可转化性,且基因组组装存在空白,限制了系统发育和功能分析 | 提高环孢子虫的检测能力、风险评估并指导政策制定,以减轻环孢子虫病的公共卫生负担 | 环孢子虫及其替代生物(如艾美球虫和隐孢子虫) | NA | 环孢子虫病 | 分子检测、宏基因组学、单细胞测序、AI驱动的生物信息学 | NA | 基因组数据、环境样本数据、食品样本数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1578 | 2025-12-18 |
A New Orthotopic Mouse Model of Laryngeal Squamous Cell Carcinoma
2026-Jan, Head & neck
DOI:10.1002/hed.70001
PMID:40785350
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研究论文 | 本研究建立了一种新型且可重复的喉鳞状细胞癌原位小鼠模型,用于促进喉癌相关研究 | 开发了一种新型原位小鼠模型,能更真实地模拟人体免疫系统反应和肿瘤生物学演化过程 | NA | 建立喉鳞状细胞癌的原位小鼠模型,以研究喉癌的分子机制 | C57BL/6小鼠(n=16)和喉癌患者样本 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞测序,磁共振成像,光学体内三维成像,HE染色 | NA | 图像,测序数据 | 16只小鼠,15例成功模型,以及喉癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1579 | 2025-12-17 |
Spatial single-cell proteomics landscape decodes the tumor microenvironmental ecosystem of intrahepatic cholangiocarcinoma
2026-Jan-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001283
PMID:39999448
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研究论文 | 本研究利用人工智能辅助的空间多组学技术,生成了肝内胆管癌(iCCA)的全面空间图谱,揭示了肿瘤微环境(TME)的空间特征与患者预后和免疫治疗的关系 | 首次结合空间多组学(包括成像质谱流式、空间蛋白质组学、空间转录组学等)和深度学习系统,解析iCCA的空间TME生态系统,识别出与预后相关的空间拓扑结构和亚型 | 空间转录组学样本量较小(n=4),部分数据依赖公共数据库,可能影响结果的普遍性 | 阐明iCCA肿瘤微环境的空间特征,以改善患者预后预测和个性化治疗策略 | 肝内胆管癌(iCCA)患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 成像质谱流式、空间蛋白质组学、空间转录组学、多重免疫荧光、单细胞RNA测序、bulk RNA测序、bulk蛋白质组学 | 深度学习系统 | 图像、蛋白质组数据、转录组数据 | 超过106万个细胞,包括155个内部成像质谱流式样本、155个内部空间蛋白质组学样本、4个内部空间转录组学样本、20个内部多重免疫荧光样本、9个内部和34个公共单细胞RNA测序样本、244个公共bulk RNA测序样本、110个内部和214个公共bulk蛋白质组学样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, bulk蛋白质组学, 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1580 | 2025-12-17 |
Application of CTC-derived spheroid for drug screening toward personalized treatment in patients with breast cancer
2026-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102573
PMID:41151488
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研究论文 | 本研究建立了一种基于循环肿瘤细胞(CTCs)衍生的球体药物筛选工作流程,用于乳腺癌的个性化治疗 | 利用微流控平台从血液中分离CTCs并培养成球体进行药物筛选,结合激素受体表达、基因组突变谱和空间转录组学分析,克服了组织依赖性类器官模型的局限性 | 样本量较小(34例新诊断患者,其中13例进行药物筛选),且部分患者未接受建议的治疗 | 开发一种临床可行的、基于液体活检的工作流程,用于乳腺癌的个性化药物筛选和治疗指导 | 新诊断和复发转移的乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 微流控分离、球体培养、药物敏感性测试、基因组测序、空间转录组学 | NA | 细胞计数、药物反应数据、基因表达谱、空间转录组数据 | 34例新诊断乳腺癌患者,其中13例复发患者进行CTC球体药物筛选 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium in situ 空间转录组分析平台 |