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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
121 2026-09-21
Repurposed Acarbose Targets Nidogen-1 to Remodel the Tumor Stroma and Suppress Portal Vein Tumor Thrombus in Hepatocellular Carcinoma
2026, Research (Washington, D.C.)
研究论文 通过对47例患者99份标本进行多组学分析,构建肝细胞癌门静脉癌栓微环境空间图谱,发现NID1驱动基质重塑和免疫逃逸,并将阿卡波糖重新定位为靶向NID1的治疗策略 首次构建门静脉癌栓微环境的空间图谱,揭示肌成纤维细胞样癌相关成纤维细胞通过巨噬细胞-肌成纤维细胞转化形成,发现NID1是基质驱动的免疫屏障关键分子,并首次将FDA批准的阿卡波糖重新定位用于抑制NID1轴、重塑肿瘤基质并协同抗PD-1治疗 摘要中未明确提及研究局限性 表征门静脉癌栓的分子机制和免疫特征,探索靶向肿瘤基质的治疗策略以改善肝细胞癌伴门静脉癌栓患者的预后 47例肝细胞癌患者的99份标本,以及一个独立的810例肝细胞癌患者临床队列 数字病理学 肝癌 nCounter分析、单细胞RNA测序、数字空间图谱分析、蛋白质组学 NA 图像、文本 47例患者的99份标本用于多组学分析,810例肝细胞癌患者用于独立临床队列分析 NanoString 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学 nCounter、GeoMx DSP nCounter表达谱分析系统、GeoMx数字空间图谱分析系统、单细胞RNA测序
122 2026-09-21
7-Ketocholesterol promotes T cell migration through Ca2+-NFATc1 pathway-mediated F-actin polymerization and proinflammatory cytokine production in oral lichen planus
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究探讨了7-酮胆固醇通过Ca2+-NFATc1通路介导的F-actin聚合和促炎细胞因子产生促进口腔扁平苔藓中T细胞迁移的作用 首次揭示7-酮胆固醇在口腔扁平苔藓中通过Ca2+-NFATc1信号通路促进T细胞迁移的具体分子机制,包括F-actin聚合和促炎细胞因子产生 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征,缺乏长期随访数据 阐明氧固醇在口腔扁平苔藓发病机制中的作用 口腔扁平苔藓患者的血浆和组织样本、原代OLP T细胞、Jurkat T细胞、角质形成细胞 数字病理学 扁平苔藓 代谢组学、单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、qRT-PCR NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序、代谢组学 NA NA
123 2026-09-21
Encoding functional edges in graphs to model spatially varying relationships in the tumor microenvironment
2026, NPJ artificial intelligence
研究论文 该文章提出了一个灵活的图深度学习框架SPIFEE,通过在图边缘编码空间变化的功能向量来建模肿瘤微环境,并在多种空间组学数据上展示了其通用性和优越性能。 SPIFEE通过直接编码空间变化的功能向量到图边缘来增强图表示的表达能力;将图节点表示为独特的TME实体(如细胞类型、表型聚类、分子通路);该框架具有模态无关性并支持跨模态整合;利用图注意力机制揭示与疾病状态和患者生存相关的多尺度空间交互。 摘要中未明确提及限制。 全面表征肿瘤微环境,以理解癌症进展并开发有效的个性化治疗;建模TME并揭示跨多个生物组织层次的空间见解。 肿瘤微环境(TME),包括细胞、表型和通路水平的相互作用。 数字病理学 癌症 多重免疫荧光、H&E组织病理学、空间转录组学 图深度学习框架,图注意力机制 图像、文本 NA NA 多重免疫荧光、H&E组织病理学、空间转录组学 NA NA
124 2026-09-21
Aging-dependent expression of vascular endothelial growth factor receptor-1 is associated with T-cell immune senescence in carotid atherosclerosis
2026 Jan-Mar, Brain circulation IF:2.3Q3
研究论文 通过生物信息学分析和单细胞测序数据,揭示了VEGFR1通过VEGF信号通路调控记忆T细胞衰老,进而影响颈动脉粥样硬化斑块进展的机制 首次发现VEGFR1通过调节记忆T细胞衰老影响颈动脉粥样硬化斑块进展,并揭示VEGF信号通路在记忆T细胞中的激活机制 研究主要基于公共数据库的生物信息学分析和单细胞测序数据,缺乏体内外功能实验验证VEGFR1对记忆T细胞衰老的直接调控作用 探究衰老相关基因如何通过免疫细胞调控影响颈动脉粥样硬化斑块的形成和发展 人类晚期颈动脉粥样硬化斑块组织及其中浸润的免疫细胞 数字病理学 心血管疾病 单细胞测序,转录组测序,免疫组化 随机森林 基因表达数据,图像,文本 NA NA 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq NA NA
125 2026-09-21
gLeiden: accelerated community detection algorithms using directed and undirected graphs on GPUs
2026, Bioinformatics advances IF:2.4Q2
研究论文 本文提出了gLeiden,一种基于CUDA C++的GPU加速Leiden社区检测算法实现,支持有向图和无向图,并显著提升了大规模单细胞数据的处理速度 首次实现了支持有向图的GPU版Leiden算法,且基于CUDA C++实现,性能优于现有cuGraph的Python实现 未提及具体的生物学验证或下游分析结果,主要聚焦于计算性能的基准测试 利用GPU加速Leiden社区检测算法,以高效处理大规模单细胞RNA测序和质谱流式细胞数据 scRNA-seq数据和质谱流式细胞数据中的细胞类型及亚型 机器学习 NA scRNA-seq, 质谱流式细胞技术 Leiden算法 图数据 NA NA NA NA NA
126 2026-09-21
Occupational silica exposure drives systemic immune dysregulation and tumor microenvironment susceptibility: evidence from a real-world study
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究通过分析5482名工业工人的职业健康数据,结合可解释机器学习模型、体外实验和多组学分析,揭示职业性二氧化硅暴露通过诱导巨噬细胞驱动的炎症信号促进CEA升高和肿瘤微环境重塑,从而增加癌症风险 首次将可解释机器学习(CatBoost结合SHAP分析)应用于职业性二氧化硅暴露与癌症风险的关联研究,并通过体外实验和多组学(包括单细胞RNA测序)验证了二氧化硅暴露通过NF-κB/IL-6信号轴促进CEA表达和肿瘤微环境重塑的机制,构建了从暴露到癌症风险的转化研究框架 摘要中未明确提及研究的局限性 探究职业性二氧化硅暴露与肿瘤促进性微环境变化之间的分子机制,建立暴露响应性生物标志物和免疫相关癌症风险的转化研究框架 5482名中国安徽省工业工人、二氧化硅刺激的THP-1单核细胞和结直肠癌细胞系、公共数据库中的二氧化硅和结直肠癌相关基因数据、TCGA和GSE39582数据集 机器学习 结直肠癌 可解释机器学习、SHAP分析、体外细胞实验、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞RNA测序、多组学分析 CatBoost 职业健康数据、血液免疫参数、基因表达数据、图像 5482名工业工人、THP-1细胞和结直肠癌细胞系(具体数量未提及)、TCGA和GSE39582数据集(具体样本量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
127 2026-09-21
Spatial transcriptomic profiling identifies lacrimal-gland-epithelial cell-driven mechanisms underlying autoimmunity in Sjögren's disease
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究利用空间转录组学技术对干燥综合征小鼠模型的泪腺进行分子特征分析,揭示了泪腺上皮细胞亚型在自身免疫病理中的驱动机制 首次利用空间转录组学揭示干燥综合征泪腺中导管上皮细胞与抗原呈递细胞之间的空间关系,并发现导管上皮细胞可能作为炎症的主动驱动者,通过提供分子和细胞信号支持富含B细胞和滤泡辅助性T细胞的导管周围浸润 该研究为探索性研究,仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;样本量有限,需要进一步的功能实验验证所提出的机制假设 利用空间转录组学解析干燥综合征泪腺中主要上皮细胞亚型(腺泡、导管和肌上皮细胞)功能丧失相关的分子特征,揭示自身免疫泪腺病理的潜在机制 野生型C57Bl/6小鼠和血小板反应蛋白-1缺陷型(TSP-1-/-)小鼠(干燥综合征自发模型)的泪腺组织 空间转录组学 干燥综合征 空间转录组学 NA 空间转录组数据 野生型C57Bl/6小鼠和TSP-1-/-小鼠的泪腺样本(具体数量未在摘要中说明) NA 空间转录组学 NA NA
128 2026-09-21
Adoptive cellular therapy prevents reconstitution of myeloid-derived suppressor cells in the glioma tumor microenvironment
2026 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2
研究论文 本研究通过流式细胞术、空间基因组学、多重蛋白分析及单细胞转录组学,探究过继性细胞疗法如何影响胶质瘤小鼠模型中髓源性抑制细胞的免疫重建 首次揭示过继性细胞疗法虽允许髓源性抑制细胞在外周淋巴器官重建,但阻止其在肿瘤微环境中积累,并发现肿瘤相关巨噬细胞来源的CCL12在促进髓源性抑制细胞迁移中的新关联 研究缺乏CCL12在胶质瘤中招募髓源性抑制细胞的体内因果验证,作者指出未来需进行体内研究 确定过继性细胞疗法如何影响免疫恢复,特别是髓源性抑制细胞的 reconstitution 及其在肿瘤微环境中的积累机制 KR158B胶质瘤荷瘤小鼠模型 数字病理学 肺癌 单细胞转录组学、流式细胞术、空间基因组学、多重蛋白分析、trans-well迁移实验 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA-seq、空间转录组学 NA NA
129 2026-09-21
Tumor-Infiltrating Mast Cells Enhance Neoadjuvant Therapy Efficacy in ESCC via Modulation of the Desmoplastic Microenvironment
2026, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序、免疫荧光分析、生物信息学分析和体外实验,揭示肿瘤浸润性肥大细胞通过调节促纤维增生微环境增强食管鳞癌新辅助治疗疗效的机制 首次发现肿瘤浸润性肥大细胞与新辅助治疗疗效及预后改善相关,提出LPS诱导的非脱颗粒性肥大细胞激活调节促纤维增生微环境的新机制,并发现肥大细胞高密度联合低纤维化可识别最优预后患者 单细胞RNA测序仅来自一例ESCC患者的配对标本,样本量较小;回顾性队列研究存在固有局限性;机制研究主要为体外实验,缺乏体内功能验证 探讨肿瘤浸润性肥大细胞在食管鳞癌新辅助治疗反应和预后中的作用及其机制 食管鳞癌患者(局部晚期ESCC)的肿瘤标本及配对治疗前后标本 数字病理学 食管鳞状细胞癌 单细胞RNA测序, 免疫荧光分析, 生物信息学分析, 体外肥大细胞激活实验 NA 图像, 文本 1例ESCC患者治疗前后配对标本用于单细胞RNA测序,68例初治ESCC手术标本用于免疫荧光分析 NA 单细胞RNA测序 NA NA
130 2026-09-21
Molecular mechanism of Danshen injection in treating endometrial fibrosis induced by intrauterine adhesions via the LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3 signaling pathway
2026, Frontiers in physiology IF:3.2Q2
研究论文 该研究通过大鼠模型和单细胞RNA测序探讨丹参注射液治疗宫腔粘连诱导的子宫内膜纤维化的分子机制,涉及LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3信号通路 首次揭示丹参注射液通过调控LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3信号通路改善子宫内膜纤维化的分子机制,并结合单细胞RNA测序分析细胞组成和细胞间通讯 仅使用大鼠模型和体外LPS刺激的子宫成纤维细胞,缺乏临床人体样本验证;单细胞RNA测序的具体样本量和平台信息未在摘要中明确 探究丹参注射液治疗宫腔粘连诱导的子宫内膜纤维化的分子机制,特别是其对LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3信号通路的调控作用 宫腔粘连大鼠模型、LPS刺激的子宫成纤维细胞 机器学习 宫腔粘连 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
131 2026-09-21
Therapeutic Targeting of Oxidative Phosphorylation in Microsatellite Instability-High Gastric Cancer
2026, Journal of Cancer IF:3.3Q2
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序比较了微卫星不稳定(MSI)型与基因组稳定(GS)型胃癌的肿瘤微环境,发现MSI型胃癌恶性上皮细胞氧化磷酸化代谢增强,并鉴定出五个氧化磷酸化相关基因作为潜在治疗靶点 首次在单细胞分辨率下揭示MSI型胃癌中氧化磷酸化代谢增强的特征,并鉴定出五个氧化磷酸化相关基因作为该亚型的潜在治疗靶点 样本量有限,氧化磷酸化相关基因作为治疗靶点的有效性仍需更大规模的临床前和临床研究验证 探究MSI型与GS型胃癌在肿瘤微环境特别是代谢重编程方面的差异,并寻找MSI型胃癌的潜在治疗靶点 胃癌患者的单细胞RNA测序数据(GS型和MSI型),TCGA胃癌数据集,以及患者来源异种移植(PDX)模型 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序 LASSO回归 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
132 2026-09-21
An integrated bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals stemness-driven immune regulation and therapeutic vulnerability in colorectal cancer
2026, Journal of Cancer IF:3.3Q2
研究论文 该研究通过整合批量与单细胞转录组数据,构建了基于干细胞特性的结直肠癌风险模型,并揭示其在免疫调节与治疗脆弱性中的作用 整合批量与单细胞转录组数据,构建基于干细胞特性的风险模型,揭示干细胞特性驱动的免疫调节与治疗脆弱性 干细胞评分与免疫逃逸潜力的关联仅为中等,需进一步验证 探究肿瘤干细胞特性在结直肠癌预后、免疫调节及治疗反应中的作用 结直肠癌患者肿瘤样本 机器学习 结直肠癌 批量RNA测序,单细胞RNA测序 风险评分模型 转录组数据 NA NA 批量RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
133 2026-09-21
Targeting bromodomain and extra-terminal proteins reprograms macrophages and inhibits breast cancer progression
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究探讨了BET降解剂ZBC260通过重编程巨噬细胞和重塑肿瘤微环境来抑制乳腺癌进展的作用机制 首次揭示BET降解剂ZBC260通过减少MRC1⁺免疫调节性肿瘤相关巨噬细胞、富集CD74+抗原呈递巨噬细胞,上调吞噬体通路和增强Stat1激活,从而重编程巨噬细胞向抗肿瘤表型转化 研究主要基于小鼠模型和体外实验,缺乏临床患者样本验证;BETd对NK细胞的具体调控机制尚未完全阐明 探究BET蛋白在调节先天抗肿瘤免疫中的作用,评估BET降解剂ZBC260对乳腺癌的治疗效果及其免疫调节机制 乳腺癌细胞系(D2A1、SUM-149)、小鼠模型(BALB/c、SCID、NOD-SCID)、原代小鼠NK细胞、骨髓来源巨噬细胞、THP-1和NK-92 MI细胞 数字病理学, 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序, qPCR, ELISA, 流式细胞术 Seurat 图像, 文本 多种细胞系和小鼠模型,具体样本量未明确说明 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Genomics 3'测序
134 2026-09-21
Crosstalk between Mycobacterium tuberculosis and SARS-CoV-2 defines divergent cellular composition of murine responses
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究利用小鼠模型探究了SARS-CoV-2在结核病急性和慢性阶段重叠感染的细胞和遗传影响 首次使用空间转录组学揭示结核病与SARS-CoV-2共感染时肺部免疫景观的差异,发现慢性结核病中共感染导致B细胞扩增和免疫球蛋白相关基因上调,且缺乏明显T细胞簇 研究仅基于小鼠模型,结果可能无法直接推广到人类;未详细描述样本量;未提及转录组平台的具体配置 探究结核病与SARS-CoV-2共感染对宿主细胞组成和免疫反应的影响 小鼠模型(结核病急性和慢性阶段叠加SARS-CoV-2感染) 空间转录组学、免疫学 结核病、COVID-19 空间转录组学 NA 空间基因表达数据、组织病理学图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
135 2026-09-21
Single-cell RNA sequencing reveals compartment-specific immune and tumor cell states in a contiguous spinal metastasis
2026 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序分析一例乳腺癌脊髓转移患者硬膜外与硬膜内肿瘤样本,揭示不同解剖区域免疫和肿瘤细胞状态的差异 首次在同一脊髓转移灶中对比硬膜外与硬膜内区域的单细胞转录组差异,揭示局部解剖微环境对免疫和肿瘤细胞状态的影响 仅基于单一患者的病例报告,样本量有限,结论的普遍性需要更大规模研究验证 探究脊髓转移中硬膜外与硬膜内区域肿瘤生物学行为差异的细胞和分子机制 一例61岁女性ER+/PR+乳腺癌脊髓转移患者的硬膜外和硬膜内肿瘤组织 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA 文本 1例患者的硬膜外和硬膜内肿瘤样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
136 2026-09-21
Deciphering Cancer Therapy-Induced Cardiotoxicity in the Era of Spatial and Multi-Omics from Systemic Mechanisms to In Situ Microenvironments
2026, Journal of Cancer IF:3.3Q2
综述 本文综述了利用空间组学和多组学技术解读癌症治疗诱导的心脏毒性,从系统性机制到原位微环境的研究进展 整合单细胞RNA测序和空间组学技术,实现了对心脏微环境中细胞异质性和细胞间通讯的可视化,解决了批量测序的盲区问题 未涉及具体实验数据,主要基于现有文献的综合分析,缺乏原创性实验验证 综述治疗诱导心脏毒性的当前研究格局,探讨多维组学策略如何重塑对机制、生物标志物发现和精准心脏保护的理解 癌症治疗诱导的心脏毒性,包括传统化疗、靶向治疗和免疫检查点抑制剂引起的心脏损伤 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 空间组学, 基因组学, 转录组学, 蛋白质组学, 代谢组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 NA NA
137 2026-09-21
A squamous epithelial gene interaction perturbation network index for risk stratification in esophageal squamous cell carcinoma
2026, Journal of Cancer IF:3.3Q2
研究论文 本研究基于食管鳞癌单细胞RNA测序数据,构建了一个基因互作扰动网络指数(GIPNI),用于食管鳞癌的风险分层和预后评估 首次针对食管鳞癌恶性鳞状上皮细胞构建基因互作扰动网络指数,系统评估了75种机器学习方法组合,并在3个独立队列中进行了验证 研究主要基于转录组数据,样本量相对有限,GIPNI的临床应用价值仍需前瞻性研究进一步验证 开发一个基于网络的预后指数,用于食管鳞癌的风险分层和个体化治疗策略指导 食管鳞癌(ESCC)患者的恶性鳞状上皮细胞及肿瘤组织样本 机器学习 食管癌 单细胞RNA测序 机器学习组合模型 单细胞转录组数据、基因组数据 15例来自郑州大学第一附属医院的食管鳞癌样本的单细胞RNA测序数据,并在3个独立队列中进行验证 NA 单细胞RNA-seq NA NA
138 2026-09-21
Spatial transcriptional mapping reveals the molecular characteristics of juxtaglomerular cell tumors
2026, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 该研究通过空间转录组测序揭示了肾小球旁细胞瘤的分子特征 首次利用空间转录组测序技术对肾小球旁细胞瘤进行分子特征分析,发现了KISS1、PPARG、NOTCH等新的分子标志物和信号通路 仅基于单个病例的肿瘤样本进行分析 阐明肾小球旁细胞瘤的分子特征和发病机制 一名8岁女性肾小球旁细胞瘤患者的肿瘤组织 空间转录组学 肾小球旁细胞瘤 空间转录组测序 NA 空间转录组数据、基因表达数据 1例肾小球旁细胞瘤患者的肿瘤组织样本 NA 空间转录组学 NA 对石蜡包埋的肿瘤组织进行空间转录组测序
139 2026-09-21
Case Report: durable response to pulsed electric field ablation in combination with immune checkpoint inhibitors in HER2-low breast cancer through activation of interferon signaling
2026, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
病例报告 本文报道一例转移性激素受体阳性HER2低表达乳腺癌患者,在接受脉冲电场消融联合免疫检查点抑制剂(帕博利珠单抗)后获得持久临床缓解,并通过单细胞空间分子成像和基因集富集分析评估了肿瘤免疫微环境的变化 首次报道脉冲电场消融联合免疫检查点抑制剂在HER2低表达乳腺癌中通过激活干扰素信号通路实现持久缓解,并利用单细胞空间分子成像技术揭示了治疗后免疫相关通路的富集和免疫细胞浸润的增加 仅为单例病例报告,样本量极小,结论属于假设生成性质,需要更大规模的临床研究验证脉冲电场消融联合免疫检查点抑制剂的疗效和机制 探讨脉冲电场消融联合免疫检查点抑制剂在HER2低表达乳腺癌中的治疗效果及其对肿瘤免疫微环境的重塑作用 一例转移性激素受体阳性HER2低表达乳腺癌患者 数字病理学 乳腺癌 单细胞空间分子成像,基因集富集分析 NA 图像,文本 1例乳腺癌患者 NA 空间转录组学 NA NA
140 2026-09-21
scTrimClust: a fast approach to robust scRNA-seq analysis using trimmed cell clusters
2026, Bioinformatics advances IF:2.4Q2
研究论文 提出一种快速识别极端细胞的新方法scTrimClust,通过测量细胞到最近邻的距离来修剪细胞簇,并研究非代表性表达谱细胞对单细胞RNA测序分析结果的影响 提出了一种新颖快速的scTrimClust方法,基于高维基因表达空间中每个细胞到其最近邻的距离,将最小邻居距离高于定义的分位数阈值的细胞标记为极端细胞进行修剪;并提供了R包实现 仅在两个数据示例中进行了研究,未在大规模或多种数据集上广泛验证;未详细讨论修剪细胞对后续差异表达分析等下游分析的具体影响 检测和修剪单细胞RNA测序聚类中可能为极端样本的细胞,并研究非代表性表达谱细胞对分析结果的影响 单细胞RNA测序数据中的细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 两个数据示例 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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