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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-09-21
Integrative Bioinformatics and Machine Learning Identify Novel Diagnostic Biomarkers and Molecular Mechanisms in Sjögren's Syndrome
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 该研究通过整合生物信息学与机器学习分析外周血转录组数据,识别出12个用于干燥综合征诊断的新型生物标志物,并阐明其分子机制与潜在治疗药物 整合三种外周血转录组数据集,结合差异表达分析、WGCNA和12种机器学习算法筛选诊断标志物,并利用单细胞RNA测序验证细胞类型特异性表达,最后通过药物重定位分析发现潜在治疗药物 研究主要基于外周血转录组数据,缺乏大规模前瞻性临床验证;未在摘要中明确说明样本的地域、种族及临床异质性对结果的影响 识别干燥综合征的新型诊断生物标志物并阐明其发病的分子机制 干燥综合征患者和健康对照者的外周血转录组数据及单细胞RNA测序数据 机器学习 干燥综合征 转录组测序, 单细胞RNA测序 机器学习算法(12种) 基因表达数据, 文本 351例干燥综合征患者和91例健康对照(三个外周血转录组数据集:GSE51092、GSE66795、GSE84844) NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
102 2026-09-21
Integrative Multiomics Nominate GGCT as a Crucial Regulator of Immunosuppression in Colorectal Cancer
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,系统探索结直肠癌免疫逃逸相关特征,并鉴定出GGCT作为免疫抑制的关键调控因子 首次在单细胞水平系统表征结直肠癌免疫逃逸机制,通过hdWGCNA鉴定与免疫逃逸活动相关的基因模块,并发现GGCT作为一种与不良生存相关的新型预后生物标志物 研究主要基于公共队列数据的生物信息学分析,缺乏实验验证;GGCT调控免疫抑制微环境的具体分子机制尚未阐明 系统探索结直肠癌肿瘤微环境中免疫逃逸相关特征,鉴定关键调控基因并评估其预后和免疫治疗预测价值 结直肠癌肿瘤微环境中的主要和次要细胞群体 数字病理学、机器学习 结直肠癌 单细胞RNA测序、批量转录组测序 hdWGCNA 基因表达数据、转录组数据 来自多个公共队列的结直肠癌样本,包括六个独立生存分析队列 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
103 2026-09-21
IPO9 Promotes Ovarian Cancer Progression by Suppressing HMOX1-Dependent Ferroptosis
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 该研究整合多组学数据,通过单细胞RNA测序和多种算法识别卵巢癌关键细胞亚群和基因,并验证IPO9通过抑制HMOX1依赖性铁死亡促进卵巢癌进展 首次发现MALAT1上皮细胞是卵巢癌核心细胞亚群,并揭示IPO9作为卵巢癌治疗新靶点通过抑制HMOX1依赖性铁死亡促进肿瘤进展 摘要未明确提及研究局限性 探索卵巢癌新型治疗靶点和免疫微环境动态,寻找关键细胞亚群和基因 卵巢癌患者样本和卵巢癌细胞 数字病理学,机器学习 卵巢癌 单细胞RNA测序,多组学分析 NA 图像,文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
104 2026-09-21
Exploring the Dynamic Changes of Intercellular Connections in Cervical Cancer: Insights From Transcriptomic Data Combined With Single-Cell Sequencing
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 该研究通过转录组数据结合单细胞测序技术,探索宫颈癌中细胞间连接的动态变化,构建了基于Cluster 8标记基因的预后模型,并通过体外实验验证了COL4A1在宫颈癌中的功能作用 揭示了宫颈癌上皮细胞中Cluster 8通过PTN信号通路向成纤维细胞传递信号的机制,并基于Cluster 8标记基因构建了宫颈癌相关预后模型,同时通过体外功能实验证实COL4A1是宫颈癌治疗的潜在新靶点 摘要中未明确提及研究的具体局限性 探索宫颈癌肿瘤微环境中不同亚群之间的相互作用,构建有效的预后模型,并鉴定宫颈癌治疗的新潜在靶点 宫颈癌患者样本及宫颈癌细胞 数字病理学 宫颈癌 单细胞测序, 转录组测序 LASSO回归, Cox比例风险模型 转录组数据, 图像 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
105 2026-09-21
A Deep Learning-Generated Mixed Tumor-Stroma Ratio for Prognostic Stratification and Multi-omics Profiling in Bladder Cancer
2026, Research (Washington, D.C.)
研究论文 该研究开发了一种深度学习模型,从膀胱癌H&E全切片图像中分割肿瘤与间质区域并计算混合肿瘤-间质比率(MTSR),评估其预后价值,并通过多组学分析和mpMRI影像组学模型探索其分子机制和非侵入性预测方法 首次利用深度学习从常规H&E切片中自动量化混合肿瘤-间质比率,并在多中心队列中验证其预后独立性;结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq揭示了高MTSR肿瘤的ITGB8高表达尿路上皮亚型及WNT信号激活机制;构建了基于术前mpMRI影像组学的无创MTSR预测模型 摘要中未明确提及研究局限性 开发深度学习模型量化膀胱癌肿瘤-间质架构,评估其预后价值,探索分子机制,并构建无创预测模型以实现精准风险分层 膀胱癌患者及肿瘤组织样本 数字病理学 膀胱癌 bulk RNA测序,单细胞RNA测序,mpMRI影像组学 ResNet50卷积神经网络,随机森林 全切片图像,基因表达数据,影像数据 多中心队列(具体样本量未在摘要中说明) NA bulk RNA-seq,single-cell RNA-seq NA NA
106 2026-09-21
IER3 Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer Through the NF-κB Pathway
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序发现IER3表达阳性的恶性亚群与结直肠癌侵袭性进展和不良预后相关,并揭示其通过NF-κB通路和FN1-CD44轴促进肿瘤进展和免疫抑制 首次整合单细胞RNA测序鉴定出IER3表达的恶性亚群,并阐明其通过TNF-α/NF-κB信号通路增强RELA/p65表达和磷酸化,同时通过FN1-CD44轴重塑肿瘤免疫微环境为免疫抑制状态 未提及 探究IER3在结直肠癌发病机制和免疫调节中的功能作用 结直肠癌临床样本及IER3表达的恶性细胞亚群 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
107 2026-09-21
Construction of a Mitochondria-Related Gene Diagnostic Model Based on Integrated Multiomics Data and Functional Validation of ANK2 as a Key Regulator in Colorectal Cancer
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 本研究整合多组学数据构建了结直肠癌线粒体相关基因诊断模型,并验证了ANK2作为关键调控因子的功能 整合TCGA和多个GEO数据集的多组学数据,结合MitoCarta3.0数据库,使用LASSO回归和SVM-RFE两种机器学习算法筛选出8个关键线粒体相关基因构建诊断模型,并首次深入验证ANK2在结直肠癌中的抑癌功能 诊断模型的临床转化应用仍需进一步前瞻性验证,ANK2的具体分子调控机制尚未完全阐明 构建基于线粒体相关基因的结直肠癌早期诊断模型,并探究关键基因ANK2在结直肠癌中的生物学功能 结直肠癌患者样本及细胞系 机器学习 结直肠癌 转录组测序, 单细胞RNA测序, 免疫组化, qRT-PCR, western blotting, TUNEL实验, 血管生成实验 LASSO回归, SVM-RFE 基因表达数据, 图像 1174个样本(来自TCGA和GEO数据库GSE21510、GSE44076、GSE9348),以及单细胞RNA测序数据GSE245552 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
108 2026-09-21
Multi-Omics Evidence Based on Spatial Transcriptomics Data Reveals the Therapeutic Value of Copper Death Genes in Glioblastoma
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 基于空间转录组学数据的多组学证据揭示了铜死亡基因在胶质母细胞瘤中的治疗价值,构建了铜死亡相关microRNA预后模型并验证了miR-93-5p的功能 首次基于铜死亡相关microRNA构建低级别胶质瘤预后模型,结合空间转录组学多组学数据揭示了铜死亡基因在胶质母细胞瘤中的治疗价值,并验证了miR-93-5p作为关键基因的功能 研究主要基于公共数据库的生物信息学分析,实验验证仅限于体外细胞功能实验,缺乏体内动物实验和临床前瞻性验证 识别与低级别胶质瘤预后相关的铜死亡相关microRNA,构建预后风险模型并评估其临床价值及免疫治疗意义 低级别胶质瘤(LGG)患者及胶质母细胞瘤(GBM)细胞 数字病理学, 机器学习 胶质母细胞瘤, 低级别胶质瘤 空间转录组学, 多组学分析, microRNA表达谱分析 Lasso回归, 单因素Cox回归, 多因素Cox回归 基因表达数据, 图像, 文本 TCGA低级别胶质瘤数据集及CGGA外部验证队列,具体样本量未在摘要中明确说明 NA 空间转录组学 NA NA
109 2026-09-21
Cellular plasticity and regenerative mechanisms in the lung
2026-Jan, European respiratory review : an official journal of the European Respiratory Society IF:9.0Q1
综述 本文综述了肺上皮再生机制与细胞可塑性,整合动物模型与人类研究,探讨气道与肺泡区域的干细胞、祖细胞及过渡态细胞在损伤修复与慢性肺病中的作用 整合单细胞与空间转录组学的最新发现,系统阐述肺上皮细胞异质性、新型祖细胞状态与过渡中间态,并比较动物模型与人类肺研究的保守与分歧机制 作为综述,未提供原始实验数据,主要依赖现有文献,可能受限于已发表研究的样本偏差与技术差异 阐明成体肺上皮再生的细胞与分子机制,揭示细胞可塑性在正常修复与慢性肺病中的双重作用及治疗潜力 成体肺上皮干细胞与祖细胞,包括基底细胞、AT2细胞、变异俱乐部细胞、BASCs及新发现的呼吸气道分泌细胞与AT0细胞 单细胞与空间转录组学 特发性肺纤维化, 慢性阻塞性肺疾病 单细胞转录组学, 空间转录组学 NA 文本 NA NA NA NA NA
110 2026-09-21
Single-Cell Transcriptomics Reveals Biomarkers for NK Cell Dysfunction in Endometriosis-Associated Immune Dysregulation
2026, Mediators of inflammation IF:4.4Q2
研究论文 该研究利用单细胞RNA测序结合批量RNA测序数据,揭示子宫内膜异位症中NK细胞功能障碍的生物标志物,并探讨其在免疫失调中的作用机制 首次通过单细胞转录组学结合机器学习方法,鉴定出GNLY、PRF1和ENTPD1三个关键基因作为子宫内膜异位症NK细胞功能障碍的潜在诊断生物标志物,并揭示ENTPD1在免疫调节和促进基质细胞迁移中的双重功能 单细胞RNA测序样本量较小(仅3例患者和3例正常样本),需要在更大规模队列中进一步验证;机制研究主要基于生物信息学分析,实验验证有待深入 揭示子宫内膜异位症相关免疫失调中NK细胞功能障碍的分子机制,并筛选潜在的诊断生物标志物和治疗靶点 子宫内膜异位症患者的病灶组织和正常子宫内膜组织 数字病理学 子宫内膜异位症 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qPCR, 伤口愈合实验, Transwell实验 LASSO, SVM-RFE 图像, 文本 3例子宫内膜异位症患者病灶样本和3例正常子宫内膜样本进行scRNA-seq,整合3个GEO批量RNA-seq数据集(GSE105765、GSE7305、GSE6364) NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
111 2026-09-21
Single-Cell Multiome Impact of Prenatal Heavy Metal Exposure on Early Airway Development
2026-01-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
研究论文 该研究通过单细胞多组学测序和高分辨率代谢组学,揭示了产前镉和砷暴露对小鼠早期气道发育的多层面分子和细胞干扰 首次在胚胎期E12阶段整合单细胞多组学(scATAC-seq + scRNA-seq)和高分辨率代谢组学,系统解析产前镉砷共暴露对早期气道发育的细胞类型特异性机制,发现Gata6和Gli2为关键调控因子 研究仅基于小鼠模型,镉砷暴露剂量为250 ppb,尚未在人类队列中验证;仅聚焦于E12阶段单细胞多组学分析,发育后期时间点仅验证了蛋白表达 探究产前镉和砷暴露对早期胚胎气道发育的细胞类型特异性分子机制 产前暴露于镉和砷的小鼠胚胎肺组织(E12、E14.5、E17) 单细胞多组学 肺部发育异常 单细胞多组学测序(scATAC-seq + scRNA-seq)、高分辨率代谢组学 NA 基因表达数据、染色质可及性数据、代谢组数据 小鼠胚胎肺组织,分为对照组(0 ppb)和暴露组(250 ppb镉和砷),涵盖E12、E14.5和E17三个发育时间点 10x Genomics 单细胞多组学(scATAC-seq + scRNA-seq)、代谢组学 10x Chromium 10x Chromium单细胞多组学平台(单细胞转座酶可及性染色质高通量测序联合单细胞RNA测序)
112 2026-09-21
Single-cell RNA sequencing of platelets: challenges and potential
2026-Jan, Journal of thrombosis and thrombolysis IF:2.3Q2
研究论文 该研究首次使用10X Genomics平台对全血来源的血小板进行单细胞RNA测序,鉴定了三个不同的血小板亚群,并评估了该技术的可行性 首次使用10X Genomics平台对富血小板血浆中的血小板进行单细胞RNA测序,证明了从全血中进行血小板scRNA-seq的可行性 血小板RNA含量有限、细胞体积小、反应性高易被激活、操作过程存在高耗竭潜力和对处理敏感等技术挑战;线粒体RNA占总RNA计数约14%,占比高 对全血来源的血小板进行单细胞RNA测序,探索该技术用于血小板转录组研究的可行性 健康供体外周全血中分离的富血小板血浆中的血小板 单细胞转录组学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 文本(基因表达计数数据) 1名健康供体的外周全血样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10X Genomics平台用于富血小板血浆的单细胞RNA测序
113 2026-09-21
Epithelial Cell-Specific Prognostic Signature (FTH1, RIT1, WASL, NDRG2, KIFC3) Stratifies Cervical Cancer Patients and Correlates With Immune Infiltration
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序分析宫颈癌上皮细胞的异质性,构建了一个基于五个基因(FTH1、RIT1、WASL、NDRG2、KIFC3)的预后风险模型,并验证了其与免疫浸润和药物敏感性的相关性 首次基于宫颈癌上皮细胞特异性基因共表达模块构建五基因预后特征,并结合单细胞轨迹分析、细胞间通讯推断及体外功能实验验证FTH1在宫颈癌中的功能作用 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证;体外实验仅验证了FTH1一个基因的功能,其余四个基因的功能尚未实验证实 开发上皮细胞特异性风险模型以改善宫颈癌患者的临床预后评估并揭示肿瘤免疫微环境的改变 宫颈癌患者样本及宫颈癌细胞系 数字病理学 宫颈癌 单细胞RNA测序 LASSO回归、多因素Cox回归、hdWGCNA 单细胞转录组数据、基因表达数据 40457个细胞(来自GSE208653数据集),外加TCGA-CESC和GSE52903两个队列 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
114 2026-09-21
TMEM106C, BSG, COPE, CDCA8, KPNA2, LIG1, UQCRH, and CCT5: Predictive of Survival and Immunotherapy Resistance in Hepatocellular Carcinoma
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 该研究通过整合单细胞RNA测序和转录组数据分析,识别与细胞衰老相关的基因特征,构建肝细胞癌(HCC)的预后模型,用于预测生存和免疫治疗反应 通过整合单细胞和批量转录组数据,识别了8个衰老相关基因(TMEM106C、BSG、COPE、CDCA8、KPNA2、LIG1、UQCRH、CCT5)构建预后模型,并揭示了细胞衰老与免疫抑制微环境的复杂相互作用,同时验证了CDCA8作为潜在治疗靶点 未明确提及 通过整合单细胞和转录组分析识别衰老相关基因特征,构建稳健的预后模型以预测HCC患者的生存和免疫治疗反应 肝细胞癌(HCC)患者 机器学习, 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序, 转录组分析, qRT-PCR LASSO Cox回归 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 图像 80,997个细胞 Illumina 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 Illumina NovaSeq NA
115 2026-09-21
Discovering paracrine regulators of cell type composition from spatial transcriptomics using SPER
2026, Bioinformatics advances IF:2.4Q2
研究论文 该文章开发了一种名为SPER的计算方法,用于从空间转录组学数据中识别与细胞类型组成空间相关的旁分泌调节因子 首次提出系统识别细胞间旁分泌调节因子的计算方法SPER,通过空间配对表达比率评估转录本丰度与细胞类型比例的空间依赖性 仅在模拟数据和公开的小鼠脑及人类肺空间转录组数据上验证,缺乏实验验证,且方法依赖空间转录组数据的分辨率和覆盖度 开发一种计算方法,从空间转录组学数据中系统识别与细胞类型组成共变且可能影响邻近细胞组成的旁分泌调节因子 空间转录组学数据中的转录本和细胞类型组成 空间转录组学 肺癌 空间转录组学 NA 空间转录组数据 公开的小鼠脑和人类肺空间转录组数据集(具体样本数未在摘要中提供) NA 空间转录组学 NA NA
116 2026-09-21
Identification of CXCL12 as a key gene of trophoblast and endometrial stromal cell decidualization in pregnancy via scRNA-seq and experimental validation
2026, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序和实验验证,鉴定CXCL12为妊娠中滋养层和子宫内膜基质细胞蜕膜化的关键基因 结合单细胞RNA测序与实验验证,首次揭示CXCL12在母胎界面滋养层细胞和子宫内膜基质细胞蜕膜化中的关键作用,并阐明CXCL12/CXCR4轴下调与复发性流产的关系 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证,且样本量有限 探讨趋化因子配体12(CXCL12)在母胎界面的作用及其在复发性流产中的具体机制,为潜在的诊断和治疗策略提供实验依据 正常和复发性流产样本的母胎界面单细胞、HTR-8/SVneo细胞系、子宫内膜基质细胞 数字病理学 复发性流产 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 正常和复发性流产样本的母胎界面单细胞,具体数量未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
117 2026-09-21
DeepCE: a deep learning framework for correlation-enhanced gene regulatory network inference in single-cell RNA sequencing data
2026, Bioinformatics advances IF:2.4Q2
研究论文 提出DeepCE,一个结合双向门控循环单元和卷积神经网络的深度学习框架,用于单细胞RNA测序数据中相关性增强的基因调控网络推断 整合双向门控循环单元和卷积神经网络,分别捕获动态时间依赖和局部空间模式,通过平滑噪声基因表达数据、提取时间滞后调控信号和过滤虚假相关性,提高基因调控网络推断的准确性和鲁棒性 未明确说明 增强单细胞RNA测序数据中基因调控网络推断的有效性和可靠性 小鼠和人类单细胞RNA测序数据集 机器学习 NA 单细胞RNA测序 双向门控循环单元, 卷积神经网络 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
118 2026-09-21
Single-cell RNA sequencing suggests different progenitor lineages between IDH mutant and IDHwt glioma
2026 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序数据,探讨IDH突变型胶质瘤与IDH野生型胶质母细胞瘤之间祖细胞谱系的差异 首次将胎儿脑神经祖细胞分类体系(基于THY1、CD24和EGFR表达)应用于IDH突变型星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤及IDH野生型胶质母细胞瘤的比较分析,揭示了不同IDH状态下胶质瘤祖细胞谱系的差异 研究仅使用公共数据集进行二次分析,样本量有限,且未进行实验验证;分类体系基于胎儿脑发育阶段的标记物,可能无法完全反映肿瘤微环境的复杂性 将胎儿脑神经祖细胞分类体系应用于IDH突变型和IDH野生型胶质瘤,以探究不同IDH状态下胶质瘤细胞的祖细胞谱系差异 IDH突变型星形细胞瘤、IDH突变型少突胶质细胞瘤以及IDH野生型胶质母细胞瘤(包括原发性和复发性样本) 数字病理学, 机器学习 脑胶质瘤 单细胞RNA测序 NA 文本, 基因表达数据 90个样本(74个IDH野生型原发和复发配对样本,6个原发性少突胶质细胞瘤样本,10个原发性IDH突变型星形细胞瘤样本) NA 单细胞RNA测序 NA NA
119 2026-09-21
Diversity and function of tumor-associated macrophages in brain metastases: mechanisms and therapeutic prospects
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)在脑转移中的多样性、功能、调控机制及治疗前景 系统整合了单细胞研究揭示的TAMs功能亚群谱系(如脂质相关型、干扰素响应型、促血管生成型),突破了传统M1/M2二分法,并提出了靶向TAMs的纳米技术、CAR-巨噬细胞等新型治疗策略 TAMs异质性导致靶向特异性不足,血脑屏障阻碍药物递送,且缺乏基于生物标志物的个性化治疗验证 探讨TAMs在脑转移中的多样性、功能与调控机制,并展望靶向TAMs的治疗策略 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、脑转移瘤微环境、乳腺癌和肺癌脑转移模型 数字病理学, 机器学习 肺癌, 乳腺癌, 脑转移 单细胞测序, 空间转录组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
120 2026-09-21
Single-cell dissection of hepatocellular carcinoma immunity: from heterogeneous subtypes to precision therapeutics
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文综述了单细胞测序技术在肝细胞癌肿瘤微环境免疫细胞亚群解析中的应用,总结了免疫亚群的主流分类及其功能意义和治疗价值 从单细胞分辨率系统总结肝细胞癌免疫微环境异质性亚群的分类,并探讨其向精准治疗转化的潜力 作为综述文章,未提供原始实验数据,且单细胞测序技术在临床转化中仍面临成本、标准化和分析复杂度等挑战 总结单细胞测序在肝细胞癌肿瘤微环境免疫细胞亚群研究中的应用,分析免疫亚群的功能意义与治疗价值 肝细胞癌肿瘤微环境中的免疫细胞亚群 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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