单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 1652 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-05-05
Key Concepts in Transcriptomics Data Analysis in the Era of Next-Gen Sequencing
2026, Advances in experimental medicine and biology
综述 讨论二代测序时代转录组学数据分析的关键概念与方法 整合了批量与单细胞转录组学的基本及高级分析方法 未提供具体实验数据或验证结果,仅为方法概述 介绍转录组学数据分析的核心概念与技术 RNA测序数据及分析方法 机器学习 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 文本 NA NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
102 2026-05-05
The Gut-Brain Axis in Alzheimer's: From Microbiota Genetics to Stigmasterol's Neuroprotection Mechanism
2026, Degenerative neurological and neuromuscular disease IF:2.1Q3
研究论文 通过肠道菌群遗传学分析,发现豆甾醇通过STIM1/Orai1通路发挥神经保护作用的机制 首次整合孟德尔随机化、单细胞和空间转录组学揭示肠道菌群与阿尔茨海默病的因果关系,并鉴定豆甾醇作为靶向STIM1/Orai1通路的天然化合物 实验验证仅限于体外SH-SY5Y细胞模型,缺乏体内动物实验和临床样本验证 利用肠-脑轴探究肠道菌群在阿尔茨海默病中的治疗靶点,并预测潜在天然化合物及其作用机制 阿尔茨海默病相关基因、肠道菌群遗传变异、豆甾醇 生物信息学 阿尔茨海默病 孟德尔随机化、SMR分析、单细胞转录组学、空间转录组学、网络药理学、分子对接 CNN(未明确提及,基于上下文推测),但更准确为因果推断和药物预测模型 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据、分子结构数据 未明确提及样本量 NA 单细胞转录组学、空间转录组学 NA NA
103 2026-05-05
Advances in multi-omics research on neuroblastoma
2026, Frontiers in pediatrics IF:2.1Q2
综述 综述转录组学、放射组学和数字病理学等多组学方法在神经母细胞瘤诊断和治疗中的作用 强调多组学融合策略克服单一数据类型的局限,构建更精确的疾病分类模型并推动个性化治疗方案开发 未提及具体研究方法或数据,可能缺乏实证支持 探讨多组学方法在提高神经母细胞瘤诊断精度和优化治疗决策中的应用 神经母细胞瘤的转录组、放射组学和病理组学数据 计算机视觉, 自然语言处理, 数字病理学 神经母细胞瘤 转录组测序, 单细胞测序, 放射组学分析, 数字病理学分析, 人工智能 NA 基因表达数据, 图像 NA NA 单细胞RNA-seq, 转录组测序 NA NA
104 2026-05-05
Ubiquitination-Associated Ductal-Fibroblast Crosstalk Shapes Tumor Progression and Prognosis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 探讨泛素化在胰腺导管腺癌中调控导管-成纤维细胞通讯及其对肿瘤进展和预后的影响 首次在单细胞和空间层面揭示泛素化活性在PDAC微环境中的细胞类型特异性和空间组织模式,并建立相关预后模型 泛素化活性评分基于基因集算法,可能需要进一步实验验证;功能验证仅限于体外实验 阐明泛素化在胰腺导管腺癌微环境中的细胞特异性活动及其对肿瘤进展和预后的作用 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织及癌旁正常组织 数字病理学 胰腺导管腺癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 基因沉默功能实验 NA 基因表达数据, 空间转录数据 整合多个公开数据集(具体样本量未在摘要中说明) 未在摘要中明确提及 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq 未在摘要中明确提及 NA
105 2026-05-05
Spatial transcriptomics identifies fibroblast-T cell crosstalk as a driver of Th2 polarization in allergic rhinitis
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 利用空间转录组学绘制过敏性鼻炎患者鼻黏膜图谱,发现成纤维细胞与T细胞的串扰驱动Th2极化 首次通过10x Genomics Xenium原位空间转录组学结合配体-受体模型,系统性揭示成纤维细胞- T细胞串扰在过敏性鼻炎Th2极化中的核心驱动作用 样本量有限(10例患者与10例对照),且主要依赖于空间转录组数据,需要进一步的功能验证研究 阐明过敏性鼻炎发病机制中空间基质-免疫细胞相互作用 10例过敏性鼻炎患者和10例非过敏性对照的鼻黏膜组织 空间转录组学 过敏性鼻炎 空间转录组学 NA 空间基因表达数据 20例鼻黏膜样本(10例AR,10例对照) 10x Genomics 空间转录组学 Xenium In Situ 10x Genomics Xenium原位空间转录组学平台
106 2026-05-05
B cell-mediated immune surveillance defines the favorable prognosis of occult breast cancer: a multi-omics study
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过多组学方法研究隐秘性乳腺癌的免疫微环境,揭示B细胞介导的免疫监视与良好预后的关联 首次利用多组学整合分析(蛋白质组学、转录组学、单细胞RNA测序)阐明隐秘性乳腺癌中B细胞作为免疫中枢细胞清除原发肿瘤的机制 结果基于探索性分析,需在更大队列中进行功能验证 揭示隐秘性乳腺癌原发肿瘤清除的免疫机制 隐秘性乳腺癌与非隐秘性乳腺癌的淋巴结和肿瘤组织样本 基因组学与免疫学 乳腺癌 定量蛋白质组学、批量转录组学、单细胞RNA测序 NA 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 SEER数据库12162例患者用于生存分析 Illumina 批量RNA测序、单细胞RNA测序 Illumina测序平台 单细胞RNA测序使用10x Genomics平台
107 2026-05-05
Single-cell RNA sequencing of leukocytes at the maternal-fetal interface in physiological and pathological Nodal-deficient pregnancies
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析生理和病理Nodal缺陷妊娠中母胎界面白细胞的特征 首次利用单细胞RNA测序技术系统表征了Nodal缺陷妊娠中母胎界面白细胞的转录组特征,揭示了髓系细胞在胎盘发育中的新功能 NA 阐明白细胞在胎盘发育中的作用,理解生理妊娠和生殖失败的机制 小鼠母胎界面白细胞(包括巨噬细胞和中性粒细胞等) NA 生殖疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
108 2026-05-05
Single-cell RNA sequencing unravels T cell exhaustion underlying the chronicity of chromoblastomycosis
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序揭示CD4+ T细胞耗竭是着色芽生菌病慢性化的关键机制 首次从单细胞水平揭示CD4+ T细胞耗竭是着色芽生菌病慢性化的核心免疫机制,并阐明单核/巨噬细胞通过持续抗原呈递和配体-受体相互作用驱动该过程 样本量有限(仅1例患者病变皮肤),需要更大规模队列及更多慢性感染模型验证 探究着色芽生菌病慢性化的免疫病理机制 着色芽生菌病患者的病变皮肤组织及Fonsecaea pedrosoi感染小鼠模型 数字病理学 真菌感染性疾病 单细胞RNA测序、多重免疫荧光 NA 单细胞转录组数据 1例患者病变皮肤样本及小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
109 2026-05-05
Identification of a migrasome-related lncRNA signature and its prognostic and immunological role in bladder cancer
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 建立了一个与迁移体相关的长链非编码RNA签名,用于预测膀胱癌患者的预后和免疫特征 首次识别并构建了基于迁移体相关lncRNA的预后签名,并整合单细胞RNA测序分析揭示其在膀胱癌微环境中的细胞异质性和细胞间通讯模式 未提及具体局限性 识别与膀胱癌预后相关的迁移体相关lncRNA,并评估其与免疫微环境和药物敏感性的关系 膀胱癌患者 机器学习 膀胱癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq Cox回归, LASSO回归 转录组数据, 临床数据, 单细胞RNA测序数据 来自TCGA的膀胱癌样本 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
110 2026-05-05
Innate immune profiling reveals a specific reduction of CD57+CD62L+CD161+ NK cells in CMV-positive males with hypertension
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 利用质谱流式和单细胞RNA测序揭示高血压男性患者中CMV阳性状态下CD57+CD62L+CD161+ NK细胞特异性减少及其亚群重塑机制 首次发现高血压导致CD57+CD62L+CD161+ NK细胞整体减少及致病性亚群重塑,即KLRC2high适应性亚群特异性丧失,而FCER1Ghigh细胞毒性亚群相对保留并成为优势群体 样本量较小(仅男性),机制验证依赖IL-15信号通路关联分析,缺乏直接因果实验 探究高血压中先天免疫细胞(特别是NK细胞)的失调机制及致病作用 高血压和血压正常男性的外周血单个核细胞(PBMC)中的NK细胞 机器学习和生物信息学 高血压 质谱流式(CyTOF)、全谱流式细胞术、单细胞RNA测序 NA 质谱流式数据、流式细胞术数据、单细胞转录组数据 初始队列10例高血压和10例血压正常男性;验证队列10例高血压和6例血压正常男性 Fluidigm 质谱流式, 单细胞RNA测序 CyTOF, 10x Chromium CyTOF用于先天免疫谱分析;10x Chromium用于单细胞RNA测序
111 2026-05-05
Single-cell landscape of melanoma reveals ETV5-driven C3 ID4+ tumor subpopulation with extracellular vesicle-associated immunosuppressive and pro-metastatic potential
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过整合单细胞转录组分析,在黑色素瘤中鉴定出ETV5驱动的C3 ID4+肿瘤亚群,该亚群具有细胞外囊泡相关的免疫抑制和促转移潜力 首次通过单细胞转录组整合分析揭示ETV5作为关键转录调控因子驱动C3 ID4+肿瘤亚群,并阐明其通过TGF-β相关细胞间通讯和细胞外囊泡信号促进黑色素瘤进展和免疫逃逸的机制 缺乏大规模临床样本验证及功能实验的体内模型支持,且ETV5下游具体调控网络和细胞外囊泡的详细机制尚未完全解析 探究黑色素瘤中未分化的肿瘤亚群及其在恶性进展和免疫逃逸中的作用 10例I/III期黑色素瘤标本的肿瘤微环境和肿瘤异质性 数字病理学 黑色素瘤 单细胞RNA测序 CytoTRACE, CellChat, SCENIC, CRISPR/Cas9 单细胞转录组数据 10例I/III期黑色素瘤标本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
112 2026-05-05
scRNA sequencing revealed HIV-associated inflammation-mediated lung epithelial dysregulation and fibroblast remodeling
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示HIV感染导致肺部上皮失调和成纤维细胞重塑的机制 首次在单细胞水平上系统描绘HIV感染对肺上皮、免疫和基质细胞群的转录重组影响,发现肺泡上皮细胞向间质表型转变及成纤维细胞促炎应激反应增强 未探讨这些通路在HIV相关肺部病理中的治疗相关性,且样本量可能有限 表征HIV感染在肺部的细胞和分子景观,评估上皮重塑和HIV驱动的肺细胞组成及转录程序变化 来自HIV感染者和未感染个体的肺组织,包括吸烟者和非吸烟者 单细胞转录组学 HIV相关肺部疾病 单细胞RNA测序 UMAP聚类 单细胞转录组数据 总共54,230个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
113 2026-05-05
Tumor reactivity assessment using clonal expression reveals tumor reactive CD8+ T cell heterogeneity across solid tumors
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 利用克隆表达评估肿瘤反应性,揭示实体瘤中肿瘤反应性CD8+ T细胞的异质性 提出一种无需数据集预处理的克隆型水平CD8+ TRT分类器TRACE,克服了单数据集、供体或适应症训练的局限性,并可在新测试数据集上直接应用 未在论文中明确提及局限性 构建并验证一种基于单细胞RNA测序的肿瘤反应性T细胞预测算法,以评估不同实体瘤中TRT的频率 肿瘤浸润淋巴细胞和血液T细胞克隆型 机器学习 肺癌,结直肠癌,胰腺癌,黑色素瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 来自多个肿瘤图谱的数百名患者样本(涵盖肺癌、结直肠癌和胰腺癌) NA 单细胞RNA测序 NA NA
114 2026-05-05
Application of multi-omics in systemic autoimmune rheumatic diseases: a bibliometric and visualization analysis
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 利用文献计量学和可视化分析,系统回顾2005至2025年间多组学技术在系统性自身免疫性风湿病中的应用现状、发展趋势及主题演变 首次通过文献计量学方法,系统描绘了多组学在SARD研究中从体液分子表征向单细胞免疫细胞层面高分辨率分析的转化路径及国际合作模式 仅依赖Web of Science核心合集数据库,可能存在文献覆盖不全;操作化定义仅纳入至少两个组学层面的研究,可能排除了单一组学但有重要贡献的工作 系统综述多组学技术在系统性自身免疫性风湿病研究中的应用现状与发展趋势,指导未来研究方向 2005至2025年间Web of Science核心合集中关于多组学在SARD应用的英文文献 自然语言处理 风湿性自身免疫疾病 NA NA 文本 2576篇文献(2072篇研究论文和504篇综述) NA NA NA NA
115 2026-05-05
Integrated analysis identifies a palmitoylation-associated prognostic model (ACSM5/SKA3) for lung adenocarcinoma across multiple cohorts
2026, PeerJ IF:2.3Q2
研究论文 通过整合分析确定了肺腺癌中一个棕榈酰化相关预后模型(ACSM5/SKA3),并在多个队列中验证其预后价值 首次构建了基于棕榈酰化相关基因的ACSM5/SKA3双基因预后模型,该模型能够分层患者预后并反映代谢、增殖和免疫微环境状态,为肺腺癌风险分层和治疗设计提供棕榈酰化相关基础 模型区分性能中等(TCGA中1年、3年、5年AUC分别为0.717、0.733、0.697),可能需进一步优化 探究棕榈酰化相关基因在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系 肺腺癌患者 机器学习 肺癌 RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR LASSO-Cox回归模型 转录组数据(RNA-seq), 单细胞RNA测序数据(scRNA-seq) TCGA-LUAD队列及三个GEO外部验证队列,包含单细胞RNA测序数据集和配对的LUAD及相邻组织 NA NA NA NA
116 2026-05-05
An optimization framework for hierarchical clustering
2026, Bioinformatics advances IF:2.4Q2
研究论文 提出一种基于平均链接的层次聚类优化框架,通过集成多视图相似性度量提升聚类质量 首次将局部与全局视角结合,通过多视图数据生成与集成学习优化层次聚类,克服贪心算法的结构性次优问题 未明确提及计算复杂度及大规模数据集上的扩展性 改进层次聚类的结构最优性 合成数据集、经典基准数据集及单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 平均链接层次聚类、集成学习 数值数据 多种合成及经典数据集,具体数量未明确 NA 单细胞RNA-seq NA NA
117 2026-05-04
Nanoparticle-Mediated PPAR Modulation of Macrophage Polarization in Radiation Enteritis: A Narrative Review
2026, Drug design, development and therapy
综述 本文探讨了巨噬细胞极化与PPAR信号在放射性肠炎中的分子机制,综述了PPAR靶向治疗及纳米递送策略 系统整合了放射性肠炎中PPAR调节巨噬细胞极化的分子机制、纳米递送技术和多组学方法,提出了精准纳米药物的开发方向 作为叙述性综述,缺乏原始实验数据验证,未对纳入文献进行系统性偏倚评估 阐明放射性肠炎中PPAR信号调控巨噬细胞极化的机制,并综述靶向治疗与纳米递送策略 放射性肠炎中的巨噬细胞和PPAR信号通路 机器学习 放射性肠炎 单细胞转录组学、空间组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
118 2026-05-04
Gut-Brain Axis Dysregulation in Inflammatory Bowel Disease: Implications for Coagulation Abnormalities and Extraintestinal Manifestations
2026, International journal of general medicine IF:2.1Q2
综述 探讨炎症性肠病中肠-脑轴失调对凝血异常及肠外表现的影响 提出通过整合多组学分析和人工智能辅助系统来管理IBD相关凝血功能障碍的新范式 缺乏严格随机对照试验的验证,肠-脑-肝轴对凝血的调控机制尚未阐明 阐明肠-脑轴在IBD相关凝血异常和肠外表现中的作用机制并探索新的管理策略 炎症性肠病(IBD)患者 机器学习 炎症性肠病 多组学分析,宏基因组学,代谢组学,单细胞转录组学 NA 宏基因组数据,代谢组数据,单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
119 2026-05-04
Advancing lupus nephritis research through multi-omics and predictive modeling
2026 Jan-Dec, Innate immunity IF:2.8Q3
研究论文 通过多组学整合策略,结合单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据,开发机器学习预测模型,揭示狼疮性肾炎的关键细胞驱动因子和潜在治疗靶点 首次结合单细胞RNA-seq与大规模批量RNA-seq数据,利用非负矩阵分解定义免疫元程序,并通过CellChat解码细胞间通讯网络,开发基于先天免疫、昼夜节律等通路的399种机器学习预测模型 分子对接模拟仅提供结构基础,需进一步实验验证CYBB与地塞米松的相互作用 利用多组学方法阐明狼疮性肾炎的细胞和分子机制,并开发精准诊断模型 狼疮性肾炎患者的肾脏活检组织及批量RNA-seq队列数据 机器学习 狼疮性肾炎 单细胞RNA测序、批量RNA-seq、非负矩阵分解、CellChat、分子对接 机器学习(399种模型) 单细胞转录组数据、批量转录组数据 单细胞RNA-seq样本及多个独立批量RNA-seq队列(具体样本量未说明) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
120 2026-05-03
Identification of Lupus Immune Complex-Driven Pathogenic Pro-inflammatory Monocytes and Macrophages in Systemic Lupus Erythematosus
2026-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞RNA测序分析,揭示狼疮免疫复合物驱动的促炎性单核细胞和巨噬细胞在系统性红斑狼疮发病机制中的作用 首次通过单细胞RNA测序结合蛋白组学分析,系统阐明狼疮免疫复合物(如U1-snRNP、dsDNA、Ro60)刺激下促炎性单核/巨噬细胞的转录组和蛋白表达变化,并发现这些细胞在狼疮患者皮肤、肾脏和外周血中扩增,且与I型干扰素信号独立作用 未明确说明局限性,但可能包括样本量有限、仅基于体外刺激实验和公共数据集分析,缺乏直接体内验证机制 探究狼疮免疫复合物刺激驱动的单核吞噬细胞(单核细胞和巨噬细胞)的异质性和功能,阐明其在系统性红斑狼疮发病中的作用 系统性红斑狼疮患者的单核细胞、巨噬细胞,以及狼疮免疫复合物(U1-snRNP、dsDNA、Ro60)刺激的人单核细胞 单细胞转录组学,免疫学 系统性红斑狼疮 单细胞RNA测序,蛋白组学分析 NA 单细胞转录组数据,蛋白表达数据 涉及狼疮患者皮肤、肾脏和外周血样本,以及体外培养的人单核细胞,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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