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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1141 | 2026-05-08 |
The Role of COQ10B in Tumor Progression and Its Association with Immune Escape in Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Multi-Omics and Functional Analysis
2026, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S581929
PMID:42095211
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研究论文 | 本研究通过多组学和功能分析,探讨COQ10B在食管鳞状细胞癌进展中的作用及其与免疫逃逸的关联 | 首次系统揭示COQ10B在食管鳞癌中通过激活PI3K/AKT/HIF-1A信号通路促进肿瘤进展和免疫逃逸的机制 | 未提及具体局限性 | 阐明COQ10B在食管鳞状细胞癌中的功能及其调控肿瘤免疫微环境的潜在机制 | 食管鳞状细胞癌(ESCC),TE-1细胞,C57BL/6小鼠皮下异种移植模型 | 机器学习 | 肺癌 | NGS, RNA-seq | NA | 文本 | TCGA和GEO数据库样本,单细胞测序数据,TE-1细胞,C57BL/6小鼠 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | TCGA和GEO数据库的批量RNA-seq及单细胞RNA-seq数据 |
| 1142 | 2026-05-06 |
DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1117
PMID:41160880
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研究论文 | 介绍DeepSpaceDB——一个用于交互式深度分析组织及组织微环境的空间转录组图谱数据库 | 该数据库专注于10X Genomics Visium样本,提供高级交互式分析工具与跨样本比较功能,区别于仅注重平台覆盖而忽视功能的数据库 | 当前版本仅支持10X Genomics Visium样本,且分析需依赖用户上传或已有的数据集 | 构建一个用户友好的空间转录组数据库,支持灵活探索、交互式比较及高级分析 | 健康及疾病状态下的组织样本,如阿尔茨海默病模型小鼠的海马区域 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明具体数量,但包含多个组织和疾病模型的样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium FFPE或新鲜冰冻组织分析 |
| 1143 | 2026-05-06 |
DrugSurvPlot: A Novel Web-Based Platform Harnessing Drug Sensitivity Scores as Molecular Biomarkers for Pan-Cancer Survival Prognosis
2026, Current gene therapy
IF:3.8Q2
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研究论文 | 介绍DrugSurvPlot,一种利用药物敏感性评分作为泛癌症生存预后分子生物标志物的新型网络平台 | 建立药物敏感性评分作为肿瘤生存分析的新型预后生物标志物,整合大规模多癌种数据集并提供无需登录的交互式分析工具 | 药物覆盖范围有限,数据集多样性不足,未来需扩展药理学数据库并整合新兴数据模态(如单细胞转录组学) | 利用预测药物敏感性评分作为生存生物标志物,提高精准医学水平并克服基因组指导方法在临床试验中的局限性 | 189个GEO数据集(含10个免疫检查点抑制剂治疗数据集)和33个TCGA数据集,共85,531条记录,覆盖52种癌症类型和13种生存状态数据类型,以及GDSC2中的198种抗癌药物 | 计算肿瘤学 | 泛癌症 | NA | NA | 药物敏感性评分数据 | 85,531条记录,涵盖189个GEO数据集和33个TCGA数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1144 | 2026-05-06 |
Tumor-Promoting Crosstalk of MMP11⁺ Fibroblasts and SPP1⁺ Macrophages Drive Poor Prognosis in Breast Cancer: Integrated Multi-Omics Analysis
2026, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S564498
PMID:42083565
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了MMP11阳性的癌症相关成纤维细胞与SPP1阳性巨噬细胞之间的相互作用对乳腺癌预后不良的驱动作用 | 首次发现MMP11+ CAFs和SPP1+巨噬细胞的相互作用与乳腺癌患者不良预后及免疫治疗反应受损相关 | 仅基于公共数据库和有限样本分析,需更多临床样本验证,且机制研究缺乏直接功能实验 | 探索乳腺癌肿瘤微环境中基质-免疫相互作用及其对预后的影响 | 乳腺癌肿瘤微环境中的MMP11+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1145 | 2026-05-05 |
Advances in Massive Parallel Sequencing: From Genomics to Spatial Transcriptomics
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-18966-0_3
PMID:42071139
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综述 | 综述大规模并行测序从基因组学到空间转录组学的技术进步 | 系统梳理了测序技术从桑格测序到下一代测序再到单细胞和空间转录组学的演进脉络,突出概念创新如大规模并行化、克隆扩增和循环检测化学 | 未对具体技术细节进行比较或分析局限性 | 回顾测序技术的发展历程及其对生物学研究的影响 | 测序技术及其在基因组学、单细胞和空间转录组学中的应用 | 基因组学 | NA | 桑格测序、下一代测序、单细胞测序、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1146 | 2026-05-05 |
Key Concepts in Transcriptomics Data Analysis in the Era of Next-Gen Sequencing
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-18966-0_11
PMID:42071147
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综述 | 讨论二代测序时代转录组学数据分析的关键概念与方法 | 整合了批量与单细胞转录组学的基本及高级分析方法 | 未提供具体实验数据或验证结果,仅为方法概述 | 介绍转录组学数据分析的核心概念与技术 | RNA测序数据及分析方法 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1147 | 2026-05-05 |
The Gut-Brain Axis in Alzheimer's: From Microbiota Genetics to Stigmasterol's Neuroprotection Mechanism
2026, Degenerative neurological and neuromuscular disease
IF:2.1Q3
DOI:10.2147/DNND.S580890
PMID:42077232
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研究论文 | 通过肠道菌群遗传学分析,发现豆甾醇通过STIM1/Orai1通路发挥神经保护作用的机制 | 首次整合孟德尔随机化、单细胞和空间转录组学揭示肠道菌群与阿尔茨海默病的因果关系,并鉴定豆甾醇作为靶向STIM1/Orai1通路的天然化合物 | 实验验证仅限于体外SH-SY5Y细胞模型,缺乏体内动物实验和临床样本验证 | 利用肠-脑轴探究肠道菌群在阿尔茨海默病中的治疗靶点,并预测潜在天然化合物及其作用机制 | 阿尔茨海默病相关基因、肠道菌群遗传变异、豆甾醇 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化、SMR分析、单细胞转录组学、空间转录组学、网络药理学、分子对接 | CNN(未明确提及,基于上下文推测),但更准确为因果推断和药物预测模型 | 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据、分子结构数据 | 未明确提及样本量 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 1148 | 2026-05-05 |
Advances in multi-omics research on neuroblastoma
2026, Frontiers in pediatrics
IF:2.1Q2
DOI:10.3389/fped.2026.1739376
PMID:42078544
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综述 | 综述转录组学、放射组学和数字病理学等多组学方法在神经母细胞瘤诊断和治疗中的作用 | 强调多组学融合策略克服单一数据类型的局限,构建更精确的疾病分类模型并推动个性化治疗方案开发 | 未提及具体研究方法或数据,可能缺乏实证支持 | 探讨多组学方法在提高神经母细胞瘤诊断精度和优化治疗决策中的应用 | 神经母细胞瘤的转录组、放射组学和病理组学数据 | 计算机视觉, 自然语言处理, 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 转录组测序, 单细胞测序, 放射组学分析, 数字病理学分析, 人工智能 | NA | 基因表达数据, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 1149 | 2026-05-05 |
Ubiquitination-Associated Ductal-Fibroblast Crosstalk Shapes Tumor Progression and Prognosis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/1665552
PMID:42079345
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研究论文 | 探讨泛素化在胰腺导管腺癌中调控导管-成纤维细胞通讯及其对肿瘤进展和预后的影响 | 首次在单细胞和空间层面揭示泛素化活性在PDAC微环境中的细胞类型特异性和空间组织模式,并建立相关预后模型 | 泛素化活性评分基于基因集算法,可能需要进一步实验验证;功能验证仅限于体外实验 | 阐明泛素化在胰腺导管腺癌微环境中的细胞特异性活动及其对肿瘤进展和预后的作用 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织及癌旁正常组织 | 数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 基因沉默功能实验 | NA | 基因表达数据, 空间转录数据 | 整合多个公开数据集(具体样本量未在摘要中说明) | 未在摘要中明确提及 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | 未在摘要中明确提及 | NA |
| 1150 | 2026-05-05 |
Spatial transcriptomics identifies fibroblast-T cell crosstalk as a driver of Th2 polarization in allergic rhinitis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1788288
PMID:42079570
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研究论文 | 利用空间转录组学绘制过敏性鼻炎患者鼻黏膜图谱,发现成纤维细胞与T细胞的串扰驱动Th2极化 | 首次通过10x Genomics Xenium原位空间转录组学结合配体-受体模型,系统性揭示成纤维细胞- T细胞串扰在过敏性鼻炎Th2极化中的核心驱动作用 | 样本量有限(10例患者与10例对照),且主要依赖于空间转录组数据,需要进一步的功能验证研究 | 阐明过敏性鼻炎发病机制中空间基质-免疫细胞相互作用 | 10例过敏性鼻炎患者和10例非过敏性对照的鼻黏膜组织 | 空间转录组学 | 过敏性鼻炎 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 20例鼻黏膜样本(10例AR,10例对照) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium In Situ | 10x Genomics Xenium原位空间转录组学平台 |
| 1151 | 2026-05-05 |
B cell-mediated immune surveillance defines the favorable prognosis of occult breast cancer: a multi-omics study
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1813674
PMID:42079576
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研究论文 | 通过多组学方法研究隐秘性乳腺癌的免疫微环境,揭示B细胞介导的免疫监视与良好预后的关联 | 首次利用多组学整合分析(蛋白质组学、转录组学、单细胞RNA测序)阐明隐秘性乳腺癌中B细胞作为免疫中枢细胞清除原发肿瘤的机制 | 结果基于探索性分析,需在更大队列中进行功能验证 | 揭示隐秘性乳腺癌原发肿瘤清除的免疫机制 | 隐秘性乳腺癌与非隐秘性乳腺癌的淋巴结和肿瘤组织样本 | 基因组学与免疫学 | 乳腺癌 | 定量蛋白质组学、批量转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | SEER数据库12162例患者用于生存分析 | Illumina | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | Illumina测序平台 | 单细胞RNA测序使用10x Genomics平台 |
| 1152 | 2026-05-05 |
Single-cell RNA sequencing of leukocytes at the maternal-fetal interface in physiological and pathological Nodal-deficient pregnancies
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1611813
PMID:42079595
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析生理和病理Nodal缺陷妊娠中母胎界面白细胞的特征 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统表征了Nodal缺陷妊娠中母胎界面白细胞的转录组特征,揭示了髓系细胞在胎盘发育中的新功能 | NA | 阐明白细胞在胎盘发育中的作用,理解生理妊娠和生殖失败的机制 | 小鼠母胎界面白细胞(包括巨噬细胞和中性粒细胞等) | NA | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1153 | 2026-05-05 |
Single-cell RNA sequencing unravels T cell exhaustion underlying the chronicity of chromoblastomycosis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1784450
PMID:42079606
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示CD4+ T细胞耗竭是着色芽生菌病慢性化的关键机制 | 首次从单细胞水平揭示CD4+ T细胞耗竭是着色芽生菌病慢性化的核心免疫机制,并阐明单核/巨噬细胞通过持续抗原呈递和配体-受体相互作用驱动该过程 | 样本量有限(仅1例患者病变皮肤),需要更大规模队列及更多慢性感染模型验证 | 探究着色芽生菌病慢性化的免疫病理机制 | 着色芽生菌病患者的病变皮肤组织及Fonsecaea pedrosoi感染小鼠模型 | 数字病理学 | 真菌感染性疾病 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例患者病变皮肤样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1154 | 2026-05-05 |
Identification of a migrasome-related lncRNA signature and its prognostic and immunological role in bladder cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1763443
PMID:42079608
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研究论文 | 建立了一个与迁移体相关的长链非编码RNA签名,用于预测膀胱癌患者的预后和免疫特征 | 首次识别并构建了基于迁移体相关lncRNA的预后签名,并整合单细胞RNA测序分析揭示其在膀胱癌微环境中的细胞异质性和细胞间通讯模式 | 未提及具体局限性 | 识别与膀胱癌预后相关的迁移体相关lncRNA,并评估其与免疫微环境和药物敏感性的关系 | 膀胱癌患者 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Cox回归, LASSO回归 | 转录组数据, 临床数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA的膀胱癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1155 | 2026-05-05 |
Innate immune profiling reveals a specific reduction of CD57+CD62L+CD161+ NK cells in CMV-positive males with hypertension
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1749702
PMID:42079601
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研究论文 | 利用质谱流式和单细胞RNA测序揭示高血压男性患者中CMV阳性状态下CD57+CD62L+CD161+ NK细胞特异性减少及其亚群重塑机制 | 首次发现高血压导致CD57+CD62L+CD161+ NK细胞整体减少及致病性亚群重塑,即KLRC2high适应性亚群特异性丧失,而FCER1Ghigh细胞毒性亚群相对保留并成为优势群体 | 样本量较小(仅男性),机制验证依赖IL-15信号通路关联分析,缺乏直接因果实验 | 探究高血压中先天免疫细胞(特别是NK细胞)的失调机制及致病作用 | 高血压和血压正常男性的外周血单个核细胞(PBMC)中的NK细胞 | 机器学习和生物信息学 | 高血压 | 质谱流式(CyTOF)、全谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 质谱流式数据、流式细胞术数据、单细胞转录组数据 | 初始队列10例高血压和10例血压正常男性;验证队列10例高血压和6例血压正常男性 | Fluidigm | 质谱流式, 单细胞RNA测序 | CyTOF, 10x Chromium | CyTOF用于先天免疫谱分析;10x Chromium用于单细胞RNA测序 |
| 1156 | 2026-05-05 |
Single-cell landscape of melanoma reveals ETV5-driven C3 ID4+ tumor subpopulation with extracellular vesicle-associated immunosuppressive and pro-metastatic potential
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1795778
PMID:42079653
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组分析,在黑色素瘤中鉴定出ETV5驱动的C3 ID4+肿瘤亚群,该亚群具有细胞外囊泡相关的免疫抑制和促转移潜力 | 首次通过单细胞转录组整合分析揭示ETV5作为关键转录调控因子驱动C3 ID4+肿瘤亚群,并阐明其通过TGF-β相关细胞间通讯和细胞外囊泡信号促进黑色素瘤进展和免疫逃逸的机制 | 缺乏大规模临床样本验证及功能实验的体内模型支持,且ETV5下游具体调控网络和细胞外囊泡的详细机制尚未完全解析 | 探究黑色素瘤中未分化的肿瘤亚群及其在恶性进展和免疫逃逸中的作用 | 10例I/III期黑色素瘤标本的肿瘤微环境和肿瘤异质性 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | CytoTRACE, CellChat, SCENIC, CRISPR/Cas9 | 单细胞转录组数据 | 10例I/III期黑色素瘤标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1157 | 2026-05-05 |
scRNA sequencing revealed HIV-associated inflammation-mediated lung epithelial dysregulation and fibroblast remodeling
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1789140
PMID:42079650
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示HIV感染导致肺部上皮失调和成纤维细胞重塑的机制 | 首次在单细胞水平上系统描绘HIV感染对肺上皮、免疫和基质细胞群的转录重组影响,发现肺泡上皮细胞向间质表型转变及成纤维细胞促炎应激反应增强 | 未探讨这些通路在HIV相关肺部病理中的治疗相关性,且样本量可能有限 | 表征HIV感染在肺部的细胞和分子景观,评估上皮重塑和HIV驱动的肺细胞组成及转录程序变化 | 来自HIV感染者和未感染个体的肺组织,包括吸烟者和非吸烟者 | 单细胞转录组学 | HIV相关肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | UMAP聚类 | 单细胞转录组数据 | 总共54,230个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1158 | 2026-05-05 |
Tumor reactivity assessment using clonal expression reveals tumor reactive CD8+ T cell heterogeneity across solid tumors
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1815974
PMID:42079667
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研究论文 | 利用克隆表达评估肿瘤反应性,揭示实体瘤中肿瘤反应性CD8+ T细胞的异质性 | 提出一种无需数据集预处理的克隆型水平CD8+ TRT分类器TRACE,克服了单数据集、供体或适应症训练的局限性,并可在新测试数据集上直接应用 | 未在论文中明确提及局限性 | 构建并验证一种基于单细胞RNA测序的肿瘤反应性T细胞预测算法,以评估不同实体瘤中TRT的频率 | 肿瘤浸润淋巴细胞和血液T细胞克隆型 | 机器学习 | 肺癌,结直肠癌,胰腺癌,黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自多个肿瘤图谱的数百名患者样本(涵盖肺癌、结直肠癌和胰腺癌) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1159 | 2026-05-05 |
Application of multi-omics in systemic autoimmune rheumatic diseases: a bibliometric and visualization analysis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1759610
PMID:42079670
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综述 | 利用文献计量学和可视化分析,系统回顾2005至2025年间多组学技术在系统性自身免疫性风湿病中的应用现状、发展趋势及主题演变 | 首次通过文献计量学方法,系统描绘了多组学在SARD研究中从体液分子表征向单细胞免疫细胞层面高分辨率分析的转化路径及国际合作模式 | 仅依赖Web of Science核心合集数据库,可能存在文献覆盖不全;操作化定义仅纳入至少两个组学层面的研究,可能排除了单一组学但有重要贡献的工作 | 系统综述多组学技术在系统性自身免疫性风湿病研究中的应用现状与发展趋势,指导未来研究方向 | 2005至2025年间Web of Science核心合集中关于多组学在SARD应用的英文文献 | 自然语言处理 | 风湿性自身免疫疾病 | NA | NA | 文本 | 2576篇文献(2072篇研究论文和504篇综述) | NA | NA | NA | NA |
| 1160 | 2026-05-05 |
Integrated analysis identifies a palmitoylation-associated prognostic model (ACSM5/SKA3) for lung adenocarcinoma across multiple cohorts
2026, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.21160
PMID:42079738
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研究论文 | 通过整合分析确定了肺腺癌中一个棕榈酰化相关预后模型(ACSM5/SKA3),并在多个队列中验证其预后价值 | 首次构建了基于棕榈酰化相关基因的ACSM5/SKA3双基因预后模型,该模型能够分层患者预后并反映代谢、增殖和免疫微环境状态,为肺腺癌风险分层和治疗设计提供棕榈酰化相关基础 | 模型区分性能中等(TCGA中1年、3年、5年AUC分别为0.717、0.733、0.697),可能需进一步优化 | 探究棕榈酰化相关基因在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系 | 肺腺癌患者 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR | LASSO-Cox回归模型 | 转录组数据(RNA-seq), 单细胞RNA测序数据(scRNA-seq) | TCGA-LUAD队列及三个GEO外部验证队列,包含单细胞RNA测序数据集和配对的LUAD及相邻组织 | NA | NA | NA | NA |