单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 2200 篇文献，本页显示第 1101 - 1120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2026-05-12 |
Gut microbiota pathways linking primary sclerosing cholangitis to colorectal cancer: the Lachnospiraceae family and PCBP1
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1781475
PMID:42112443
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序探索原发性硬化性胆管炎通过肠道微生物群与结直肠癌关联的机制，发现毛螺菌科和PCBP1基因是关键中介 | 首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序揭示原发性硬化性胆管炎通过肠道微生物群（尤其是毛螺菌科）和PCBP1基因增加结直肠癌风险的因果通路，并鉴定了介导比例 | 分析基于遗传预测而非直接测量，潜在混杂因素未完全排除，PCBP1的功能特异性及临床实用性需独立队列和机制模型验证 | 探索原发性硬化性胆管炎与结直肠癌通过肠道微生物群信号的连接通路，并识别候选宿主基因 | 原发性硬化性胆管炎患者、结直肠癌患者及肠道微生物群 | 机器学习 | 结直肠癌, 原发性硬化性胆管炎 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 微生物群数据 | 利用公开GWAS汇总统计数据（非原始样本），单细胞RNA测序数据来自PSC和CRC患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1102 | 2026-05-12 |
Identification of Immune-Related Lactylation Genes in Rheumatoid Arthritis With Atherosclerosis: A Comprehensive Analysis Using Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2026, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/9969894
PMID:42112590
|
研究论文 | 利用批量与单细胞RNA测序数据，综合分析类风湿关节炎合并动脉粥样硬化中的免疫相关乳酰化基因 | 首次系统研究乳酰化相关基因在类风湿关节炎合并动脉粥样硬化中的诊断潜力，并结合单细胞数据探讨免疫细胞中的乳酰化评分差异 | 研究基于公开数据集，样本量有限，且乳酰化在RA和AS中的具体调控机制尚未深入验证 | 探究乳酰化相关基因作为类风湿关节炎合并动脉粥样硬化潜在诊断标志物的价值 | 类风湿关节炎患者和动脉粥样硬化患者的基因表达数据及免疫细胞 | 机器学习 | 类风湿关节炎， 动脉粥样硬化 | RNA测序， 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的GSE89408（RA数据集）和GSE43292（AS数据集） | NA | 批量RNA测序， 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1103 | 2026-05-10 |
miR-22-Galectin-1 as an integral signaling axis in regulating metabolism and immunity in HCC
2026-Jan-15, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00838-3
PMID:41540504
|
研究论文 | 本研究探讨miR-22与半乳糖凝集素-1（Gal-1）的相互作用在肝细胞癌（HCC）发展和治疗中的作用 | 揭示了miR-22-Gal-1信号轴在调控HCC代谢和免疫中的双重作用，并证明了miR-22基因治疗依赖于Gal-1沉默 | 未提供明确的局限性说明 | 研究miR-22-Gal-1轴在HCC发展和治疗中的重要性 | 肝细胞癌（HCC）患者和小鼠模型 | NA | 肝细胞癌 | 基因治疗、RNA干扰、空间转录组学、转录组学分析 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | 人类HCC样本来自癌症基因组图谱数据库；小鼠模型为原位HCC小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1104 | 2026-05-09 |
Leveraging AI for cell biology discovery
2026-01-08, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20253023
PMID:41502213
|
综述 | 探讨人工智能在细胞生物学中的应用，包括显微镜成像、药物发现和合成生物学等领域 | 系统总结了AI在单细胞分辨率细胞图像分析、复杂生物模式识别及细胞行为建模方面的最新进展 | 涉及数据质量要求、模型可解释性以及AI工具在生物领域普及化的挑战 | 概述AI在细胞生物学发现中的变革性作用，展望未来基础研究和治疗应用方向 | 细胞生物学中的AI应用场景，包括显微镜图像、转录组数据和蛋白质结构 | 机器学习 | NA | NA | 深度学习 | 图像, 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1105 | 2026-05-09 |
Microneedle Delivery of Small Extracellular Vesicles From Young Blood to Treat Endothelial Senescence
2026-Jan, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202418352
PMID:40765122
|
研究论文 | 利用微针递送来自年轻血液的小细胞外囊泡治疗内皮的衰老 | 首次将微针递送技术与年轻血液来源的小细胞外囊泡结合，用于延缓内皮细胞衰老并减轻炎症，并通过单细胞RNA测序揭示其作用机制 | 未提及具体局限性 | 评估源自年轻血液的小细胞外囊泡在调节内皮细胞衰老中的作用，并探索其通过微针递送的可行性 | 脐带血浆中的小细胞外囊泡与老年人血浆中的小细胞外囊泡，以及老龄小鼠的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 分离自脐带血浆（年轻）和老年人血浆（>70岁）的小细胞外囊泡，以及22-24个月大的老龄小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1106 | 2026-05-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune regulatory mechanisms and molecular therapeutic strategies in the microenvironment of multiple myeloma
2026-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003306
PMID:40899849
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示多发性骨髓瘤微环境中的免疫调控机制和分子治疗策略 | 结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和分子对接分析，首次系统性揭示多发性骨髓瘤微环境中免疫相关信号通路及关键基因的因果作用 | 未提及具体样本来源和样本量，可能限制结论的普适性 | 探究多发性骨髓瘤微环境中的分子和细胞相互作用，发现新治疗靶点 | 多发性骨髓瘤微环境中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 机器学习和数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接分析 | Seurat聚类分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1107 | 2026-05-09 |
Host biological sex directs immune control of the Plasmodium parasite liver stage in mice
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1734587
PMID:41846936
|
研究论文 | 探究宿主生物性别和雄激素如何调控疟原虫肝脏期感染的免疫控制 | 首次揭示雄激素通过减少寄生虫感染肝细胞的清除来增加寄生虫存活率，并阐明性别差异在肝脏先天性免疫细胞组成和免疫反应中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，需在人类中验证性别差异的关联性；未深入探讨雄激素作用的具体分子机制 | 分析生物性别和雄激素对疟原虫肝脏期宿主-寄生虫相互作用的调节作用 | 雄性、雌性、去势及雄激素处理的BALB/cJ小鼠，感染伯氏疟原虫子孢子 | 机器学习 | 疟疾 | 空间转录组学 | NA | 图像、文本 | 雄性、雌性、去势及雄激素处理的小鼠样本，具体数量未说明 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台用于分析肝脏组织中的基因表达 |
| 1108 | 2026-05-09 |
GSK3β as a potential regulator in AML: A pan-cancer multi-omics analysis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0344994
PMID:41915675
|
研究论文 | 通过泛癌多组学分析揭示GSK3β在急性髓系白血病中的潜在调控作用 | 首次在31种癌症中系统比较GSK3α/β亚型的差异表达和功能，发现GSK3β在AML中具有独立的预后价值，并揭示了亚型特异性的免疫微环境调控机制 | 未涉及具体分子机制的深入验证，且THP-1细胞系的体外实验无法完全代表AML患者体内的复杂微环境 | 探究GSK3α/β亚型在多种癌症中的表达模式、预后价值和免疫调控作用 | 31种癌症的TCGA、GTEx和单细胞RNA-seq多组学数据，以及AML THP-1细胞系 | 机器学习和数字病理学 | 肺癌、前列腺癌、肝癌、急性髓系白血病等 | 多组学整合分析、单细胞RNA-seq、Cox回归、免疫浸润分析 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 31种癌症的泛癌样本，包含TCGA和GTEx数据库的多个队列 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 1109 | 2026-05-09 |
B cells in anti-tRNA synthetase syndrome patients show an activated, interferon-responsive signature
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1770291
PMID:42023216
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析抗tRNA合成酶综合征患者B细胞的激活及干扰素响应特征 | 首次在单细胞水平揭示抗tRNA合成酶综合征患者活化与记忆B细胞中干扰素和应激通路上调，并发现FKBP5和MYADM基因表达变化与细胞骨架重排、代谢及抗原呈递通路相关 | 发现需进一步验证，未来需探究其作为新靶点减少组织损伤的实用性 | 识别抗tRNA合成酶综合征中的失调通路作为新型治疗靶点 | 抗tRNA合成酶综合征患者与健康参与者的外周血单个核细胞中的CD19+B细胞 | 数字病理学 | 抗tRNA合成酶综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 抗tRNA合成酶综合征患者与健康参与者，样本量未具体说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 对流式分选的CD19+细胞进行单细胞RNA测序 |
| 1110 | 2026-05-09 |
Emodin Inhibitsg Hepatocellular Carcinoma Invasion and Migration by Regulating the HDAC4/NF-κB (p65)/CXCL12 Signaling Axis and Suppressing M2 Macrophage Polarization
2026, The American journal of Chinese medicine
DOI:10.1142/S0192415X26500369
PMID:42036631
|
研究论文 | 研究大黄素通过调控HDAC4/NF-κB(p65)/CXCL12信号轴抑制肝细胞癌侵袭迁移及M2型巨噬细胞极化 | 首次揭示大黄素通过HDAC4/NF-κB/CXCL12通路调控巨噬细胞极化并抑制肝细胞癌进展的新机制 | NA | 探究大黄素如何通过HDAC4/NF-κB/CXCL12通路调控巨噬细胞极化并影响肝细胞癌进展 | HepG2肝癌细胞、巨噬细胞、肝细胞癌模型 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接、表面等离子体共振、Western blot | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1111 | 2026-05-09 |
Molecular regulation of spermatogenesis: Insights from spatial transcriptomics
2026, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2026.01.004
PMID:42097820
|
综述 | 通过空间转录组学揭示精子发生的分子调控机制 | 首次系统综述空间转录组学技术在睾丸细胞空间组织、不同生精细胞群和体细胞区室相互作用中的应用，提供了对精子发生过程中基因表达模式的新见解 | 主要聚焦于当前空间转录组学技术的应用，未深入讨论技术本身的局限性（如分辨率、通量等） | 探讨从原始生殖细胞发育到精原干细胞过程中的关键调控因子、体细胞与生殖细胞的相互作用，以及空间转录组技术在干细胞研究中的应用 | 睾丸生精细胞（包括精原细胞、精母细胞、精子细胞）和睾丸体细胞（如支持细胞、间质细胞等） | 数字病理学 | NA | 空间转录组学、单细胞转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1112 | 2026-05-09 |
Unraveling spermatogenesis: A single-cell genomics perspective
2026, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2026.03.003
PMID:42097818
|
综述 | 本文从单细胞基因组学角度综述了精子发生过程的技术演变、关键生物学争议及未来研究方向 | 系统整合了单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和单细胞DNA甲基化等技术在精子发生研究中的应用，并提出了多组学与空间转录组学的未来前景 | 未提及具体实验验证或定量比较不同技术的性能差异 | 综述单细胞基因组学技术对雄性生殖细胞研究带来的变革，并展望临床转化潜力 | 精子发生过程，包括精原干细胞、生殖细胞分化及表观遗传调控 | 单细胞基因组学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞DNA甲基化, 多组学, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞DNA甲基化, 多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1113 | 2026-05-09 |
Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data reveals RGS4 as a functional driver in a proliferative subgroup of SF-1 lineage PitNETs
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1815682
PMID:42099385
|
研究论文 | 整合单细胞和批量RNA测序数据揭示RGS4是SF-1谱系PitNETs增殖亚组的功能驱动因子 | 首次识别出一个高表达RGS4的SF-1谱系PitNETs亚组，并阐明RGS4通过促进p53泛素化降解驱动肿瘤增殖的机制 | 未提及具体局限性 | 探索SF-1谱系垂体神经内分泌肿瘤异质性和增殖行为的分子决定因素 | SF-1谱系垂体神经内分泌肿瘤 | 机器学习 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1114 | 2026-05-08 |
scDenorm: a denormalization tool for integrating single-cell transcriptomics data
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag032
PMID:41915012
|
研究论文 | 提出一种名为scDenorm的去标准化工具，用于整合单细胞转录组学数据 | 首次提出能逆转delta方法标准化后的单细胞组学数据、恢复原始计数并保持数据完整性的算法 | 仅对delta方法标准化的数据进行验证，未评估其他标准化方法的适用性 | 解决单细胞组学数据整合中因不同标准化方法导致的批次效应和基因表达失真问题 | 单细胞转录组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1115 | 2026-05-08 |
Cell-type- and chromosome-specific chromatin landscapes and DNA replication programs of Drosophila testis tumor stem cell-like cells
2026-01-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280809.125
PMID:41371963
|
研究论文 | 开发细胞类型特异性基因组技术，分析果蝇睾丸肿瘤干细胞样细胞的转录组、组蛋白修饰图谱和复制时序 | 首次在体内对成年干细胞进行细胞类型特异性全基因组分析，整合转录组、染色质和复制数据，揭示生殖系干细胞样细胞独特的复制程序 | 仅使用了果蝇睾丸肿瘤干细胞样细胞模型，可能无法完全代表正常干细胞状态 | 阐明体内成体干细胞的转录、染色质和复制时序特征及其细胞类型特异性差异 | 果蝇睾丸生殖系干细胞样细胞和体细胞囊肿干细胞样细胞 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 细胞类型特异性染色质分析, 复制时序分析 | NA | 单细胞转录组数据, 组蛋白修饰数据（H3K4me3, H3K27me3, H3K9me3）, 复制时序数据 | 果蝇睾丸组织, 包含生殖系干细胞和体细胞囊肿干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序, 复制时序测序 | NA | NA |
| 1116 | 2026-05-08 |
Recovering gene regulatory networks in single-cell multi-omics data with PRISM-GRN
2026-01-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280757.125
PMID:41067887
|
研究论文 | 提出PRISM-GRN模型，利用贝叶斯框架整合scRNA-seq与scATAC-seq数据及已知调控网络，重建细胞类型特异性基因调控网络 | 创新性地将已知基因调控网络和生物可解释机制融入概率框架，通过机制驱动的生成过程和先验网络引导的推理过程实现精确稳健的GRN重建 | 具体局限未在摘要中提及 | 开发一种能够利用多组学数据和先验知识重建细胞类型特异性基因调控网络的方法 | 多组学单细胞数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 四个基准数据集及PBMC数据集 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 1117 | 2026-05-08 |
Microenvironment-aware spatial modeling for accurate inference of cell identity
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1477
PMID:41495904
|
研究论文 | 提出了一种名为MEcell的无参数方法，通过显式纳入空间上下文和自动调整其贡献来改进细胞身份建模 | 首次开发了无参数方法MEcell，能够显式结合空间上下文并自动调整其对细胞身份建模的贡献 | 在多个空间转录组平台和组织类型上进行了验证，但未提及对某些特定疾病或复杂组织的适用性 | 准确推断空间组学数据中的细胞身份 | 空间转录组数据中的细胞身份 | 计算生物学 | 未提及 | 空间转录组学 | 无参数模型 | 空间转录组数据 | 90个模拟数据集和7个真实数据集 | Vizgen, 10x Genomics, NanoString, BGI | 空间转录组学 | MERFISH/Vizgen, Xenium, CosMx, Visium HD, Slide-seqV2, open-ST | MERFISH/Vizgen平台, 10x Xenium平台, NanoString CosMx平台, 10x Visium HD平台, Slide-seqV2平台, open-ST平台 |
| 1118 | 2026-05-08 |
Chemical Perturbations Impacting Histone Acetylation Govern Colorectal Cancer Differentiation
2026-Jan, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.07.003
PMID:40633623
|
研究论文 | 研究通过化学扰动组蛋白乙酰化调控结直肠癌分化，揭示了HDAC1/2抑制和H3K27ac的关键作用 | 首次发现HDAC1/2催化结构域抑制可促进结直肠癌分化并抑制肿瘤生长，鉴定H3K27ac和H3K9ac为关键调控标记，并通过遗传筛选发现死亡相关蛋白激酶3参与H3K27ac介导的分化过程 | 未提及具体局限性 | 鉴定并表征结直肠癌分化的表观遗传调控因子，揭示重编程癌细胞状态的机制 | 小鼠和人类结直肠癌模型、患者来源的结直肠癌类器官 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、质谱组蛋白修饰分析、遗传筛选、组蛋白去乙酰化酶抑制 | NA | 基因表达数据、组蛋白修饰数据、单细胞转录组数据 | 小鼠和人类结直肠癌模型以及患者来源类器官（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1119 | 2026-05-08 |
VST-DAVis: an R Shiny application and web-browser for spatial transcriptomics data analysis and visualization
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbag007
PMID:41640624
|
研究论文 | VST-DAVis是一款基于R Shiny的交互式网络应用，用于10x Genomics Visium HD平台生成的空间转录组数据分析和可视化 | 提供了一个无需编程技能即可进行端到端空间转录组分析的图形界面，集成多个常用R包并支持多样本比较分析 | 依赖特定平台输入格式，目前仅支持10x Genomics Visium HD平台数据 | 开发一个用户友好的空间转录组数据分析和可视化工具 | 空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 支持单个和多个样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | 10x Visium HD空间转录组平台 |
| 1120 | 2026-05-08 |
AJUBA: The Master Regulator Bridging EMT and Immune Evasion in Colorectal Cancer
2026, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/7828477
PMID:41814682
|
研究论文 | 本研究鉴定AJUBA为连接结直肠癌上皮间质转化与免疫逃逸的关键调控因子 | 首次阐明AJUBA在结直肠癌中同时调控EMT与免疫微环境的双重作用机制，并通过空间转录组学揭示其与癌症相关成纤维细胞在免疫排斥微环境中的共定位 | 研究主要依赖公开数据集和相对有限的样本量（90例），需更大规模前瞻性队列验证；AJUBA上游调控机制尚未完全阐明 | 探索连接结直肠癌上皮间质转化与免疫调控的分子机制 | 结直肠癌患者肿瘤组织及细胞样本 | 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, qPCR, Western blot, 免疫组化 | 机器学习, 深度学习 | 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 临床病理数据 | 90例结直肠癌患者样本（用于mRNA和蛋白验证）及多个公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |