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当前共找到 1652 篇文献,本页显示第 1001 - 1020 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1001 2026-02-05
Developmental single-cell atlas of coronary vessel growth and cardiomyocyte interaction in zebrafish
2026-Jan-15, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究结合高分辨率成像与单细胞RNA测序技术,系统描绘了斑马鱼冠状动脉血管发育的细胞与分子图谱,揭示了血管与心肌细胞相互作用的动态过程 首次构建斑马鱼冠状动脉发育的单细胞时空图谱,定义了四个发育阶段里程碑,并发现血管支架引导心肌细胞生长的新机制 研究局限于斑马鱼模型,哺乳动物冠状动脉发育可能存在物种特异性差异 解析冠状动脉血管发育的细胞分子机制及其与心肌细胞生长的协同关系 斑马鱼心脏发育过程中的冠状动脉血管网络与心室细胞 发育生物学 心血管疾病 单细胞RNA测序、高分辨率成像、遗传操作技术 NA 单细胞转录组数据、显微图像数据 37,554个心室细胞,涵盖7-30mm体长范围的发育阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1002 2026-02-05
S2potAE: multimodal spatial spot autoencoder integrating image and transcriptomic features for deconvolution
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文提出了一种名为S2potAE的多模态空间点自编码器框架,通过整合基因表达数据、空间坐标和组织学图像的形态特征,用于精确的空间转录组学点水平反卷积 S2potAE创新性地采用多级特征聚合策略,结合基于图的空间编码器和组织学图像的感知嵌入,并引入辅助病理分类任务以增强生物相关性和模型可解释性 NA 解决空间转录组学中由于粒度差异、批次效应和空间异质性导致的细胞类型比例准确确定难题 人类乳腺癌、小鼠大脑前部和人类背外侧前额叶皮层的模拟与真实数据集 数字病理学 乳腺癌 空间转录组学 自编码器 基因表达数据、空间坐标、组织学图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
1003 2026-02-05
Advances and challenges in single-cell RNA sequencing data analysis: a comprehensive review
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文全面回顾了单细胞RNA测序数据分析的进展与挑战,包括预处理、注释工具和多模态整合等计算策略 综述了新兴的计算策略,如SCTransform和Harmony用于预处理与批次整合,基于transformer的注释工具scGPT和CellTypist,以及多模态整合方法,并提出了促进临床应用的路线图 临床转化仍受数据稀疏性、批次效应和缺乏标准化基准等挑战限制,且存在罕见患者来源克隆再识别的伦理风险 回顾单细胞RNA测序数据分析的进展与挑战,并促进其临床转化 单细胞RNA测序数据及其分析计算策略 自然语言处理 胶质母细胞瘤, 严重COVID-19 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 transformer, scGPT, CellTypist, scANVI 基因表达数据, 空间转录组数据, 表观遗传数据 超过100,000个细胞的队列, 预训练模型使用3,300万个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 10x Visium 10x Visium空间转录组平台
1004 2026-02-05
AugGCL: Multimodal graph learning for spatial transcriptomics analysis with enhanced gene and morphological data
2026-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文提出了一种名为AugGCL的增强图卷积学习框架,用于空间转录组学分析,通过增强基因和形态学数据来改善空间结构解码和基因表达重建 AugGCL引入了邻域信息聚合机制,整合表达相似性和空间邻近性构建加权图和增强表达矩阵,同时采用双流加权图卷积网络联合建模基因特征和图像衍生形态信息,增强弱空间信号并锐化边界 NA 旨在解决空间转录组学中表达稀疏性、复杂组织结构和弱空间信号等挑战,以重建解剖学准确的空间域 人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠胚胎数据集 空间转录组学 乳腺癌 空间转录组学 图卷积网络(GCN) 基因表达数据和图像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1005 2026-02-05
Single-cell multi-omics sequencing reveals the immunological disturbance underlying Kawasaki disease
2026, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术,揭示了川崎病中免疫细胞群的异质性及其潜在的免疫失调机制 首次在单细胞水平上整合多组学数据(scRNA-seq和scATAC-seq)系统描绘川崎病的免疫细胞异质性和染色质可及性变化,并识别出与静脉注射免疫球蛋白耐药相关的特定NK细胞亚群 样本量较小(仅2名川崎病患儿和2名健康对照),且为横断面研究,无法评估疾病进程中的动态变化 阐明川崎病的免疫失调细胞异质性和调控机制 川崎病患儿和健康对照儿童的外周血单个核细胞 单细胞多组学 川崎病 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 NA 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 4例样本(2名川崎病患儿,2名年龄匹配的健康对照儿童) NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞多组学 NA NA
1006 2026-02-05
Hypoxia-Induced Osteopontin-Positive Glioma-Associated Macrophages Facilitate Glioma Mesenchymal Transition via NF-κB Pathway Activation
2026, Cancer communications (London, England)
研究论文 本研究揭示了缺氧诱导的骨桥蛋白阳性胶质瘤相关巨噬细胞通过NF-κB通路促进胶质母细胞瘤间质转化的机制 首次发现缺氧通过H3K4me3-WDR5表观遗传轴诱导巨噬细胞表达骨桥蛋白,并阐明这些OPN阳性GAMs通过分泌OPN激活CD44/NF-κB/PD-L1通路促进胶质瘤间质转化 研究主要基于体外和动物模型,临床样本验证相对有限,且未深入探讨其他缺氧相关因子在GAMs调控中的作用 阐明缺氧条件下胶质瘤相关巨噬细胞促进胶质母细胞瘤进展的分子机制 胶质母细胞瘤细胞、胶质瘤相关巨噬细胞、临床胶质瘤样本 数字病理学 胶质母细胞瘤 转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组分析、染色质免疫沉淀、实时定量PCR、Western印迹、免疫荧光 NA RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质印迹数据、免疫荧光图像 未明确说明具体样本数量,但包含临床样本和体内模型 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
1007 2026-02-05
CXCL8/SDC1 axis mediates tumor stem cell interactions to drive remote transfer in thyroid cancer
2026-Jan, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞和空间转录组测序,揭示了CXCL8/SDC1轴通过激活JAK-STAT信号通路驱动甲状腺癌干细胞自我更新和远处转移的分子机制 首次在甲状腺癌中利用单细胞和空间转录组测序技术,结合功能实验和动物模型,系统阐明了CXCL8/SDC1轴介导肿瘤干细胞与单细胞互作网络促进远处转移的新机制 研究主要基于体外细胞系和动物模型,临床样本验证的队列规模未明确说明,且缺乏对CXCL8/SDC1轴靶向治疗的深入药效学评估 探究甲状腺癌远处转移的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点 甲状腺癌患者肿瘤样本、FTC-238细胞系、裸鼠模型 数字病理学 甲状腺癌 单细胞RNA测序、空间转录组测序、肿瘤组织转录组分析、ELISA、Western blotting、球体形成实验、集落形成实验、CCK-8实验、Transwell实验 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据、临床数据 甲状腺癌患者肿瘤样本(具体数量未明确)、FTC-238细胞系、裸鼠模型 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
1008 2026-02-05
IER3 Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer Through the NF-κB Pathway
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 本研究揭示了应激反应基因IER3通过激活NF-κB通路,驱动结直肠癌恶性进展并重塑免疫抑制性肿瘤免疫微环境 首次在单细胞分辨率上鉴定出与侵袭性疾病和不良预后相关的IER3表达恶性亚群,并阐明IER3通过FN1-CD44轴重塑免疫微环境的机制 未明确IER3表达调控的具体上游机制,临床样本量可能有限,动物模型验证需进一步扩展 探究IER3在结直肠癌发病机制和免疫调节中的功能作用 结直肠癌临床样本及体外/体内模型 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 临床样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1009 2026-02-05
Construction of a Mitochondria-Related Gene Diagnostic Model Based on Integrated Multiomics Data and Functional Validation of ANK2 as a Key Regulator in Colorectal Cancer
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 本研究通过整合多组学数据,构建了一个基于线粒体相关基因的结直肠癌诊断模型,并验证了ANK2作为关键调控因子的功能 整合TCGA和多个GEO公共数据集的转录组数据与MitoCarta3.0数据库的线粒体相关基因数据,利用LASSO回归和SVM-RFE两种机器学习算法识别关键基因并构建诊断模型,并结合单细胞RNA测序数据和分子生物学实验进行功能验证 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床队列进一步验证模型的诊断效能 开发一种基于线粒体相关基因的新型、高效的结直肠癌分子诊断方法 结直肠癌组织和细胞系 生物信息学 结直肠癌 转录组测序,单细胞RNA测序,qRT-PCR,Western blotting,免疫组化 LASSO回归,SVM-RFE 基因表达数据,单细胞数据 1174个样本(来自TCGA和GEO数据集:GSE21510,GSE44076,GSE9348),以及单细胞数据集GSE245552 NA bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
1010 2026-02-05
Multi-Omics Evidence Based on Spatial Transcriptomics Data Reveals the Therapeutic Value of Copper Death Genes in Glioblastoma
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 本研究基于空间转录组学数据,通过多组学分析揭示了铜死亡基因在胶质母细胞瘤中的治疗价值 首次构建了基于铜死亡相关microRNAs的预后特征模型,并验证其在低级别胶质瘤预后预测和免疫治疗评估中的新框架 研究主要依赖于TCGA和CGGA等公共数据库数据,需要进一步实验验证临床适用性 探索铜死亡相关基因在胶质瘤预后预测和免疫治疗评估中的价值 低级别胶质瘤患者和胶质母细胞瘤细胞 生物信息学 胶质瘤 空间转录组学,多组学分析,单变量Cox回归,Lasso回归,多变量Cox回归,Kaplan-Meier生存分析,基因集富集分析,基因集变异分析 预后特征模型 转录组数据,临床数据,突变数据 TCGA数据库和CGGA外部验证队列的低级别胶质瘤患者样本 NA 空间转录组学 NA NA
1011 2026-02-04
High-Resolution Laser Microdissection to Investigate Transcriptional States in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文介绍了一种结合激光显微切割与RNA测序的高分辨率方法,用于分析福尔马林固定石蜡包埋样本的转录状态 强调激光显微切割在特定研究问题中相对于新兴空间转录组学技术的优势,特别是在形态注释精度、对FFPE样本的兼容性、成本效益及大规模回顾性研究可扩展性方面 未明确说明方法的具体操作限制或样本处理中的潜在技术挑战 开发并验证一种适用于常规组织学样本(尤其是FFPE样本)的高空间分辨率转录组分析方法 福尔马林固定石蜡包埋的组织样本 空间转录组学 NA 激光显微切割, RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 激光显微切割, RNA-seq NA NA
1012 2026-02-04
From Laser Microdissection to Spatial Glycomics: Lectin Microarray Protocols for Tissue Glycome Mapping with High-End Scanners
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文介绍了基于激光显微切割和凝集素微阵列的空间糖组学协议,用于组织糖组图谱绘制 将激光显微切割整合到凝集素微阵列工作流中,实现微尺度组织区域(约0.1 mm²,5 μm厚度)的精确糖组分析,并利用高端扫描仪提高灵敏度 NA 开发空间糖组学方法以揭示组织内和组织间的特异性糖基化模式 福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织 数字病理学 NA 激光显微切割(LMD),凝集素微阵列(LMA),糖组学 NA 图像,荧光信号 NA NA 空间糖组学 GSR2300扫描仪 高端渐逝场荧光扫描仪(GSR2300)
1013 2026-02-03
Single-cell transcriptomics identifies altered neutrophil dynamics and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco-flavored e-cigarette-exposed mouse lungs
2026-Jan-29, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了不同口味电子烟暴露对小鼠肺部免疫细胞的差异化影响,特别是烟草口味电子烟导致的中性粒细胞动态改变和T细胞毒性增强 首次利用单细胞转录组学技术系统比较了不同口味电子烟暴露对肺部免疫景观的影响,并发现了口味依赖性的免疫细胞功能失调模式 研究仅基于急性暴露模型,未评估长期暴露效应;样本量相对有限;机制性研究不足 探究不同口味电子烟暴露对肺部免疫反应的细胞特异性影响 小鼠肺部免疫细胞 单细胞转录组学 呼吸系统疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术 NA 单细胞转录组数据,流式细胞数据 71,725个肺细胞(来自对照组和暴露组小鼠) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1014 2026-02-03
Deep neural network-based biostatistical analysis for disease marker screening
2026-Jan-29, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本文提出了一种基于深度神经网络的新型生物标志物筛选框架,并与传统统计方法进行比较,在乳腺癌数据集上验证了其优越性 结合注意力机制与SHAP值分析,增强了模型的可解释性,并设计了可扩展的综合模型用于多组学数据整合 未明确提及具体局限性 开发一种用于疾病标志物筛选的深度神经网络框架,提高筛选准确性和可解释性 乳腺癌数据集 机器学习 乳腺癌 单细胞测序 深度神经网络(DNN) 多组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1015 2026-02-03
DUSP22 dephosphorylates LGALS1 to enhance T cell-driven antitumor immunity
2026-Jan-28, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究通过全基因组筛选发现DUSP22通过去磷酸化LGALS1增强CD8+ T细胞浸润,提出了一种克服乳腺癌免疫检查点阻断耐药的新治疗策略 揭示了DUSP22-LGALS1这一新的磷酸化依赖性轴在重编程免疫抑制肿瘤微环境中的作用,并证明了靶向该轴可增强抗PD-1疗法的抗肿瘤反应 研究主要基于小鼠乳腺癌模型和人类样本分析,临床前模型的转化潜力需进一步验证 识别肿瘤细胞内在的T细胞浸润调控因子并阐明其作用机制,以改善癌症免疫治疗效果 小鼠乳腺癌模型、人类乳腺癌样本、CD8+ T细胞 癌症免疫学 乳腺癌 Sleeping Beauty转座子诱变筛选、质谱分析、共免疫沉淀、RT-qPCR、Western blotting、流式细胞术、免疫组织化学、多重免疫组化、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、生物信息学分析、磷酸模拟突变实验、体外T细胞跨内皮迁移实验 NA 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、测序数据、图像数据 NA NA 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 NA NA
1016 2026-02-03
Multi-omics prediction of key proteases regulating scar formation and neural repair after spinal cord injury
2026-Jan-27, Neural regeneration research IF:5.9Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞测序和bulk RNA测序数据,识别了脊髓损伤后调控疤痕形成和神经修复的关键蛋白酶及其作用机制 首次结合多组学数据(单细胞测序与bulk RNA测序)系统识别脊髓损伤后关键蛋白酶,并通过体内外实验验证了选择性抑制关键蛋白酶(如Mmp12和Adam17)可减轻轴突脱髓鞘和纤维疤痕形成,为脊髓损伤治疗提供了新的治疗靶点 研究主要基于小鼠模型,其在人类中的转化应用仍需进一步验证;蛋白酶抑制剂的长期安全性和特异性有待评估 识别调控脊髓损伤后疤痕形成和神经修复的关键蛋白酶及其作用机制,并探索其作为治疗靶点的潜力 脊髓损伤小鼠模型、巨噬细胞、成纤维细胞、单核细胞等免疫与基质细胞 计算生物学与生物信息学 脊髓损伤 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 基因集变异分析, LASSO回归, 随机森林, 加权基因共表达网络分析, 分子对接, 体内外实验 LASSO回归, 随机森林, 机器学习算法 基因表达数据(单细胞与bulk RNA-seq) NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
1017 2026-02-03
BMP6 as a therapeutic target for preeclampsia: enhancing trophoblast invasion and vascular mimicry
2026-Jan-23, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1
研究论文 本研究探讨了BMP6通过ID1介导的SERPINE2和PlGF上调促进滋养层细胞侵袭和血管拟态,并发现早期补充BMP6可缓解大鼠子痫前期模型的相关表型 揭示了BMP6通过ID1-SERPINE2/PlGF轴调控滋养层细胞侵袭的新机制,并首次在体内模型中证明早期补充BMP6对子痫前期具有治疗潜力 研究主要基于体外细胞模型和啮齿动物模型,在人类妊娠早期的直接证据尚不充分 阐明BMP6在滋养层细胞侵袭和血管拟态中的调控机制,评估其作为子痫前期治疗靶点的潜力 人原代滋养层细胞、HTR8/SVneo细胞系、子痫前期患者胎盘组织、Ad Flt1诱导的子痫前期大鼠模型 生殖医学与发育生物学 子痫前期 RNA-seq, scRNA-seq, 腺病毒载体技术 NA 基因表达数据、蛋白质数据、生理表型数据 未明确样本数量,包含人类胎盘组织和大鼠模型 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
1018 2026-02-03
Decoding metabolic reprogramming heterogeneity across bladder cancer stages using single-cell and spatial multi-omics approaches
2026-Jan-21, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1
研究论文 本研究利用单细胞和空间多组学方法解码膀胱癌不同阶段的代谢重编程异质性 首次结合单细胞测序、空间转录组和批量RNA测序数据,系统分析膀胱癌不同阶段代谢重编程异质性,并识别出核黄素代谢通路中的关键预后生物标志物 研究主要基于现有测序数据,实验验证部分相对有限,且样本量可能不足以覆盖所有膀胱癌亚型 分析膀胱癌不同阶段的代谢重编程及其对患者生存的影响 膀胱癌患者的上皮细胞及其亚群 数字病理学 膀胱癌 单细胞测序, 空间转录组测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, 孟德尔随机化, 共定位分析 NA 单细胞测序数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq NA NA
1019 2026-02-03
scXDR: drug response prediction across single-cell datasets via heterogeneous network transfer learning
2026-Jan-08, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究提出了一种名为scXDR的异质网络迁移学习模型,用于跨单细胞数据集的药物反应预测 通过异质网络整合药物、基因和细胞间的特征与关联,进行消息传递、特征与结构对齐、结构重建和药物-细胞评分预测,避免了传统方法依赖批量RNA测序与单细胞RNA测序数据整合的局限性 未明确提及模型在处理大规模数据集时的计算效率或对罕见细胞类型的预测能力 提高单细胞水平药物反应预测的准确性,为药物开发和精准治疗提供指导 药物、基因、细胞(包括个体细胞和细胞群) 机器学习 黑色素瘤 单细胞RNA测序 异质网络迁移学习模型 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1020 2026-02-03
Type I interferon drives dysfunction of a distinct CD8+ HLA-DRB1+ T cell subset in systemic lupus erythematosus
2026-Jan-03, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究全面表征了系统性红斑狼疮中一个独特的CD8+ HLA-DRB1+ T细胞亚群,揭示了I型干扰素如何驱动其功能失调状态 首次全面表征了SLE中一个独特的CD8+ HLA-DRB1+ T细胞亚群,揭示了I型干扰素通过促进耗竭和损害脱颗粒来驱动其功能失调的机制 研究主要基于外周血样本,对肾脏浸润细胞的验证依赖于现有数据集分析 旨在全面表征系统性红斑狼疮中CD8+ HLA-DRB1+ T细胞的功能和分子特征 系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血CD8+ T细胞 免疫学 系统性红斑狼疮 流式细胞术、单细胞RNA测序、TCR测序 NA 单细胞转录组数据、TCR序列数据、流式细胞数据 SLE患者和健康对照者的外周血CD8+ T细胞样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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