单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 2200 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-09-21 |
Identification of a distinctive gene signature associated with disease activity in granulomatous myositis
2026-01-08, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keaf543
PMID:41132132
|
研究论文 | 通过对722例肌肉活检进行批量RNA测序，结合空间转录组学和免疫组化，揭示肉芽肿性肌炎的转录组特征及其与疾病活动性的关联 | 首次系统性地定义了肉芽肿性肌炎的转录组图谱，发现了由1293个上调基因和256个下调基因组成的特异性基因签名，并构建了准确率高达98.6%的支持向量机诊断模型，同时鉴定出CHIT1为与疾病严重程度最显著相关的上调基因 | 摘要未明确提及研究的局限性 | 通过定义肉芽肿性肌炎的特异性转录组图谱来阐明其病理生理机制 | 肉芽肿性肌炎患者的肌肉活检样本 | 数字病理学 | 肉芽肿性肌炎 | 批量RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化 | 支持向量机 | 图像, 文本 | 722例肌肉活检样本，包括38例来自肉芽肿性肌炎患者，其余为其他肌病患者和健康对照 | NA | 单细胞空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 82 | 2026-09-21 |
Fishing with Two Lines: A Hybrid Approach to Spatial Transcriptomic Discovery
2026-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.07.698201
PMID:41542551
|
研究论文 | 本文开发了一种“双化学”方法，将10X Genomics Xenium V1定制面板（高灵敏度，最多480个基因）与Prime 5K面板（广覆盖，5001个基因）结合在同一组织切片上，以解决空间转录组学中基因数量与灵敏度之间的权衡问题 | 创新性地提出了“双化学”方法，在同一组织切片上共杂交Prime和V1探针，并顺序运行V1和Prime解码化学，实现了高灵敏度分析和广泛基因覆盖的统一，同时通过同一细胞中两种化学信息的整合保留了更多细胞并获取额外信息 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决空间转录组学中基因检测数量与单基因灵敏度之间的权衡问题，实现高灵敏度分析和基因发现的同时进行 | 人类肺组织微阵列 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学 | NA | 图像 | 人类肺组织微阵列（具体样本数量未提及） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10X Genomics Xenium V1, Prime 5K | 10X Genomics Xenium V1定制面板（最多480个基因）和Prime 5K面板（5001个基因），在同一组织切片上共杂交并顺序解码 |
| 83 | 2026-09-21 |
Single-cell multi-omics reveals DUSP9 as a key regulator of cancer stemness and a potential therapeutic target in hepatocellular carcinoma
2026-01-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07630-9
PMID:41508037
|
研究论文 | 该研究整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学数据，揭示DUSP9通过ERK–FOXO3轴调控肝细胞癌肿瘤干细胞干性，并发现候选化合物AKOS000434153可抑制HCC细胞恶性表型 | 首次通过单细胞多组学整合分析将DUSP9鉴定为肝细胞癌肿瘤干细胞干性的关键调控因子，揭示其通过ERK–FOXO3轴增强干性的机制，并发现DUSP9⁺细胞定位于富集CAF的免疫抑制微环境，同时筛选出靶向该通路的候选化合物AKOS000434153 | 研究主要基于体外功能实验验证，缺乏体内动物模型验证DUSP9的调控关系及其作为治疗靶点的有效性，仍需进一步开展体内实验确认 | 识别与肝细胞癌肿瘤干细胞干性相关的分子调控因子，阐明其调控机制，并探索其作为治疗靶点和生物标志物的潜力 | 肝细胞癌（HCC）肿瘤组织及细胞，包括肿瘤干细胞（CSCs）和DUSP9⁺恶性亚群细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 84 | 2026-09-21 |
The dorsal aortic compartment is a developmental source of brown adipose tissue in mice
2026-Jan-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68147-9
PMID:41501080
|
研究论文 | 该研究揭示了小鼠棕色脂肪组织的一种非体节来源，即胚胎期背主动脉区域的多能间充质祖细胞 | 发现背主动脉区域存在表达Osr1的多能间充质祖细胞，这些细胞可形成部分棕色脂肪组织，挑战了棕色脂肪组织仅来源于体节中胚层的传统观点 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证；未明确这些祖细胞在成体中的具体作用及调控机制 | 探究棕色脂肪组织的发育起源，特别是非体节来源的祖细胞 | 小鼠胚胎期背主动脉区域的间充质祖细胞及棕色脂肪组织 | 发育生物学 | 代谢性疾病 | 单细胞测序，遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据，图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-09-21 |
Proteotranscriptomic Dissection of Breast Cancer T Cell States Identifies CD103+ Tfh-derived Cytotoxic Cells Linked to Immunotherapy Response
2026-Jan-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8394722/v1
PMID:41542042
|
研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序和多重蛋白表位分析，解析了乳腺癌肿瘤微环境中CD4 T滤泡辅助样细胞的异质性，发现CD103+ Tfh衍生细胞具有细胞毒性并与免疫治疗响应相关 | 首次在乳腺癌中鉴定出三种不同的CD4 Tfh样细胞状态，发现CD103+ Tfh样细胞具有组织驻留、耗竭和细胞毒性特征，并揭示了其通过CCL趋化因子和CSF1与CXCL10+巨噬细胞相互作用，且CD103+ Tfh与IGFL2 Tfh的比值及CD103+亚群的克隆扩增对抗PD-1治疗响应的预测价值优于耗竭CD8 T细胞 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 解析乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞状态的复杂性，特别是CD4 T细胞亚群，并探索其与免疫治疗响应的关系 | 乳腺癌样本中的免疫细胞，特别是CD4 T滤泡辅助样细胞 | digital pathology | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，多重蛋白表位分析 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白表位数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, 多重蛋白表位分析 | NA | NA |
| 86 | 2026-09-21 |
The 2026 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1427
PMID:41431842
|
综述 | 介绍2026年《核酸研究》数据库专刊的内容，包括182篇论文，涵盖新数据库和更新数据库，并总结了在线分子生物学数据库集合的年度更新情况 | 首次报道了NapRNAdb（非帽化RNA数据库）和GlycoRNAdb等新数据库，并推出了JoGo（人类单倍型层级命名与情境化数据库）和So3D（真正的三维空间转录组学数据库）两项突破性成果 | 作为数据库专刊的介绍性文章，未涉及具体技术方法的深入探讨，也未提供各数据库的详细性能评估 | 汇总和介绍2026年生物学及相关领域的最新数据库资源，更新在线分子生物学数据库集合 | 生物信息学数据库，包括核酸数据库、蛋白质结构数据库、结构域与家族数据库、酶数据库、蛋白质组数据库、人类单倍型数据库、空间转录组学数据库、基因命名数据库和基因本体数据库等 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 文本 | 共审查了899个条目，新增96个资源，移除319个失效URL，数据库总数达到2173个 | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2026-09-21 |
Divergent role of CD8 T cells with distinct metabolic phenotypes during curative radio-immunotherapy in hot versus cold tumors
2026-Jan-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684274
PMID:41279819
|
研究论文 | 本研究开发了一种放射免疫治疗方案，可治愈小鼠的热肿瘤和冷肿瘤，并探索了CD8 T细胞在热结肠癌与冷黑色素瘤中发挥的不同作用 | 引入表达mCherry的CD8 T细胞免疫健全小鼠模型进行细胞追踪，结合单细胞功能、代谢和基因表达的时间变化分析，揭示了冷肿瘤中CD8 T细胞虽被激活但无法驱动肿瘤治愈，可能与静态氧化代谢、耗竭表型及肿瘤MHC-I表达下调有关 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证；冷肿瘤中CD8 T细胞无法驱动治愈的具体机制仍需进一步深入探究 | 探索CD8 T细胞在热肿瘤与冷肿瘤放射免疫治疗中的不同作用及其潜在机制 | 小鼠热结肠癌模型和冷黑色素瘤模型中的CD8 T细胞 | 肿瘤免疫学 | 结肠癌、黑色素瘤 | 流式细胞术、多光子成像、单细胞RNA测序、多重免疫荧光 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2026-09-21 |
Type I interferon drives dysfunction of a distinct CD8+ HLA-DRB1+ T cell subset in systemic lupus erythematosus
2026-Jan-03, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.01.02.26343348
PMID:41607660
|
研究论文 | 本研究全面表征了系统性红斑狼疮（SLE）患者中CD8+ HLA-DRB1+ T细胞亚群的特征，揭示I型干扰素驱动该亚群功能失调的机制 | 首次全面表征SLE中CD8+ HLA-DRB1+ T细胞亚群，揭示其兼具细胞毒性激活、增殖潜能、耗竭和衰老的矛盾特征，并证明I型干扰素通过促进耗竭和脱颗粒障碍驱动这种矛盾状态 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 全面表征系统性红斑狼疮中CD8+ HLA-DRB1+ T细胞的特征及其在I型干扰素信号下的功能变化 | SLE患者和健康对照者的外周血CD8+ T细胞，以及狼疮肾炎肾脏浸润CD8+ T细胞数据集 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据，TCR序列数据，流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 89 | 2026-09-21 |
Functional characterization of a human epilepsy-associated gene network reveals metabolic regulation as a critical factor underlying seizure susceptibilities
2026-01-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052307
PMID:40401642
|
研究论文 | 该研究利用果蝇全脑单细胞RNA测序技术，对人类癫痫相关基因共表达网络进行功能验证，揭示了代谢调控在癫痫易感性中的关键作用 | 首次将果蝇全脑单细胞RNA测序与行为学验证相结合，用于人类癫痫相关基因共表达网络的功能表征；发现了一个包含26个基因的保守共表达模块，整合了突触和代谢功能；鉴定出两个新的癫痫候选基因和三个具有癫痫保护作用的基因；揭示了AMPK介导的代谢调控对癫痫易感性的剂量依赖性影响 | 研究主要基于果蝇模型，与人类癫痫的病理机制可能存在种属差异；仅通过网络中部分基因的敲低实验进行验证，未覆盖全部26个基因；代谢调控与癫痫易感性之间的具体分子机制尚未完全阐明 | 通过果蝇全脑单细胞RNA测序，细化并功能表征人类癫痫相关基因共表达网络，揭示癫痫发病的新颖汇聚机制 | 果蝇全脑单细胞转录组及泛神经元敲低模型 | 机器学习 | 癫痫 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2026-09-21 |
Chlorpromazine induces hyposalivation by inhibiting muscarinic Ca2+ signaling in salivary glands
2026-01, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04438-8
PMID:40699237
|
研究论文 | 该研究揭示了氯丙嗪通过抑制唾液腺中毒蕈碱受体的Ca2+信号通路及钙库操作性钙内流，从而诱导唾液分泌减少的分子机制 | 首次发现氯丙嗪并非通过多巴胺受体抑制唾液分泌，而是通过抑制毒蕈碱受体介导的内质网钙释放和细胞外钙内流（SOCE）双途径发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系，缺乏人体临床验证，且未全面探讨氯丙嗪对其他唾液腺信号通路的潜在影响 | 探究氯丙嗪诱导唾液分泌减少的分子机制 | 小鼠模型及人唾液腺细胞 | 单细胞转录组学 | 口腔疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 91 | 2026-09-21 |
Single-cell profiling of peripheral and local immune compartments reveal unique genotype-independent prognostic immune signatures across isocitrate dehydrogenase-stratified glioma
2026-Jan-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf206
PMID:40974256
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析18例IDH突变型和野生型胶质瘤患者的肿瘤和配对外周血单核细胞，揭示外周和局部免疫区室的独特免疫特征，并发现与基因型无关的预后免疫标签 | 首次在IDH分层胶质瘤中同时刻画外周和局部免疫区室，发现IDH突变型外周血中naïve CD4+ T细胞富集、IDH野生型外周血中单核细胞富集、IDH突变型微环境中出现GZMH+ CD8+ T细胞新亚群，以及外周血中具有补体交互特征的新微胶质样细胞群，并鉴定出基因型无关的预后免疫标签 | 样本量较小（共18例），仅使用单细胞RNA测序，未进行功能验证，预后免疫标签需在更大队列中验证 | 刻画IDH突变型和IDH野生型胶质瘤的外周和局部免疫环境，定义具有预后意义的新型免疫状态 | 18例胶质瘤患者（6例IDH突变型，12例IDH野生型）的肿瘤组织和配对外周血单核细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例胶质瘤患者（6例IDH突变型，12例IDH野生型）的肿瘤组织和配对外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2026-09-21 |
YBX1&YBX3 as novel targets to potentiate immune checkpoint blockade response in gliomas
2026-Jan-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf227
PMID:41025501
|
研究论文 | 本研究揭示了CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽在胶质瘤中驱动免疫抑制程序的作用机制，并提出靶向该枢纽可增强免疫检查点阻断治疗的疗效 | 首次发现CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽作为胶质瘤内在的免疫抑制程序，揭示YBX1和YBX3作为新型靶点可增强免疫检查点阻断治疗响应，并证明靶向YBX1的药物可降解该枢纽并增强抗原呈递和抗原特异性CD8⁺T细胞增殖 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 探究CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽在胶质瘤中发挥的免疫调节程序，并评估靶向该枢纽联合免疫检查点阻断治疗的疗效 | 人和小鼠胶质瘤细胞以及人GBM肿瘤组织 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 免疫共沉淀-质谱联用、磷酸化蛋白质组学、bulk RNA测序、ChIP-seq、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 图像、文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-09-21 |
Elucidating a Myofibroblast-dominated Fibrotic Niche in Crohn's Disease-associated Fibrostenosis Through High-resolution Spatial Transcriptomics
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101701
PMID:41344440
|
研究论文 | 通过高分辨率空间转录组学揭示克罗恩病相关纤维狭窄中肌成纤维细胞主导的纤维化微环境 | 首次通过高分辨率空间转录组学解析克罗恩病狭窄中纤维化微环境的空间组织，定义了促纤维化肌成纤维细胞的身份和起源，并表征了周细胞向肌成纤维细胞的重编程 | 仅对1例非纤维化和1例纤维狭窄回肠标本进行空间转录组学分析，样本量小 | 阐明克罗恩病相关纤维狭窄中黏膜下肌样细胞增生的细胞身份和分子机制 | 克罗恩病患者回肠组织，包括正常、非狭窄和狭窄病例 | 空间转录组学 | 克罗恩病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 原代周细胞培养, 定量PCR | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像 | 117例患者进行术前肠道超声，25例正常、35例非狭窄CD、44例狭窄CD进行组织学分析，2例进行空间转录组学，158例公共scRNA-seq数据 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium空间转录组学, 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 94 | 2026-09-21 |
DOCK10 Regulates Insulin Hypersecretion in Insulinoma and Serves as a Diagnostic and Therapeutic Target
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101705
PMID:41389876
|
研究论文 | 该研究通过转录组学分析和功能验证，发现DOCK10在胰岛素瘤的胰岛素分泌组分中特异性高表达，并揭示DOCK10-Cdc42轴调控胰岛素过度分泌的机制 | 首次发现DOCK10在胰岛素瘤的胰岛素分泌组分中选择性过表达，揭示了DOCK10-Cdc42轴在调控胰岛素分泌中此前未被认识的作用，并提出DOCK10可作为胰岛素分泌病变的诊断标志物和治疗靶点 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 识别胰岛素瘤中胰岛素过度分泌的分子机制，寻找可靠的胰岛素分泌病变诊断标志物和潜在治疗靶点 | 人胰岛素瘤手术标本、配对的类器官、MIN6细胞、异种移植小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、定量PCR、免疫组化 | NA | 文本、图像 | NA | NA | bulk RNA-seq、single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-09-21 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Deubiquitination Genes as Prognostic Markers in Hepatocellular Carcinoma
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/4893924
PMID:41523581
|
研究论文 | 本研究整合了13例初治肝细胞癌（HCC）肿瘤的单细胞RNA测序数据与374例TCGA和243例ICGC的bulk RNA-seq队列，通过AUCell量化每个细胞的去泛素化酶（DUB）活性，并利用LASSO-Cox机器学习流程构建了基于DUB的预后风险特征 | 首次在单细胞水平系统揭示去泛素化基因在肝细胞癌中的预后价值，并构建了78基因预后指数，在发现和验证队列中均能稳健地进行生存分层 | 研究结果仍需进一步的实验验证来确认，单细胞样本量较小（13例肿瘤） | 探究去泛素化在肝细胞癌进展中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 13例初治肝细胞癌肿瘤的单细胞RNA-seq数据，374例TCGA和243例ICGC的bulk RNA-seq队列 | 机器学习, 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | LASSO-Cox | 文本, 基因表达数据 | 13例初治肝细胞癌肿瘤单细胞样本，374例TCGA和243例ICGC bulk RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-09-21 |
Itaconate-Related Gene Signatures as Prognostic Markers in Colon Cancer: Insights From Transcriptomic and Spatial Analysis
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/7928082
PMID:41523911
|
研究论文 | 该研究基于TCGA和GEO数据库，结合bulk转录组学、单细胞转录组学和空间转录组学数据，首次全面分析了衣康酸及Hallmark通路相关基因在结肠癌中的表达、生物学作用和预后价值，并构建了预后预测模型 | 首次综合运用bulk转录组学、单细胞转录组学和空间转录组学数据，全面分析衣康酸及Hallmark通路相关基因在结肠癌中的表达、生物学功能及预后价值，并构建了优于既往22种预后模型的预测模型 | 摘要中未提及明确的研究局限性 | 准确评估结肠癌患者预后并优化治疗策略，为结肠癌精准预后和分层治疗提供理论依据和新靶点 | 结肠癌患者及其转录组数据，包括TCGA数据库448例结肠癌患者（训练集）和GEO数据库7个结肠癌预后模型共1473例（验证集） | 数字病理学 | 结肠癌 | bulk转录组学， 单细胞转录组测序， 空间转录组学， 组织芯片 | Enet（alpha = 0.2） | 转录组数据， 图像 | TCGA训练集448例结肠癌患者，GEO验证集7个预后模型共1473例，单细胞测序数据集GSE225857，组织芯片样本 | NA | bulk RNA-seq， 单细胞RNA-seq， 空间转录组学 | NA | NA |
| 97 | 2026-09-21 |
Integrated Multiomics Analysis Reveals a Migrasome-Related Signature for Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/8778797
PMID:41523912
|
研究论文 | 该研究通过整合批量转录组和单细胞RNA测序数据，构建了肺腺癌中基于迁移体的预后模型，并评估了其预测免疫治疗反应的能力 | 首次系统性地表征了肺腺癌中的迁移体相关分子特征，并建立了首个基于迁移体的肺腺癌预后模型（MIGsig），该模型能够独立预测生存并识别免疫治疗获益人群 | 研究主要依赖公共数据库的回顾性数据，体外实验验证有限，缺乏大规模前瞻性临床试验验证MIGsig的临床实用性 | 通过多组学整合分析，解析肺腺癌中迁移体相关分子特征及其临床意义，构建预后模型并评估免疫治疗反应预测能力 | 肺腺癌（LUAD）患者样本及细胞系 | 数字病理学、机器学习 | 肺癌 | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | Lasso-Cox、WGCNA、机器学习组合模型 | 转录组数据、单细胞数据 | 541例TCGA/GEO肺腺癌样本用于批量转录组分析，GSE156632用于单细胞RNA-seq分析，GSE50081用于验证，IMvigor210队列用于免疫治疗反应评估 | Illumina | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-09-21 |
Molecular Landscape and Predictive Significance of Programmed Cell Death-Related Genes in Sepsis
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/5280021
PMID:41542228
|
研究论文 | 该研究通过转录组数据挖掘和多种机器学习算法，揭示了程序性细胞死亡相关基因在脓毒症中的分子特征及诊断预测价值 | 利用八种机器学习算法构建脓毒症诊断模型，并在单细胞RNA测序水平验证特征基因，发现S100A9和KLHL3与中性粒细胞的强关联 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏实验验证和独立队列的外部验证 | 阐明脓毒症相关的转录组变化，重点关注程序性细胞死亡，并识别潜在的诊断生物标志物 | 脓毒症患者样本与对照样本的转录组数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-09-21 |
Adding highly variable genes to spatially variable genes can improve cell type clustering performance in spatial transcriptomics data
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf285
PMID:41550256
|
研究论文 | 本研究探讨了在空间转录组数据中将高变基因与空间可变基因结合是否能提升细胞类型聚类性能 | 首次系统性地在超过50个真实空间转录组数据集上比较了高变基因、空间可变基因及两者联合使用对细胞类型聚类性能的影响 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 探究将高变基因加入空间可变基因是否能提升空间转录组数据中的细胞类型聚类性能 | 空间转录组数据集中的细胞或斑点 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 超过50个真实空间转录组数据集，涵盖多个平台 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 100 | 2026-09-21 |
Lymph Node Metastasis-Associated Spatiotemporal Mapping of the TFF3-Linked Niche in Breast Cancer: Integrating Radiogenomic Signatures with Immune-Ecosystem Remodeling
2026, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.1016
PMID:41551914
|
研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序、空间多组学、放射基因组学建模和孟德尔共定位分析，揭示了TFF3在乳腺癌腋窝淋巴结转移中的时空调控网络，并发现6-巯基嘌呤可作为TFF3的新型拮抗剂 | 首次通过ALNM分层的单细胞RNA测序鉴定出ALNM+原发性乳腺癌的3种标志性免疫亚群；跨模态整合转移-EMT特征与孟德尔共定位分析优先确定了TFF3作为中心机制调控因子；建立了基于TFF3的放射组学风险评分；发现6-巯基嘌呤作为新型TFF3拮抗剂；揭示了TFF3高表达肿瘤对PD-1抑制剂耐药但对MAPK抑制剂敏感的治疗诊断框架 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 阐明乳腺癌腋窝淋巴结转移相关的TFF3连锁微环境的时空映射机制，整合放射基因组特征与免疫生态系统重塑，为ALNM分层提供治疗诊断框架 | 原发性乳腺癌（PBC）伴腋窝淋巴结转移（ALNM+）患者样本、泛癌单细胞图谱、乳腺癌细胞系、体内异种移植模型 | 数字病理学, 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学, 孟德尔共定位分析, 放射基因组学建模 | 机器学习 | 图像, 文本, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |