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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-05-08 |
CGRP-mediated neuro-vascular-pulp cell crosstalk is essential for dental pulp repair
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1793692
PMID:42093726
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研究论文 | 本文旨在系统阐明感觉神经及其关键神经肽CGRP在牙髓损伤修复中调控血管生成和基质细胞激活的分子机制 | 首次系统揭示了CGRP介导的“神经-血管-牙髓细胞”协同网络在牙髓修复中的双重作用机制 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型,临床转化仍需进一步验证 | 阐明CGRP调控牙髓损伤修复中血管生成和干细胞分化的分子机制 | 牙髓组织、感觉神经纤维、血管内皮细胞、牙髓干细胞 | 数字病理学 | 牙科疾病 | 单细胞转录组分析、qPCR、Western blot、免疫荧光、划痕试验、管形成实验、RNA测序 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 三个公开单细胞转录组数据集(GSE197289, GSE274562, GSE280528);小鼠牙本质-牙髓损伤模型;人牙髓细胞、人脐静脉内皮细胞和牙髓干细胞 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 82 | 2026-05-08 |
TDAGENE: Inference of Gene Regulatory Network Based on Topological Data Analysis and Graph Attention Network for Single-Cell RNA Sequencing Data
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0080
PMID:42093817
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研究论文 | 提出了TDAGENE方法,结合拓扑数据分析与图注意力网络,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 首次将拓扑数据分析(TDA)引入基因调控网络推断,融合全局拓扑特征与局部图表示,提升模型捕捉网络拓扑结构和识别基因相互作用关系的能力 | 未明确提及局限性 | 开发并验证一种基于拓扑数据分析和图注意力网络的新型基因调控网络推断方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图注意力网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-05-08 |
Duhuo Jisheng Decoction ameliorates experimental intervertebral disc degeneration by modulating immune-inflammatory responses through regulation of macrophage polarization
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1774140
PMID:42093971
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research paper | 该研究通过单细胞测序分析发现独活寄生汤通过调控巨噬细胞极化减轻椎间盘退变的免疫炎症反应 | 首次从单细胞水平揭示独活寄生汤通过调控巨噬细胞M1/M2极化平衡改善椎间盘退变的免疫炎症机制 | 未提及具体局限性 | 探讨独活寄生汤是否通过调控巨噬细胞介导的免疫炎症反应来减轻椎间盘退变 | 椎间盘退变模型小鼠及巨噬细胞 | machine learning | 椎间盘退变 | single-cell sequencing | NA | single-cell sequencing data | 实验动物样本数量未明确说明 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 84 | 2026-05-08 |
The therapeutic effect and specific mechanism involved active Chinese medicine component biochaninA in glioma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1780159
PMID:42093975
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研究论文 | 通过多组学策略探究中药活性成分鹰嘴豆芽素A对胶质瘤的治疗效果及具体机制 | 采用多组学整合方法,结合单细胞RNA测序、体外实验、GSTP1预后模型构建及免疫浸润和药物敏感性分析,揭示了鹰嘴豆芽素A通过调控GSTP1发挥抗胶质瘤作用的新机制 | 未提及具体局限性 | 阐明中药活性成分鹰嘴豆芽素A对胶质瘤的治疗机制 | 胶质瘤细胞及复发胶质瘤中的C2 CENPF⁺肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 多组学分析、单细胞RNA测序、体外实验 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-05-08 |
Integrated single-cell and bulk transcriptomics identify autophagy-related immune-suppressive subtypes and a prognostic signature in colorectal cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1820929
PMID:42093974
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research paper | 整合单细胞与批量转录组数据识别结直肠癌中自噬相关的免疫抑制亚型及预后特征 | 首次在结直肠癌中跨细胞类型绘制自噬活性图谱,并基于自噬相关基因定义分子亚型与预后模型 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏大规模临床队列验证 | 探索自噬相关基因在结直肠癌肿瘤微环境中的角色及其对风险分层的价值 | 结直肠癌肿瘤组织中的恶性细胞、基质细胞和免疫细胞 | digital pathology | colorectal cancer | RNA-seq | machine learning | gene expression data | 多个公共队列样本,包括TCGA和GEO数据 | Illumina | bulk RNA-seq | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序和批量转录组测序 |
| 86 | 2026-05-08 |
Enhanced TLR7-induced interferon responses in women living with HIV
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1791579
PMID:42093980
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研究论文 | 本研究通过大规模队列分析了TLR7刺激后女性与男性HIV感染者的免疫反应差异,发现女性表现出更强的干扰素应答和减弱的炎症细胞因子产生 | 首次在大型HIV感染者队列中系统揭示TLR7刺激的性别特异性免疫反应,包括女性独有的干扰素通路增强和炎症通路抑制,并鉴定出IRF7在浆细胞样树突状细胞中的关键作用 | 男性为主的队列构成(女性仅占14.5%)可能影响统计效力,且未完全阐明TFH细胞频率差异与干扰素应答的因果关系 | 探究HIV感染背景下TLR7驱动的免疫反应是否存在性别差异及其对病毒控制的潜在影响 | 1326名接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者(192名女性、1134名男性)和43名未感染者(28名女性、15名男性) | 免疫学 | HIV感染 | TLR7激动剂刺激、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 1369名研究对象(包括1326名HIV感染者和43名未感染者),其中单细胞测序分析290名HIV感染者(76名女性、214名男性) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 外周血单个核细胞的单细胞RNA测序 |
| 87 | 2026-05-08 |
Combining multi-omics analysis methods to identify biomarkers for mitophagy involved in immune checkpoint inhibitors-related myocarditis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1691848
PMID:42093991
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研究论文 | 通过多组学分析识别免疫检查点抑制剂相关心肌炎中线粒体自噬的生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据筛选ICIs相关心肌炎中的线粒体自噬关键基因,并验证其诊断价值 | 研究基于公开数据集和小鼠模型,临床样本验证不足 | 探索线粒体自噬在免疫检查点抑制剂相关心肌炎中的作用并识别潜在生物标志物 | ICIs相关心肌炎患者和小鼠模型的心肌组织 | 机器学习和数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, qRT-PCR | NA | 基因表达数据, 测序数据 | 公开数据集及小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-05-08 |
Galectin-3 promotes FBXL5-dependent ubiquitination and degradation of YAP1 to constrain colorectal cancer growth
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1769656
PMID:42093989
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研究论文 | 本研究探讨了Galectin-3通过FBXL5依赖性泛素化降解YAP1以抑制结直肠癌生长的机制 | 首次揭示Gal-3通过FBXL5介导的泛素化途径促进YAP1蛋白降解,构成Gal-3-FBXL5-YAP1信号轴,并提出该轴在抑制结直肠癌进展中的新角色 | 需通过TEAD报告基因实验及YAP1拯救或突变分析进一步验证该信号轴的因果框架 | 阐明Gal-3在结直肠癌中的临床相关性及其调控FBXL5和YAP1的分子机制 | 结直肠癌患者组织样本及细胞系 | 分子生物学 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫共沉淀, 泛素化检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 小鼠模型数据 | TCGA及单细胞RNA测序数据集;细胞实验及小鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 大量RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-05-08 |
Loss of SHP-1 in CD11c+ cells impairs anti-tumor immunity
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1710547
PMID:42093998
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研究论文 | 通过条件性基因敲除小鼠模型,研究SHP-1在CD11c+细胞(包括树突状细胞和巨噬细胞)中缺失对抗肿瘤免疫的影响 | 首次揭示SHP-1在抗原呈递细胞而非CD8+ T细胞中发挥关键免疫调节作用,并证明其在cDC1和巨噬细胞中通过不同机制影响抗肿瘤免疫 | 未具体说明研究样本量、临床相关性验证及具体分子机制细节 | 探究SHP-1在CD11c+抗原呈递细胞中缺失对抗肿瘤免疫应答的影响 | ItgaxΔPtpn6、Xcr1ΔPtpn6和Lyz2ΔPtpn6条件性基因敲除小鼠及其MC38肿瘤模型 | 免疫学 | 癌症 | 条件性基因敲除、单细胞RNA测序、流式细胞术 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 | 多种基因型小鼠及肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2026-05-08 |
Multi-functional Small Molecule for Regenerative Healing of Avascular Meniscus Tears: Modulation of Inflammation, Differentiation, and Multi-Tissue Crosstalk
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.132326
PMID:42094591
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研究论文 | 本研究报道了一种新型小分子4-PPBP,作为σ1受体激动剂,通过调节炎症、分化和多组织串扰促进无血管半月板撕裂的再生愈合 | 首次发现4-PPBP通过激活滑膜间充质干细胞和调节巨噬细胞介导的炎症,经多组织串扰促进无血管半月板愈合,并利用单细胞RNA测序揭示细胞间通讯机制 | NA | 开发可促进无血管半月板撕裂愈合的多功能小分子治疗药物 | 半月板细胞、滑膜间充质干细胞、巨噬细胞、成纤维细胞、软骨细胞、纤维软骨细胞、脂肪细胞 | NA | 骨关节炎 | scRNA-seq, CellChat分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 91 | 2026-05-08 |
Cell type-specific alterations in fatty acid metabolism in neuronal subpopulations of schizophrenia and construction of a diagnostic model
2026, Frontiers in psychiatry
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fpsyt.2026.1770038
PMID:42094829
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量RNA测序,探究精神分裂症患者背外侧前额叶皮层中脂肪酸代谢相关基因的细胞类型特异性改变,并构建诊断模型 | 首次结合单细胞与批量RNA测序揭示精神分裂症神经元亚群中脂肪酸代谢的细胞类型特异性失调,并基于关键基因构建了具有转化潜力的五基因诊断模型 | 模型在外部验证队列中的AUC为0.779,提示泛化性能可能有限;仅使用MK-801诱导的小鼠模型进行验证,未在人体组织中进行直接验证 | 研究精神分裂症患者背外侧前额叶皮层中脂肪酸代谢相关基因的细胞类型特异性变化及其作为诊断生物标志物的潜力 | 精神分裂症患者和对照的背外侧前额叶皮层组织样本 | 机器学习 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、qPCR | LASSO回归 | 基因表达数据 | 9例精神分裂症患者和14例对照的单细胞测序样本,以及两个批量RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-05-08 |
Association of the CXCL-ACKR1 Signaling Axis with the Angiogenic Microenvironment in Endometrial Cancer: A Single-Cell Transcriptomic Analysis
2026, International journal of women's health
DOI:10.2147/IJWH.S582387
PMID:42094869
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,探讨CXCL信号通路在子宫内膜癌血管生成中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次在单细胞水平揭示CXCL-ACKR1信号轴与子宫内膜癌血管生成微环境的关联,并鉴定出ACKR1作为抗血管生成治疗的新靶点 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量较小或缺乏功能验证实验 | 研究子宫内膜癌中CXCL信号通路在血管生成中的作用,评估其作为治疗靶点的潜力 | 18例子宫内膜癌和正常对照组织的单细胞RNA测序数据 | 癌症研究 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18个样本(子宫内膜癌和正常对照组织) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 93 | 2026-05-08 |
The Role of COQ10B in Tumor Progression and Its Association with Immune Escape in Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Multi-Omics and Functional Analysis
2026, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S581929
PMID:42095211
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研究论文 | 本研究通过多组学和功能分析,探讨COQ10B在食管鳞状细胞癌进展中的作用及其与免疫逃逸的关联 | 首次系统揭示COQ10B在食管鳞癌中通过激活PI3K/AKT/HIF-1A信号通路促进肿瘤进展和免疫逃逸的机制 | 未提及具体局限性 | 阐明COQ10B在食管鳞状细胞癌中的功能及其调控肿瘤免疫微环境的潜在机制 | 食管鳞状细胞癌(ESCC),TE-1细胞,C57BL/6小鼠皮下异种移植模型 | 机器学习 | 肺癌 | NGS, RNA-seq | NA | 文本 | TCGA和GEO数据库样本,单细胞测序数据,TE-1细胞,C57BL/6小鼠 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | TCGA和GEO数据库的批量RNA-seq及单细胞RNA-seq数据 |
| 94 | 2026-05-06 |
Stereo-cell deciphers the spatial and functional heterogeneity of polyploid hepatocytes
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag023
PMID:41770024
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研究论文 | 利用空间分辨单细胞测序技术Stereo-cell解析多倍体肝细胞的空间和功能异质性 | 开发了基于成像的倍性识别技术SCIPI,整合明场细胞轮廓识别、DAPI核面积和数量定量以及UMI条形码单细胞转录组学,实现对6种核心肝细胞亚型的精确鉴定 | 文献中未明确提及局限性 | 解析二倍体、四倍体和八倍体肝细胞间的功能差异 | 多倍体肝细胞(二倍体、四倍体、八倍体及其不同核型) | 数字病理学 | NA | 空间分辨单细胞测序 | NA | 图像和转录组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | Stereo-cell | Stereo-cell成像倍性识别技术(SCIPI) |
| 95 | 2026-05-06 |
DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1117
PMID:41160880
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研究论文 | 介绍DeepSpaceDB——一个用于交互式深度分析组织及组织微环境的空间转录组图谱数据库 | 该数据库专注于10X Genomics Visium样本,提供高级交互式分析工具与跨样本比较功能,区别于仅注重平台覆盖而忽视功能的数据库 | 当前版本仅支持10X Genomics Visium样本,且分析需依赖用户上传或已有的数据集 | 构建一个用户友好的空间转录组数据库,支持灵活探索、交互式比较及高级分析 | 健康及疾病状态下的组织样本,如阿尔茨海默病模型小鼠的海马区域 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明具体数量,但包含多个组织和疾病模型的样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium FFPE或新鲜冰冻组织分析 |
| 96 | 2026-05-06 |
Antibody Generation Using Cancer-Derived Small Extracellular Vesicles (sEVs): A Platform for Targeted Cancer Therapy and Potential Personalized Applications
2026-Jan, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202506918
PMID:41311345
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研究论文 | 利用癌症来源的小细胞外囊泡生成靶向单克隆抗体,并将其功能化于T细胞来源的小细胞外囊泡上,用于靶向癌症治疗 | 首次利用癌症来源的小细胞外囊泡作为免疫原,生成高特异性或细胞毒性单克隆抗体,并通过抗体功能化T细胞来源的小细胞外囊泡实现肿瘤靶向药物递送 | 未提及研究的局限性,如样本类型单一(仅卵巢癌细胞系)或临床转化潜力的评估不足 | 开发一种基于癌症来源小细胞外囊泡的抗体生成平台,用于靶向癌症治疗和个性化医学 | 人卵巢癌细胞系OVCAR-8来源的小细胞外囊泡及CD8⁺ T细胞来源的小细胞外囊泡 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录数据, 空间转录数据 | 小鼠模型(具体数量未提及),OVCAR-8肿瘤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium 空间转录组学平台用于分析抗体功能化小细胞外囊泡诱导的转录变化 |
| 97 | 2026-05-06 |
DrugSurvPlot: A Novel Web-Based Platform Harnessing Drug Sensitivity Scores as Molecular Biomarkers for Pan-Cancer Survival Prognosis
2026, Current gene therapy
IF:3.8Q2
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研究论文 | 介绍DrugSurvPlot,一种利用药物敏感性评分作为泛癌症生存预后分子生物标志物的新型网络平台 | 建立药物敏感性评分作为肿瘤生存分析的新型预后生物标志物,整合大规模多癌种数据集并提供无需登录的交互式分析工具 | 药物覆盖范围有限,数据集多样性不足,未来需扩展药理学数据库并整合新兴数据模态(如单细胞转录组学) | 利用预测药物敏感性评分作为生存生物标志物,提高精准医学水平并克服基因组指导方法在临床试验中的局限性 | 189个GEO数据集(含10个免疫检查点抑制剂治疗数据集)和33个TCGA数据集,共85,531条记录,覆盖52种癌症类型和13种生存状态数据类型,以及GDSC2中的198种抗癌药物 | 计算肿瘤学 | 泛癌症 | NA | NA | 药物敏感性评分数据 | 85,531条记录,涵盖189个GEO数据集和33个TCGA数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2026-05-06 |
Tumor-Promoting Crosstalk of MMP11⁺ Fibroblasts and SPP1⁺ Macrophages Drive Poor Prognosis in Breast Cancer: Integrated Multi-Omics Analysis
2026, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S564498
PMID:42083565
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了MMP11阳性的癌症相关成纤维细胞与SPP1阳性巨噬细胞之间的相互作用对乳腺癌预后不良的驱动作用 | 首次发现MMP11+ CAFs和SPP1+巨噬细胞的相互作用与乳腺癌患者不良预后及免疫治疗反应受损相关 | 仅基于公共数据库和有限样本分析,需更多临床样本验证,且机制研究缺乏直接功能实验 | 探索乳腺癌肿瘤微环境中基质-免疫相互作用及其对预后的影响 | 乳腺癌肿瘤微环境中的MMP11+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 99 | 2026-05-05 |
Single-cell transcriptome defines cell-type repertoire of adult Daphnia magna
2026-01-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyaf234
PMID:41145233
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析成年雌雄大型溞的细胞类型图谱 | 首次在大型溞中基于单细胞转录组鉴定超过25种细胞类型,并与果蝇细胞图谱进行跨物种比较,发现非循环血细胞群体 | 未进行功能验证实验,部分细胞类型功能注释基于同源性推断 | 建立大型溞成体细胞类型转录组参考图谱,以支撑生态生理学、毒理学和进化基因组学研究 | 成年雌性和雄性大型溞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2个单细胞RNAseq实验(雌性和雄性个体) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 100 | 2026-05-05 |
Advances in Massive Parallel Sequencing: From Genomics to Spatial Transcriptomics
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-18966-0_3
PMID:42071139
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综述 | 综述大规模并行测序从基因组学到空间转录组学的技术进步 | 系统梳理了测序技术从桑格测序到下一代测序再到单细胞和空间转录组学的演进脉络,突出概念创新如大规模并行化、克隆扩增和循环检测化学 | 未对具体技术细节进行比较或分析局限性 | 回顾测序技术的发展历程及其对生物学研究的影响 | 测序技术及其在基因组学、单细胞和空间转录组学中的应用 | 基因组学 | NA | 桑格测序、下一代测序、单细胞测序、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |