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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2026-01-12 |
Identify Diagnostic Biomarkers Related to Taurine Metabolism in Diabetic Foot Ulcers Using Bulk RNA-seq and ScRNA-seq Analysis
2026-Jan, Journal of diabetes
IF:3.0Q2
DOI:10.1111/1753-0407.70166
PMID:41503916
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq分析,识别了与牛磺酸代谢相关的糖尿病足溃疡诊断生物标志物 | 首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq多组学数据,深入解析DFU免疫微环境、细胞间通讯网络及分子调控机制,并构建了高精度的三基因诊断特征 | 研究基于公共GEO数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证;单细胞数据样本量有限 | 探究牛磺酸代谢在糖尿病足溃疡中的作用机制,并识别相关诊断生物标志物 | 糖尿病足溃疡患者组织样本的转录组数据 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | LASSO回归, MCODE, Seurat, CellChat | 转录组测序数据 | 多个GEO数据集(GSE68183, GSE80178, GSE37265, GSE134431, GSE223964) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 902 | 2026-01-12 |
Enhanced formation of tertiary lymphoid structures shapes the anti-tumor microenvironment in gastrointestinal stromal tumors after imatinib targeted therapy
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.123923
PMID:41510151
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,揭示了伊马替尼靶向治疗通过重塑肿瘤微环境增强三级淋巴结构形成,从而改善胃肠道间质瘤患者预后的机制 | 首次系统阐明了伊马替尼靶向治疗通过CXCR4-CXCL12轴招募B细胞驱动三级淋巴结构形成的机制,并鉴定了三种不同的GIST免疫分型及其临床意义 | 研究样本量相对有限,且部分机制验证主要在体外进行,需要更多体内实验和前瞻性临床研究进一步验证 | 探究胃肠道间质瘤中三级淋巴结构的临床意义、形成机制及其在靶向治疗中的作用 | 胃肠道间质瘤患者组织、血清样本及细胞模型 | 肿瘤免疫学 | 胃肠道间质瘤 | 单细胞RNA测序、转录组测序、多重免疫组化染色、细胞培养、趋化实验、抗体依赖性细胞吞噬实验 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、组织病理图像、血清蛋白数据 | 单细胞RNA测序队列8例、公共转录组队列65例、公共单细胞RNA测序队列7例、组织队列197例、血清队列169例 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 903 | 2026-01-12 |
MINI-EX Version 2: Cell-Type-Specific Gene Regulatory Network Inference Using an Integrative Single-Cell Transcriptomics Approach
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4972-5_12
PMID:41518505
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研究论文 | 本文介绍了MINI-EX Version 2,一种用于推断细胞类型特异性基因调控网络的集成工具,特别针对植物单细胞转录组学数据 | MINI-EX Version 2整合了单细胞转录组学数据和转录因子基序信息,提高了基因调控网络推断的准确性,并支持缺乏基序信息的非模式物种 | NA | 开发一种工具来推断细胞类型特异性基因调控网络,以理解植物生物学中的转录因子功能 | 植物单细胞转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 904 | 2026-01-11 |
Mouse digit AAV gene delivery into fibroblasts regulates regenerative outcome
2026-Jan-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adz0229
PMID:41499500
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研究论文 | 本研究通过比较小鼠再生与非再生趾尖的单细胞RNA测序分析,识别与纤维化和再生相关的成纤维细胞亚群及基因,并利用AAV基因递送技术验证候选基因对伤口愈合结果的影响 | 开发了一种针对趾成纤维细胞的稳健AAV基因递送技术,结合单细胞RNA测序计算分析,为识别哺乳动物趾部纤维化和再生的驱动因素提供了新框架 | NA | 探究小鼠趾尖再生与纤维化的分子机制,并测试候选基因改变伤口愈合结果的能力 | 小鼠趾尖的成纤维细胞亚群 | 单细胞组学 | 组织再生与纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 905 | 2026-01-11 |
Transcriptomic disruption and hypoactivity in DYT-SGCE medial ganglionic eminence-patterned inhibitory neurons
2026-Jan-08, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf272
PMID:40711998
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研究论文 | 本研究探讨SGCE基因突变对内侧神经节隆起来源的抑制性GABA能神经元的影响,揭示了转录组失调和神经元活动降低的现象 | 首次在患者来源的诱导多能干细胞和基因编辑胚胎干细胞模型中,系统评估SGCE突变对抑制性神经元的影响,结合单细胞RNA测序和功能分析,揭示了神经元结构和功能的异常 | 研究基于体外细胞模型,可能无法完全模拟体内复杂的神经环路环境,且样本量有限 | 探究SGCE基因突变如何导致肌阵挛性肌张力障碍的神经病理机制,特别是抑制性神经元的功能异常 | 内侧神经节隆起来源的抑制性GABA能神经元 | 神经科学 | 肌阵挛性肌张力障碍 | 单细胞RNA测序, Ca2+成像, 多电极阵列, 单细胞膜片钳 | NA | 转录组数据, 电生理数据, 形态学数据 | 使用患者来源的诱导多能干细胞和基因编辑胚胎干细胞系,与同基因野生型对照进行比较 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 906 | 2026-01-11 |
Modeling human embryo implantation in vitro
2026-Jan-08, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.10.027
PMID:41443191
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研究论文 | 本文建立了一种体外模型,模拟了人类胚胎植入子宫内膜的过程,并揭示了植入后早期发育的关键特征 | 开发了一种体外模型,能够模拟人类子宫内膜的腔上皮、腺体和基质区室,支持人类胚胎和类囊胚的植入,并首次在单细胞水平上揭示了胚胎-子宫内膜界面的分子相互作用 | 模型可能无法完全复制体内环境的复杂性,且研究仅基于体外实验,长期发育影响未知 | 研究人类胚胎植入子宫内膜的早期阶段,以理解妊娠起始和失败机制 | 人类胚胎、类囊胚和子宫内膜模型 | 发育生物学 | 生殖健康 | 单细胞RNA测序 | 体外模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定具体样本数量,但涉及人类胚胎和子宫内膜模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 907 | 2026-01-11 |
Role of CD5 signalling for pro-inflammatory Th17 response in multiple sclerosis
2026-Jan-08, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf268
PMID:40853926
|
研究论文 | 本研究探讨了表面分子CD5及其细胞内相互作用伙伴酪蛋白激酶2(CK2)在人类Th17效应功能中的作用,以及它们在多发性硬化症中的角色 | 首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析揭示了CD5-CK2-STAT3信号轴在人类Th17细胞炎症反应中的关键作用,并发现CD5表达与多发性硬化症中的炎症免疫谱相关 | 研究主要基于体外实验和相关性分析,未进行体内验证或临床试验 | 理解CD5和CK2在人类Th17细胞效应功能及多发性硬化症中的作用 | 多发性硬化症患者和非炎症性神经系统疾病患者的脑脊液、血清样本,以及分化为Th17极化表型的CD4+记忆T细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序、邻近延伸分析(PEA)蛋白质组学、功能研究 | NA | RNA序列数据、蛋白质组数据 | 114名多发性硬化症患者的血清和脑脊液样本,以及脑脊液单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 908 | 2026-01-11 |
The gain-of-function TREM2-T96K mutation increases risk for Alzheimer's disease by impairing microglial function
2026-Jan-07, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2025.09.032
PMID:41109213
|
研究论文 | 本文探讨了TREM2-T96K功能获得性突变通过损害小胶质细胞功能增加阿尔茨海默病风险的机制 | 首次揭示TREM2-T96K突变以性别依赖方式损害小胶质细胞功能,并影响其向疾病相关小胶质细胞的转变 | 研究主要基于小鼠模型和细胞培养,人类样本验证有限,且性别差异机制未完全阐明 | 探究TREM2-T96K突变在阿尔茨海默病发病中的作用机制 | TREM2-T96K突变、小胶质细胞、β-淀粉样蛋白斑块、5xFAD小鼠模型、人类小胶质细胞培养物 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组数据、单细胞转录组数据 | 家族性和病例对照样本的全基因组测序数据集、5xFAD小鼠模型、人类小胶质细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 909 | 2026-01-11 |
BST2 expression at astrocyte borders promotes microglial recruitment via the C3/C3aR signaling
2026-Jan-07, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2025.09.038
PMID:41138733
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学,揭示了在脑损伤边界富集的表达BST2的星形胶质细胞通过C3/C3aR信号通路促进小胶质细胞招募,并探讨了其作为卒中后早期脑损伤治疗靶点的潜力 | 首次发现BST2在损伤边界星形胶质细胞中的表达及其通过PKCβII磷酸化增强C3表达,从而调控星形胶质细胞-小胶质细胞相互作用和边界形成 | 未明确BST2在其他中枢神经系统损伤模型中的作用,且治疗性抗体的长期效果和安全性需进一步验证 | 探究脑损伤后星形胶质细胞边界形成的分子机制及其与免疫细胞的相互作用 | 脑损伤模型中的星形胶质细胞和小胶质细胞 | 数字病理学 | 卒中 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 910 | 2026-01-11 |
Pathogenic role of IFNγ from activated CD4+ T cells in lupus model mice induced by topical treatment with toll-like receptor agonist imiquimod
2026-Jan-06, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxaf079
PMID:41414870
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研究论文 | 本研究通过局部应用TLR7激动剂咪喹莫特诱导狼疮模型小鼠,揭示了活化的CD4+ T细胞产生的IFNγ在驱动B细胞分化和促进自身抗体产生中的关键致病作用 | 首次在咪喹莫特诱导的狼疮模型中,结合单细胞RNA测序技术,系统阐明了活化的CD4+ T细胞来源的IFNγ通过促进B细胞分化和自身抗体产生而发挥的关键致病作用 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类系统性红斑狼疮的直接转化需进一步验证 | 阐明活化的CD4+ T细胞在系统性红斑狼疮发病机制中的作用 | 野生型和IFNγ缺陷型小鼠 | NA | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 野生型和IFNγ缺陷型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 911 | 2026-01-11 |
Microenvironment-aware spatial modeling for accurate inference of cell identity
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1477
PMID:41495904
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研究论文 | 本文提出了一种名为MEcell的无参数方法,通过整合空间上下文信息来改进细胞身份推断,并在多个空间转录组学平台和组织类型的数据集上验证了其优越性 | MEcell方法首次明确整合空间微环境信息,自动调整其对细胞身份建模的贡献,弥补了传统单细胞聚类方法仅依赖内在分子特征的不足 | NA | 开发一种能够准确推断细胞身份的空间建模方法,以更好地理解细胞在组织中的空间异质性 | 空间转录组学数据中的细胞身份推断 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | MEcell | 空间转录组学数据 | 90个模拟数据集和7个真实数据集,涵盖多种组织类型 | Vizgen, 10x Genomics, NanoString, 10x Genomics, Broad Institute, 开放平台 | 空间转录组学 | MERFISH, Xenium, CosMx, Visium HD, Slide-seqV2, open-ST | MERFISH/Vizgen, Xenium, CosMx, Visium HD, Slide-seqV2, open-ST |
| 912 | 2026-01-11 |
Illustrating the functional heterogeneity of M-MDSCs to predict sepsis outcomes
2026-Jan-03, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.01.008
PMID:41490841
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脓毒症中单核髓源性抑制细胞的功能异质性,并识别了新的功能标志物以预测疾病预后 | 首次在脓毒症中基于单细胞RNA测序将M-MDSCs细分为五个功能亚群,并发现VSIG4作为免疫抑制M-MDSCs的新型功能标志物 | 研究样本量有限,且为初步结果,需要更大规模的验证 | 探究脓毒症中单核髓源性抑制细胞的功能异质性及其在疾病预后预测中的作用 | 脓毒症患者的HLA-DRhighCD14+和HLA-DRlowCD14+单核细胞 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及脓毒症患者的单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 913 | 2026-01-11 |
SpatialRNA: a Python package for easy application of Graph Neural Network models on single-molecule spatial transcriptomics dataset
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf659
PMID:41390915
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SpatialRNA的Python软件包,用于在单分子空间转录组学数据集上轻松应用图神经网络模型 | 开发了一个高度可扩展的工具,能够从组织样本中轻松生成(子)图,并提供了全面的教程,便于在PyG框架下便捷高效地应用GNN模型 | NA | 旨在促进图神经网络模型在单分子空间转录组学数据中的应用,以识别空间域或生态位 | 单分子空间转录组学数据集中的RNA分子图 | 空间转录组学 | NA | 单分子空间转录组学 | 图神经网络 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 单分子空间转录组学 | NA | NA |
| 914 | 2026-01-11 |
Nrf2 deficiency in myeloid cells accelerates atherosclerosis by promoting the inflammatory response and impairing efferocytosis
2026-Jan-02, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.01.005
PMID:41485574
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研究论文 | 本研究探讨了骨髓细胞中Nrf2缺失通过促进炎症反应和抑制巨噬细胞胞葬作用加速动脉粥样硬化发展的机制 | 首次在单细胞水平揭示Nrf2在人和小鼠动脉粥样硬化巨噬细胞中的表达上调,并阐明Nrf2通过结合Myh9启动子调控巨噬细胞胞葬作用的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;药理学激活NRF2的长期效果和安全性未充分评估 | 探究骨髓细胞中NRF2在动脉粥样硬化发展中的作用机制 | 骨髓细胞特异性Nrf2敲除小鼠(ApoE-/-背景)、原代巨噬细胞、细胞系 | 生物医学研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、转录组学、蛋白质组学、染色质免疫沉淀PCR、胞葬作用实验 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、染色质结合数据 | 未明确样本数量,但涉及小鼠模型、原代细胞和细胞系实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 915 | 2026-01-11 |
The Alzheimer's therapeutic Lecanemab attenuates Aβ pathology by inducing an amyloid-clearing program in microglia
2026-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02125-8
PMID:41286448
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研究论文 | 本研究揭示了阿尔茨海默病治疗药物Lecanemab通过激活小胶质细胞效应功能清除β-淀粉样蛋白(Aβ)的机制 | 首次在小鼠模型中证明Lecanemab通过Fc片段激活小胶质细胞,诱导特异性转录程序促进Aβ清除,并鉴定SPP1/骨桥蛋白为关键因子 | 研究基于人源小胶质细胞异种移植小鼠模型,可能不完全反映人类疾病复杂性;未探讨长期治疗效果或潜在副作用 | 阐明抗Aβ抗体Lecanemab的作用机制,为优化阿尔茨海默病治疗策略提供依据 | 人源小胶质细胞异种移植小鼠模型中的Aβ病理及相关神经损伤 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学分析 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 916 | 2026-01-11 |
Leveraging single-cell RNA-seq in helminthology
2026-Jan, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2025.11.003
PMID:41350151
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在蠕虫学领域的应用,包括其在解析蠕虫细胞异质性、发育生物学、宿主-蠕虫相互作用及免疫病理机制中的作用 | 系统总结了scRNA-seq在蠕虫学中的革命性应用,并展望了其与单细胞多组学等技术整合的未来潜力 | 存在一定的技术限制和挑战,需要进一步改进和优化 | 概述scRNA-seq技术并强调其在蠕虫学研究中的应用 | 蠕虫(寄生虫)及其与宿主的相互作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA转录本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 917 | 2026-01-11 |
REL overexpression and sustained NF-κB signaling associated with 2p gain induce resistance to BTK inhibitors in Chronic Lymphocytic Leukemia
2026-Jan, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02818-w
PMID:41366531
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研究论文 | 本研究揭示了慢性淋巴细胞白血病中2号染色体短臂增益通过导致REL过表达和持续NF-κB信号传导,从而介导对布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂耐药的机制 | 首次在单细胞水平上发现2p增益导致REL过表达和NF-κB通路富集,并证明这是独立于BTK/PLCG2突变的BTKi耐药新机制 | 研究主要基于体外实验和细胞系模型,需要更多临床样本验证;未详细探讨2p增益导致REL过表达的具体分子机制 | 探究慢性淋巴细胞白血病中2号染色体短臂增益介导BTK抑制剂耐药的分子机制 | 慢性淋巴细胞白血病患者样本(包括2p增益和非2p增益)和B淋巴样细胞系 | 单细胞组学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因编辑,体外功能实验 | NA | 单细胞转录组数据,体外实验数据 | 大量2p原发性CLL样本队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 918 | 2026-01-11 |
Axonal Eif5a hypusination controls local translation and mitigates defects in FUS-ALS
2026-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02101-2
PMID:41430470
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学技术,揭示了轴突局部蛋白合成的调控机制及其在FUS-ALS中的缺陷,并通过恢复Eif5a hypusination来缓解神经退行性病变 | 首次在成年小鼠运动神经轴突中应用空间转录组学进行亚细胞定位,发现Eif5a hypusination在轴突局部翻译中的关键作用,并证明多胺亚精胺治疗可恢复这一过程并减轻ALS相关毒性 | 研究主要基于小鼠和果蝇模型,尚未在人类患者中验证;空间转录组学技术可能受限于分辨率和灵敏度 | 探究神经元局部蛋白合成的调控机制及其在肌萎缩侧索硬化症(ALS)中的失调 | 成年小鼠运动神经轴突和细胞体,以及携带FUS和TDP-43突变的果蝇模型 | 空间转录组学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 空间转录组学,多重单分子空间转录组学,免疫荧光 | NA | 转录组数据,图像数据 | 成年小鼠运动神经样本和果蝇模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 919 | 2026-01-11 |
Multi-omics analysis identifies PUS7 as an immune modulator driving NETs-mediated macrophage polarization in pancreatic cancer
2026-Jan, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70581
PMID:41496500
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研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了PUS7在胰腺癌中通过诱导中性粒细胞胞外陷阱形成,驱动巨噬细胞向M2表型极化,从而促进免疫抑制和肿瘤进展的新机制 | 首次将PUS7鉴定为胰腺癌中NET介导的免疫调节关键调控因子,并阐明了PUS7-NET-M2/M1轴这一新的致病机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证有限;PUS7的具体作用靶点和下游信号通路尚未完全阐明 | 探究伪尿苷合酶家族基因在胰腺癌免疫微环境中的作用机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)细胞、小鼠原位模型、肿瘤微环境中的免疫细胞 | 多组学分析 | 胰腺癌 | 基因组学、转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 920 | 2026-01-10 |
SPP1-CD44 signaling contributes to the mechanisms and therapeutic implications in intervertebral disc degeneration
2026-Jan-25, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.153213
PMID:41475272
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综述 | 本文综述了SPP1-CD44信号轴在椎间盘退变(IVDD)中的机制及治疗意义 | 整合了单细胞和空间转录组学等多组学研究,揭示了SPP1-CD44轴在IVDD中的动态、区域特异性表达及其在免疫调节和细胞外基质重塑中的核心作用,并探讨了靶向该轴的新型治疗策略 | 作为一篇综述,主要基于现有文献进行整合分析,未提供新的原始实验数据,且治疗策略的潜力仍需进一步临床验证 | 探讨SPP1-CD44信号轴在椎间盘退变发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 椎间盘退变(IVDD)的分子调控机制,特别是SPP1-CD44轴 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 免疫调节分析 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |