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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2026-02-11 |
Calcified Artery Preparation and Processing with Preserved Morphology and RNA for Digital Spatial Profiling
2026-Jan-23, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69159
PMID:41662190
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研究论文 | 本文介绍了一种针对钙化动脉样本进行数字空间谱分析(Digital Spatial Profiling)的优化工作流程,旨在解决血管组织空间转录组学分析中的技术障碍 | 开发了一种针对钙化动脉的逐步工作流程,能够在脱钙等苛刻处理后同时保持组织形态和RNA完整性,并详细描述了组织微阵列(TMA)构建和ROI选择策略 | 该协议主要针对人类胫动脉晚期病变样本进行优化,可能不直接适用于所有类型的血管组织或疾病阶段 | 为血管生物学研究提供可靠的空间转录组学数据生成方法,以研究健康和病变血管中特定层次的转录活动 | 人类胫动脉(特别是伴有晚期病变的钙化动脉样本) | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,组织微阵列(TMA)构建,组织学染色 | NA | 空间转录组数据,组织图像 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) |
| 902 | 2026-02-11 |
Decoding the Role of H19 in Cholestatic Liver Injury Using snRNA-seq, Spatial Transcriptomics, and Machine Learning-Based Disease Prediction
2026-Jan-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8339668/v1
PMID:41646424
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和机器学习模型,揭示了长链非编码RNA H19在胆汁淤积性肝损伤中的作用机制 | 首次结合单核RNA测序、空间转录组学和机器学习方法,系统解析了H19在细胞类型特异性和空间分辨率上对胆汁淤积性肝损伤的调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证仅使用公开数据集,需要进一步实验验证 | 阐明H19在原发性硬化性胆管炎(PSC)进展中的细胞类型特异性和空间调控机制 | 野生型、H19敲除、Mdr2敲除及双敲除小鼠的肝组织,以及人类数据集GSE243981 | 数字病理学 | 肝病 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | 逻辑回归, XGBoost, 神经网络, 随机森林 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 年龄和性别匹配的野生型、H19敲除、Mdr2敲除及双敲除小鼠肝组织 | NanoString | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NanoString GeoMx | NanoString GeoMx空间转录组学平台 |
| 903 | 2026-02-11 |
[The consensus of genetic detection in multiple myeloma in China (2026)]
2026-Jan-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi
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共识 | 本文介绍了中国多发性骨髓瘤遗传学检测共识(2026版)的更新内容,旨在规范检测流程、统一高风险遗传学异常的解读与报告,并讨论将新兴分子标志物纳入风险分层 | 基于最新证据对2019年共识进行修订,重点关注检测工作流程的优化、高风险遗传学异常解读与报告的标准化,并探讨将新兴分子标志物(如全基因组测序和单细胞测序发现的标志物)整合到风险分层框架中 | 共识性文件主要基于现有证据和专家意见,可能未涵盖所有最新技术或临床场景,且其实施效果需在实际临床应用中进一步验证 | 制定和更新中国多发性骨髓瘤遗传学检测的标准化共识,以促进精准医疗并改善高风险患者的识别与管理 | 多发性骨髓瘤患者及其遗传学异常 | 临床医学与遗传学 | 多发性骨髓瘤 | 细胞遗传学核型分析、荧光原位杂交、下一代测序、全基因组测序、单细胞测序 | NA | 遗传学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 904 | 2026-02-11 |
TrajLens: Visual Analysis for Constructing Cell Developmental Trajectories in Cross-Sample Exploration
2026-Jan, IEEE transactions on visualization and computer graphics
IF:4.7Q1
DOI:10.1109/TVCG.2025.3634875
PMID:41269813
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研究论文 | 本文提出了一种名为TrajLens的可视化分析系统,用于构建跨样本的细胞发育轨迹 | 首次提出基于GNN的模型来预测跨样本细胞发育轨迹,并开发了集成细胞分布和发育方向特征的可视化分析系统 | 未在摘要中明确说明 | 解决单细胞RNA测序分析中跨样本细胞发育轨迹构建的挑战 | 单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GNN | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 905 | 2026-02-11 |
Can LLMs Bridge Domain and Visualization? A Case Study on High-Dimension Data Visualization in Single-Cell Transcriptomics
2026-Jan, IEEE transactions on visualization and computer graphics
IF:4.7Q1
DOI:10.1109/TVCG.2025.3633869
PMID:41269823
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研究论文 | 本文探讨了使用大型语言模型分析领域文献中可视化使用情况的潜力,并以单细胞转录组学中的高维数据可视化为案例进行研究 | 提出了结合图像处理、传统NLP方法和LLM的人机协同工作流程,用于大规模分析领域文献中的可视化使用情况,并将领域特定术语转化为标准化的数据和任务抽象 | 研究仅针对单细胞转录组学领域的高维数据可视化,分析结果可能无法直接推广到其他领域 | 探索LLM在弥合可视化设计与领域特定使用之间差距方面的潜力 | 单细胞转录组学领域文献中的高维数据可视化 | 自然语言处理 | NA | 大型语言模型、图像处理、传统NLP方法 | LLM | 文本、图像 | 1,203篇论文,包含2,056个高维可视化 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 906 | 2026-02-11 |
Unveiling Endothelial Cell Expression Profiles in FEVR: Identification of Key Genes Associated With Pathological Neovascularisation in a FZD4M105V Mouse Model
2026 Jan-Feb, Clinical & experimental ophthalmology
DOI:10.1111/ceo.70011
PMID:41101757
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研究论文 | 本研究通过建立FZD4M105V小鼠模型,揭示了家族性渗出性玻璃体视网膜病变中内皮细胞的表达谱,并鉴定了与病理性新生血管相关的关键基因 | 首次利用CRISPR/Cas9技术构建FZD4M105V小鼠模型,并通过单细胞RNA测序揭示了病理性内皮细胞簇和尖端细胞的独特转录谱,鉴定了四个新的候选生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;单细胞测序样本量有限,可能未完全覆盖所有内皮细胞亚群 | 阐明家族性渗出性玻璃体视网膜病变中病理性新生血管的分子机制 | FZD4M105V突变小鼠的视网膜内皮细胞 | 数字病理学 | 视网膜血管疾病 | CRISPR/Cas9基因编辑、流式细胞分选、单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据、图像数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及小鼠模型和单细胞测序样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 907 | 2026-02-10 |
Aging-related Transcriptomic Changes with Spatial Resolution in the Human Prefrontal Cortex
2026-Jan-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.12.698703
PMID:41648412
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,在37名成年个体中分析了人前额叶皮层随年龄增长的转录组变化及其在不同皮层层次的差异 | 首次在人类前额叶皮层中,以空间分辨率(皮层层次特异性)系统地揭示了全生命周期范围内的年龄相关转录组变化,是目前该领域规模最大、最全面的空间转录组分析之一 | 研究基于死后脑组织样本,可能无法完全反映活体状态下的动态变化;样本量虽较大,但个体间的异质性可能影响结果的普适性 | 探究人前额叶皮层在衰老过程中转录组变化的时空特异性,以理解认知功能随年龄衰退的分子机制 | 人前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | 衰老相关疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 37名成年个体(覆盖全生命周期)的死后前额叶皮层样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 908 | 2026-02-10 |
Comprehensive analysis of key palmitoylation-modifying enzymes in clear cell renal cell carcinoma: implications for prognosis and therapy
2026-Jan-10, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04155-5
PMID:41519750
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,系统识别并验证了透明细胞肾细胞癌中关键的棕榈酰化修饰酶,探讨了其临床意义 | 首次在ccRCC中系统评估棕榈酰化修饰酶的作用,并利用PalmScore系统结合机器学习算法识别出诊断和预后关键基因 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验验证,且临床样本的异质性可能影响结果 | 系统识别ccRCC中关键的棕榈酰化修饰酶,并探索其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者数据及细胞系 | 生物信息学 | 肾癌 | 多组学数据分析,单细胞RNA测序,siRNA敲低实验 | 机器学习算法 | 基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA-KIRC和GEO数据集的ccRCC患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 909 | 2026-02-10 |
Differential expression analysis for spatially correlated data using smiDE
2026-Jan-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03867-1
PMID:41519776
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研究论文 | 本文提出了一种用于空间相关数据的差异表达分析方法,解决了空间转录组学中因分割错误和邻近细胞相关性导致的统计偏差问题 | 开发了smiDE方法,专门针对空间转录组数据中的分割误差和空间相关性进行校正,减少了假阳性发现 | NA | 改进空间转录组数据的差异表达分析,提高统计准确性 | 空间转录组数据中的细胞状态响应 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 910 | 2026-02-10 |
Mapping the secondary response to traumatic brain injury using spatial transcriptomics shows acute 4-aminopyridine treatment mitigates axonal and molecular pathology
2026-Jan-08, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02219-1
PMID:41508250
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,结合神经病理学分析,探讨了急性4-氨基吡啶治疗对创伤性脑损伤后轴突损伤和分子病理的缓解作用 | 首次将空间转录组学与临床导向的神经病理学相结合,全面分析创伤性脑损伤的次级损伤过程,并评估4-氨基吡啶作为急性治疗药物的潜力 | 研究仅使用小鼠模型,未涉及人类样本,且高剂量4-氨基吡啶可能诱发癫痫行为,限制了其临床应用 | 评估4-氨基吡啶作为急性创伤性脑损伤治疗药物,以减轻轴突损伤和促进活动依赖性修复 | 成年雄性和雌性小鼠的创伤性脑损伤模型,重点关注胼胝体轴突和皮质区域 | 空间转录组学 | 创伤性脑损伤 | 空间转录组学,免疫标记 | NA | 空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 成年雄性和雌性小鼠,具体数量未在摘要中明确说明 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 911 | 2026-02-10 |
Tight junction-high and CDH17-positive cell population is the source of colorectal cancer liver metastases
2026-Jan-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68169-3
PMID:41484106
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研究论文 | 本研究揭示了结直肠癌肝转移的细胞来源,发现IKKα缺失通过稳定紧密连接成分促进转移,并鉴定出CDH17⁺/CLDN2⁺上皮亚群在转移灶中的主导作用 | 意外发现IKKα缺失促进结直肠癌转移,并首次将紧密连接重塑驱动的CDH17⁺/CLDN2⁺上皮亚群确定为转移能力的来源 | 研究主要基于患者来源的类器官模型,体内验证和临床相关性需进一步探索 | 探究结直肠癌转移的细胞特征和驱动机制 | 结直肠癌患者来源的类器官、转移性病变组织 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学、组织染色 | NA | 转录组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 912 | 2026-02-10 |
Oxidative stress and GPX2 control pancreatic vs. non-pancreatic cell fate in human endoderm
2026-Jan-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68145-x
PMID:41484137
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研究论文 | 本研究揭示了氧化应激和GPX2在调控人类内胚层后前肠向胰腺与非胰腺细胞命运分化中的关键作用 | 首次发现谷胱甘肽过氧化物酶2(GPX2)通过调节氧化应激水平,决定人类后前肠细胞向胰腺或肝/肠谱系分化的命运选择 | 研究主要基于体外分化模型,体内生理环境中的验证尚需进一步研究 | 探究代谢产物在人类内胚层发育过程中细胞命运决定的作用机制 | 人类后前肠内胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 批量转录组测序, 单细胞转录组测序, 染色质可及性分析 | NA | 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 913 | 2026-02-10 |
A pan-cancer single cell landscape reveals heterogeneity and functional diversity of double-negative T cells
2026-Jan-03, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02548-8
PMID:41484771
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了双阴性T细胞在肿瘤微环境中的异质性和功能多样性 | 首次在泛癌水平构建了双阴性T细胞的单细胞图谱,识别了14个不同的亚群,并阐明了它们在肿瘤免疫治疗中的关键作用 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,功能验证仍需进一步实验支持,且样本来源和癌症类型可能存在偏差 | 探究双阴性T细胞在肿瘤微环境中的异质性、功能多样性及其对免疫治疗反应的影响 | 双阴性T细胞(DNT细胞),包括αβ DNT和γδ T细胞亚群 | 单细胞组学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫荧光、空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 2,369个样本,涵盖23种癌症类型,包含157,025个高质量DNT细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 914 | 2026-02-10 |
Multi-omics analysis reveals STING activation mediates NLRP3-related pyroptosis and exacerbates myocardial ischemia-reperfusion injury
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0341839
PMID:41650015
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了STING激活通过介导NLRP3相关的细胞焦亡,从而加剧心肌缺血再灌注损伤 | 首次整合转录组学、蛋白质组学和单细胞转录组学,系统阐明了STING-NLRP3轴在心肌缺血再灌注损伤中调控细胞焦亡的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,其在人类患者中的直接适用性仍需进一步临床验证 | 探究心肌缺血再灌注损伤中细胞焦亡的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 小鼠心肌缺血再灌注模型、人心肌细胞缺氧/复氧模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组学, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及小鼠模型和人心肌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 915 | 2026-02-10 |
A multifaceted analysis of OTUD5 integrated MAVS in innate immunity of Primary Biliary Cholangitis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0342306
PMID:41650163
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,揭示了OTU去泛素化酶5(OTUD5)与线粒体抗病毒信号蛋白(MAVS)在原发性胆汁性胆管炎(PBC)先天免疫中的相互作用机制 | 首次结合微阵列、scRNA-seq和蛋白质组学分析,在PBC患者中鉴定出OTUD5与MAVS在单核巨噬细胞亚群11中的过表达及其相互作用,并验证了OTUD5敲低对MAVS表达的抑制作用 | 样本量相对较小(16例PBC患者组织,10例健康对照),且主要基于外周血和细胞系研究,缺乏更深入的体内功能验证 | 探索OTUD5在PBC发病机制中的作用,并开发靶向治疗策略 | 原发性胆汁性胆管炎(PBC)患者的外周血样本、肝组织以及RAW264.7细胞系 | 数字病理学 | 原发性胆汁性胆管炎 | 微阵列、RT-qPCR、免疫荧光、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞转录组数据 | 16例PBC患者组织样本,10例健康对照组织样本,以及PBC患者和健康对照的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 916 | 2026-02-09 |
Integrated Transcriptomics Reveals Evolutionary Trajectories and Cell Density-Dependent Mechanisms in Aldosterone-Producing Adenomas
2026-Jan-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505410
PMID:41562146
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞/核与空间转录组学,揭示了醛固酮产生腺瘤(APAs)和微结节(APMs)的异质性、进化轨迹及细胞密度依赖性机制 | 首次利用整合单细胞/核和空间转录组学方法,揭示了APAs中两种不同的进化轨迹,并识别出KCNJ5突变APAs中的两种细胞状态,阐明了细胞密度如何通过TAZ激活调节铁死亡敏感性 | 研究主要基于转录组学数据,可能未涵盖所有分子机制;体外实验在人类肾上腺细胞中进行,但体内验证可能有限 | 探究醛固酮产生腺瘤和微结节在转录多样性、进化轨迹及细胞密度依赖性机制方面的病理发生 | 醛固酮产生腺瘤(APAs)和微结节(APMs),以及人类肾上腺细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞/核转录组学,空间转录组学 | NA | 转录组数据,空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 917 | 2026-02-09 |
Identifying Crucial Genes Associated with Pyroptosis in Lupus Nephritis
2026-Jan-16, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02402-5
PMID:41545631
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别狼疮性肾炎中与细胞焦亡相关的关键基因,并构建诊断模型 | 首次结合GEO数据库、WGCNA分析和单细胞RNA测序数据,系统性识别狼疮性肾炎中与细胞焦亡相关的关键基因GBP2和EIF2AK2,并通过细胞实验验证其功能 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,细胞实验验证仍需进一步在动物模型或临床样本中确认 | 识别狼疮性肾炎中与细胞焦亡相关的关键基因,探索其作为治疗靶点的潜力 | 狼疮性肾炎患者的肾小球、肾小管间质和全肾组织样本 | 生物信息学 | 狼疮性肾炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 细胞实验 | LASSO回归模型, 共识聚类, WGCNA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 来自GEO数据库的狼疮性肾炎患者组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 918 | 2026-02-07 |
Deciphering the cellular basis of heterosis in pigs through single-cell transcriptomics of growth axis-related tissues
2026-Jan-09, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12541-0
PMID:41514221
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 919 | 2026-02-09 |
Cross-dataset transcriptomic analyses identify a conserved ENPP2+ macrophage-fibroblast activation axis in hypertrophic cardiomyopathy
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag036
PMID:41642196
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研究论文 | 本研究通过跨数据集转录组分析,在肥厚型心肌病中鉴定了一个保守的ENPP2+巨噬细胞-成纤维细胞激活轴 | 首次通过整合最新的单核RNA测序和空间转录组数据集,揭示了ENPP2高表达的促炎巨噬细胞通过介导细胞间相互作用影响成纤维细胞激活,并发现其在不同遗传背景的HCM中具有普遍性 | 研究主要基于生物信息学分析和初步实验验证,需要更深入的体内外功能实验来证实机制 | 探究肥厚型心肌病中心肌纤维化的潜在调控机制 | 肥厚型心肌病患者的心脏组织样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | 多个HCM相关数据集(具体数量未明确说明) | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 920 | 2026-02-09 |
Sbno2-mediated tissue-resident alveolar macrophages: a novel therapeutic axis for sepsis-induced acute lung injury
2026-Jan-05, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02772-7
PMID:41491997
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研究论文 | 本研究揭示了表达Sbno2的组织驻留肺泡巨噬细胞在脓毒症诱导的急性肺损伤中促进肺泡上皮细胞再生和屏障功能修复的作用 | 首次发现Sbno2在组织驻留肺泡巨噬细胞中的关键作用,并证明重组Sbno2可作为治疗急性肺损伤的潜在靶点 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 探究脓毒症诱导的急性肺损伤的修复机制并寻找新的治疗靶点 | 组织驻留肺泡巨噬细胞和肺泡上皮细胞 | 单细胞组学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |