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当前共找到 2200 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 61 | 2026-09-21 |
Decoding the Role of H19 in Cholestatic Liver Injury Using snRNA-seq, Spatial Transcriptomics, and Machine Learning-Based Disease Prediction
2026-Jan-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8339668/v1
PMID:41646424
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研究论文 | 该研究利用单核RNA测序、空间转录组学和机器学习方法，揭示了长链非编码RNA H19在胆汁淤积性肝损伤（原发性硬化性胆管炎）中驱动致病性胆管细胞状态的作用机制 | 首次结合snRNA-seq和NanoString GeoMx空间转录组学解析H19在胆汁淤积性肝损伤中的细胞类型特异性和空间分辨机制；发现了疾病相关的胆管细胞亚群；利用多种机器学习模型构建了细胞类型特异性疾病预测特征，并在人类数据集GSE243981中验证AUC>0.87；发现了新的小鼠标志物Gm13775、Clu和Spp1；揭示了Spp1在胆管细胞中下调而在肝细胞中异位上调的细胞间信号网络紊乱 | 研究主要基于小鼠模型（Mdr2KO），虽然使用了公开人类数据集GSE243981进行验证，但样本量有限；H19作为治疗靶点的安全性和有效性仍需进一步临床试验验证 | 阐明H19在原发性硬化性胆管炎（PSC）进展中的细胞类型特异性和空间分辨机制，并开发基于机器学习的疾病预测模型 | 年龄和性别匹配的野生型（WT）、H19敲除（H19KO）、Mdr2敲除（Mdr2KO）和双敲除（DKO；Mdr2KO/H19KO）小鼠的肝脏组织，以及公开人类数据集GSE243981 | 数字病理学 | 肝癌 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学 | 逻辑回归、XGBoost、神经网络、随机森林 | 图像、文本 | 四组小鼠（WT、H19KO、Mdr2KO、DKO）的肝脏组织样本，以及公开人类数据集GSE243981 | NanoString | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NanoString GeoMx | NanoString GeoMx数字空间图谱（DSP）用于空间转录组分析，以及单核RNA测序（snRNA-seq）用于单细胞核转录组分析 |
| 62 | 2026-09-21 |
3D reconstruction of spatial transcriptomics with spatial pattern enhanced graph convolutional neural network
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699328
PMID:41648149
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研究论文 | 该文章提出了Spa3D，一种利用抗泄漏傅里叶变换和图卷积神经网络从多个2D空间转录组切片重建3D空间结构的方法 | 首次将抗泄漏傅里叶变换与图卷积神经网络结合，从多个2D SRT切片重建3D空间结构，并应用于空间域识别、细胞通讯、发育轨迹和3D空间轨迹注释 | 未明确提及 | 克服现有SRT分析仅依赖2D空间坐标的局限性，实现3D空间方式的空间域识别、空间变异基因、细胞间通讯和发育轨迹分析 | 空间转录组学数据，来自多种SRT技术平台的多个2D切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 63 | 2026-09-21 |
Defects in tissue-resident macrophages lead to smaller eardrums and abnormal neurovascular networks with increased middle-ear infection
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699360
PMID:41648196
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研究论文 | 本研究通过命运图谱、单细胞RNA测序和巨噬细胞清除技术，揭示了出生后鼓膜组织驻留巨噬细胞的异质性、起源及其对鼓膜发育和中耳感染防御的关键作用 | 首次揭示出生后鼓膜组织驻留巨噬细胞具有异质性，主要起源于胚胎期髓系谱系，并逐渐由出生后单核细胞祖细胞来源的细胞补充；单细胞RNA测序鉴定了对血管和神经发育至关重要的基因特征；证明清除组织驻留巨噬细胞会导致鼓膜变小、血管-神经网络紊乱及中耳感染风险增加 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究出生后鼓膜组织驻留巨噬细胞的起源、异质性及其在鼓膜发育和中耳感染防御中的作用 | 小鼠鼓膜组织驻留巨噬细胞及鼓膜发育过程 | 单细胞组学 | 中耳感染 | 单细胞RNA测序、命运图谱、巨噬细胞清除 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2026-09-21 |
Microbiome-Derived Metabolites Shape CD4+ T-Cell Differentiation and Immune Aging in Chronic HIV-1 Infection
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699280
PMID:41648363
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研究论文 | 本研究通过代谢组学和单细胞转录组学分析，揭示了肠道微生物来源的芳香族代谢物（尤其是对甲酚硫酸盐PCS）如何重塑HIV-1感染者CD4+ T细胞的代谢与功能状态，促进免疫衰老并与HIV-1储库持续存在相关 | 首次发现细胞结合型而非系统循环水平的芳香族肠道菌群代谢物与CD4+ T细胞代谢和功能状态广泛改变相关，并揭示PCS通过诱导细胞周期停滞、线粒体功能障碍和衰老程序（p16/p21上调）重塑CD4+ T细胞命运，将微生物组-免疫代谢轴与HIV-1储库持续性联系起来 | 摘要中未明确说明研究局限性，样本量未具体报告，机制研究主要围绕PCS单一代谢物展开，其他芳香族代谢物的具体作用机制尚未深入探讨，且体外实验与体内复杂微环境的差异有待进一步验证 | 探索芳香族肠道来源细菌代谢物（GDBMs）在塑造免疫细胞代谢和功能中的作用，特别是对HIV-1感染者CD4+ T细胞分化、代谢状态及免疫衰老的影响 | HIV-1感染者（PLWH）的血浆和CD4+ T细胞 | 免疫代谢组学、单细胞转录组学 | HIV-1感染、免疫衰老 | 代谢组学分析、流式细胞术、单细胞RNA测序、转录组学分析、蛋白质组学分析 | NA | 代谢组数据、单细胞转录组数据、流式细胞术数据、转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、代谢组学、转录组学、蛋白质组学 | NA | NA |
| 65 | 2026-09-21 |
MIF-mediated reprogramming of myeloid lineage within the glioma tumor microenvironment impacts the efficacy of immune stimulatory gene therapy
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699283
PMID:41648606
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序技术，分析了野生型IDH1和突变型IDH1胶质瘤中髓系细胞的异质性，揭示了MIF-CD74轴在调控胶质瘤免疫微环境中的关键作用，并探索了免疫刺激基因治疗联合MIF抑制的治疗潜力 | 首次揭示了mIDH1胶质瘤中单核细胞来源的肿瘤相关巨噬细胞（Mo-TAMs）显著减少及MIF表达降低与表观遗传重编程相关，并通过MIF和CD74敲除小鼠证明了MIF-CD74轴在胶质瘤免疫微环境调控及肿瘤生长中的核心作用，提出了免疫刺激基因治疗联合MIF抑制的新策略 | 摘要中未明确说明研究的具体局限性，如样本量、模型系统的局限性以及MIF抑制联合治疗在临床转化中的潜在挑战等 | 表征wtIDH1和mIDH1胶质瘤的细胞异质性，阐明髓系细胞在肿瘤进展和免疫调控中的机制，并探索靶向MIF-CD74通路的治疗潜力 | 野生型IDH1和突变型IDH1胶质瘤及其肿瘤微环境中的髓系细胞群体 | digital pathology | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2026-09-21 |
Tumor microenvironment differences between diagnostic and relapsed classic Hodgkin lymphoma revealed by scRNA-seq
2026-Jan-13, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2025017107
PMID:40924921
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较诊断时与复发时经典霍奇金淋巴瘤的肿瘤微环境差异，揭示了早期复发中富含的LGALS9阳性初始B细胞及其免疫抑制功能 | 首次发现早期复发经典霍奇金淋巴瘤中存在一群此前未被认识的galectin-9阳性初始B细胞，具有免疫调节潜能，并揭示其与HAVCR2阳性调节性T细胞及HRS细胞的空间邻近关系 | 样本量有限，需要在更大队列中进一步验证；机制研究主要基于转录组和空间分析，功能验证尚不充分 | 探究经典霍奇金淋巴瘤诊断与复发样本之间肿瘤微环境的差异，特别是非恶性B细胞在复发中的作用 | 配对诊断和复发的经典霍奇金淋巴瘤样本，包括早期复发、晚期复发和新诊断患者 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序，成像质谱流式细胞术，免疫组化 | NA | 图像，文本 | 配对诊断和复发经典霍奇金淋巴瘤样本，包含早期复发、晚期复发和新诊断队列，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序，成像质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 67 | 2026-09-21 |
NR4A1 limits CD8+ T Cell effector responses and protection in tuberculosis
2026-Jan-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8363336/v1
PMID:41646403
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研究论文 | 该研究通过基因敲除小鼠、过继转移模型及猕猴和人类数据验证，发现核受体NR4A1是结核病中CD8+ T细胞免疫的关键抑制因子，并揭示NR4A1-NKG7轴可作为宿主导向治疗靶点 | 首次鉴定NR4A1为结核病中CD8+ T细胞免疫的负调控因子，阐明NR4A1通过结合NKG7启动子抑制其表达从而限制CD8+ T细胞效应功能，并提出NR4A1-NKG7轴作为新型宿主导向治疗靶点 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究NR4A1在结核病CD8+ T细胞免疫应答中的调控作用及其作为治疗靶点的潜力 | 基因敲除小鼠、过继转移模型、猕猴及人类数据集 | 免疫学 | 结核病 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、空间分析、ChIP-qPCR、基因敲除、过继转移、药理学抑制 | 基因敲除小鼠模型、过继转移模型 | 基因表达数据、图像、文本 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2026-09-21 |
Maternal Trypanosoma cruzi infection is associated with significant placental remodeling regardless of vertical transmission
2026-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699142
PMID:41648170
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序、蛋白质组学和空间转录组学，评估了母体克氏锥虫感染是否改变胎盘微环境和全身生理，以及这些改变是否与先天性传播相关。 | 首次整合批量RNA测序、蛋白质组学和空间转录组学，揭示克氏锥虫感染无论传播状态如何均引起胎盘和外周血的深刻分子重塑；发现传播母亲具有独特的转录特征，富集炎症和组织重塑通路；外周血特征反映部分胎盘改变；炎症血清蛋白面板对传播风险具有预测潜力；提出从传播中心模型向感染驱动胎盘损伤病理谱的概念转变。 | 未明确说明样本量、具体平台配置等细节；摘要中未提及具体局限性。 | 评估克氏锥虫感染是否改变胎盘微环境和全身生理，以及这些改变是否与先天性传播相关，并探索预测传播风险的生物标志物。 | 感染克氏锥虫的孕妇及其胎盘和外周血样本。 | 数字病理学 | 恰加斯病 | 批量RNA测序, 蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 批量RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2026-09-21 |
NR4A1 limits CD8⁺ T Cell effector responses and protection in tuberculosis
2026-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.12.699051
PMID:41648508
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研究论文 | 该研究通过基因敲除小鼠、过继转移模型以及猕猴和人类数据集验证，发现核受体NR4A1是结核病中CD8⁺ T细胞免疫的关键抑制因子，并揭示NR4A1-NKG7轴可作为新的宿主导向治疗靶点 | 首次鉴定NR4A1作为结核病中CD8⁺ T细胞免疫的负调控因子，揭示了NR4A1-NKG7轴作为宿主导向治疗的新靶点，并结合小鼠模型、猕猴及人类数据集进行多物种验证 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究NR4A1在结核病CD8⁺ T细胞免疫调控中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 结核分枝杆菌感染的小鼠模型、猕猴及人类数据集中的CD8⁺ T细胞 | 免疫学 | 结核病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, ChIP-qPCR, 空间分析 | NA | 基因表达数据、图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-09-21 |
A technical comparison of spatial transcriptomics platforms across six cancer types
2026-Jan-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03937-y
PMID:41526977
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研究论文 | 该研究系统比较了五种商业空间转录组平台在六种癌症类型的FFPE肿瘤样本中的表现，评估了转录本和UMI检测、基因-组织学一致性、细胞类型恢复及空间多组学整合等多个维度 | 首次在相同FFPE肿瘤样本上同时使用基于测序和基于成像的平台进行直接技术比较；首次对Xenium Multi-Tissue（377基因）和Xenium Prime（5,000基因）进行同样本比较；整合Visium靶向蛋白数据与匹配RNA图谱，揭示广泛的RNA-蛋白解耦和空间异质性 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 系统基准测试五种商业空间转录组平台在FFPE临床肿瘤样本中的技术性能，为空间转录组社区提供协调数据集和技术参考 | 六种癌症类型的匹配FFPE人类肿瘤切片 | 空间转录组学 | 肺癌、前列腺癌、乳腺癌、结直肠癌、胰腺癌、黑色素瘤 | 空间转录组学、靶向蛋白检测、空间多组学 | NA | 图像、文本 | 六种癌症类型的匹配FFPE人类肿瘤切片 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学、空间多组学 | Visium v1, Visium v2/CytAssist, Visium HD, Xenium, CosMx | Visium v1使用10x Chromium单细胞3'试剂盒；Visium v2/CytAssist使用10x Chromium单细胞3'试剂盒和CytAssist仪器；Visium HD使用10x Chromium单细胞3'试剂盒；Xenium使用Xenium Multi-Tissue（377基因）和Xenium Prime（5,000基因）面板；CosMx使用CosMx空间分子成像仪；Visium v2靶向蛋白面板包含30种蛋白质 |
| 71 | 2026-09-21 |
Using Spatial Transcriptomics to Identify a Diagnostic Molecular Signature Associated with Reversible Dental Pulpitis
2026-Jan-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7955718/v1
PMID:41646399
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研究论文 | 该研究利用空间转录组学技术分析牙髓组织的转录组图谱，识别与可逆性牙髓炎相关的诊断分子特征，并提出超越传统可逆/不可逆分类的炎症亚型分类框架 | 首次将空间转录组学（Visium-CytAssist-V2）应用于牙髓炎研究，在空间背景下解析牙髓组织的转录组特征；发现临床诊断为不可逆牙髓炎的样本与可逆性牙髓炎共享分子特征（相似的免疫-成纤维细胞比例及TLR4和神经炎症通路激活）；提出免疫-成纤维细胞相互作用而非单纯巨噬细胞变化是影响牙髓炎进展的关键因素；鉴定出PTN和CXCL14上调及ENG、SELE、COL4A1、CXCL1、CXCL13下调可能指示残余愈合潜力 | 样本量较小，仅分析了四例牙髓组织；未提及验证队列或更大规模的独立验证；空间转录组学的分辨率可能不足以完全解析单细胞水平的分子异质性 | 研究牙髓炎的转录组图谱，识别炎症亚型，并改进超越传统可逆/不可逆框架的分类方法，以优化病例选择和维持牙齿活力 | 四例牙髓组织，包括健康牙髓（HL）、可逆性牙髓炎（RP）和不可逆牙髓炎（IP），特别关注邻近龋损的冠部区域 | 空间转录组学 | 牙髓炎 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 4例牙髓组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium CytAssist V2 |
| 72 | 2026-09-21 |
Aging-related Transcriptomic Changes with Spatial Resolution in the Human Prefrontal Cortex
2026-Jan-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.12.698703
PMID:41648412
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研究论文 | 本研究对37名成年个体的死后前额叶皮层进行全转录组空间转录组测序，绘制皮层分层并揭示各层衰老机制 | 这是目前规模最大、最全面的前额叶皮层全生命周期空间转录组分析之一，首次在空间分辨率下揭示衰老驱动的转录组变化在皮层各层之间的差异 | 样本为死后组织，无法动态追踪衰老过程；样本量相对有限，且可能受死后间隔及个体差异影响 | 探究人类前额叶皮层衰老驱动的转录组变化是否在不同皮层之间具有差异 | 37名覆盖成年全生命周期的个体死后前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | 衰老 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 37名个体的死后前额叶皮层组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 73 | 2026-09-21 |
Spatial transcriptomics reveals organizational properties of mouse spinal cord and alterations in neuropathic pain
2026-Jan-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.10.698734
PMID:41648549
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研究论文 | 该研究通过对成年小鼠脊髓进行空间分辨的单细胞转录组分析，揭示了脊髓中神经元亚型的空间和层状分布特征及其在神经病理性疼痛模型中的变化 | 首次构建了成年小鼠脊髓的空间分辨单细胞转录组图谱，揭示了神经元亚型的空间分布、轴向水平和性别特异性差异，以及背角神经元亚型的细胞间通讯模式，并识别了神经病理性疼痛模型中转录组和细胞间通讯改变的神经元亚型 | 研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类脊髓仍需进一步验证；空间转录组技术的分辨率可能限制了对某些细胞类型的精确分析 | 旨在揭示脊髓的组织逻辑，包括神经元亚型的空间分布、细胞间通讯模式，以及神经病理性疼痛中的改变 | 成年小鼠脊髓 | 空间转录组学 | 神经病理性疼痛 | 空间转录组学，单细胞转录组学 | NA | 空间转录组数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-09-21 |
The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion
2026-Jan-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68257-4
PMID:41519914
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解析小鼠肾上腺类固醇生成谱系的转录组，发现转录因子HHEX是维持糖皮质激素水平和保护肾上腺免受雄激素诱导脂质耗竭的关键调控因子 | 首次将HHEX鉴定为肾上腺糖皮质激素产生细胞中富集度最高的转录因子；揭示HHEX是雄激素受体（AR）的靶基因，通过抑制青春期女性转录程序塑造肾上腺的性别二态性；发现HHEX通过保护脂滴免受雄激素诱导的脂噬来维持zF胆固醇酯含量；揭示HHEX维持最内侧肾上腺皮质细胞亚群身份并通过调控Abcb1b（P-糖蛋白/MDR1）表达影响类固醇外排和外源物水平 | 研究主要基于小鼠遗传模型，尚未在人类肾上腺中验证HHEX的功能；对HHEX调控下游靶基因的具体分子机制探讨有限；性别差异的机制研究主要集中于雄性小鼠的糖皮质激素缺乏表型 | 解析肾上腺类固醇生成谱系的转录组，鉴定调控肾上腺糖皮质激素产生和出生后肾上腺成熟的关键转录因子及其分子机制 | 小鼠肾上腺皮质（特别是束状带zF）的类固醇生成细胞谱系，包括雄性和雌性小鼠 | 单细胞转录组学 | 内分泌疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Sf1-Cre; Rosa报告小鼠模型、Hhex基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-09-21 |
Unstressed cells are alike, but stressed cells differ: Environmental and single-cell heterogeneity in yeast stress responses
2026-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.12.642837
PMID:41542409
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研究论文 | 该研究利用高通量单细胞RNA测序技术，对约13,000个暴露于多种压力条件下的酵母细胞进行转录组分析，重新定义了细胞应激反应的识别标准，揭示了未受压力细胞相似而受压力细胞存在异质性的现象 | 首次将转座子元件注释与编码基因联合分析，在单细胞水平上重新定义了应激反应的概念，从最强的平均信号转向最能预测单个细胞是否经历应激的特征；发现了应激抑制程序（以核糖体相关基因为主）具有跨数据集稳定预测能力，而应激诱导程序高度条件特异性；揭示了应激细胞可分为追求经典应激程序和转向转座子转录的互斥亚群 | 研究仅基于酵母模型，结论是否适用于高等生物尚需验证；单细胞RNA测序可能存在技术噪音和dropout问题；转座子元件的注释和定量可能不够完整；未能直接证明不同应激响应亚群与生存结局之间的因果关系 | 重新定义细胞应激反应的识别标准，从单细胞水平理解应激反应的异质性，区分平均信号与单细胞水平信号之间的差异 | 酵母细胞（约13,000个暴露于多种压力条件的单细胞） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 约13,000个酵母单细胞，涵盖超过6,600个表达特征 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高通量单细胞RNA测序平台 |
| 76 | 2026-09-21 |
Single-cell RNA analysis reveals unexpected hemocyte plasticity and immune cell specialization in a Drosophila overgrowth model
2026-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.09.698745
PMID:41542540
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序技术分析了果蝇过度生长模型中的血细胞转录组多样性、谱系动态及免疫细胞特化特征 | 首次在果蝇过度生长模型中应用单细胞RNA测序解析近5万个血细胞，鉴定了17个转录上不同的血细胞簇，包括13个此前未识别的浆细胞亚型；发现了一个以Jonah家族丝氨酸蛋白酶高表达为标志的基质重塑浆细胞群体；通过拟时间分析揭示了浆细胞的可塑性和两种新的终末分化效应状态 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究先天免疫细胞如何适应慢性凋亡信号，解析果蝇肿瘤样过度生长条件下血细胞的转录多样性和谱系动态 | 携带不死性过度生长眼盘的果蝇幼虫的循环血细胞和组织驻留血细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 近50,000个循环和组织驻留血细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2026-09-21 |
A Transcriptional Atlas of Endothelial Cell Zonation Along the Pulmonary Vascular Tree
2026-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.17.654540
PMID:41542612
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序数据构建了肺血管树中内皮细胞沿血管连续体的转录组图谱，并开发了分析框架来划定转录组梯度并分配血管大小评分 | 开发了一个分析框架，利用扩散伪时间在所有肺内皮细胞中划定转录组梯度，并分配血管大小评分，从而将单个内皮细胞分类到血管连续体上；揭示了毛细血管内的动静脉极性，并成功应用于多个已发表的小鼠和人类数据集 | 研究基于P3小鼠肺，可能不完全代表其他发育阶段或人类情况；框架的普适性需要进一步验证 | 旨在全面绘制肺血管树中内皮细胞的转录组图谱，并开发分析框架以从scRNA-seq数据中进行空间推断和获得机制见解 | P3小鼠肺内皮细胞，以及多个已发表的小鼠和人类数据集 | 单细胞转录组学 | 肺血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 扩散伪时间 | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-09-21 |
Spatial Imbalance of Innate-like T-Cell Niches Underlies Clinical Trajectories in Psoriasis
2026-Jan-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020715
PMID:41596369
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研究论文 | 该研究通过空间转录组学和CITE-seq技术，揭示了银屑病炎症中γδT细胞和MAIT细胞龛的空间分布失衡及其与临床严重程度的关系 | 首次在银屑病中系统描绘了γδT和MAIT细胞龛的空间组织格局，发现两种先天性T细胞亚群在皮肤不同层次中的分布呈现明显分化，且其动态变化与临床严重程度呈相反关联模式 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 阐明银屑病炎症中先天性T细胞（iLTCs）的空间组织及组织相关程序，探索其与临床轨迹的关联 | 银屑病患者的皮肤组织和外周血样本 | 空间转录组学 | 银屑病 | 空间转录组学、CITE-seq | NA | 空间转录组数据、单细胞多组学数据、文本 | 多个独立队列的银屑病患者样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 空间转录组学、CITE-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-09-21 |
GLP-1 Targeting Agents Impair Chemoimmunotherapy Effectiveness in Triple-Negative Breast Cancer
2026-Jan-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8380296/v1
PMID:41542041
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研究论文 | 本文检测了GLP-1R在多种人类肿瘤中的表达，并重点分析三阴性乳腺癌中GLP-1暴露对肿瘤细胞和免疫细胞的影响及其对化疗免疫治疗疗效的削弱作用。 | 首次系统检测GLP-1R在多种人类肿瘤中的表达，并结合空间转录组学揭示GLP-1暴露重塑三阴性乳腺癌肿瘤微环境、促进恶性细胞间充质转化并破坏巨噬细胞炎症反应，同时提供临床证据表明GLP-1药物降低新辅助化疗的病理完全缓解率。 | 摘要未明确说明样本量及研究设计的局限性，缺乏对GLP-1R在其他肿瘤类型中作用的深入分析。 | 评估GLP-1R在人类肿瘤中的表达与活性，并探究GLP-1靶向药物对三阴性乳腺癌化疗免疫治疗效果的影响。 | 多种人类肿瘤类型，重点关注三阴性乳腺癌患者及肿瘤细胞和免疫细胞。 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2026-09-21 |
Stack: In-Context Learning of Single-Cell Biology
2026-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.09.698608
PMID:41542582
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研究论文 | 本文提出了Stack，一个基于1.49亿个统一预处理的人类单细胞训练的基础模型，利用表格注意力机制生成基于上下文的细胞表征，实现单细胞生物学的上下文学习 | 提出了首个基于表格注意力机制的单细胞基础模型，使细胞本身在推理时作为引导示例，实现无需数据特异性微调的上下文学习能力，并构建了首个跨越28种组织、40个细胞类别和201种扰动的人类全生物体扰动细胞图谱 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 开发一个能够利用上下文信息生成细胞表征的基础模型，实现单细胞生物学的通用上下文学习，并预测条件对目标细胞群体的影响 | 人类单细胞转录组数据，涵盖多种物种、疾病和生物条件下的细胞表型 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 基础模型（Foundation Model），表格注意力机制（Tabular Attention） | 表格数据（单细胞基因表达数据） | 1.49亿个统一预处理的人类单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |