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当前共找到 1234 篇文献,本页显示第 701 - 720 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
701 2026-01-19
iFish: a comprehensive multi-omics database for fish genetics, transcriptional regulation, and epigenetic research
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了iFish,一个全面整合鱼类多组学数据的数据库,涵盖基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据 首次构建了一个涵盖88种鱼类、整合多组学数据的综合数据库,包括大规模变异识别、转录调控网络构建和跨物种保守性分析 NA 为鱼类遗传学、转录调控和表观遗传学研究提供全面的数据资源和工具平台 88种鱼类 生物信息学 NA 全基因组测序、RNA-seq、单细胞RNA-seq、miRNA-seq、表观遗传学测序、蛋白质组学 NA 基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组数据 涵盖884个全基因组测序数据集、9797个批量RNA-seq数据集、293个单细胞RNA-seq数据集、840个miRNA-seq数据集、1563个表观遗传学测序数据集和50个蛋白质组学项目 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
702 2026-01-19
LnCeVar 2.0: an updated resource and web tools for genomic variations disrupting ceRNA networks from single-cell/spatial transcriptomics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了LnCeVar 2.0,一个更新的数据库和网络工具,用于研究通过单细胞和空间转录组学数据破坏ceRNA网络的基因组变异 更新了数据库,增加了更多实验支持的癌症生物标志物、ceRNA相互作用和SNV-ceRNA事件,整合了单细胞RNA测序和空间转录组学数据集,并提供了新的推断工具来分析SNV对细胞类型、状态和功能的影响 NA 促进高分辨率研究SNV-ceRNA网络,并增进对复杂疾病生态系统中调控机制的理解 基因组变异、ceRNA网络、单细胞和空间转录组学数据 生物信息学 癌症 单细胞RNA测序、空间转录组学RNA测序 NA 基因组变异数据、转录组学数据 覆盖102种疾病、临床治疗和正常组织的812个单细胞RNA测序/空间转录组学RNA测序数据集,涉及2,673,603个细胞/斑点 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
703 2026-01-19
RNAPaceDB: a dedicated database to dissect RNA velocity across diverse cell types
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了RNAPaceDB,一个专门用于解析不同细胞类型中RNA速度的数据库 整合了来自144个数据集的单细胞RNA测序数据,涵盖超过210万个细胞,并提供了基于六种计算模型生成的4380个速度流图,首次构建了一个专门用于探索跨细胞类型RNA速度模式的综合数据库 数据库依赖于现有公开数据集的质量和注释,且RNA速度计算模型的准确性可能影响结果的解读 构建一个综合数据库以解析RNA速度模式,促进对基因表达动态时间逻辑的理解 单细胞RNA测序数据中的细胞 生物信息学 多种疾病(涵盖41种疾病) 单细胞RNA测序 六种计算模型(未指定具体名称) 单细胞RNA测序数据 超过210万个细胞,来自144个数据集,涵盖81种细胞类型和41种疾病 NA 单细胞RNA-seq NA NA
704 2026-01-19
ViMIC 2.0: an updated database of human disease-related viral mutations, integration sites, and multi-omics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了ViMIC 2.0数据库的更新内容,该数据库整合了与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点和多组学数据 相较于前一版本,ViMIC 2.0显著扩展了数据规模(病毒类型从8种增至28种,病毒突变条目从31,712增至64,168,相关疾病从77种增至177种,文献从2,539篇增至6,433篇),并新增了单细胞转录组测序(scRNA-seq)和基因组结合/占据谱等数据类型,同时增强了可视化分析功能 NA 为病毒学研究社区提供一个用户友好、更新及时且维护良好的资源数据库 与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点及多组学数据 生物信息学 病毒相关疾病 单细胞转录组测序(scRNA-seq)、基因组结合/占据谱分析、ChIP-seq、ChIP-on-chip、ATAC-seq、甲基化分析 NA 多组学数据、序列数据、表达谱数据、甲基化数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 甲基化分析, ChIP-seq, ATAC-seq NA NA
705 2026-01-19
CGRP/TSP1 Signaling Dampens Corneal Inflammation and Fibrosis by Targeting A2M During Corneal Stromal Wound Healing
2026-Jan-05, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究探讨了血小板反应蛋白-1(TSP1)在角膜基质伤口愈合中的具体作用及其机制,揭示了CGRP/TSP1/A2M信号轴在调节炎症和纤维化中的关键角色 首次通过单细胞测序和转录组分析,确定了TSP1通过调控A2M表达来抑制角膜炎症和纤维化,并发现CGRP信号可诱导TSP1和A2M,为角膜修复提供了新的治疗靶点 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类患者数据仅作为验证,样本量有限,且未深入探讨CGRP/TSP1/A2M轴在其他类型角膜损伤中的普适性 研究TSP1在角膜基质伤口愈合中的作用及其分子机制 小鼠角膜基质损伤模型、人类端粒酶永生化角膜细胞、以及碱烧伤或真菌感染导致角膜瘢痕的患者样本 数字病理 角膜疾病 单细胞测序、bulk RNA测序 NA 基因表达数据、组织样本 野生型和Thbs1缺陷型小鼠模型、人类细胞系及患者样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
706 2026-01-05
Single-cell RNA sequencing unveils enhanced antitumor immunity in colorectal cancer with PD-1 blockade and LINC00673 deletion
2026-Jan-03, Biomarker research IF:9.5Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
707 2026-01-19
Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes
2026-Jan, Nature biotechnology IF:33.1Q1
研究论文 本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白,在批量及单细胞转录组学数据中准确快速检测病毒序列的方法,能够检测超过10万种RNA病毒物种 该方法不依赖参考基因组,通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率,首次实现单细胞水平上病毒存在与宿主基因表达的并行分析 方法主要针对RNA病毒检测,可能不适用于DNA病毒;在单细胞水平预测病毒存在仍需进一步验证 开发一种新型病毒检测方法,用于病毒多样性监测和病毒-疾病相关性研究 恒河猴外周血单个核细胞中的病毒序列 生物信息学 埃博拉病毒病 高通量测序,单细胞转录组学 NA 转录组测序数据 来自患有埃博拉病毒病的恒河猴的外周血单个核细胞数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
708 2026-01-19
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本研究利用小鼠精密肝切片(PCLS)这一三维组织培养系统,探究了白细胞介素-4(IL-4)在肝脏细胞重编程中的作用,并通过纵向单细胞转录组学和蛋白质水平验证,揭示了IL-4的促再生潜力 首次在保持肝脏复杂细胞相互作用的三维培养模型中,系统研究IL-4对肝脏细胞重编程的影响,并验证其在损伤肝脏组织中的促再生效果 研究基于小鼠模型,结果在人类肝脏中的适用性尚需进一步验证;三维培养系统虽能模拟体内环境,但仍与完整器官存在差异 探究IL-4在肝脏再生中的具体作用机制及其治疗潜力 小鼠精密肝切片(PCLS),包括正常和硫代乙酰胺诱导的肝坏死/纤维化模型 单细胞转录组学 肝坏死/肝纤维化 单核RNA测序,免疫组织化学染色,细胞内ATP检测 NA 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 8至10周龄C57BL/6小鼠的肝切片,培养5天,包括IL-4处理组和对照组 NA 单核RNA测序 NA NA
709 2026-01-19
Activation and Spatial Redistribution of RNA Splicing Factors Trigger Hepatic Regeneration
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本研究通过时空测序和单细胞RNA测序揭示了剪接因子在肝脏再生中的关键作用及其空间分布变化 首次结合时空测序和单细胞RNA测序技术,系统阐明了剪接因子在肝脏再生启动中的空间重塑和分子机制,并识别出HNRNPU作为关键因子 研究主要基于小鼠模型和类器官,人类样本验证相对有限,且具体信号通路细节有待进一步探索 探究肝脏再生启动的精确空间和分子变化,以开发肝病潜在治疗靶点 再生肝脏、肝细胞类器官(Hep-Orgs)、基因敲除小鼠模型 单细胞测序 肝病 时空测序、单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 未明确指定具体样本数量,涉及再生肝脏、类器官和小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
710 2026-01-19
Reduced Intestinal GLP-1+ Cell Numbers Are Associated With an Inflammation-related Epithelial Metabolic Signature
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本研究探讨了肠道内分泌细胞(特别是GLP-1+细胞)在肠道炎症中的作用,发现其在克罗恩病小鼠模型和患者中数量减少,并与炎症相关的代谢变化相关 首次系统性地在小鼠模型和人类克罗恩病患者中证实GLP-1+细胞数量在炎症部位减少,并揭示了其与线粒体功能障碍和代谢改变的因果关系 研究主要基于动物模型和体外器官培养,人类样本验证相对有限,且具体分子机制仍需进一步探索 探究肠道内分泌细胞(特别是GLP-1+细胞)在肠道炎症中的角色及其潜在机制 小鼠模型(包括白细胞介素-10缺陷小鼠和ClpPΔIEC小鼠)、人类克罗恩病患者肠道活检样本、以及小鼠和人类肠道类器官 数字病理 炎症性肠病 单细胞RNA测序、转录组分析、器官培养 NA RNA测序数据、转录数据 4种不同的小鼠炎症模型、克罗恩病患者黏膜活检的公开单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
711 2026-01-19
Molecular Landscape and Predictive Significance of Programmed Cell Death-Related Genes in Sepsis
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 本研究通过转录组数据分析,揭示了程序性细胞死亡相关基因在脓毒症中的分子景观和预测意义,并构建了诊断模型 结合WGCNA和机器学习算法识别脓毒症相关的枢纽基因和预后相关特征基因,并在单细胞RNA-seq水平验证了特征基因,强调了S100A9和KLHL3等基因在中性粒细胞中的关联 研究基于公共数据库的转录组数据,可能受样本异质性和数据质量限制,且未进行实验验证 阐明脓毒症的转录组变化,特别是程序性细胞死亡的作用,并识别潜在的诊断生物标志物 脓毒症患者和对照样本的转录组数据 生物信息学 脓毒症 转录组测序,单细胞RNA-seq 机器学习算法(八种) 转录组数据 从GEO网站提取的脓毒症和对照样本数据,具体数量未明确 NA 单细胞RNA-seq NA NA
712 2026-01-19
Integrated Single Cell Spatial Analysis Reveals Dysregulated Basal Progenitor Cells in Ulcerative Colitis Pathogenesis: A Multi Omics Study
2026-Jan, Health science reports IF:2.1Q3
研究论文 本研究通过整合单细胞空间分析,揭示了溃疡性结肠炎发病机制中基底祖细胞的空间失调及其在疾病进展中的作用 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习,系统解析了UC中基底祖细胞的空间动态和功能基因矩阵,特别是FABP1主导的调控网络 研究样本量有限,且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证和更深入的机制研究 探究溃疡性结肠炎中基底祖细胞的空间动态、功能角色及其在疾病进展中的作用 溃疡性结肠炎患者和健康对照的肠道组织样本 数字病理学 溃疡性结肠炎 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 机器学习模型 单细胞转录组数据, 空间表达数据 UC和健康样本的单细胞RNA测序数据 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
713 2026-01-18
Single-cell sequencing reveals that neutrophils mediate the inflammatory response in the placenta of women with GDM
2026-Jan-17, Journal of molecular histology IF:2.9Q3
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序数据揭示了妊娠期糖尿病(GDM)患者胎盘中中性粒细胞介导炎症反应的细胞机制 首次在单细胞分辨率下识别出GDM胎盘中促炎性中性粒细胞亚群(Neutrophil_1),并发现其通过精氨酸分解代谢和烟酸/烟酰胺代谢途径调控炎症功能 研究基于公共单细胞测序数据,缺乏实验验证;样本来源和临床信息可能受限 阐明GDM胎盘炎症反应的细胞机制 GDM患者和对照组的胎盘组织 数字病理学 妊娠期糖尿病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 伪时间轨迹分析 单细胞转录组数据 公共数据库中的GDM与对照组胎盘组织样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
714 2026-01-18
TNF superfamily member 14 drives post-influenza depletion of alveolar macrophages, enabling secondary pneumococcal pneumonia
2026-Jan-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本文揭示了TNF超家族成员14(TNFSF14)在流感后肺泡巨噬细胞耗竭中的关键作用,从而促进继发性肺炎链球菌肺炎的发生 首次结合单细胞转录组学和细胞特异性PCR分析,无偏地识别TNFSF14配体/受体轴作为流感后组织驻留肺泡巨噬细胞死亡的主要驱动因素 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且未详细探讨TNFSF14在其他病毒性肺炎中的作用 阐明流感后组织驻留肺泡巨噬细胞耗竭的分子机制,并确定潜在的治疗靶点以预防继发性细菌性肺炎 流感A病毒感染及与肺炎链球菌共感染的小鼠模型,以及严重病毒诱导急性呼吸窘迫综合征患者的支气管肺泡灌洗液 免疫学 肺炎 单细胞转录组学,细胞特异性PCR分析 NA 转录组数据,PCR数据 未明确指定样本数量,但涉及小鼠模型和患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
715 2026-01-18
Integrative spatial multi-omics reveal niche-specific inflammatory signaling and differentiation hierarchies in AML
2026-Jan-16, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过整合空间多组学技术,揭示了急性髓系白血病(AML)在骨髓和髓外组织中的微环境特异性炎症信号和分化层次 开发了基于Visium的空间转录组学工作流程,结合GeoMX数字空间分析和Opal多重荧光免疫组化,首次系统性地描绘了AML在骨髓和髓外组织中的空间生物学特征 研究样本可能有限,未明确提及样本数量,且技术方法可能受限于空间分辨率或组织复杂性 探索AML在骨髓和髓外微环境中的空间组织、细胞间通讯和分化层次 急性髓系白血病(AML)患者的骨髓和髓外组织样本 数字病理学 白血病 空间转录组学、数字空间分析、多重荧光免疫组化 NA 空间转录组数据、免疫组化图像 NA 10x Genomics, NanoString 空间转录组学, 数字空间分析 10x Visium, GeoMX Visium-based spatial transcriptomics, GeoMX digital spatial profiling
716 2026-01-18
SLC39A10 drives M2 macrophage polarization and gastric cancer progression through the MAPK14(p38α) pathway
2026-Jan-16, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本研究揭示了锌转运蛋白SLC39A10通过激活MAPK14(p38α)通路驱动M2型巨噬细胞极化,从而促进胃癌进展的机制 首次在单细胞水平阐明SLC39A10通过MAPK14通路调控肿瘤细胞与巨噬细胞亚群间通讯,并鉴定出SLC39A10-MAPK14-M2巨噬细胞调控轴 未明确SLC39A10在其它免疫细胞亚群中的作用,且体内验证实验有待进一步完善 探究SLC39A10在胃癌微环境中对细胞亚群特异性调控机制及其对肿瘤进展的影响 胃癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)及其构成的肿瘤微环境 单细胞组学 胃癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
717 2026-01-18
Evaluating the toxicological effects of PET-MPs exposure on atherosclerosis through integrated network toxicology analysis and experimental validation
2026-Jan-16, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
研究论文 本研究结合生物信息学分析和实验验证,初步探索了PET微塑料暴露通过促进炎症反应加剧动脉粥样硬化的潜在毒理学机制 首次通过整合网络毒理学分析、单细胞RNA测序数据、分子对接和细胞实验,系统评估PET微塑料对动脉粥样硬化的毒性作用机制 研究主要基于生物信息学预测和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证,且PET-MPs的具体暴露剂量和长期效应尚需进一步研究 探究聚乙烯对苯二甲酸酯微塑料(PET-MPs)暴露导致动脉粥样硬化的毒理学机制 PET-MPs的毒性靶点、动脉粥样硬化相关基因、单细胞RNA测序数据、核心靶蛋白(CCL5、CTSB、PPARG、TNF) 生物信息学 心血管疾病 RNA-seq、单细胞RNA测序、分子对接、PCR、kit检测 网络毒理学分析、蛋白-蛋白互作网络 基因表达数据、单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq NA NA
718 2026-01-18
Single-cell profiling of immunogenic cell death in melanoma reveals prognostic signatures and therapeutic targets
2026-Jan-16, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过整合批量转录组数据和单细胞RNA测序数据,在黑色素瘤中研究了免疫原性细胞死亡的作用,并开发了一个基于ICD的预后模型 首次在黑色素瘤中整合批量与单细胞数据系统研究ICD,识别出MYO10作为ICD特征中的关键基因和潜在治疗靶点,并构建了具有优越预后能力的ICDRS评分模型 研究依赖于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床队列验证ICDRS的预测效能和MYO10靶向治疗的可行性 研究免疫原性细胞死在黑色素瘤中的作用,开发预后模型并探索其临床相关性 皮肤黑色素瘤 数字病理学 黑色素瘤 单细胞RNA测序,批量转录组测序 机器学习算法 转录组数据,单细胞数据 数据来源于TCGA、GEO数据库(批量数据)和GSE215120(单细胞数据),具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
719 2026-01-18
Unraveling the VEGF-ETS1 axis: a transcriptomic and single-cell analysis of angiogenesis in endometriosis
2026-Jan-16, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2
研究论文 本研究通过转录组和单细胞分析揭示了VEGF-ETS1轴在子宫内膜异位症病理性血管生成中的核心作用 首次通过整合批量转录组和单细胞RNA测序数据,识别ETS1作为子宫内膜异位症血管生成的关键转录调控因子,并阐明其与VEGF信号通路的相互作用机制 研究主要基于转录组数据,缺乏直接的体内功能验证实验;样本来源和数量可能限制结论的普适性 探究子宫内膜异位症中病理性血管重塑的转录机制 子宫内膜异位症病变组织,特别是卵巢子宫内膜异位囊肿 数字病理学 子宫内膜异位症 单细胞RNA测序,转录组分析 NA 转录组数据,单细胞RNA测序数据 三个独立转录组数据集和两个验证队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
720 2026-01-18
Confidence-Based Batch Ordering in Continual Learning: A Curriculum Learning Approach for Single-Cell RNA Sequencing Data
2026-Jan-16, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 本研究提出了一种基于置信度的批次排序策略,用于持续学习算法,以优化单细胞RNA测序数据的训练过程 引入置信度估计来优先处理训练样本,通过按置信度升序排列批次,提高了分类性能,这在持续学习中是一个被忽视但关键的优化方向 研究主要针对单细胞RNA测序数据,未扩展到其他领域,且自适应置信度指标有待未来探索 优化持续学习算法在数据密集型任务中的训练效率,通过批次排序提升模型泛化能力和鲁棒性 单细胞RNA测序数据,包括来自不同来源和测序协议的异质数据集 机器学习 NA 单细胞RNA测序 持续学习算法 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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