本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2026-06-04 |
SCITO-seq2: ultra-high-throughput single-cell transcriptome and epitope sequencing
2026-Jan-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03954-x
PMID:41593779
|
研究论文 | 介绍SCITO-seq2,一种超高通量单细胞转录组与表位测序技术 | 结合探针基础RNA检测与超高通量蛋白分析,共享池条形码策略确保多液滴分子图谱精准匹配 | 未在摘要中明确提及 | 开发可扩展、高效、经济的下一代单细胞多组学工作流程 | 自身免疫疾病患者样本,包括儿童系统性红斑狼疮和CTLA4单倍体不足伴自身免疫浸润 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序,表位测序 | NA | 单细胞转录组及蛋白数据 | 超过100,000个细胞 | NA | 单细胞多组学 | SCITO-seq2 | SCITO-seq2技术,整合探针RNA检测和超高通量蛋白分析,使用共享池条形码策略 |
| 482 | 2026-06-04 |
Deciphering stromal cell interactions in osteosarcoma highlights CDKN2A and MMP14 as novel diagnostic and therapeutic biomarkers
2026-Jan-27, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-026-03902-2
PMID:41593799
|
研究论文 | 通过单细胞和转录组分析解析骨肉瘤基质细胞相互作用,发现CDKN2A和MMP14作为新型诊断和治疗生物标志物 | 首次整合单细胞RNA测序和转录组数据,利用高维WGCNA和CellChat分析解析骨肉瘤基质细胞网络,并筛选出CDKN2A和MMP14作为潜在诊断和治疗靶点,同时预测白藜芦醇能稳定结合MMP14 | 依赖公开数据集,缺乏大规模临床样本验证;体外实验限于细胞系,未进行体内动物模型验证 | 揭示骨肉瘤基质细胞相互作用网络,识别新型诊断标志物和治疗靶点 | 骨肉瘤基质细胞、巨噬细胞等其他细胞亚群 | 机器学习和数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | Seurat, CellChat, hdWGCNA, DESeq2 | 单细胞转录组数据、转录组数据 | 公开数据集的样本量未具体说明,但包含来自GEO的数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 483 | 2026-06-04 |
Analysis of cranial tenocyte heterogeneity reveals a role for Wnt signaling in tendon attachments
2026-Jan-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205047
PMID:41582829
|
研究论文 | 通过斑马鱼胚胎头部结缔组织的单细胞RNA测序,揭示肌腱细胞和韧带细胞在发育过程中的异质性,并发现Wnt信号在肌腱附着中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序识别出发育中肌腱细胞和韧带细胞的不同亚群,揭示了肌腱细胞在空间和功能上的异质性,并明确了经典Wnt信号通路在肌腱附着模式形成中的新作用 | 主要基于斑马鱼模型,可能无法完全代表人类肌腱发育;仅聚焦于胚胎阶段,未涉及成年或老化过程 | 探究肌腱和韧带发育过程中细胞异质性的遗传机制,以及Wnt信号在肌腱附着中的作用 | 斑马鱼胚胎头部的结缔组织,包括发育中的肌腱细胞和韧带细胞 | 单细胞生物学 | 肌腱损伤及年龄相关退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎头部结缔组织样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 484 | 2026-06-04 |
Single-Cell Transcriptomic Landscape of Cervical Cancer Cell Lines Before and After Chemoradiotherapy
2026-Jan-08, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15020115
PMID:41597190
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析宫颈癌细胞系在放化疗前后的转录组景观,揭示化疗耐药机制 | 首次建立来自同一宫颈癌患者在放疗前后的等基因原代细胞系对(AdMer35和AdMer43),并进行单细胞转录组比较分析,揭示了多层面细胞适应性在化疗耐药中的作用 | 仅基于一对患者来源的细胞系,样本量有限,需在更多样本和临床队列中验证 | 阐明宫颈癌化疗耐药的细胞和分子机制 | 一对等基因的原代宫颈癌细胞系(AdMer35和AdMer43),分别来自同一鳞状细胞癌患者放疗前后的组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 一对细胞系(AdMer35和AdMer43),来自一名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 485 | 2026-06-04 |
IPO9 Promotes Ovarian Cancer Progression by Suppressing HMOX1-Dependent Ferroptosis
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/8545131
PMID:41584724
|
研究论文 | 该研究整合多组学数据,发现MALAT1上皮细胞是卵巢癌核心细胞亚群,并揭示IPO9通过抑制HMOX1依赖性铁死亡促进肿瘤进展 | 首次将单细胞RNA测序、scPagwas、BayesPrism和WGCNA相结合,鉴定出MALAT1上皮细胞作为卵巢癌免疫抑制的关键驱动亚群,并发现IPO9作为治疗靶点调控铁死亡机制 | 未说明具体限制 | 探索卵巢癌的新型治疗靶点及免疫微环境动态 | 卵巢癌细胞、MALAT1上皮细胞亚群、IPO9基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | 基因表达数据, 突变数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 486 | 2026-06-04 |
Tissue-resident macrophage and dendritic cells drive type I IFN immunity to enteroviruses in the liver
2026-Jan, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013891
PMID:41592119
|
研究论文 | 该研究结合小鼠模型和单细胞RNA测序揭示了库普弗细胞和树突状细胞在肝脏中驱动I型干扰素免疫应答以抵抗埃可病毒感染的细胞类型特异性机制 | 首次利用单细胞RNA测序在体内模型中准确定位了埃可病毒感染的肝细胞类型,并揭示了库普弗细胞和树突状细胞是早期I型干扰素应答的主要驱动者,而非肝细胞自身 | 该研究主要在转基因小鼠模型中进行,可能不完全反映人类新生儿的免疫反应;另外,I型干扰素对肝细胞的保护作用机制尚需进一步验证 | 阐明在埃可病毒感染肝脏过程中,不同类型固有免疫细胞对I型和III型干扰素抗病毒信号启动的相对贡献 | 表达人类新生儿Fc受体(hFcRn)且缺乏Ifnar1、Ifnlr1或两者的小鼠模型,以及肝细胞特异性Ifnar1基因敲除小鼠 | NA | 埃可病毒感染相关肝衰竭 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种基因敲除小鼠模型(具体样本量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 487 | 2026-06-03 |
Parthenolide Alleviates Peritoneal Fibrosis by Blocking Smad2/3 Phosphorylation via Smad Anchor for Receptor Activation
2026-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503305R
PMID:41546557
|
研究论文 | 该研究探讨了小白菊内酯通过阻断Smad2/3磷酸化来减轻腹膜纤维化的机制 | 首次发现SARA作为Smad2/3的适配蛋白在PD相关腹膜纤维化中的作用,并揭示PTL通过直接结合SARA的Pro788和Ser795位点,阻断SARA与Smad3的相互作用,从而改善MMT并减轻纤维化 | NA | 阐明小白菊内酯减轻腹膜纤维化的分子机制,特别是其与SARA的关系 | 单细胞测序数据、长期留置PD液样本、PD小鼠、TGF-β1诱导的MMT模型、CRISPR/Cas9敲除SARA基因的MeT-5A细胞和HMrSV5细胞 | 分子生物学 | 腹膜纤维化 | 单细胞测序、CRISPR/Cas9基因敲除、免疫共沉淀、分子对接、PTL-生物素下拉实验 | NA | 单细胞测序数据 | 长期留置PD液样本、PD小鼠模型、细胞系样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 488 | 2026-06-03 |
Single nuclei and spatial profiling of sacrococcygeal teratomas reveals cellular composition and X inactivation heterogeneity
2026-Jan-21, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01262-4
PMID:41565739
|
研究论文 | 通过单细胞核RNA测序和空间转录组学分析骶尾部畸胎瘤的细胞组成及X染色体失活异质性 | 首次揭示X染色体失活状态与SCT细胞身份之间的关联,发现双等位基因X染色体激活可能导致女性肿瘤细胞的生存优势,从而解释女性发病率更高的性别偏差现象 | 未检测到被认为起源于SCT的多能细胞群体,且样本量较小(仅8例肿瘤) | 探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层及性别偏差机制 | 8例骶尾部畸胎瘤(包括6例产后肿瘤和2例产前肿瘤) | 数字病理学 | 骶尾部畸胎瘤 | 单细胞核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA序列数据, 空间基因表达数据 | 8例肿瘤样本(1男5女产后,2女产前) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞核RNA测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 489 | 2026-06-03 |
Single-cell sequencing reveals that neutrophils mediate the inflammatory response in the placenta of women with GDM
2026-Jan-17, Journal of molecular histology
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s10735-025-10707-w
PMID:41546731
|
研究论文 | 利用单细胞测序揭示中性粒细胞在GDM胎盘炎症反应中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序构建GDM胎盘细胞图谱,鉴定出Neutrophil_1为促炎性亚群并阐明其分化路径与代谢调控机制 | 基于公共数据可能受批次效应影响,缺乏功能性验证实验 | 阐明妊娠期糖尿病(GDM)胎盘炎症的细胞机制 | GDM患者和对照组的胎盘组织细胞 | 单细胞组学 | 妊娠期糖尿病 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 公共数据库中的GDM和对照胎盘组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 490 | 2026-06-03 |
A dual-action core-shell microneedle system restores mitochondrial function and accelerates healing in diabetic wounds
2026-Jan-17, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04048-3
PMID:41547872
|
研究论文 | 开发了一种双重作用核壳微针系统,通过恢复线粒体功能加速糖尿病伤口愈合 | 首次利用单细胞RNA测序鉴定VDAC1为糖尿病伤口的关键内皮靶点,并设计核壳微针系统实现活性氧响应性抗氧化和持续抑制VDAC1寡聚化的序贯治疗 | 未提及 | 开发一种序贯递送平台,通过恢复线粒体功能促进糖尿病伤口愈合 | 糖尿病小鼠和糖尿病猪模型 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 糖尿病小鼠模型和糖尿病猪模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 491 | 2026-06-03 |
Tissue-specific and sex-biased glycoproteomic landscape of Schistosoma mansoni
2026-Jan-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68400-9
PMID:41545360
|
研究论文 | 该研究对曼氏血吸虫成年雄性和雌性进行了N-和O-糖蛋白组及完整糖肽分析,并结合单细胞转录组学揭示了组织特异性和性别偏倚的糖基化模式 | 首次建立曼氏血吸虫的组织特异性和性别偏倚糖蛋白组图谱,发现未分类聚糖和己糖醛酸修饰,并通过RNAi靶向糖基转移酶证明糖基化对寄生虫生存力的重要影响 | NA | 揭示曼氏血吸虫的糖蛋白组特征,为基于聚糖和糖蛋白的血吸虫病控制策略提供基础资源 | 曼氏血吸虫成年雄性和雌性 | 数字病理学 | 血吸虫病 | 糖蛋白组学,单细胞转录组学,RNAi | NA | 糖肽数据,单细胞转录组数据 | 成年曼氏血吸虫雄性和雌性样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 492 | 2026-06-03 |
Identifying Crucial Genes Associated with Pyroptosis in Lupus Nephritis
2026-Jan-16, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02402-5
PMID:41545631
|
研究论文 | 利用GEO数据库数据集鉴定狼疮肾炎中与细胞焦亡相关的关键基因,并构建预测模型及验证GBP2和EIF2AK2作为潜在治疗靶点的作用 | 首次通过整合WGCNA和单细胞RNA测序数据,鉴定GBP2和EIF2AK2为狼疮肾炎中与细胞焦亡相关的枢纽基因,并验证其可作为治疗靶点 | 摘要未明确提及研究局限性 | 鉴定狼疮肾炎中与细胞焦亡相关的关键基因,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 狼疮肾炎患者的肾小球、肾小管间质及全肾组织 | 机器学习 | 狼疮肾炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 基于GEO数据库数据集,具体样本数未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 493 | 2026-06-03 |
Targeting the CCL7-STAT1 axis attenuates microglial neurotoxicity and photoreceptor degeneration in retinitis pigmentosa
2026-Jan-16, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03692-8
PMID:41545890
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定CCL7-STAT1轴在视网膜色素变性中介导小胶质细胞神经毒性和感光细胞退化的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序在rd10小鼠模型中识别出CCL7hi小胶质细胞亚群,并揭示CCL7-STAT1轴作为自我放大炎症级联反应的关键调控因子 | 主要基于小鼠模型,人类RP中的机制验证及临床转化可行性尚需进一步研究 | 阐明小胶质细胞介导的神经炎症在视网膜色素变性进展中的分子机制 | rd10小鼠模型的视网膜小胶质细胞 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | rd10小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 494 | 2026-06-03 |
Decoding the Role of H19 in Cholestatic Liver Injury Using snRNA-seq, Spatial Transcriptomics, and Machine Learning-Based Disease Prediction
2026-Jan-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8339668/v1
PMID:41646424
|
研究论文 | 利用snRNA-seq、空间转录组学和基于机器学习的疾病预测,解码H19在胆汁淤积性肝损伤中的作用 | 首次结合单核RNA测序和NanoString GeoMx空间转录组学,揭示长链非编码RNA H19在胆汁淤积性肝损伤中的细胞类型特异性和空间解析机制,并开发了基于机器学习的细胞类型特异性疾病预测模型 | 研究基于小鼠模型,结果向人类转化需进一步验证;机器学习模型在人类数据集中的验证样本量有限 | 阐明H19在原发性硬化性胆管炎(PSC)进展中的细胞类型特异性和空间解析机制 | 年龄和性别匹配的野生型、H19敲除、Mdr2敲除和双敲除(Mdr2/H19敲除)小鼠的肝组织 | 机器学习 | 胆汁淤积性肝病(原发性硬化性胆管炎) | 单核RNA测序(snRNA-seq),NanoString GeoMx空间转录组学 | 逻辑回归、XGBoost、神经网络、随机森林 | 基因表达数据 | 年龄和性别匹配的小鼠,具体数量未给出 | NanoString | 空间转录组学,单核RNA-seq | NanoString GeoMx | NanoString GeoMx空间转录组学用于组织切片分析 |
| 495 | 2026-06-03 |
Acute wood smoke exposure is associated with cell-specific hippocampal transcriptomic responses in an accelerated ovarian failure mouse model
2026-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.12.699079
PMID:41648121
|
research paper | 本研究使用急性木烟暴露加速卵巢功能衰竭的小鼠模型,探讨了围绝经期样激素状态如何影响海马体对空气污染的转录组反应 | 首次利用空间转录组学技术,在细胞类型分辨率下揭示了木烟暴露与卵巢激素下降联合作用下的海马体转录组变化 | NA | 探讨围绝经期样激素状态是否放大海马体对急性木烟暴露的反应 | 雌性C57BL/6小鼠的海马体组织切片 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 每组4个组织切片 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium 空间转录组学平台 |
| 496 | 2026-06-03 |
Sex in Immune Cells and Parasitic Diseases - A Complex Relationship
2026-Jan, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70097
PMID:41546136
|
综述 | 综述了免疫细胞中性别差异对寄生性疾病影响的研究现状 | 结合经典免疫学与单细胞转录组学,揭示激素和染色体因素驱动先天性和适应性免疫细胞性别差异的新机制 | 许多寄生性疾病研究仍缺乏按性别分列的数据或应用最新免疫学分析 | 探讨免疫细胞性别差异对寄生性疾病的影响及其机制 | 免疫细胞(先天性和适应性)及寄生性疾病(利什曼病、恰加斯病、阿米巴病、血吸虫病、疟疾) | 数字病理学 | 寄生性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 497 | 2026-06-03 |
Single-cell Profiling Reveals Cooperative Participation of SPP1+ Myeloid and POSTN+ Fibroblast Subsets in Inflammation and Remodeling in Thoracic Aortic Aneurysm
2026, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.124136
PMID:41938519
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序整合分析,揭示了SPP1+髓系细胞与POSTN+成纤维细胞亚群在胸主动脉瘤炎症和重塑中的协同参与 | 首次构建人胸主动脉瘤与健康主动脉的综合单细胞图谱,发现SPP1和MK信号介导的髓系-成纤维细胞互作驱动TAA发病机制,并通过多重免疫荧光和空间转录组学验证 | 论文未明确提及局限性 | 阐明胸主动脉瘤中细胞互作机制,确定潜在治疗靶点 | 人胸主动脉瘤组织和健康主动脉组织 | 机器学期 | 胸主动脉瘤 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,图像 | 8例TAA和8例健康主动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 498 | 2026-06-03 |
Integrative Multi-Omics and Single-Cell Analysis Reveal THOC3 and THOC7 as Oncogenic RNA Processing Regulators in Lung Adenocarcinoma
2026, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.128975
PMID:41938520
|
研究论文 | 通过整合多组学和单细胞分析,揭示THOC3和THOC7在肺腺癌中的致癌性RNA加工调控作用 | 首次系统性评估THO复合体亚基在肺腺癌中的临床和生物学意义,并优先识别THOC3和THOC7作为可重复的侵袭性表型分子标志物,结合批量转录组、单细胞RNA测序、表观遗传和免疫图谱等多维度分析 | 未提供明确的局限性信息 | 评估THOC3和THOC7在肺腺癌中的临床和生物学相关性 | 肺腺癌患者样本及公共数据集 | 机器学习 | 肺癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 甲基化测序 | NA | 转录组, 单细胞转录组, 表观遗传数据 | TCGA、GTEx和GEO多个独立队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 499 | 2026-06-03 |
KDM5C-regulated SIX5 promotes glioblastoma progression through transcriptional activation of UBE2C and enhancement of the Warburg effect
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1788510
PMID:41939887
|
研究论文 | 本研究系统揭示了KDM5C调控的转录因子SIX5通过激活UBE2C表达和增强Warburg效应促进胶质母细胞瘤进展的分子机制 | 首次阐明SIX5在胶质母细胞瘤中的致癌作用及KDM5C-SIX5-UBE2C调控轴的完整信号通路,并揭示其对有氧糖酵解(Warburg效应)的调控机制 | 未提及具体局限性 | 探究SIX5在胶质母细胞瘤中的生物学功能及其上游调控因子和下游靶基因的分子调控网络 | 胶质母细胞瘤细胞系U87和U251,以及临床样本数据集 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 慢病毒转染, 基因敲降/过表达, 异种移植 | LASSO回归 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 多个数据集:GSE4290和GSE50161(具体样本量未提供),TCGA和UALCAN数据库,以及U87和U251细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 500 | 2026-06-03 |
Multi-omics integration identifies ARID1B linking cuproptosis-immune crosstalk with atherosclerotic plaque progression
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1795872
PMID:42227004
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |