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当前共找到 1426 篇文献,本页显示第 461 - 480 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
461 2026-02-17
scIRT: Imputation and Dimensionality Reduction for Single-Cell RNA-Seq Data by Combining NMF with SMOTE
2026-Jan-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本文提出了一种名为scIRT的迭代插补流程,结合SMOTE和NMF技术,用于单细胞RNA测序数据的插补和降维 通过结合合成少数类过采样技术(SMOTE)和非负矩阵分解(NMF),同时实现数据插补和降维,提高了单细胞RNA测序数据的处理性能 NA 开发一种预处理工具,以改善单细胞RNA测序数据的质量,便于下游分析如细胞类型聚类和可视化 单细胞RNA测序数据 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NMF, SMOTE 基因表达矩阵 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
462 2026-02-17
Dynamic single-cell transcriptomics reveals lsamp-guided neural network formation in male S. japonicum driving female reproduction
2026-Jan-22, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学揭示了日本血吸虫雄性个体中lsamp基因引导的神经网络形成如何驱动雌性生殖成熟 首次构建了日本血吸虫高分辨率单细胞转录组图谱,发现雄性特异性N4.3神经元亚型及其关键基因lsamp在神经网络形成和雌雄互作中的作用 研究主要基于转录组数据,功能验证可能有限,且样本仅涵盖四个发育阶段 探究血吸虫雌雄配对过程中细胞动态和神经调控机制 日本血吸虫(Schistosoma japonicum)雄性和雌性个体 单细胞转录组学 血吸虫病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 104,671个细胞,来自雄性和雌性日本血吸虫的四个发育阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
463 2026-02-17
Evaluating deconvolution methods using real bulk RNA-expression data for robust prognostic insights across cancer types
2026-Jan-21, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本研究提出了一种基于真实批量RNA表达数据的新框架,用于评估五种去卷积方法,并识别出ReCIDE和BayesPrism作为稳健方法,同时发现基质癌症相关成纤维细胞(mCAF)作为跨多种癌症的预后标志物 引入了一个新颖的真实数据框架,利用18个真实批量RNA表达队列来评估去卷积方法,并基于三种创新基准场景(与scRNA-seq的一致性、跨队列可重复性、预后相关性可重复性)进行验证 传统伪批量基准在真实世界设置中可能不可靠,因为绝对细胞比例未知 评估去卷积方法在真实批量RNA表达数据中的性能,以提供精准肿瘤学的可操作工具并指导转化研究中的方法选择 18个真实批量RNA表达队列(5,891个样本)涵盖九种癌症类型,以及TCGA和GEO队列 自然语言处理 肺癌 批量RNA测序,单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA表达数据 5,891个样本 NA 批量RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
464 2026-02-17
CCL14, identified by multi-omics approach, serves as a novel indicator of disease severity and progression in lymphangioleiomyomatosis
2026-Jan-20, Orphanet journal of rare diseases IF:3.4Q2
研究论文 本研究通过多组学方法鉴定出CCL14是淋巴管平滑肌瘤病(LAM)疾病严重程度和进展的新型生物标志物 首次通过整合血浆蛋白质组学和单细胞RNA测序,系统揭示了CCL14在LAM中的表达模式、细胞来源及其在疾病微环境中的调控网络,并验证了其作为预测疾病进展的临床潜力 样本量相对有限(尤其是单细胞测序部分),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性队列验证CCL14的临床预测价值 探索CCL14在淋巴管平滑肌瘤病(LAM)中的生物学功能及其作为疾病生物标志物的临床价值 淋巴管平滑肌瘤病(LAM)患者和健康对照者的血浆样本及肺组织样本 生物信息学与多组学整合分析 淋巴管平滑肌瘤病 蛋白质组学分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), ELISA 生物信息学通路富集分析, CellPhoneDB细胞互作分析 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 临床表型数据 单细胞测序:6名LAM患者和5名健康供体的肺组织;ELISA验证:53名LAM患者和25名对照的血浆样本 NA 单细胞RNA-seq, 血浆蛋白质组学 NA NA
465 2026-02-17
Dysregulated TGFβ-ERK Signaling Drives Aberrant Extracellular Matrix Production in Noonan Syndrome-Associated Pulmonary Valve Stenosis
2026-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用人iPSC瓣膜分化平台,揭示了Noonan综合征相关肺动脉瓣狭窄中TGFβ-ERK信号失调驱动细胞外基质异常产生的分子机制 首次建立人iPSC瓣膜分化平台模拟NS相关PVS,结合单细胞转录组学和磷酸化蛋白质组学揭示TGFβ信号通路异常激活是导致ECM病理改变的核心机制 研究样本量有限(仅两个NS婴儿瓣膜组织验证),iPSC模型可能无法完全模拟体内复杂微环境 阐明Noonan综合征相关肺动脉瓣狭窄的分子发病机制 CRISPR编辑的iPSC衍生的瓣膜间质细胞亚型(纤维层和海绵层VICs),NS婴儿的狭窄肺动脉瓣组织 发育生物学与疾病建模 先天性心脏病(肺动脉瓣狭窄) iPSC分化、CRISPR基因编辑、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学(质谱)、组织病理学分析 人iPSC疾病模型 单细胞转录组数据、磷酸化蛋白质组数据、组织病理图像 CRISPR编辑的多种基因型iPSC系,两个NS婴儿的肺动脉瓣组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
466 2026-02-17
Multimodal single-cell and spatial profiling reveals altered T cell-mediated immunity and B-cell follicular architecture in non-metastatic lymph nodes of patients with aggressive non-small cell lung cancer
2026-Jan-18, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究通过多模态单细胞和空间分析,揭示了侵袭性非小细胞肺癌患者非转移性区域淋巴结中T细胞介导的免疫和B细胞滤泡结构的改变 首次结合CITE-seq、scRNA-seq和成像质谱流式细胞术,在侵袭性NSCLC患者的非转移性区域淋巴结中识别出免疫抑制微环境和B细胞滤泡结构异常 样本量较小(36个淋巴结来自11名患者),且仅针对非转移性淋巴结进行研究,可能未涵盖转移性淋巴结的免疫特征 探究侵袭性非小细胞肺癌患者非转移性区域淋巴结中的免疫失调机制 非小细胞肺癌患者的区域淋巴结 数字病理学 肺癌 CITE-seq, scRNA-seq, 成像质谱流式细胞术 NA 单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据、空间成像数据 36个淋巴结来自11名患者 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
467 2026-02-17
Uniform pre-processing of bacterial single-cell RNA-seq
2026-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种针对细菌单细胞RNA测序数据的统一预处理方法,通过改进kallisto-bustools工具套件以适应细菌基因组的特性 将原本用于真核生物scRNA-seq的kallisto-bustools工具套件进行优化,使其能够处理细菌的操纵子结构和更短的基因长度分布,实现了细菌scRNA-seq数据的高效准确量化 未明确说明该方法在具体细菌种类或实验条件下的性能限制,也未与其他预处理方法进行广泛比较 开发一种统一、高效的细菌单细胞RNA测序数据预处理方法,以促进微生物单细胞转录组学的标准化分析 细菌单细胞RNA测序数据 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 NA 测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
468 2026-02-17
Defects in tissue-resident macrophages lead to smaller eardrums and abnormal neurovascular networks with increased middle-ear infection
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了组织驻留巨噬细胞在耳鼓膜发育和神经血管网络形成中的关键作用 首次发现耳鼓膜组织驻留巨噬细胞的异质性来源,并证明其缺失会导致耳鼓膜变小、神经血管网络异常及中耳感染风险增加 NA 探究组织驻留巨噬细胞在耳鼓膜发育和先天免疫保护中的作用 小鼠耳鼓膜组织驻留巨噬细胞 单细胞测序 中耳感染 命运图谱、单细胞RNA测序、巨噬细胞耗竭 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
469 2026-02-17
Spatiotemporal transcriptomic and metabolomic landscapes of wild soybean seed development reveal regulatory mechanisms of nutrient accumulation
2026-Jan-12, Plant communications IF:9.4Q1
研究论文 本研究结合空间转录组学和代谢组学,解析了野生大豆种子发育中期细胞分化和营养积累的时空动态机制 首次在野生大豆中整合空间转录组学和代谢组学,揭示了胚胎中背腹侧薄壁细胞在蛋白质和脂质代谢途径上的空间差异,并鉴定出关键调控基因GsMAPK23-4 研究仅聚焦于野生大豆种子发育中期阶段,未涵盖整个发育过程,且功能验证仅基于敲除突变体 揭示野生大豆种子发育过程中细胞分化和营养积累的时空调控机制,以提升大豆产量和品质 野生大豆(Glycine soja)种子 空间转录组学 NA 空间转录组学, 代谢组学 NA 转录组数据, 代谢组数据 未明确指定样本数量,但基于野生大豆种子发育中期阶段 NA 空间转录组学 NA NA
470 2026-02-17
Quantifying uncertainty in RNA velocity
2026-Jan-06, Biometrics IF:1.4Q2
研究论文 本文提出了一种贝叶斯分层模型来估计RNA速度,通过结合马尔可夫链蒙特卡洛和共识方法进行全贝叶斯推断,实现了校准良好的不确定性量化 首次在RNA速度估计中引入时间依赖性转录速率和非平凡初始条件,并讨论了模型参数的可识别性,包括潜在时间的较大值,这是以往未涉及的 模型可能仍受限于单细胞RNA测序数据的固有噪声和稀疏性,且计算复杂度较高 量化单细胞RNA测序数据中RNA速度的不确定性,以提取更可靠的动态信息 小鼠胚胎干细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 贝叶斯分层模型 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
471 2026-02-17
Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Regulatory Functions of Copines Family Genes in Testicular Cancer Progression
2026, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
研究论文 本研究基于单细胞转录组数据,揭示了Copines家族基因在睾丸癌不同细胞亚群中的表达模式及其通过调控PI3K-Akt信号通路和细胞周期驱动癌症进展的潜在分子机制 首次在单细胞水平上系统分析Copines家族基因在睾丸癌中的表达和调控功能,并识别出关键信号通路如PI3K-Akt,为精准治疗提供了新靶点 研究基于单细胞转录组数据,未进行实验验证,且样本量未明确说明,可能限制结论的普适性 探究Copines家族基因在睾丸癌细胞亚群中的表达模式及其调控癌症进展的机制 睾丸癌的单细胞转录组数据,包括NK/T细胞、肿瘤细胞、B细胞和巨噬细胞等亚群 数字病理学 睾丸癌 单细胞RNA测序 聚类分析、差异表达分析、功能富集分析、伪时间分析 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
472 2026-02-17
Prognostic Value and Immune Characterization of Genes Associated with Childhood Acute Leukemia applying Single-Cell RNA Sequencing
2026, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
研究论文 本研究整合单细胞和批量转录组数据,识别儿童急性淋巴细胞白血病中的关键B细胞亚群和分子标志物,并构建预后风险模型 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,识别cALL中与增殖相关的B细胞C2亚群,并基于四个标记基因构建具有高预测精度的预后模型 研究样本量较小(仅2名cALL患者和3名健康对照),且仅针对B细胞起源的cALL,未涵盖其他亚型 探究儿童急性淋巴细胞白血病的免疫特征,并开发预后预测模型 儿童急性淋巴细胞白血病患者及健康儿童的骨髓样本 数字病理学 白血病 单细胞RNA测序,批量RNA测序 Cox回归,LASSO回归 RNA测序数据 2名cALL患者和3名健康儿童的骨髓样本(单细胞数据),511名cALL样本(批量数据) NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
473 2026-02-16
Temporal and Spatial Gene Expression Dynamics in Neonatal HI Hippocampus with Focus on Arginase
2026-Jan-28, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究利用空间分辨单细胞转录组学技术,分析了新生小鼠缺氧缺血性脑损伤后海马区的时间与空间基因表达动态,重点关注精氨酸酶-1在微胶质细胞从早期清除反应向后期纤维化重塑转变中的作用 首次在新生小鼠缺氧缺血性脑损伤模型中,结合时间序列(24小时和5天)和空间分辨单细胞转录组学(seqFISH),系统描绘了微胶质细胞中ARG1相关通路在损伤后不同阶段的动态变化,明确了微胶质细胞作为新生儿瘢痕形成核心调节者的角色 研究仅基于P9小鼠模型,结果向其他发育阶段或物种的外推需谨慎;使用的靶向基因面板虽聚焦于微胶质细胞、ARG1通路等相关基因,但可能未覆盖所有相关转录本 阐明新生缺氧缺血性脑损伤后海马区的时间与空间基因表达动态,特别是精氨酸酶-1在微胶质细胞介导的组织修复与纤维化过程中的作用 P9新生小鼠在Vannucci模型诱导的缺氧缺血性脑损伤后的海马组织 空间转录组学 缺氧缺血性脑损伤 空间分辨单细胞转录组学(seqFISH),差异表达分析,GSEA,富集分析 NA 空间转录组数据 P9小鼠脑组织,在损伤后24小时(D1)和5天(D5)时间点采集 NA 单细胞转录组学,空间转录组学 seqFISH 使用靶向基因面板,富集了微胶质细胞、ARG1通路、胞葬作用和促纤维化基因
474 2026-02-16
Integrated Multi-Omics and Spatial Transcriptomics Identify FBLL1 as a Malignant Transformation Driver in Hepatocellular Carcinoma
2026-Jan-27, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过整合多组学与空间转录组学数据,识别出FBLL1作为肝细胞癌恶性转化的关键驱动因子 首次将FBLL1鉴定为肝细胞癌中与恶性状态转换相关的新调控因子,揭示了其通过协同上调c-Myc和EGFR配体来激活EGFR-MAPK信号通路的机制 研究主要基于TCGA和ICGC队列数据,样本来源可能有限;体内外功能验证虽充分,但临床转化潜力需进一步探索 探究肝细胞癌中核糖体生物合成失调的具体分子驱动因子及其在肿瘤发生发展中的作用 肝细胞癌患者样本、HCC细胞系及小鼠异种移植模型 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、转录组分析、Western blotting NA 多组学数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组学数据 TCGA和ICGC队列的肝细胞癌患者样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
475 2026-02-16
Research on the molecular mechanism of celastrol targeting CTNNB1/STAT3 to inhibit uveal melanoma based on network pharmacology and multi-omics analysis
2026-Jan-24, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究基于网络药理学和多组学分析,探讨了雷公藤红素通过靶向CTNNB1/STAT3抑制葡萄膜黑色素瘤的分子机制 结合网络药理学、转录组学、机器学习、免疫浸润分析、单细胞RNA测序及分子对接与动力学模拟,系统揭示了雷公藤红素在葡萄膜黑色素瘤中的新靶点和作用机制 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型或临床样本的验证,且机制探索深度有待进一步拓展 阐明雷公藤红素在葡萄膜黑色素瘤中的抗肿瘤作用机制 葡萄膜黑色素瘤细胞系B16-F10和C918 机器学习 葡萄膜黑色素瘤 网络药理学、转录组学、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、实时定量PCR、Western blot 机器学习算法 转录组数据、单细胞RNA测序数据 两种细胞系(B16-F10和C918) NA 单细胞RNA测序 NA NA
476 2026-02-16
Loss of biomechanical features reveals smooth muscle disruption and disease progression in prostate cancer
2026-Jan-20, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据,揭示了生物力学特征丧失与平滑肌破坏在前列腺癌进展中的作用,并开发了一个预后指数MRPX用于风险分层和治疗指导 首次系统性地将生物力学特征与前列腺癌进展联系起来,通过整合大量转录组和单细胞数据定义了生物力学亚型,并开发了具有临床实用性的预后指数MRPX 研究主要基于回顾性队列数据,需要进一步的前瞻性验证;体外实验模型可能无法完全模拟体内复杂的肿瘤微环境 阐明生物力学特征在前列腺癌进展中的作用及其潜在机制 前列腺癌患者和细胞系 生物信息学 前列腺癌 转录组测序,单细胞RNA测序,RT-qPCR,机器学习,共培养模型 机器学习模型(具体类型未明确指定) 转录组数据,单细胞RNA测序数据 1693名前列腺癌患者(来自10个公共队列)和19个前列腺癌样本的单细胞数据 NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
477 2026-02-16
Current Overview of Multi-omics Analyses in Microscopic Polyangiitis and Granulomatosis with Polyangiitis
2026-Jan-15, Internal medicine (Tokyo, Japan)
综述 本文综述了多组学分析在显微镜下多血管炎和肉芽肿性多血管炎中的最新进展 整合了基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等多组学数据,以全面理解AAV的复杂病理生理学,并强调了单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在揭示基因表达谱和细胞相互作用中的应用 作为一篇综述,未涉及原始研究数据,可能未涵盖所有最新研究,且依赖于现有文献的总结 旨在通过多组学分析开发基于AAV分子和遗传特征的个性化诊断和治疗策略 抗中性粒细胞胞浆抗体相关血管炎(AAV),特别是显微镜下多血管炎和肉芽肿性多血管炎 自然语言处理 自身免疫性疾病 多组学分析,包括基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
478 2026-02-16
Multi-omics characterization of RNA modification enzymes identifies NAT10 as a functionally validated prognostic biomarker in hepatocellular carcinoma
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合多组学分析,揭示了RNA修饰酶在多种癌症中的失调模式,并建立了诊断和预后模型 首次全面描绘了RNA修饰酶在泛癌中的拷贝数变异相关失调景观,并利用机器学习识别出12个可靠的肿瘤诊断标志物,同时通过单细胞转录组分析揭示了其在肿瘤微环境中的异质性表达 研究主要基于关联分析,功能验证仅针对NAT10进行,其他RNA修饰酶的具体生物学机制仍需进一步实验探索 系统表征RNA修饰酶在癌症中的全局调控模式及其临床相关性 多种癌症类型中的RNA修饰酶 生物信息学 肝细胞癌 多组学分析、单细胞RNA测序、机器学习、LASSO回归、EdU实验、qRT-PCR、免疫组化 LASSO回归模型 基因表达数据、拷贝数变异数据、临床数据、单细胞转录组数据 多个独立队列的癌症样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
479 2026-02-16
Prognostic gene screening and experimental validation in renal clear cell carcinoma based on spatial transcriptomics and single-cell sequencing
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,筛选出七个预后基因并构建风险模型,用于肾透明细胞癌的风险分层和生存预测,并鉴定ATP1A1为潜在治疗靶点 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据识别肾透明细胞癌的预后基因,并构建了包含七个基因的风险模型和列线图,提高了生存预测的准确性 研究依赖于公共数据库(TCGA和ICGC)的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证,且功能分析主要基于生物信息学方法,实验验证有限 识别肾透明细胞癌的可靠预后生物标志物和治疗靶点,以改善患者分层和个性化治疗 肾透明细胞癌(ccRCC)患者 数字病理学 肾癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学(ST) 风险模型,列线图(nomogram) 基因表达数据,空间转录组数据 TCGA和ICGC数据集中的肾透明细胞癌患者样本 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
480 2026-02-16
Transcriptome and single-cell RNA sequencing analysis with 101 machine learning combinations and experimental verification reveals the mechanism of action of mannose metabolism in bladder cancer
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过转录组和单细胞RNA测序分析结合101种机器学习组合及实验验证,揭示了甘露糖代谢在膀胱癌中的作用机制 首次系统整合101种机器学习算法组合来识别膀胱癌中与甘露糖代谢相关的预后基因,并通过单细胞分析确认巨噬细胞为关键细胞类型 研究主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证;单细胞分析样本量可能有限 探究甘露糖代谢对膀胱癌预后的影响机制 膀胱癌患者样本及相关基因 生物信息学 膀胱癌 转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blotting, 免疫组化 机器学习算法组合, 回归分析 基因表达数据, 单细胞数据 未明确具体样本数量,使用公共数据库数据集 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
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