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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2026-06-06 |
Toll-Like Receptors in Diabetes: Immunometabolic Mechanisms and Emerging Precision Therapeutic Strategies
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S606875
PMID:42245151
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综述 | 综述Toll样受体在糖尿病中的免疫代谢机制及新兴精准治疗策略 | 提出“特洛伊木马”途径——肠道来源外泌体将炎症配体隐蔽运输至β细胞内体,绕过传统表面受体监控,并利用单细胞转录组学和孟德尔随机化揭示β细胞免疫反应细胞异质性和因果遗传联系 | 未提及具体限制 | 综合梳理Toll样受体在糖尿病中的免疫代谢整合角色,并为精准医学提出框架 | Toll样受体及其在糖尿病中的作用机制 | 机器学习 | 糖尿病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 462 | 2026-06-06 |
Integrated clinical and multi-omics analysis links composite inflammatory indices to macrophage-associated molecular programs in aortic dissection
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1840880
PMID:42245402
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研究论文 | 通过临床数据与多组学分析,探索复合炎症指数与主动脉夹层中巨噬细胞相关分子程序之间的联系 | 首次将常规血液检测衍生的复合炎症指数与单细胞RNA测序、批量转录组数据整合分析,揭示炎症指数与巨噬细胞转录重编程的关联 | 样本量相对有限,炎症指数与分子机制的因果关系尚未完全验证 | 评估复合炎症指数在主动脉夹层疾病评估中的作用,并揭示其与分子机制的整合关系 | 主动脉夹层患者和对照组参与者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 逻辑回归, LASSO, 随机森林, SVM-RFE, 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 288名参与者(144名主动脉夹层患者和144名对照组) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 463 | 2026-06-06 |
Graph Topology Reframes the Coherence of Cell-State Manifold Inference under Heterogeneous Single-Cell Observations
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0087
PMID:42245398
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研究论文 | 该论文讨论了在异质性单细胞观测数据下,图拓扑结构如何重构细胞状态流形推断的一致性 | 提出拓扑稳定性描述符用于评估低维流形骨架的可靠性,识别异质性观测带来的系统性扭曲 | 主要基于模拟数据验证,未在多种真实数据集上充分验证拓扑描述符的普适性 | 研究单细胞观测异质性对基于流形的推断(如图抽象)的影响,并提出解决系统性扭曲的方法 | 异质性单细胞RNA测序数据中的浅层观测细胞与深层观测细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个经验性单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 464 | 2026-06-06 |
NAMPT orchestrates fibroblast cuproptosis and immune crosstalk during IPF progression
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1726692
PMID:42245670
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研究论文 | 通过转录组分析揭示NAMPT在特发性肺纤维化(IPF)中调控成纤维细胞铜死亡和免疫互作的关键作用 | 首次将铜死亡机制与IPF病程进展关联,并发现NAMPT作为枢纽基因在调控成纤维细胞铜死亡和免疫微环境重塑中的双重功能 | 研究主要基于转录组数据分析,缺乏体内实验或功能验证机制的直接证据 | 探索NAMPT在IPF中调控成纤维细胞铜死亡及免疫互作的分子机制和潜在治疗靶点 | IPF患者和健康对照的肺组织样本 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | IPF患者和健康对照样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 465 | 2026-06-06 |
The translational paradox of AI in hepatocellular carcinoma: from algorithmic over-engineering to real-world clinical utility
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1848190
PMID:42245726
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综述 | 批判性评述人工智能在肝细胞癌中从算法过度工程化到临床实际应用的转化悖论 | 揭示自监督视觉基础模型、无监督域适应与AI协同空间转录组学等先进算法在真实世界多扫描仪队列中未经验证的转化困境,并挑战多模态叙事范式,证明算法复杂度不等同于临床效用 | 该综述基于近期文献批判性分析,但未提供原始实验数据或具体队列验证结果 | 评估肝细胞癌中人工智能方法从静态模式识别到机制驱动诊断的演变及其临床转化障碍 | 肝细胞癌的人工智能诊断方法(包括视觉基础模型、虚拟分子分析、空间转录组学、大语言模型与概念瓶颈模型) | 机器学习 | 肝细胞癌 | NA | 自监督视觉基础模型、大语言模型、概念瓶颈模型 | 图像、文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 466 | 2026-06-06 |
Comprehensive analysis of m6A RNA methylation regulators and the immune microenvironment in spinal cord injury
2026, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2026.1759661
PMID:42246043
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研究论文 | 综合分析脊髓损伤中m6A RNA甲基化调控因子与免疫微环境的关系 | 首次系统性地结合多种机器学习算法、单细胞RNA测序和体内实验,识别并验证了FTO和YTHDC1作为脊髓损伤关键调控因子的作用,并探讨其与免疫微环境的关系 | 研究依赖于公共数据集,样本量有限,且未进行功能验证实验以确认FTO和YTHDC1在脊髓损伤中的直接作用机制 | 探索m6A RNA甲基化调控因子在脊髓损伤发病机制中的作用,并识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 脊髓损伤组织和细胞(包括人源转录组数据和大鼠模型) | 数字病理学 | 脊髓损伤 | RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, 免疫荧光染色 | 机器学习算法, ssGSEA, NetworkAnalyst | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的多个脊髓损伤转录组数据集,以及大鼠脊髓损伤模型组织样本 | NA | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 467 | 2026-06-05 |
[The consensus of genetic detection in multiple myeloma in China (2026)]
2026-Jan-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi
|
共识 | 本文提出了中国多发性骨髓瘤遗传检测的2026年共识,旨在标准化检测流程、优化高风险遗传异常的解读与报告,并更新风险分层框架 | 基于最新证据对2019年共识进行修订,纳入了全基因组测序和单细胞测序等新技术,并考虑了联合治疗方案对遗传病灶预后影响的改变 | 未明确说明 | 标准化中国多发性骨髓瘤遗传检测,提升高风险患者的识别和管理 | 多发性骨髓瘤的遗传异常 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 细胞遗传学核型分析、荧光原位杂交、下一代测序、全基因组测序、单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 468 | 2026-06-05 |
CeLLTra: aligning cell names with gene expression via a pathway-informed transformer
2026-Jan-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf655
PMID:41652996
|
research paper | 提出了一种名为CeLLTra的对比学习框架,利用基于Transformer的模型整合生物通路信息,将基因分组为超级标记,从而从单细胞RNA测序数据中捕捉全面的基因表达 | 创新性地将通路信息整合到Transformer模型中,结合预训练领域特定语言模型,实现了细胞类型注释与基因表达谱的精准对齐 | 未在文中明确提及局限性 | 开发一种新的细胞类型注释方法,以解决传统方法因数据质量低和参考数据集不完整带来的挑战 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | natural language processing | non-small cell lung cancer | scRNA-Seq | Transformer | gene expression data | 大规模人类scRNA-Seq数据集(具体数量未提及) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 469 | 2026-06-05 |
Integration of single-cell sequencing, transcriptome sequencing, and machine learning for constructing and validating histone acetylation-related prognostic risk models in hepatocellular carcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1624883
PMID:41659855
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研究论文 | 通过整合单细胞测序、转录组测序和机器学习,构建并验证了肝细胞癌中组蛋白乙酰化相关的预后风险模型 | 首次利用101种机器学习算法组合构建基于组蛋白乙酰化相关基因的肝细胞癌风险预测模型,并综合分析了免疫学、化疗敏感性、铁死亡和m6A甲基化等多个维度 | 研究基于公共数据库数据,可能需要更多独立外部验证;NEU1的具体机制仍需进一步体内实验验证 | 构建基于组蛋白乙酰化的肝细胞癌预后风险模型并验证其临床价值 | 肝细胞癌(LIHC)患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, RNA-seq, 定量实时PCR, 蛋白质印迹 | 机器学习组合算法(101种组合) | 单细胞测序数据, 转录组数据, 临床样本数据 | 多份训练和验证队列,包括10种LIHC亚型样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 470 | 2026-06-05 |
Epithelial Cell-Specific Prognostic Signature (FTH1, RIT1, WASL, NDRG2, KIFC3) Stratifies Cervical Cancer Patients and Correlates With Immune Infiltration
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/4109928
PMID:41660555
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序数据构建宫颈癌上皮细胞特异性预后基因签名(FTH1、RIT1、WASL、NDRG2、KIFC3),并分析其与免疫浸润及药物敏感性的关联 | 首次从单细胞层面聚焦宫颈癌上皮细胞异质性,通过hdWGCNA鉴定上皮细胞亚群特异性基因模块,构建五基因预后模型,并验证了FTH1在宫颈癌细胞中的功能 | 研究依赖于公开数据集GSE208653,样本量和数据来源有限;预后模型的临床适用性需更大规模前瞻性队列验证;具体基因功能机制未深入探索 | 开发宫颈癌上皮细胞特异性风险模型,改善临床预后评估并揭示肿瘤免疫微环境变化 | 宫颈癌患者的单细胞RNA测序数据、TCGA-CESC和GSE52903队列的转录组数据及临床信息 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | LASSO-Cox回归风险模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | GSE208653数据集包含40457个细胞,TCGA-CESC和GSE52903队列的批量转录组样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 471 | 2026-06-05 |
Integrated multi-omics, spatial profiling and organoid modeling drive transformative advances in chronic liver disease and hepatocellular carcinoma immunomicroenvironment research
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1743439
PMID:41668742
|
综述 | 系统总结了单细胞测序、空间转录组学和类器官模型在慢性肝病及肝细胞癌免疫微环境研究中的突破性应用,强调多组学整合、空间分析和类器官建模的协同作用推动了从静态描述到时空机制解码的范式转变 | 首次系统性整合单细胞测序、空间转录组学和类器官模型三大前沿技术,揭示其在解析肝免疫微环境时空动态、免疫逃逸机制及个体化治疗方面的协同创新 | 未提及具体技术的局限性,如单细胞测序的覆盖深度、空间转录组学的分辨率限制或类器官模型对体内微环境模拟的不足 | 阐述多组学整合、空间分析和类器官建模在慢性肝病免疫学研究中推动从静态细胞描述到时空机制解码及个体化治疗的范式转变 | 慢性肝病和肝细胞癌的免疫微环境,包括免疫细胞异质性、免疫-基质相互作用、纤维化、脂肪性肝炎及肿瘤免疫逃逸机制 | 数字病理学 | 肝癌 | NGS,RNA-seq,甲基化测序 | 类器官模型 | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 472 | 2026-06-05 |
Molecular crosstalk between MASLD and IVDD revealed through integrated biomarker discovery analysis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1703972
PMID:41668749
|
研究论文 | 通过整合生物标志物发现分析揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)与椎间盘退变(IVDD)之间的分子交互作用 | 首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据集,系统揭示MASLD与IVDD之间的共享分子机制和生物标志物 | 研究仅基于有限样本验证,尚未在更大规模队列中进行确认;共病患者的分子变化机制需要进一步功能实验验证 | 探究MASLD与IVDD之间潜在的分子交互作用及共享致病机制 | MASLD患者、IVDD患者及共病患者 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病, 椎间盘退变 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析, LASSO回归 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 10,388个NAFLD细胞和35,846个IVDD细胞 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 473 | 2026-06-05 |
Single cell atlas of the comorbidity mechanism between chronic obstructive pulmonary disease and lung adenocarcinoma: a study of multi-omics combined analysis
2026, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.20672
PMID:41669548
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研究论文 | 通过多组学联合分析揭示慢性阻塞性肺疾病与肺腺癌共病机制的单细胞图谱 | 首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和多组学方法,系统揭示COPD与LUAD共享的关键基因(FCRLA、GREM1、MMP9)及其在免疫调节和细胞外基质重塑中的协同作用 | 未明确指出研究的具体局限性,如样本量大小或验证范围的限制 | 阐明慢性阻塞性肺疾病与肺腺癌共病的共享分子机制,识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 慢性阻塞性肺疾病和肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 全基因组关联研究, 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 实时定量PCR | LASSO回归 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 血液样本 | 患者血液样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 474 | 2026-06-05 |
Immunorepertoire-based characterization of adaptive immunity in human malignant pleural effusion
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1825360
PMID:42130624
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和单细胞V(D)J测序全面表征人肺腺癌相关恶性胸腔积液中的适应性免疫特征 | 首次在单细胞水平同时分析恶性胸腔积液中TCR和BCR库的全面特征,揭示调节性T细胞和B细胞偏好特定V(D)J基因片段,以及Th1/17细胞克隆扩增与代谢适应和MPE特异性抗原识别相关 | 未发现BCR库存在显著克隆型或功能变化 | 阐明恶性胸腔积液中适应性免疫细胞(TCR和BCR库)的特征及其在免疫发病机制中的作用 | 人肺腺癌相关性恶性胸腔积液和外周血样本中的适应性免疫细胞 | 单细胞组学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞V(D)J测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞免疫库数据 | 恶性胸腔积液与外周血样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞V(D)J测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序和单细胞V(D)J测序 |
| 475 | 2026-06-05 |
SLC2A1-Dependent Ketone Metabolism Regulates Tumor Progression and Immunotherapy Efficacy in Lung Adenocarcinoma
2026, Critical reviews in immunology
IF:0.8Q4
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研究论文 | 在肺腺癌中鉴定SLC2A1依赖性酮体代谢调控肿瘤进展和免疫治疗效果的机制 | 通过整合转录组数据、单细胞RNA-seq和功能实验,首次揭示SLC2A1介导的酮体代谢与AMPK/mTOR信号通路在肺腺癌中的交叉调控作用,并构建了生酮-免疫预后特征模型 | 未提供 | 鉴定肺腺癌中与生酮-免疫交叉相关的预后基因并验证其功能 | 肺腺癌患者组织样本、A549细胞系 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Cox回归模型 | RNA测序数据(RNA-seq data) | 肺腺癌患者批量RNA-seq数据来自TCGA和GEO数据库,单细胞RNA-seq数据来源未具体说明 | Illumina(推测基于TCGA和GEO数据来源) | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 476 | 2026-06-05 |
Integration of single-cell and bulk RNA sequencing reveals programmed cell death-associated transcriptional programs in sepsis-induced acute lung injury
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0349288
PMID:42234716
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序,揭示脓毒症诱导的急性肺损伤中程序性细胞死亡相关的转录程序 | 首次通过整合单细胞和批量转录组数据,系统鉴定了脓毒症诱导的急性肺损伤中与程序性细胞死亡相关的8基因分类特征,并强调内皮细胞在其中的作用 | 未详细说明样本量大小和潜在的选择偏倚;外部验证队列可能有限;机制验证仅在动物模型中进行 | 识别脓毒症诱导的急性肺损伤中程序性细胞死亡相关的转录特征和潜在生物标志物 | 脓毒症诱导的急性肺损伤患者和CLP诱导的ALI大鼠模型 | 机器学习和生物信息学 | 脓毒症诱导的急性肺损伤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 随机森林, 梯度提升机 | 转录组数据 | NA(未明确提供样本量) | NA(未提及) | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA(未提及) | E-MTAB-5273(训练集),E-MTAB-5274(外部验证),GSE207651(单细胞数据) |
| 477 | 2026-06-05 |
Loss of KLF15 expression characterizes proximal tubule injury in cisplatin-induced acute kidney injury: A multi-omics study
2026, Current research in toxicology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.crtox.2026.100300
PMID:42238184
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析发现KLF15表达缺失是顺铂诱导急性肾损伤中近端肾小管损伤的特征,并筛选出潜在治疗药物 | 首次通过整合转录组学、蛋白质组学和单细胞RNA-seq等多组学数据,系统鉴定KLF15为顺铂诱导AKI中关键转录因子,并利用分子对接筛选出靶向KLF15的FDA approved药物 | 未在临床样本中验证KLF15的调控作用及药物疗效,分子对接仅为虚拟筛选,缺乏体内外实验验证 | 鉴定顺铂诱导急性肾损伤中关键转录因子并探索靶向治疗药物 | 顺铂诱导急性肾损伤的小鼠模型及公开的多组学数据集 | 机器学习, 数字病理学 | 急性肾损伤 | RNA-seq, 蛋白质组学, 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, 分子对接 | 分子对接模型, 转录因子调控网络模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 小鼠模型:20mg/kg顺铂腹腔注射72小时 | NA | bulk RNA-seq, 蛋白质组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 478 | 2026-06-05 |
MAIT Cells Maintain Intestinal Homeostasis Through IL-22 in an Experimental Colitis
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S570529
PMID:42238773
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研究论文 | 本研究探讨黏膜相关恒定T细胞在实验性结肠炎中通过IL-22维持肠道稳态的作用机制 | 首次发现MAIT细胞通过CCL2-AHR-IL-22调控轴协调IL-22依赖性黏膜修复,揭示了MAIT细胞作为上游协调因子而非仅效应细胞的新角色 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证该调控轴 | 阐明MAIT细胞在肠道稳态维持中的功能及分子机制 | 野生型与MR1基因敲除小鼠的结肠组织和免疫细胞 | 免疫学 | 肠道炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, DSS诱导结肠炎模型, FITC-葡聚糖通透性检测 | NA | 基因表达数据, 组织病理学图像 | 涉及野生型和MR1-/-小鼠的实验性结肠炎模型,具体样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 479 | 2026-06-05 |
Integrated multi-omics characterization of SPTBN2 overexpression reveals its pro-tumorigenic role and immune microenvironment remodeling in colorectal cancer
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1795514
PMID:42238893
|
研究论文 | 综合多组学特征分析显示SPTBN2在结直肠癌中过表达,揭示其促肿瘤作用和免疫微环境重塑 | 首次整合转录组学、DNA甲基化、单细胞RNA测序及空间转录组学等多组学数据,系统阐明SPTBN2在结直肠癌中的表达模式、表观遗传调控机制及其与免疫抑制微环境的潜在联系 | 缺乏SPTBN2的直接功能干扰实验和独立临床验证以建立因果机制及转化应用价值 | 探索SPTBN2在结直肠癌中的多组学特征及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 结直肠癌组织样本、TCGA和GEO数据库中的多组学数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq, DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 孟德尔随机化, 基于汇总数据的孟德尔随机化 | NA | 转录组数据、甲基化数据、单细胞测序数据、空间转录组数据 | 基于TCGA和GEO数据库中的公共数据集,具体样本数量未在摘要中明确提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 480 | 2026-06-04 |
GCSH promotes colorectal cancer progression by inhibiting Cuproptosis through the PI3K/AKT-FDX1 axis
2026-Jan-27, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01808-6
PMID:41591502
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研究论文 | GCSH通过PI3K/AKT-FDX1轴抑制铜凋亡促进结直肠癌进展 | 首次发现GCSH是铜凋亡的新型调节因子,并揭示其通过PI3K/AKT-GCSH/FDX1轴抑制铜凋亡以促进结直肠癌进展的机制 | 文章摘要未明确提及局限性 | 探究GCSH在结直肠癌中的作用及其对铜凋亡的调控机制 | 结直肠癌组织、血液样本及结直肠癌细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | TCGA数据集689例,4个独立GEO数据集共709例,以及临床组织、血液样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |