单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 1426 篇文献,本页显示第 421 - 440 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
421 2026-02-19
Immunoproteomic mediators of diabetic peripheral neuropathy: causal insights from Mendelian randomization and single-cell validation
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞验证,揭示了循环免疫细胞和血浆蛋白在糖尿病周围神经病变发病机制中的因果作用 首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序验证,系统性地识别了HLA-DR+树突状细胞亚群和特定血浆蛋白在糖尿病周围神经病变中的因果网络和相互作用机制 样本量相对有限(如单细胞验证仅涉及7例样本),且主要基于欧洲人群数据,可能限制结果的普适性 阐明循环免疫细胞和血浆蛋白在糖尿病周围神经病变发病中的因果角色 糖尿病周围神经病变患者与对照个体的免疫细胞、血浆蛋白及腓肠神经组织 单细胞组学 糖尿病周围神经病变 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 孟德尔随机化模型 基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 孟德尔随机化分析涉及2,843例病例和389,580例对照;单细胞RNA测序包括4例DPN患者和3例对照的腓肠神经样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
422 2026-02-19
Single-nucleus and spatial transcriptomics reveal intestinal cellular heterogeneity, differentiation, and cell communication mechanisms in SAP-induced intestinal injury
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单核RNA测序和空间转录组测序技术,系统分析了严重急性胰腺炎诱导的肠道损伤中肠道细胞组成、空间分布和功能的动态变化 首次整合单核RNA测序和空间转录组测序技术,揭示了SAP诱导的肠道损伤中肠道细胞异质性、分化及细胞通讯机制的空间组织特征 大多数细胞比例变化在动物水平上未达到统计学显著性,且研究基于大鼠模型,需在人类样本中进一步验证 探究严重急性胰腺炎诱导的肠道损伤的细胞机制,特别是空间细胞重组和功能相互作用 严重急性胰腺炎大鼠模型中的肠道组织 数字病理学 急性胰腺炎 单核RNA测序, 空间转录组测序 NA RNA测序数据, 空间转录组数据 NA NA 单核RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
423 2026-02-19
Tumor-reactive TCRs within exhausted TILs reveal cancer type-specific immune landscapes in renal cell carcinoma
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析揭示了肾细胞癌中肿瘤浸润淋巴细胞的免疫景观,并开发了一个区分肿瘤反应性与旁观者T细胞的分类器 利用自体肿瘤来源的类器官功能验证了TCR克隆型的抗肿瘤反应性,并开发了一个高精度的逻辑回归分类器来识别肿瘤反应性T细胞 样本量有限,结果应视为探索性和假设生成性,需要在更大的独立队列中验证 阐明肾细胞癌中肿瘤浸润淋巴细胞的功能状态和治疗潜力 15名透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞 数字病理学 肾细胞癌 单细胞RNA测序 惩罚逻辑回归分类器 转录组数据 15名患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
424 2026-02-19
ZIC2 drives colorectal cancer progression by regulating QPRT-mediated cell migration
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究探讨了锌指蛋白ZIC2通过调控QPRT促进结直肠癌细胞迁移和增殖的机制 首次在结直肠癌中系统揭示了ZIC2的表达特征、临床意义及其通过调控QPRT促进肿瘤进展的分子机制,并利用空间转录组学数据进行了验证 研究主要基于公共数据库和细胞实验,缺乏体内动物模型验证;QPRT抑制剂phthalic acid的具体作用机制有待进一步阐明 阐明ZIC2在结直肠癌中的表达模式、临床意义及其促进肿瘤进展的分子机制 结直肠癌组织和细胞系 生物信息学与分子生物学 结直肠癌 批量转录组分析、单细胞转录组分析、空间转录组分析、WGCNA、GO/KEGG富集分析、细胞划痕实验 NA 转录组数据、空间转录组数据、细胞实验数据 TCGA队列、GEO数据集(GSE39582和GSE139555)、一个CRC_10x空间转录组数据集 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium CRC_10x空间转录组数据集(具体配置未明确说明)
425 2026-02-19
FKBP10 promotes M2 polarization of macrophage via MEK/ERK/CXCL8 axis and facilitates tumor progression in clear cell renal cell carcinoma
2026, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,揭示了透明细胞肾细胞癌的肿瘤免疫微环境亚型,并发现FKBP10基因通过MEK/ERK/CXCL8轴促进巨噬细胞M2极化,从而驱动肿瘤进展 首次基于大规模单细胞RNA测序数据对ccRCC生态系统进行全面分类,并鉴定出FKBP10作为关键预后基因及其通过调控肿瘤细胞分泌CXCL8来驱动免疫抑制微环境的新机制 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步的体内外实验验证;样本量虽大但可能无法涵盖所有ccRCC亚型 阐明透明细胞肾细胞癌中肿瘤细胞异质性与肿瘤免疫微环境相互作用的分子机制,并寻找新的治疗靶点 透明细胞肾细胞癌患者肿瘤组织中的细胞 生物信息学 肾癌 单细胞RNA测序,机器学习 机器学习预后模型 单细胞RNA测序数据 来自118名ccRCC患者的194个样本,共计1,172,154个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
426 2026-02-19
Delactylase effects of SIRT3 on a positive feedback loop involving the RUNX1-glycolysis-histone lactylation in diabetic kidney disease
2026, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 本研究揭示了SIRT3通过调控RUNX1-糖酵解-组蛋白乳酸化正反馈环路在糖尿病肾病纤维化进程中的作用机制 首次将RUNX1介导的糖酵解与SIRT3介导的组蛋白乳酸化表观遗传重编程联系起来,阐明了其在促进糖尿病肾病纤维化中的新机制 NA 探究组蛋白乳酸化在糖尿病肾病中的分子机制和临床影响 糖尿病肾病中的肾小管上皮细胞 空间转录组学 糖尿病肾病 空间转录组学分析,ChIP-seq,RNA-seq NA 转录组数据,表观遗传数据 NA NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
427 2026-02-19
Discovering paracrine regulators of cell type composition from spatial transcriptomics using SPER
2026, Bioinformatics advances IF:2.4Q2
研究论文 本文介绍了一种名为SPER的计算方法,用于从空间转录组学数据中发现调控细胞类型组成的旁分泌因子 开发了SPER方法,首次系统性地识别空间转录组学中与细胞组成共变并可能影响附近细胞组成的转录本 NA 识别空间转录组学中调控细胞类型组成的旁分泌调节因子 小鼠大脑和人类肺部的空间转录组学数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
428 2026-02-19
Identification of a neoplastic Tfh-like cellular subset in a mouse model of angioimmunoblastic T cell lymphoma
2026, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析,在小鼠血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤模型中鉴定出一个驱动肿瘤进展的Tfh样细胞亚群,并探索了其作为治疗靶点的潜力 首次在小鼠AITL模型中鉴定出高表达CXCR6和IL-18受体的“双表达Tfh”细胞亚群,并证明其是肿瘤进展的关键驱动因素 研究主要基于小鼠模型,人类AITL病例的相关性仅在部分样本中得到验证,需要进一步临床研究确认 探究血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中是否存在驱动肿瘤进展的Tfh样细胞亚群,并寻找潜在的治疗靶点 Roquinsan/+小鼠模型中的AITL样肿瘤细胞及人类AITL患者样本 数字病理学 淋巴瘤 单细胞转录组分析,流式细胞术,NanoString基因表达谱分析,超声成像 NA 转录组数据,流式细胞数据,基因表达谱数据 小鼠模型及部分人类AITL患者样本(约20-30%病例显示相关基因表达升高) NA 单细胞RNA-seq,基因表达谱分析 NA NA
429 2026-02-19
NSUN5 and RNA m5C epitranscriptomic regulation in tumor progression
2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
综述 本文综述了NSUN5在RNA m5C表观转录组调控中的核心作用及其在肿瘤进展中的机制与潜在临床应用 系统总结了NSUN5作为关键m5C甲基转移酶在肿瘤进展中的多维度调控机制,包括代谢重编程、肿瘤微环境调控及与其他RNA表观调控因子的功能互作,并提出了靶向NSUN5的治疗策略和生物标志物潜力 综述性文章,未提供原始实验数据,未来研究需聚焦全基因组靶标鉴定、单细胞与空间转录组学整合及机制驱动的药物开发以推动临床转化 探讨NSUN5介导的RNA m5C表观转录组调控在肿瘤进展中的作用机制及其作为治疗靶点和生物标志物的潜力 NSUN5甲基转移酶及其催化的RNA m5C修饰,在多种癌症类型中的表达与功能 表观转录组学 多种癌症 RNA m5C修饰分析、表观转录组学技术 NA 综述文献 NA NA NA NA NA
430 2026-02-19
Systemic CSF1R Targeting Depletes Pathogenic MPS Bubs and Ameliorates Psoriasis via PPARα-mediated Resolution
2026, Theranostics IF:12.4Q1
研究论文 本研究通过整合人类单细胞与空间转录组学数据及小鼠模型,揭示了CSF1R-PPARα轴在银屑病发病机制中的关键作用,并证明系统性靶向CSF1R可有效清除致病性MPS细胞群并缓解疾病 首次定义了致病性CSF1R MPS细胞亚群,阐明了其通过配体驱动扩增和抑制PPARα来维持炎症的机制,并证明系统性CSF1R靶向治疗比局部阻断更有效 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证仍需进一步深入 识别致病性CSF1R MPS细胞亚群,阐明其配体-受体环路,并定义CSF1R-PPARα轴在疾病发病机制中的作用 人类银屑病患者样本及小鼠咪喹莫特诱导的银屑病模型 单细胞组学 银屑病 单细胞转录组测序,空间转录组学 小鼠疾病模型 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
431 2026-02-19
JGR-NMF: joint graph-regularized non-negative matrix factorization for spatial domain identification
2026, PeerJ IF:2.3Q2
研究论文 提出一种联合图正则化非负矩阵分解方法,用于空间转录组学中的空间域识别 引入自适应邻域图构建策略,通过幂变换优化邻域大小,并整合自适应kNN图与空间邻接矩阵 NA 提高空间转录组学中空间域识别的准确性和鲁棒性 乳腺癌数据集、小鼠肾脏数据集和小鼠胚胎数据集 空间转录组学 乳腺癌 空间转录组学 非负矩阵分解 空间转录组数据 两个乳腺癌数据集、一个小鼠肾脏数据集和一个小鼠胚胎数据集 NA 空间转录组学 NA NA
432 2026-02-19
Comprehensive spatial and immune profiling of metastatic mismatch repair-deficient colorectal cancer reveals response to immunotherapy
2026, Immunotherapy advances IF:4.1Q2
研究论文 本研究通过综合空间和免疫分析,探索了转移性错配修复缺陷结直肠癌对免疫检查点抑制剂的响应机制 结合bulk和单细胞RNA测序与多重免疫组化,首次在dMMR CRC患者中系统分析了多个转移灶的空间免疫微环境异质性 研究仅基于单个患者样本,样本量有限,结果需在更大队列中验证 探究dMMR结直肠癌对免疫治疗响应异性的分子和空间决定因素 转移性错配修复缺陷结直肠癌患者的多个转移灶组织 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序, 多重免疫组化 NA RNA测序数据, 图像数据 1例患者的5个转移灶(结肠、肝脏、腹膜、左卵巢、右卵巢) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
433 2026-02-19
Identification of CXCL12 as a key gene of trophoblast and endometrial stromal cell decidualization in pregnancy via scRNA-seq and experimental validation
2026, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和实验验证,探讨了CXCL12在复发性流产中母胎界面的作用及其机制 利用单细胞RNA测序技术构建正常与复发性流产样本的母胎界面单细胞图谱,并首次系统验证CXCL12在滋养层细胞增殖、迁移、侵袭及子宫内膜基质细胞蜕膜化中的关键作用 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;样本量可能有限,需进一步扩大以增强统计效力 探究CXCL12在复发性流产发病机制中的作用,为潜在诊断和治疗策略提供实验依据 正常与复发性流产妊娠早期的母胎界面细胞,包括滋养层细胞和子宫内膜基质细胞 数字病理学 复发性流产 单细胞RNA测序,MTT测定,细胞划痕实验,Transwell侵袭实验 NA 单细胞RNA测序数据,细胞实验数据 正常与复发性流产样本的母胎界面细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
434 2026-02-19
Aging-related CD8+ T cell alterations and calcium/calmodulin dependent protein kinase 1D activation in the pathogenesis of diabetic kidney disease
2026, PeerJ IF:2.3Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,揭示了CD8+ T细胞在糖尿病肾病和衰老过程中的变化,并发现CAMK1D作为连接衰老与糖尿病肾损伤的关键分子风险因子 首次结合单细胞RNA测序与孟德尔随机化分析,系统揭示了CD8+ T细胞在糖尿病肾病和衰老过程中的动态变化,并鉴定出CAMK1D作为关键的共享分子风险因子 研究样本量未明确说明,且机制验证主要基于相关性分析,需要进一步的实验验证 探究衰老、免疫浸润与糖尿病肾病之间的细胞和分子机制 年轻个体、老年个体和糖尿病肾病患者的免疫细胞,特别是CD8+ T细胞 单细胞组学 糖尿病肾病 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 免疫荧光染色 NA 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
435 2026-02-19
Macrophage-Mediated Cellular Communication Networks in Lung Squamous Cell Carcinoma and Adenocarcinoma Revealed by Single-Cell Sequencing
2026, Mediators of inflammation IF:4.4Q2
研究论文 本研究通过单细胞测序揭示了肺鳞状细胞癌和肺腺癌中巨噬细胞介导的细胞通讯网络,识别了亚型特异性上皮特征和关键信号通路 首次利用单细胞RNA测序数据系统比较了LUSC和LUAD的肿瘤微环境特征,发现了亚型特异性的上皮细胞特征(S3和S4)及其与免疫细胞(如巨噬细胞和中性粒细胞)的独特通讯网络,并确定了新的潜在治疗靶点(如CD44和CD74) 研究依赖于公开可用的单细胞测序数据集,可能受到批次效应和数据异质性的影响;样本量相对有限,且未进行实验验证 探索肺鳞状细胞癌和肺腺癌的肿瘤微环境特征、细胞间相互作用及潜在治疗靶点 肺鳞状细胞癌和肺腺癌患者肿瘤组织中的细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据 基于三个公开scRNA-seq数据集(GSE200972、GSE117570、GSE127465)和TCGA批量RNA-seq数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
436 2026-02-19
Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomic analysis reveal a distinct population of G6PD+ cells with aberrant bile acid metabolism in hepatocellular carcinoma
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了肝细胞癌中一群具有异常胆汁酸代谢的G6PD+细胞的独特作用及其与肿瘤进展的关系 首次整合单细胞和空间转录组数据,构建了胆汁酸代谢评分系统,并鉴定出G6PD+恶性细胞亚群在肿瘤边界富集,揭示了胆汁酸代谢通过促进血管网络形成和免疫抑制微环境驱动肝癌进展的新机制 研究主要基于转录组数据,功能验证主要在体外进行,缺乏体内动物模型的深入验证 探究胆汁酸代谢在肝细胞癌进展中的生物学功能、临床意义及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 肝细胞癌患者样本中的肿瘤细胞、巨噬细胞和内皮细胞 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学 机器学习算法 转录组数据 67名肝细胞癌患者 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
437 2026-02-19
Complement activation and M2-like macrophage accumulation in anti-MDA5 monoclonal antibody-induced hepatic injury in mice
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究探讨了抗MDA5单克隆抗体诱导的小鼠肝损伤中补体激活和M2样巨噬细胞积累的作用 首次在抗MDA5抗体阳性皮肌炎相关的肝损伤模型中,揭示了补体激活和M2样巨噬细胞积累的机制,并利用C3缺陷小鼠验证了补体的关键作用 研究样本量较小(5例尸检样本),且为小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 阐明抗MDA5抗体阳性皮肌炎患者肝损伤的病理机制 抗MDA5抗体阳性皮肌炎患者的尸检肝组织、人MDA5转基因小鼠 数字病理学 皮肌炎 免疫组化、Western blotting、单细胞RNA测序 NA 图像、蛋白质印迹数据、单细胞RNA测序数据 5例尸检肝组织样本、人MDA5转基因小鼠(野生型和C3缺陷型) NA 单细胞RNA测序 NA NA
438 2026-02-19
METTL14 modulates the nasopharyngeal carcinoma microenvironment via m6A-modified YWHAH identified through single-cell and machine learning analyses
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析,揭示了METTL14通过m6A修饰调控YWHAH在鼻咽癌微环境中的关键作用 整合单细胞RNA测序、机器学习算法和MeRIP-seq数据,首次鉴定出YWHAH作为METTL14调控的关键m6A修饰基因,并阐明了其在鼻咽癌免疫微环境中的调控机制 研究主要基于公共数据库的测序数据,实验验证主要在细胞水平进行,缺乏体内动物模型或临床样本的进一步验证 探究m6A甲基化修饰在鼻咽癌肿瘤微环境中的作用机制 鼻咽癌肿瘤微环境中的细胞类型,包括B细胞、上皮细胞和髓系细胞 机器学习 鼻咽癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序,MeRIP-seq 机器学习算法 RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
439 2026-02-18
Isolation of Pericytes from Mouse Cortical Tissue Using FACS for Single-cell Sequencing
2026-Jan-30, Journal of visualized experiments : JoVE
研究论文 本文建立了一种优化的、可重复的FACS方法,用于从小鼠皮层组织中分离周细胞,以进行单细胞RNA测序 在已建立的CD13/CD31分选策略基础上,引入了关键改进,特别是使用20% BSA溶液重悬细胞以减少应激和聚集,从而最大化细胞活力和RNA质量,专门针对scRNA-seq应用进行优化 该方法仅在小鼠模型(C57BL/6)中进行了验证,样本量较小(3只成年小鼠),且未在其他物种或疾病模型中广泛测试 研究周细胞的异质性,并阐明其在神经血管疾病中的机制,以单细胞分辨率进行 小鼠大脑皮层组织中的周细胞 单细胞测序 神经血管疾病 单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 3只成年C57BL/6小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
440 2026-02-18
Multimodal single-cell network analysis uncovers BSG/CD147 as an early biomarker and signaling hub in hepatocellular carcinoma
2026-Jan-27, Research square
研究论文 本研究通过多模态单细胞网络分析,揭示了BSG/CD147作为肝细胞癌早期生物标志物和信号枢纽的作用 首次将单细胞RNA测序与高维加权基因共表达网络分析结合,识别出BSG/CD147作为早期肝细胞癌的关键枢纽基因,并验证其在小于2厘米病灶中的诊断价值 研究基于两个公开数据集,样本量有限;需要进一步在更大队列和前瞻性研究中验证BSG/CD147的临床实用性 识别肝细胞癌早期恶性转化的分子标志物,改善早期诊断 肝细胞癌组织与非肿瘤肝组织 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序, 定量免疫荧光 高维加权基因共表达网络分析, CellChat, 伪时间分析 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 两个独立scRNA-seq数据集(GSE149614和GSE189903),包含非肿瘤和HCC组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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