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当前共找到 2200 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2026-09-13 |
Single-cell Raman profiling of B cell differentiation and leukemic transformation with transcriptome inference
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1926870
PMID:42723953
|
研究论文 | 本研究建立基于拉曼光谱的单细胞分析平台，结合机器学习与转录组对齐，实现B细胞分化及白血病转化的无标记分析 | 首次将对抗自编码器（AAE）框架与拉曼光谱结合，推断单细胞转录组谱，实现固定细胞的无标记组学分析 | 样本供体数量有限，组织来源不匹配，需在更大队列中验证后方可临床转化 | 开发无标记拉曼光谱平台，推断转录组谱并区分白血病细胞，用于B细胞分化和恶性转化的研究 | B细胞分化阶段（HSC、pro-B、pre-B、naive B）及B-ALL白血病细胞 | 机器学习 | 白血病 | 拉曼光谱、单细胞RNA-seq | 对抗自编码器（AAE）、主成分线性判别分析（PC-LDA） | 拉曼光谱数据、图像、文本 | 数量有限的供体样本，包括B细胞分化各阶段及B-ALL细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 242 | 2026-09-13 |
NUFIP1 gain of function promotes fibrotic remodeling and reveals a ZNHIT3-linked metabolic vulnerability in idiopathic pulmonary fibrosis models
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1909302
PMID:42724045
|
研究论文 | 该研究通过功能获得实验发现NUFIP1过表达促进肺纤维化重塑，并揭示其与ZNHIT3的关联及CB-839的干预作用 | 首次揭示NUFIP1在特发性肺纤维化中的促纤维化功能，发现ZNHIT3为其候选结合伙伴，并提示CB-839可降低NUFIP1相关的纤维化指标 | 通路特异性、内源性必要性及临床相关性尚未确立，CB-839的效应仅在测试剂量下观察到 | 探究NUFIP1在特发性肺纤维化中的作用及其分子机制 | IPF患者肺组织、博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型、TGF-β1刺激的人肺成纤维细胞（MRC-5）及AAV介导的NUFIP1过表达小鼠 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 免疫共沉淀, 表面等离子共振, 公共RNA-seq数据分析 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 243 | 2026-09-13 |
A bioinformatic single-cell and structure-informed framework identifies a baicalin-CA2-keratinocyte state axis in atopic dermatitis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0356174
PMID:42726753
|
研究论文 | 该研究整合药物基因组学靶点挖掘、机器学习特征选择、单细胞状态扰动分析和基于结构的分子建模，识别出黄芩苷-CA2-角质形成细胞状态轴在特应性皮炎中的潜在作用 | 首次整合药物基因组学、机器学习和单细胞扰动分析，结合结构建模，提出黄芩苷-CA2-角质形成细胞状态轴作为特应性皮炎表皮分层和实验优先级的假设生成框架 | 研究主要基于计算预测和假设生成，缺乏实验验证；CA2与黄芩苷的相互作用仅为计算模拟，需要进一步的生物学实验证实 | 优先筛选黄芩苷在特应性皮炎中的候选靶点，并阐明角质形成细胞状态在疾病中的作用 | 特应性皮炎相关的角质形成细胞状态和黄芩苷的候选靶点 | 机器学习 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, MM-PBSA自由能计算 | LASSO, SVM-RFE, Augur, scDist | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 244 | 2026-09-10 |
stRGAT: identifying spatial domains in spatial transcriptomics via a relational graph attention network
2026-01-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07676-9
PMID:41535938
|
研究论文 | 提出stRGAT，一种基于关系图注意力网络的深度学习框架，用于空间转录组学中的空间域识别，通过整合空间信息和基因表达来学习低维嵌入表示。 | 创新性地采用关系图注意力网络，自适应地对相邻和跨区斑点间的相似性进行建模，从而实现连贯的空间分割，并扩展至检测空间可变基因的能力。 | 摘要中未提及明确的局限性。 | 旨在准确识别具有转录组和形态模式一致性的空间域，提高空间转录组学分析中空间域鉴定的准确性。 | 跨物种数据集、连续组织切片和小鼠脑干精细数据集。 | 机器学习和数字病理 | NA | 空间转录组学测序 | 关系图注意力网络 | 空间转录组数据 | 未具体指定样本数量，但涉及跨物种、连续切片的多个数据集。 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 245 | 2026-09-10 |
Senescent fibroblasts drive CD8+ T cell dysfunction in colorectal cancer via CD36-mediated lipid transfer and peroxidation
2026-01-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07636-3
PMID:41535933
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习等方法，发现衰老成纤维细胞通过CD36介导的脂质转移和过氧化作用驱动结直肠癌中CD8+ T细胞功能失常，并验证了衰老细胞清除剂作为免疫治疗策略的潜力。 | 首次揭示衰老成纤维细胞通过CD36依赖的脂质转移和过氧化作用直接损害CD8+ T细胞功能，为结直肠癌免疫抑制机制提供新见解，并提出靶向衰老基质细胞的免疫治疗策略。 | 尚需更多临床样本验证衰老成纤维细胞与CD8+ T细胞相互作用的临床相关性，以及衰老细胞清除剂的长期效果和副作用。 | 探索衰老成纤维细胞是否及如何驱动结直肠癌中CD8+ T细胞功能障碍，并评估靶向衰老细胞的治疗潜力。 | 人结直肠癌标本、邻近正常黏膜、患者来源的类器官（CRC-PDOs）、CD8+ T细胞、衰老成纤维细胞、AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、机器学习、细胞-细胞通讯分析、共培养实验、高内涵成像、流式细胞术、ELISA、脂质脉冲追踪（BODIPY FL C16）、AOM/DSS小鼠模型、药物敏感性预测 | 随机森林 | 单细胞转录组数据、图像、基因表达数据 | 人结直肠癌标本和相邻正常黏膜（具体样本数未提供）、患者来源类器官、共培养细胞、小鼠模型（样本数未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 246 | 2026-09-10 |
Decoding the tumor microenvironment remodeling orchestrated by CLEC3B+ inflammatory cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma immunotherapy: elucidation from pan-cancer spatially single-cell transcriptomics landscape
2026-01-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07677-2
PMID:41526921
|
研究论文 | 通过泛癌单细胞RNA测序和空间转录组测序分析，揭示CLEC3B+炎症性癌症相关成纤维细胞在肺腺癌免疫治疗中的肿瘤微环境重塑作用，并开发预测免疫检查点抑制剂反应的特征模型 | 首次利用泛癌单细胞与空间转录组分析整合，揭示CLEC3B+ iCAFs的空间分布及其通过JAK2-STAT3通路增强免疫刺激功能的机制，并构建基于iCAF标志基因的ICS模型用于预测免疫治疗反应 | 尚不明确，需基于更多实验和临床数据验证 | 探究CLEC3B+炎症性癌症相关成纤维细胞在肺腺癌免疫治疗中的功能异质性及其调节肿瘤微环境的机制，提供预测免疫治疗反应的新型模型和潜在治疗策略 | 泛癌及肺腺癌中的癌症相关成纤维细胞与CD8+ T细胞，包括肺腺癌患者样本和小鼠肿瘤模型 | 癌症基因组学、单细胞转录组学、空间转录组学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组测序、RNA-seq、体内外功能实验 | 机器学习模型（用于预测免疫治疗反应） | 基因表达数据、空间转录组数据、实验数据 | 泛癌及肺腺癌患者的多中心数据，包含小鼠模型，具体样本数未明确 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 基于10x单细胞测序和空间转录组平台，并利用Illumina测序仪进行文库测序，具体方案未详细说明 |
| 247 | 2026-09-10 |
IL-6 regulates the polarization of Dectin-1 macrophages to weaken immune escape in thyroid cancer
2026-01-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07679-0
PMID:41519771
|
研究论文 | 本研究探讨IL-6通过调控Dectin-1介导的巨噬细胞极化，抑制甲状腺癌免疫逃逸的机制 | 首次揭示IL-6/Dectin-1轴通过ERK通路维持M1型巨噬细胞极化，从而抑制甲状腺癌免疫逃逸的新机制 | 未提及明确的局限性 | 阐明IL-6调控Dectin-1介导的巨噬细胞极化对甲状腺癌进展、代谢重编程和免疫重塑的影响 | 甲状腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞、CAL-62细胞及甲状腺癌小鼠模型 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 248 | 2026-09-10 |
scSNViz: visualization and analysis of cell-specific expressed SNVs
2026-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag023
PMID:41533688
|
研究论文 | 介绍了scSNViz，一个用于可视化与分析细胞特异性表达的单核苷酸变异的R包 | 首个提供单细胞RNA测序中表达变异的综合可视化和定量分析功能的R包，支持2D和3D可视化，并能与多种单细胞分析框架无缝集成 | 未提及具体限制，但可能依赖用户对不同单细胞工具链的熟悉程度或计算资源有要求 | 开发一种工具，用于探索、量化和可视化来自单细胞RNA测序数据的表达单核苷酸变异，以增强对转录异质性和等位基因动态的理解 | 来自细胞条形码单细胞RNA测序数据的表达单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未指定 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 249 | 2026-09-10 |
Tissue-resident macrophage and dendritic cells drive type I IFN immunity to enteroviruses in the liver
2026-Jan, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013891
PMID:41592119
|
研究论文 | 本研究利用小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了肝脏中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞在肠道病毒感染中驱动I型干扰素免疫应答的细胞类型特异性机制。 | 首次通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除小鼠，精确识别了肝脏中响应肠道病毒感染的细胞类型，并证明I型干扰素主要由库普弗细胞和树突状细胞亚群产生，而非肝细胞直接响应。 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全反映人类新生儿感染情况；未涉及其他类型的免疫细胞或分子机制。 | 明确肝脏中肠道病毒感染时，哪些固有免疫细胞负责启动I型干扰素抗病毒信号，并评估其对肝细胞保护的作用。 | 不同基因型小鼠（表达hFcRn且缺乏Ifnar1、Ifnlr1或两者）及肝脏中的多种细胞类型，包括肝细胞、库普弗细胞和树突状细胞。 | 免疫学 | 肠道病毒感染相关肝衰竭 | 单细胞RNA测序和条件性基因敲除 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 多种基因型小鼠模型，具体样本数量未在摘要中提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序试剂盒（具体版本未详述） |
| 250 | 2026-09-09 |
Glutamine-driven upregulation of NPDC1 promotes colorectal cancer progression through PI3K/AKT signaling
2026-01-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07733-x
PMID:41580703
|
研究论文 | 本研究旨在探索NPDC1在结直肠癌（CRC）中的表达及其通过PI3K/AKT信号通路促进肿瘤进展的调控机制 | 首次揭示NPDC1作为KRAS-谷氨酰胺轴效应因子，通过PI3K/AKT信号通路特异性调控CRC增殖，而不影响细胞凋亡、迁移或侵袭，并独立于免疫调节，为KRAS突变型CRC的靶向治疗提供了新候选靶点 | 摘要未提供详细局限性说明，可能包括对体内外模型的依赖及机制研究的深度限制 | 阐明NPDC1在结直肠癌中的生物学功能及其驱动肿瘤进展的分子机制，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 结直肠癌（CRC）肿瘤组织和细胞模型，以及KRAS突变相关NPDC1表达 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、qRT-PCR、免疫组化（IHC）、免疫荧光（IF）、基因集富集分析（GSEA）、细胞增殖与迁移实验、小鼠肿瘤模型 | Cox回归模型、基因聚类模型 | 单细胞基因表达数据、批量转录组数据、组织样本图像 | 包括体外细胞实验、体内异种移植瘤模型和肺转移模型，具体样本数量未在摘要中提及 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 251 | 2026-09-09 |
Senescence-induced endothelial-to-mesenchymal transition accelerates the subretinal fibrosis in neovascualr age-related macular degeneration
2026-01-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07707-z
PMID:41572339
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研究论文 | 本研究揭示了衰老诱导的内皮-间质转化加速新生血管性年龄相关性黄斑变性中的视网膜下纤维化，并探讨了靶向衰老细胞的治疗潜力 | 首次将细胞衰老与内皮-间质转化联系起来，并证明清除衰老内皮细胞可减轻视网膜下纤维化，为治疗提供新靶点 | 未提及明显的局限性信息 | 探究衰老的绒毛膜毛细血管内皮细胞在新生血管性年龄相关性黄斑变性中的视网膜下纤维化中的作用及其治疗潜能 | 新生血管性年龄相关性黄斑变性患者的内皮细胞、激光诱导纤维化模型中的大鼠和小鼠以及人脐静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 新生血管性年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | 未明确，可能涉及基因集变异分析（GSVA）等 | 单细胞转录组数据 | 人类样本（具体数量未说明），布朗挪威大鼠和INK-ATTAC小鼠（激光诱导模型），年轻（2-3月龄）和年老（18月龄）C57BL/6J小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 252 | 2026-09-09 |
Transcriptome changes in circulating immune cells of critical COVID-19 patients predict a specific metabolic and epigenetic imprint
2026-01-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07665-y
PMID:41566340
|
研究论文 | 分析关键COVID-19患者外周血单个核细胞的转录组变化，揭示代谢和表观遗传印记 | 通过整合分析揭示关键COVID-19患者中miRNA、lncRNA和编码基因调控网络异常，发现tRNA氨酰化基因上调及氨基酸频率改变 | 样本量有限，需要进一步验证这些发现的普遍性和机制 | 探究关键COVID-19患者免疫应答失调的转录组变化及潜在调控机制 | 来自轻度和关键COVID-19患者及对照患者的外周血单个核细胞 | 转录组学 | COVID-19 | RNA-seq | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | 包括临床试验患者及公共数据集样本，具体数量未在摘要中给出 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 253 | 2026-09-09 |
Single-cell transcriptome analysis reveals mechanisms by which hippocampal deep brain stimulation promotes neurorepair and microglial subpopulation remodeling in ischemic stroke
2026-01-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07388-0
PMID:41566372
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示海马深部脑刺激促进缺血性卒中神经修复及小胶质细胞亚群重塑的机制 | 首次利用单细胞转录组测序技术探究海马深部脑刺激治疗缺血性卒中的细胞和分子机制，发现其可增加兴奋性神经元和星形胶质细胞数量，并特异性调节小胶质细胞亚群，为卒中治疗提供新思路 | 研究主要在动物模型上进行，参数优化和临床适用性尚需进一步验证 | 研究海马深部脑刺激对缺血性卒中脑损伤修复的影响及其潜在机制 | 缺血性卒中模型小鼠，包括海马神经元、胶质细胞及小胶质细胞亚群 | 神经科学 | 缺血性卒中 | 单细胞转录组测序、RNA-seq、多通道电极记录 | NA | 基因表达数据、神经电生理数据 | 使用多只缺血性卒中小鼠，具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞转录组测序 |
| 254 | 2026-09-09 |
Identification and evaluation of glutamine-related gene characteristics based on multi-omics to predict the prognosis of patients with colorectal cancer
2026-01-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07261-0
PMID:41559659
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研究论文 | 基于多组学分析识别与谷氨酰胺代谢相关的基因特征，并评估其对结直肠癌患者预后的预测价值 | 首次揭示PCOLCE2在结直肠癌中作为肿瘤促进因子 | 摘要未提及局限性 | 阐明结直肠癌发生和复发的机制，寻找新的治疗靶点 | 结直肠癌患者，包括TCGA-CRC和GSE17537数据集 | 基因组学、转录组学 | 结直肠癌 | 多组学分析、单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blotting | Cox比例风险模型、LASSO回归 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA-CRC和GSE17537两个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 255 | 2026-09-09 |
Radiogenomics predicts immune microenvironment heterogeneity and response to combination immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2026-01-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07627-4
PMID:41555384
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研究论文 | 该研究通过整合基因组学与影像学数据，提出了一种用于预测肝细胞癌患者对免疫检查点抑制剂联合抗血管生成治疗反应的影像基因组学生物标志物 | 首次整合多组学数据和影像学特征，开发跨设备、跨模态的影像基因组学生物标志物，并通过多种独立队列和前瞻性新辅助队列验证 | 该生物标志物对治疗反应的预测能力仅为中等（AUC 0.720-0.829），且需要进一步的前瞻性验证 | 开发并验证一种免疫来源的影像基因组学生物标志物，用于预测肝细胞癌患者对免疫联合抗血管生成治疗的反应 | 肝细胞癌患者（共包括994例RNA测序和蛋白质组学数据、11个单细胞RNA测序样本、754例影像学患者） | 影像基因组学 | 肝细胞癌 | RNA测序、蛋白质组学、单细胞RNA测序、免疫组化、机器学习 | 支持向量机 | 影像（CT/MRI）、转录组、蛋白质组、单细胞转录组 | 994例（RNA-seq/蛋白质组学）、11个样本（单细胞RNA-seq）、754例（影像学队列） | NA | bulk RNA-seq、蛋白质组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 256 | 2026-09-09 |
Multi-omic profiling and preclinical efficacy of fratricide-driven, unedited CD7 CAR-T cells in T-cell leukemia
2026-01-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07701-5
PMID:41546117
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研究论文 | 该研究开发了一种无需基因编辑的第三代CD7靶向CAR-T产品UMCG-001，通过调整制造工艺克服自相残杀效应，并在体外和体内验证了其抗白血病活性及多组学特征。 | 首次通过优化标准制造流程（添加人血小板裂解物）而非基因编辑或细胞内滞留策略来克服CD7 CAR-T的自相残杀，实现了GMP合规的学术性自体CAR-T产品，并保持高T细胞受体多样性和功能。 | 主要基于临床前模型和健康供体/患者样本，未涉及大规模临床试验验证；长期安全性和体内持久性数据有限。 | 开发并验证一种可扩展、无需编辑的CD7 CAR-T细胞产品，以克服自相残杀并用于T细胞恶性肿瘤的治疗。 | T细胞白血病细胞系、健康供体和患者的T细胞、T-ALL异种移植小鼠模型。 | 细胞治疗 | T细胞白血病 | 多组学分析（光谱流式细胞术和单细胞RNA测序） | CAR-T细胞产品 | 基因表达数据、流式细胞术数据、临床前疗效数据 | 包含健康供体和患者的材料，具体样本量不详 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析细胞表型和转录组 |
| 257 | 2026-09-09 |
Combining spatial and single-cell transcriptome data to analyze tertiary lymphoid structures in clear cell renal cell carcinoma reveals prognostic biomarkers
2026-01-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07713-1
PMID:41540415
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研究论文 | 结合单细胞转录组和空间转录组数据分析肾透明细胞癌中的三级淋巴结构，识别出CEMIP、PLA2G2A和IGHGP作为预后生物标志物，并构建预后预测模型 | 首次结合单细胞和空间转录组数据解析ccRCC中TLS的空间异质性功能，并发现TLS相关基因的异常表达与抗肿瘤免疫向促肿瘤转变的机制 | 未提供明确限制，但可能受限于样本量和验证范围 | 阐明ccRCC中TLS的预后作用及其免疫调节机制，识别预后生物标志物并构建预测模型 | 肾透明细胞癌（ccRCC）中的三级淋巴结构（TLS）及相关基因 | 数字病理学 | 肾透明细胞癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组测序、免疫荧光实验、Lasso-Cox回归、共识聚类 | Lasso-Cox回归模型 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、临床病理样本图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 258 | 2026-09-09 |
ASTRO: Automated Spatial-Transcriptome whole RNA Output
2026-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf688
PMID:41495477
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研究论文 | 介绍ASTRO，一个用于处理空间转录组数据的自动化流程，特别优化了FFPE样本的全转录组分析，能检测包括miRNA在内的非编码RNA。 | ASTRO针对FFPE样本的RNA质量降低问题，加入了专门的过滤步骤并优化了空间条形码调用，提高了比对率，从而实现对全转录组中编码和非编码RNA的空间定量。 | 未明确提及局限性。 | 开发一个自动化流程来处理空间转录组数据，尤其适用于FFPE样本的全转录组分析，以检测多种RNA类型，包括非编码RNA。 | FFPE组织样本中的RNA，包括编码和非编码RNA。 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 259 | 2026-09-09 |
CeLLTra: aligning cell names with gene expression via a pathway-informed transformer
2026-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf655
PMID:41652996
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研究论文 | 开发了一种名为CeLLTra的新型对比学习框架，利用基于Transformer的模型整合生物通路信息，将基因分组为超标记，从而有效捕获scRNA-Seq数据中的基因表达，实现细胞类型注释与基因表达谱的精确对齐。 | 提出了一种结合生物通路信息的Transformer模型与预训练领域特定语言模型的对比学习框架，将基因分组为超标记，以捕捉全面的基因表达，并在监督和零样本细胞类型预测中显著优于现有方法。 | 未明确提及局限性。 | 改进单细胞RNA测序数据的细胞类型注释，克服传统方法依赖标记基因和手动标注的挑战。 | 人类scRNA-Seq数据集，包括肿瘤浸润髓系细胞，来自非小细胞肺癌患者。 | 机器学习 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 大规模人类scRNA-Seq数据集（具体样本数量未在标题和摘要中提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 260 | 2026-09-09 |
STAHD: a scalable and accurate method to detect spatial domains in high-resolution spatial transcriptomics data
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf619
PMID:41212773
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研究论文 | 提出STAHD框架，用于高分辨率空间转录组数据中空间域的可扩展和准确检测 | 结合图注意力自编码器与多级k-way图划分，实现大规模图的高效分解和低维嵌入生成，提高计算效率和聚类精度 | 未在摘要中明确提及局限性 | 开发一种能够高效处理大规模高分辨率空间转录组数据并准确检测空间域的方法 | 人类和小鼠组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 癌症（肿瘤微环境） | 空间转录组测序 | 图注意力自编码器 | 基因表达数据 | 人类和小鼠数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |