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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-06-23 |
Integrated Transcriptomic and Single-Cell Analyses Link ATP7A, a Cuproptosis-Related Hub Gene, to ECM-Adhesion Signaling Dysfunction in UVB-Induced Skin Photodamage
2026, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S607933
PMID:42328487
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研究论文 | 整合转录组和单细胞分析揭示ATP7A作为铜死亡相关核心基因与UVB诱导皮肤光损伤中ECM-黏附信号失调的关联 | 首次将铜死亡相关基因ATP7A与UVB诱导的皮肤光损伤联系起来,并通过单细胞分析揭示其在角质形成细胞ECM-黏附信号中的作用 | 研究主要基于公共数据集和动物模型,可能无法完全模拟人类真实光损伤环境;机制探讨尚需进一步实验验证 | 探究UVB诱导皮肤光损伤与铜死亡之间的关联并识别关键调控基因 | UVB照射的人皮肤转录组数据(GSE41078)和单细胞RNA-seq数据(GSE289389)中的角质形成细胞,以及急性光损伤细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 转录组测序、单细胞RNA-seq | WGCNA、CellChat | 转录组数据、单细胞转录组数据 | GSE41078数据集包含UVB照射的人皮肤样本,GSE289389数据集包含单细胞样本;细胞和小鼠模型中具体样本数未说明 | NA | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 222 | 2026-06-23 |
QeITH: Quantifies Tumor Ecosystem Heterogeneity to Predict Cancer Progression and Treatment Benefit
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0061
PMID:42328538
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研究论文 | 提出了QeITH计算框架,通过熵量化解剖肿瘤生态系统异质性,预测癌症进展和治疗获益 | 首次通过香农熵整合单细胞、 bulk和空间转录组数据,量化肿瘤生态系统异质性,揭示其在恶性转化、免疫治疗响应中的双重作用 | 研究依赖于现有数据集,可能未涵盖所有癌症类型;空间转录组分析中的异质性分布需进一步验证 | 量化肿瘤生态系统异质性并评估其在癌症进展和治疗响应中的临床意义 | 肿瘤生态系统中的细胞组成和功能状态 | 机器学习 | 泛癌种 | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包含单细胞、 bulk和空间转录组的多数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 223 | 2026-06-23 |
Integrated transcriptomics identifies ER stress-associated apoptosis in post-resuscitation AKI and supports early Dl-3-n-butylphthalide-associated renoprotection in a porcine TCA model
2026, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2026.1841271
PMID:42328631
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研究论文 | 通过整合转录组学,识别心肺复苏后急性肾损伤中内质网应激相关凋亡,并支持在猪创伤性心脏骤停模型中早期DL-3-正丁基苯酞的肾保护作用 | 首次在猪创伤性心脏骤停模型中,通过整合批量转录组和单细胞RNA测序数据,发现NBP通过调节内质网应激/未折叠蛋白反应相关凋亡通路发挥肾保护作用 | NA | 研究NBP对猪创伤性心脏骤停后急性肾损伤的影响及其与内质网应激/未折叠蛋白反应相关凋亡的关联 | 猪心脏骤停模型及肾组织样本 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | RNA-seq, 批量转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康雄性巴马小型猪,随机分为假手术、TCA和TCA+NBP三组 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 224 | 2026-06-22 |
EZH2-Mediated Epigenetic Modifications Induce Pyroptosis in Dental Pulp Endothelial Cells via Activation of NLRP6 Inflammasome During Pulpitis Development
2026, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/5876995
PMID:41948911
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研究论文 | 本研究探索牙髓炎过程中牙髓组织的细胞组成变化和细胞焦亡通路,并初步验证EZH2通过NLRP6在脂多糖诱导的血管内皮细胞焦亡中的调控作用 | 首次揭示EZH2/NLRP6轴在牙髓炎内皮细胞焦亡中的关键调控作用,并提出其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于细胞和生物信息学分析,缺乏体内动物模型验证,EZH2/NLRP6轴的临床相关性需进一步确认 | 阐明牙髓炎中内皮细胞焦亡的分子机制及EZH2的调控作用 | 牙髓组织中的血管内皮细胞(包括EOMA细胞系) | 机器学习 | 牙髓炎 | 单细胞RNA测序,RNA测序,微阵列分析 | NA | 基因表达数据 | 公开单细胞RNA测序和微阵列数据,以及EZH2fl/fl;Tie2-Cre+/-小鼠牙髓组织 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 225 | 2026-06-22 |
Single-cell analysis of inhibitory efferent neurons of the zebrafish lateral line
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346255
PMID:41950195
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research paper | 对斑马鱼侧线系统中抑制性传出神经元的单细胞分析 | 首次对斑马鱼侧线中三种抑制性传出神经元(REN、ROLE和RELL)进行单细胞RNA测序,揭示其转录组和神经支配模式的差异 | 转录分析未发现内在分子差异,功能差异需进一步通过逆行追踪等方法验证 | 探究斑马鱼侧线抑制性传出神经元的功能差异 | 斑马鱼幼虫的抑制性传出神经元(REN、ROLE和RELL) | machine learning | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 5日龄斑马鱼幼虫 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 226 | 2026-06-22 |
A murine model of sepsis induces age- and sex-specific chromatin remodeling in myeloid-derived suppressor cells
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1750174
PMID:41953016
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研究论文 | 本研究通过高分辨率单分子技术MAPit-FENGC,构建小鼠脓毒症模型中髓源性抑制细胞的年龄和性别特异性染色质量塑图谱 | 首次采用单分子方法同时分析DNA甲基化和染色质可及性,揭示脓毒症后髓源性抑制细胞中年龄和性别依赖的启动子表观遗传类别 | 研究仅针对小鼠模型,且聚焦于特定靶基因启动子区域,可能无法完全反映人类脓毒症的复杂性 | 阐明脓毒症幸存者长期免疫功能障碍的表观遗传机制,特别是年龄和性别对髓源性抑制细胞染色质状态的影响 | 年轻和老年成年雄性及雌性小鼠的脾脏髓源性抑制细胞 | 表观遗传学 | 脓毒症 | MAPit-FENGC,单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | DNA甲基化数据,染色质可及性数据,转录组数据 | 包括年轻和老年成年雄性及雌性小鼠,具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | MAPit-FENGC用于单分子DNA甲基化和染色质可及性分析,单细胞RNA测序用于转录组分析 |
| 227 | 2026-06-22 |
Interrogation of glioma immune microenvironment identifies a non-canonical role for microglial Galectin-9 in tumor cell adhesion and phagocytosis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1733688
PMID:41953006
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和配体-受体相互作用分析,揭示小胶质细胞Galectin-9在胶质瘤免疫微环境中调控肿瘤细胞粘附和吞噬的非经典功能 | 首次发现小胶质细胞中的Galectin-9具有促进胶质瘤细胞粘附和吞噬的非经典作用,而非传统认知中的免疫抑制功能 | 基于体外共培养系统,缺乏体内实验验证;样本量有限且未涵盖所有IDH突变亚型 | 识别具有抗胶质瘤功能的髓系效应细胞并阐明其分子机制 | 胶质瘤相关小胶质细胞/巨噬细胞(GAMs) | 机器学习 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例IDH分型胶质瘤患者的肿瘤脑组织CD45+白细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 228 | 2026-06-22 |
Identification of non-cardiomyocytes marker genes in patients with diabetes and cardiomyopathy through single-cell analysis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0351057
PMID:42247398
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,识别糖尿病和心肌病患者的非心肌细胞标志基因 | 首次通过单细胞RNA测序揭示非心肌细胞在糖尿病心肌病中的代谢、炎症和纤维化机制异质性,并发现PTPRC作为潜在治疗靶点 | 未提及该研究的局限性 | 探索非心肌细胞如何通过代谢、炎症和纤维化机制驱动糖尿病心肌病,并揭示新的治疗靶点 | 2型糖尿病患者的心脏组织中的非心肌细胞 | 生物信息学 | 糖尿病心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 229 | 2026-06-22 |
Sphingolipid metabolic enzyme GLA expression in gliomas: prognostic implications and therapeutic potential
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1773193
PMID:41952691
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研究论文 | 分析GLA在胶质瘤中的表达及其预后意义和治疗潜力 | 首次系统评估鞘脂代谢酶GLA在胶质瘤中的表达模式及其与预后、治疗抵抗和代谢通路的关系 | 主要基于数据库分析,功能验证仅在细胞系层面,缺乏体内实验和临床样本验证 | 探索GLA作为胶质瘤预后生物标志物的可能性及其生物学功能 | 胶质瘤患者肿瘤组织和胶质瘤细胞系 | 机器学习 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 基因敲低 | NA | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA和CGGA数据集中的胶质瘤样本,具体数量未提及 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina测序平台 | NA |
| 230 | 2026-06-22 |
Hypobaric hypoxia can lead to an increase in lung dendritic cells and promote T-cell immunosuppression, thereby preventing the excessive progression of high-altitude pulmonary edema
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1752864
PMID:41953030
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研究论文 | 该研究探讨了低压低氧环境下肺部树突状细胞增加及T细胞免疫抑制在高原肺水肿发展中的调控作用 | 首次揭示低压低氧诱导的肺部树突状细胞招募通过促进CD4+ T细胞免疫抑制来延缓高原肺水肿进展,并发现TNF-α在其中的负向调控作用 | 未提及具体局限性 | 阐明低压低氧条件下肺部树突状细胞对T细胞免疫抑制的影响及其在高原肺水肿发展中的保护机制 | 大鼠和小鼠的高原肺水肿模型,包括TNF-α缺陷小鼠和CD4中和抗体处理小鼠 | 机器学习 | 高原肺水肿 | 单细胞测序,流式细胞术,体外共培养 | NA | 单细胞测序数据,流式细胞数据 | 大鼠和小鼠的高原肺水肿模型样本,具体数量未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 231 | 2026-06-22 |
Bioinformatics combined with machine learning for the identification of malignant transformation markers in colorectal polyps
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1785464
PMID:41953046
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研究论文 | 利用生物信息学与机器学习方法,鉴定结直肠息肉恶变的标志物,并构建高精度诊断模型 | 结合单细胞RNA测序数据与多种机器学习算法(Boruta、LASSO、XGBoost)筛选出六个核心基因,并建立脊回归诊断模型,为结直肠癌早期诊断提供新标志物 | 未提及外部验证队列的多样性或模型在临床实践中的适用性限制 | 筛选调控结直肠肿瘤发生的核心基因,构建可靠的结直肠癌诊断模型 | 结直肠息肉恶变过程中的关键基因和诊断标志物 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq、单细胞RNA测序、qRT-PCR | 脊回归、LASSO、XGBoost、Boruta算法 | 基因表达数据 | GSE209741数据集(样本量未明确)、GSE161277单细胞RNA测序数据集、TCGA-COADREAD队列、GSE41258队列、CRC细胞系SW480和HCT116、正常结直肠上皮细胞系NCM460 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 232 | 2026-06-22 |
FCGR2B + Macrophages as a Critical Node Linking Ferroptosis and Immunosuppression: A Multiomics Framework for Prognosis and Therapy in High-Grade Serous Ovarian Cancer
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/8027584
PMID:41953398
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现FCGR2B+巨噬细胞连接铁死亡与免疫抑制,并构建了高级别浆液性卵巢癌预后和治疗的多组学框架 | 首次将FCGR2B+肿瘤相关巨噬细胞作为连接铁死亡和免疫抑制的关键节点,并基于此构建四基因预后风险模型 | 未在更大规模或不同种族队列中验证模型,且缺乏对FCGR2B+巨噬细胞功能的进一步实验验证 | 探索FCGR2B+巨噬细胞在高级别浆液性卵巢癌中的预后意义及治疗潜力 | FCGR2B+肿瘤相关巨噬细胞亚群及高级别浆液性卵巢癌患者 | 数字病理学 | 高级别浆液性卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 233 | 2026-06-20 |
TNF superfamily member 14 drives post-influenza depletion of alveolar macrophages, enabling secondary pneumococcal pneumonia
2026-01-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI185390
PMID:41252214
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研究论文 | 该研究发现肿瘤坏死因子超家族成员14(TNFSF14)是流感病毒感染后肺泡巨噬细胞减少的关键驱动因子,从而促进继发性肺炎球菌肺炎的发生 | 首次揭示TNFSF14配体/受体轴在流感后肺泡巨噬细胞耗竭中的驱动作用,并证明通过基因修饰的肺泡巨噬细胞移植或抗体中和可减轻疾病严重程度 | NA | 阐明流感病毒感染后组织驻留肺泡巨噬细胞(TR-AM)减少的分子机制,并确定治疗靶点 | 甲型流感病毒感染和流感-肺炎链球菌共感染的体内模型,以及严重病毒性急性呼吸窘迫综合征患者 | NA | 肺炎球菌肺炎,流感诱导的肺损伤 | 单细胞转录组学,细胞特异性PCR分析 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 234 | 2026-06-20 |
Clonal hematopoiesis activates procalcific pathways in macrophages and promotes aortic valve stenosis
2026-01-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI171634
PMID:41252200
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research paper | 研究发现克隆性造血通过激活巨噬细胞中的促钙化通路促进主动脉瓣狭窄 | 首次揭示克隆性造血(特别是TET2突变)在主动脉瓣狭窄发病机制中的直接作用,并阐明了OSM信号因子的关键角色 | NA | 研究克隆性造血在主动脉瓣狭窄发病中的作用机制 | 克隆性造血患者、主动脉瓣狭窄患者、Tet2基因敲除小鼠 | machine learning | cardiovascular disease | meta-analysis, single-cell RNA-seq, 基因沉默 | NA | NA | 来自All of Us、BioVU和UK Biobank的多个队列的患者数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 235 | 2026-06-20 |
Integrative single-cell transcriptomic and experimental analyses unveil Qihuang granule's protection against retinal photodamage via PI3K/AKT/mTOR-mediated autophagy
2026-01, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106881
PMID:41318054
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学与实验分析,揭示芪黄颗粒通过PI3K/AKT/mTOR介导的自噬保护视网膜光损伤的作用机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术从细胞异质性角度解析传统中药芪黄颗粒保护视网膜光损伤的分子机制,聚焦于PI3K/AKT/mTOR信号通路与自噬的调控关系 | 未明确指出局限性 | 探究芪黄颗粒对视网膜光损伤的保护作用及其潜在分子机制 | 蓝光诱导视网膜损伤大鼠模型和ARPE-19细胞模型 | 单细胞转录组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序、Western blot、qPCR | NA | 单细胞转录组数据、蛋白表达数据、基因表达数据 | 大鼠模型和ARPE-19细胞模型(具体数量未详述) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 236 | 2026-06-20 |
Workshop Introduction: Advances of AI Methods in Single Cell Spatial Omics
2026, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
DOI:10.1142/9789819824755_0061
PMID:41758189
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研讨会介绍 | 介绍单细胞空间组学中人工智能方法的最新进展 | 强调AI和机器学习在空间转录组学、蛋白质组学和代谢组学中的前沿应用,涵盖数据整合、细胞间相互作用建模以及疾病和精准医学的转化应用 | 未明确提及具体局限 | 展示AI方法在单细胞空间组学中的最新发展及其在疾病和精准医学中的应用 | 单细胞空间组学中的AI和机器学习方法 | 机器学习 | NA | 空间转录组学, 蛋白质组学, 代谢组学 | NA | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 237 | 2026-06-19 |
Stereo-cell deciphers the spatial and functional heterogeneity of polyploid hepatocytes
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag023
PMID:41770024
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研究论文 | 利用Stereo-cell技术解析多倍体肝细胞的空间和功能异质性 | 开发了基于成像的倍性识别(SCIPI)技术流程,整合明场细胞轮廓识别、DAPI核面积与数量量化以及UMI标记单细胞转录组学,实现六种核心肝细胞亚型的精确鉴定 | 未提及明显局限性 | 探索二倍体、四倍体和八倍体肝细胞之间的功能差异,揭示多倍体肝细胞的转录组和功能异质性 | 多倍体肝细胞(包括二倍体、四倍体、八倍体及其单核与双核亚型) | 数字病理学 | NA | 空间分辨单细胞测序 | NA | 图像与转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | Stereo-cell | Stereo-cell成像倍性识别技术(SCIPI) |
| 238 | 2026-06-19 |
Targeting the N-acetyltransferase 10/DKK2 axis enhances CD8+ T cell antitumor activity in colorectal cancer models
2026-01-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI196722
PMID:41542770
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研究论文 | 揭示NAT10通过ac4C依赖性mRNA稳定促进结直肠癌免疫逃逸,靶向NAT10/DKK2轴增强CD8+ T细胞抗肿瘤活性 | 首次阐明NAT10通过ac4C修饰稳定DKK2 mRNA调控CD8+ T细胞功能障碍的分子机制,并验证其与抗PD-1治疗的协同作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人类临床试验中验证NAT10抑制剂的治疗效果 | 研究NAT10在结直肠癌肿瘤微环境中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力 | 结直肠癌细胞、小鼠模型(MC38/CT-26)、肠上皮细胞特异性Nat10敲除小鼠、患者来源类器官和临床标本 | 机器学学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、多组学整合分析 | NA | 图像、文本 | 使用MC38/CT-26同源小鼠模型、Nat10cKO小鼠、患者来源类器官和临床标本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 239 | 2026-06-19 |
Non-invasive radiogenomic mapping of the SMARCAL1-driven ferroptotic niche is associated with longitudinal MRD-negative surveillance in early-stage NSCLC
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1835413
PMID:42266691
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研究论文 | 通过术前CT影像组学特征构建Rad-Score,非侵入性捕捉SMARCAL1驱动的铁死亡免疫微环境,并与早期非小细胞肺癌术后持续MRD阴性监测相关 | 首次将术前CT影像组学特征与SMARCAL1驱动的铁死亡免疫微环境空间组织相关联,建立非侵入性预测术后持续MRD阴性的放射组学评分,并通过空间转录组学、CRISPR-Cas9敲除和功能验证确认机制 | 单中心回顾性队列研究,样本量有限(71例患者),需前瞻性验证;Rad-Score在外部验证中性能略有下降(C-index从0.812降至0.741-0.783) | 探讨术前CT影像组学特征能否非侵入性捕捉与术后持续MRD阴性相关的铁死亡富集、免疫活跃的肿瘤微环境空间组织 | 完全切除的IB-IIIA期非小细胞肺癌患者(71例),术后两个时间点MRD阴性 | 计算机视觉 | 非小细胞肺癌 | CT成像, 全外显子测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光, 免疫组化, CRISPR-Cas9敲除 | NA | 图像, 文本 | 71例患者(14例用于空间转录组学,40例用于多重免疫荧光,60例用于免疫组化) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学 |
| 240 | 2026-06-19 |
Multisite Assessment of Methods for Cell Preservation Upstream of Single-Cell RNA Sequencing
2026, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/001c.162768
PMID:42281660
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研究论文 | 通过跨平台、多中心研究评估三种细胞保存方法(10x Genomics FLEX、Parse Biosciences Evercode WT v2、Honeycomb Bio HIVE)在上游单细胞RNA测序中的性能和可重复性 | 首次进行多平台、多中心的系统性比较,评估不同细胞保存方法对单细胞RNA测序结果的影响,并为研究者提供选择最合适保存工作流程的资源 | 平台特异性的表达特征存在于部分基因亚组,且FLEX工作流程在站点样本处理中表现出更高的技术变异性 | 评估和比较不同商业细胞保存方法在单细胞RNA测序中的性能、可重复性和适用性 | 从单一健康个体分离的总白细胞和外周血单核细胞(PBMCs) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1位健康个体的细胞样本,包括总白细胞和PBMCs,由2名技术人员并行制备 | 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Bio | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Parse Biosciences Evercode WT v2, Honeycomb Bio HIVE | 10x Chromium Single Cell 3' v3.1 (3pGEX) 化学试剂作为参考,FLEX和HIVE为保存方法 |