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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-24
Microoxic conditions promote Escherichia-associated cellulase expression in the giant panda gut
2026-01-14, The ISME journal
研究论文 该研究通过构建大熊猫肠道微生物组的物种分辨率参考目录,结合群落 profiling、微生物单细胞 RNA 测序和分离株表型实验,揭示 Escherichia coli 在微氧条件下可参与纤维素加工 构建了物种分辨率的大熊猫肠道微生物组参考目录 Pbac v2(466 个物种级基因组),利用液滴式微生物单细胞 RNA 测序将纤维素酶相关转录本原位归属到 Escherichia,并发现 E. coli 亚群在呼吸代谢与厌氧程序间的异质性,结合分离株实验证明氧气依赖的纤维素分解表型 未在体内测量氧气水平,微氧条件与纤维素加工的直接因果关系尚需进一步验证 探究大熊猫肠道中纤维加工如何进行,并将群落特征与细胞转录谱和分离株表型相关联 大熊猫肠道微生物组(包括 142 个样本的群落、16 659 个单细胞及 panda 来源的 E. coli 分离株) 微生物组学, 单细胞组学 NA 培养组学, PacBio HiFi 宏基因组测序, 微生物单细胞 RNA 测序, 多组学 NA 基因组序列, 转录组序列, 表型数据 142 个社区样本、4 个样本用于单细胞测序(16 659 个细胞)以及 panda 来源的 E. coli 分离株 PacBio 宏基因组测序, 微生物单细胞 RNA 测序 PacBio HiFi, 液滴式微生物单细胞 RNA 测序 PacBio HiFi 宏基因组测序用于构建参考目录,液滴式微生物单细胞 RNA 测序用于单细胞转录谱分析
2 2026-09-24
Decoding CNS regeneration: Insights from single-cell RNA sequencing in SCI and TBI across multiple species
2026-01-09, Neuroscience IF:2.9Q2
综述 该综述综合了应用单细胞RNA测序研究脊髓损伤和创伤性脑损伤后中枢神经系统修复机制的跨物种文献,揭示了保守的细胞反应和再生机制 跨物种(哺乳动物、青蛙、斑马鱼)整合单细胞RNA测序数据,系统比较脊髓损伤和创伤性脑损伤后中枢神经系统再生的细胞和分子机制,识别共享的激活通路和再生相关基因 仅纳入2010至2025年间PubMed和Google Scholar的同行评审研究,可能遗漏未发表数据或其他数据库的研究,且综述本身不产生新的实验数据 通过对脊髓损伤和创伤性脑损伤模型的单细胞RNA测序研究进行系统综述,阐明中枢神经系统损伤和修复的分子与细胞机制,为未来治疗提供见解 脊髓损伤和创伤性脑损伤模型中的中枢神经系统细胞,涵盖哺乳动物、青蛙和斑马鱼等多种物种 数字病理学, 机器学习 脊髓损伤, 创伤性脑损伤 单细胞RNA测序 NA 文本, 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
3 2026-09-24
Mechanisms of immune escape and extramedullary tropism in leukemia cutis
2026-01-01, Blood IF:21.0Q1
研究论文 该研究通过对皮肤和皮下组织受累的急性髓系白血病(eAML)活检样本进行批量与单细胞转录组分析,揭示了免疫逃逸机制和髓外趋向性的分子特征 首次对孤立性髓外皮肤及皮下组织急性髓系白血病进行批量与单细胞转录组联合分析,发现了eAML中T细胞耗竭特征、HLA II类分子下调的免疫逃逸表型、8个归巢受体分子的表达差异,以及免疫检查点治疗期间局部与循环T细胞受体序列的高度重叠 样本量较小(10例患者共23份活检),且仅对1例患者的连续样本进行了免疫检查点治疗分析,需要更大规模的验证研究 阐明急性髓系白血病髓外趋向性(特别是皮肤受累)的免疫微环境和白血病表型机制,为治疗靶点提供依据 10例孤立性髓外急性髓系白血病患者的23份皮肤和皮下组织活检样本,以及7例骨髓复发患者的对照样本 数字病理学 白血病 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA 转录组数据 10例患者的23份eAML活检样本,7例骨髓复发样本,1例连续免疫检查点治疗样本 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
4 2026-09-23
Stochastic gradient descent estimation of generalized matrix factorization models with application to single-cell RNA sequencing data
2026-01-20, Biostatistics (Oxford, England)
研究论文 本文提出一种广义矩阵分解模型,并采用自适应随机梯度下降算法进行估计,用于单细胞RNA测序数据的降维分析 提出假设广义指数离散族分布的广义矩阵分解模型,将现有单细胞降维方法统一为特例,并开发可扩展的自适应随机梯度下降算法,能够高效处理数百万个细胞 摘要中未明确提及局限性 解决单细胞RNA测序数据降维中因数据规模和复杂度带来的挑战,实现大规模单细胞数据的可视化、聚类和表型表征 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 广义矩阵分解模型、随机梯度下降 基因表达矩阵 数百万个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-09-23
High-dimensional multiomics reveals perturbations to IL-6/IL-6R axis and RUNX3 in CD4+ T cells during third-trimester pregnancy
2026, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2
研究论文 该研究通过高维流式细胞术和CITE-seq单细胞多组学技术,分析了妊娠晚期CD4+ T细胞的表面蛋白质组和转录组,揭示了IL-6/IL-6R轴和RUNX3的扰动 首次在妊娠晚期对血液和蜕膜中的CD4+ T细胞进行高维表面蛋白质组和转录组联合分析,发现了IL-6/IL-6R信号轴的扰动以及RUNX3在蜕膜组织驻留样CD4+ T细胞中的上调 样本量相对有限,仅分析了足月妊娠(>37周)样本,未涉及早期或中期妊娠,且未对发现的差异表达特征进行功能验证 理解妊娠期间CD4+ T细胞的表面蛋白质组和转录组变化,揭示其在妊娠免疫调节中的适应和调控机制 足月妊娠(>37周)孕妇的血液和蜕膜CD4+ T细胞,以及非妊娠女性血液CD4+ T细胞 单细胞多组学 妊娠并发症 流式细胞术, 单细胞RNA测序, CITE-seq NA 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 足月妊娠(>37周)孕妇的血液和蜕膜样本,以及非妊娠女性血液样本 NA 单细胞RNA测序, CITE-seq NA 使用>130个CITE-seq条形码抗体进行单细胞转录组分析,并通过流式细胞术筛选>350种表面蛋白
6 2026-09-23
Identification of Gene Signatures and Molecular Mechanisms for Diagnosing Parkinson's Disease and Nonalcoholic Fatty Liver Disease Using Machine Learning
2026, Parkinson's disease
研究论文 通过转录组数据和机器学习方法识别帕金森病与非酒精性脂肪性肝病的共同核心基因和分子机制 首次综合运用多种机器学习方法、免疫浸润分析、单细胞测序和分子对接技术,揭示NAFLD与PD通过肝脑轴关联的共享基因特征和候选治疗药物 研究主要基于生物信息学分析,缺乏湿实验验证;样本量有限,未进行独立队列验证 识别帕金森病与非酒精性脂肪性肝病的共同差异表达基因、分子机制及候选治疗药物 帕金森病和非酒精性脂肪性肝病患者的转录组数据 机器学习 帕金森病, 非酒精性脂肪性肝病 转录组测序, 单细胞RNA测序 LASSO, 神经网络, 随机森林 基因表达数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
7 2026-09-23
A Spatially Constrained Fibroblast-Myeloid Program Associates With Immune Exclusion and Poor Prognosis in Lung Adenocarcinoma
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 该研究整合多个肺腺癌单细胞RNA测序队列,结合空间转录组学,揭示了与免疫排斥和不良预后相关的成纤维细胞-髓系细胞空间受限程序 通过多队列单细胞整合和空间验证,定义了肺腺癌中以癌相关成纤维细胞为中心的免疫排斥生态位,揭示了成纤维细胞亚型与髓系细胞状态之间的空间耦合关系,并发现CD276(B7-H3)与免疫排斥的关联 研究主要基于公开数据集的二次分析和相关性分析,缺乏功能性实验验证;CAFs亚型与髓系细胞相互作用的具体分子机制尚未通过体内外实验证实 解析肺腺癌中癌相关成纤维细胞异质性及其与髓系细胞的空间交互在免疫排斥中的作用 肺腺癌(LUAD)肿瘤微环境中的癌相关成纤维细胞(CAFs)和髓系细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、WGCNA、拟时序轨迹推断、调控子分析、配体-受体分析 Harmony、Slingshot、NicheNet 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据 8个公开肺腺癌单细胞RNA测序队列共164个样本、471,501个细胞,以及TCGA-LUAD批量数据 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
8 2026-09-23
Single-Cell Transcriptomic Analysis Suggests That JUN May Regulate BAMBI to Promote Osteosarcoma Cell Migration and Invasion
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 该研究利用单细胞RNA测序分析骨肉瘤的瘤内异质性,发现JUN可能通过调控BAMBI促进骨肉瘤细胞迁移和侵袭 首次通过单细胞转录组分析揭示了骨肉瘤从非转移向转移状态转变过程中BAMBI的下调及其受JUN调控的机制,并发现BAMBI下调导致TGF-β信号通路过度激活从而促进骨肉瘤细胞迁移和侵袭 研究主要基于生物信息学分析和体外功能实验验证,缺乏体内动物模型实验和更大规模的临床样本验证 评估骨肉瘤的瘤内异质性,识别免疫诊断和治疗标志物,探索骨肉瘤远处转移的潜在分子机制,为靶向治疗提供新见解 骨肉瘤(OS)细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞 数字病理学 骨肉瘤 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
9 2026-09-23
Integrative Multiomics Analysis Reveals Tumor-Associated Macrophage Heterogeneity and a Prognostic Signature in Gastric Cancer
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序、批量转录组学和空间转录组学数据,系统表征了胃癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性,并构建了预后signature 整合多组学数据(scRNA-seq、bulk transcriptomics、空间转录组学)系统揭示胃癌TAM异质性;利用高维加权基因共表达网络分析鉴定GC相关巨噬细胞共表达模块;通过机器学习算法构建了包含UPP1、VCAN、ELL2、ABCA1、TUBA1A、MX2和TSPO的七基因预后signature,其中CoxBoost模型在多个队列中表现最优;空间转录组学揭示UPP1表达TAM介导的独特代谢谱和广泛细胞互作网络 摘要中未明确提及研究局限性 系统表征胃癌肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞的异质性,并鉴定具有预后价值的生物标志物 胃癌(Gastric Cancer, GC)肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 空间转录组学, 高维加权基因共表达网络分析, 机器学习 CoxBoost 单细胞RNA测序数据, 批量转录组数据, 空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学 NA NA
10 2026-09-23
Fractional Order Total Variation Low-Rank Representation on Single-Cell RNA Sequencing Clustering
2026 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3
研究论文 提出一种自适应分数阶全变分正则化低秩表示模型(AFTV-LRR),用于单细胞RNA测序数据的聚类分析,以提升细胞亚型识别的准确性 将自适应分数阶全变分引入低秩表示框架,在重构低秩子空间结构学习细胞相似性的同时,通过分数阶梯度学习保留细粒度细胞特征,并采用ADMM高效求解优化问题 摘要中未明确提及研究的局限性 解决scRNA-seq数据高维、噪声大以及普遍存在的 dropout 事件对准确聚类和亚型识别造成的挑战 11个公开可用的单细胞RNA测序数据集,包括小鼠胚胎数据集 机器学习 NA 单细胞RNA测序 低秩表示模型,自适应分数阶全变分正则化,ADMM优化,谱聚类 基因表达数据 11个公开scRNA-seq数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
11 2026-09-23
Associations Between Immune Senescence and Immune Reconstitution Among People Living With HIV Undergoing Antiretroviral Therapy
2026, Journal of immunology research IF:3.5Q2
研究论文 本研究探讨了HIV感染者在接受抗逆转录病毒治疗前免疫衰老与免疫重建失败之间的关联,发现治疗前免疫衰老特征与非免疫重建显著相关 首次结合公共CD4+ T细胞单细胞RNA测序数据的SenMayo基因集评分与510人前瞻性队列,系统评估治疗前免疫衰老标志物对48周ART后免疫重建失败的预测作用 摘要中未明确提及研究局限性 确定治疗前以淋巴细胞谱和淋巴细胞细胞衰老标志物为特征的免疫衰老在ART启动48周后非免疫重建中的作用 510名启动ART的HIV感染者 机器学习 艾滋病 单细胞RNA测序 NA 文本, 图像 510名启动ART的HIV感染者前瞻性队列,以及公共CD4+ T细胞单细胞RNA测序数据 NA single-cell RNA-seq NA NA
12 2026-09-23
Integrative Multiomics Analysis Identifies a Novel Gene Signature That Predicts Chemotherapy Resistance and Poor Survival in Osteosarcoma
2026, Human mutation IF:3.3Q2
研究论文 本文通过整合多组学分析,建立并验证了一个13基因特征,用于预测骨肉瘤的化疗耐药和不良生存 开发并验证了一个13基因特征,揭示了高风险肿瘤的增殖过度激活、基因组不稳定、免疫冷表型以及去分化干细胞样特性,并提供了与化疗耐药生物学相关的机制框架 摘要中未明确提及研究局限性 识别预测骨肉瘤化疗耐药和不良生存的新型基因特征 骨肉瘤(OS)患者样本和转录组数据 多组学分析 骨肉瘤 加权基因共表达网络分析(WGCNA),单细胞转录组学,空间转录组学 风险模型 转录组数据,单细胞数据,空间转录组数据 四个独立队列(TARGET-OS, GSE21257, GSE16091, GSE39055),具体样本数未在摘要中说明 NA 单细胞转录组学,空间转录组学 NA NA
13 2026-09-23
Myeloid HDAC7 drives liver inflammation and systemic glucose dysregulation during diet-induced obesity
2026, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2
研究论文 该研究探讨了髓系HDAC7在饮食诱导的肥胖中驱动肝脏炎症和全身葡萄糖失调的作用 首次通过功能获得和功能缺失遗传学方法证明髓系HDAC7在肥胖驱动的代谢疾病中促进肝脏炎症和全身葡萄糖失调,并利用空间转录组学揭示其指导晚期慢性肝病特征性肝脏基因签名 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且具体分子机制尚未完全阐明 研究髓系HDAC7在肥胖驱动的代谢疾病中的功能 小鼠模型和人类晚期慢性肝病患者肝脏样本 机器学习 代谢性疾病 空间转录组学 NA 图像,文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
14 2026-09-23
Integrative Transcriptomic and Single-Cell Analyses Identify ATP1A1 as a Prognostic and Immune-Associated Factor in Esophageal Cancer
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 该研究通过整合转录组学与单细胞分析,构建线粒体应激相关基因预后模型,并鉴定ATP1A1为食管癌预后与免疫相关因子 首次基于线粒体应激相关基因集构建食管癌LASSO Cox预后模型,并鉴定ATP1A1为唯一具有一致预后意义的基因,结合单细胞RNA测序揭示其在肿瘤微环境中的定位及与免疫调节、药物敏感性的关联 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,实验验证仅限于细胞水平,缺乏体内动物实验和前瞻性临床队列验证,样本量相对有限 构建线粒体应激相关基因预后模型,探索ATP1A1在食管癌中的预后价值、免疫调节作用及治疗反应异质性 食管癌患者转录组与临床数据及食管癌细胞 机器学习 食管癌 转录组测序, 单细胞RNA测序 LASSO Cox回归 文本, 图像 公共数据库食管癌转录组与临床数据及GSE160269单细胞RNA测序队列 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
15 2026-09-23
Single Cell and Machine Learning-Based Analysis of Lysosome Mediated Cell Death Reveals Novel Prognostic Biomarkers and Therapeutic Targets in Cervical Cancer
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 该研究结合单细胞RNA测序与15种机器学习算法,分析宫颈癌中溶酶体介导细胞死亡相关基因表达模式,鉴定预后生物标志物和治疗靶点 首次在单细胞分辨率下系统刻画宫颈癌中溶酶体介导细胞死亡的功能意义及其与肿瘤微环境的交互作用,并整合15种机器学习算法构建预后模型 研究主要基于公共数据库的回顾性转录组数据,缺乏前瞻性临床队列验证和实验功能验证 探究溶酶体介导细胞死亡在宫颈癌中的功能意义,发现新型预后生物标志物和治疗靶点 宫颈癌患者及其肿瘤微环境中的细胞群体 机器学习 宫颈癌 单细胞RNA测序, 转录组测序 CoxBoost, RFSurvival, Lasso-Cox 转录组数据, 单细胞基因表达数据 多队列转录组数据来自TCGA和GEO数据库,单细胞RNA测序数据来自GSE138080数据集 NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
16 2026-09-23
Network Pharmacology and Single-Cell Transcriptomic Investigation of Molecular Mechanisms Underlying Erigeron breviscapus Treatment in Acute Myocardial Infarction
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 该研究整合网络药理学和单细胞转录组学,探讨灯盏花治疗急性心肌梗死的多组分、多靶点、多通路分子机制 首次将网络药理学预测与单细胞转录组学数据整合,系统揭示灯盏花在急性心肌梗死中通过多组分、多靶点、多通路发挥心脏保护作用的分子机制 研究以计算预测和假设生成为主,缺乏充分的实验验证和临床转化证据 建立预测性计算框架,研究灯盏花治疗急性心肌梗死的分子机制 灯盏花活性成分、急性心肌梗死相关基因、心肌梗死样本的单细胞转录组数据及小鼠急性心肌梗死模型 机器学习 心血管疾病 网络药理学, 单细胞RNA测序 NA 文本, 图像 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
17 2026-09-23
Integrative Analysis of Genetic Risk Factors for Acute Myeloid Leukemia Using Mendelian Randomization and Single-Cell RNA Sequencing Validation
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 该研究通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证,系统评估了10个遗传暴露因素与急性髓系白血病风险的因果关系,并在细胞水平揭示了风险基因的表达模式 首次将孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序验证相结合,系统评估多个遗传暴露因素对急性髓系白血病的因果效应,并在单细胞水平揭示风险基因在不同造血谱系中的细胞特异性表达模式 摘要中未明确说明研究的局限性 评估遗传因素与急性髓系白血病风险之间的因果关系,并在细胞水平验证风险基因的表达模式,为靶向治疗策略提供依据 10个遗传暴露因素(COL11A2、MTHFD1、SERPINA10、SPATA20、PDE5A、ANXA11、FUT10、TXNL4B、RNASET2、TCL1A)与急性髓系白血病的因果关系 机器学习 急性髓系白血病 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序 逆方差加权、加权中位数、简单模式、加权模式、MR-Egger回归 基因表达数据、遗传数据、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2026-09-23
Immune cell senescence and chronic bone diseases: osteoimmune mechanisms and therapeutic perspectives
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文综述了免疫细胞衰老在慢性骨病中的骨免疫机制,并探讨了靶向免疫细胞衰老的治疗策略 系统整合了免疫细胞衰老驱动慢性骨病的细胞机制,并对比分析了其在骨质疏松、骨关节炎、类风湿关节炎和糖尿病相关骨病中的疾病特异性差异 所涉及的干预策略整体仍处于临床前或早期转化阶段,缺乏成熟的生物标志物体系和精准干预方案 阐明免疫细胞衰老通过骨免疫机制驱动慢性骨病的病理机制,并探索靶向免疫细胞衰老的治疗前景 衰老免疫细胞及其与骨代谢微环境的相互作用 骨免疫学 骨质疏松、骨关节炎、类风湿关节炎、糖尿病相关骨病 单细胞测序、空间转录组学、多组学 NA 文本 NA NA 单细胞测序、空间转录组学、多组学 NA NA
19 2026-09-23
Remodeling mechanisms and intervention strategies of the oral mucosal immune barrier
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文综述了口腔黏膜免疫屏障的组成、重塑过程、屏障功能障碍的后果以及恢复和调控屏障功能的新型治疗策略 系统整合了口腔黏膜物理、化学、微生物和细胞屏障的多层次防御体系,阐述了单细胞测序和空间转录组学等前沿技术对口腔屏障重塑分子细胞机制研究的推动作用,并提出了微生物群靶向调控、免疫信号通路调节、可溶性生物支架和纳米载体药物递送等多种新型干预策略 缺乏整合性机制研究和标准化实验方案,基础研究与临床实践之间仍存在脱节 指导口腔黏膜屏障相关疾病的新型疗法开发,为口腔与全身健康的综合管理提供科学依据 口腔黏膜免疫屏障及其与局部和全身疾病的关联 数字病理学 口腔癌 单细胞测序, 空间转录组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
20 2026-09-23
Quantifying stability via count splitting to guide model selection in RNA velocity analyses
2026, Bioinformatics advances IF:2.4Q2
研究论文 提出基于负二项计数分裂的重复一致性框架,用于量化RNA速度预测的稳定性并指导模型选择 首次利用负二项计数分裂生成独立数据重复来评估RNA速度稳定性,提出了重复一致性和信号-随机一致性指标,并证明高重复一致性对应更丰富的生物学通路 未明确说明在更广泛数据集或不同物种中的适用性,以及计算成本等潜在限制 开发通用框架量化RNA速度预测的不确定性和稳定性,以比较不同RNA速度方法并指导模型选择 小鼠红系发育、胰腺发育及人类大脑发育的单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本(基因表达计数矩阵) NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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