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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
Charting immune variation through genetics and single-cell genomics
2026-01-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf161
PMID:41467452
|
研究论文 | 通过多组学单细胞方法分析428名健康中国成人的免疫细胞,构建免疫多组学图谱 | 整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序,识别73个免疫细胞亚群并构建细胞类型特异性基因调控网络,扩展了祖先多样性和数据模态 | NA | 研究人类免疫变异,通过遗传学和单细胞基因组学绘制免疫细胞图谱 | 428名健康中国成人的免疫细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞染色质可及性测序 | NA | 单细胞转录组和表观基因组数据 | 428名健康中国成人,超过1000万免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-05-16 |
SpaceBF: spatial coexpression analysis using Bayesian fused approaches in spatial omics datasets
2026-01-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag006
PMID:41556565
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研究论文 | 提出SpaceBF,一种用于空间组学数据中空间共表达分析的贝叶斯融合模型 | 通过融合马靴先验在预定义空间邻接图边上实现空间平滑,允许大边缘差异逃脱收缩而保留整体结构 | 未提供具体限制信息 | 开发稳健方法识别空间组学数据中分子对间的空间变异共表达 | 空间组学数据集(空间转录组学、质谱成像蛋白质组学) | 机器学习 | NA | 空间转录组学, 质谱成像, 贝叶斯建模 | 贝叶斯融合模型 | 空间表达数据(基因、肽、脂质、N-聚糖) | NA | NA | 空间转录组学, 质谱成像 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-16 |
Efficient stem cell-derived mouse embryo models for environmental studies
2026-Jan-14, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.004
PMID:40882624
|
研究论文 | 通过模块化聚集三种小鼠干细胞类型,高效生成囊胚样结构(iG4-囊胚),用于环境因素影响胚胎发育的研究 | 开发了一种模块化方法,通过聚集三种小鼠干细胞(ESC、iG4-ESC和TSC)高效生成具有约80%效率的囊胚样结构,并首次用于研究环境因素(如咖啡因、酒精、尼古丁)对胚胎发生的影响 | 未提及具体局限性,但可能包括模型与天然胚胎的差异和体外培养条件的限制 | 开发高效的干细胞衍生小鼠胚胎模型,用于研究环境因素对胚胎发育的影响 | 三种小鼠干细胞类型:胚胎干细胞(ESC)、可诱导GATA4表达的ESC(iG4-ESC)和滋养层干细胞(TSC) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约80%效率的iG4-囊胚结构,其中约12%经历体外植入后形态发生 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-16 |
Integrative Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Uncover Distinct Fibroblast-Macrophage Crosstalk in Human Hip Synovium Between Patients With Femoroacetabular Impingement and Osteoarthritis
2026-Jan-12, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70033
PMID:41524472
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研究论文 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示股骨髋臼撞击症与骨关节炎患者髋关节滑膜中成纤维细胞-巨噬细胞的不同相互作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学,比较股骨髋臼撞击症与髋关节骨关节炎患者的滑膜细胞组成、转录组特征及细胞间相互作用,发现EREG+成纤维细胞样滑膜细胞在骨关节炎中显著增加,并鉴定出FGF2-SDC4信号通路介导的成纤维细胞-巨噬细胞相互作用 | 样本量较小,每组仅6例患者;仅分析了髋关节滑膜组织,未涉及其他关节部位;细胞间相互作用的验证可能需要进一步的功能实验 | 研究股骨髋臼撞击症和髋关节骨关节炎患者的滑膜细胞组成、转录组谱及细胞-细胞相互作用的差异 | 股骨髋臼撞击症和髋关节骨关节炎患者的髋关节滑膜组织 | 单细胞基因组学 | 骨关节炎, 股骨髋臼撞击症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 伪时间分析 | 基因表达数据 | 12例患者(每组6例) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学 |
| 5 | 2026-05-16 |
Altered Inflammatory Signature in a C9ORF72 -ALS iPSC-Derived Motor Neuron and Microglia Coculture Model
2026-01, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70084
PMID:40952044
|
研究论文 | 利用C9ORF72相关ALS患者iPSC来源的运动神经元与小胶质细胞共培养模型,揭示了小胶质细胞介导的神经炎症特征改变 | 首次在iPSC来源的运动神经元与小胶质细胞共培养体系中,通过单细胞RNA测序发现C9ORF72突变导致LPS响应性小胶质细胞亚群缺失并削弱炎症反应 | 未明确共培养模型中细胞间相互作用的完整分子机制,且仅使用了C9ORF72一种基因变异模型 | 阐明C9ORF72突变对ALS中小胶质细胞介导的神经炎症的影响机制 | 人iPSC来源的运动神经元和小胶质细胞 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | iPSC分化、单细胞RNA测序 | 共培养模型 | 单细胞基因表达数据 | 多个iPSC系,包括C9ORF72 HRE患者系和C9ORF72敲除系 | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |
| 6 | 2026-05-16 |
S100A4-lineage cells contribute modestly to angiotensin II-mediated thoracic aortic aneurysms through angiotensin II type 1a receptor in mice
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0348111
PMID:42118772
|
研究论文 | 研究S100A4谱系细胞通过血管紧张素II 1a型受体参与小鼠胸主动脉瘤形成的作用 | 首次揭示S100A4谱系细胞通过AT1aR受体部分介导AngII诱导的胸主动脉瘤形成 | S100A4谱系细胞贡献程度中等,可能存在其他细胞类型协同作用 | 探究S100A4谱系细胞是否通过AT1aR参与AngII介导的胸主动脉瘤形成 | 小鼠主动脉壁中的S100A4谱系细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 蛋白质组学、批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白丰度数据 | 小鼠模型,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-15 |
Hepatic adaptation to chronic metabolic stress primes tumorigenesis
2026-Jan-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.11.031
PMID:41435820
|
研究论文 | 通过跨物种纵向单细胞多组学揭示了慢性代谢应激诱导肝细胞适应性改变并促进肿瘤发生的机制 | 首次整合跨物种单细胞多组学、计算方法和空间转录组学,揭示慢性应激下非转化肝细胞中预后性发育和癌症相关程序的启动 | 未提供明确局限性信息 | 研究慢性代谢应激对存活肝细胞功能的影响及其在肿瘤发生中的作用 | 肝细胞、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)模型 | 机器学 | 肝脏疾病 | 单细胞多组学、空间转录组学、地理回归分析 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 跨物种样本,具体数量未提供 | 10x Genomics | 单细胞多组学、空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞多组学与空间转录组学平台 |
| 8 | 2026-05-15 |
Immunomodulatory role of megakaryocytes in the hematopoietic niche of myeloproliferative neoplasms
2026-Jan-22, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2025.288948
PMID:41568522
|
研究论文 | 本研究揭示巨核细胞在骨髓增殖性肿瘤造血微环境中的免疫调节作用 | 首次发现JAK2V617F突变与衰老协同将巨核细胞重编程为炎症性免疫调节细胞,并揭示LINE-1逆转录转座子激活驱动骨髓慢性炎症 | 未明确说明 | 探究携带JAK2V617F突变的巨核细胞在骨髓增殖性肿瘤中的免疫调节作用 | 巨核细胞及骨髓微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 13例MPN患者骨髓样本,5例骨科对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-15 |
CBX3 confers ferroptosis resistance during blood-borne metastasis
2026-01-15, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01777-0
PMID:41540451
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析微流控富集的循环肿瘤细胞和配对脑转移肿瘤细胞,揭示CBX3通过上调GPX4表达赋予循环肿瘤细胞铁死亡抵抗性,促进血源性转移 | 首次揭示CBX3与EP300协同作用上调GPX4表达,保护循环肿瘤细胞免受铁死亡,并证明CBX3/GPX4共表达可作为转移进展的临床预测标志物 | 研究主要基于肺腺癌模型,其他癌症类型的普遍性需进一步验证;体内实验主要依赖细胞系模型,临床样本量有限 | 阐明循环肿瘤细胞在血液传播和远处器官转移中的存活机制 | 肺腺癌患者的循环肿瘤细胞和脑转移肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序 | NA | 基因表达数据、拷贝数变异数据 | 肺腺癌患者配对循环肿瘤细胞和脑转移肿瘤细胞样本,以及前瞻性队列中的肺腺癌和黑色素瘤患者血液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台用于循环肿瘤细胞和脑转移肿瘤细胞的单细胞RNA-seq |
| 10 | 2026-05-15 |
A single-cell transcriptomic atlas of the periventricular proliferative zone in the late gestation fetal brain in the pigtail macaque
2026-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.08.698393
PMID:41542632
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了妊娠晚期猪尾猕猴胎儿脑室周围增殖区的细胞图谱 | 首次在非人灵长类动物中构建妊娠晚期室周增殖区的单细胞转录组图谱,为研究神经发育关键期提供了独特参考 | 未明确提及,但基于方法推断可能受限于样本量(单个物种)及细胞捕获技术的覆盖深度 | 构建妊娠晚期猕猴胎儿脑室周增殖区的单细胞转录组图谱,揭示神经发生和胶质细胞发生的细胞状态 | 猪尾猕猴胎儿脑室壁、室下区及邻近白/灰质组织样本 | 机器学些、数字病理学 | 神经发育疾病 | scRNA-Seq、10X Genomics、SoupX、Seurat、Monocle3 | NA | 单细胞转录组数据 | 单个妊娠晚期猕猴胎儿脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞3'测序流程,结合SoupX去除环境RNA和Seurat聚类分析 |
| 11 | 2026-05-15 |
Novel Acinar Metaplastic States Uncovered in Exocrine Pancreas Disease
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101717
PMID:41453639
|
研究论文 | 本论文通过单细胞转录组学分析,揭示了外分泌胰腺疾病中新型腺泡化生状态,并定义了保守的腺泡可塑性程序 | 首次在多种外分泌胰腺疾病模型中鉴定出先前未知的独特化生状态,包括“网关”腺泡-导管化生群体,并发现胰腺癌亚型在早期胰腺上皮内瘤变阶段就已确定 | 研究主要基于小鼠模型,人类组织的验证依赖于空间转录组学,可能未能完全捕捉人类疾病的全部复杂性 | 全面定义临床相关的外分泌胰腺疾病中化生反应,并探究不同胰腺应激源是否驱动共享或情境特异性的腺泡-导管化生程序 | 小鼠急性、复发性和慢性胰腺炎模型,以及携带致癌Kras的模型;人类胰腺组织 | 单细胞转录组学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 超过300,000个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 10x Chromium, CosMx | FixNCut方法用于保存外分泌胰腺RNA完整性,CosMx空间转录组学用于人类组织验证 |
| 12 | 2026-05-15 |
Myeloid-Derived CD38 Mediates Age-Related Endometrial Aging Through NAD+ Depletion
2026-01, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70356
PMID:41457457
|
研究论文 | 通过代谢组学和单细胞RNA测序,揭示髓系来源的CD38通过消耗NAD+介导年龄相关性子宫内膜老化 | 首次明确髓系来源的CD38是子宫内膜NAD消耗的主要驱动因子,并证明补充NAD前体可逆转年龄相关的间质细胞衰老和内膜功能障碍 | 信息不足,未提及 | 阐明子宫老化的分子机制,为高龄女性植入失败提供治疗靶点 | 不同年龄小鼠的着床前子宫组织 | 机器翻译 | 老年性疾病 | 代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 代谢组学数据、单细胞转录组数据 | 不同年龄段小鼠子宫样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-15 |
Genetic susceptibility to PM2.5 exposure and transcriptional responses in pediatric asthma: insights from single-cell transcriptomics
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1644537
PMID:41710897
|
研究论文 | 通过整合基因组和单细胞转录组分析,揭示PM2.5暴露遗传易感性在儿童哮喘中与TGF-β1-SMAD/MAPK信号轴的关联 | 首次利用多基因风险评分(sPRS)与单细胞RNA测序相结合,鉴定PM2.5敏感性的关键生物学通路和转录调控因子 | 样本量较小且富集分析为间接推断,结果尚需功能性验证 | 探究儿童哮喘对PM2.5敏感性的遗传变异是否汇聚于特定的生物学通路或转录调控因子 | 高、低PM2.5敏感多基因风险评分的儿童外周血单个核细胞(PBMCs) | 机器学习 | 儿科哮喘 | 单细胞RNA测序 | 负二项回归模型 | 单细胞转录组数据 | 少量高、低sPRS评分儿童外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-05-15 |
Targeting the epithelium in pulmonary fibrosis
2026-Jan, European respiratory review : an official journal of the European Respiratory Society
IF:9.0Q1
DOI:10.1183/16000617.0225-2025
PMID:41881452
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综述 | 回顾新技术在肺纤维化中上皮细胞靶点的发现与验证 | 通过单细胞测序和空间图谱技术揭示新型疾病相关上皮细胞群体,并整合功能共培养研究及计算基因集富集分析 | 未提及具体局限性,但综述性质可能缺乏实验验证 | 评估尖端技术在鉴定肺纤维化治疗新上皮靶点中的作用 | 特发性肺纤维化患者肺组织中的上皮细胞群体 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-05-15 |
Tumor suppressors LKB1 and SMARCA4 functionally interact to regulate gene expression across diverse biological processes in lung cancer
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1685342
PMID:41924094
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研究论文 | 探索LKB1和SMARCA4在肺癌中协同调控基因表达的功能 | 首次揭示LKB1通过与SMARCA4-SWI/SNF复合物相互作用,连接代谢与基因表达调控 | 研究主要基于体外细胞系和有限的人类肿瘤样本,缺乏体内实验验证 | 阐明LKB1和SMARCA4在肺癌中如何协同调控基因表达 | 四种LKB1和SMARCA4表达状态不同的肺癌细胞系及人肺肿瘤样本 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 四种肺癌细胞系及人肺肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-05-15 |
Attenuated crosstalk between urothelium and fibroblasts promotes ureteral stricture development
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1786116
PMID:41924262
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化验证,揭示尿路上皮细胞与成纤维细胞间的减弱交互作用促进输尿管狭窄发展 | 首次整合单细胞RNA测序与免疫组化验证,系统阐明输尿管狭窄中尿路上皮细胞-成纤维细胞交互作用的分子机制,并发现ANXA1-FPR2信号轴在维持成纤维细胞稳态中的关键作用 | 样本量较小(7例狭窄组织与8例正常组织),且机制研究主要基于转录组分析,缺乏功能实验直接验证因果关系 | 探究输尿管狭窄的分子和细胞机制,为预防和抗纤维化治疗提供新靶点 | 输尿管狭窄患者和正常人的输尿管组织 | 数字病理学 | 输尿管狭窄 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 7例输尿管狭窄组织和8例正常输尿管组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-05-15 |
Integrative bioinformatic analysis prioritizes TIMP1 and FN1 as angiogenesis-related candidate genes in diabetic foot ulcers
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0348808
PMID:42127081
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析,优先识别出TIMP1和FN1作为糖尿病足溃疡中与血管生成相关的候选基因 | 结合批量转录组数据、机器学习基因优先排序和单细胞RNA测序,系统分析糖尿病足溃疡中血管生成损伤相关的分子特征,并构建了五基因特征 | 未说明明显局限性 | 探索糖尿病足溃疡中血管生成损伤相关的分子特征及候选基因 | 糖尿病足溃疡患者的转录组数据和单细胞数据 | 计算生物学 | 糖尿病足溃疡 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO逻辑回归模型 | 基因表达数据 | GSE199939和GSE134431数据集 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-05-15 |
[Biomarkers for enhancing efficacy of CAR-T cell therapy]
2026, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology
DOI:10.11406/rinketsu.67.342
PMID:42128866
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综述 | 系统分类影响CAR-T疗法疗效的关键因素,包括肿瘤内在和T细胞内在因素,并探讨基于多组学技术的生物标志物预测模型 | 将影响CAR-T疗效的因素系统划分为肿瘤内在和T细胞内在两大类别,并结合单细胞RNA测序、蛋白质组学和机器学习等最新技术,提出整合多维生物标志物构建统一预测模型的新方向 | 未提供具体的生物标志物验证结果或临床数据支持,且未讨论不同预测模型间的比较和标准化问题 | 系统综述CAR-T细胞疗法疗效相关生物标志物,为优化患者分层和个体化治疗提供依据 | 接受CAR-T治疗的血液肿瘤患者,包括B细胞急性淋巴细胞白血病和淋巴瘤患者 | 机器学习 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、高维免疫表型分析 | 预测模型 | 组学数据、免疫表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-05-15 |
Immunorepertoire-based characterization of adaptive immunity in human malignant pleural effusion
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1825360
PMID:42130624
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和V(D)J测序全面表征了肺癌相关恶性胸腔积液中适应性免疫细胞的TCR和BCR库特征 | 首次通过单细胞V(D)J测序系统揭示恶性胸腔积液中TCR和BCR库的免疫特征,发现调节性T/B细胞偏好特定V(D)J基因片段、Th1/17细胞克隆扩增与代谢适应及效应功能增强相关,并强调了TCR互补决定区3在抗原识别中的功能重要性 | 未检测到BCR库显著的克隆型或功能性变化,且研究局限于肺腺癌相关MPE,样本类型单一 | 阐明人类恶性胸腔积液中适应性免疫系统的TCR和BCR库特征及免疫病理机制 | 肺腺癌相关恶性胸腔积液和匹配外周血样本中的适应性免疫细胞(包括T细胞和B细胞) | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序 | NA | 单细胞转录组数据、单细胞免疫组库数据 | 恶性胸腔积液与外周血配对样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞5'基因表达与V(D)J测序平台 |
| 20 | 2026-05-15 |
Macrophage-derived long non-coding RNAs in cancer: pioneering targets for immune modulation and personalized therapy
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1711686
PMID:42131341
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综述 | 本文详细探讨了源自巨噬细胞的长链非编码RNA在癌症免疫逃逸、微环境改变和治疗敏感性中的关键作用 | 系统总结了M1和M2巨噬细胞亚型来源的lncRNA在肿瘤进展中的不同调控作用,并强调单细胞RNA测序和CRISPR功能研究在发现新lncRNA靶点中的进展 | NA | 探讨巨噬细胞来源lncRNA在癌症免疫调控和个性化治疗中的潜力 | 巨噬细胞来源的长链非编码RNA及其在癌症免疫调节中的作用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, CRISPR | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |