单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1117 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-03-28 |
Protocol for decoding immune predictors of response to immunotherapy through pan-cancer multiomics analysis
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104183
PMID:41187056
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研究论文 | 本文提出了一种通过单细胞RNA测序、单细胞免疫分析和质谱流式细胞术分析多种癌症中T细胞动态的方案 | 整合了单细胞多组学技术和基因调控网络分析，以识别与免疫检查点阻断反应相关的T细胞亚群和预测性生物标志物 | NA | 解码免疫治疗响应的免疫预测因子 | 多种癌症中的T细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫分析, 质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫分析数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 142 | 2026-03-28 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
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研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬浮液用于流式细胞术和RNA-seq分析的实验方案 | 该方案整合了关节炎诱导、细胞收获和单细胞悬浮液制备，支持稳态或炎症状态下的分析，并可选血管内标记 | NA | 开发一种标准化的小鼠滑膜单细胞悬浮液制备方法，以模拟类风湿关节炎和骨关节炎中的无菌炎症 | 小鼠滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2026-03-28 |
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104226
PMID:41289073
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研究论文 | 本文介绍了一种通过计算分析单细胞RNA测序数据来分离小鼠海马神经干细胞并评估扰动对静息深度影响的协议 | 提出了一种计算协议，通过顺序重聚类、伪时间轨迹分析和统计检验来区分静息神经干细胞与星形胶质细胞，以及增殖神经干细胞与祖细胞，解决了现有挑战 | 协议依赖于单细胞RNA测序数据，可能受数据质量和测序深度限制，且仅针对小鼠海马神经干细胞，未验证于其他组织或物种 | 开发一种计算协议来分析小鼠海马神经干细胞静息状态的变化 | 小鼠海马神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 144 | 2026-03-28 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
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研究论文 | 本文提出了一个结合Transformer和图变分自编码器的计算框架TG-ME，用于通过空间转录组学和形态学图像识别微环境 | 创新性地整合了Transformer和图变分自编码器，以深度学习方式解析空间生态位，适用于健康、肿瘤和感染组织 | NA | 开发一个计算框架来识别和分析组织中的微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 空间转录组数据, 形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 145 | 2026-03-28 |
Protocol for quantifying hepatitis B virus transcript abundance and genomic segment distribution from single-cell RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104230
PMID:41313688
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研究论文 | 本文介绍了一种从HBV感染的肝脏组织中测序单细胞的协议，用于量化每个细胞的HBV转录本丰度和基因组片段分布 | 开发了一种单细胞RNA测序协议，能够同时定量HBV转录本丰度并绘制全基因组读取分布图，为病毒表达模式和HBV-宿主相互作用提供单细胞分辨率分析 | NA | 建立一种协议以详细分析HBV感染的肝脏组织中病毒表达模式和HBV-宿主相互作用 | HBV感染的肝脏组织 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2026-03-28 |
Protocol to track single-cell-derived clones using DNA barcoding combined with single-cell RNA sequencing
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104229
PMID:41317321
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研究论文 | 本文介绍了一种结合DNA条形码与单细胞RNA测序技术来追踪单细胞来源克隆的实验方案 | 通过构建和验证慢病毒DNA条形码文库，结合单细胞RNA测序，实现了对克隆生长活动与转录组谱的关联分析，为永久性细胞标记和克隆动态追踪提供了新方法 | NA | 开发一种追踪单细胞来源克隆的实验方案，以研究克隆适应性和可塑性在肿瘤异质性中的作用 | 单细胞来源的克隆 | 数字病理学 | 肿瘤 | DNA条形码技术，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2026-03-28 |
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104256
PMID:41364557
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研究论文 | 本文介绍了一种用于研究人类肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验方案 | 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤，并提供了分析细胞间通讯的计算框架 | NA | 研究肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞的相互作用机制 | 人类肺癌组织中的成纤维网状细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，高分辨率显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2026-03-28 |
Protocol for reconstructing spatially aware receptor-TF-target signaling cascades using spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104237
PMID:41385380
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用SpaGRN框架从空间转录组学数据重建空间感知的受体-转录因子-靶标调控级联的协议 | 该协议整合了细胞外信号和空间依赖性，克服了传统方法忽略空间约束的局限 | NA | 旨在系统性地绘制复杂组织（如发育胚胎和肿瘤）中的信号通路 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 统计框架（SpaGRN） | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 149 | 2026-03-25 |
CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data
2025-12, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01137-1
PMID:40133495
|
研究论文 | 本文介绍了CellPhoneDB v5，一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通信的生物信息学工具包 | 扩展了配体-受体相互作用库，新增约1000个非肽类配体介导的相互作用；引入了新的数据库查询方式，允许用户根据实验设计定制查询；整合了新的策略，利用空间转录组学或单细胞ATAC-seq数据优先考虑特定细胞间相互作用；新增了CellPhoneDBViz模块用于交互式可视化和结果共享 | 需要基本的Python知识，且协议执行时间约为15分钟，可能对非专业用户有一定门槛 | 开发并优化一个生物信息学工具包，以从单细胞多组学数据中推断细胞间通信 | 单细胞多组学数据，包括配体-受体相互作用、空间转录组学和单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学分析、空间转录组学、单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组学数据、单细胞ATAC-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 150 | 2026-03-25 |
Microplastic exposure elicits sex-specific atherosclerosis development in lean low-density lipoprotein receptor-deficient mice
2025-Dec, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109938
PMID:41275764
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研究论文 | 本研究探讨了环境相关剂量微塑料暴露对低密度脂蛋白受体缺陷小鼠动脉粥样硬化发展的性别特异性影响 | 揭示了微塑料暴露在瘦小鼠中诱导性别特异性动脉粥样硬化发展的新现象，并通过单细胞RNA测序提供了机制性见解 | 研究仅使用小鼠模型，且暴露剂量和持续时间可能无法完全模拟人类长期低剂量暴露情况 | 评估微塑料暴露对心血管系统的影响，特别是动脉粥样硬化的发展 | 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠（雄性和雌性）以及原代内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 动物模型（小鼠） | 基因表达数据 | 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠群体（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2026-03-25 |
Identification of intestinal enteroendocrine cell subtypes and their associated hormones in zebrafish
2025-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003522
PMID:41411332
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和质谱分析，鉴定了斑马鱼肠道内分泌细胞的亚型及其相关激素，并揭示了其分化谱系 | 首次在斑马鱼中系统鉴定出六种肠道内分泌细胞亚型及其激素谱，发现神经发生素3（neurog3）在斑马鱼中的作用与哺乳动物不同，并揭示了ghrelin+细胞作为特定亚型前体的新功能 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果向哺乳动物外推需谨慎；部分激素编码基因（23个中的4个）未检测到相应成熟肽 | 阐明斑马鱼肠道内分泌细胞亚型的分化机制及其激素产生 | 斑马鱼肠道内分泌细胞及其前体细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，质谱分析 | NA | 单细胞转录组数据，质谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 152 | 2026-03-21 |
Single-cell transcriptome profiling reveals immunological fitness of HIV long-term non-progressors
2025-12-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01597-25
PMID:41277843
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序，揭示了HIV长期不进展者（LTNPs）相较于典型进展者（TPs）具有更平衡和有利的免疫学特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了LTNPs、TPs和健康供体的免疫细胞转录组特征，并应用高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）揭示了LTNPs特有的先天免疫/髓系相关模块高表达及B细胞/细胞毒性相关模块低表达模式 | 样本量较小（仅12名个体），且为横断面研究，无法确定观察到的转录组差异是HIV不进展的原因还是结果 | 探究与HIV慢性感染中疾病不进展相关的免疫学特征 | HIV长期不进展者（LTNPs）、典型进展者（TPs）和健康供体（HDs）的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | 高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA） | 单细胞转录组数据 | 12名个体（4名LTNPs、4名TPs、4名HDs） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2026-03-21 |
Cmss1 limits FMDV infection by enhancing antigen presentation and CD8+ T cell responses
2025-12-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01249-25
PMID:41277842
|
研究论文 | 本研究通过构建小鼠感染模型和单细胞RNA测序，揭示了FMDV感染如何改变树突状细胞亚群比例并抑制抗原呈递过程，并鉴定出Cmss1作为拮抗该抑制、限制FMDV致病性的新型宿主因子 | 首次在缺乏I型干扰素受体的小鼠模型中，利用单细胞RNA测序绘制了FMDV感染后脾脏树突状细胞的高分辨率图谱，并鉴定出Cmss1作为调控抗原呈递过程、限制FMDV感染的新型宿主因子 | 研究主要基于小鼠模型，其在免疫应答方面与猪（FMDV的自然宿主）存在差异；单细胞测序仅针对脾脏组织，未涵盖其他免疫器官 | 探究树突状细胞在FMDV感染中的作用机制，寻找限制病毒感染的新型宿主因子 | 缺乏I型干扰素受体的C57BL/6小鼠、FMDV病毒、树突状细胞 | 免疫学 | 口蹄疫 | 单细胞RNA测序、基因编辑、抗原呈递能力评估系统 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，使用基因编辑小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2026-03-21 |
Single-cell sequencing of rodent ventral pallidum reveals diverse neuronal subtypes with noncanonical interregional continuity
2025-Dec-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adp3059
PMID:41337598
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，揭示了啮齿动物腹侧苍白球（VP）的神经元亚型多样性及其跨区域连续性 | 首次在跨物种（小鼠和大鼠）水平上对VP进行转录组表征，识别出16个保守的神经元亚类，并发现这些亚类超越了传统VP边界，与纹状体、下丘脑和扩展杏仁核等区域共享细胞类型 | 研究主要基于啮齿动物模型，结果在人类中的适用性尚需验证；高脂饮食的影响分析可能未涵盖所有相关基因或通路 | 探究腹侧苍白球的区域身份和细胞类型多样性，及其在摄食等行为中的作用 | 小鼠和大鼠的腹侧苍白球组织 | 单细胞测序 | NA | 单细胞核RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 啮齿动物（小鼠和大鼠）的腹侧苍白球组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 155 | 2026-03-19 |
SOX11 modulates BCR signaling through the PAX5/CD19 axis for therapeutic targeting in BTK-resistant mantle cell lymphoma
2025-Dec-23, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2025016801
PMID:40845256
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子SOX11通过激活PAX5/CD19轴驱动B细胞受体信号传导，从而促进套细胞淋巴瘤对BTK抑制剂的耐药性，并证明了靶向SOX11的治疗潜力 | 首次发现SOX11通过转录激活PAX5/CD19轴调控BCR信号通路，为BTK抑制剂耐药的套细胞淋巴瘤提供了新的上游治疗靶点 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型，尚未在人体临床试验中得到验证 | 探索套细胞淋巴瘤中BTK抑制剂耐药的分子机制并寻找新的治疗策略 | 套细胞淋巴瘤细胞系、患者来源的异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 套细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量，涉及ibrutinib敏感和耐药细胞系及患者来源模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2026-03-19 |
Transcriptional and temporal heterogeneity of developing α cells revealed by single-cell RNA sequencing
2025-12-15, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152996
PMID:41242298
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了发育中α细胞的转录和时间异质性 | 利用时间分辨报告小鼠系“Gcg-Timer”进行单细胞转录组学分析，首次展示了α细胞生成过程中的转录动态和细胞异质性，并发现线粒体转录本在α细胞中比在发育中的β细胞中表达更强烈 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类α细胞发育，且单细胞测序技术本身存在技术噪音和批次效应等局限性 | 探索胰腺α细胞在发育过程中的转录动态和细胞异质性 | 发育中的小鼠胰腺α细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用“Gcg-Timer”胚胎进行单细胞转录组学分析，具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2026-03-19 |
Tumor-derived CCL5 recruits CCR1+ macrophages to suppress apoptosis and drive proliferation in duodenal adenocarcinoma
2025-Dec-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.218064
PMID:41015267
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了十二指肠腺癌肿瘤微环境中恶性上皮细胞的异质性，并发现CCL5/CCR1轴在招募巨噬细胞、抑制肿瘤细胞凋亡和促进增殖中的关键作用 | 首次在十二指肠腺癌中利用单细胞RNA测序识别出具有免疫相关转录特征的恶性细胞亚群，并阐明CCL5/CCR1轴通过调控巨噬细胞介导的凋亡抑制来驱动肿瘤进展和化疗抵抗 | 研究样本量较小且为罕见肿瘤，可能限制结果的普适性；机制验证主要基于体外实验，需进一步体内模型验证 | 阐明十二指肠腺癌肿瘤微环境中肿瘤细胞与巨噬细胞互作的分子机制，探索新的治疗靶点 | 原发性十二指肠腺癌肿瘤组织、匹配的癌旁正常组织、患者来源的类器官 | 数字病理学 | 十二指肠腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未明确具体数量，但涉及原发性肿瘤和匹配正常组织的单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2026-03-17 |
A phenotypic brain organoid atlas and biobank for neurodevelopmental disorders
2025-Dec-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.006
PMID:41187745
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研究论文 | 本研究建立了一个包含352个公开可用的神经发育障碍患者来源iPSC的生物库，并通过对35名代表性患者的6000多个脑类器官进行分析，揭示了不同疾病类别的特异性细胞表型 | 创建了首个大规模、遗传多样性的神经发育障碍iPSC生物库，并系统性地将脑类器官表型与临床疾病类别相关联，构建了基因型与表型之间的桥梁 | 研究仅基于35名代表性患者的类器官进行分析，样本代表性可能有限；类器官模型仍不能完全模拟人脑发育的复杂性 | 建立神经发育障碍的生物库和脑类器官图谱，以揭示疾病机制并支持未来的疾病建模和治疗开发 | 神经发育障碍患者来源的诱导多能干细胞及其衍生的脑类器官 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组测序，组织学分析 | 脑类器官模型 | 单细胞转录组数据，组织学图像，临床数据，脑成像数据，基因组数据 | 352个患者来源iPSC系（来自公开生物库），35名代表性患者（超过6000个脑类器官），10名神经典型对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 159 | 2026-03-17 |
Single cell and spatial transcriptomic profiling of the type 2 diabetic coronary microcirculation and myocardium
2025-12, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-025-01144-7
PMID:41203872
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了2型糖尿病小鼠冠状动脉微循环和心肌中与脂肪生成、脂肪酸代谢和氧化磷酸化相关的基因表达上调，为冠状动脉微血管疾病的机制提供了新见解 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面分析2型糖尿病小鼠冠状动脉微循环和心肌的转录组差异，识别出新的基因表达特征和关键调控因子 | 研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且未进行功能验证实验以确认这些基因表达变化在疾病进展中的具体作用 | 探究2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组差异，识别潜在的治疗靶点 | 2型糖尿病小鼠的冠状动脉微循环和心肌组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA序列数据, 空间转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及2型糖尿病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 160 | 2026-03-16 |
Single-Cell RNA Sequencing Study on Two Synovial Derived Tumors in the Temporomandibular Joint
2025-Dec, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.70003
PMID:40495754
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了颞下颌关节滑膜软骨瘤病和弥漫性腱鞘巨细胞肿瘤的细胞组成、分化轨迹及细胞间通讯 | 首次在颞下颌关节滑膜来源肿瘤中应用单细胞RNA测序技术，揭示了滑膜成纤维样细胞作为共同起源，并通过COMP/TGFβ/SMAD信号通路促进软骨分化的新机制 | 样本量较小，仅针对颞下颌关节特定肿瘤，可能限制了结果的普适性 | 研究颞下颌关节滑膜软骨瘤病和弥漫性腱鞘巨细胞肿瘤的细胞组成与分化轨迹 | 颞下颌关节滑膜软骨瘤病和弥漫性腱鞘巨细胞肿瘤的组织样本 | 单细胞测序 | 滑膜来源肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量，但涉及两种颞下颌关节肿瘤的组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |