单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 1109 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
121	2026-09-03	Screening and Validation of Genes Associated With Lysosomal-Dependent Cell Death in Colorectal Cancer 2025-12, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.70024 PMID:40964747	研究论文	本研究探讨结直肠癌与溶酶体依赖性细胞死亡的相关性，识别潜在治疗靶点和预后指标	首次系统筛选结直肠癌中与溶酶体依赖性细胞死亡相关的基因，并构建预后风险模型	研究主要基于公共数据库和临床样本验证，缺乏体内外功能实验验证	识别结直肠癌中与溶酶体依赖性细胞死亡相关的潜在生物标志物和治疗靶点	结直肠癌患者肿瘤样本及正常样本	基因组学	结直肠癌	RNA测序	Cox回归模型	基因表达数据	TCGA-CRC和GSE17538数据集，以及临床样本	NA	批量RNA测序	NA	NA
122	2026-09-02	Transcriptomic plasticity of cholinergic adipose macrophages in the acute thermogenic response 2025-12, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110925 PMID:41207622	研究论文	利用单细胞RNA测序分析了急性寒冷暴露下小鼠皮下白色脂肪组织中胆碱能脂肪巨噬细胞的转录组可塑性	首次对急性产热反应中的胆碱能脂肪巨噬细胞进行高分辨率的转录组分析，揭示了其可塑性和混合起源	研究基于小鼠模型，可能不完全适用于人类；未对功能进行直接验证	阐明急性寒冷暴露下胆碱能脂肪巨噬细胞的转录组动态、起源和身份	小鼠皮下白色脂肪组织中的ChAT-eGFP+细胞	基因组学	代谢性疾病	单细胞RNA测序	无	单细胞转录组数据	未明确样本数量，涉及在热中性或急性冷暴露下的小鼠	未提供	单细胞RNA测序	未提供	未提供
123	2026-09-02	Destruction of VISTA by TRIM25 ablation in T cells potentiates cancer immunotherapy 2025-12, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-025-01186-5 PMID:41225152	研究论文	本研究通过CRISPR敲除筛选和蛋白质组学分析，发现TRIM25通过拮抗其降解信号正调控VISTA，并利用VISTA衍生磷酸化肽段破坏TRIM25-VISTA相互作用，增强PD-1/PD-L1阻断和CAR T细胞的抗肿瘤效果	首次揭示TRIM25作为VISTA的正调控因子，通过ERK介导的VISTA Thr284磷酸化增强其相互作用，稳定VISTA表达，并提出靶向TRIM25-VISTA相互作用增强免疫治疗的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类样本中验证TRIM25-VISTA调控机制及治疗潜力，且VISTA磷酸化肽段的体内递送和安全性需进一步评估	阐明VISTA在T细胞中的调控机制，并探索靶向TRIM25-VISTA相互作用以增强肿瘤免疫治疗的策略	T细胞中的VISTA调控机制，涉及CRISPR敲除筛选、蛋白质组学、T细胞特异性敲除小鼠及多种小鼠肿瘤模型	癌症免疫治疗	肿瘤	CRISPR敲除筛选、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据、小鼠肿瘤模型数据	涉及多个小鼠肿瘤模型，具体样本量未提供	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
124	2026-09-01	A phenotypic brain organoid atlas and biobank for neurodevelopmental disorders 2025-12-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.10.006 PMID:41187745	研究论文	构建了一个包含352个患者来源的诱导多能干细胞系和6000多个脑类器官的表型图谱，用于研究神经发育障碍的细胞缺陷。	首次提供了大规模、基因多样性的神经发育障碍患者来源的iPSC生物库及脑类器官图谱，并揭示了不同疾病类别特异性的细胞表型。	摘要中未明确提及局限性。	研究神经发育障碍的机制，并填补基因型与表型之间的空白。	来自神经发育障碍患者的诱导多能干细胞（iPSC）和脑类器官。	神经科学	神经发育障碍（包括小头畸形、多小脑回、癫痫和智力障碍）	单细胞转录组学、组织学	类器官模型	临床数据、脑影像、基因组数据、单细胞转录组数据	352个iPSC系，来自35名患者的超过6000个脑类器官，以及10名神经典型个体的类器官文库	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
125	2026-09-01	Space-associated stem cell hallmarks of aging and resilience in astronauts 2025-12-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.11.001 PMID:41289992	研究论文	该文章通过对9名宇航员在国际空间站短期任务前后的造血干祖细胞进行多组学分析，揭示了太空飞行对造血干祖细胞功能的影响及机体的恢复能力	首次对宇航员的造血干祖细胞进行功能组织的多组学衰老和恢复力分析，结合全基因组测序、全转录组测序、单细胞RNA测序等多种技术，发现太空飞行与造血干祖细胞存活、自我更新、ADAR1、端粒维持、动员、细胞周期及“战斗或逃跑”基因表达的部分可逆变化相关	样本量较小，仅为9名宇航员，且任务时长较短，可能无法全面反映长期太空飞行的影响	研究太空飞行对造血干祖细胞和免疫系统的影响，以及机体维持终身造血和免疫的恢复力特性	9名宇航员的造血干祖细胞和免疫亚群	基因组学、转录组学、单细胞生物学	不适用	全基因组测序（含端粒长度分析、线粒体和克隆突变分析）、全转录组测序（含RNA编辑和逆转座子分析）、单细胞RNA测序、细胞因子阵列、荧光激活细胞分选	不适用	基因组数据、转录组数据、单细胞数据、细胞因子数据、流式细胞术数据	9名宇航员的血液样本，采集于任务前、中、后	不明确	单细胞RNA测序、全基因组测序、全转录组测序	不明确	不明确
126	2026-09-01	Reversing lysosomal dysfunction restores youthful state in aged hematopoietic stem cells 2025-12-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.10.012 PMID:41289991	研究论文	本文研究了衰老造血干细胞中溶酶体功能异常，发现其过度酸化、耗竭和损伤，并通过抑制v-ATPase恢复溶酶体稳态，显著提升老年造血干细胞的再生能力	首次揭示溶酶体过度激活而非仅自噬介导在造血干细胞衰老中的关键驱动作用，并证明通过v-ATPase抑制剂可逆转衰老状态	研究主要基于小鼠模型，未在人类造血干细胞中验证，且未探讨长期抑制溶酶体的潜在副作用	阐明溶酶体功能障碍在造血干细胞衰老中的作用，并探索通过靶向溶酶体恢复老年造血功能的策略	老年和年轻造血干细胞	干细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠造血干细胞样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
127	2026-08-29	Decrypting cancer's spatial code: from single cells to tissue niches 2025-12, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70100 PMID:40711978	综述	本文综述了空间转录组学在癌症研究中的应用，探讨了定义细胞状态、描绘细胞微环境以及整合空间数据与其他模态以推动临床转化等关键挑战	提出了将经典生物统计方法、地理空间分析方法和人工智能技术相结合的新分析框架，以应对空间转录组学数据带来的挑战，强调将癌症视为一个相互连接的微环境演化系统	未提供具体的实验验证或数据支持，主要基于已有文献和概念性讨论	探讨癌症空间转录组学中新兴的三大主题（细胞状态定义、细胞微环境描绘和数据整合），并讨论应对这些挑战的分析方法及其未来应用方向	癌症组织中的空间转录组学数据及相关的分析框架	空间转录组学	癌症	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
128	2026-08-27	Divergence of immune cell types in chordate blood 2025-Dec-15, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.10.032 PMID:41237770	研究论文	利用单细胞RNA测序、原位杂交和活体报告基因技术，定义了脊索动物海鞘（Ciona robusta）血液细胞状态，揭示了其免疫细胞类型的分化层级和谱系多样性	首次对尾索动物亚门的代表物种进行了全面的单细胞水平血液细胞图谱绘制，发现超过75%的循环细胞包含至少五个主要谱系，并揭示了与脊椎动物免疫细胞之间的广泛分化	摘要未明确提及研究的局限性，可能涉及样本数量有限或功能验证不足等未说明的约束	通过分子特征鉴定无脊椎动物（海鞘）的免疫细胞类型，并评估其与脊椎动物免疫细胞的同源性	尾索动物亚门的海鞘（Ciona robusta）循环血液细胞	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、原位杂交、活体报告基因成像	NA	单细胞转录组数据、原位杂交图像、活体成像数据	海鞘循环血液细胞（具体数量未提供）	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'（推测）
129	2026-08-27	LIMD2 is associated with an exhausted CD8⁺ T cell state linked to ICI response in clear cell renal cell carcinoma 2025-12-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-27315-z PMID:41345477	研究论文	该研究通过整合公开的bulk和单细胞RNA测序数据及独立验证队列，发现透明细胞肾细胞癌中多数肿瘤浸润CD8+ T细胞呈耗竭表型，并鉴定出高表达LIMD2的CD8+耗竭T细胞与免疫检查点抑制剂反应相关。	首次鉴定LIMD2作为与透明细胞肾细胞癌ICB反应相关的CD8+耗竭T细胞标志物，并利用多组学数据及多重免疫荧光验证其表达和定位。	研究依赖于公开数据集和有限的验证队列，需进一步前瞻性研究确认LIMD2的预测价值及其机制。	阐明透明细胞肾细胞癌中CD8+ T细胞的功能状态，特别是耗竭相关亚群与ICB反应的关系，并评估LIMD2作为预测性生物标志物的潜力。	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤浸润CD8+ T细胞	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个公开数据集及独立验证队列	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
130	2026-08-27	Chemosensory protein 3 is a brain host factor for the induction of enhanced-locomotory activity in the BmNPV-silkworm infection model 2025-12, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013701 PMID:41325423	研究论文	本研究通过单核RNA测序和分子实验，揭示了化学感觉蛋白3在BmNPV感染家蚕模型中诱导增强运动活性中的关键作用。	首次在单细胞转录组水平上鉴定了CSP3作为脑宿主因子调节病毒诱导的行为改变，并发现其具有大疏水口袋可结合神经递质和脂质。	对CSP3下游信号通路及行为调节的分子机制尚未完全阐明。	探究家蚕幼虫脑内宿主因子在BmNPV感染诱导增强运动活性中的作用机制。	家蚕幼虫脑细胞（包括Kenyon细胞、胶质细胞、嗅觉投射神经元、视叶神经元、血细胞、肌肉细胞等）。	机器学习	病毒性感染	单核RNA测序	NA	基因表达数据	家蚕幼虫脑样本（具体数量未提供）	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
131	2026-08-27	D3Impute: Dropout-aware discrimination, distribution-aware modeling, and density-guide imputation for scRNA-seq data 2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013744 PMID:41325426	研究论文	本文介绍了D3Impute，一种用于单细胞RNA测序数据的判别性插补框架，通过分布感知归一化、双网络判别器和密度引导插补来区分非生物零值与真实生物零值，提升下游分析性能	创新点包括分布感知归一化、利用双网络判别器结合bulk RNA-seq作为生物学参考来精确识别非生物零值，以及密度引导的插补引擎保持局部细胞邻域结构	文中未明确提及局限性，但可能包括对bulk RNA-seq参考数据的依赖以及在不同数据集上的泛化性挑战	开发一种鲁棒且生物学信息丰富的插补方法，以改善scRNA-seq数据的零膨胀问题，提高下游分析准确性	六种不同的scRNA-seq数据集，涉及细胞聚类、轨迹推断和差异表达检测	机器学习	NA	单细胞RNA测序	双网络判别器和密度引导插补引擎	基因表达数据	六个不同的scRNA-seq数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
132	2026-08-27	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013692 PMID:41325434	研究论文	本研究展示了利用ONT长读长测序数据进行快速准确的转录本定量，并开发了lr-kallisto工具以适配长读长技术。	提出lr-kallisto方法，将kallisto定量流程适配长读长测序，实现快速准确的转录本异构体定量，并证明外显子捕获可提升定量效果。	文章未明确提及局限性。	实现长读长测序数据中转录本异构体的常规、准确且经济的定量。	ONT数据以及对应的转录本异构体定量。	生物信息学	NA	长读长测序（ONT）、外显子捕获	kallisto（基于伪比对）	RNA测序数据（长读长）	未明确说明。	Oxford Nanopore Technologies (ONT)	长读长RNA-seq	ON	NA
133	2026-08-27	Randomized Spatial PCA (RASP): A computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013759 PMID:41370353	研究论文	提出了一种名为RASP的随机空间PCA方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维，显著提升计算效率。	RASP采用随机两阶段PCA框架和可配置的空间平滑，实现比现有方法快数个数量级的速度，支持超过10万个位置的数据集，并能整合非转录组协变量和重建去噪平滑的基因表达值。	RASP本身不是聚类或域检测方法，需要依赖kNN图和β参数进行聚类，且未提及对极端复杂组织或噪声数据的适应性限制。	开发一种高效的空间转录组数据降维方法，以快速识别组织空间域并支持大规模数据分析。	多种空间转录组数据集，包括10x Visium、Stereo-Seq、MERFISH和10x Xenium，来自人类和小鼠组织。	生物信息学	不适用	空间转录组测序	PCA	基因表达数据	多个数据集，包含超过10万个位置，具体样本数量未详细说明	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium, 10x Xenium	10x Visium和10x Xenium平台，以及Stereo-Seq和MERFISH技术
134	2026-08-27	MAGNET: Multi-view graph autoencoder with cell-gene attention for cell interaction network reconstruction from spatial transcriptomics 2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013810 PMID:41397026	研究论文	提出了一种名为MAGNET的多视图图自编码器框架，通过细胞-基因注意力模块从空间转录组数据中重建细胞间相互作用网络	创新性地引入了细胞-基因注意力模块，将细胞的外部互作与其内部基因调控整合到统一表示中，避免了简单拼接或加法的局限	未明确提及局限性，但可能依赖基准数据集的质量和代表性	提高从空间转录组数据中推断细胞间相互作用的准确性，并揭示细胞通讯与内部分子状态的关联	空间转录组数据中的细胞及其基因表达，包括基准数据集（seqFISH、MERFISH、STARMAP）和乳腺癌数据集	机器学习	乳腺癌	空间转录组学	图自编码器	图像和转录组数据	包含seqFISH、MERFISH、STARMAP基准数据集和一个乳腺癌数据集（具体样本数量未提供）	NA	空间转录组学	NA	NA
135	2026-08-27	ASPEN: Robust detection of allelic dynamics in single cell RNA-seq 2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013837 PMID:41417871	研究论文	提出ASPEN统计方法，用于检测单细胞RNA-seq数据中的等位基因动态变化	结合敏感映射流程、适度beta-binomial模型和自适应收缩，显著提高单细胞等位基因不平衡检测的灵敏度	未明确说明局限性	开发稳健的统计方法以区分单细胞等位基因不平衡和等位基因方差变化	小鼠脑类器官和T细胞	生物信息学	不适用	单细胞RNA测序	适度beta-binomial模型	基因表达数据	多项模拟和实证数据集，包括小鼠脑类器官和T细胞（具体数量未提供）	不适用	单细胞RNA-seq	不适用	不适用
136	2026-08-27	DAGFormer: A graph-based domain adaptation approach for single-cell cancer drug response prediction 2025-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013832 PMID:41417875	研究论文	提出DAGFormer，一种基于图的域适应框架，整合bulk和单细胞RNA测序数据以预测单细胞药物反应	利用多样拓扑策略构建细胞邻接图，并采用图域适应桥接bulk和单细胞数据间的分布差异，同时通过双域解码器分离共享和模态特定表示	未在文中明确说明局限性	提高单细胞药物反应预测的准确性和鲁棒性	单细胞药物反应预测	机器学习	癌症	单细胞RNA测序、bulk RNA测序	图神经网络、图域适应	基因表达数据	十个独立的单细胞RNA测序数据集	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
137	2026-08-25	Stress-Induced Disruption of Circadian and Neuroimmune Networks in Lacrimal Glands Drives Dry Eye Pathogenesis 2025-12-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.15.53 PMID:41400313	研究论文	本研究探讨慢性心理应激如何通过扰乱泪腺中的昼夜节律和神经免疫网络导致干眼病发病机制	首次揭示慢性应激导致泪腺昼夜节律输出解偶联，而核心时钟振荡器保持完整，并确定神经内分泌信号作为治疗靶点	未明确提及局限性	研究持续应激如何改变泪腺中的昼夜节律调节以及神经内分泌信号在应激诱导的干眼病中的作用	雄性C57BL/6J小鼠的泪腺组织	基因组学，神经免疫学	干眼病	bulk RNA-seq，单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	未明确样本数量（涉及多个时间点的泪腺样本）	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
138	2026-08-23	Aging-associated transcriptional programs in T cells signify constituents of TGF-β signaling for immunosenescence 2025-12-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02484-5 PMID:41398262	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序数据，分析T细胞中与衰老相关的转录程序，并揭示TGF-β信号通路在免疫衰老中的作用	首次系统性地描绘了年龄组特异性T细胞转录调控网络，并识别出TGF-β信号通路成分ZEB2和TGFBR3作为关键的靶基因，这些基因可能促进T细胞终末分化和耗竭	未提供明确的局限性信息	阐明TGF-β信号通路在终末分化效应记忆T细胞中与免疫衰老相关的角色	健康人类不同年龄组的外周T细胞，特别是CD8+ Temra细胞和CD8+ 初始T细胞	转录组学	免疫衰老	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	基因表达数据	基于公共数据集，具体样本数量未提供	NA	单细胞RNA-seq，批量RNA-seq	NA	NA
139	2026-08-23	HDAC4 Promotes Neuroprotection of Retinal Ganglion Cells After Optic Nerve Injury 2025-12-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.15.60 PMID:41533933	研究论文	本研究通过小鼠视神经挤压模型和单细胞RNA测序，发现HDAC4能促进视网膜神经节细胞的存活和轴突再生	首次发现HDAC4在视神经损伤后对RGC具有神经保护作用，并通过增强其活性来促进轴突再生，为青光眼等视神经病变的治疗提供了新靶点	研究仅限于小鼠模型，未在人体组织或临床环境中验证，且HDAC4下游具体机制未完全阐明	探究HDAC4在视网膜神经节细胞变性和轴突再生中的作用	小鼠视网膜神经节细胞	神经科学	视神经病变	单细胞RNA测序, 病毒转导	NA	基因表达数据	小鼠视神经挤压模型中的视网膜神经节细胞	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台
140	2026-08-22	Secretory IgA dysfunction underlies poor prognosis in Fusobacterium-infected colorectal cancer 2025-12, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2528428 PMID:40667611	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探究具核梭杆菌（Fn）感染对结直肠癌（CRC）微环境中IgA浆细胞发育和分泌型IgA（sIgA）产生的破坏作用及其对预后的影响	首次揭示了Fn通过破坏与肿瘤相关巨噬细胞的通讯来损害IgA浆细胞发育和sIgA产生，并定义了一个失调的IgA成熟（IGAM）模块，可用于分层Fn阳性患者	未明确提及	阐明Fn影响结直肠癌肿瘤微环境及预后的机制，特别是对sIgA产生的影响	42例结直肠癌患者组织样本，以及无菌小鼠和具有完整肠道微生物组的CRC小鼠模型	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq	未明确提及	单细胞转录组数据	42例结直肠癌患者组织，及两种小鼠模型	未明确提及	单细胞RNA-seq	未明确提及	未明确提及