单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1119 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-02-16 |
Multi-omics integration and machine learning define robust molecular subtypes and prognostic signatures in hepatocellular carcinoma
2025-Dec-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07574-0
PMID:41423668
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，定义了肝细胞癌的稳健分子亚型并构建了预后特征模型 | 结合十种聚类算法进行整合多组学聚类识别分子亚型，并应用十种机器学习算法构建共识预后特征，同时纳入单细胞RNA测序和空间转录组学数据解析关键基因的细胞起源和空间表达模式 | 需要前瞻性临床验证来确认模型的预测性能 | 精炼肝细胞癌的分子分型并改善预后预测 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学整合、单细胞RNA测序、空间转录组学 | 机器学习算法（未指定具体模型） | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 122 | 2026-02-16 |
Orthologous genes of the red flour beetle Tribolium castaneum and the vinegar fly Drosophila melanogaster
2025-Dec-12, BMC genomic data
IF:1.9Q3
DOI:10.1186/s12863-025-01397-0
PMID:41388371
|
研究论文 | 本文生成了果蝇和赤拟谷盗之间的直系同源基因列表，为比较基因组学研究提供资源 | 利用OrthoFinder平台和eggNOG数据库，结合手动系统发育树分析，生成了超过9,000个直系同源基因的全面列表 | NA | 为果蝇和赤拟谷盗之间的比较基因组和基因功能研究提供直系同源基因的严谨分配和汇编 | 果蝇和赤拟谷盗的参考蛋白质组 | 比较基因组学 | NA | 系统发育直系同源性推断 | NA | 蛋白质组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 123 | 2026-02-15 |
Bronchial epithelial transcriptome reveals dysregulated interferon and inflammatory responses to rhinovirus in exacerbation-prone pediatric asthma
2025-Dec-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197711
PMID:41217821
|
研究论文 | 本研究通过器官型支气管上皮细胞培养，结合bulk和单细胞转录组学及靶向蛋白分析，揭示了易加重型儿童哮喘患者对鼻病毒感染的过度干扰素和炎症反应机制 | 首次在易加重型儿童哮喘患者中，通过单细胞转录组学揭示了细胞类型特异性（特别是非纤毛细胞）对鼻病毒感染的过度反应，并发现基线干扰素刺激基因表达降低是易感性的可调节因果决定因素 | 研究基于体外器官型培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境；样本量可能有限；未涉及长期临床结局验证 | 探究易加重型儿童哮喘患者对鼻病毒感染易感性的宿主因素和分子机制 | 来自特征明确的哮喘儿童和健康儿童的器官型支气管上皮细胞培养物 | 数字病理学 | 哮喘 | bulk转录组学, 单细胞转录组学, 靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 来自哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮细胞培养物（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2026-02-15 |
Targeting the pentose phosphate pathway mitigates graft-versus-host disease by rewiring alloreactive T cell metabolism
2025-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.192774
PMID:41355795
|
研究论文 | 本研究揭示了戊糖磷酸途径在急性移植物抗宿主病中的作用，并发现靶向该途径的关键酶6PGD可减轻疾病严重程度，同时保留抗肿瘤效应 | 首次阐明戊糖磷酸途径在调控同种异体反应性T细胞代谢和功能中的关键作用，并确定6PGD为减轻aGvHD同时保留GvT效应的潜在治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；长期抑制PPP的潜在副作用尚未明确 | 探索葡萄糖代谢下游途径在急性移植物抗宿主病中的作用，寻找特异性治疗靶点 | 同种异体反应性T细胞 | 单细胞组学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2026-02-15 |
Integrating multi-omics data to resolve patterns of ion channel regulation in melanoma and predict tumor treatment response
2025-Dec-05, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01866-x
PMID:41348242
|
研究论文 | 本研究整合单细胞空间转录组和多组学数据，分析皮肤黑色素瘤中离子通道相关基因的调控模式，并构建评分系统以预测肿瘤治疗反应 | 首次在皮肤黑色素瘤中系统评估离子通道相关基因的调控模式，结合单细胞空间转录组数据揭示其与肿瘤微环境细胞浸润特征的关联，并构建了可量化的ICRG评分系统 | 研究基于现有数据进行分析，需要进一步实验验证ICRG基因的具体功能机制 | 解析皮肤黑色素瘤中离子通道相关基因的调控模式，并预测肿瘤治疗反应 | 皮肤黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞空间转录组学，多组学数据分析 | SCENIC分析，伪时间分析 | 转录组数据，空间转录组数据，多组学数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 126 | 2026-02-15 |
Spatial transcriptomics iterative hierarchical clustering (stIHC): A novel method for identifying spatial gene co-expression modules
2025-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70011
PMID:41674714
|
研究论文 | 本文提出了一种名为空间转录组学迭代层次聚类（stIHC）的新方法，用于识别空间基因共表达模块 | stIHC方法能够检测稀有或独特的空间表达模式，优于现有方法如SPARK、SPARK-X、MERINGUE和SpatialDE | NA | 开发一种新方法以改进空间转录组学数据中空间可变基因的聚类分析 | 空间转录组学数据中的空间可变基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 迭代层次聚类 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, Spatial Transcriptomics |
| 127 | 2026-02-15 |
Cell lineage tracing: Methods, applications, and challenges
2025-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70006
PMID:41674713
|
综述 | 本文综述了细胞谱系追踪的实验和计算方法，强调了它们的优势、局限性和协同作用 | 整合了从早期标记技术到现代CRISPR-Cas9条形码等遗传工具的实验方法，以及用于分析单细胞测序等高维数据的计算方法，并讨论了人工智能增强的未来发展方向 | 存在准确性、分辨率、多组学整合和可扩展性方面的挑战 | 理解细胞命运和谱系关系，应用于发育生物学、组织再生和疾病进展研究 | 细胞谱系追踪技术 | NA | NA | CRISPR-Cas9条形码，单细胞测序，多组学技术 | NA | 高维数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 128 | 2026-02-15 |
A perspective on developing foundation models for analyzing spatial transcriptomic data
2025-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70010
PMID:41674716
|
观点文章 | 本文探讨了开发用于分析空间转录组数据的基石模型的必要性、当前进展、潜在任务及未来方向 | 首次系统性地从视角角度审视开发空间转录组基石模型的需求、机遇与挑战，并强调其在提升研究效率、促进新生物学发现和提供用户友好访问方面的潜力 | 作为观点性文章，未提供具体实验数据或模型验证，主要基于理论讨论和前瞻性分析 | 探讨开发用于空间转录组数据分析的基石模型的可行性、任务应用及未来发展方向 | 空间转录组数据及其分析模型 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 基石模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 129 | 2026-02-15 |
Stigmasterol attenuates atherosclerosis by inhibiting inflammatory signaling and foam cell formation
2025-Dec, iMetaOmics
DOI:10.1002/imo2.70056
PMID:41676448
|
研究论文 | 本研究揭示了植物甾醇中的豆甾醇通过抑制炎症信号和泡沫细胞形成来减轻动脉粥样硬化 | 首次结合单细胞RNA测序和功能实验，阐明了豆甾醇通过调节泡沫细胞多样性和炎症发挥血管保护作用的机制，特别是其对CD86巨噬细胞极化和平滑肌细胞向巨噬样泡沫细胞转分化的抑制作用 | 研究主要在ApoE敲除小鼠模型中进行，人体内的效果和转化潜力尚需进一步验证 | 探究植物甾醇（特别是豆甾醇）对动脉粥样硬化中泡沫细胞形成、炎症反应和脂质代谢的影响及其分子机制 | ApoE敲除小鼠的主动脉组织、巨噬细胞、平滑肌细胞及其衍生的泡沫细胞 | 单细胞组学与心血管疾病研究 | 心血管疾病（动脉粥样硬化） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），功能测定 | NA | 单细胞转录组数据，功能实验数据 | ApoE敲除小鼠主动脉组织（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2026-02-14 |
Tfh2 and a subset of Tfh1 cells associate with antibody-mediated immunity to malaria
2025-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.196828
PMID:41118256
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和VDJ测序，揭示了人类外周血T滤泡辅助细胞在疟疾感染期间的异质性，并识别出与抗体介导的免疫相关的特定亚群 | 发现pTfh1细胞可进一步分为CCR7+和CCR7-两个亚群，且只有Tfh1-CCR7+和Tfh2细胞与保护性抗体产生正相关，这超越了传统的CXCR3/CCR6分类 | 研究基于受控人类疟疾感染模型，可能无法完全反映自然感染情况；样本量未明确说明，可能影响统计效力 | 探究人类T滤泡辅助细胞在疟疾感染期间的异质性及其与抗体介导免疫的关联 | 健康个体在受控人类疟疾感染前后的外周血T滤泡辅助细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序, VDJ测序 | NA | 单细胞转录组数据, VDJ序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 131 | 2026-02-14 |
Kidney diseases and single-cell sequencing research: a bibliometric analysis from 2015 to 2024
2025-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2025.2521457
PMID:40545992
|
文献计量分析 | 本文对2015年至2024年间使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行肾脏疾病研究的出版物进行了文献计量分析 | 首次系统性地通过文献计量学方法评估了scRNA-seq在肾脏疾病研究中的应用格局和新兴趋势，识别了主要贡献国家、机构、作者及研究热点 | 分析基于Web of Science Core Collection数据库，可能未涵盖所有相关出版物；且为回顾性分析，无法预测未来具体技术发展 | 评估scRNA-seq技术在肾脏疾病研究领域的应用现状、发展趋势及研究热点 | 2015年至2024年间发表的关于scRNA-seq在肾脏疾病中应用的学术出版物 | 生物信息学与计算生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 文献元数据 | 1,210篇出版物 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-12-31 |
Bulk and single-cell transcriptome analysis reveal shared key genes and patterns of immune dysregulation in systemic lupus erythematosus and sepsis
2025-Dec-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01350-y
PMID:41462079
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 133 | 2026-02-12 |
Distinct immune landscapes between murine and human periodontitis
2025-Dec-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.114073
PMID:41659164
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了人类牙周炎与小鼠结扎模型的免疫景观差异，并评估了Pg补充对模型可转化性的影响 | 首次系统性地比较了人类牙周炎与小鼠结扎模型的单细胞免疫景观，揭示了B/浆细胞和巨噬细胞在比例和激活状态上的显著差异 | Pg补充未能减少小鼠与人类之间的免疫学差异，模型的可转化性有限 | 评估小鼠结扎模型作为人类牙周炎研究模型的适用性 | 人类牙周炎患者和小鼠结扎模型的牙龈组织 | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠结扎、结扎+Pg和对照组牙龈组织，整合人类数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2026-02-11 |
MRGPRX2-expressing mast cells are increased in the GI tract of individuals with active inflammatory bowel disease and hereditary α-tryptasemia
2025-Dec-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2025.12.23.25342823
PMID:41503473
|
研究论文 | 本研究探讨了遗传性α-类胰蛋白酶血症（HαT）与炎症性肠病（IBD）患者胃肠道中MRGPRX2阳性肥大细胞的增加及其与疾病活动的关联 | 首次在HαT和IBD背景下，通过多平台方法（空间转录组学、质谱流式细胞术）系统揭示了胃肠道肥大细胞丰度增加、活化标志物（CD203c、LAMP-1、SIGLEC8）上调以及MRGPRX2表达增强的现象 | 样本量相对较小（空间转录组学n=8，质谱流式细胞术n=14），且研究主要基于观察性关联，尚未明确MRGPRX2介导的肥大细胞活化在HαT相关胃肠道症状中的直接因果机制 | 探究HαT是否通过改变肥大细胞受体MRGPRX2的表达及活化状态，影响IBD的胃肠道病理过程 | HαT患者、非HαT的IBD患者以及健康对照者的胃肠道组织样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 空间转录组学、质谱流式细胞术（CyTOF）、数字PCR（ddPCR）、基因分型 | NA | 组织样本、转录组数据、蛋白质表达数据 | 共分析873份样本（854份生物库IBD样本用于基因分型，8份结肠组织用于空间转录组学，14份小肠活检用于质谱流式细胞术） | NA | 空间转录组学, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 135 | 2026-02-11 |
NOTCH gene pattern predicts prognosis, immune infiltration, and drug response in Head and Neck squamous cell carcinoma
2025-12, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery
DOI:10.1016/j.jormas.2025.102582
PMID:41022354
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于NOTCH相关基因的预后风险模型（NOTCH评分），用于预测头颈部鳞状细胞癌患者的生存、免疫浸润和治疗反应 | 首次整合NOTCH信号通路相关基因构建预后模型，并系统评估其与肿瘤微环境、免疫治疗反应及药物敏感性的关联 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性临床验证；模型在单细胞和蛋白水平的验证样本量有限 | 开发头颈部鳞状细胞癌的预后预测工具并探索其与肿瘤微环境及治疗反应的关联 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、临床数据 | 未明确具体样本数量，但包含训练和验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2026-02-10 |
Exploring hypoxia- and cuproptosis-related biomarkers in periodontitis based on transcriptome and single-cell analysis
2025-Dec-29, Clinical oral investigations
IF:3.1Q1
DOI:10.1007/s00784-025-06677-8
PMID:41460373
|
研究论文 | 本研究通过转录组和单细胞分析，探索了牙周炎中与缺氧和铜死亡相关的生物标志物 | 首次将缺氧相关基因与铜死亡相关基因结合，在牙周炎中进行系统性生物标志物鉴定，并利用单细胞RNA测序数据在单细胞水平验证了关键基因的表达模式 | 研究依赖于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的实验验证和前瞻性临床研究来确认生物标志物的临床效用 | 识别和表征牙周炎中与缺氧和铜死亡相关的关键生物标志物，以深入理解其分子机制 | 牙周炎患者与健康对照的基因表达数据 | 生物信息学 | 牙周炎 | 转录组分析，单细胞RNA测序 | 机器学习（Boruta算法，LASSO回归，递归特征消除） | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个牙周炎数据集（包括GSE16134， GSE10334， GSE152042） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2026-02-10 |
Molecular signatures and signaling interactions of the hair follicle stem cell niche
2025-Dec-15, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.11.021
PMID:41407191
|
研究论文 | 本研究通过高灵敏度单细胞转录组分析，定义了毛囊干细胞及其微环境中多种细胞类型的转录组特征，并揭示了细胞间通讯网络 | 首次通过流式分选结合高灵敏度转录组测序，对毛囊微环境中四种相邻区域的六种细胞群体进行系统分析，实现了前所未有的基因检测灵敏度 | 研究基于小鼠背部皮肤样本，人类数据的验证仍需进一步研究 | 揭示毛囊干细胞及其微环境的分子特征和信号相互作用机制 | 小鼠背部皮肤中的毛囊乳头细胞、隆突干细胞、毛胚干细胞、表皮细胞、毛囊上皮细胞和真皮成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞分选 | NA | 转录组数据 | 从小鼠背部4个相邻区域分选的6种细胞群体，共56个全转录组测量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 138 | 2026-02-09 |
IL-1β+ lung-resident macrophages mediate endothelial dysfunction and acute lung injury in sepsis through immune-metabolic crosstalk
2025-Dec-08, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02868-0
PMID:41360768
|
研究论文 | 本研究通过小鼠脓毒症模型，揭示了表达IL-1β的肺驻留巨噬细胞在脓毒症诱导的急性肺损伤中通过免疫-代谢串扰介导内皮功能障碍和组织损伤的关键作用 | 识别了IL-1β⁺肺驻留巨噬细胞亚群作为脓毒症肺损伤的关键贡献者，并揭示了其通过免疫-代谢轴协调内皮功能障碍的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；免疫-代谢相互作用的分子通路细节尚未完全阐明 | 阐明脓毒症诱导急性肺损伤中免疫细胞与肺内皮相互作用的分子调节机制 | 小鼠脓毒症模型中的肺驻留巨噬细胞和肺内皮细胞 | 数字病理学 | 脓毒症/急性肺损伤 | 单细胞RNA测序，代谢组学，免疫测定，Western印迹，组织病理学，体外共培养实验 | NA | RNA测序数据，代谢组数据，蛋白质数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2026-02-08 |
EPI-SauriCas9-based mouse ovarian cancer models recapitulating pten deletion in patients
2025-Dec-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09437-2
PMID:41466059
|
研究论文 | 本研究开发并验证了使用EPI-SauriCas9系统构建的携带Pten和Trp53缺失的小鼠卵巢上皮模型（MEPP），用于模拟患者PTEN缺失的卵巢癌 | 利用EPI-SauriCas9系统创建了首个模拟PTEN和TP53缺失的小鼠卵巢癌模型，揭示了Pten缺失在促进肿瘤发生和转移中的作用，并通过单细胞RNA测序鉴定了具有不同转移潜能的独特上皮亚群 | 模型可能无法完全复制人类卵巢癌的所有复杂性，且研究主要聚焦于PTEN和TP53缺失的特定亚型 | 开发一个用于研究PTEN缺失卵巢癌的平台，并探索其肿瘤发生机制及潜在治疗方法 | 小鼠卵巢上皮细胞及由此衍生的肿瘤模型 | 癌症研究 | 卵巢癌 | EPI-SauriCas9基因编辑系统，单细胞RNA测序，高通量药物筛选 | 基因编辑小鼠模型 | 基因表达数据，药物反应数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 140 | 2026-02-08 |
ScRNA profiling of peripheral blood in kidney transplant recipients across rejection responses and treatments
2025-Dec-24, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06489-1
PMID:41444247
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肾移植受者外周血细胞，比较了不同排斥类型和治疗阶段的免疫细胞组成差异 | 首次提供了肾移植后不同排斥类型和治疗阶段的外周血单细胞转录组数据集，支持免疫细胞亚群的比较分析 | 样本量较小（仅5名参与者），且为初步分析，需要更大规模研究验证 | 探索肾移植受者外周血免疫细胞在排斥反应和免疫抑制治疗中的变化 | 肾移植受者的外周血细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 5名肾移植受者，98,595个质量控制通过的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |